unused/appletgui/AlignFrame.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)\r
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3\r
  10  * of the License, or (at your option) any later version.\r
  11  *  \r
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  16  * \r
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.\r
  20  */\r
  21 package jalview.appletgui;\r
  22 \r
  23 import jalview.analysis.AlignmentSorter;\r
  24 import jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder;\r
  25 import jalview.api.AlignViewControllerGuiI;\r
  26 import jalview.api.AlignViewControllerI;\r
  27 import jalview.api.AlignViewportI;\r
  28 import jalview.api.FeatureRenderer;\r
  29 import jalview.api.FeatureSettingsControllerI;\r
  30 import jalview.api.SequenceStructureBinding;\r
  31 import jalview.bin.JalviewLite;\r
  32 import jalview.commands.CommandI;\r
  33 import jalview.commands.EditCommand;\r
  34 import jalview.commands.EditCommand.Action;\r
  35 import jalview.commands.OrderCommand;\r
  36 import jalview.commands.RemoveGapColCommand;\r
  37 import jalview.commands.RemoveGapsCommand;\r
  38 import jalview.commands.SlideSequencesCommand;\r
  39 import jalview.commands.TrimRegionCommand;\r
  40 import jalview.controller.AlignViewController;\r
  41 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  42 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;\r
  43 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  44 import jalview.datamodel.AlignmentOrder;\r
  45 import jalview.datamodel.ColumnSelection;\r
  46 import jalview.datamodel.PDBEntry;\r
  47 import jalview.datamodel.Sequence;\r
  48 import jalview.datamodel.SequenceGroup;\r
  49 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  50 \r
  51 import jalview.io.AlignFile;\r
  52 import jalview.io.AlignmentProperties;\r
  53 import jalview.io.AnnotationFile;\r
  54 import jalview.io.AppletFormatAdapter;\r
  55 import jalview.io.FeaturesFile;\r
  56 import jalview.io.NewickFile;\r
  57 import jalview.jsdev.GenericFileAdapter;\r
  58 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;\r
  59 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;\r
  60 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;\r
  61 import jalview.schemes.ColourSchemeI;\r
  62 import jalview.schemes.HelixColourScheme;\r
  63 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;\r
  64 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;\r
  65 import jalview.schemes.PIDColourScheme;\r
  66 import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;\r
  67 import jalview.schemes.RNAHelicesColourChooser;\r
  68 import jalview.schemes.RNAInteractionColourScheme;\r
  69 import jalview.schemes.StrandColourScheme;\r
  70 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;\r
  71 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;\r
  72 import jalview.schemes.TurnColourScheme;\r
  73 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;\r
  74 import jalview.structure.StructureSelectionManager;\r
  75 import jalview.structures.models.AAStructureBindingModel;\r
  76 import jalview.util.Comparison;\r
  77 import jalview.util.MappingUtils;\r
  78 import jalview.util.MessageManager;\r
  79 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;\r
  80 \r
  81 import java.awt.BorderLayout;\r
  82 import java.awt.Color;\r
  83 import java.awt.Font;\r
  84 import java.awt.FontMetrics;\r
  85 import java.awt.Graphics;\r
  86 import java.awt.event.ActionEvent;\r
  87 import java.awt.event.ActionListener;\r
  88 import java.awt.event.FocusEvent;\r
  89 import java.awt.event.FocusListener;\r
  90 import java.awt.event.ItemEvent;\r
  91 import java.awt.event.ItemListener;\r
  92 import java.awt.event.KeyEvent;\r
  93 import java.awt.event.KeyListener;\r
  94 import java.awt.event.WindowAdapter;\r
  95 import java.awt.event.WindowEvent;\r
  96 import java.io.IOException;\r
  97 import java.net.URL;\r
  98 import java.net.URLEncoder;\r
  99 import java.util.Arrays;\r
 100 import java.util.Deque;\r
 101 import java.util.HashMap;\r
 102 import java.util.Hashtable;\r
 103 import java.util.List;\r
 104 import java.util.Map;\r
 105 import java.util.StringTokenizer;\r
 106 import java.util.Vector;\r
 107 \r
 108 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;\r
 109 import javax.swing.JFrame;\r
 110 import javax.swing.JLabel;\r
 111 import javax.swing.JMenu;\r
 112 import javax.swing.JMenuBar;\r
 113 import javax.swing.JMenuItem;\r
 114 import javax.swing.JPanel;\r
 115 \r
 116 import org.jmol.viewer.Viewer;\r
 117 \r
 118 public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,\r
 119         ItemListener, KeyListener, AlignViewControllerGuiI\r
 120 {\r
 121   public AlignViewControllerI avc;\r
 122 \r
 123   public AlignmentPanel alignPanel;\r
 124 \r
 125   public AlignViewport viewport;\r
 126 \r
 127   // width and height may be overridden by applet parameters\r
 128   int frameWidth = 700;\r
 129 \r
 130   int frameHeight = 500;\r
 131 \r
 132   String jalviewServletURL;\r
 133 \r
 134   /*\r
 135    * Flag for showing autocalculated consensus above or below other consensus\r
 136    * rows\r
 137    */\r
 138   private boolean showAutoCalculatedAbove;\r
 139 \r
 140   private SequenceAnnotationOrder annotationSortOrder;\r
 141 \r
 142   /**\r
 143    * Constructor that creates the frame and adds it to the display.\r
 144    * \r
 145    * @param al\r
 146    * @param applet\r
 147    * @param title\r
 148    * @param embedded\r
 149    */\r
 150   public AlignFrame(AlignmentI al, JalviewLite applet,\r
 151           String title, boolean embedded)\r
 152   {\r
 153     this(al, applet, title, embedded, true);\r
 154   }\r
 155 \r
 156   /**\r
 157    * Constructor that optionally allows the frame to be displayed or only\r
 158    * created.\r
 159    * \r
 160    * @param al\r
 161    * @param applet\r
 162    * @param title\r
 163    * @param embedded\r
 164    * @param addToDisplay\r
 165    */\r
 166   public AlignFrame(AlignmentI al, JalviewLite applet,\r
 167           String title, boolean embedded, boolean addToDisplay)\r
 168   {\r
 169     this(al, null, null, applet, title, embedded, addToDisplay);\r
 170   }\r
 171 \r
 172   public AlignFrame(AlignmentI al, SequenceI[] hiddenSeqs,\r
 173           ColumnSelection columnSelection, JalviewLite applet,\r
 174           String title, boolean embedded)\r
 175   {\r
 176     this(al, hiddenSeqs, columnSelection, applet, title, embedded, true);\r
 177   }\r
 178 \r
 179   public AlignFrame(AlignmentI al, SequenceI[] hiddenSeqs,\r
 180           ColumnSelection columnSelection, JalviewLite applet,\r
 181           String title, boolean embedded, boolean addToDisplay)\r
 182   {\r
 183     if (applet != null)\r
 184     {\r
 185       jalviewServletURL = applet.getParameter("APPLICATION_URL");\r
 186     }\r
 187 \r
 188     try\r
 189     {\r
 190       jbInit();\r
 191     } catch (Exception ex)\r
 192     {\r
 193       ex.printStackTrace();\r
 194     }\r
 195     // need to get window geometry before we calculate alignment layout\r
 196     if (applet != null)\r
 197     {\r
 198       String param;\r
 199       try\r
 200       {\r
 201         param = applet.getParameter("windowWidth");\r
 202         if (param != null)\r
 203         {\r
 204           int width = Integer.parseInt(param);\r
 205           frameWidth = width;\r
 206         }\r
 207         param = applet.getParameter("windowHeight");\r
 208         if (param != null)\r
 209         {\r
 210           int height = Integer.parseInt(param);\r
 211           frameHeight = height;\r
 212         }\r
 213       } catch (Exception ex)\r
 214       {\r
 215       }\r
 216     }\r
 217     viewport = new AlignViewport(al, applet);\r
 218 \r
 219     if (hiddenSeqs != null && hiddenSeqs.length > 0)\r
 220     {\r
 221       viewport.hideSequence(hiddenSeqs);\r
 222     }\r
 223     if (columnSelection != null)\r
 224     {\r
 225       viewport.setColumnSelection(columnSelection);\r
 226     }\r
 227 \r
 228     alignPanel = new AlignmentPanel(this, viewport);\r
 229     avc = new AlignViewController(this, viewport,\r
 230             alignPanel);\r
 231     viewport.updateConservation(alignPanel);\r
 232     viewport.updateConsensus(alignPanel);\r
 233 \r
 234     displayNonconservedMenuItem.setState(viewport.getShowUnconserved());\r
 235     followMouseOverFlag.setState(viewport.isFollowHighlight());\r
 236     showGroupConsensus.setState(viewport.isShowGroupConsensus());\r
 237     showGroupConservation.setState(viewport.isShowGroupConservation());\r
 238     showConsensusHistogram.setState(viewport.isShowConsensusHistogram());\r
 239     showSequenceLogo.setState(viewport.isShowSequenceLogo());\r
 240     normSequenceLogo.setState(viewport.isNormaliseSequenceLogo());\r
 241     applyToAllGroups.setState(viewport.getColourAppliesToAllGroups());\r
 242     annotationPanelMenuItem.setState(viewport.isShowAnnotation());\r
 243     showAlignmentAnnotations.setState(viewport.isShowAnnotation());\r
 244     showSequenceAnnotations.setState(viewport.isShowAnnotation());\r
 245 \r
 246     seqLimits.setState(viewport.getShowJVSuffix());\r
 247 \r
 248     if (applet != null)\r
 249     {\r
 250       String param = applet.getParameter("sortBy");\r
 251       if (param != null)\r
 252       {\r
 253         if (param.equalsIgnoreCase("Id"))\r
 254         {\r
 255           sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
 256         }\r
 257         else if (param.equalsIgnoreCase("Pairwise Identity"))\r
 258         {\r
 259           sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
 260         }\r
 261         else if (param.equalsIgnoreCase("Length"))\r
 262         {\r
 263           sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
 264         }\r
 265       }\r
 266 \r
 267       param = applet.getParameter("wrap");\r
 268       if (param != null)\r
 269       {\r
 270         if (param.equalsIgnoreCase("true"))\r
 271         {\r
 272           wrapMenuItem.setState(true);\r
 273           wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 274         }\r
 275       }\r
 276       param = applet.getParameter("centrecolumnlabels");\r
 277       if (param != null)\r
 278       {\r
 279         centreColumnLabelFlag.setState(true);\r
 280         centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 281       }\r
 282 \r
 283     }\r
 284     if (viewport.getAlignment().isNucleotide())\r
 285     {\r
 286       viewport.updateStrucConsensus(alignPanel);\r
 287       if (viewport.getAlignment().hasRNAStructure())\r
 288       {\r
 289         RNAHelixColour.setEnabled(true);\r
 290       }\r
 291       else\r
 292       {\r
 293         RNAHelixColour.setEnabled(false);\r
 294       }\r
 295     }\r
 296     else\r
 297     {\r
 298       RNAHelixColour.setEnabled(false);\r
 299       purinePyrimidineColour.setEnabled(false);\r
 300     }\r
 301     // Some JVMS send keyevents to Top frame or lowest panel,\r
 302     // Havent worked out why yet. So add to both this frame and seqCanvas for\r
 303     // now\r
 304     this.addKeyListener(this);\r
 305     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.addKeyListener(this);\r
 306     alignPanel.idPanel.idCanvas.addKeyListener(this);\r
 307     alignPanel.scalePanel.addKeyListener(this);\r
 308     alignPanel.annotationPanel.addKeyListener(this);\r
 309     alignPanel.annotationPanelHolder.addKeyListener(this);\r
 310     alignPanel.annotationSpaceFillerHolder.addKeyListener(this);\r
 311     alignPanel.alabels.addKeyListener(this);\r
 312 \r
 313     if (addToDisplay)\r
 314     {\r
 315       addToDisplay(embedded);\r
 316     }\r
 317   }\r
 318 \r
 319   /**\r
 320    * @param embedded\r
 321    */\r
 322   public void addToDisplay(boolean embedded)\r
 323   {\r
 324     createAlignFrameWindow(embedded);\r
 325     validate();\r
 326     alignPanel.adjustAnnotationHeight();\r
 327     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 328   }\r
 329 \r
 330   public AlignViewport getAlignViewport()\r
 331   {\r
 332     return viewport;\r
 333   }\r
 334 \r
 335   public SeqCanvas getSeqcanvas()\r
 336   {\r
 337     return alignPanel.seqPanel.seqCanvas;\r
 338   }\r
 339 \r
 340   /**\r
 341    * Load a features file onto the alignment\r
 342    * \r
 343    * @param file\r
 344    *          file URL, content, or other resolvable path\r
 345    * @param type\r
 346    *          is protocol for accessing data referred to by file\r
 347    */\r
 348 \r
 349   public boolean parseFeaturesFile(String file, String type)\r
 350   {\r
 351     return parseFeaturesFile(file, type, true);\r
 352   }\r
 353 \r
 354   /**\r
 355    * Load a features file onto the alignment\r
 356    * \r
 357    * @param file\r
 358    *          file URL, content, or other resolvable path\r
 359    * @param type\r
 360    *          is protocol for accessing data referred to by file\r
 361    * @param autoenabledisplay\r
 362    *          when true, display features flag will be automatically enabled if\r
 363    *          features are loaded\r
 364    * @return true if data parsed as a features file\r
 365    */\r
 366   public boolean parseFeaturesFile(String file, String type,\r
 367           boolean autoenabledisplay)\r
 368   {\r
 369     // TODO: test if importing a features file onto an alignment which already\r
 370     // has features with links overwrites the original links.\r
 371 \r
 372     Hashtable featureLinks = new Hashtable();\r
 373     boolean featuresFile = false;\r
 374     try\r
 375     {\r
 376       featuresFile = new FeaturesFile(file, type)\r
 377               .parse(viewport.getAlignment(), alignPanel.seqPanel.seqCanvas\r
 378                       .getFeatureRenderer().getFeatureColours(), featureLinks,\r
 379                       true, viewport.applet.getDefaultParameter(\r
 380                               "relaxedidmatch", false));\r
 381     } catch (Exception ex)\r
 382     {\r
 383       ex.printStackTrace();\r
 384     }\r
 385 \r
 386     if (featuresFile)\r
 387     {\r
 388       if (featureLinks.size() > 0)\r
 389       {\r
 390         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureLinks = featureLinks;\r
 391       }\r
 392       if (autoenabledisplay)\r
 393       {\r
 394         viewport.setShowSequenceFeatures(true);\r
 395         sequenceFeatures.setState(true);\r
 396       }\r
 397       if (alignPanel.seqPanel.seqCanvas.fr != null)\r
 398       {\r
 399         // update the min/max ranges where necessary\r
 400         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.fr.findAllFeatures(true);\r
 401       }\r
 402       if (viewport.featureSettings != null)\r
 403       {\r
 404         viewport.featureSettings.refreshTable();\r
 405       }\r
 406       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 407       statusBar.setText(MessageManager\r
 408               .getString("label.successfully_added_features_alignment"));\r
 409     }\r
 410     return featuresFile;\r
 411   }\r
 412 \r
 413   @Override\r
 414   public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 415   {\r
 416     if (viewport.cursorMode\r
 417             && ((evt.getKeyCode() >= KeyEvent.VK_0 && evt.getKeyCode() <= KeyEvent.VK_9) || (evt\r
 418                     .getKeyCode() >= KeyEvent.VK_NUMPAD0 && evt\r
 419                     .getKeyCode() <= KeyEvent.VK_NUMPAD9))\r
 420             && Character.isDigit(evt.getKeyChar()))\r
 421     {\r
 422       alignPanel.seqPanel.numberPressed(evt.getKeyChar());\r
 423     }\r
 424 \r
 425     switch (evt.getKeyCode())\r
 426     {\r
 427     case 27: // escape key\r
 428       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 429 \r
 430       alignPanel.alabels.cancelDrag();\r
 431       break;\r
 432     case KeyEvent.VK_X:\r
 433       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 434       {\r
 435         cut_actionPerformed();\r
 436       }\r
 437       break;\r
 438     case KeyEvent.VK_C:\r
 439       if (viewport.cursorMode && !evt.isControlDown())\r
 440       {\r
 441         alignPanel.seqPanel.setCursorColumn();\r
 442       }\r
 443       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 444       {\r
 445         copy_actionPerformed();\r
 446       }\r
 447       break;\r
 448     case KeyEvent.VK_V:\r
 449       if (evt.isControlDown())\r
 450       {\r
 451         paste(evt.isShiftDown());\r
 452       }\r
 453       break;\r
 454     case KeyEvent.VK_A:\r
 455       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 456       {\r
 457         selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 458       }\r
 459       break;\r
 460     case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 461       if (viewport.cursorMode)\r
 462       {\r
 463         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, 1);\r
 464       }\r
 465       else\r
 466       {\r
 467         moveSelectedSequences(false);\r
 468       }\r
 469       break;\r
 470 \r
 471     case KeyEvent.VK_UP:\r
 472       if (viewport.cursorMode)\r
 473       {\r
 474         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, -1);\r
 475       }\r
 476       else\r
 477       {\r
 478         moveSelectedSequences(true);\r
 479       }\r
 480       break;\r
 481 \r
 482     case KeyEvent.VK_LEFT:\r
 483       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 484       {\r
 485         slideSequences(false, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 486       }\r
 487       else\r
 488       {\r
 489         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-1, 0);\r
 490       }\r
 491       break;\r
 492 \r
 493     case KeyEvent.VK_RIGHT:\r
 494       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 495       {\r
 496         slideSequences(true, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 497       }\r
 498       else\r
 499       {\r
 500         alignPanel.seqPanel.moveCursor(1, 0);\r
 501       }\r
 502       break;\r
 503 \r
 504     case KeyEvent.VK_SPACE:\r
 505       if (viewport.cursorMode)\r
 506       {\r
 507         alignPanel.seqPanel.insertGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 508                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 509       }\r
 510       break;\r
 511 \r
 512     case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 513     case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 514       if (viewport.cursorMode)\r
 515       {\r
 516         alignPanel.seqPanel.deleteGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 517                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 518       }\r
 519       else\r
 520       {\r
 521         cut_actionPerformed();\r
 522         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 523       }\r
 524       break;\r
 525 \r
 526     case KeyEvent.VK_S:\r
 527       if (viewport.cursorMode)\r
 528       {\r
 529         alignPanel.seqPanel.setCursorRow();\r
 530       }\r
 531       break;\r
 532     case KeyEvent.VK_P:\r
 533       if (viewport.cursorMode)\r
 534       {\r
 535         alignPanel.seqPanel.setCursorPosition();\r
 536       }\r
 537       break;\r
 538 \r
 539     case KeyEvent.VK_ENTER:\r
 540     case KeyEvent.VK_COMMA:\r
 541       if (viewport.cursorMode)\r
 542       {\r
 543         alignPanel.seqPanel.setCursorRowAndColumn();\r
