src/uk/ac/vamsas/client/VorbaXmlBinder.java

   1 /**
   2  *
   3  */
   4 package uk.ac.vamsas.client;
   5
   6 import java.io.IOException;
   7 import java.io.PrintWriter;
   8 import java.io.Reader;
   9 import java.io.Writer;
  10 import java.lang.reflect.Field;
  11 import java.util.Hashtable;
  12 import java.util.Iterator;
  13 import java.util.Vector;
  14
  15 import org.apache.commons.logging.Log;
  16 import org.apache.commons.logging.LogFactory;
  17 import org.exolab.castor.mapping.FieldHandler;
  18 import org.exolab.castor.mapping.GeneralizedFieldHandler;
  19 import org.exolab.castor.mapping.ValidityException;
  20 import org.exolab.castor.xml.IDResolver;
  21 import org.exolab.castor.xml.MarshalException;
  22 import org.exolab.castor.xml.MarshalListener;
  23 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  24 import org.exolab.castor.xml.UnmarshalListener;
  25 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  26 import org.exolab.castor.xml.ValidationException;
  27
  28 import uk.ac.vamsas.objects.core.VamsasDocument;
  29 /**
  30  * Implements the Vamsas Vobject ID machinery for translating
  31  * between non-volatile XML IDs and Vobject references. Use the
  32  * marshalling and unmarshalling methods in this class in order
  33  * to add automatically computed values for required fields in objects,
  34  * so as to avoid validation exceptions when marshalling new objects
  35  * into the vamsas document.
  36  */
  37 public class VorbaXmlBinder implements UnmarshalListener {
  38   private static Log log = LogFactory.getLog(VorbaXmlBinder.class);
  39   private final IVorbaIdFactory vorbafactory;
  40
  41   private final Vector obj;
  42   private final Hashtable oldobjhashes;
  43   private final Hashtable objrefs;
  44   private final Vector updatedobjs; // not yet used elswhere ?
  45   public VorbaXmlBinder(IVorbaIdFactory vorbafactory2, Vector unrefedObj, Hashtable objrefs2, Hashtable oldobjhashes, Vector updatedObj) {
  46     this.vorbafactory = vorbafactory2;
  47     this.obj = unrefedObj;
  48     this.objrefs = objrefs2;
  49     this.oldobjhashes = oldobjhashes;
  50     this.updatedobjs = updatedObj;
  51   }
  52
  53   /*
  54    * (non-Javadoc)
  55    *
  56    * @see org.exolab.castor.xml.UnmarshalListener#attributesProcessed(java.lang.Object)
  57    */
  58   public void attributesProcessed(Object object) {
  59
  60   }
  61
  62   /*
  63    * (non-Javadoc)
  64    *
  65    * @see org.exolab.castor.xml.UnmarshalListener#fieldAdded(java.lang.String,
  66    *      java.lang.Object, java.lang.Object)
  67    */
  68   public void fieldAdded(String fieldName, Object parent, Object child) {
  69     if (parent instanceof Vobject && child instanceof Vobject) {
  70       if (((Vobject) child).V_parent==null) {
  71         // System.err.println("Setting parent of "+fieldName);
  72         ((Vobject) child).setV_parent((Vobject) parent);
  73       }
  74     }
  75   }
  76
  77   /*
  78    * (non-Javadoc)
  79    *
  80    * @see org.exolab.castor.xml.UnmarshalListener#initialized(java.lang.Object)
  81    */
  82   public void initialized(Object object) {
  83     if (object instanceof Vobject) {
  84       Vobject nobj = (Vobject) object;
  85     }
  86   }
  87
  88   /*
  89    * Check if the object has an 'id' field - if it does, copy the value into
  90    * the VorbaId field of Vobject, and add the Vobject to the VorbaId hash.
  91    *
  92    * @see org.exolab.castor.xml.UnmarshalListener#unmarshalled(java.lang.Object)
  93    */
  94   public void unmarshalled(Object newobj) {
  95     if (newobj instanceof Vobject) {
  96       Vobject nobj = (Vobject) newobj;
  97       nobj.set__stored_in_document(true);
  98       try {
  99         if (nobj.isRegisterable() && nobj.___id_field!=null) {
 100           VorbaId nobj_id=null;
 101           // look for the id field (should be an NCName string)
 102           nobj.__vorba = vorbafactory;
 103           // use the Vobject accessor method to avoid unpleasant security exceptions.
 104           String idstring = nobj.__getInstanceIdField();
 105           if (idstring!=null) {
 106             if (idstring.length() > 0) {
 107               nobj.setVorbaId(VorbaId.newId(idstring));
 108               nobj_id=nobj.getVorbaId();
 109               if (objrefs.containsKey(nobj_id) && !objrefs.get(nobj_id).equals(nobj)) {
 110                 System.err.println("Serious problem : duplicate id '"+idstring+"' found! expect badness.");
 111                 // TODO: HANDLE duplicate XML ids correctly
 112               }
 113               objrefs.put(nobj_id, nobj);
 114             } else {
 115               // add to list of objects without a valid vorbaId
 116               obj.add(nobj);
 117             }
 118           } else {
 119             // TODO: add to list of objects without a valid vorbaId
 120             obj.add(nobj);
 121           }
 122           nobj.doHash(); // updates detected by comparing with last hash when marshalling
 123           // check to see if new object was present in old object hash
 124           if (nobj_id!=null) {
 125             if (oldobjhashes.containsKey(nobj_id)) {
 126               Vobjhash oldhash = (Vobjhash) oldobjhashes.get(nobj_id);
 127               if (oldhash.isUpdated(nobj)) {
 128                 // mark the object as updated in this document read.
