testsrc/testdata/ljobs/Mafft#7952628756081965/error.txt

   1 done.
   2 scoremtx = 1
   3 Gap Penalty = -1.53, +0.00, +0.00
   4
   5
   6
   7 Making a distance matrix ..
   8
   9     1 / 11
  10    11 / 11
  11 done.
  12
  13 Constructing a UPGMA tree ...
  14
  15     0 / 11
  16 done.
  17
  18 Progressive alignment ...
  19
  20 STEP     1 / 10 f
  21 STEP     2 / 10 f
  22 STEP     3 / 10 f
  23 STEP     4 / 10 d
  24 STEP     5 / 10 f
  25 STEP     6 / 10 d
  26 STEP     7 / 10 d
  27 STEP     8 / 10 d
  28 STEP     9 / 10 d
  29 Reallocating..done. *alloclen = 1464
  30
  31 STEP    10 / 10 d
  32 done.
  33
  34 disttbfast (aa) Version 6.713b alg=A, model=BLOSUM62,  1.530, -0.000, -0.000
  35 blosum 62 / kimura 200
  36 done.
  37 scoremtx = 1
  38 Gap Penalty = -1.53, +0.00, +0.00
  39 Making a distance matrix ..
  40
  41     0 / 10
  42 done.
  43
  44 Constructing a UPGMA tree ...
  45
  46     0 / 11
  47 done.
  48
  49 Progressive alignment ...
  50
  51 STEP     1 /10 f
  52 STEP     2 /10 f
  53 STEP     3 /10 f
  54 STEP     4 /10 f
  55 STEP     5 /10 d
  56 STEP     6 /10 d
  57 STEP     7 /10 d
  58 STEP     8 /10 d
  59 STEP     9 /10 d
  60 STEP    10 /10 d
  61 done.
  62 tbfast (aa) Version 6.713b alg=A, model=BLOSUM62,  1.530, -0.000, -0.000
  63 comment = FFT-NS-2
  64 done.
  65 scoremtx = 1
  66
  67
  68 Strategy:
  69  FFT-NS-2 (Fast but rough)
  70  Progressive method (guide trees were built 2 times.)
  71
  72 If unsure which option to use, try 'mafft --auto input > output'.
  73 If the possibility of long gaps can be excluded, add '--ep 0.123'.
  74 For more information, see 'mafft --help', 'mafft --man' and the mafft page.
  75