 544       }\r
 545       break;\r
 546 \r
 547     case KeyEvent.VK_Q:\r
 548       if (viewport.cursorMode)\r
 549       {\r
 550         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(true);\r
 551       }\r
 552       break;\r
 553     case KeyEvent.VK_M:\r
 554       if (viewport.cursorMode)\r
 555       {\r
 556         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(false);\r
 557       }\r
 558       break;\r
 559 \r
 560     case KeyEvent.VK_F2:\r
 561       viewport.cursorMode = !viewport.cursorMode;\r
 562       statusBar.setText(MessageManager.formatMessage(\r
 563               "label.keyboard_editing_mode", new String[]\r
 564               { (viewport.cursorMode ? "on" : "off") }));\r
 565       if (viewport.cursorMode)\r
 566       {\r
 567         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorX = viewport.startRes;\r
 568         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY = viewport.startSeq;\r
 569       }\r
 570       break;\r
 571 \r
 572     case KeyEvent.VK_F:\r
 573       if (evt.isControlDown())\r
 574       {\r
 575         findMenuItem_actionPerformed();\r
 576       }\r
 577       break;\r
 578 \r
 579     case KeyEvent.VK_H:\r
 580     {\r
 581       boolean toggleSeqs = !evt.isControlDown();\r
 582       boolean toggleCols = !evt.isShiftDown();\r
 583       toggleHiddenRegions(toggleSeqs, toggleCols);\r
 584       break;\r
 585     }\r
 586 \r
 587     case KeyEvent.VK_PAGE_UP:\r
 588       if (viewport.getWrapAlignment())\r
 589       {\r
 590         alignPanel.scrollUp(true);\r
 591       }\r
 592       else\r
 593       {\r
 594         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 595                 - viewport.endSeq + viewport.startSeq);\r
 596       }\r
 597       break;\r
 598 \r
 599     case KeyEvent.VK_PAGE_DOWN:\r
 600       if (viewport.getWrapAlignment())\r
 601       {\r
 602         alignPanel.scrollUp(false);\r
 603       }\r
 604       else\r
 605       {\r
 606         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 607                 + viewport.endSeq - viewport.startSeq);\r
 608       }\r
 609       break;\r
 610 \r
 611     case KeyEvent.VK_Z:\r
 612       if (evt.isControlDown())\r
 613       {\r
 614         undoMenuItem_actionPerformed();\r
 615       }\r
 616       break;\r
 617 \r
 618     case KeyEvent.VK_Y:\r
 619       if (evt.isControlDown())\r
 620       {\r
 621         redoMenuItem_actionPerformed();\r
 622       }\r
 623       break;\r
 624 \r
 625     case KeyEvent.VK_L:\r
 626       if (evt.isControlDown())\r
 627       {\r
 628         trimAlignment(true);\r
 629       }\r
 630       break;\r
 631 \r
 632     case KeyEvent.VK_R:\r
 633       if (evt.isControlDown())\r
 634       {\r
 635         trimAlignment(false);\r
 636       }\r
 637       break;\r
 638 \r
 639     case KeyEvent.VK_E:\r
 640       if (evt.isControlDown())\r
 641       {\r
 642         if (evt.isShiftDown())\r
 643         {\r
 644           this.removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 645         }\r
 646         else\r
 647         {\r
 648           removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 649         }\r
 650       }\r
 651       break;\r
 652     case KeyEvent.VK_I:\r
 653       if (evt.isControlDown())\r
 654       {\r
 655         if (evt.isAltDown())\r
 656         {\r
 657           invertColSel_actionPerformed();\r
 658         }\r
 659         else\r
 660         {\r
 661           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 662         }\r
 663       }\r
 664       break;\r
 665 \r
 666     case KeyEvent.VK_G:\r
 667       if (evt.isControlDown())\r
 668       {\r
 669         if (evt.isShiftDown())\r
 670         {\r
 671           this.unGroup_actionPerformed();\r
 672         }\r
 673         else\r
 674         {\r
 675           this.createGroup_actionPerformed();\r
 676         }\r
 677       }\r
 678       break;\r
 679 \r
 680     case KeyEvent.VK_U:\r
 681       if (evt.isControlDown())\r
 682       {\r
 683         this.deleteGroups_actionPerformed();\r
 684       }\r
 685       break;\r
 686 \r
 687     case KeyEvent.VK_T:\r
 688       if (evt.isControlDown())\r
 689       {\r
 690         newView(null);\r
 691       }\r
 692       break;\r
 693 \r
 694     }\r
 695     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 696   }\r
 697 \r
 698   /**\r
 699    * called by key handler and the hide all/show all menu items\r
 700    * \r
 701    * @param toggleSeqs\r
 702    * @param toggleCols\r
 703    */\r
 704   private void toggleHiddenRegions(boolean toggleSeqs, boolean toggleCols)\r
 705   {\r
 706     boolean hide = false;\r
 707     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 708     if (!toggleSeqs && !toggleCols)\r
 709     {\r
 710       // Hide everything by the current selection - this is a hack - we do the\r
 711       // invert and then hide\r
 712       // first check that there will be visible columns after the invert.\r
 713       if ((viewport.getColumnSelection() != null\r
 714               && viewport.getColumnSelection().getSelected() != null && viewport\r
 715               .getColumnSelection().getSelected().size() > 0)\r
 716               || (sg != null && sg.getSize() > 0 && sg.getStartRes() <= sg\r
 717                       .getEndRes()))\r
 718       {\r
 719         // now invert the sequence set, if required - empty selection implies\r
 720         // that no hiding is required.\r
 721         if (sg != null)\r
 722         {\r
 723           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 724           sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 725           toggleSeqs = true;\r
 726 \r
 727         }\r
 728         viewport.expandColSelection(sg, true);\r
 729         // finally invert the column selection and get the new sequence\r
 730         // selection and indicate it should be hidden.\r
 731         invertColSel_actionPerformed();\r
 732         toggleCols = true;\r
 733       }\r
 734     }\r
 735 \r
 736     if (toggleSeqs)\r
 737     {\r
 738       if (sg != null && sg.getSize() != viewport.getAlignment().getHeight())\r
 739       {\r
 740         hide = true;\r
 741         viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 742       }\r
 743       else if (!(toggleCols && viewport.getColumnSelection().getSelected()\r
 744               .size() > 0))\r
 745       {\r
 746         viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 747       }\r
 748     }\r
 749 \r
 750     if (toggleCols)\r
 751     {\r
 752       if (viewport.getColumnSelection().getSelected().size() > 0)\r
 753       {\r
 754         viewport.hideSelectedColumns();\r
 755         if (!toggleSeqs)\r
 756         {\r
 757           viewport.setSelectionGroup(sg);\r
 758         }\r
 759       }\r
 760       else if (!hide)\r
 761       {\r
 762         viewport.showAllHiddenColumns();\r
 763       }\r
 764     }\r
 765   }\r
 766 \r
 767   @Override\r
 768   public void keyReleased(KeyEvent evt)\r
 769   {\r
 770   }\r
 771 \r
 772   @Override\r
 773   public void keyTyped(KeyEvent evt)\r
 774   {\r
 775   }\r
 776 \r
 777   @Override\r
 778   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 779   {\r
 780     final Object source = evt.getSource();\r
 781     if (source == displayNonconservedMenuItem)\r
 782     {\r
 783       displayNonconservedMenuItem_actionPerformed();\r
 784     }\r
 785     else if (source == colourTextMenuItem)\r
 786     {\r
 787       colourTextMenuItem_actionPerformed();\r
 788     }\r
 789     else if (source == wrapMenuItem)\r
 790     {\r
 791       wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 792     }\r
 793     else if (source == scaleAbove)\r
 794     {\r
 795       viewport.setScaleAboveWrapped(scaleAbove.getState());\r
 796     }\r
 797     else if (source == scaleLeft)\r
 798     {\r
 799       viewport.setScaleLeftWrapped(scaleLeft.getState());\r
 800     }\r
 801     else if (source == scaleRight)\r
 802     {\r
 803       viewport.setScaleRightWrapped(scaleRight.getState());\r
 804     }\r
 805     else if (source == seqLimits)\r
 806     {\r
 807       seqLimits_itemStateChanged();\r
 808     }\r
 809     else if (source == viewBoxesMenuItem)\r
 810     {\r
 811       viewport.setShowBoxes(viewBoxesMenuItem.getState());\r
 812     }\r
 813     else if (source == viewTextMenuItem)\r
 814     {\r
 815       viewport.setShowText(viewTextMenuItem.getState());\r
 816     }\r
 817     else if (source == renderGapsMenuItem)\r
 818     {\r
 819       viewport.setRenderGaps(renderGapsMenuItem.getState());\r
 820     }\r
 821     else if (source == annotationPanelMenuItem)\r
 822     {\r
 823       viewport.setShowAnnotation(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 824       alignPanel.setAnnotationVisible(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 825     }\r
 826     else if (source == sequenceFeatures)\r
 827     {\r
 828       viewport.setShowSequenceFeatures(sequenceFeatures.getState());\r
 829       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 830     }\r
 831     else if (source == showAlignmentAnnotations)\r
 832     {\r
 833       setAnnotationsVisibility();\r
 834     }\r
 835     else if (source == showSequenceAnnotations)\r
 836     {\r
 837       setAnnotationsVisibility();\r
 838     }\r
 839     else if (source == sortAnnBySequence)\r
 840     {\r
 841       boolean newState = sortAnnBySequence.getState();\r
 842       sortAnnByLabel.setState(false);\r
 843       setAnnotationSortOrder(newState ? SequenceAnnotationOrder.SEQUENCE_AND_LABEL\r
 844               : SequenceAnnotationOrder.NONE);\r
 845       setViewportAnnotationOrder();\r
 846     }\r
 847     else if (source == sortAnnByLabel)\r
 848     {\r
 849       boolean newState = sortAnnByLabel.getState();\r
 850       sortAnnBySequence.setState(false);\r
 851       setAnnotationSortOrder(newState ? SequenceAnnotationOrder.LABEL_AND_SEQUENCE\r
 852               : SequenceAnnotationOrder.NONE);\r
 853       setViewportAnnotationOrder();\r
 854     }\r
 855     else if (source == showAutoFirst)\r
 856     {\r
 857       showAutoLast.setState(!showAutoFirst.getState());\r
 858       setShowAutoCalculatedAbove(showAutoFirst.getState());\r
 859       setViewportAnnotationOrder();\r
 860     }\r
 861     else if (source == showAutoLast)\r
 862     {\r
 863       showAutoFirst.setState(!showAutoLast.getState());\r
 864       setShowAutoCalculatedAbove(showAutoFirst.getState());\r
 865       setViewportAnnotationOrder();\r
 866     }\r
 867     else if (source == conservationMenuItem)\r
 868     {\r
 869       conservationMenuItem_actionPerformed();\r
 870     }\r
 871     else if (source == abovePIDThreshold)\r
 872     {\r
 873       abovePIDThreshold_actionPerformed();\r
 874     }\r
 875     else if (source == applyToAllGroups)\r
 876     {\r
 877       viewport.setColourAppliesToAllGroups(applyToAllGroups.getState());\r
 878     }\r
 879     else if (source == autoCalculate)\r
 880     {\r
 881       viewport.autoCalculateConsensus = autoCalculate.getState();\r
 882     }\r
 883     else if (source == sortByTree)\r
 884     {\r
 885       viewport.sortByTree = sortByTree.getState();\r
 886     }\r
 887     else if (source == this.centreColumnLabelFlag)\r
 888     {\r
 889       centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 890     }\r
 891     else if (source == this.followMouseOverFlag)\r
 892     {\r
 893       mouseOverFlag_stateChanged();\r
 894     }\r
 895     else if (source == showGroupConsensus)\r
 896     {\r
 897       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
 898     }\r
 899     else if (source == showGroupConservation)\r
 900     {\r
 901       showGroupConservation_actionPerformed();\r
 902     }\r
 903     else if (source == showSequenceLogo)\r
 904     {\r
 905       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
 906     }\r
 907     else if (source == normSequenceLogo)\r
 908     {\r
 909       normSequenceLogo_actionPerformed();\r
 910     }\r
 911     else if (source == showConsensusHistogram)\r
 912     {\r
 913       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
 914     }\r
 915     else if (source == applyAutoAnnotationSettings)\r
 916     {\r
 917       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
 918     }\r
 919     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 920   }\r
 921 \r
 922   /**\r
 923    * Set the visibility state of sequence-related and/or alignment-related\r
 924    * annotations depending on checkbox selections. Repaint after calling.\r
 925    * \r
 926    * @param visible\r
 927    */\r
 928   private void setAnnotationsVisibility()\r
 929   {\r
 930     boolean showForAlignment = showAlignmentAnnotations.getState();\r
 931     boolean showForSequences = showSequenceAnnotations.getState();\r
 932     for (AlignmentAnnotation aa : alignPanel.getAlignment()\r
 933             .getAlignmentAnnotation())\r
 934     {\r
 935       boolean visible = (aa.sequenceRef == null ? showForAlignment\r
 936               : showForSequences);\r
 937         aa.visible = visible;\r
 938     }\r
 939     alignPanel.validateAnnotationDimensions(true);\r
 940     validate();\r
 941     repaint();\r
 942   }\r
 943 \r
 944   private void setAnnotationSortOrder(SequenceAnnotationOrder order)\r
 945   {\r
 946     this.annotationSortOrder = order;\r
 947   }\r
 948 \r
 949   /**\r
 950    * Set flags on the viewport that control annotation ordering\r
 951    */\r
 952   private void setViewportAnnotationOrder()\r
 953   {\r
 954     this.alignPanel.av.setSortAnnotationsBy(this.annotationSortOrder);\r
 955     this.alignPanel.av\r
 956             .setShowAutocalculatedAbove(this.showAutoCalculatedAbove);\r
 957   }\r
 958 \r
 959   private void setShowAutoCalculatedAbove(boolean showAbove)\r
 960   {\r
 961     this.showAutoCalculatedAbove = showAbove;\r
 962   }\r
 963 \r
 964   private void mouseOverFlag_stateChanged()\r
 965   {\r
 966     viewport.setFollowHighlight(followMouseOverFlag.getState());\r
 967     // TODO: could kick the scrollTo mechanism to reset view for current\r
 968     // searchresults.\r
 969   }\r
 970 \r
 971   private void centreColumnLabelFlag_stateChanged()\r
 972   {\r
 973     viewport.centreColumnLabels = centreColumnLabelFlag.getState();\r
 974     this.alignPanel.annotationPanel.repaint();\r
 975   }\r
 976 \r
 977   @Override\r
 978   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 979   {\r
 980     Object source = evt.getSource();\r
 981 \r
 982     if (source == inputText)\r
 983     {\r
 984       inputText_actionPerformed();\r
 985     }\r
 986     else if (source == loadTree)\r
 987     {\r
 988       loadTree_actionPerformed();\r
 989     }\r
 990     else if (source == loadApplication)\r
 991     {\r
 992       launchFullApplication();\r
 993     }\r
 994     else if (source == loadAnnotations)\r
 995     {\r
 996       loadAnnotations();\r
 997     }\r
 998     else if (source == outputAnnotations)\r
 999     {\r
1000       outputAnnotations(true);\r
1001     }\r
1002     else if (source == outputFeatures)\r
1003     {\r
1004       outputFeatures(true, "Jalview");\r
1005     }\r
1006     else if (source == closeMenuItem)\r
1007     {\r
1008       closeMenuItem_actionPerformed();\r
1009     }\r
1010     else if (source == copy)\r
1011     {\r
1012       copy_actionPerformed();\r
1013     }\r
1014     else if (source == undoMenuItem)\r
1015     {\r
1016       undoMenuItem_actionPerformed();\r
1017     }\r
1018     else if (source == redoMenuItem)\r
1019     {\r
1020       redoMenuItem_actionPerformed();\r
1021     }\r
1022     else if (source == inputText)\r
1023     {\r
1024       inputText_actionPerformed();\r
1025     }\r
1026     else if (source == closeMenuItem)\r
1027     {\r
1028       closeMenuItem_actionPerformed();\r
1029     }\r
1030     else if (source == undoMenuItem)\r
1031     {\r
1032       undoMenuItem_actionPerformed();\r
1033     }\r
1034     else if (source == redoMenuItem)\r
1035     {\r
1036       redoMenuItem_actionPerformed();\r
1037     }\r
1038     else if (source == copy)\r
1039     {\r
1040       copy_actionPerformed();\r
1041     }\r
1042     else if (source == pasteNew)\r
1043     {\r
1044       pasteNew_actionPerformed();\r
1045     }\r
1046     else if (source == pasteThis)\r
1047     {\r
1048       pasteThis_actionPerformed();\r
1049     }\r
1050     else if (source == cut)\r
1051     {\r
1052       cut_actionPerformed();\r
1053     }\r
1054     else if (source == delete)\r
1055     {\r
1056       delete_actionPerformed();\r
1057     }\r
1058     else if (source == grpsFromSelection)\r
1059     {\r
1060       makeGrpsFromSelection_actionPerformed();\r
1061     }\r
1062     else if (source == deleteGroups)\r
1063     {\r
1064       deleteGroups_actionPerformed();\r
1065     }\r
1066     else if (source == selectAllSequenceMenuItem)\r
1067     {\r
1068       selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
1069     }\r
1070     else if (source == deselectAllSequenceMenuItem)\r
1071     {\r
1072       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
1073     }\r
1074     else if (source == invertSequenceMenuItem)\r
1075     {\r
1076       invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
1077     }\r
1078     else if (source == invertColSel)\r
1079     {\r
1080       viewport.invertColumnSelection();\r
1081       alignPanel.paintAlignment(true);\r
1082     }\r
1083     else if (source == remove2LeftMenuItem)\r
1084     {\r
1085       trimAlignment(true);\r
1086     }\r
1087     else if (source == remove2RightMenuItem)\r
1088     {\r
1089       trimAlignment(false);\r
1090     }\r
1091     else if (source == removeGappedColumnMenuItem)\r
1092     {\r
1093       removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
1094     }\r
1095     else if (source == removeAllGapsMenuItem)\r
1096     {\r
1097       removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
1098     }\r
1099     else if (source == findMenuItem)\r
1100     {\r
1101       findMenuItem_actionPerformed();\r
1102     }\r
1103     else if (source == font)\r
1104     {\r
1105       new FontChooser(alignPanel);\r
1106     }\r
1107     else if (source == newView)\r
1108     {\r
1109       newView(null);\r
1110     }\r
1111     else if (source == showColumns)\r
1112     {\r
1113       viewport.showAllHiddenColumns();\r
1114       alignPanel.paintAlignment(true);\r
1115     }\r
1116     else if (source == showSeqs)\r
1117     {\r
1118       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
1119       alignPanel.paintAlignment(true);\r
1120     }\r
1121     else if (source == hideColumns)\r
1122     {\r
1123       viewport.hideSelectedColumns();\r
1124       alignPanel.paintAlignment(true);\r
1125     }\r
1126     else if (source == hideSequences\r
1127             && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1128     {\r
1129       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
1130       alignPanel.paintAlignment(true);\r
1131     }\r
1132     else if (source == hideAllButSelection)\r
1133     {\r
1134       toggleHiddenRegions(false, false);\r
1135       alignPanel.paintAlignment(true);\r
1136     }\r
1137     else if (source == hideAllSelection)\r
1138     {\r
1139       SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1140       viewport.expandColSelection(sg, false);\r
