unused/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)\r
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3\r
  10  * of the License, or (at your option) any later version.\r
  11  *  \r
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  16  * \r
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.\r
  20  */\r
  21 package jalview.appletgui;\r
  22 \r
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;\r
  24 import jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils;\r
  25 import jalview.analysis.AlignmentUtils;\r
  26 import jalview.analysis.Conservation;\r
  27 import jalview.bin.JalviewLite;\r
  28 import jalview.commands.ChangeCaseCommand;\r
  29 import jalview.commands.EditCommand;\r
  30 import jalview.commands.EditCommand.Action;\r
  31 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;\r
  32 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  33 import jalview.datamodel.DBRefEntry;\r
  34 import jalview.datamodel.PDBEntry;\r
  35 import jalview.datamodel.SequenceFeature;\r
  36 import jalview.datamodel.SequenceGroup;\r
  37 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  38 import jalview.io.AppletFormatAdapter;\r
  39 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;\r
  40 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;\r
  41 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;\r
  42 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;\r
  43 import jalview.schemes.HelixColourScheme;\r
  44 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;\r
  45 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;\r
  46 import jalview.schemes.PIDColourScheme;\r
  47 import jalview.schemes.ResidueProperties;\r
  48 import jalview.schemes.StrandColourScheme;\r
  49 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;\r
  50 import jalview.schemes.TurnColourScheme;\r
  51 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;\r
  52 import jalview.util.DBRefUtils;\r
  53 import jalview.util.MessageManager;\r
  54 import jalview.util.UrlLink;\r
  55 \r
  56 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;\r
  57 import javax.swing.JFrame;\r
  58 import javax.swing.JMenu;\r
  59 import javax.swing.JMenuItem;\r
  60 import java.awt.event.ActionEvent;\r
  61 import java.awt.event.ActionListener;\r
  62 import java.awt.event.ItemEvent;\r
  63 import java.awt.event.ItemListener;\r
  64 import java.util.Arrays;\r
  65 import java.util.Collections;\r
  66 import java.util.LinkedHashMap;\r
  67 import java.util.List;\r
  68 import java.util.Map;\r
  69 import java.util.TreeMap;\r
  70 import java.util.Vector;\r
  71 \r
  72 import javax.swing.JPopupMenu;\r
  73 \r
  74 public class APopupMenu extends JPopupMenu implements\r
  75         ActionListener, ItemListener\r
  76 {\r
  77   private static final String ALL_ANNOTATIONS = "All";\r
  78 \r
  79   JMenu groupMenu = new JMenu();\r
  80 \r
  81   JMenuItem editGroupName = new JMenuItem();\r
  82 \r
  83   protected JMenuItem clustalColour = new JMenuItem();\r
  84 \r
  85   protected JMenuItem zappoColour = new JMenuItem();\r
  86 \r
  87   protected JMenuItem taylorColour = new JMenuItem();\r
  88 \r
  89   protected JMenuItem hydrophobicityColour = new JMenuItem();\r
  90 \r
  91   protected JMenuItem helixColour = new JMenuItem();\r
  92 \r
  93   protected JMenuItem strandColour = new JMenuItem();\r
  94 \r
  95   protected JMenuItem turnColour = new JMenuItem();\r
  96 \r
  97   protected JMenuItem buriedColour = new JMenuItem();\r
  98 \r
  99   protected JCheckBoxMenuItem abovePIDColour = new JCheckBoxMenuItem();\r
 100 \r
 101   protected JMenuItem userDefinedColour = new JMenuItem();\r
 102 \r
 103   protected JMenuItem PIDColour = new JMenuItem();\r
 104 \r
 105   protected JMenuItem BLOSUM62Colour = new JMenuItem();\r
 106 \r
 107   JMenuItem noColourmenuItem = new JMenuItem();\r
 108 \r
 109   protected JCheckBoxMenuItem conservationMenuItem = new JCheckBoxMenuItem();\r
 110 \r
 111   final AlignmentPanel ap;\r
 112 \r
 113   JMenuItem unGroupMenuItem = new JMenuItem();\r
 114 \r
 115   JMenuItem createGroupMenuItem = new JMenuItem();\r
 116 \r
 117   JMenuItem nucleotideMenuItem = new JMenuItem();\r
 118 \r
 119   JMenu colourMenu = new JMenu();\r
 120 \r
 121   JCheckBoxMenuItem showBoxes = new JCheckBoxMenuItem();\r
 122 \r
 123   JCheckBoxMenuItem showText = new JCheckBoxMenuItem();\r
 124 \r
 125   JCheckBoxMenuItem showColourText = new JCheckBoxMenuItem();\r
 126 \r
 127   JCheckBoxMenuItem displayNonconserved = new JCheckBoxMenuItem();\r
 128 \r
 129   JMenu seqShowAnnotationsMenu = new JMenu(\r
 130           MessageManager.getString("label.show_annotations"));\r
 131 \r
 132   JMenu seqHideAnnotationsMenu = new JMenu(\r
 133           MessageManager.getString("label.hide_annotations"));\r
 134 \r
 135   JMenuItem seqAddReferenceAnnotations = new JMenuItem(\r
 136           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));\r
 137 \r
 138   JMenu groupShowAnnotationsMenu = new JMenu(\r
 139           MessageManager.getString("label.show_annotations"));\r
 140 \r
 141   JMenu groupHideAnnotationsMenu = new JMenu(\r
 142           MessageManager.getString("label.hide_annotations"));\r
 143 \r
 144   JMenuItem groupAddReferenceAnnotations = new JMenuItem(\r
 145           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));\r
 146 \r
 147   JMenu editMenu = new JMenu(MessageManager.getString("action.edit"));\r
 148 \r
 149   JMenuItem copy = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.copy"));\r
 150 \r
 151   JMenuItem cut = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.cut"));\r
 152 \r
 153   JMenuItem toUpper = new JMenuItem(\r
 154           MessageManager.getString("label.to_upper_case"));\r
 155 \r
 156   JMenuItem toLower = new JMenuItem(\r
 157           MessageManager.getString("label.to_lower_case"));\r
 158 \r
 159   JMenuItem toggleCase = new JMenuItem(\r
 160           MessageManager.getString("label.toggle_case"));\r
 161 \r
 162   JMenu outputmenu = new JMenu();\r
 163 \r
 164   JMenu seqMenu = new JMenu();\r
 165 \r
 166   JMenuItem pdb = new JMenuItem();\r
 167 \r
 168   JMenuItem hideSeqs = new JMenuItem();\r
 169 \r
 170   JMenuItem repGroup = new JMenuItem();\r
 171 \r
 172   JMenuItem sequenceName = new JMenuItem(\r
 173           MessageManager.getString("label.edit_name_description"));\r
 174 \r
 175   JMenuItem sequenceFeature = new JMenuItem(\r
 176           MessageManager.getString("label.create_sequence_feature"));\r
 177 \r
 178   JMenuItem editSequence = new JMenuItem(\r
 179           MessageManager.getString("label.edit_sequence"));\r
 180 \r
 181   JMenuItem sequenceDetails = new JMenuItem(\r
