testsrc/testdata/ljobs/Mafft#787458276818204/error.txt

   1 done.
   2 scoremtx = 1
   3 Gap Penalty = -1.53, +0.00, +0.00
   4
   5
   6
   7 Making a distance matrix ..
   8
   9     1 / 2
  10 done.
  11
  12 Constructing a UPGMA tree ...
  13
  14     0 / 2
  15 done.
  16
  17 Progressive alignment ...
  18
  19 STEP     1 / 1 f
  20 done.
  21
  22 disttbfast (aa) Version 6.713b alg=A, model=BLOSUM62,  1.530, -0.000, -0.000
  23 comment = FFT-NS-1
  24 done.
  25 scoremtx = 1
  26
  27
  28 Strategy:
  29  FFT-NS-1 (Very fast but very rough)
  30  Progressive method (rough guide tree was used.)
  31
  32 If unsure which option to use, try 'mafft --auto input > output'.
  33 If the possibility of long gaps can be excluded, add '--ep 0.123'.
  34 For more information, see 'mafft --help', 'mafft --man' and the mafft page.
  35