1141       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
1142       viewport.hideSelectedColumns();\r
1143       alignPanel.paintAlignment(true);\r
1144     }\r
1145     else if (source == showAllHidden)\r
1146     {\r
1147       viewport.showAllHiddenColumns();\r
1148       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
1149       alignPanel.paintAlignment(true);\r
1150     }\r
1151     else if (source == showGroupConsensus)\r
1152     {\r
1153       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
1154     }\r
1155     else if (source == showGroupConservation)\r
1156     {\r
1157       showGroupConservation_actionPerformed();\r
1158     }\r
1159     else if (source == showSequenceLogo)\r
1160     {\r
1161       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
1162     }\r
1163     else if (source == normSequenceLogo)\r
1164     {\r
1165       normSequenceLogo_actionPerformed();\r
1166     }\r
1167     else if (source == showConsensusHistogram)\r
1168     {\r
1169       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
1170     }\r
1171     else if (source == applyAutoAnnotationSettings)\r
1172     {\r
1173       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
1174     }\r
1175     else if (source == featureSettings)\r
1176     {\r
1177       new FeatureSettings(alignPanel);\r
1178     }\r
1179     else if (source == alProperties)\r
1180     {\r
1181       StringBuffer contents = new AlignmentProperties(\r
1182               viewport.getAlignment()).formatAsString();\r
1183       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
1184       cap.setText(contents.toString());\r
1185       JFrame frame = new JFrame();\r
1186       frame.add(cap);\r
1187       JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(\r
1188               "label.alignment_properties", new String[]\r
1189               { getTitle() }), 400, 250);\r
1190     }\r
1191     else if (source == overviewMenuItem)\r
1192     {\r
1193       overviewMenuItem_actionPerformed();\r
1194     }\r
1195     else if (source == noColourmenuItem)\r
1196     {\r
1197       changeColour(null);\r
1198     }\r
1199     else if (source == clustalColour)\r
1200     {\r
1201       abovePIDThreshold.setState(false);\r
1202       changeColour(new ClustalxColourScheme(viewport.getAlignment(), null));\r
1203     }\r
1204     else if (source == zappoColour)\r
1205     {\r
1206       changeColour(new ZappoColourScheme());\r
1207     }\r
1208     else if (source == taylorColour)\r
1209     {\r
1210       changeColour(new TaylorColourScheme());\r
1211     }\r
1212     else if (source == hydrophobicityColour)\r
1213     {\r
1214       changeColour(new HydrophobicColourScheme());\r
1215     }\r
1216     else if (source == helixColour)\r
1217     {\r
1218       changeColour(new HelixColourScheme());\r
1219     }\r
1220     else if (source == strandColour)\r
1221     {\r
1222       changeColour(new StrandColourScheme());\r
1223     }\r
1224     else if (source == turnColour)\r
1225     {\r
1226       changeColour(new TurnColourScheme());\r
1227     }\r
1228     else if (source == buriedColour)\r
1229     {\r
1230       changeColour(new BuriedColourScheme());\r
1231     }\r
1232     else if (source == nucleotideColour)\r
1233     {\r
1234       changeColour(new NucleotideColourScheme());\r
1235     }\r
1236     else if (source == purinePyrimidineColour)\r
1237     {\r
1238       changeColour(new PurinePyrimidineColourScheme());\r
1239     }\r
1240     else if (source == RNAInteractionColour)\r
1241     {\r
1242       changeColour(new RNAInteractionColourScheme());\r
1243     }\r
1244     else if (source == RNAHelixColour)\r
1245     {\r
1246       new RNAHelicesColourChooser(viewport, alignPanel);\r
1247     }\r
1248     else if (source == modifyPID)\r
1249     {\r
1250       modifyPID_actionPerformed();\r
1251     }\r
1252     else if (source == modifyConservation)\r
1253     {\r
1254       modifyConservation_actionPerformed();\r
1255     }\r
1256     else if (source == userDefinedColour)\r
1257     {\r
1258       new UserDefinedColours(alignPanel, null);\r
1259     }\r
1260     else if (source == PIDColour)\r
1261     {\r
1262       changeColour(new PIDColourScheme());\r
1263     }\r
1264     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
1265     {\r
1266       changeColour(new Blosum62ColourScheme());\r
1267     }\r
1268     else if (source == tcoffeeColour)\r
1269     {\r
1270       changeColour(new TCoffeeColourScheme(alignPanel.getAlignment()));\r
1271     }\r
1272     else if (source == annotationColour)\r
1273     {\r
1274       new AnnotationColourChooser(viewport, alignPanel);\r
1275     }\r
1276     else if (source == annotationColumnSelection)\r
1277     {\r
1278       new AnnotationColumnChooser(viewport, alignPanel);\r
1279     }\r
1280     else if (source == sortPairwiseMenuItem)\r
1281     {\r
1282       sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
1283     }\r
1284     else if (source == sortIDMenuItem)\r
1285     {\r
1286       sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
1287     }\r
1288     else if (source == sortLengthMenuItem)\r
1289     {\r
1290       sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
1291     }\r
1292     else if (source == sortGroupMenuItem)\r
1293     {\r
1294       sortGroupMenuItem_actionPerformed();\r
1295     }\r
1296     else if (source == removeRedundancyMenuItem)\r
1297     {\r
1298       removeRedundancyMenuItem_actionPerformed();\r
1299     }\r
1300     else if (source == pairwiseAlignmentMenuItem)\r
1301     {\r
1302       pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed();\r
1303     }\r
1304     else if (source == PCAMenuItem)\r
1305     {\r
1306       PCAMenuItem_actionPerformed();\r
1307     }\r
1308     else if (source == averageDistanceTreeMenuItem)\r
1309     {\r
1310       averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed();\r
1311     }\r
1312     else if (source == neighbourTreeMenuItem)\r
1313     {\r
1314       neighbourTreeMenuItem_actionPerformed();\r
1315     }\r
1316     else if (source == njTreeBlosumMenuItem)\r
1317     {\r
1318       njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
1319     }\r
1320     else if (source == avDistanceTreeBlosumMenuItem)\r
1321     {\r
1322       avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
1323     }\r
1324     else if (source == documentation)\r
1325     {\r
1326       documentation_actionPerformed();\r
1327     }\r
1328     else if (source == about)\r
1329     {\r
1330       about_actionPerformed();\r
1331     }\r
1332 \r
1333   }\r
1334 \r
1335   public void inputText_actionPerformed()\r
1336   {\r
1337     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1338     JFrame frame = new JFrame();\r
1339     frame.add(cap);\r
1340     JalviewLite.addFrame(frame,\r
1341             MessageManager.getString("label.input_cut_paste"), 500, 500);\r
1342   }\r
1343 \r
1344   protected void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1345   {\r
1346     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1347     JFrame frame = new JFrame();\r
1348     frame.add(cap);\r
1349     JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(\r
1350             "label.alignment_output_command", new Object[]\r
1351             { e.getActionCommand() }), 600, 500);\r
1352 \r
1353     FeatureRenderer fr = this.alignPanel.cloneFeatureRenderer();\r
1354     cap.setText(new AppletFormatAdapter(alignPanel).formatSequences(\r
1355             e.getActionCommand(), viewport.getAlignment(),\r
1356             viewport.getShowJVSuffix()));\r
1357   }\r
1358 \r
1359   public void loadAnnotations()\r
1360   {\r
1361     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1362     cap.setText(MessageManager\r
1363             .getString("label.paste_features_annotations_Tcoffee_here"));\r
1364     cap.setAnnotationImport();\r
1365     JFrame frame = new JFrame();\r
1366     frame.add(cap);\r
1367     JalviewLite.addFrame(frame,\r
1368             MessageManager.getString("action.paste_annotations"), 400, 300);\r
1369 \r
1370   }\r
1371 \r
1372   public String outputAnnotations(boolean displayTextbox)\r
1373   {\r
1374     String annotation = new AnnotationFile()\r
1375             .printAnnotationsForView(viewport);\r
1376 \r
1377     if (displayTextbox)\r
1378     {\r
1379       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
1380       JFrame frame = new JFrame();\r
1381       frame.add(cap);\r
1382       JalviewLite.addFrame(frame,\r
1383               MessageManager.getString("label.annotations"), 600, 500);\r
1384       cap.setText(annotation);\r
1385     }\r
1386 \r
1387     return annotation;\r
1388   }\r
1389 \r
1390   private Map<String,Object> getDisplayedFeatureCols()\r
1391   {\r
1392     if (alignPanel.getFeatureRenderer() != null\r
1393             && viewport.getFeaturesDisplayed()!= null)\r
1394     {\r
1395       return alignPanel.getFeatureRenderer().getDisplayedFeatureCols();\r
1396       \r
1397     }\r
1398     return null;\r
1399   }\r
1400 \r
1401   public String outputFeatures(boolean displayTextbox, String format)\r
1402   {\r
1403     String features;\r
1404     if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))\r
1405     {\r
1406       features = new FeaturesFile().printJalviewFormat(viewport\r
1407               .getAlignment().getSequencesArray(),\r
1408               getDisplayedFeatureCols());\r
1409     }\r
1410     else\r
1411     {\r
1412       features = new FeaturesFile().printGFFFormat(viewport.getAlignment()\r
1413               .getSequencesArray(), getDisplayedFeatureCols());\r
1414     }\r
1415 \r
1416     if (displayTextbox)\r
1417     {\r
1418       boolean frimport = false;\r
1419       if (features == null || features.equals("No Features Visible"))\r
1420       {\r
1421         features = "# No features visible - paste some and import them here.";\r
1422         frimport = true;\r
1423       }\r
1424 \r
1425       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(frimport, this);\r
1426       if (frimport)\r
1427       {\r
1428         cap.setAnnotationImport();\r
1429       }\r
1430       JFrame frame = new JFrame();\r
1431       frame.add(cap);\r
1432       JalviewLite.addFrame(frame,\r
1433               MessageManager.getString("label.features"), 600, 500);\r
1434       cap.setText(features);\r
1435     }\r
1436     else\r
1437     {\r
1438       if (features == null)\r
1439       {\r
1440         features = "";\r
1441       }\r
1442     }\r
1443 \r
1444     return features;\r
1445   }\r
1446 \r
1447   void launchFullApplication()\r
1448   {\r
1449     StringBuffer url = new StringBuffer(jalviewServletURL);\r
1450 \r
1451     // allow servlet parameters to be passed in applet parameter\r
1452     String firstSep = url.lastIndexOf("?") > url.lastIndexOf("/") ? "&"\r
1453             : "?";\r
1454     url.append(firstSep);\r
1455 \r
1456     url.append("open="\r
1457             + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("file")));\r
1458 \r
1459     if (viewport.applet.getParameter("features") != null)\r
1460     {\r
1461       url.append("&features=");\r
1462       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("features")));\r
1463     }\r
1464 \r
1465     if (viewport.applet.getParameter("annotations") != null)\r
1466     {\r
1467       url.append("&annotations=");\r
1468       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("annotations")));\r
1469     }\r
1470 \r
1471     if (viewport.applet.getParameter("jnetfile") != null)\r
1472     {\r
1473       url.append("&annotations=");\r
1474       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("jnetfile")));\r
1475     }\r
1476 \r
1477     if (viewport.applet.getParameter("defaultColour") != null)\r
1478     {\r
1479       url.append("&colour="\r
1480               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1481                       .getParameter("defaultColour")));\r
1482     }\r
1483 \r
1484     if (viewport.applet.getParameter("userDefinedColour") != null)\r
1485     {\r
1486       url.append("&colour="\r
1487               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1488                       .getParameter("userDefinedColour")));\r
1489     }\r
1490     if (viewport.applet.getParameter("tree") != null)\r
1491     {\r
1492       url.append("&tree="\r
1493               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("tree")));\r
1494     }\r
1495     if (viewport.applet.getParameter("treeFile") != null)\r
1496     {\r
1497       url.append("&tree="\r
1498               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("treeFile")));\r
1499     }\r
1500 \r
1501     showURL(url.toString(), "FULL_APP");\r
1502   }\r
1503 \r
1504   String removeWhiteSpace(String colour)\r
1505   {\r
1506     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
1507     for (int i = 0; i < colour.length(); i++)\r
1508     {\r
1509       if (Character.isWhitespace(colour.charAt(i)))\r
1510       {\r
1511         sb.append("%20");\r
1512       }\r
1513       else\r
1514       {\r
1515         sb.append(colour.charAt(i));\r
1516       }\r
1517     }\r
1518 \r
1519     return sb.toString();\r
1520   }\r
1521 \r
1522   String appendProtocol(String url)\r
1523   {\r
1524     try\r
1525     {\r
1526       new URL(url);\r
1527       url = URLEncoder.encode(url);\r
1528     }\r
1529     /*\r
1530      * When we finally deprecate 1.1 compatibility, we can start to use\r
1531      * URLEncoder.encode(url,"UTF-8") and then we'll need this catch: catch\r
1532      * (UnsupportedEncodingException ex) { System.err.println("WARNING -\r
1533      * IMPLEMENTATION ERROR - UNSUPPORTED ENCODING EXCEPTION FOR "+url);\r
1534      * ex.printStackTrace(); }\r
1535      */\r
1536     catch (java.net.MalformedURLException ex)\r
1537     {\r
1538       url = viewport.applet.getCodeBase() + url;\r
1539     }\r
1540     return url;\r
1541   }\r
1542 \r
1543   public void closeMenuItem_actionPerformed()\r
1544   {\r
1545     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel);\r
1546     if (alignPanel.seqPanel != null\r
1547             && alignPanel.seqPanel.seqCanvas != null)\r
1548     {\r
1549       PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.seqPanel.seqCanvas);\r
1550     }\r
1551     if (alignPanel.idPanel != null && alignPanel.idPanel.idCanvas != null)\r
1552     {\r
1553       PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.idPanel.idCanvas);\r
1554     }\r
1555 \r
1556     if (PaintRefresher.components.size() == 0 && viewport.applet == null)\r
1557     {\r
1558       System.exit(0);\r
1559     }\r
1560     else\r
1561     {\r
1562     }\r
1563     viewport = null;\r
1564     alignPanel = null;\r
1565     this.dispose();\r
1566   }\r
1567 \r
1568   /**\r
1569    * TODO: JAL-1104\r
1570    */\r
1571   void updateEditMenuBar()\r
1572   {\r
1573 \r
1574     if (viewport.getHistoryList().size() > 0)\r
1575     {\r
1576       undoMenuItem.setEnabled(true);\r
1577       CommandI command = viewport.getHistoryList().peek();\r
1578       undoMenuItem.setLabel(MessageManager.formatMessage(\r
1579               "label.undo_command", new Object[]\r
1580               { command.getDescription() }));\r
1581     }\r
1582     else\r
1583     {\r
1584       undoMenuItem.setEnabled(false);\r
1585       undoMenuItem.setLabel(MessageManager.getString("action.undo"));\r
1586     }\r
1587 \r
1588     if (viewport.getRedoList().size() > 0)\r
1589     {\r
1590       redoMenuItem.setEnabled(true);\r
1591 \r
1592       CommandI command = viewport.getRedoList().peek();\r
1593       redoMenuItem.setLabel(MessageManager.formatMessage(\r
1594               "label.redo_command", new Object[]\r
1595               { command.getDescription() }));\r
1596     }\r
1597     else\r
1598     {\r
1599       redoMenuItem.setEnabled(false);\r
1600       redoMenuItem.setLabel(MessageManager.getString("action.redo"));\r
1601     }\r
1602   }\r
1603 \r
1604   /**\r
1605    * TODO: JAL-1104\r
1606    */\r
1607   @Override\r
1608   public void addHistoryItem(CommandI command)\r
1609   {\r
1610     if (command.getSize() > 0)\r
1611     {\r
1612       viewport.addToHistoryList(command);\r
1613       viewport.clearRedoList();\r
1614       updateEditMenuBar();\r
1615       viewport.updateHiddenColumns();\r
1616     }\r
1617   }\r
1618 \r
1619   /**\r
1620    * TODO: JAL-1104 DOCUMENT ME!\r
1621    * \r
1622    * @param e\r
1623    *          DOCUMENT ME!\r
1624    */\r
1625   protected void undoMenuItem_actionPerformed()\r
1626   {\r
1627     if (viewport.getHistoryList().isEmpty())\r
1628     {\r
1629       return;\r
1630     }\r
1631 \r
1632     CommandI command = viewport.getHistoryList().pop();\r
1633     viewport.addToRedoList(command);\r
1634     command.undoCommand(null);\r
1635 \r
1636     AlignmentViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1637     // JBPNote Test\r
1638     if (originalSource != viewport)\r
1639     {\r
1640       System.err\r
1641               .println("Warning: Viewport object mismatch whilst undoing");\r
1642     }\r
1643     originalSource.updateHiddenColumns(); // originalSource.hasHiddenColumns =\r
1644                                           // viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns()\r
1645                                           // != null;\r
1646     updateEditMenuBar();\r
1647     originalSource.firePropertyChange("alignment", null, originalSource\r
1648             .getAlignment().getSequences());\r
1649   }\r
1650 \r
1651   /**\r
1652    * TODO: JAL-1104 DOCUMENT ME!\r
1653    * \r
1654    * @param e\r
1655    *          DOCUMENT ME!\r
1656    */\r
1657   protected void redoMenuItem_actionPerformed()\r
1658   {\r
1659     if (viewport.getRedoList().isEmpty())\r
1660     {\r
1661       return;\r
1662     }\r
1663 \r
1664     CommandI command = viewport.getRedoList().pop();\r
1665     viewport.addToHistoryList(command);\r
1666     command.doCommand(null);\r
1667 \r
1668     AlignmentViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1669     // JBPNote Test\r
1670     if (originalSource != viewport)\r
1671     {\r
1672       System.err\r
1673               .println("Warning: Viewport object mismatch whilst re-doing");\r
1674     }\r
1675     originalSource.updateHiddenColumns(); // sethasHiddenColumns(); =\r
1676                                           // viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns()\r
1677                                           // != null;\r
1678 \r
1679     updateEditMenuBar();\r
1680     originalSource.firePropertyChange("alignment", null, originalSource\r
1681             .getAlignment().getSequences());\r
1682   }\r
1683 \r
1684   AlignmentViewport getOriginatingSource(CommandI command)\r
1685   {\r
1686     AlignmentViewport originalSource = null;\r
1687     // For sequence removal and addition, we need to fire\r
1688     // the property change event FROM the viewport where the\r
1689     // original alignment was altered\r
1690     AlignmentI al = null;\r
1691     if (command instanceof EditCommand)\r
1692     {\r
1693       EditCommand editCommand = (EditCommand) command;\r
1694       al = editCommand.getAlignment();\r
1695       Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
1696               .getSequenceSetId());\r