 182           MessageManager.getString("label.sequence_details") + "...");\r
 183 \r
 184   JMenuItem selSeqDetails = new JMenuItem(\r
 185           MessageManager.getString("label.sequence_details") + "...");\r
 186 \r
 187   JMenuItem makeReferenceSeq = new JMenuItem();\r
 188   \r
 189   SequenceI seq;\r
 190 \r
 191   JMenuItem revealAll = new JMenuItem();\r
 192 \r
 193   JMenuItem revealSeq = new JMenuItem();\r
 194 \r
 195   /**\r
 196    * index of sequence to be revealed\r
 197    */\r
 198   int revealSeq_index = -1;\r
 199 \r
 200   JMenu menu1 = new JMenu();\r
 201 \r
 202   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final SequenceI seq,\r
 203           Vector<String> links)\r
 204   {\r
 205     // /////////////////////////////////////////////////////////\r
 206     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to\r
 207     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu\r
 208     //\r
 209     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu\r
 210     // ////////////////////////////////////////////////////////\r
 211 \r
 212     this.ap = apanel;\r
 213     this.seq = seq;\r
 214 \r
 215     try\r
 216     {\r
 217       jbInit();\r
 218     } catch (Exception e)\r
 219     {\r
 220       e.printStackTrace();\r
 221     }\r
 222 \r
 223     for (int i = 0; i < AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)\r
 224     {\r
 225       JMenuItem item = new JMenuItem(\r
 226 AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);\r
 227 \r
 228       item.addActionListener(this);\r
 229       outputmenu.add(item);\r
 230     }\r
 231 \r
 232     buildAnnotationSubmenus();\r
 233 \r
 234     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 235     if (sg != null && sg.getSize() > 0)\r
 236     {\r
 237       editGroupName.setLabel(MessageManager.formatMessage(\r
 238               "label.name_param", new Object[]\r
 239               { sg.getName() }));\r
 240       showText.setState(sg.getDisplayText());\r
 241       showColourText.setState(sg.getColourText());\r
 242       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());\r
 243       displayNonconserved.setState(sg.getShowNonconserved());\r
 244       if (!ap.av.getAlignment().getGroups().contains(sg))\r
 245       {\r
 246         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_new_group"));\r
 247         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);\r
 248       }\r
 249       else\r
 250       {\r
 251         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_group"));\r
 252         groupMenu.remove(createGroupMenuItem);\r
 253       }\r
 254 \r
 255     }\r
 256     else\r
 257     {\r
 258       remove(hideSeqs);\r
 259       remove(groupMenu);\r
 260     }\r
 261 \r
 262     if (links != null && links.size() > 0)\r
 263     {\r
 264       JMenu linkMenu = new JMenu(MessageManager.getString("action.link"));\r
 265       for (int i = 0; i < links.size(); i++)\r
 266       {\r
 267         String link = links.elementAt(i);\r
 268         UrlLink urlLink = new UrlLink(link);\r
 269         if (!urlLink.isValid())\r
 270         {\r
 271           System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());\r
 272           continue;\r
 273         }\r
 274         final String target = urlLink.getTarget(); // link.substring(0,\r
 275         // link.indexOf("|"));\r
 276         final String label = urlLink.getLabel();\r
 277         if (seq != null && urlLink.isDynamic())\r
 278         {\r
 279 \r
 280           // collect matching db-refs\r
 281           DBRefEntry[] dbr = DBRefUtils.selectRefs(\r
 282                   seq.getDBRef(), new String[]\r
 283                   { target });\r
 284           // collect id string too\r
 285           String id = seq.getName();\r
 286           String descr = seq.getDescription();\r
 287           if (descr != null && descr.length() < 1)\r
 288           {\r
 289             descr = null;\r
 290           }\r
 291           if (dbr != null)\r
 292           {\r
 293             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)\r
 294             {\r
 295               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))\r
 296               {\r
 297                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID\r
 298                 // string with this link\r
 299                 id = null;\r
 300               }\r
 301               // create Bare ID link for this RUL\r
 302               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),\r
 303                       true);\r
 304               if (urls != null)\r
 305               {\r
 306                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)\r
 307                 {\r
 308                   addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u], urls[u + 1]);\r
 309                 }\r
 310               }\r
 311             }\r
 312           }\r
 313           if (id != null)\r
 314           {\r
 315             // create Bare ID link for this RUL\r
 316             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);\r
 317             if (urls != null)\r
 318             {\r
 319               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)\r
 320               {\r
 321                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);\r
 322               }\r
 323             }\r
 324             // addshowLink(linkMenu, target, url_pref + id + url_suff);\r
 325           }\r
 326           // Now construct URLs from description but only try to do it for regex\r
 327           // URL links\r
 328           if (descr != null && urlLink.getRegexReplace() != null)\r
 329           {\r
 330             // create link for this URL from description only if regex matches\r
 331             String[] urls = urlLink.makeUrls(descr, true);\r
 332             if (urls != null)\r
 333             {\r
 334               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)\r
 335               {\r
 336                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);\r
 337               }\r
 338             }\r
 339           }\r
 340         }\r
 341         else\r
 342         {\r
 343           addshowLink(linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix()); // link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));\r
 344         }\r
 345         /*\r
 346          * final String url;\r
 347          * \r
 348          * if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1) { // Substitute SEQUENCE_ID\r
 349          * string and any matching database reference accessions String url_pref\r
 350          * = link.substring(link.indexOf("|") + 1,\r
 351          * link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"));\r
