testsrc/testdata/jobs/@Mafft#4314628912632965/error.txt

   1 generating 200PAM scoring matrix for nucleotides ... done
   2 done
   3 done
   4 scoremtx = -1
   5 Gap Penalty = -2.00, -0.10, +0.10
   6     0 / 9\r    1 / 9\r    2 / 9\r    3 / 9\r    4 / 9\r    5 / 9\r    6 / 9\r    7 / 9\r##### writing hat3
   7 freeing localhom
   8 pairlocalalign (nuc) Version 6.713b alg=A, model=DNA200 (2),  2.000 ( 6.000), -0.099 (-0.297)
   9 blosum 62 / kimura 200
  10 Loading 'hat3' ...
  11 done.
  12 generating 200PAM scoring matrix for nucleotides ... done
  13 done
  14 done
  15 scoremtx = -1
  16 Gap Penalty = -1.53, +0.00, +0.00
  17 Loading 'hat2' ... done.
  18 Constructing a UPGMA tree ...
  19 \r    0 / 9
  20 done.
  21
  22 Progressive alignment ...
  23 \rSTEP     1 /8 c\rSTEP     2 /8 c\rSTEP     3 /8 c\rSTEP     4 /8 c\rSTEP     5 /8 c\rSTEP     6 /8 c\rSTEP     7 /8 c\rSTEP     8 /8 c
  24 done.
  25 freeing localhom
  26 tbfast (nuc) Version 6.713b alg=A, model=DNA200 (2),  1.530 ( 4.590), -0.000 (-0.000)
  27 blosum 62 / kimura 200
  28 poffset = 0
  29 niter = 16
  30 Loading 'hat3' ... done.
  31 generating 200PAM scoring matrix for nucleotides ... done
  32 done
  33 done
  34 scoremtx = -1
  35
  36 0 / 9\r
  37 Segment   1/  1    1-6269
  38 STEP 001-001-0  identical.\rSTEP 001-001-1  identical.\rSTEP 001-002-0  identical.\rSTEP 001-002-1  identical.\rSTEP 001-003-0  identical.\rSTEP 001-003-1  identical.\rSTEP 001-004-0  identical.\rSTEP 001-004-1  identical.\rSTEP 001-005-0  identical.\rSTEP 001-005-1  identical.\rSTEP 001-006-0  identical.\rSTEP 001-006-1  identical.\rSTEP 001-007-0  accepted.\rSTEP 001-007-1  accepted.\rSTEP 001-008-1  rejected.\rSTEP 002-008-1  rejected.\rSTEP 002-007-0  identical.\rSTEP 002-007-1  identical.\rSTEP 002-006-0  identical.\rSTEP 002-006-1  identical.\rSTEP 002-005-0  identical.\rSTEP 002-005-1  identical.\rSTEP 002-004-0  identical.\rSTEP 002-004-1  identical.\rSTEP 002-003-0  identical.\rSTEP 002-003-1  identical.\rSTEP 002-002-0  identical.\rSTEP 002-002-1  identical.\rSTEP 002-001-0  identical.\rSTEP 002-001-1  identical.\rSTEP 003-001-0  identical.\rSTEP 003-001-1  identical.\r
  39 Converged.
  40
  41 constraint = 2
  42 freeing localhom
  43 done
  44 dvtditr (nuc) Version 6.713b alg=A, model=DNA200 (2),  1.530 ( 4.590), -0.000 (-0.000)
  45 comment = G-INS-i
  46 generating 200PAM scoring matrix for nucleotides ... done
  47 done
  48 done
  49 scoremtx = -1
  50
  51
  52 Strategy:
  53  G-INS-i (Suitable for sequences of similar lengths, very slow)
  54  Iterative refinement method (<16) with GLOBAL pairwise alignment information
  55
  56 If unsure which option to use, try 'mafft --auto input > output'.
  57 If the possibility of long gaps can be excluded, add '--ep 0.123'.
  58 For more information, see 'mafft --help', 'mafft --man' and the mafft page.
  59