 129                 nobj.set__updated_since_last_read(true);
 130                 updatedobjs.addElement(nobj);
 131               }
 132             } else {
 133               // object has no entry in the oldhashvalue list but
 134               // there is a valid vorbaId so
 135               nobj.set__added_since_last_read(true);
 136             }
 137             // and record the just-unmarshalled hash value
 138             oldobjhashes.put(nobj_id, new Vobjhash(nobj));
 139           } else {
 140             // for objects yet to get a valid vorba_id
 141             nobj.set__added_since_last_read(true);
 142           }
 143         }
 144
 145       } catch (Exception e) {
 146         return;
 147       };
 148
 149     }
 150   }
 151
 152   /**
 153    * writes the VamsasDocument to the given stream.
 154    * TODO: ensure that (at least) default provenance entries are written for objects.
 155    * @param outstream
 156    * @param vorba valid VorbaIdFactory to construct any missing IDs
 157    * @param doc
 158    * @throws IOException
 159    * @throws MarshalException
 160    * @throws ValidationException
 161    */
 162   public static void putVamsasDocument(PrintWriter outstream, VorbaIdFactory vorba, VamsasDocument doc)
 163   throws IOException, MarshalException, ValidationException {
 164     // Ensure references
 165     if (vorba==null)
 166       throw new Error("Null VorbaIdFactory Parameter");
 167     if (doc.__vorba==null)
 168       doc.__vorba = vorba;
 169     doc.__ensure_instance_ids(); // this may take a while. Do we allow for cyclic references ?
 170     doc.marshal(outstream);
 171
 172   }
 173   /**
 174    * creates new VorbaId references where necessary for newly unmarshalled objects
 175    * @param unrefed
 176    * @param objrefs
 177    * @return false if any new object references were made
 178    */
 179   private static boolean ensure_references(Vector unrefed, Hashtable objrefs) {
 180     boolean sync=true;
 181     if (unrefed.size()>0) {
 182       sync=false; // document is out of sync - ids have been created.
 183       java.util.Iterator newobj = unrefed.listIterator();
 184       while (newobj.hasNext()) {
 185         Vobject o = (Vobject) newobj.next();
 186         // forces registration and id field update.
 187         VorbaId id = o.getVorbaId();
 188         if (!objrefs.containsKey(id)) {
 189           objrefs.put(id, o);
 190         } else {
 191           if (!objrefs.get(id).equals(o))
 192             throw new Error("Serious! Duplicate reference made by vorbaIdFactory!");
 193         }
 194       }
 195     }
 196     return sync;
 197   }
 198   /**
 199    * Unmarshals a vamsasDocument Vobject from a stream, registers
 200    * unregistered objects, records existing VorbaIds, and completes
 201    * the uk.ac.vamsas.client.Vobject housekeeping fields.
 202    * For a valid unmarshalling, the array of returned objects also includes
 203    * a <return>sync</return> parameter which is true if new VorbaIds
 204    * were created. If sync is false, then the caller should ensure that the
 205    * vamsasDocument is written back to disk to propagate the new VorbaIds.
 206    *  TODO: ensure that provenance is correct for newly registered objects
 207    * as getVamsasObjects but will detect updated objects based on differing hash values
 208    * obtained from the VorbaIdFactory's VorbaId, Vobject.get__last_Hash() pairs (if any)
 209    * @param instream - the XML input stream
 210    * @param factory - the SimpleClient's properly configured VorbaId factory to make new references.
 211    * @param root the root element's uk.ac.vamsas.objects.core Vobject.
 212    * @return null or {(Object) VamsasDocument Vobject, (Object) Hashtable of Vobject references, (Object) Boolean(sync), (Object) Vector of updated objects in document }
 213    */
 214   public static Object[] getVamsasObjects(Reader instream,
 215       VorbaIdFactory factory, Vobject root) {
 216     Unmarshaller unmarshaller = new Unmarshaller(root);
 217     unmarshaller.setIDResolver(new IDResolver() {
 218       public Object resolve(String id) {
 219         VorbaXmlBinder.log.warn("Warning - id " + id
 220             + " is not found in the Vamsas XML!");
 221         return null;
 222       }
 223     });
 224     final Hashtable objrefs = new Hashtable();
 225     if (factory.extanthashv==null)
 226       factory.extanthashv=new Hashtable();
 227     final Hashtable oobjhashes=factory.extanthashv;
 228     final VorbaIdFactory vorbafactory = factory;
 229     final Vector unrefedObj =  new Vector();
 230     final Vector updatedObj = new Vector();
 231     unmarshaller.setUnmarshalListener(new VorbaXmlBinder(vorbafactory, unrefedObj, objrefs, oobjhashes,updatedObj));
 232     // Call the unmarshaller.
 233     try {
 234       while (instream.ready()) {
 235         // TODO: mark objects in oobjhash prior to unmarshalling, to detect when objects have been lost through an update.
 236         //tohere
 237         Object obj = unmarshaller.unmarshal(instream);
 238         boolean sync=ensure_references(unrefedObj, objrefs);
 239         if (!(obj instanceof Vobject))
 240           return null;
 241         vorbafactory.setNewIdHash(objrefs); // update the Document IO Handler's set of vorbaId<>Object bindings.
 242         return new Object[] { obj, objrefs, new Boolean(sync),updatedObj};
 243       }
 244     } catch (MarshalException e) {
 245       // TODO Auto-generated catch block
 246       e.printStackTrace();
 247     } catch (ValidationException e) {
 248       // TODO Auto-generated catch block
 249       e.printStackTrace();
 250     } catch (IOException e) {
 251       // TODO Auto-generated catch block
 252       e.printStackTrace();
 253     }
 254     return null;
 255   }
 256 }