 352          * \r
 353          * String url_suff = link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);\r
 354          * // collect matching db-refs DBRefEntry[] dbr =\r
 355          * DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new String[]{target}); //\r
 356          * collect id string too String id = seq.getName(); if (id.indexOf("|")\r
 357          * > -1) { id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1); } if (dbr!=null)\r
 358          * { for (int r=0;r<dbr.length; r++) { if\r
 359          * (dbr[r].getAccessionId().equals(id)) { // suppress duplicate link\r
 360          * creation for the bare sequence ID string with this link id = null; }\r
 361          * addshowLink(linkMenu, dbr[r].getSource()+"|"+dbr[r].getAccessionId(),\r
 362          * target, url_pref+dbr[r].getAccessionId()+url_suff); } } if (id!=null)\r
 363          * { // create Bare ID link for this RUL addshowLink(linkMenu, target,\r
 364          * url_pref + id + url_suff); } } else { addshowLink(linkMenu, target,\r
 365          * link.substring(link.lastIndexOf("|")+1)); }\r
 366          */\r
 367       }\r
 368       if (linkMenu.getItemCount() > 0)\r
 369       {\r
 370         if (seq != null)\r
 371         {\r
 372           seqMenu.add(linkMenu);\r
 373         }\r
 374         else\r
 375         {\r
 376           add(linkMenu);\r
 377         }\r
 378       }\r
 379     }\r
 380     // TODO: add group link menu entry here\r
 381     if (seq != null)\r
 382     {\r
 383       seqMenu.setLabel(seq.getName());\r
 384       if (seq == ap.av.getAlignment().getSeqrep())\r
 385       {\r
 386         makeReferenceSeq.setLabel(MessageManager\r
 387                 .getString("action.unmark_as_reference"));// Unmark\r
 388                                                           // representative");\r
 389       }\r
 390       else\r
 391       {\r
 392         makeReferenceSeq.setLabel(MessageManager\r
 393                 .getString("action.set_as_reference")); // );\r
 394       }\r
 395       repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage(\r
 396               "label.represent_group_with", new Object[]\r
 397               { seq.getName() }));\r
 398     }\r
 399     else\r
 400     {\r
 401       remove(seqMenu);\r
 402     }\r
 403 \r
 404     if (!ap.av.hasHiddenRows())\r
 405     {\r
 406       remove(revealAll);\r
 407       remove(revealSeq);\r
 408     }\r
 409     else\r
 410     {\r
 411       final int index = ap.av.getAlignment().findIndex(seq);\r
 412 \r
 413       if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)\r
 414               - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)\r
 415       {\r
 416         revealSeq_index = index;\r
 417       }\r
 418       else\r
 419       {\r
 420         remove(revealSeq);\r
 421       }\r
 422     }\r
 423   }\r
 424 \r
 425   /**\r
 426    * Build menus for annotation types that may be shown or hidden, and for\r
 427    * 'reference annotations' that may be added to the alignment.\r
 428    */\r
 429   private void buildAnnotationSubmenus()\r
 430   {\r
 431     /*\r
 432      * First for the currently selected sequence (if there is one):\r
 433      */\r
 434     final List<SequenceI> selectedSequence = (seq == null ? Collections\r
 435             .<SequenceI> emptyList() : Arrays.asList(seq));\r
 436     buildAnnotationTypesMenus(seqShowAnnotationsMenu,\r
 437             seqHideAnnotationsMenu, selectedSequence);\r
 438     configureReferenceAnnotationsMenu(seqAddReferenceAnnotations,\r
 439             selectedSequence);\r
 440 \r
 441     /*\r
 442      * and repeat for the current selection group (if there is one):\r
 443      */\r
 444     final List<SequenceI> selectedGroup = (ap.av.getSelectionGroup() == null ? Collections\r
 445             .<SequenceI> emptyList() : ap.av.getSelectionGroup()\r
 446             .getSequences());\r
 447     buildAnnotationTypesMenus(groupShowAnnotationsMenu,\r
 448             groupHideAnnotationsMenu, selectedGroup);\r
 449     configureReferenceAnnotationsMenu(groupAddReferenceAnnotations,\r
 450             selectedGroup);\r
 451   }\r
 452 \r
 453   /**\r
 454    * Determine whether or not to enable 'add reference annotations' menu item.\r
 455    * It is enable if there are any annotations, on any of the selected\r
 456    * sequences, which are not yet on the alignment (visible or not).\r
 457    * \r
 458    * @param menu\r
 459    * @param forSequences\r
 460    */\r
 461   private void configureReferenceAnnotationsMenu(JMenuItem menuItem,\r
 462           List<SequenceI> forSequences)\r
 463   {\r
 464     menuItem.setEnabled(false);\r
 465 \r
 466     /*\r
 467      * Temporary store to hold distinct calcId / type pairs for the tooltip.\r
 468      * Using TreeMap means calcIds are shown in alphabetical order.\r
 469      */\r
 470     Map<String, String> tipEntries = new TreeMap<String, String>();\r
 471     final Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates = new LinkedHashMap<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>>();\r
 472     AlignmentI al = this.ap.av.getAlignment();\r
 473     AlignmentUtils.findAddableReferenceAnnotations(forSequences,\r
 474             tipEntries, candidates, al);\r
 475     if (!candidates.isEmpty())\r
 476     {\r
 477       StringBuilder tooltip = new StringBuilder(64);\r
 478       tooltip.append(MessageManager.getString("label.add_annotations_for"));\r
 479 \r
 480       /*\r
 481        * Found annotations that could be added. Enable the menu item, and\r
 482        * configure its action.\r
 483        */\r
 484       menuItem.setEnabled(true);\r
 485 \r
 486       menuItem.addActionListener(new ActionListener()\r
 487       {\r
 488         @Override\r
 489         public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 490         {\r
 491           addReferenceAnnotations_actionPerformed(candidates);\r
 492         }\r
 493       });\r
 494     }\r
 495   }\r
 496 \r
 497   /**\r
 498    * Add annotations to the sequences and to the alignment.\r
 499    * \r
 500    * @param candidates\r
 501    *          a map whose keys are sequences on the alignment, and values a list\r
 502    *          of annotations to add to each sequence\r
 503    */\r
 504   protected void addReferenceAnnotations_actionPerformed(\r
 505           Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates)\r
 506   {\r
 507     final SequenceGroup selectionGroup = this.ap.av.getSelectionGroup();\r
 508     final AlignmentI alignment = this.ap.getAlignment();\r
 509     AlignmentUtils.addReferenceAnnotations(candidates, alignment,\r
 510             selectionGroup);\r
 511     refresh();\r
 512   }\r
 513 \r