1697       for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
1698       {\r
1699         if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
1700         {\r
1701           if (al == ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av.getAlignment())\r
1702           {\r
1703             originalSource = ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av;\r
1704             break;\r
1705           }\r
1706         }\r
1707       }\r
1708     }\r
1709 \r
1710     if (originalSource == null)\r
1711     {\r
1712       // The original view is closed, we must validate\r
1713       // the current view against the closed view first\r
1714       if (al != null)\r
1715       {\r
1716         PaintRefresher.validateSequences(al, viewport.getAlignment());\r
1717       }\r
1718 \r
1719       originalSource = viewport;\r
1720     }\r
1721 \r
1722     return originalSource;\r
1723   }\r
1724 \r
1725   /**\r
1726    * Move the currently selected sequences up or down one position in the\r
1727    * alignment\r
1728    * \r
1729    * @param up\r
1730    */\r
1731   public void moveSelectedSequences(boolean up)\r
1732   {\r
1733     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1734     if (sg == null)\r
1735     {\r
1736       return;\r
1737     }\r
1738     viewport.getAlignment().moveSelectedSequencesByOne(sg,\r
1739             up ? null : viewport.getHiddenRepSequences(), up);\r
1740     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1741 \r
1742     /*\r
1743      * Also move cDNA/protein complement sequences\r
1744      */\r
1745     AlignViewportI complement = viewport.getCodingComplement();\r
1746     if (complement != null)\r
1747     {\r
1748       SequenceGroup mappedSelection = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg,\r
1749               viewport, complement);\r
1750       complement.getAlignment().moveSelectedSequencesByOne(mappedSelection,\r
1751               up ? null : complement.getHiddenRepSequences(), up);\r
1752       // TODO need to trigger a repaint of the complementary panel - how?\r
1753       // would prefer to handle in SplitFrame but it is not overriding key\r
1754       // listener chiz\r
1755     }\r
1756   }\r
1757 \r
1758   synchronized void slideSequences(boolean right, int size)\r
1759   {\r
1760     List<SequenceI> sg = new Vector<SequenceI>();\r
1761     if (viewport.cursorMode)\r
1762     {\r
1763       sg.add(viewport.getAlignment().getSequenceAt(\r
1764               alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY));\r
1765     }\r
1766     else if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
1767             && viewport.getSelectionGroup().getSize() != viewport\r
1768                     .getAlignment().getHeight())\r
1769     {\r
1770       sg = viewport.getSelectionGroup().getSequences(\r
1771               viewport.getHiddenRepSequences());\r
1772     }\r
1773 \r
1774     if (sg.size() < 1)\r
1775     {\r
1776       return;\r
1777     }\r
1778 \r
1779     Vector<SequenceI> invertGroup = new Vector();\r
1780 \r
1781     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getHeight(); i++)\r
1782     {\r
1783       if (!sg.contains(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
1784       {\r
1785         invertGroup.addElement(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
1786       }\r
1787     }\r
1788 \r
1789     SequenceI[] seqs1 = sg.toArray(new SequenceI[sg.size()]);\r
1790 \r
1791     SequenceI[] seqs2 = invertGroup.toArray(new SequenceI[invertGroup\r
1792             .size()]);\r
1793     for (int i = 0; i < invertGroup.size(); i++)\r
1794     {\r
1795       seqs2[i] = invertGroup.elementAt(i);\r
1796     }\r
1797 \r
1798     SlideSequencesCommand ssc;\r
1799     if (right)\r
1800     {\r
1801       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs2, seqs1,\r
1802               size, viewport.getGapCharacter());\r
1803     }\r
1804     else\r
1805     {\r
1806       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs1, seqs2,\r
1807               size, viewport.getGapCharacter());\r
1808     }\r
1809 \r
1810     int groupAdjustment = 0;\r
1811     if (ssc.getGapsInsertedBegin() && right)\r
1812     {\r
1813       if (viewport.cursorMode)\r
1814       {\r
1815         alignPanel.seqPanel.moveCursor(size, 0);\r
1816       }\r
1817       else\r
1818       {\r
1819         groupAdjustment = size;\r
1820       }\r
1821     }\r
1822     else if (!ssc.getGapsInsertedBegin() && !right)\r
1823     {\r
1824       if (viewport.cursorMode)\r
1825       {\r
1826         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-size, 0);\r
1827       }\r
1828       else\r
1829       {\r
1830         groupAdjustment = -size;\r
1831       }\r
1832     }\r
1833 \r
1834     if (groupAdjustment != 0)\r
1835     {\r
1836       viewport.getSelectionGroup().setStartRes(\r
1837               viewport.getSelectionGroup().getStartRes() + groupAdjustment);\r
1838       viewport.getSelectionGroup().setEndRes(\r
1839               viewport.getSelectionGroup().getEndRes() + groupAdjustment);\r
1840     }\r
1841 \r
1842     boolean appendHistoryItem = false;\r
1843     Deque<CommandI> historyList = viewport.getHistoryList();\r
1844     if (historyList != null && historyList.size() > 0\r
1845             && historyList.peek() instanceof SlideSequencesCommand)\r
1846     {\r
1847       appendHistoryItem = ssc\r
1848               .appendSlideCommand((SlideSequencesCommand) historyList\r
1849                       .peek());\r
1850     }\r
1851 \r
1852     if (!appendHistoryItem)\r
1853     {\r
1854       addHistoryItem(ssc);\r
1855     }\r
1856 \r
1857     repaint();\r
1858   }\r
1859 \r
1860   static StringBuffer copiedSequences;\r
1861 \r
1862   static Vector copiedHiddenColumns;\r
1863 \r
1864   protected void copy_actionPerformed()\r
1865   {\r
1866     if (viewport.getSelectionGroup() == null)\r
1867     {\r
1868       return;\r
1869     }\r
1870 \r
1871     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1872     copiedSequences = new StringBuffer();\r
1873     Map<Integer, SequenceI> orderedSeqs = new HashMap<Integer, SequenceI>();\r
1874     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1875     {\r
1876       SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1877       int index = viewport.getAlignment().findIndex(seq);\r
1878       orderedSeqs.put(index, seq);\r
1879     }\r
1880 \r
1881     int index = 0, startRes, endRes;\r
1882     char ch;\r
1883 \r
1884     if (viewport.hasHiddenColumns() && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1885     {\r
1886       copiedHiddenColumns = new Vector();\r
1887       int hiddenOffset = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
1888       for (int[] region : viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns())\r
1889       {\r
1890         copiedHiddenColumns.addElement(new int[]\r
1891         { region[0] - hiddenOffset, region[1] - hiddenOffset });\r
1892       }\r
1893     }\r
1894     else\r
1895     {\r
1896       copiedHiddenColumns = null;\r
1897     }\r
1898 \r
1899     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1900     {\r
1901       SequenceI seq = null;\r
1902 \r
1903       while (seq == null)\r
1904       {\r
1905         if (orderedSeqs.containsKey(index))\r
1906         {\r
1907           seq = orderedSeqs.get(index);\r
1908           index++;\r
1909           break;\r
1910         }\r
1911         else\r
1912         {\r
1913           index++;\r
1914         }\r
1915       }\r
1916 \r
1917       // FIND START RES\r
1918       // Returns residue following index if gap\r
1919       startRes = seq.findPosition(sg.getStartRes());\r
1920 \r
1921       // FIND END RES\r
1922       // Need to find the residue preceeding index if gap\r
1923       endRes = 0;\r
1924 \r
1925       for (int j = 0; j < sg.getEndRes() + 1 && j < seq.getLength(); j++)\r
1926       {\r
1927         ch = seq.getCharAt(j);\r
1928         if (!Comparison.isGap((ch)))\r
1929         {\r
1930           endRes++;\r
1931         }\r
1932       }\r
1933 \r
1934       if (endRes > 0)\r
1935       {\r
1936         endRes += seq.getStart() - 1;\r
1937       }\r
1938 \r
1939       copiedSequences.append(seq.getName()\r
1940               + "\t"\r
1941               + startRes\r
1942               + "\t"\r
1943               + endRes\r
1944               + "\t"\r
1945               + seq.getSequenceAsString(sg.getStartRes(),\r
1946                       sg.getEndRes() + 1) + "\n");\r
1947     }\r
1948 \r
1949   }\r
1950 \r
1951   protected void pasteNew_actionPerformed()\r
1952   {\r
1953     paste(true);\r
1954   }\r
1955 \r
1956   protected void pasteThis_actionPerformed()\r
1957   {\r
1958     paste(false);\r
1959   }\r
1960 \r
1961   void paste(boolean newAlignment)\r
1962   {\r
1963     try\r
1964     {\r
1965 \r
1966       if (copiedSequences == null)\r
1967       {\r
1968         return;\r
1969       }\r
1970 \r
1971       StringTokenizer st = new StringTokenizer(copiedSequences.toString());\r
1972       Vector seqs = new Vector();\r
1973       while (st.hasMoreElements())\r
1974       {\r
1975         String name = st.nextToken();\r
1976         int start = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1977         int end = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1978         seqs.addElement(new Sequence(name, st.nextToken(), start, end));\r
1979       }\r
1980       SequenceI[] newSeqs = new SequenceI[seqs.size()];\r
1981       for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1982       {\r
1983         newSeqs[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1984       }\r
1985 \r
1986       if (newAlignment)\r
1987       {\r
1988         String newtitle = MessageManager.getString("label.copied_sequences");\r
1989         if (getTitle().startsWith(MessageManager.getString("label.copied_sequences")))\r
1990         {\r
1991           newtitle = getTitle();\r
1992         }\r
1993         else\r
1994         {\r
1995           newtitle = newtitle.concat(MessageManager.formatMessage("label.from_msname", new String[]{getTitle()}));\r
1996         }\r
1997         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(newSeqs),\r
1998                 viewport.applet, newtitle, false);\r
1999         if (copiedHiddenColumns != null)\r
2000         {\r
2001           for (int i = 0; i < copiedHiddenColumns.size(); i++)\r
2002           {\r
2003             int[] region = (int[]) copiedHiddenColumns.elementAt(i);\r
2004             af.viewport.hideColumns(region[0], region[1]);\r
2005           }\r
2006         }\r
2007 \r
2008         JalviewLite.addFrame(af, newtitle, frameWidth,\r
2009                 frameHeight);\r
2010       }\r
2011       else\r
2012       {\r
2013         addSequences(newSeqs);\r
2014       }\r
2015 \r
2016     } catch (Exception ex)\r
2017     {\r
2018     } // could be anything being pasted in here\r
2019 \r
2020   }\r
2021 \r
2022   void addSequences(SequenceI[] seqs)\r
2023   {\r
2024     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
2025     {\r
2026       viewport.getAlignment().addSequence(seqs[i]);\r
2027     }\r
2028 \r
2029     // !newAlignment\r
2030     addHistoryItem(new EditCommand(\r
2031             MessageManager.getString("label.add_sequences"), Action.PASTE,\r
2032             seqs, 0, viewport.getAlignment().getWidth(),\r
2033             viewport.getAlignment()));\r
2034 \r
2035     viewport.setEndSeq(viewport.getAlignment().getHeight());\r
2036     viewport.getAlignment().getWidth();\r
2037     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2038             .getSequences());\r
2039 \r
2040   }\r
2041 \r
2042   protected void cut_actionPerformed()\r
2043   {\r
2044     copy_actionPerformed();\r
2045     delete_actionPerformed();\r
2046   }\r
2047 \r
2048   protected void delete_actionPerformed()\r
2049   {\r
2050 \r
2051     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
2052     if (sg == null)\r
2053     {\r
2054       return;\r
2055     }\r
2056 \r
2057     Vector seqs = new Vector();\r
2058     SequenceI seq;\r
2059     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
2060     {\r
2061       seq = sg.getSequenceAt(i);\r
2062       seqs.addElement(seq);\r
2063     }\r
2064 \r
2065     // If the cut affects all sequences, remove highlighted columns\r
2066     if (sg.getSize() == viewport.getAlignment().getHeight())\r
2067     {\r
2068       viewport.getColumnSelection().removeElements(sg.getStartRes(),\r
2069               sg.getEndRes() + 1);\r
2070     }\r
2071 \r
2072     SequenceI[] cut = new SequenceI[seqs.size()];\r
2073     for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
2074     {\r
2075       cut[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
2076     }\r
2077 \r
2078     /*\r
2079      * //ADD HISTORY ITEM\r
2080      */\r
2081     addHistoryItem(new EditCommand(\r
2082             MessageManager.getString("label.cut_sequences"), Action.CUT,\r
2083             cut, sg.getStartRes(), sg.getEndRes() - sg.getStartRes() + 1,\r
2084             viewport.getAlignment()));\r
2085 \r
2086     viewport.setSelectionGroup(null);\r
2087     viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);\r
2088 \r
2089     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2090             .getSequences());\r
2091 \r
2092     if (viewport.getAlignment().getHeight() < 1)\r
2093     {\r
2094       this.setVisible(false);\r
2095     }\r
2096     viewport.sendSelection();\r
2097   }\r
2098 \r
2099   /**\r
2100    * group consensus toggled\r
2101    * \r
2102    */\r
2103   protected void showGroupConsensus_actionPerformed()\r
2104   {\r
2105     viewport.setShowGroupConsensus(showGroupConsensus.getState());\r
2106     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
2107 \r
2108   }\r
2109 \r
2110   /**\r
2111    * group conservation toggled.\r
2112    */\r
2113   protected void showGroupConservation_actionPerformed()\r
2114   {\r
2115     viewport.setShowGroupConservation(showGroupConservation.getState());\r
2116     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
2117   }\r
2118 \r
2119   /*\r
2120    * (non-Javadoc)\r
2121    * \r
2122    * @see\r
2123    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusHistogram_actionPerformed(java.awt\r
2124    * .event.ActionEvent)\r
2125    */\r
2126   protected void showConsensusHistogram_actionPerformed()\r
2127   {\r
2128     viewport.setShowConsensusHistogram(showConsensusHistogram.getState());\r
2129     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
2130   }\r
2131 \r
2132   /*\r
2133    * (non-Javadoc)\r
2134    * \r
2135    * @see\r
2136    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusProfile_actionPerformed(java.awt\r
2137    * .event.ActionEvent)\r
2138    */\r
2139   protected void showSequenceLogo_actionPerformed()\r
2140   {\r
2141     viewport.setShowSequenceLogo(showSequenceLogo.getState());\r
2142     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
2143   }\r
2144 \r
2145   protected void normSequenceLogo_actionPerformed()\r
2146   {\r
2147     showSequenceLogo.setState(true);\r
2148     viewport.setShowSequenceLogo(true);\r
2149     viewport.setNormaliseSequenceLogo(normSequenceLogo.getState());\r
2150     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
2151   }\r
2152 \r
2153   protected void applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed()\r
2154   {\r
2155     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
2156   }\r
2157 \r
2158   protected void makeGrpsFromSelection_actionPerformed()\r
2159   {\r
2160     if (avc.makeGroupsFromSelection())\r
2161     {\r
2162       PaintRefresher.Refresh(this, viewport.getSequenceSetId());\r
2163       alignPanel.updateAnnotation();\r
2164       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2165     }\r
2166   }\r
2167 \r
2168   protected void createGroup_actionPerformed()\r
2169   {\r
2170     avc.createGroup();\r
2171   }\r
2172 \r
2173   protected void unGroup_actionPerformed()\r
2174   {\r
2175     if (avc.unGroup())\r
2176     {\r
2177       alignPanel.alignmentChanged();\r
2178     }\r
2179   }\r
2180 \r
2181   protected void deleteGroups_actionPerformed()\r
2182   {\r
2183     if (avc.deleteGroups())\r
2184     {\r
2185       alignPanel.alignmentChanged();\r
2186     }\r
2187   }\r
2188 \r
2189   public void selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
2190   {\r
2191     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
2192     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2193     {\r
2194       sg.addSequence(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
2195     }\r
2196     sg.setEndRes(viewport.getAlignment().getWidth() - 1);\r
2197     viewport.setSelectionGroup(sg);\r
2198     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2199     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
2200     viewport.sendSelection();\r
2201   }\r
2202 \r
2203   public void deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
2204   {\r
2205     if (viewport.cursorMode)\r
2206     {\r
2207       alignPanel.seqPanel.keyboardNo1 = null;\r
2208       alignPanel.seqPanel.keyboardNo2 = null;\r
2209     }\r
2210     viewport.setSelectionGroup(null);\r
2211     viewport.getColumnSelection().clear();\r
2212     viewport.setSelectionGroup(null);\r
2213     alignPanel.idPanel.idCanvas.searchResults = null;\r
2214     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(null);\r
2215     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2216     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
2217     viewport.sendSelection();\r
2218   }\r
2219 \r
2220   public void invertSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
2221   {\r
2222     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
2223     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2224     {\r
2225       sg.addOrRemove(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
2226     }\r
2227 \r
2228     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
2229     viewport.sendSelection();\r
2230   }\r
2231 \r
2232   public void invertColSel_actionPerformed()\r
2233   {\r
2234     viewport.invertColumnSelection();\r
2235     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2236     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
2237     viewport.sendSelection();\r
2238   }\r
2239 \r
2240   void trimAlignment(boolean trimLeft)\r
2241   {\r
2242     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();\r
2243     int column;\r
2244 \r
2245     if (colSel.size() > 0)\r
2246     {\r
2247       if (trimLeft)\r
2248       {\r
2249         column = colSel.getMin();\r
2250       }\r
2251       else\r
2252       {\r
2253         column = colSel.getMax();\r
2254       }\r
2255 \r
2256       SequenceI[] seqs;\r
2257       if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
2258       {\r
2259         seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2260                 viewport.getHiddenRepSequences());\r
2261       }\r
2262       else\r
2263       {\r
2264         seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2265       }\r
2266 \r
2267       TrimRegionCommand trimRegion;\r
2268       if (trimLeft)\r
2269       {\r
2270         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Left",\r
2271                 TrimRegionCommand.TRIM_LEFT, seqs, column,\r
2272                 viewport.getAlignment(), viewport.getColumnSelection(),\r
