testsrc/testdata/jobs/@Mafft#4316382755541965/error.txt

   1 done.
   2 scoremtx = 1
   3 Gap Penalty = -1.53, +0.00, +0.00
   4
   5
   6
   7 Making a distance matrix ..
   8 \r    1 / 35\r   11 / 35\r   21 / 35\r   31 / 35
   9 done.
  10
  11 Constructing a UPGMA tree ...
  12 \r    0 / 35\r   10 / 35\r   20 / 35\r   30 / 35
  13 done.
  14
  15 Progressive alignment ...
  16 \rSTEP     1 / 34 f\rSTEP     2 / 34 f\rSTEP     3 / 34 f\rSTEP     4 / 34 f\rSTEP     5 / 34 f\rSTEP     6 / 34 f\rSTEP     7 / 34 f\rSTEP     8 / 34 d\rSTEP     9 / 34 d\rSTEP    10 / 34 f\rSTEP    11 / 34 d\rSTEP    12 / 34 f\rSTEP    13 / 34 d\rSTEP    14 / 34 d\rSTEP    15 / 34 d\rSTEP    16 / 34 d\rSTEP    17 / 34 d\rSTEP    18 / 34 d\rSTEP    19 / 34 f\rSTEP    20 / 34 d\rSTEP    21 / 34 d\rSTEP    22 / 34 d\rSTEP    23 / 34 d\rSTEP    24 / 34 d\rSTEP    25 / 34 f\rSTEP    26 / 34 d\rSTEP    27 / 34 d\rSTEP    28 / 34 d
  17 Reallocating..done. *alloclen = 2455
  18 \rSTEP    29 / 34 d\rSTEP    30 / 34 d\rSTEP    31 / 34 d\rSTEP    32 / 34 d\rSTEP    33 / 34 d\rSTEP    34 / 34 d
  19 done.
  20
  21 disttbfast (aa) Version 6.713b alg=A, model=BLOSUM62,  1.530, -0.000, -0.000
  22 blosum 62 / kimura 200
  23 done.
  24 scoremtx = 1
  25 Gap Penalty = -1.53, +0.00, +0.00
  26 Making a distance matrix ..
  27 \r    0 / 34\r   10 / 34\r   20 / 34\r   30 / 34
  28 done.
  29
  30 Constructing a UPGMA tree ...
  31 \r    0 / 35\r   10 / 35\r   20 / 35\r   30 / 35
  32 done.
  33
  34 Progressive alignment ...
  35 \rSTEP     1 /34 f\rSTEP     2 /34 f\rSTEP     3 /34 f\rSTEP     4 /34 f\rSTEP     5 /34 f\rSTEP     6 /34 f\rSTEP     7 /34 d\rSTEP     8 /34 f\rSTEP     9 /34 d\rSTEP    10 /34 f\rSTEP    11 /34 d\rSTEP    12 /34 d\rSTEP    13 /34 d\rSTEP    14 /34 f\rSTEP    15 /34 d\rSTEP    16 /34 f\rSTEP    17 /34 d\rSTEP    18 /34 d\rSTEP    19 /34 d\rSTEP    20 /34 d\rSTEP    21 /34 f\rSTEP    22 /34 d\rSTEP    23 /34 d\rSTEP    24 /34 d\rSTEP    25 /34 d\rSTEP    26 /34 d\rSTEP    27 /34 d\rSTEP    28 /34 d\rSTEP    29 /34 d\rSTEP    30 /34 d\rSTEP    31 /34 d\rSTEP    32 /34 d\rSTEP    33 /34 d\rSTEP    34 /34 d
  36 done.
  37 tbfast (aa) Version 6.713b alg=A, model=BLOSUM62,  1.530, -0.000, -0.000
  38 comment = FFT-NS-2
  39 done.
  40 scoremtx = 1
  41
  42
  43 Strategy:
  44  FFT-NS-2 (Fast but rough)
  45  Progressive method (guide trees were built 2 times.)
  46
  47 If unsure which option to use, try 'mafft --auto input > output'.
  48 If the possibility of long gaps can be excluded, add '--ep 0.123'.
  49 For more information, see 'mafft --help', 'mafft --man' and the mafft page.
  50