1 <?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>
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3 <runnerClassName>compbio.runner.muscle.Muscle</runnerClassName>
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4 <options isRequired="false">
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5 <name>Group sequences</name>
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6 <description>Group sequences by similarity (this is the default) or preserve the input order</description>
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7 <optionNames>-group</optionNames>
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8 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
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9 <defaultValue>-group</defaultValue>
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11 <!-- optionNames>-stable</optionNames this is commented out as it contain bug see muscle web site-->
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12 <options isRequired="false">
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13 <name>Anchor optimisation</name>
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14 <description>Enable/disable anchor optimization in tree dependent refinement iterations</description>
\r
15 <optionNames>-anchors</optionNames>
\r
16 <optionNames>-noanchors</optionNames>
\r
17 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
18 <defaultValue>-anchors</defaultValue>
\r
20 <!-- Programs failures often with this option
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21 <options isRequired="false">
\r
22 <name>Window refine</name>
\r
23 <description>Refine an alignment by dividing it into non-overlapping windows and re-aligning each window. Typically used for whole-genome nucleotide alignments</description>
\r
24 <optionNames>-refinew</optionNames>
\r
25 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
26 <defaultValue>-refinew</defaultValue>
\r
29 <options isRequired="false">
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30 <name>Root alignment computation method</name>
\r
31 <description>Use Steven Brenner's method for computing the root alignment.</description>
\r
32 <optionNames>-brenner</optionNames>
\r
33 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
35 <!-- This option make sense only in conjunction with -tree which we do not currently support
\r
36 <options isRequired="false">
\r
37 <name>Fast clustering of input sequences</name>
\r
38 <description>Perform fast clustering of input sequences.</description>
\r
39 <optionNames>-cluster</optionNames>
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40 <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>
\r
43 <options isRequired="false">
\r
45 <description>Use dimer approximation for the SP score (faster, slightly less accurate)</description>
\r
46 <optionNames>-dimer</optionNames>
\r
47 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
49 <options isRequired="false">
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50 <name>Diagonal</name>
\r
51 <description>Use diagonal optimizations. Faster, especially for closely related sequences, but may be less accurate.</description>
\r
52 <optionNames>-diags</optionNames>
\r
53 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
55 <options isRequired="false">
\r
56 <name>Diagonal 1</name>
\r
57 <description>Use diagonal optimizations in first iteration (faster for similar sequences)</description>
\r
58 <optionNames>-diags1</optionNames>
\r
59 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
61 <options isRequired="false">
\r
62 <name>Profile scoring method</name>
\r
63 <description>le - use log-expectation profile score VTML240 (default for amino acid sequences.)
\r
64 sp - use sum-of-pairs protein profile score (PAM200).
\r
65 sv - use sum-of-pairs profile score (VTML240)</description>
\r
66 <optionNames>-le</optionNames>
\r
67 <optionNames>-sp</optionNames>
\r
68 <optionNames>-sv</optionNames>
\r
69 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
