testsrc/compbio/metadata/AllTestSuit.java

   1 /* Copyright (c) 2009 Peter Troshin\r
   2  *  \r
   3  *  JAva Bioinformatics Analysis Web Services (JABAWS) @version: 1.0     \r
   4  * \r
   5  *  This library is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the\r
   6  *  Apache License version 2 as published by the Apache Software Foundation\r
   7  * \r
   8  *  This library is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without\r
   9  *  even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the Apache \r
  10  *  License for more details.\r
  11  * \r
  12  *  A copy of the license is in apache_license.txt. It is also available here:\r
  13  * @see: http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt\r
  14  * \r
  15  * Any republication or derived work distributed in source code form\r
  16  * must include this copyright and license notice.\r
  17  */\r
  18 \r
  19 package compbio.metadata;\r
  20 \r
  21 import java.io.File;\r
  22 import compbio.util.SysPrefs;\r
  23 \r
  24 public class AllTestSuit {\r
  25         public final static String test_group_cluster = "cluster";\r
  26         public final static String test_group_runner = "runner";\r
  27         public final static String test_group_non_windows = "non_windows";\r
  28         public final static String test_group_windows_only = "windows_only";\r
  29         public final static String test_group_engine = "engine";\r
  30         public final static String test_group_long = "performance";\r
  31         public final static String test_group_webservices = "webservices";\r
  32 \r
  33         // For this to work execution must start from the project directory!\r
  34         public static final String CURRENT_DIRECTORY = SysPrefs.getCurrentDirectory() + File.separator;\r
  35         public static final String TEST_DATA_PATH = "testsrc" + File.separator + "testdata" + File.separator;\r
  36         public static final String TEST_DATA_PATH_ABSOLUTE = AllTestSuit.CURRENT_DIRECTORY + TEST_DATA_PATH;\r
  37 \r
  38         // For cluster execution paths MUST BE ABSOLUTE as cluster hosts will not be\r
  39         // able to access the task otherwise\r
  40         public static final String OUTPUT_DIR_ABSOLUTE = AllTestSuit.CURRENT_DIRECTORY + "local_jobsout" + File.separator;\r
  41         public static final String RUNNER_TEST_LOGGER = "RunnerLogger";\r
  42 \r
  43         public static final String test_input = AllTestSuit.TEST_DATA_PATH_ABSOLUTE + "TO1381.fasta";\r
  44         public static final String test_alignment_input = AllTestSuit.TEST_DATA_PATH_ABSOLUTE + "TO1381.fasta.aln";\r
  45         public static final String test_input_real = AllTestSuit.TEST_DATA_PATH_ABSOLUTE + "50x500Protein.fasta";\r
  46         public static final String test_input_dna = AllTestSuit.TEST_DATA_PATH_ABSOLUTE + "3dnaseqs.fasta";\r
  47         public static final String test_input_large = AllTestSuit.TEST_DATA_PATH_ABSOLUTE + "1000x3000Dna.fasta";\r
  48 \r
  49 }\r