 514   /**\r
 515    * add a show URL menu item to the given linkMenu\r
 516    * \r
 517    * @param linkMenu\r
 518    * @param target\r
 519    *          - menu label string\r
 520    * @param url\r
 521    *          - url to open\r
 522    */\r
 523   private void addshowLink(JMenu linkMenu, final String target,\r
 524           final String url)\r
 525   {\r
 526     addshowLink(linkMenu, target, target, url);\r
 527   }\r
 528 \r
 529   /**\r
 530    * add a show URL menu item to the given linkMenu\r
 531    * \r
 532    * @param linkMenu\r
 533    * @param target\r
 534    *          - URL target window\r
 535    * @param label\r
 536    *          - menu label string\r
 537    * @param url\r
 538    *          - url to open\r
 539    */\r
 540   private void addshowLink(JMenu linkMenu, final String target,\r
 541           final String label, final String url)\r
 542   {\r
 543     JMenuItem item = new JMenuItem(label);\r
 544     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 545     {\r
 546       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 547       {\r
 548         ap.alignFrame.showURL(url, target);\r
 549       }\r
 550     });\r
 551     linkMenu.add(item);\r
 552   }\r
 553 \r
 554   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 555   {\r
 556     if (evt.getSource() == abovePIDColour)\r
 557     {\r
 558       abovePIDColour_itemStateChanged();\r
 559     }\r
 560     else if (evt.getSource() == showColourText)\r
 561     {\r
 562       showColourText_itemStateChanged();\r
 563     }\r
 564     else if (evt.getSource() == showText)\r
 565     {\r
 566       showText_itemStateChanged();\r
 567     }\r
 568     else if (evt.getSource() == showBoxes)\r
 569     {\r
 570       showBoxes_itemStateChanged();\r
 571     }\r
 572     else if (evt.getSource() == displayNonconserved)\r
 573     {\r
 574       this.showNonconserved_itemStateChanged();\r
 575     }\r
 576   }\r
 577 \r
 578   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 579   {\r
 580     Object source = evt.getSource();\r
 581     if (source == clustalColour)\r
 582     {\r
 583       clustalColour_actionPerformed();\r
 584     }\r
 585     else if (source == zappoColour)\r
 586     {\r
 587       zappoColour_actionPerformed();\r
 588     }\r
 589     else if (source == taylorColour)\r
 590     {\r
 591       taylorColour_actionPerformed();\r
 592     }\r
 593     else if (source == hydrophobicityColour)\r
 594     {\r
 595       hydrophobicityColour_actionPerformed();\r
 596     }\r
 597     else if (source == helixColour)\r
 598     {\r
 599       helixColour_actionPerformed();\r
 600     }\r
 601     else if (source == strandColour)\r
 602     {\r
 603       strandColour_actionPerformed();\r
 604     }\r
 605     else if (source == turnColour)\r
 606     {\r
 607       turnColour_actionPerformed();\r
 608     }\r
 609     else if (source == buriedColour)\r
 610     {\r
 611       buriedColour_actionPerformed();\r
 612     }\r
 613     else if (source == nucleotideMenuItem)\r
 614     {\r
 615       nucleotideMenuItem_actionPerformed();\r
 616     }\r
 617 \r
 618     else if (source == userDefinedColour)\r
 619     {\r
 620       userDefinedColour_actionPerformed();\r
 621     }\r
 622     else if (source == PIDColour)\r
 623     {\r
 624       PIDColour_actionPerformed();\r
 625     }\r
 626     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
 627     {\r
 628       BLOSUM62Colour_actionPerformed();\r
 629     }\r
 630     else if (source == noColourmenuItem)\r
 631     {\r
 632       noColourmenuItem_actionPerformed();\r
 633     }\r
 634     else if (source == conservationMenuItem)\r
 635     {\r
 636       conservationMenuItem_itemStateChanged();\r
 637     }\r
 638     else if (source == unGroupMenuItem)\r
 639     {\r
 640       unGroupMenuItem_actionPerformed();\r
 641     }\r
 642 \r
 643     else if (source == createGroupMenuItem)\r
 644     {\r
 645       createGroupMenuItem_actionPerformed();\r
 646     }\r
 647 \r
 648     else if (source == sequenceName)\r
 649     {\r
 650       editName();\r
 651     }\r
 652     else if (source == makeReferenceSeq)\r
 653     {\r
 654       makeReferenceSeq_actionPerformed();\r
 655     }\r
 656     else if (source == sequenceDetails)\r
 657     {\r
 658       showSequenceDetails();\r
 659     }\r
 660     else if (source == selSeqDetails)\r
 661     {\r
 662       showSequenceSelectionDetails();\r
 663     }\r
 664     else if (source == pdb)\r
 665     {\r
 666       addPDB();\r
 667     }\r
 668     else if (source == hideSeqs)\r
 669     {\r
 670       hideSequences(false);\r
 671     }\r
 672     else if (source == repGroup)\r
 673     {\r
 674       hideSequences(true);\r
 675     }\r
 676     else if (source == revealSeq)\r
 677     {\r
 678       ap.av.showSequence(revealSeq_index);\r
 679     }\r
 680     else if (source == revealAll)\r
 681     {\r
 682       ap.av.showAllHiddenSeqs();\r
 683     }\r
 684 \r
 685     else if (source == editGroupName)\r
 686     {\r
 687       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),\r
 688               getGroup().getDescription(), "       Group Name",\r
 689               "Group Description", ap.alignFrame,\r
 690               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);\r
 691 \r
 692       if (dialog.accept)\r
 693       {\r
 694         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));\r
 695         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());\r
 696       }\r
 697 \r
 698     }\r
 699     else if (source == copy)\r
 700     {\r
 701       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();\r
 702     }\r
 703     else if (source == cut)\r
 704     {\r
 705       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();\r
 706     }\r
 707     else if (source == editSequence)\r
 708     {\r
 709       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 710 \r
 711       if (sg != null)\r
 712       {\r
 713         if (seq == null)\r
 714         {\r
 715           seq = sg.getSequenceAt(0);\r
 716         }\r
 717 \r
 718         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(\r
 719                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,\r
 720                 "Edit Sequence ", null,\r
 721 \r
 722                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);\r
 723 \r
 724         if (dialog.accept)\r
 725         {\r
 726           EditCommand editCommand = new EditCommand(MessageManager.getString("label.edit_sequences"),\r
 727                   Action.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',\r
 728                           ap.av.getGapCharacter()),\r
 729                   sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),\r