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70 <defaultValue>-le</defaultValue>
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72 <prmSeparator> </prmSeparator>
\r
73 <parameters isRequired="false">
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74 <name>Sequence type</name>
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75 <description>Sequence type - Amino acid/Nucleotide </description>
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76 <optionNames>-seqtype</optionNames>
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77 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
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78 <defaultValue>auto</defaultValue>
\r
79 <possibleValues>auto</possibleValues>
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80 <possibleValues>protein</possibleValues>
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81 <possibleValues>dna</possibleValues>
\r
82 <possibleValues>rna</possibleValues>
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84 <parameters isRequired="false">
\r
85 <name>Maxiters</name>
\r
86 <description>Maximum number of iterations (integer, default 16)</description>
\r
87 <optionNames>-maxiters</optionNames>
\r
88 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
89 <defaultValue>16</defaultValue>
\r
91 <type>Integer</type>
\r
96 <!-- disable as refinew is disabled
\r
97 <parameters isRequired="false">
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98 <name>Maxiters</name>
\r
99 <description>Length of window for Window Refine (-refinew)</description>
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100 <optionNames>-refinewindow</optionNames>
\r
101 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
102 <defaultValue>200</defaultValue>
\r
104 <type>Integer</type>
\r
110 <parameters isRequired="false">
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111 <name>Diagonal break</name>
\r
112 <description>Maximum distance between two diagonals that allows them to merge into one diagonal</description>
\r
113 <optionNames>-diagbreak</optionNames>
\r
114 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
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115 <defaultValue>1</defaultValue>
\r
117 <type>Integer</type>
\r
122 <parameters isRequired="false">
\r
123 <name>Diagonal length</name>
\r
124 <description>Minimum length of diagonal</description>
\r
125 <optionNames>-diaglength</optionNames>
\r
126 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
127 <defaultValue>24</defaultValue>
\r
129 <type>Integer</type>
\r
134 <parameters isRequired="false">
\r
135 <name>Diagonal margin</name>
\r
136 <description>Discard this many positions at ends of diagonal</description>
\r
137 <optionNames>-diagmargin</optionNames>
\r
138 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
139 <defaultValue>5</defaultValue>
\r
141 <type>Integer</type>
\r
146 <parameters isRequired="false">
\r
147 <name>Anchor spacing</name>
\r
148 <description>Minimum spacing between anchor columns</description>
\r
149 <optionNames>-anchorspacing</optionNames>
\r
150 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
151 <defaultValue>32</defaultValue>
\r
153 <type>Integer</type>
\r
159 <parameters isRequired="false">
\r
160 <name>Matrix</name>
\r
161 <description>Substitution Matrix to use</description>
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162 <optionNames>-matrix</optionNames>
\r
163 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
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164 <defaultValue>BLOSUM62</defaultValue>
\r
165 <possibleValues>BLOSUM100</possibleValues>
\r
166 <possibleValues>BLOSUM30</possibleValues>
\r
167 <possibleValues>BLOSUM35</possibleValues>
\r
168 <possibleValues>BLOSUM40</possibleValues>
\r
169 <possibleValues>BLOSUM45</possibleValues>
\r
170 <possibleValues>BLOSUM50</possibleValues>
\r
171 <possibleValues>BLOSUM55</possibleValues>
\r
172 <possibleValues>BLOSUM60</possibleValues>
\r