2273                 viewport.getSelectionGroup());\r
2274         viewport.setStartRes(0);\r
2275       }\r
2276       else\r
2277       {\r
2278         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Right",\r
2279                 TrimRegionCommand.TRIM_RIGHT, seqs, column,\r
2280                 viewport.getAlignment(), viewport.getColumnSelection(),\r
2281                 viewport.getSelectionGroup());\r
2282       }\r
2283 \r
2284       statusBar.setText(MessageManager.formatMessage(\r
2285               "label.removed_columns", new String[]\r
2286               { Integer.valueOf(trimRegion.getSize()).toString() }));\r
2287       addHistoryItem(trimRegion);\r
2288 \r
2289       for (SequenceGroup sg : viewport.getAlignment().getGroups())\r
2290       {\r
2291         if ((trimLeft && !sg.adjustForRemoveLeft(column))\r
2292                 || (!trimLeft && !sg.adjustForRemoveRight(column)))\r
2293         {\r
2294           viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);\r
2295         }\r
2296       }\r
2297 \r
2298       viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport\r
2299               .getAlignment().getSequences());\r
2300     }\r
2301   }\r
2302 \r
2303   public void removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed()\r
2304   {\r
2305     int start = 0, end = viewport.getAlignment().getWidth() - 1;\r
2306 \r
2307     SequenceI[] seqs;\r
2308     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
2309     {\r
2310       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2311               viewport.getHiddenRepSequences());\r
2312       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
2313       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
2314     }\r
2315     else\r
2316     {\r
2317       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2318     }\r
2319 \r
2320     RemoveGapColCommand removeGapCols = new RemoveGapColCommand(\r
2321             "Remove Gapped Columns", seqs, start, end,\r
2322             viewport.getAlignment());\r
2323 \r
2324     addHistoryItem(removeGapCols);\r
2325 \r
2326     statusBar.setText(MessageManager.formatMessage(\r
2327             "label.removed_empty_columns", new String[]\r
2328             { Integer.valueOf(removeGapCols.getSize()).toString() }));\r
2329 \r
2330     // This is to maintain viewport position on first residue\r
2331     // of first sequence\r
2332     SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
2333     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
2334     // ShiftList shifts;\r
2335     // viewport.getAlignment().removeGaps(shifts=new ShiftList());\r
2336     // edit.alColumnChanges=shifts.getInverse();\r
2337     // if (viewport.hasHiddenColumns)\r
2338     // viewport.getColumnSelection().compensateForEdits(shifts);\r
2339     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
2340     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2341             .getSequences());\r
2342 \r
2343   }\r
2344 \r
2345   public void removeAllGapsMenuItem_actionPerformed()\r
2346   {\r
2347     int start = 0, end = viewport.getAlignment().getWidth() - 1;\r
2348 \r
2349     SequenceI[] seqs;\r
2350     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
2351     {\r
2352       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2353               viewport.getHiddenRepSequences());\r
2354       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
2355       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
2356     }\r
2357     else\r
2358     {\r
2359       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2360     }\r
2361 \r
2362     // This is to maintain viewport position on first residue\r
2363     // of first sequence\r
2364     SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
2365     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
2366 \r
2367     addHistoryItem(new RemoveGapsCommand("Remove Gaps", seqs, start, end,\r
2368             viewport.getAlignment()));\r
2369 \r
2370     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
2371 \r
2372     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2373             .getSequences());\r
2374 \r
2375   }\r
2376 \r
2377   public void findMenuItem_actionPerformed()\r
2378   {\r
2379     new Finder(alignPanel);\r
2380   }\r
2381 \r
2382   /**\r
2383    * create a new view derived from the current view\r
2384    * \r
2385    * @param viewtitle\r
2386    * @return frame for the new view\r
2387    */\r
2388   public AlignFrame newView(String viewtitle)\r
2389   {\r
2390     AlignmentI newal;\r
2391     if (viewport.hasHiddenRows())\r
2392     {\r
2393       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().getHiddenSequences()\r
2394               .getFullAlignment().getSequencesArray());\r
2395     }\r
2396     else\r
2397     {\r
2398       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().getSequencesArray());\r
2399     }\r
2400 \r
2401     if (viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation() != null)\r
2402     {\r
2403       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
2404       {\r
2405         if (!viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i].autoCalculated)\r
2406         {\r
2407           newal.addAnnotation(viewport.getAlignment()\r
2408                   .getAlignmentAnnotation()[i]);\r
2409         }\r
2410       }\r
2411     }\r
2412 \r
2413     AlignFrame newaf = new AlignFrame(newal, viewport.applet, "", false);\r
2414 \r
2415     newaf.viewport.setSequenceSetId(alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2416     PaintRefresher.Register(alignPanel, alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2417     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel,\r
2418             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2419 \r
2420     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.idPanel.idCanvas,\r
2421             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2422     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.seqPanel.seqCanvas,\r
2423             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2424 \r
2425     Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
2426             .getSequenceSetId());\r
2427     int viewSize = -1;\r
2428     for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
2429     {\r
2430       if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
2431       {\r
2432         viewSize++;\r
2433       }\r
2434     }\r
2435 \r
2436     String title = new String(this.getTitle());\r
2437     if (viewtitle != null)\r
2438     {\r
2439       title = viewtitle + " ( " + title + ")";\r
2440     }\r
2441     else\r
2442     {\r
2443       if (title.indexOf("(View") > -1)\r
2444       {\r
2445         title = title.substring(0, title.indexOf("(View"));\r
2446       }\r
2447       title += "(View " + viewSize + ")";\r
2448     }\r
2449 \r
2450     newaf.setTitle(title.toString());\r
2451 \r
2452     newaf.viewport.setHistoryList(viewport.getHistoryList());\r
2453     newaf.viewport.setRedoList(viewport.getRedoList());\r
2454     return newaf;\r
2455   }\r
2456 \r
2457   /**\r
2458    * \r
2459    * @return list of feature groups on the view\r
2460    */\r
2461   public String[] getFeatureGroups()\r
2462   {\r
2463     FeatureRenderer fr = null;\r
2464     if (alignPanel != null\r
2465             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2466     {\r
2467       List<String> gps = fr.getFeatureGroups();\r
2468       String[] _gps = gps.toArray(new String[gps.size()]);\r
2469       return _gps;\r
2470     }\r
2471     return null;\r
2472   }\r
2473 \r
2474   /**\r
2475    * get sequence feature groups that are hidden or shown\r
2476    * \r
2477    * @param visible\r
2478    *          true is visible\r
2479    * @return list\r
2480    */\r
2481   public String[] getFeatureGroupsOfState(boolean visible)\r
2482   {\r
2483     FeatureRenderer fr = null;\r
2484     if (alignPanel != null\r
2485             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2486     {\r
2487       List<String> gps = fr.getGroups(visible);\r
2488       String[] _gps = gps.toArray(new String[gps.size()]);\r
2489       return _gps;\r
2490     }\r
2491     return null;\r
2492   }\r
2493 \r
2494   /**\r
2495    * Change the display state for the given feature groups\r
2496    * \r
2497    * @param groups\r
2498    *          list of group strings\r
2499    * @param state\r
2500    *          visible or invisible\r
2501    */\r
2502   public void setFeatureGroupState(String[] groups, boolean state)\r
2503   {\r
2504     FeatureRenderer fr = null;\r
2505     this.sequenceFeatures.setState(true);\r
2506     viewport.setShowSequenceFeatures(true);\r
2507     if (alignPanel != null\r
2508             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2509     {\r
2510       \r
2511       fr.setGroupVisibility(Arrays.asList(groups), state);\r
2512       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
2513       if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2514       {\r
2515         alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
2516       }\r
2517     }\r
2518   }\r
2519 \r
2520   public void seqLimits_itemStateChanged()\r
2521   {\r
2522     viewport.setShowJVSuffix(seqLimits.getState());\r
2523     alignPanel.fontChanged();\r
2524     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2525   }\r
2526 \r
2527   protected void colourTextMenuItem_actionPerformed()\r
2528   {\r
2529     viewport.setColourText(colourTextMenuItem.getState());\r
2530     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2531   }\r
2532 \r
2533   protected void displayNonconservedMenuItem_actionPerformed()\r
2534   {\r
2535     viewport.setShowUnconserved(displayNonconservedMenuItem.getState());\r
2536     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2537   }\r
2538 \r
2539   protected void wrapMenuItem_actionPerformed()\r
2540   {\r
2541     viewport.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2542     alignPanel.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2543     scaleAbove.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2544     scaleLeft.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2545     scaleRight.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2546     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2547   }\r
2548 \r
2549   public void overviewMenuItem_actionPerformed()\r
2550   {\r
2551     if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2552     {\r
2553       return;\r
2554     }\r
2555 \r
2556     JFrame frame = new JFrame();\r
2557     OverviewPanel overview = new OverviewPanel(alignPanel);\r
2558     frame.add(overview);\r
2559     // +50 must allow for applet frame window\r
2560     JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(\r
2561             "label.overview_params", new String[]\r
2562             { this.getTitle() }), overview.getPreferredSize().width,\r
2563             overview.getPreferredSize().height + 50);\r
2564 \r
2565     frame.pack();\r
2566     final AlignmentPanel ap = alignPanel;\r
2567     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2568     {\r
2569       @Override\r
2570       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2571       {\r
2572         if (ap != null)\r
2573         {\r
2574           ap.setOverviewPanel(null);\r
2575         }\r
2576       };\r
2577     });\r
2578 \r
2579     alignPanel.setOverviewPanel(overview);\r
2580 \r
2581   }\r
2582 \r
2583   public void changeColour(ColourSchemeI cs)\r
2584   {\r
2585     int threshold = 0;\r
2586 \r
2587     if (cs != null)\r
2588     {\r
2589       if (viewport.getAbovePIDThreshold())\r
2590       {\r
2591         viewport.setThreshold(SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel,\r
2592                 cs, "Background"));\r
2593       }\r
2594 \r
2595       if (viewport.getConservationSelected())\r
2596       {\r
2597         cs.setConservationApplied(true);\r
2598         viewport.setIncrement(SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2599                 cs, "Background"));\r
2600       }\r
2601       else\r
2602       {\r
2603         cs.setConservationApplied(false);\r
2604       }\r
2605     }\r
2606     viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
2607 \r
2608     if (alignPanel.getOverviewPanel() != null)\r
2609     {\r
2610       alignPanel.getOverviewPanel().updateOverviewImage();\r
2611     }\r
2612 \r
2613     StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(viewport.applet)\r
2614             .sequenceColoursChanged(alignPanel);\r
2615 \r
2616     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2617   }\r
2618 \r
2619   protected void modifyPID_actionPerformed()\r
2620   {\r
2621     if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
2622             && viewport.getGlobalColourScheme() != null)\r
2623     {\r
2624       SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel,\r
2625               viewport.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
2626       SliderPanel.showPIDSlider();\r
2627     }\r
2628   }\r
2629 \r
2630   protected void modifyConservation_actionPerformed()\r
2631   {\r
2632     if (viewport.getConservationSelected()\r
2633             && viewport.getGlobalColourScheme() != null)\r
2634     {\r
2635       SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2636               viewport.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
2637       SliderPanel.showConservationSlider();\r
2638     }\r
2639   }\r
2640 \r
2641   protected void conservationMenuItem_actionPerformed()\r
2642   {\r
2643     viewport.setConservationSelected(conservationMenuItem.getState());\r
2644 \r
2645     viewport.setAbovePIDThreshold(false);\r
2646     abovePIDThreshold.setState(false);\r
2647 \r
2648     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2649 \r
2650     modifyConservation_actionPerformed();\r
2651   }\r
2652 \r
2653   public void abovePIDThreshold_actionPerformed()\r
2654   {\r
2655     viewport.setAbovePIDThreshold(abovePIDThreshold.getState());\r
2656 \r
2657     conservationMenuItem.setState(false);\r
2658     viewport.setConservationSelected(false);\r
2659 \r
2660     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2661 \r
2662     modifyPID_actionPerformed();\r
2663   }\r
2664 \r
2665   public void sortPairwiseMenuItem_actionPerformed()\r
2666   {\r
2667     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2668     AlignmentSorter.sortByPID(viewport.getAlignment(), viewport\r
2669             .getAlignment().getSequenceAt(0), null);\r
2670 \r
2671     addHistoryItem(new OrderCommand("Pairwise Sort", oldOrder,\r
2672             viewport.getAlignment()));\r
2673     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2674   }\r
2675 \r
2676   public void sortIDMenuItem_actionPerformed()\r
2677   {\r
2678     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2679     AlignmentSorter.sortByID(viewport.getAlignment());\r
2680     addHistoryItem(new OrderCommand("ID Sort", oldOrder,\r
2681             viewport.getAlignment()));\r
2682     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2683   }\r
2684 \r
2685   public void sortLengthMenuItem_actionPerformed()\r
2686   {\r
2687     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2688     AlignmentSorter.sortByLength(viewport.getAlignment());\r
2689     addHistoryItem(new OrderCommand("Length Sort", oldOrder,\r
2690             viewport.getAlignment()));\r
2691     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2692   }\r
2693 \r
2694   public void sortGroupMenuItem_actionPerformed()\r
2695   {\r
2696     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2697     AlignmentSorter.sortByGroup(viewport.getAlignment());\r
2698     addHistoryItem(new OrderCommand("Group Sort", oldOrder,\r
2699             viewport.getAlignment()));\r
2700     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2701 \r
2702   }\r
2703 \r
2704   public void removeRedundancyMenuItem_actionPerformed()\r
2705   {\r
2706     new RedundancyPanel(alignPanel);\r
2707   }\r
2708 \r
2709   public void pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed()\r
2710   {\r
2711     if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
2712             && viewport.getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2713     {\r
2714       JFrame frame = new JFrame();\r
2715       frame.add(new PairwiseAlignPanel(alignPanel));\r
2716       JalviewLite.addFrame(frame,\r
2717               MessageManager.getString("action.pairwise_alignment"), 600,\r
2718               500);\r
2719     }\r
2720   }\r
2721 \r
2722   public void PCAMenuItem_actionPerformed()\r
2723   {\r
2724     // are the sequences aligned?\r
2725     if (!viewport.getAlignment().isAligned(false))\r
2726     {\r
2727       SequenceI current;\r
2728       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2729 \r
2730       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2731       {\r
2732         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2733 \r
2734         if (current.getLength() < Width)\r
2735         {\r
2736           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2737         }\r
2738       }\r
2739       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2740     }\r
2741 \r
2742     if ((viewport.getSelectionGroup() != null\r
2743             && viewport.getSelectionGroup().getSize() < 4 && viewport\r
2744             .getSelectionGroup().getSize() > 0)\r
2745             || viewport.getAlignment().getHeight() < 4)\r
2746     {\r
2747       return;\r
2748     }\r
2749 \r
2750     try\r
2751     {\r
2752       new PCAPanel(viewport);\r
2753     } catch (java.lang.OutOfMemoryError ex)\r
2754     {\r
2755     }\r
2756 \r
2757   }\r
2758 \r
2759   public void averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2760   {\r
2761     NewTreePanel("AV", "PID", "Average distance tree using PID");\r
2762   }\r
2763 \r
2764   public void neighbourTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2765   {\r
2766     NewTreePanel("NJ", "PID", "Neighbour joining tree using PID");\r
2767   }\r
2768 \r
2769   protected void njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2770   {\r
2771     NewTreePanel("NJ", "BL", "Neighbour joining tree using BLOSUM62");\r
2772   }\r
2773 \r
2774   protected void avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2775   {\r
2776     NewTreePanel("AV", "BL", "Average distance tree using BLOSUM62");\r
2777   }\r
2778 \r
2779   void NewTreePanel(String type, String pwType, String title)\r
2780   {\r
2781     // are the sequences aligned?\r
2782     if (!viewport.getAlignment().isAligned(false))\r
2783     {\r
2784       SequenceI current;\r
2785       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2786 \r
2787       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2788       {\r
2789         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2790 \r
2791         if (current.getLength() < Width)\r
2792         {\r
2793           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2794         }\r
2795       }\r
2796       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2797 \r
2798     }\r
2799 \r
2800     if ((viewport.getSelectionGroup() != null && viewport\r