 730                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1,\r
 731                   ap.av.getAlignment());\r
 732 \r
 733           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);\r
 734 \r
 735           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()\r
 736                   .getSequences());\r
 737         }\r
 738       }\r
 739     }\r
 740     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)\r
 741     {\r
 742       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 743       if (sg != null)\r
 744       {\r
 745         List<int[]> startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(\r
 746                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);\r
 747 \r
 748         String description;\r
 749         int caseChange;\r
 750 \r
 751         if (source == toggleCase)\r
 752         {\r
 753           description = "Toggle Case";\r
 754           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;\r
 755         }\r
 756         else if (source == toUpper)\r
 757         {\r
 758           description = "To Upper Case";\r
 759           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;\r
 760         }\r
 761         else\r
 762         {\r
 763           description = "To Lower Case";\r
 764           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;\r
 765         }\r
 766 \r
 767         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,\r
 768                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),\r
 769                 startEnd, caseChange);\r
 770 \r
 771         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);\r
 772 \r
 773         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()\r
 774                 .getSequences());\r
 775 \r
 776       }\r
 777     }\r
 778     else if (source == sequenceFeature)\r
 779     {\r
 780       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 781       if (sg == null)\r
 782       {\r
 783         return;\r
 784       }\r
 785 \r
 786       int rsize = 0, gSize = sg.getSize();\r
 787       SequenceI[] rseqs, seqs = new SequenceI[gSize];\r
 788       SequenceFeature[] tfeatures, features = new SequenceFeature[gSize];\r
 789 \r
 790       for (int i = 0; i < gSize; i++)\r
 791       {\r
 792         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());\r
 793         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));\r
 794         if (start <= end)\r
 795         {\r
 796           seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i);\r
 797           features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start,\r
 798                   end, "Jalview");\r
 799           rsize++;\r
 800         }\r
 801       }\r
 802       rseqs = new SequenceI[rsize];\r
 803       tfeatures = new SequenceFeature[rsize];\r
 804       System.arraycopy(seqs, 0, rseqs, 0, rsize);\r
 805       System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);\r
 806       features = tfeatures;\r
 807       seqs = rseqs;\r
 808 \r
 809       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,\r
 810               features, true, ap))\r
 811       {\r
 812         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);\r
 813         ap.av.setShowSequenceFeatures(true);;\r
 814         ap.highlightSearchResults(null);\r
 815       }\r
 816     }\r
 817     else\r
 818     {\r
 819       outputText(evt);\r
 820     }\r
 821 \r
 822   }\r
 823 \r
 824   void outputText(ActionEvent e)\r
 825   {\r
 826     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);\r
 827 \r
 828     JFrame frame = new JFrame();\r
 829     frame.add(cap);\r
 830     JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(\r
 831             "label.selection_output_command", new Object[]\r
 832             { e.getActionCommand() }), 600, 500);\r
 833     // JBPNote: getSelectionAsNewSequence behaviour has changed - this method\r
 834     // now returns a full copy of sequence data\r
 835     // TODO consider using getSequenceSelection instead here\r
 836 \r
 837     cap.setText(new AppletFormatAdapter().formatSequences(\r
 838             e.getActionCommand(), ap.av.getShowJVSuffix(), ap, true));\r
 839 \r
 840   }\r
 841 \r
 842   protected void showSequenceSelectionDetails()\r
 843   {\r
 844     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());\r
 845   }\r
 846 \r
 847   protected void showSequenceDetails()\r
 848   {\r
 849     createSequenceDetailsReport(new SequenceI[]\r
 850     { seq });\r
 851   }\r
 852 \r
 853   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)\r
 854   {\r
 855 \r
 856     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);\r
 857 \r
 858     StringBuffer contents = new StringBuffer();\r
 859     for (SequenceI seq : sequences)\r
 860     {\r
 861       contents.append(MessageManager.formatMessage(\r
 862               "label.annotation_for_displayid", new Object[]\r
 863               { seq.getDisplayId(true) }));\r
 864       new SequenceAnnotationReport(null)\r
 865               .createSequenceAnnotationReport(\r
 866                       contents,\r
 867                       seq,\r
 868                       true,\r
 869                       true,\r
 870                       false,\r
 871                       (ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null) ? ap.seqPanel.seqCanvas.fr.getMinMax()\r
 872                               : null);\r
 873       contents.append("</p>");\r
 874     }\r
 875     JFrame frame = new JFrame();\r
 876     frame.add(cap);\r
 877     JalviewLite.addFrame(frame, "Sequence Details for "\r
 878             + (sequences.length == 1 ? sequences[0].getDisplayId(true)\r
 879                     : "Selection"), 600, 500);\r
 880     cap.setText(MessageManager.formatMessage("label.html_content",\r
 881             new Object[]\r
 882             { contents.toString() }));\r
 883   }\r
 884 \r
 885   void editName()\r
 886   {\r
 887     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(),\r
 888             seq.getDescription(), "       Sequence Name",\r
 889             "Sequence Description", ap.alignFrame,\r
 890             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);\r
 891 \r
 892     if (dialog.accept)\r
 893     {\r
 894       seq.setName(dialog.getName());\r
 895       seq.setDescription(dialog.getDescription());\r
 896       ap.paintAlignment(false);\r
 897     }\r
 898   }\r
 899 \r
 900   void addPDB()\r
 901   {\r
 902     if (seq.getPDBId() != null)\r
 903     {\r
 904       PDBEntry entry = seq.getPDBId().firstElement();\r
 905 \r
 906 //      if (ap.av.applet.jmolAvailable)\r
 907 //      {\r
 908         new AppletJmol(entry, new SequenceI[]\r
