testsrc/testdata/ljobs/Mafft#7918237850044965/error.txt

   1 done.
   2 scoremtx = 1
   3 Gap Penalty = -1.53, +0.00, +0.00
   4
   5
   6
   7 Making a distance matrix ..
   8
   9     1 / 13
  10    11 / 13
  11 done.
  12
  13 Constructing a UPGMA tree ...
  14
  15     0 / 13
  16    10 / 13
  17 done.
  18
  19 Progressive alignment ...
  20
  21 STEP     1 / 12 f
  22 STEP     2 / 12 f
  23 STEP     3 / 12 d
  24 STEP     4 / 12 d
  25 STEP     5 / 12 f
  26 STEP     6 / 12 d
  27 STEP     7 / 12 d
  28 STEP     8 / 12 d
  29 STEP     9 / 12 d
  30 STEP    10 / 12 d
  31 STEP    11 / 12 d
  32 STEP    12 / 12 d
  33 done.
  34
  35 disttbfast (aa) Version 6.713b alg=A, model=BLOSUM62,  1.530, -0.000, -0.000
  36 blosum 62 / kimura 200
  37 done.
  38 scoremtx = 1
  39 Gap Penalty = -1.53, +0.00, +0.00
  40 Making a distance matrix ..
  41
  42     0 / 12
  43    10 / 12
  44 done.
  45
  46 Constructing a UPGMA tree ...
  47
  48     0 / 13
  49    10 / 13
  50 done.
  51
  52 Progressive alignment ...
  53
  54 STEP     1 /12 f
  55 STEP     2 /12 f
  56 STEP     3 /12 d
  57 STEP     4 /12 d
  58 STEP     5 /12 f
  59 STEP     6 /12 f
  60 STEP     7 /12 d
  61 STEP     8 /12 d
  62 STEP     9 /12 d
  63 STEP    10 /12 d
  64 STEP    11 /12 d
  65 STEP    12 /12 d
  66 done.
  67 tbfast (aa) Version 6.713b alg=A, model=BLOSUM62,  1.530, -0.000, -0.000
  68 comment = FFT-NS-2
  69 done.
  70 scoremtx = 1
  71
  72
  73 Strategy:
  74  FFT-NS-2 (Fast but rough)
  75  Progressive method (guide trees were built 2 times.)
  76
  77 If unsure which option to use, try 'mafft --auto input > output'.
  78 If the possibility of long gaps can be excluded, add '--ep 0.123'.
  79 For more information, see 'mafft --help', 'mafft --man' and the mafft page.
  80