2801             .getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2802             || (viewport.getAlignment().getHeight() > 1))\r
2803     {\r
2804       final TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, type, pwType);\r
2805 \r
2806       addTreeMenuItem(tp, title);\r
2807 \r
2808       JalviewLite.addFrame(tp, title, 600, 500);\r
2809     }\r
2810   }\r
2811 \r
2812   void loadTree_actionPerformed()\r
2813   {\r
2814     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
2815     cap.setText(MessageManager.getString("label.paste_newick_tree_file"));\r
2816     cap.setTreeImport();\r
2817     JFrame frame = new JFrame();\r
2818     frame.add(cap);\r
2819     JalviewLite.addFrame(frame,\r
2820             MessageManager.getString("label.paste_newick_file"), 400, 300);\r
2821   }\r
2822 \r
2823   public void loadTree(NewickFile tree, String treeFile)\r
2824   {\r
2825     TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, treeFile,\r
2826             MessageManager.getString("label.load_tree_from_file"), tree);\r
2827     JalviewLite.addFrame(tp, treeFile, 600, 500);\r
2828     addTreeMenuItem(tp, treeFile);\r
2829   }\r
2830 \r
2831   /**\r
2832    * sort the alignment using the given treePanel\r
2833    * \r
2834    * @param treePanel\r
2835    *          tree used to sort view\r
2836    * @param title\r
2837    *          string used for undo event name\r
2838    */\r
2839   public void sortByTree(TreePanel treePanel, String title)\r
2840   {\r
2841     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2842     AlignmentSorter\r
2843             .sortByTree(viewport.getAlignment(), treePanel.getTree());\r
2844     // addHistoryItem(new HistoryItem("Sort", viewport.alignment,\r
2845     // HistoryItem.SORT));\r
2846     addHistoryItem(new OrderCommand(MessageManager.formatMessage(\r
2847             "label.order_by_params", new String[]\r
2848             { title }), oldOrder, viewport.getAlignment()));\r
2849     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2850   }\r
2851 \r
2852   /**\r
2853    * Do any automatic reordering of the alignment and add the necessary bits to\r
2854    * the menu structure for the new tree\r
2855    * \r
2856    * @param treePanel\r
2857    * @param title\r
2858    */\r
2859   protected void addTreeMenuItem(final TreePanel treePanel,\r
2860           final String title)\r
2861   {\r
2862     final JMenuItem item = new JMenuItem(title);\r
2863     sortByTreeMenu.add(item);\r
2864     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2865     {\r
2866       @Override\r
2867       public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
2868       {\r
2869         sortByTree(treePanel, title); // treePanel.getTitle());\r
2870       }\r
2871     });\r
2872 \r
2873     treePanel.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2874     {\r
2875       @Override\r
2876       public void windowOpened(WindowEvent e)\r
2877       {\r
2878         if (viewport.sortByTree)\r
2879         {\r
2880           sortByTree(treePanel, title);\r
2881         }\r
2882         super.windowOpened(e);\r
2883       }\r
2884 \r
2885       @Override\r
2886       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2887       {\r
2888         sortByTreeMenu.remove(item);\r
2889       };\r
2890     });\r
2891   }\r
2892 \r
2893   public boolean sortBy(AlignmentOrder alorder, String undoname)\r
2894   {\r
2895     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2896     if (JalviewLite.debug)\r
2897     {\r
2898       System.err.println("Sorting " + alorder.getOrder().size()\r
2899               + " in alignment '" + getTitle() + "'");\r
2900     }\r
2901     AlignmentSorter.sortBy(viewport.getAlignment(), alorder);\r
2902     if (undoname != null)\r
2903     {\r
2904       addHistoryItem(new OrderCommand(undoname, oldOrder,\r
2905               viewport.getAlignment()));\r
2906     }\r
2907     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2908     return true;\r
2909   }\r
2910 \r
2911   protected void documentation_actionPerformed()\r
2912   {\r
2913     alignPanel.av.applet.openJalviewHelpUrl();\r
2914   }\r
2915 \r
2916   protected void about_actionPerformed()\r
2917   {\r
2918 \r
2919     class AboutPanel extends JPanel\r
2920     {\r
2921       String version;\r
2922 \r
2923       String builddate;\r
2924 \r
2925       public AboutPanel(String version, String builddate)\r
2926       {\r
2927         this.version = version;\r
2928         this.builddate = builddate;\r
2929       }\r
2930 \r
2931       @Override\r
2932       public void paint(Graphics g)\r
2933       {\r
2934         g.setColor(Color.white);\r
2935         g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
2936         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2937         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
2938         int fh = fm.getHeight();\r
2939         int y = 5, x = 7;\r
2940         g.setColor(Color.black);\r
2941         // TODO: update this text for each release or centrally store it for\r
2942         // lite and application\r
2943         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 14));\r
2944         g.drawString(MessageManager.formatMessage(\r
2945                 "label.jalviewLite_release", new String[]\r
2946                 { version }), x, y += fh);\r
2947         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 12));\r
2948         g.drawString(MessageManager.formatMessage(\r
2949                 "label.jaview_build_date", new String[]\r
2950                 { builddate }), x, y += fh);\r
2951         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2952         g.drawString(MessageManager.getString("label.jalview_authors_1"),\r
2953                 x, y += fh * 1.5);\r
2954         g.drawString(MessageManager.getString("label.jalview_authors_2"),\r
2955                 x + 50, y += fh + 8);\r
2956         g.drawString(\r
2957                 MessageManager.getString("label.jalview_dev_managers"), x,\r
2958                 y += fh);\r
2959         g.drawString(MessageManager\r
2960                 .getString("label.jalview_distribution_lists"), x, y += fh);\r
2961         g.drawString(MessageManager.getString("label.jalview_please_cite"),\r
2962                 x, y += fh + 8);\r
2963         g.drawString(\r
2964                 MessageManager.getString("label.jalview_cite_1_authors"),\r
2965                 x, y += fh);\r
2966         g.drawString(\r
2967                 MessageManager.getString("label.jalview_cite_1_title"), x,\r
2968                 y += fh);\r
2969         g.drawString(MessageManager.getString("label.jalview_cite_1_ref"),\r
2970                 x, y += fh);\r
2971       }\r
2972     }\r
2973 \r
2974     JFrame frame = new JFrame();\r
2975     frame.add(new AboutPanel(JalviewLite.getVersion(), JalviewLite\r
2976             .getBuildDate()));\r
2977     JalviewLite.addFrame(frame,\r
2978             MessageManager.getString("label.jalview"), 580, 220);\r
2979 \r
2980   }\r
2981 \r
2982   public void showURL(String url, String target)\r
2983   {\r
2984     if (viewport.applet == null)\r
2985     {\r
2986       System.out.println("Not running as applet - no browser available.");\r
2987     }\r
2988     else\r
2989     {\r
2990       viewport.applet.showURL(url, target);\r
2991     }\r
2992   }\r
2993 \r
2994   // ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\r
2995   // JBuilder Graphics here\r
2996 \r
2997   JMenuBar alignFrameMenuBar = new JMenuBar();\r
2998 \r
2999   JMenu fileMenu = new JMenu(MessageManager.getString("action.file"));\r
3000 \r
3001   JMenuItem loadApplication = new JMenuItem(\r
3002           MessageManager.getString("label.view_full_application"));\r
3003 \r
3004   JMenuItem loadTree = new JMenuItem(\r
3005           MessageManager.getString("label.load_associated_tree"));\r
3006 \r
3007   JMenuItem loadAnnotations = new JMenuItem(\r
3008           MessageManager.getString("label.load_features_annotations"));\r
3009 \r
3010   JMenuItem outputFeatures = new JMenuItem(\r
3011           MessageManager.getString("label.export_features").concat("..."));\r
3012 \r
3013   JMenuItem outputAnnotations = new JMenuItem(\r
3014           MessageManager.getString("label.export_annotations").concat("..."));\r
3015 \r
3016   JMenuItem closeMenuItem = new JMenuItem(\r
3017           MessageManager.getString("action.close"));\r
3018 \r
3019   JMenuItem selectAllSequenceMenuItem = new JMenuItem(\r
3020           MessageManager.getString("action.select_all"));\r
3021 \r
3022   JMenuItem deselectAllSequenceMenuItem = new JMenuItem(\r
3023           MessageManager.getString("action.deselect_all"));\r
3024 \r
3025   JMenuItem invertSequenceMenuItem = new JMenuItem(\r
3026           MessageManager.getString("action.invert_selection"));\r
3027 \r
3028   JMenuItem remove2LeftMenuItem = new JMenuItem();\r
3029 \r
3030   JMenuItem remove2RightMenuItem = new JMenuItem();\r
3031 \r
3032   JMenuItem removeGappedColumnMenuItem = new JMenuItem();\r
3033 \r
3034   JMenuItem removeAllGapsMenuItem = new JMenuItem();\r
3035 \r
3036   JCheckBoxMenuItem viewBoxesMenuItem = new JCheckBoxMenuItem();\r
3037 \r
3038   JCheckBoxMenuItem viewTextMenuItem = new JCheckBoxMenuItem();\r
3039 \r
3040   JMenuItem sortPairwiseMenuItem = new JMenuItem();\r
3041 \r
3042   JMenuItem sortIDMenuItem = new JMenuItem();\r
3043 \r
3044   JMenuItem sortLengthMenuItem = new JMenuItem();\r
3045 \r
3046   JMenuItem sortGroupMenuItem = new JMenuItem();\r
3047 \r
3048   JMenuItem removeRedundancyMenuItem = new JMenuItem();\r
3049 \r
3050   JMenuItem pairwiseAlignmentMenuItem = new JMenuItem();\r
3051 \r
3052   JMenuItem PCAMenuItem = new JMenuItem();\r
3053 \r
3054   JMenuItem averageDistanceTreeMenuItem = new JMenuItem();\r
3055 \r
3056   JMenuItem neighbourTreeMenuItem = new JMenuItem();\r
3057 \r
3058   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
3059 \r
3060   public JLabel statusBar = new JLabel();\r
3061 \r
3062   JMenuItem clustalColour = new JMenuItem();\r
3063 \r
3064   JMenuItem zappoColour = new JMenuItem();\r
3065 \r
3066   JMenuItem taylorColour = new JMenuItem();\r
3067 \r
3068   JMenuItem hydrophobicityColour = new JMenuItem();\r
3069 \r
3070   JMenuItem helixColour = new JMenuItem();\r
3071 \r
3072   JMenuItem strandColour = new JMenuItem();\r
3073 \r
3074   JMenuItem turnColour = new JMenuItem();\r
3075 \r
3076   JMenuItem buriedColour = new JMenuItem();\r
3077 \r
3078   JMenuItem purinePyrimidineColour = new JMenuItem();\r
3079 \r
3080   JMenuItem RNAInteractionColour = new JMenuItem();\r
3081 \r
3082   JMenuItem RNAHelixColour = new JMenuItem();\r
3083 \r
3084   JMenuItem userDefinedColour = new JMenuItem();\r
3085 \r
3086   JMenuItem PIDColour = new JMenuItem();\r
3087 \r
3088   JMenuItem BLOSUM62Colour = new JMenuItem();\r
3089 \r
3090   JMenuItem tcoffeeColour = new JMenuItem();\r
3091 \r
3092   JMenuItem njTreeBlosumMenuItem = new JMenuItem();\r
3093 \r
3094   JMenuItem avDistanceTreeBlosumMenuItem = new JMenuItem();\r
3095 \r
3096   JCheckBoxMenuItem annotationPanelMenuItem = new JCheckBoxMenuItem();\r
3097 \r
3098   JCheckBoxMenuItem colourTextMenuItem = new JCheckBoxMenuItem();\r
3099 \r
3100   JCheckBoxMenuItem displayNonconservedMenuItem = new JCheckBoxMenuItem();\r
3101 \r
3102   JMenuItem alProperties = new JMenuItem(\r
3103           MessageManager.getString("label.alignment_props"));\r
3104 \r
3105   JMenuItem overviewMenuItem = new JMenuItem();\r
3106 \r
3107   JMenuItem undoMenuItem = new JMenuItem();\r
3108 \r
3109   JMenuItem redoMenuItem = new JMenuItem();\r
3110 \r
3111   JCheckBoxMenuItem conservationMenuItem = new JCheckBoxMenuItem();\r
3112 \r
3113   JMenuItem noColourmenuItem = new JMenuItem();\r
3114 \r
3115   JCheckBoxMenuItem wrapMenuItem = new JCheckBoxMenuItem();\r
3116 \r
3117   JCheckBoxMenuItem renderGapsMenuItem = new JCheckBoxMenuItem();\r
3118 \r
3119   JMenuItem findMenuItem = new JMenuItem();\r
3120 \r
3121   JCheckBoxMenuItem abovePIDThreshold = new JCheckBoxMenuItem();\r
3122 \r
3123   JMenuItem nucleotideColour = new JMenuItem();\r
3124 \r
3125   JMenuItem deleteGroups = new JMenuItem();\r
3126 \r
3127   JMenuItem grpsFromSelection = new JMenuItem();\r
3128 \r
3129   JMenuItem createGroup = new JMenuItem();\r
3130 \r
3131   JMenuItem unGroup = new JMenuItem();\r
3132 \r
3133   JMenuItem delete = new JMenuItem();\r
3134 \r
3135   JMenuItem copy = new JMenuItem();\r
3136 \r
3137   JMenuItem cut = new JMenuItem();\r
3138 \r
3139   JMenu pasteMenu = new JMenu();\r
3140 \r
3141   JMenuItem pasteNew = new JMenuItem();\r
3142 \r
3143   JMenuItem pasteThis = new JMenuItem();\r
3144 \r
3145   JCheckBoxMenuItem applyToAllGroups = new JCheckBoxMenuItem();\r
3146 \r
3147   JMenuItem font = new JMenuItem();\r
3148 \r
3149   JCheckBoxMenuItem scaleAbove = new JCheckBoxMenuItem();\r
3150 \r
3151   JCheckBoxMenuItem scaleLeft = new JCheckBoxMenuItem();\r
3152 \r
3153   JCheckBoxMenuItem scaleRight = new JCheckBoxMenuItem();\r
3154 \r
3155   JMenuItem modifyPID = new JMenuItem();\r
3156 \r
3157   JMenuItem modifyConservation = new JMenuItem();\r
3158 \r
3159   JCheckBoxMenuItem autoCalculate = null;\r
3160 \r
3161   JCheckBoxMenuItem sortByTree = new JCheckBoxMenuItem(\r
3162           "Sort Alignment With New Tree", true);\r
3163 \r
3164   JMenu sortByTreeMenu = new JMenu();\r
3165 \r
3166   JMenuItem inputText = new JMenuItem();\r
3167 \r
3168   JMenuItem documentation = new JMenuItem();\r
3169 \r
3170   JMenuItem about = new JMenuItem();\r
3171 \r
3172   JCheckBoxMenuItem seqLimits = new JCheckBoxMenuItem();\r
3173 \r
3174   JCheckBoxMenuItem centreColumnLabelFlag = new JCheckBoxMenuItem();\r
3175 \r
3176   JCheckBoxMenuItem followMouseOverFlag = new JCheckBoxMenuItem();\r
3177 \r
3178   JCheckBoxMenuItem showSequenceLogo = new JCheckBoxMenuItem();\r
3179 \r
3180   JCheckBoxMenuItem applyAutoAnnotationSettings = new JCheckBoxMenuItem();\r
3181 \r
3182   JCheckBoxMenuItem showConsensusHistogram = new JCheckBoxMenuItem();\r
3183 \r
3184   JCheckBoxMenuItem showGroupConsensus = new JCheckBoxMenuItem();\r
3185 \r
3186   JCheckBoxMenuItem showGroupConservation = new JCheckBoxMenuItem();\r
3187 \r
3188   JCheckBoxMenuItem normSequenceLogo = new JCheckBoxMenuItem();\r
3189 \r
3190   /**\r
3191    * Initialise menus and other items\r
3192    * \r
3193    * @throws Exception\r
3194    */\r
3195   private void jbInit() throws Exception\r
3196   {\r
3197     setJMenuBar(alignFrameMenuBar);\r
3198 \r
3199     /*\r
3200      * Configure File menu items and actions\r
3201      */\r
3202     inputText\r
3203             .setLabel(MessageManager.getString("label.input_from_textbox"));\r
3204     inputText.addActionListener(this);\r
3205     JMenu outputTextboxMenu = new JMenu(\r
3206             MessageManager.getString("label.out_to_textbox"));\r
3207     for (int i = 0; i < AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)\r
3208     {\r
3209 \r
3210       JMenuItem item = new JMenuItem(AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);\r
3211 \r
3212       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
3213       {\r
3214         @Override\r
3215         public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
3216         {\r
3217           outputText_actionPerformed(e);\r
3218         }\r
3219       });\r
3220 \r
3221       outputTextboxMenu.add(item);\r
3222     }\r
3223     closeMenuItem.addActionListener(this);\r
3224     loadApplication.addActionListener(this);\r
3225     loadTree.addActionListener(this);\r
3226     loadAnnotations.addActionListener(this);\r
3227     outputFeatures.addActionListener(this);\r
3228     outputAnnotations.addActionListener(this);\r
3229 \r
3230     /*\r
3231      * Configure Edit menu items and actions\r
3232      */\r
3233     undoMenuItem.setEnabled(false);\r
3234     undoMenuItem.setLabel(MessageManager.getString("action.undo"));\r
3235     undoMenuItem.addActionListener(this);\r
3236     redoMenuItem.setEnabled(false);\r
3237     redoMenuItem.setLabel(MessageManager.getString("action.redo"));\r
3238     redoMenuItem.addActionListener(this);\r
3239     copy.setLabel(MessageManager.getString("action.copy"));\r
3240     copy.addActionListener(this);\r
3241     cut.setLabel(MessageManager.getString("action.cut"));\r
3242     cut.addActionListener(this);\r
3243     delete.setLabel(MessageManager.getString("action.delete"));\r
3244     delete.addActionListener(this);\r
3245     pasteMenu.setLabel(MessageManager.getString("action.paste"));\r
3246     pasteNew.setLabel(MessageManager.getString("label.to_new_alignment"));\r
3247     pasteNew.addActionListener(this);\r
3248     pasteThis.setLabel(MessageManager.getString("label.to_this_alignment"));\r
3249     pasteThis.addActionListener(this);\r
3250     remove2LeftMenuItem.setLabel(MessageManager\r
3251             .getString("action.remove_left"));\r
3252     remove2LeftMenuItem.addActionListener(this);\r
3253     remove2RightMenuItem.setLabel(MessageManager\r
3254             .getString("action.remove_right"));\r
3255     remove2RightMenuItem.addActionListener(this);\r
3256     removeGappedColumnMenuItem.setLabel(MessageManager\r
3257             .getString("action.remove_empty_columns"));\r
3258     removeGappedColumnMenuItem.addActionListener(this);\r
3259     removeAllGapsMenuItem.setLabel(MessageManager\r
3260             .getString("action.remove_all_gaps"));\r
3261     removeAllGapsMenuItem.addActionListener(this);\r
3262     removeRedundancyMenuItem.setLabel(MessageManager.getString(\r
3263             "action.remove_redundancy").concat("..."));\r
3264     removeRedundancyMenuItem.addActionListener(this);\r
3265 \r
3266     /*\r
3267      * Configure Select menu items and actions\r
3268      */\r
3269     findMenuItem.setLabel(MessageManager.getString("action.find"));\r
3270     findMenuItem.addActionListener(this);\r
3271     selectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
3272     deselectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
3273     invertSequenceMenuItem.setLabel(MessageManager\r
3274             .getString("action.invert_sequence_selection"));\r
3275     invertSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
3276     invertColSel.setLabel(MessageManager\r
3277             .getString("action.invert_column_selection"));\r
3278     invertColSel.addActionListener(this);\r
3279     deleteGroups.setLabel(MessageManager\r
3280             .getString("action.undefine_groups"));\r
3281     deleteGroups.addActionListener(this);\r
3282     grpsFromSelection.setLabel(MessageManager\r
3283             .getString("action.make_groups_selection"));\r
3284     grpsFromSelection.addActionListener(this);\r
3285     createGroup.setLabel(MessageManager.getString("action.create_group"));\r
3286     unGroup.setLabel(MessageManager.getString("action.remove_group"));\r
3287     annotationColumnSelection.setLabel("Select by Annotation");\r
3288     annotationColumnSelection.addActionListener(this);\r
3289 \r
3290     /*\r
3291      * Configure View menu items and actions\r
3292      */\r
3293     newView.setLabel(MessageManager.getString("action.new_view"));\r
3294     newView.addActionListener(this);\r
3295     JMenu showMenu = new JMenu(MessageManager.getString("action.show"));\r
3296     showColumns.setLabel(MessageManager.getString("label.all_columns"));\r
3297     showSeqs.setLabel(MessageManager.getString("label.all_sequences"));\r