 909         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);\r
 910 //      }\r
 911 //      else\r
 912 //      {\r
 913 //        new MCview.AppletPDBViewer(entry, new SequenceI[]\r
 914 //        { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);\r
 915 //      }\r
 916 \r
 917     }\r
 918     else\r
 919     {\r
 920       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);\r
 921       cap.setText(MessageManager.getString("label.paste_pdb_file"));\r
 922       cap.setPDBImport(seq);\r
 923       JFrame frame = new JFrame();\r
 924       frame.add(cap);\r
 925       JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(\r
 926               "label.paste_pdb_file_for_sequence", new Object[]\r
 927               { seq.getName() }), 400, 300);\r
 928     }\r
 929   }\r
 930 \r
 931   private void jbInit() throws Exception\r
 932   {\r
 933     groupMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.selection"));\r
 934     sequenceFeature.addActionListener(this);\r
 935 \r
 936     editGroupName.addActionListener(this);\r
 937     unGroupMenuItem.setLabel(MessageManager\r
 938             .getString("action.remove_group"));\r
 939     unGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
 940 \r
 941     createGroupMenuItem.setLabel(MessageManager\r
 942             .getString("action.create_group"));\r
 943     createGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
 944 \r
 945     nucleotideMenuItem.setLabel(MessageManager\r
 946             .getString("label.nucleotide"));\r
 947     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);\r
 948     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
 949     abovePIDColour.addItemListener(this);\r
 950     colourMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.group_colour"));\r
 951     showBoxes.setLabel(MessageManager.getString("action.boxes"));\r
 952     showBoxes.setState(true);\r
 953     showBoxes.addItemListener(this);\r
 954     sequenceName.addActionListener(this);\r
 955     sequenceDetails.addActionListener(this);\r
 956     selSeqDetails.addActionListener(this);\r
 957     displayNonconserved.setLabel(MessageManager\r
 958             .getString("label.show_non_conversed"));\r
 959     displayNonconserved.setState(false);\r
 960     displayNonconserved.addItemListener(this);\r
 961     showText.setLabel(MessageManager.getString("action.text"));\r
 962     showText.addItemListener(this);\r
 963     showColourText.setLabel(MessageManager.getString("label.colour_text"));\r
 964     showColourText.addItemListener(this);\r
 965     outputmenu.setLabel(MessageManager.getString("label.out_to_textbox"));\r
 966     seqMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.sequence"));\r
 967     pdb.setLabel(MessageManager.getString("label.view_pdb_structure"));\r
 968     hideSeqs.setLabel(MessageManager.getString("action.hide_sequences"));\r
 969     repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage(\r
 970             "label.represent_group_with", new Object[]\r
 971             { "" }));\r
 972     revealAll.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_all"));\r
 973     revealSeq.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_sequences"));\r
 974     menu1.setLabel(MessageManager.getString("label.group") + ":");\r
 975     add(groupMenu);\r
 976     this.add(seqMenu);\r
 977     this.add(hideSeqs);\r
 978     this.add(revealSeq);\r
 979     this.add(revealAll);\r
 980     // groupMenu.add(selSeqDetails);\r
 981     groupMenu.add(groupShowAnnotationsMenu);\r
 982     groupMenu.add(groupHideAnnotationsMenu);\r
 983     groupMenu.add(groupAddReferenceAnnotations);\r
 984     groupMenu.add(editMenu);\r
 985     groupMenu.add(outputmenu);\r
 986     groupMenu.add(sequenceFeature);\r
 987     groupMenu.add(createGroupMenuItem);\r
 988     groupMenu.add(unGroupMenuItem);\r
 989     groupMenu.add(menu1);\r
 990 \r
 991     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
 992     colourMenu.add(clustalColour);\r
 993     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
 994     colourMenu.add(PIDColour);\r
 995     colourMenu.add(zappoColour);\r
 996     colourMenu.add(taylorColour);\r
 997     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
 998     colourMenu.add(helixColour);\r
 999     colourMenu.add(strandColour);\r
1000     colourMenu.add(turnColour);\r
1001     colourMenu.add(buriedColour);\r
1002     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);\r
1003     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
1004     colourMenu.addSeparator();\r
1005     colourMenu.add(abovePIDColour);\r
1006     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
1007 \r
1008     noColourmenuItem.setLabel(MessageManager.getString("label.none"));\r
1009     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
1010 \r
1011     clustalColour.setLabel(MessageManager.getString("label.clustalx_colours"));\r
1012     clustalColour.addActionListener(this);\r
1013     zappoColour.setLabel(MessageManager.getString("label.zappo"));\r
1014     zappoColour.addActionListener(this);\r
1015     taylorColour.setLabel(MessageManager.getString("label.taylor"));\r
1016     taylorColour.addActionListener(this);\r
1017     hydrophobicityColour.setLabel(MessageManager.getString("label.hydrophobicity"));\r
1018     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
1019     helixColour.setLabel(MessageManager.getString("label.helix_propensity"));\r
1020     helixColour.addActionListener(this);\r
1021     strandColour.setLabel(MessageManager.getString("label.strand_propensity"));\r
1022     strandColour.addActionListener(this);\r
1023     turnColour.setLabel(MessageManager.getString("label.turn_propensity"));\r
1024     turnColour.addActionListener(this);\r
1025     buriedColour.setLabel(MessageManager.getString("label.buried_index"));\r
1026     buriedColour.addActionListener(this);\r
1027     abovePIDColour.setLabel(MessageManager.getString("label.above_identity_percentage"));\r
1028 \r
1029     userDefinedColour.setLabel(MessageManager.getString("action.user_defined"));\r
1030     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
1031     PIDColour.setLabel(MessageManager.getString("action.percentage_identity"));\r
1032     PIDColour.addActionListener(this);\r
1033     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");\r
1034     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
1035     conservationMenuItem.setLabel(MessageManager.getString("label.conservation"));\r
1036 \r
1037     editMenu.add(copy);\r
1038     copy.addActionListener(this);\r
1039     editMenu.add(cut);\r
1040     cut.addActionListener(this);\r
1041 \r
1042     editMenu.add(editSequence);\r
