testsrc/testdata/ljobs/Mafft#7868649707286965/error.txt

   1 done.
   2 scoremtx = 1
   3 Gap Penalty = -1.53, +0.00, +0.00
   4
   5
   6
   7 Making a distance matrix ..
   8
   9     1 / 3
  10 done.
  11
  12 Constructing a UPGMA tree ...
  13
  14     0 / 3
  15 done.
  16
  17 Progressive alignment ...
  18
  19 STEP     1 / 2 f
  20 STEP     2 / 2 f
  21 done.
  22
  23 disttbfast (aa) Version 6.713b alg=A, model=BLOSUM62,  1.530, -0.000, -0.000
  24 blosum 62 / kimura 200
  25 done.
  26 scoremtx = 1
  27 Gap Penalty = -1.53, +0.00, +0.00
  28 Making a distance matrix ..
  29
  30     0 / 2
  31 done.
  32
  33 Constructing a UPGMA tree ...
  34
  35     0 / 3
  36 done.
  37
  38 Progressive alignment ...
  39
  40 STEP     1 /2 f
  41 STEP     2 /2 f
  42 done.
  43 tbfast (aa) Version 6.713b alg=A, model=BLOSUM62,  1.530, -0.000, -0.000
  44 comment = FFT-NS-2
  45 done.
  46 scoremtx = 1
  47
  48
  49 Strategy:
  50  FFT-NS-2 (Fast but rough)
  51  Progressive method (guide trees were built 2 times.)
  52
  53 If unsure which option to use, try 'mafft --auto input > output'.
  54 If the possibility of long gaps can be excluded, add '--ep 0.123'.
  55 For more information, see 'mafft --help', 'mafft --man' and the mafft page.
  56