3298     JMenu hideMenu = new JMenu(MessageManager.getString("action.hide"));\r
3299     hideColumns\r
3300             .setLabel(MessageManager.getString("label.selected_columns"));\r
3301     hideSequences.setLabel(MessageManager\r
3302             .getString("label.selected_sequences"));\r
3303     hideAllButSelection.setLabel(MessageManager\r
3304             .getString("label.all_but_selected_region"));\r
3305     hideAllSelection.setLabel(MessageManager\r
3306             .getString("label.selected_region"));\r
3307     showAllHidden.setLabel(MessageManager\r
3308             .getString("label.all_sequences_columns"));\r
3309     showColumns.addActionListener(this);\r
3310     showSeqs.addActionListener(this);\r
3311     hideColumns.addActionListener(this);\r
3312     hideSequences.addActionListener(this);\r
3313     hideAllButSelection.addActionListener(this);\r
3314     hideAllSelection.addActionListener(this);\r
3315     showAllHidden.addActionListener(this);\r
3316     featureSettings.setLabel(MessageManager\r
3317             .getString("label.feature_settings"));\r
3318     featureSettings.addActionListener(this);\r
3319     sequenceFeatures.setLabel(MessageManager\r
3320             .getString("label.show_sequence_features"));\r
3321     sequenceFeatures.addItemListener(this);\r
3322     sequenceFeatures.setState(false);\r
3323     followMouseOverFlag.setLabel(MessageManager\r
3324             .getString("label.automatic_scrolling"));\r
3325     followMouseOverFlag.addItemListener(this);\r
3326     alProperties.addActionListener(this);\r
3327     overviewMenuItem.setLabel(MessageManager\r
3328             .getString("label.overview_window"));\r
3329     overviewMenuItem.addActionListener(this);\r
3330 \r
3331     /*\r
3332      * Configure Annotations menu items and actions\r
3333      */\r
3334     annotationPanelMenuItem.setLabel(MessageManager\r
3335             .getString("label.show_annotations"));\r
3336     annotationPanelMenuItem.addItemListener(this);\r
3337     showGroupConsensus.setLabel(MessageManager\r
3338             .getString("label.group_consensus"));\r
3339     showGroupConservation.setLabel(MessageManager\r
3340             .getString("label.group_conservation"));\r
3341     showConsensusHistogram.setLabel(MessageManager\r
3342             .getString("label.show_consensus_histogram"));\r
3343     showSequenceLogo.setLabel(MessageManager\r
3344             .getString("label.show_consensus_logo"));\r
3345     normSequenceLogo.setLabel(MessageManager\r
3346             .getString("label.norm_consensus_logo"));\r
3347     applyAutoAnnotationSettings.setLabel(MessageManager\r
3348             .getString("label.apply_all_groups"));\r
3349     applyAutoAnnotationSettings.setState(true);\r
3350     JMenu autoAnnMenu = new JMenu(\r
3351             MessageManager.getString("label.autocalculated_annotation"));\r
3352     showGroupConsensus.addItemListener(this);\r
3353     showGroupConservation.addItemListener(this);\r
3354     showConsensusHistogram.addItemListener(this);\r
3355     showSequenceLogo.addItemListener(this);\r
3356     normSequenceLogo.addItemListener(this);\r
3357     applyAutoAnnotationSettings.addItemListener(this);\r
3358     showAlignmentAnnotations = new JCheckBoxMenuItem(\r
3359             MessageManager.getString("label.show_all_al_annotations"));\r
3360     showSequenceAnnotations = new JCheckBoxMenuItem(\r
3361             MessageManager.getString("label.show_all_seq_annotations"));\r
3362     sortAnnBySequence = new JCheckBoxMenuItem(\r
3363             MessageManager.getString("label.sort_annotations_by_sequence"));\r
3364     sortAnnByLabel = new JCheckBoxMenuItem(\r
3365             MessageManager.getString("label.sort_annotations_by_label"));\r
3366     showAutoFirst = new JCheckBoxMenuItem(\r
3367             MessageManager.getString("label.show_first"));\r
3368     showAutoLast = new JCheckBoxMenuItem(\r
3369             MessageManager.getString("label.show_last"));\r
3370     showAlignmentAnnotations.addItemListener(this);\r
3371     showSequenceAnnotations.addItemListener(this);\r
3372     sortAnnBySequence.addItemListener(this);\r
3373     sortAnnByLabel.addItemListener(this);\r
3374     showAutoFirst.addItemListener(this);\r
3375     showAutoLast.addItemListener(this);\r
3376 \r
3377     /*\r
3378      * Configure Format menu items and actions\r
3379      */\r
3380     font.setLabel(MessageManager.getString("action.font"));\r
3381     font.addActionListener(this);\r
3382     scaleAbove.setLabel(MessageManager.getString("action.scale_above"));\r
3383     scaleAbove.setState(true);\r
3384     scaleAbove.setEnabled(false);\r
3385     scaleAbove.addItemListener(this);\r
3386     scaleLeft.setEnabled(false);\r
3387     scaleLeft.setState(true);\r
3388     scaleLeft.setLabel(MessageManager.getString("action.scale_left"));\r
3389     scaleLeft.addItemListener(this);\r
3390     scaleRight.setEnabled(false);\r
3391     scaleRight.setState(true);\r
3392     scaleRight.setLabel(MessageManager.getString("action.scale_right"));\r
3393     scaleRight.addItemListener(this);\r
3394     viewBoxesMenuItem.setLabel(MessageManager.getString("action.boxes"));\r
3395     viewBoxesMenuItem.setState(true);\r
3396     viewBoxesMenuItem.addItemListener(this);\r
3397     viewTextMenuItem.setLabel(MessageManager.getString("action.text"));\r
3398     viewTextMenuItem.setState(true);\r
3399     viewTextMenuItem.addItemListener(this);\r
3400     colourTextMenuItem.setLabel(MessageManager\r
3401             .getString("label.colour_text"));\r
3402     colourTextMenuItem.addItemListener(this);\r
3403     displayNonconservedMenuItem.setLabel(MessageManager\r
3404             .getString("label.show_non_conversed"));\r
3405     displayNonconservedMenuItem.addItemListener(this);\r
3406     wrapMenuItem.setLabel(MessageManager.getString("action.wrap"));\r
3407     wrapMenuItem.addItemListener(this);\r
3408     renderGapsMenuItem.setLabel(MessageManager\r
3409             .getString("action.show_gaps"));\r
3410     renderGapsMenuItem.setState(true);\r
3411     renderGapsMenuItem.addItemListener(this);\r
3412     centreColumnLabelFlag.setLabel(MessageManager\r
3413             .getString("label.centre_column_labels"));\r
3414     centreColumnLabelFlag.addItemListener(this);\r
3415     seqLimits.setState(true);\r
3416     seqLimits.setLabel(MessageManager\r
3417             .getString("label.show_sequence_limits"));\r
3418     seqLimits.addItemListener(this);\r
3419 \r
3420     /*\r
3421      * Configure Colour menu items and actions\r
3422      */\r
3423     applyToAllGroups.setLabel(MessageManager\r
3424             .getString("label.apply_colour_to_all_groups"));\r
3425     applyToAllGroups.setState(true);\r
3426     applyToAllGroups.addItemListener(this);\r
3427     clustalColour.setLabel(MessageManager.getString("label.clustalx"));\r
3428     clustalColour.addActionListener(this);\r
3429     zappoColour.setLabel(MessageManager.getString("label.zappo"));\r
3430     zappoColour.addActionListener(this);\r
3431     taylorColour.setLabel(MessageManager.getString("label.taylor"));\r
3432     taylorColour.addActionListener(this);\r
3433     hydrophobicityColour.setLabel(MessageManager\r
3434             .getString("label.hydrophobicity"));\r
3435     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
3436     helixColour\r
3437             .setLabel(MessageManager.getString("label.helix_propensity"));\r
3438     helixColour.addActionListener(this);\r
3439     strandColour.setLabel(MessageManager\r
3440             .getString("label.strand_propensity"));\r
3441     strandColour.addActionListener(this);\r
3442     turnColour.setLabel(MessageManager.getString("label.turn_propensity"));\r
3443     turnColour.addActionListener(this);\r
3444     buriedColour.setLabel(MessageManager.getString("label.buried_index"));\r
3445     buriedColour.addActionListener(this);\r
3446     purinePyrimidineColour.setLabel(MessageManager\r
3447             .getString("label.purine_pyrimidine"));\r
3448     purinePyrimidineColour.addActionListener(this);\r
3449     RNAInteractionColour.setLabel(MessageManager\r
3450             .getString("label.rna_interaction"));\r
3451     RNAInteractionColour.addActionListener(this);\r
3452     RNAHelixColour.setLabel(MessageManager\r
3453             .getString("action.by_rna_helixes"));\r
3454     RNAHelixColour.addActionListener(this);\r
3455     userDefinedColour.setLabel(MessageManager\r
3456             .getString("action.user_defined"));\r
3457     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
3458     PIDColour.setLabel(MessageManager\r
3459             .getString("label.percentage_identity"));\r
3460     PIDColour.addActionListener(this);\r
3461     BLOSUM62Colour.setLabel(MessageManager\r
3462             .getString("label.blosum62_score"));\r
3463     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
3464     tcoffeeColour\r
3465             .setLabel(MessageManager.getString("label.tcoffee_scores"));\r
3466     // it will be enabled only if a score file is provided\r
3467     tcoffeeColour.setEnabled(false);\r
3468     tcoffeeColour.addActionListener(this);\r
3469     conservationMenuItem.setLabel(MessageManager\r
3470             .getString("action.by_conservation"));\r
3471     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
3472     noColourmenuItem.setLabel(MessageManager.getString("label.none"));\r
3473     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
3474     abovePIDThreshold.setLabel(MessageManager\r
3475             .getString("label.above_identity_threshold"));\r
3476     abovePIDThreshold.addItemListener(this);\r
3477     nucleotideColour.setLabel(MessageManager.getString("label.nucleotide"));\r
3478     nucleotideColour.addActionListener(this);\r
3479     modifyPID.setLabel(MessageManager\r
3480             .getString("label.modify_identity_thereshold"));\r
3481     modifyPID.addActionListener(this);\r
3482     modifyConservation.setLabel(MessageManager\r
3483             .getString("label.modify_conservation_thereshold"));\r
3484     modifyConservation.addActionListener(this);\r
3485     annotationColour.setLabel(MessageManager\r
3486             .getString("action.by_annotation"));\r
3487     annotationColour.addActionListener(this);\r
3488 \r
3489     /*\r
3490      * Configure Calculate menu items and actions\r
3491      */\r
3492     sortPairwiseMenuItem.setLabel(MessageManager\r
3493             .getString("action.by_pairwise_id"));\r
3494     sortPairwiseMenuItem.addActionListener(this);\r
3495     sortIDMenuItem.setLabel(MessageManager.getString("action.by_id"));\r
3496     sortIDMenuItem.addActionListener(this);\r
3497     sortLengthMenuItem.setLabel(MessageManager\r
3498             .getString("action.by_length"));\r
3499     sortLengthMenuItem.addActionListener(this);\r
3500     sortGroupMenuItem.setLabel(MessageManager.getString("action.by_group"));\r
3501     sortGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
3502     pairwiseAlignmentMenuItem.setLabel(MessageManager\r
3503             .getString("action.pairwise_alignment"));\r
3504     pairwiseAlignmentMenuItem.addActionListener(this);\r
3505     PCAMenuItem.setLabel(MessageManager\r
3506             .getString("label.principal_component_analysis"));\r
3507     PCAMenuItem.addActionListener(this);\r
3508     autoCalculate = new JCheckBoxMenuItem(\r
3509             MessageManager.getString("label.autocalculate_consensus"), true);\r
3510     averageDistanceTreeMenuItem.setLabel(MessageManager\r
3511             .getString("label.average_distance_identity"));\r
3512     averageDistanceTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
3513     neighbourTreeMenuItem.setLabel(MessageManager\r
3514             .getString("label.neighbour_joining_identity"));\r
3515     neighbourTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
3516     avDistanceTreeBlosumMenuItem.setLabel(MessageManager\r
3517             .getString("label.average_distance_bloslum62"));\r
3518     avDistanceTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
3519     njTreeBlosumMenuItem.setLabel(MessageManager\r
3520             .getString("label.neighbour_blosum62"));\r
3521     njTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
3522     sortByTreeMenu.setLabel(MessageManager\r
3523             .getString("action.by_tree_order"));\r
3524     JMenu sortMenu = new JMenu(MessageManager.getString("action.sort"));\r
3525     JMenu calculateTreeMenu = new JMenu(\r
3526             MessageManager.getString("action.calculate_tree"));\r
3527     autoCalculate.addItemListener(this);\r
3528     sortByTree.addItemListener(this);\r
3529 \r
3530     /*\r
3531      * Configure Help menu items and actions\r
3532      */\r
3533     JMenu helpMenu = new JMenu(MessageManager.getString("action.help"));\r
3534     documentation.setLabel(MessageManager.getString("label.documentation"));\r
3535     documentation.addActionListener(this);\r
3536     about.setLabel(MessageManager.getString("label.about"));\r
3537     about.addActionListener(this);\r
3538 \r
3539     /*\r
3540      * Add top level menus to frame\r
3541      */\r
3542     alignFrameMenuBar.add(fileMenu);\r
3543     JMenu editMenu = new JMenu(MessageManager.getString("action.edit"));\r
3544     alignFrameMenuBar.add(editMenu);\r
3545     JMenu selectMenu = new JMenu(MessageManager.getString("action.select"));\r
3546     alignFrameMenuBar.add(selectMenu);\r
3547     JMenu viewMenu = new JMenu(MessageManager.getString("action.view"));\r
3548     alignFrameMenuBar.add(viewMenu);\r
3549     JMenu annotationsMenu = new JMenu(\r
3550             MessageManager.getString("action.annotations"));\r
3551     alignFrameMenuBar.add(annotationsMenu);\r
3552     JMenu formatMenu = new JMenu(MessageManager.getString("action.format"));\r
3553     alignFrameMenuBar.add(formatMenu);\r
3554     JMenu colourMenu = new JMenu(MessageManager.getString("action.colour"));\r
3555     alignFrameMenuBar.add(colourMenu);\r
3556     JMenu calculateMenu = new JMenu(\r
3557             MessageManager.getString("action.calculate"));\r
3558     alignFrameMenuBar.add(calculateMenu);\r
3559     alignFrameMenuBar.add(helpMenu);\r
3560 \r
3561     /*\r
3562      * File menu\r
3563      */\r
3564     fileMenu.add(inputText);\r
3565     fileMenu.add(loadTree);\r
3566     fileMenu.add(loadAnnotations);\r
3567     fileMenu.addSeparator();\r
3568     fileMenu.add(outputTextboxMenu);\r
3569     fileMenu.add(outputFeatures);\r
3570     fileMenu.add(outputAnnotations);\r
3571     if (jalviewServletURL != null)\r
3572     {\r
3573       fileMenu.add(loadApplication);\r
3574     }\r
3575     fileMenu.addSeparator();\r
3576     fileMenu.add(closeMenuItem);\r
3577 \r
3578     /*\r
3579      * Edit menu\r
3580      */\r
3581     editMenu.add(undoMenuItem);\r
3582     editMenu.add(redoMenuItem);\r
3583     editMenu.add(cut);\r
3584     editMenu.add(copy);\r
3585     pasteMenu.add(pasteNew);\r
3586     pasteMenu.add(pasteThis);\r
3587     editMenu.add(pasteMenu);\r
3588     editMenu.add(delete);\r
3589     editMenu.addSeparator();\r
3590     editMenu.add(remove2LeftMenuItem);\r
3591     editMenu.add(remove2RightMenuItem);\r
3592     editMenu.add(removeGappedColumnMenuItem);\r
3593     editMenu.add(removeAllGapsMenuItem);\r
3594     editMenu.add(removeRedundancyMenuItem);\r
3595 \r
3596     /*\r
3597      * Select menu\r
3598      */\r
3599     selectMenu.add(findMenuItem);\r
3600     selectMenu.addSeparator();\r
3601     selectMenu.add(selectAllSequenceMenuItem);\r
3602     selectMenu.add(deselectAllSequenceMenuItem);\r
3603     selectMenu.add(invertSequenceMenuItem);\r
3604     selectMenu.add(invertColSel);\r
3605     selectMenu.add(createGroup);\r
3606     selectMenu.add(unGroup);\r
3607     selectMenu.add(grpsFromSelection);\r
3608     selectMenu.add(deleteGroups);\r
3609     selectMenu.add(annotationColumnSelection);\r
3610 \r
3611     /*\r
3612      * View menu\r
3613      */\r
3614     viewMenu.add(newView);\r
3615     viewMenu.addSeparator();\r
3616     showMenu.add(showColumns);\r
3617     showMenu.add(showSeqs);\r
3618     showMenu.add(showAllHidden);\r
3619     viewMenu.add(showMenu);\r
3620     hideMenu.add(hideColumns);\r
3621     hideMenu.add(hideSequences);\r
3622     hideMenu.add(hideAllSelection);\r
3623     hideMenu.add(hideAllButSelection);\r
3624     viewMenu.add(hideMenu);\r
3625     viewMenu.addSeparator();\r
3626     viewMenu.add(followMouseOverFlag);\r
3627     viewMenu.addSeparator();\r
3628     viewMenu.add(sequenceFeatures);\r
3629     viewMenu.add(featureSettings);\r
3630     viewMenu.addSeparator();\r
3631     viewMenu.add(alProperties);\r
3632     viewMenu.addSeparator();\r
3633     viewMenu.add(overviewMenuItem);\r
3634 \r
3635     /*\r
3636      * Annotations menu\r
3637      */\r
3638     annotationsMenu.add(annotationPanelMenuItem);\r
3639     annotationsMenu.addSeparator();\r
3640     annotationsMenu.add(showAlignmentAnnotations);\r
3641     annotationsMenu.add(showSequenceAnnotations);\r
3642     annotationsMenu.add(sortAnnBySequence);\r
3643     annotationsMenu.add(sortAnnByLabel);\r
3644     annotationsMenu.addSeparator();\r
3645     autoAnnMenu.add(showAutoFirst);\r
3646     autoAnnMenu.add(showAutoLast);\r
3647     autoAnnMenu.addSeparator();\r
3648     autoAnnMenu.add(applyAutoAnnotationSettings);\r
3649     autoAnnMenu.add(showConsensusHistogram);\r
3650     autoAnnMenu.add(showSequenceLogo);\r
3651     autoAnnMenu.add(normSequenceLogo);\r
3652     autoAnnMenu.addSeparator();\r
3653     autoAnnMenu.add(showGroupConservation);\r
3654     autoAnnMenu.add(showGroupConsensus);\r
3655     annotationsMenu.add(autoAnnMenu);\r
3656 \r
3657     /*\r
3658      * Format menu\r
3659      */\r
3660     formatMenu.add(font);\r
3661     formatMenu.add(seqLimits);\r
3662     formatMenu.add(wrapMenuItem);\r
3663     formatMenu.add(scaleAbove);\r
3664     formatMenu.add(scaleLeft);\r
3665     formatMenu.add(scaleRight);\r
3666     formatMenu.add(viewBoxesMenuItem);\r
3667     formatMenu.add(viewTextMenuItem);\r
3668     formatMenu.add(colourTextMenuItem);\r
3669     formatMenu.add(displayNonconservedMenuItem);\r
3670     formatMenu.add(renderGapsMenuItem);\r
3671     formatMenu.add(centreColumnLabelFlag);\r
3672 \r
3673     /*\r
3674      * Colour menu\r
3675      */\r
3676     colourMenu.add(applyToAllGroups);\r
3677     colourMenu.addSeparator();\r
3678     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
3679     colourMenu.add(clustalColour);\r
3680     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
3681     colourMenu.add(PIDColour);\r
3682     colourMenu.add(zappoColour);\r
3683     colourMenu.add(taylorColour);\r
3684     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
3685     colourMenu.add(helixColour);\r
3686     colourMenu.add(strandColour);\r
3687     colourMenu.add(turnColour);\r
3688     colourMenu.add(buriedColour);\r
3689     colourMenu.add(nucleotideColour);\r
3690     colourMenu.add(purinePyrimidineColour);\r
3691     // colourMenu.add(RNAInteractionColour);\r
3692     colourMenu.add(tcoffeeColour);\r
3693     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
3694     colourMenu.addSeparator();\r
3695     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
3696     colourMenu.add(modifyConservation);\r
3697     colourMenu.add(abovePIDThreshold);\r
3698     colourMenu.add(modifyPID);\r