1043     editSequence.addActionListener(this);\r
1044 \r
1045     editMenu.add(toUpper);\r
1046     toUpper.addActionListener(this);\r
1047     editMenu.add(toLower);\r
1048     toLower.addActionListener(this);\r
1049     editMenu.add(toggleCase);\r
1050     seqMenu.add(seqShowAnnotationsMenu);\r
1051     seqMenu.add(seqHideAnnotationsMenu);\r
1052     seqMenu.add(seqAddReferenceAnnotations);\r
1053     seqMenu.add(sequenceName);\r
1054     seqMenu.add(makeReferenceSeq);\r
1055     // seqMenu.add(sequenceDetails);\r
1056 \r
1057     if (!ap.av.applet.useXtrnalSviewer)\r
1058     {\r
1059       seqMenu.add(pdb);\r
1060     }\r
1061     seqMenu.add(repGroup);\r
1062     menu1.add(editGroupName);\r
1063     menu1.add(colourMenu);\r
1064     menu1.add(showBoxes);\r
1065     menu1.add(showText);\r
1066     menu1.add(showColourText);\r
1067     menu1.add(displayNonconserved);\r
1068     toggleCase.addActionListener(this);\r
1069     pdb.addActionListener(this);\r
1070     hideSeqs.addActionListener(this);\r
1071     repGroup.addActionListener(this);\r
1072     revealAll.addActionListener(this);\r
1073     revealSeq.addActionListener(this);\r
1074     makeReferenceSeq.addActionListener(this);\r
1075   }\r
1076 \r
1077   void refresh()\r
1078   {\r
1079     ap.paintAlignment(true);\r
1080   }\r
1081 \r
1082   protected void clustalColour_actionPerformed()\r
1083   {\r
1084     SequenceGroup sg = getGroup();\r
1085     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg, ap.av.getHiddenRepSequences());\r
1086     refresh();\r
1087   }\r
1088 \r
1089   protected void zappoColour_actionPerformed()\r
1090   {\r
1091     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();\r
1092     refresh();\r
1093   }\r
1094 \r
1095   protected void taylorColour_actionPerformed()\r
1096   {\r
1097     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();\r
1098     refresh();\r
1099   }\r
1100 \r
1101   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()\r
1102   {\r
1103     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();\r
1104     refresh();\r
1105   }\r
1106 \r
1107   protected void helixColour_actionPerformed()\r
1108   {\r
1109     getGroup().cs = new HelixColourScheme();\r
1110     refresh();\r
1111   }\r
1112 \r
1113   protected void strandColour_actionPerformed()\r
1114   {\r
1115     getGroup().cs = new StrandColourScheme();\r
1116     refresh();\r
1117   }\r
1118 \r
1119   protected void turnColour_actionPerformed()\r
1120   {\r
1121     getGroup().cs = new TurnColourScheme();\r
1122     refresh();\r
1123   }\r
1124 \r
1125   protected void buriedColour_actionPerformed()\r
1126   {\r
1127     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();\r
1128     refresh();\r
1129   }\r
1130 \r
1131   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()\r
1132   {\r
1133     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();\r
1134     refresh();\r
1135   }\r
1136 \r
1137   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()\r
1138   {\r
1139     SequenceGroup sg = getGroup();\r
1140     if (sg.cs == null)\r
1141     {\r
1142       return;\r
1143     }\r
1144 \r
1145     if (abovePIDColour.getState())\r
1146     {\r
1147       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av\r
1148               .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));\r
1149       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()\r
1150               .getName());\r
1151 \r
1152       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());\r
1153 \r
1154       SliderPanel.showPIDSlider();\r
1155 \r
1156     }\r
1157     else\r
1158     // remove PIDColouring\r
1159     {\r
1160       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());\r
1161     }\r
1162 \r
1163     refresh();\r
1164 \r
1165   }\r
1166 \r
1167   protected void userDefinedColour_actionPerformed()\r
1168   {\r
1169     new UserDefinedColours(ap, getGroup());\r
1170   }\r
1171 \r
1172   protected void PIDColour_actionPerformed()\r
1173   {\r
1174     SequenceGroup sg = getGroup();\r
1175     sg.cs = new PIDColourScheme();\r
1176     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av\r
1177             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));\r
1178     refresh();\r
1179   }\r
1180 \r
1181   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()\r
1182   {\r
1183     SequenceGroup sg = getGroup();\r
1184 \r
1185     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();\r
1186 \r
1187     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av\r
1188             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));\r
1189 \r
1190     refresh();\r
1191   }\r
1192 \r
1193   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()\r
1194   {\r
1195     getGroup().cs = null;\r
1196     refresh();\r
1197   }\r
1198 \r
1199   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()\r
1200   {\r
1201     SequenceGroup sg = getGroup();\r
1202     if (sg.cs == null)\r
1203     {\r
1204       return;\r
1205     }\r
1206 \r
1207     if (conservationMenuItem.getState())\r
1208     {\r
1209 \r
1210       sg.cs.setConservation(Conservation.calculateConservation("Group",\r
1211               ResidueProperties.propHash, 3, sg.getSequences(ap.av\r
1212                       .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment()\r
1213                       .getWidth(), false, ap.av.getConsPercGaps(), false));\r
1214       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());\r
1215       SliderPanel.showConservationSlider();\r
1216     }\r
1217     else\r
1218     // remove ConservationColouring\r
1219     {\r
1220       sg.cs.setConservation(null);\r
1221     }\r
1222 \r
1223     refresh();\r
1224   }\r
1225 \r
1226   SequenceGroup getGroup()\r
1227   {\r
1228     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
1229 \r
1230     // this method won't add a new group if it already exists\r
1231     if (sg != null)\r
1232     {\r
1233       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);\r
1234     }\r
1235 \r
1236     return sg;\r
1237   }\r
1238 \r
1239   void unGroupMenuItem_actionPerformed()\r
1240   {\r
1241     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
1242     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);\r
1243     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
1244     ap.paintAlignment(true);\r
1245   }\r
1246 \r
1247   void createGroupMenuItem_actionPerformed()\r
1248   {\r
1249     getGroup(); // implicitly create group\r
1250     refresh();\r
1251   }\r
1252 \r
1253   public void showColourText_itemStateChanged()\r
1254   {\r
1255     getGroup().setColourText(showColourText.getState());\r
1256     refresh();\r
1257   }\r
1258 \r