173 <possibleValues>BLOSUM62</possibleValues>
\r
174 <possibleValues>BLOSUM65</possibleValues>
\r
175 <possibleValues>BLOSUM70</possibleValues>
\r
176 <possibleValues>BLOSUM75</possibleValues>
\r
177 <possibleValues>BLOSUM80</possibleValues>
\r
178 <possibleValues>BLOSUM85</possibleValues>
\r
179 <possibleValues>BLOSUM90</possibleValues>
\r
180 <possibleValues>BLOSUMN</possibleValues>
\r
181 <possibleValues>DAYHOFF</possibleValues>
\r
182 <possibleValues>GONNET</possibleValues>
\r
183 <possibleValues>IDENTITY</possibleValues>
\r
184 <possibleValues>MATCH</possibleValues>
\r
185 <possibleValues>NUC.4.2</possibleValues>
\r
186 <possibleValues>NUC.4.4</possibleValues>
\r
187 <possibleValues>PAM10</possibleValues>
\r
188 <possibleValues>PAM100</possibleValues>
\r
189 <possibleValues>PAM110</possibleValues>
\r
190 <possibleValues>PAM120</possibleValues>
\r
191 <possibleValues>PAM130</possibleValues>
\r
192 <possibleValues>PAM140</possibleValues>
\r
193 <possibleValues>PAM150</possibleValues>
\r
194 <possibleValues>PAM160</possibleValues>
\r
195 <possibleValues>PAM170</possibleValues>
\r
196 <possibleValues>PAM180</possibleValues>
\r
197 <possibleValues>PAM190</possibleValues>
\r
198 <possibleValues>PAM20</possibleValues>
\r
199 <possibleValues>PAM200</possibleValues>
\r
200 <possibleValues>PAM210</possibleValues>
\r
201 <possibleValues>PAM220</possibleValues>
\r
202 <possibleValues>PAM230</possibleValues>
\r
203 <possibleValues>PAM240</possibleValues>
\r
204 <possibleValues>PAM250</possibleValues>
\r
205 <possibleValues>PAM260</possibleValues>
\r
206 <possibleValues>PAM270</possibleValues>
\r
207 <possibleValues>PAM280</possibleValues>
\r
208 <possibleValues>PAM290</possibleValues>
\r
209 <possibleValues>PAM30</possibleValues>
\r
210 <possibleValues>PAM300</possibleValues>
\r
211 <possibleValues>PAM310</possibleValues>
\r
212 <possibleValues>PAM320</possibleValues>
\r
213 <possibleValues>PAM330</possibleValues>
\r
214 <possibleValues>PAM340</possibleValues>
\r
215 <possibleValues>PAM350</possibleValues>
\r
216 <possibleValues>PAM360</possibleValues>
\r
217 <possibleValues>PAM370</possibleValues>
\r
218 <possibleValues>PAM380</possibleValues>
\r
219 <possibleValues>PAM390</possibleValues>
\r
220 <possibleValues>PAM40</possibleValues>
\r
221 <possibleValues>PAM400</possibleValues>
\r
222 <possibleValues>PAM410</possibleValues>
\r
223 <possibleValues>PAM420</possibleValues>
\r
224 <possibleValues>PAM430</possibleValues>
\r
225 <possibleValues>PAM440</possibleValues>
\r
226 <possibleValues>PAM450</possibleValues>
\r
227 <possibleValues>PAM460</possibleValues>
\r
228 <possibleValues>PAM470</possibleValues>
\r
229 <possibleValues>PAM480</possibleValues>
\r
230 <possibleValues>PAM490</possibleValues>
\r
231 <possibleValues>PAM50</possibleValues>
\r
232 <possibleValues>PAM500</possibleValues>
\r
233 <possibleValues>PAM60</possibleValues>
\r
234 <possibleValues>PAM70</possibleValues>
\r
235 <possibleValues>PAM80</possibleValues>
\r
236 <possibleValues>PAM90</possibleValues>
\r
240 <name>Gap open penalty</name>
\r
241 <description>Gap opening penalty. Must be negative</description>
\r
242 <optionNames>-gapopen</optionNames>
\r
243 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
244 <defaultValue>-12.0</defaultValue>
\r
252 <name>Gap extension penalty</name>
\r
253 <description>Gap extension penalty. Must be negative</description>
\r
254 <optionNames>-gapextend</optionNames>
\r
255 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
256 <defaultValue>-1.0</defaultValue>
\r
264 <name>Center</name>
\r
265 <description>Center parameter. Should be negative.</description>
\r
266 <optionNames>-center</optionNames>
\r
267 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
268 <defaultValue>0.0</defaultValue>
\r
277 <description>Window size for determining whether a region is hydrophobic.</description>
\r
278 <optionNames>-hydro</optionNames>
\r
279 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
280 <defaultValue>5</defaultValue>
\r
282 <type>Integer</type>
\r