3699     colourMenu.add(annotationColour);\r
3700     colourMenu.add(RNAHelixColour);\r
3701 \r
3702     /*\r
3703      * Calculate menu\r
3704      */\r
3705     sortMenu.add(sortIDMenuItem);\r
3706     sortMenu.add(sortLengthMenuItem);\r
3707     sortMenu.add(sortByTreeMenu);\r
3708     sortMenu.add(sortGroupMenuItem);\r
3709     sortMenu.add(sortPairwiseMenuItem);\r
3710     calculateMenu.add(sortMenu);\r
3711     calculateTreeMenu.add(averageDistanceTreeMenuItem);\r
3712     calculateTreeMenu.add(neighbourTreeMenuItem);\r
3713     calculateTreeMenu.add(avDistanceTreeBlosumMenuItem);\r
3714     calculateTreeMenu.add(njTreeBlosumMenuItem);\r
3715     calculateMenu.add(calculateTreeMenu);\r
3716     calculateMenu.addSeparator();\r
3717     calculateMenu.add(pairwiseAlignmentMenuItem);\r
3718     calculateMenu.add(PCAMenuItem);\r
3719     calculateMenu.add(autoCalculate);\r
3720     calculateMenu.add(sortByTree);\r
3721 \r
3722     /*\r
3723      * Help menu\r
3724      */\r
3725     helpMenu.add(documentation);\r
3726     helpMenu.add(about);\r
3727 \r
3728     /*\r
3729      * Status bar\r
3730      */\r
3731     statusBar.setBackground(Color.white);\r
3732     statusBar.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
3733     statusBar.setText(MessageManager.getString("label.status_bar"));\r
3734     this.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3735   }\r
3736 \r
3737   public void setStatus(String string)\r
3738   {\r
3739     statusBar.setText(string);\r
3740   };\r
3741 \r
3742   JMenuItem featureSettings = new JMenuItem();\r
3743 \r
3744   JCheckBoxMenuItem sequenceFeatures = new JCheckBoxMenuItem();\r
3745 \r
3746   JMenuItem annotationColour = new JMenuItem();\r
3747 \r
3748   JMenuItem annotationColumnSelection = new JMenuItem();\r
3749 \r
3750   JMenuItem invertColSel = new JMenuItem();\r
3751 \r
3752   JMenuItem showColumns = new JMenuItem();\r
3753 \r
3754   JMenuItem showSeqs = new JMenuItem();\r
3755 \r
3756   JMenuItem hideColumns = new JMenuItem();\r
3757 \r
3758   JMenuItem hideSequences = new JMenuItem();\r
3759 \r
3760   JMenuItem hideAllButSelection = new JMenuItem();\r
3761 \r
3762   JMenuItem hideAllSelection = new JMenuItem();\r
3763 \r
3764   JMenuItem showAllHidden = new JMenuItem();\r
3765 \r
3766   JMenuItem newView = new JMenuItem();\r
3767 \r
3768   private JCheckBoxMenuItem showAlignmentAnnotations;\r
3769 \r
3770   private JCheckBoxMenuItem showSequenceAnnotations;\r
3771 \r
3772   private JCheckBoxMenuItem sortAnnBySequence;\r
3773 \r
3774   private JCheckBoxMenuItem sortAnnByLabel;\r
3775 \r
3776   private JCheckBoxMenuItem showAutoFirst;\r
3777 \r
3778   private JCheckBoxMenuItem showAutoLast;\r
3779 \r
3780   private SplitFrame splitFrame;\r
3781 \r
3782   /**\r
3783    * Attach the alignFrame panels after embedding menus, if necessary. This used\r
3784    * to be called setEmbedded, but is now creates the dropdown menus in a\r
3785    * platform independent manner to avoid OSX/Mac menu appendage daftness.\r
3786    * \r
3787    * @param reallyEmbedded\r
3788    *          true to attach the view to the applet area on the page rather than\r
3789    *          in a new window\r
3790    */\r
3791   public void createAlignFrameWindow(boolean reallyEmbedded)\r
3792   {\r
3793     if (reallyEmbedded)\r
3794     {\r
3795       embedAlignFrameInApplet(viewport.applet);\r
3796     }\r
3797     else\r
3798     {\r
3799       // //////\r
3800       // test and embed menu bar if necessary.\r
3801       //\r
3802       if (embedMenuIfNeeded(alignPanel))\r
3803       {\r
3804         /*\r
3805          * adjust for status bar height too. ? pointless as overridden by layout\r
3806          * manager\r
3807          */\r
3808         alignPanel.setSize(getSize().width,\r
3809                 getSize().height - statusBar.getHeight());\r
3810       }\r
3811       add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3812       add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3813       // and register with the applet so it can pass external API calls to us\r
3814       JalviewLite.addFrame(this, this.getTitle(),\r
3815               frameWidth,\r
3816               frameHeight);\r
3817     }\r
3818   }\r
3819 \r
3820   /**\r
3821    * Add the components of this AlignFrame to the applet container.\r
3822    * \r
3823    * @param theApplet\r
3824    */\r
3825   public void embedAlignFrameInApplet(final JalviewLite theApplet)\r
3826   {\r
3827     // ////\r
3828     // Explicitly build the embedded menu panel for the on-page applet\r
3829     //\r
3830     // view cannot be closed if its actually on the page\r
3831     fileMenu.remove(closeMenuItem);\r
3832     fileMenu.remove(3); // Remove Separator\r
3833     // construct embedded menu, using default font\r
3834     embeddedMenu = makeEmbeddedPopupMenu(alignFrameMenuBar, false, false);\r
3835     // and actually add the components to the applet area\r
3836     theApplet.setLayout(new BorderLayout());\r
3837     theApplet.add(embeddedMenu, BorderLayout.NORTH);\r
3838     theApplet.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3839     // TODO should size be left to the layout manager?\r
3840     alignPanel.setSize(theApplet.getSize().width,\r
3841             theApplet.getSize().height - embeddedMenu.getHeight()\r
3842                     - statusBar.getHeight());\r
3843     theApplet.add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3844     final AlignFrame me = this;\r
3845     theApplet.addFocusListener(new FocusListener()\r
3846     {\r
3847 \r
3848       @Override\r
3849       public void focusLost(FocusEvent e)\r
3850       {\r
3851         if (theApplet.currentAlignFrame == me)\r
3852         {\r
3853           theApplet.currentAlignFrame = null;\r
3854         }\r
3855       }\r
3856 \r
3857       @Override\r
3858       public void focusGained(FocusEvent e)\r
3859       {\r
3860         theApplet.currentAlignFrame = me;\r
3861       }\r
3862     });\r
3863     theApplet.validate();\r
3864   }\r
3865 \r
3866   /**\r
3867    * create a new binding between structures in an existing jmol viewer instance\r
3868    * and an alignpanel with sequences that have existing PDBFile entries. Note,\r
3869    * this does not open a new Jmol window, or modify the display of the\r
3870    * structures in the original jmol window. Note This method doesn't work\r
3871    * without an additional javascript library to exchange messages between the\r
3872    * distinct applets. See http://issues.jalview.org/browse/JAL-621\r
3873    * \r
3874    * @param viewer\r
3875    *          JmolViewer instance\r
3876    * @param sequenceIds\r
3877    *          - sequence Ids to search for associations\r
3878    */\r
3879   public SequenceStructureBinding addStructureViewInstance(\r
3880           Object jmolviewer, String[] sequenceIds)\r
3881   {\r
3882     Viewer viewer = null;\r
3883     try\r
3884     {\r
3885       viewer = (Viewer) jmolviewer;\r
3886     } catch (ClassCastException ex)\r
3887     {\r
3888       System.err.println("Unsupported viewer object :"\r
3889               + jmolviewer.getClass());\r
3890     }\r
3891     if (viewer == null)\r
3892     {\r
3893       System.err.println("Can't use this object as a structure viewer:"\r
3894               + jmolviewer.getClass());\r
3895       return null;\r
3896     }\r
3897     SequenceI[] seqs = null;\r
3898     if (sequenceIds == null || sequenceIds.length == 0)\r
3899     {\r
3900       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
3901     }\r
3902     else\r
3903     {\r
3904       Vector sqi = new Vector();\r
3905       AlignmentI al = viewport.getAlignment();\r
3906       for (int sid = 0; sid < sequenceIds.length; sid++)\r
3907       {\r
3908         SequenceI sq = al.findName(sequenceIds[sid]);\r
3909         if (sq != null)\r
3910         {\r
3911           sqi.addElement(sq);\r
3912         }\r
3913       }\r
3914       if (sqi.size() > 0)\r
3915       {\r
3916         seqs = new SequenceI[sqi.size()];\r
3917         for (int sid = 0, sSize = sqi.size(); sid < sSize; sid++)\r
3918         {\r
3919           seqs[sid] = (SequenceI) sqi.elementAt(sid);\r
3920         }\r
3921       }\r
3922       else\r
3923       {\r
3924         return null;\r
3925       }\r
3926     }\r
3927     AAStructureBindingModel jmv = null;\r
3928     // TODO: search for a jmv that involves viewer\r
3929     if (jmv == null)\r
3930     { // create a new viewer/jalview binding.\r
3931       jmv = new ExtJmol(viewer, alignPanel, new SequenceI[][]\r
3932       { seqs });\r
3933     }\r
3934     return jmv;\r
3935 \r
3936   }\r
3937 \r
3938   /**\r
3939    * bind a pdb file to a sequence in the current view\r
3940    * \r
3941    * @param sequenceId\r
3942    *          - sequenceId within the dataset.\r
3943    * @param pdbEntryString\r
3944    *          - the short name for the PDB file\r
3945    * @param pdbFile\r
3946    *          - pdb file - either a URL or a valid PDB file.\r
3947    * @return true if binding was as success TODO: consider making an exception\r
3948    *         structure for indicating when PDB parsing or sequenceId location\r
3949    *         fails.\r
3950    */\r
3951   public boolean addPdbFile(String sequenceId, String pdbEntryString,\r
3952           String pdbFile)\r
3953   {\r
3954     SequenceI toaddpdb = viewport.getAlignment().findName(sequenceId);\r
3955     boolean needtoadd = false;\r
3956     if (toaddpdb != null)\r
3957     {\r
3958       Vector pdbe = toaddpdb.getPDBId();\r
3959       PDBEntry pdbentry = null;\r
3960       if (pdbe != null && pdbe.size() > 0)\r
3961       {\r
3962         for (int pe = 0, peSize = pdbe.size(); pe < peSize; pe++)\r
3963         {\r
3964           pdbentry = (PDBEntry) pdbe.elementAt(pe);\r
3965           if (!pdbentry.getId().equals(pdbEntryString)\r
3966                   && !pdbentry.getFile().equals(pdbFile))\r
3967           {\r
3968             pdbentry = null;\r
3969           }\r
3970           else\r
3971           {\r
3972             continue;\r
3973           }\r
3974         }\r
3975       }\r
3976       if (pdbentry == null)\r
3977       {\r
3978         pdbentry = new PDBEntry();\r
3979         pdbentry.setId(pdbEntryString);\r
3980         pdbentry.setFile(pdbFile);\r
3981         needtoadd = true; // add this new entry to sequence.\r
3982       }\r
3983       // resolve data source\r
3984       // TODO: this code should be a refactored to an io package\r
3985       String protocol = AppletFormatAdapter.resolveProtocol(pdbFile, "PDB");\r
3986       if (protocol == null)\r
3987       {\r
3988         return false;\r
3989       }\r
3990       if (needtoadd)\r
3991       {\r
3992         // make a note of the access mode and add\r
3993         if (pdbentry.getProperty() == null)\r
3994         {\r
3995           pdbentry.setProperty(new Hashtable());\r
3996         }\r
3997         pdbentry.getProperty().put("protocol", protocol);\r
3998         toaddpdb.addPDBId(pdbentry);\r
3999         alignPanel.getStructureSelectionManager()\r
4000                 .registerPDBEntry(pdbentry);\r
4001       }\r
4002     }\r
4003     return true;\r
4004   }\r
4005 \r
4006   private Object[] cleanSeqChainArrays(SequenceI[] seqs, String[] chains)\r
4007   {\r
4008     if (seqs != null)\r
4009     {\r
4010       Vector sequences = new Vector();\r
4011       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
4012       {\r
4013         if (seqs[i] != null)\r
4014         {\r
4015           sequences.addElement(new Object[]\r
4016           { seqs[i], (chains != null) ? chains[i] : null });\r
4017         }\r
4018       }\r
4019       seqs = new SequenceI[sequences.size()];\r
4020       chains = new String[sequences.size()];\r
4021       for (int i = 0, isize = sequences.size(); i < isize; i++)\r
4022       {\r
4023         Object[] oj = (Object[]) sequences.elementAt(i);\r
4024 \r
4025         seqs[i] = (SequenceI) oj[0];\r
4026         chains[i] = (String) oj[1];\r
4027       }\r
4028     }\r
4029     return new Object[]\r
4030     { seqs, chains };\r
4031 \r
4032   }\r
4033 \r
4034   public void newStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry pdb,\r
4035           SequenceI[] seqs, String[] chains, String protocol)\r
4036   {\r
4037     // Scrub any null sequences from the array\r
4038     Object[] sqch = cleanSeqChainArrays(seqs, chains);\r
4039     seqs = (SequenceI[]) sqch[0];\r
4040     chains = (String[]) sqch[1];\r
4041     if (seqs == null || seqs.length == 0)\r
4042     {\r
4043       System.err\r
4044               .println("JalviewLite.AlignFrame:newStructureView: No sequence to bind structure to.");\r
4045     }\r
4046     if (protocol == null || protocol.trim().length() == 0\r
4047             || protocol.equals("null"))\r
4048     {\r
4049       protocol = (String) pdb.getProperty().get("protocol");\r
4050       if (protocol == null)\r
4051       {\r
4052         System.err.println("Couldn't work out protocol to open structure: "\r
4053                 + pdb.getId());\r
4054         return;\r
4055       }\r
4056     }\r
4057     if (applet.useXtrnalSviewer)\r
4058     {\r
4059       // register the association(s) and quit, don't create any windows.\r
4060       if (StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(applet)\r
4061               .setMapping(seqs, chains, pdb.getFile(), protocol) == null)\r
4062       {\r
4063         System.err.println("Failed to map " + pdb.getFile() + " ("\r
4064                 + protocol + ") to any sequences");\r
4065       }\r
4066       return;\r
4067     }\r
4068     if (applet.isAlignPdbStructures() && applet.jmolAvailable)\r
4069     {\r
4070       // can only do alignments with Jmol\r
4071       // find the last jmol window assigned to this alignment\r
4072       AppletJmol ajm = null, tajm;\r
4073       Vector jmols = applet\r
4074 .getAppletWindow(AppletJmol.class);\r
4075       for (int i = 0, iSize = jmols.size(); i < iSize; i++)\r
4076       {\r
4077         tajm = (AppletJmol) jmols.elementAt(i);\r
4078         if (tajm.ap.alignFrame == this)\r
4079         {\r
4080           ajm = tajm;\r
4081           break;\r
4082         }\r
4083       }\r
4084       if (ajm != null)\r
4085       {\r
4086         System.err\r
4087                 .println("Incremental adding and aligning structure to existing Jmol view not yet implemented.");\r
4088         // try and add the pdb structure\r
4089         // ajm.addS\r
4090         ajm = null;\r
4091       }\r
4092     }\r
4093     // otherwise, create a new window\r
4094 //    if (applet.jmolAvailable)\r
4095 //    {\r
4096       new AppletJmol(pdb, seqs, chains, alignPanel, protocol);\r
4097       applet.lastFrameX += 40;\r
4098       applet.lastFrameY += 40;\r
4099 //    }\r
4100 //    else\r
4101 //    {\r
4102 //      new MCview.AppletPDBViewer(pdb, seqs, chains, alignPanel, protocol);\r
4103 //    }\r
4104 \r
4105   }\r
4106 \r
4107   public void alignedStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry[] pdb,\r
4108           SequenceI[][] seqs, String[][] chains, String[] protocols)\r
4109   {\r
4110     // TODO Auto-generated method stub\r
4111     System.err.println("Aligned Structure View: Not yet implemented.");\r
4112   }\r
4113 \r
4114   /**\r
4115    * modify the current selection, providing the user has not made a selection\r
4116    * already.\r
4117    * \r
4118    * @param sel\r
4119    *          - sequences from this alignment\r
4120    * @param csel\r
4121    *          - columns to be selected on the alignment\r
4122    */\r
4123   public void select(SequenceGroup sel, ColumnSelection csel)\r
4124   {\r
4125     alignPanel.seqPanel.selection(sel, csel, null);\r
4126   }\r
4127 \r
4128   public void scrollTo(int row, int column)\r
4129   {\r
4130     alignPanel.seqPanel.scrollTo(row, column);\r
4131   }\r
4132 \r
4133   public void scrollToRow(int row)\r
4134   {\r
4135     alignPanel.seqPanel.scrollToRow(row);\r
4136   }\r
4137 \r
4138   public void scrollToColumn(int column)\r
4139   {\r
4140     alignPanel.seqPanel.scrollToColumn(column);\r
4141   }\r
4142 \r
4143   /**\r
4144    * @return the alignments unique ID.\r
4145    */\r
4146   public String getSequenceSetId()\r
4147   {\r
4148     return viewport.getSequenceSetId();\r
4149   }\r
4150 \r
4151   /**\r
4152    * Load the (T-Coffee) score file from the specified url\r
4153    * \r
4154    * @param source\r
4155    *          File/URL/T-COFFEE score file contents\r
4156    * @throws IOException\r
4157    * @return true if alignment was annotated with data from source\r
4158    */\r
4159   public boolean loadScoreFile(String source) throws IOException\r
4160   {\r
4161 \r
4162    AlignFile file = GenericFileAdapter.newTCoffeeScoreFile(source,\r
4163             AppletFormatAdapter.checkProtocol(source));\r
4164     if (!file.isValid())\r
4165     {\r
4166       // TODO: raise dialog for gui\r
4167       System.err.println("Problems parsing T-Coffee scores: "\r
4168               + file.getWarningMessage());\r
4169       System.err.println("Origin was:\n" + source);\r
4170       return false;\r
4171     }\r
4172 \r
4173     /*\r
4174      * check that the score matrix matches the alignment dimensions\r
4175      */\r
4176     AlignmentI aln;\r
4177     if ((aln = viewport.getAlignment()) != null\r
4178             && (aln.getHeight() != file.getHeight() || aln.getWidth() != file\r
4179                     .getWidth()))\r
4180     {\r
4181       // TODO: raise a dialog box here rather than bomb out.\r
4182       System.err\r
4183               .println("The scores matrix does not match the alignment dimensions");\r
4184 \r
4185     }\r
4186 \r
4187     // TODO add parameter to indicate if matching should be done\r
4188     if (file.annotateAlignment(alignPanel.getAlignment(), false))\r
4189     {\r
4190       alignPanel.fontChanged();\r
4191       tcoffeeColour.setEnabled(true);\r
4192       // switch to this color\r
4193       changeColour(new TCoffeeColourScheme(alignPanel.getAlignment()));\r
4194       return true;\r
4195     }\r
4196     else\r
4197     {\r
4198       System.err.println("Problems resolving T-Coffee scores:");\r
4199       if (file.getWarningMessage() != null)\r
4200       {\r
4201         System.err.println(file.getWarningMessage());\r
4202       }\r
4203     }\r
4204     return false;\r
4205   }\r
4206 \r
4207   public SplitFrame getSplitFrame()\r
4208   {\r
4209     return this.splitFrame;\r
4210   }\r
4211 \r
4212   public void setSplitFrame(SplitFrame sf)\r
4213   {\r
4214     this.splitFrame = sf;\r
4215   }\r
4216 \r
4217     // may not need this\r
4218   @Override\r
4219   public void setShowSeqFeatures(boolean b)\r
4220   {\r
4221     // showSeqFeatures.setSelected(b);\r
4222     viewport.setShowSequenceFeatures(b);\r
4223 \r
4224   }\r
4225 \r
4226   @Override\r
4227   public void setMenusForViewport()\r
4228   {\r
4229     // setMenusFromViewport(viewport);\r
4230 \r
4231   }\r
4232   @Override\r
4233   public void refreshFeatureUI(boolean enableIfNecessary)\r
4234   {\r
4235     if (enableIfNecessary)\r
4236     {\r
4237       sequenceFeatures.setState(true);\r
4238       alignPanel.av.setShowSequenceFeatures(true);\r
4239     }\r
4240   }\r
4241 \r
4242   @Override\r
4243   public FeatureSettingsControllerI getFeatureSettingsUI()\r
4244   {\r
4245     return alignPanel.av.featureSettings;\r
4246   }\r
4247 \r
4248 }\r