1259   public void showText_itemStateChanged()\r
1260   {\r
1261     getGroup().setDisplayText(showText.getState());\r
1262     refresh();\r
1263   }\r
1264   public void makeReferenceSeq_actionPerformed()\r
1265   {\r
1266     if (!ap.av.getAlignment().hasSeqrep())\r
1267     {\r
1268       // initialise the display flags so the user sees something happen\r
1269       ap.av.setDisplayReferenceSeq(true);\r
1270       ap.av.setColourByReferenceSeq(true);\r
1271       ap.av.getAlignment().setSeqrep(seq);\r
1272     }\r
1273     else\r
1274     {\r
1275       if (ap.av.getAlignment().getSeqrep() == seq)\r
1276       {\r
1277         ap.av.getAlignment().setSeqrep(null);\r
1278       }\r
1279       else\r
1280       {\r
1281         ap.av.getAlignment().setSeqrep(seq);\r
1282       }\r
1283     }\r
1284     refresh();\r
1285   }\r
1286 \r
1287   public void showNonconserved_itemStateChanged()\r
1288   {\r
1289     getGroup().setShowNonconserved(this.displayNonconserved.getState());\r
1290     refresh();\r
1291   }\r
1292 \r
1293   public void showBoxes_itemStateChanged()\r
1294   {\r
1295     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());\r
1296     refresh();\r
1297   }\r
1298 \r
1299   void hideSequences(boolean representGroup)\r
1300   {\r
1301     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
1302     if (sg == null || sg.getSize() < 1)\r
1303     {\r
1304       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]\r
1305       { seq });\r
1306       return;\r
1307     }\r
1308 \r
1309     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
1310 \r
1311     if (representGroup)\r
1312     {\r
1313       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);\r
1314 \r
1315       return;\r
1316     }\r
1317 \r
1318     int gsize = sg.getSize();\r
1319     SequenceI[] hseqs;\r
1320 \r
1321     hseqs = new SequenceI[gsize];\r
1322 \r
1323     int index = 0;\r
1324     for (int i = 0; i < gsize; i++)\r
1325     {\r
1326       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);\r
1327     }\r
1328 \r
1329     ap.av.hideSequence(hseqs);\r
1330     ap.av.sendSelection();\r
1331   }\r
1332 \r
1333   /**\r
1334    * Add annotation types to 'Show annotations' and/or 'Hide annotations' menus.\r
1335    * "All" is added first, followed by a separator. Then add any annotation\r
1336    * types associated with the current selection. Separate menus are built for\r
1337    * the selected sequence group (if any), and the selected sequence.\r
1338    * <p>\r
1339    * Some annotation rows are always rendered together - these can be identified\r
1340    * by a common graphGroup property > -1. Only one of each group will be marked\r
1341    * as visible (to avoid duplication of the display). For such groups we add a\r
1342    * composite type name, e.g.\r
1343    * <p>\r
1344    * IUPredWS (Long), IUPredWS (Short)\r
1345    * \r
1346    * @param seq\r
1347    */\r
1348   protected void buildAnnotationTypesMenus(JMenu showMenu, JMenu hideMenu,\r
1349           List<SequenceI> forSequences)\r
1350   {\r
1351     showMenu.removeAll();\r
1352     hideMenu.removeAll();\r
1353   \r
1354     final List<String> all = Arrays.asList(ALL_ANNOTATIONS);\r
1355     addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, "", all, true, true);\r
1356     addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, "", all, true,\r
1357             false);\r
1358     showMenu.addSeparator();\r
1359     hideMenu.addSeparator();\r
1360   \r
1361     final AlignmentAnnotation[] annotations = ap.getAlignment()\r
1362             .getAlignmentAnnotation();\r
1363   \r
1364     /*\r
1365      * Find shown/hidden annotations types, distinguished by source (calcId),\r
1366      * and grouped by graphGroup. Using LinkedHashMap means we will retrieve in\r
1367      * the insertion order, which is the order of the annotations on the\r
1368      * alignment.\r
1369      */\r
1370     Map<String, List<List<String>>> shownTypes = new LinkedHashMap<String, List<List<String>>>();\r
1371     Map<String, List<List<String>>> hiddenTypes = new LinkedHashMap<String, List<List<String>>>();\r
1372     AlignmentAnnotationUtils.getShownHiddenTypes(shownTypes,\r
1373             hiddenTypes,\r
1374             AlignmentAnnotationUtils.asList(annotations),\r
1375             forSequences);\r
1376   \r
1377     for (String calcId : hiddenTypes.keySet())\r
1378     {\r
1379       for (List<String> type : hiddenTypes.get(calcId))\r
1380       {\r
1381         addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences,\r
1382                 calcId, type, false, true);\r
1383       }\r
1384     }\r
1385     // grey out 'show annotations' if none are hidden\r
1386     showMenu.setEnabled(!hiddenTypes.isEmpty());\r
1387   \r
1388     for (String calcId : shownTypes.keySet())\r
1389     {\r
1390       for (List<String> type : shownTypes.get(calcId))\r
1391       {\r
1392         addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences,\r
1393                 calcId, type, false, false);\r
1394       }\r
1395     }\r
1396     // grey out 'hide annotations' if none are shown\r
1397     hideMenu.setEnabled(!shownTypes.isEmpty());\r
1398   }\r
1399 \r
1400   /**\r
1401    * Add one annotation type to the 'Show Annotations' or 'Hide Annotations'\r
1402    * menus.\r
1403    * \r
1404    * @param showOrHideMenu\r
1405    *          the menu to add to\r
1406    * @param forSequences\r
1407    *          the sequences whose annotations may be shown or hidden\r
1408    * @param calcId\r
1409    * @param types\r
1410    *          the label to add\r
1411    * @param allTypes\r
1412    *          if true this is a special label meaning 'All'\r
1413    * @param actionIsShow\r
1414    *          if true, the select menu item action is to show the annotation\r
1415    *          type, else hide\r
1416    */\r
1417   protected void addAnnotationTypeToShowHide(JMenu showOrHideMenu,\r
1418           final List<SequenceI> forSequences, String calcId,\r
1419           final List<String> types, final boolean allTypes,\r
1420           final boolean actionIsShow)\r
1421   {\r
1422     String label = types.toString(); // [a, b, c]\r
1423     label = label.substring(1, label.length() - 1);\r
1424     final JMenuItem item = new JMenuItem(label);\r
1425     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
1426     {\r
1427       @Override\r
1428       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
1429       {\r
1430         AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(ap.getAlignment(), types,\r
1431                 forSequences, allTypes, actionIsShow);\r
1432         refresh();\r
1433       }\r
1434     });\r
1435     showOrHideMenu.add(item);\r
1436   }\r
1437 \r
1438 }\r