288 <name>Hydrofactor</name>
\r
289 <description>Multiplier for gap open/close penalties in hydrophobic regions.</description>
\r
290 <optionNames>-hydrofactor</optionNames>
\r
291 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
292 <defaultValue>1.2</defaultValue>
\r
300 <name>Minimum anchor score</name>
\r
301 <description>Minimum score a column must have to be an anchor (default depends on the profile scoring function!)</description>
\r
302 <optionNames>-minbestcolscore</optionNames>
\r
303 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
304 <defaultValue>1.2</defaultValue>
\r
312 <name>Minimum smoothed anchor score</name>
\r
313 <description>Minimum smoothed score a column must have to be an anchor (default depends on the profile scoring function!)</description>
\r
314 <optionNames>-minsmoothscore</optionNames>
\r
315 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
316 <defaultValue>1.2</defaultValue>
\r
323 <parameters isRequired="false">
\r
324 <name>cluster1</name>
\r
325 <description>Clustering method to use on the iteration 1</description>
\r
326 <optionNames>-cluster1</optionNames>
\r
327 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
328 <defaultValue>upgma</defaultValue>
\r
329 <possibleValues>upgma</possibleValues>
\r
331 <parameters isRequired="false">
\r
332 <name>cluster2</name>
\r
333 <description>Clustering method to use on the iteration 2 and all subsequent itarations</description>
\r
334 <optionNames>-cluster2</optionNames>
\r
335 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
336 <defaultValue>upgmb</defaultValue>
\r
337 <possibleValues>upgmb</possibleValues>
\r
338 <possibleValues>neighborjoining</possibleValues>
\r
340 <parameters isRequired="false">
\r
341 <name>Sequence weighting scheme 1</name>
\r
342 <description>Sequence weighting scheme to use on the iteration 1 and 2
\r
343 none=all sequences have equal weight.
\r
344 henikoff=Henikoff & Henikoff weighting scheme.
\r
345 henikoffpb=Modified Henikoff scheme as used in PSI-BLAST.
\r
346 clustalw=CLUSTALW method.
\r
347 threeway=Gotoh three-way method</description>
\r
348 <optionNames>-weight1</optionNames>
\r
349 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
350 <defaultValue>clustalw</defaultValue>
\r
351 <possibleValues>none</possibleValues>
\r
352 <possibleValues>henikoff</possibleValues>
\r
353 <possibleValues>henikoffpb</possibleValues>
\r
354 <possibleValues>gsc</possibleValues>
\r
355 <possibleValues>clustalw</possibleValues>
\r
356 <possibleValues>threeway</possibleValues>
\r
358 <parameters isRequired="false">
\r
359 <name>Sequence weighting scheme 2</name>
\r
360 <description>Sequence weighting scheme to use on the iteration 3 and all subsequent
\r
361 iterations for tree-dependent refinement.
\r
362 none=all sequences have equal weight.
\r
363 henikoff=Henikoff & Henikoff weighting scheme.
\r
364 henikoffpb=Modified Henikoff scheme as used in PSI-BLAST.
\r
365 clustalw=CLUSTALW method.
\r
366 threeway=Gotoh three-way method</description>
\r
367 <optionNames>-weight2</optionNames>
\r
368 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
369 <defaultValue>clustalw</defaultValue>
\r
370 <possibleValues>none</possibleValues>
\r
371 <possibleValues>henikoff</possibleValues>
\r
372 <possibleValues>henikoffpb</possibleValues>
\r
373 <possibleValues>gsc</possibleValues>
\r
374 <possibleValues>clustalw</possibleValues>
\r
375 <possibleValues>threeway</possibleValues>
\r
377 <parameters isRequired="false">
\r
378 <name>Distance1</name>
\r
379 <description>Distance measure for iteration 1. Defaults Kmer6_6 (for amino ) or Kmer4_6 (for nucleo)</description>
\r
380 <optionNames>-distance1</optionNames>
\r
381 <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>
\r
382 <defaultValue>kmer6_6</defaultValue>
\r
383 <possibleValues>kmer6_6</possibleValues>
\r
384 <possibleValues>kmer20_3</possibleValues>
\r
385 <possibleValues>kbit20_3</possibleValues>
\r
386 <possibleValues>kmer20_4</possibleValues>
\r
387 <possibleValues>kmer4_6</possibleValues>
\r