unused/appletgui/OverviewPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)\r
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3\r
  10  * of the License, or (at your option) any later version.\r
  11  *  \r
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  16  * \r
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.\r
  20  */\r
  21 package jalview.appletgui;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  25 \r
  26 import java.awt.Color;\r
  27 import java.awt.Dimension;\r
  28 import java.awt.Frame;\r
  29 import java.awt.Graphics;\r
  30 import java.awt.Image;\r
  31 import java.awt.Panel;\r
  32 import java.awt.event.ComponentAdapter;\r
  33 import java.awt.event.ComponentEvent;\r
  34 import java.awt.event.MouseEvent;\r
  35 import java.awt.event.MouseListener;\r
  36 import java.awt.event.MouseMotionListener;\r
  37 \r
  38 public class OverviewPanel extends Panel implements Runnable,\r
  39         MouseMotionListener, MouseListener\r
  40 {\r
  41   Image miniMe;\r
  42 \r
  43   Image offscreen;\r
  44 \r
  45   AlignViewport av;\r
  46 \r
  47   AlignmentPanel ap;\r
  48 \r
  49   float scalew = 1f;\r
  50 \r
  51   float scaleh = 1f;\r
  52 \r
  53   public int width, sequencesHeight;\r
  54 \r
  55   int graphHeight = 20;\r
  56 \r
  57   int boxX = -1, boxY = -1, boxWidth = -1, boxHeight = -1;\r
  58 \r
  59   boolean resizing = false;\r
  60 \r
  61   // Can set different properties in this seqCanvas than\r
  62   // main visible SeqCanvas\r
  63   SequenceRenderer sr;\r
  64 \r
  65   FeatureRenderer fr;\r
  66 \r
  67   Frame nullFrame;\r
  68 \r
  69   public OverviewPanel(AlignmentPanel ap)\r
  70   {\r
  71     this.av = ap.av;\r
  72     this.ap = ap;\r
  73     setLayout(null);\r
  74     nullFrame = new Frame();\r
  75     nullFrame.addNotify();\r
  76 \r
  77     sr = new SequenceRenderer(av);\r
  78     sr.graphics = nullFrame.getGraphics();\r
  79     sr.renderGaps = false;\r
  80     sr.forOverview = true;\r
  81     fr = new FeatureRenderer(av);\r
  82 \r
  83     // scale the initial size of overviewpanel to shape of alignment\r
  84     float initialScale = (float) av.getAlignment().getWidth()\r
  85             / (float) av.getAlignment().getHeight();\r
  86 \r
  87     if (av.getSequenceConsensusHash() == null)\r
  88     {\r
  89       graphHeight = 0;\r
  90     }\r
  91 \r
  92     if (av.getAlignment().getWidth() > av.getAlignment().getHeight())\r
  93     {\r
  94       // wider\r
  95       width = 400;\r
  96       sequencesHeight = (int) (400f / initialScale);\r
  97       if (sequencesHeight < 40)\r
  98       {\r
  99         sequencesHeight = 40;\r
 100       }\r
 101     }\r
 102     else\r
 103     {\r
 104       // taller\r
 105       width = (int) (400f * initialScale);\r
 106       sequencesHeight = 300;\r
 107       if (width < 120)\r
 108       {\r
 109         width = 120;\r
 110       }\r
 111     }\r
 112 \r
 113     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
 114     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
 115     {\r
 116 \r
 117       @Override\r
 118       public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
 119       {\r
 120         if (getSize().width != width\r
 121                 || getSize().height != sequencesHeight + graphHeight)\r
 122         {\r
 123           updateOverviewImage();\r
 124         }\r
 125       }\r
 126     });\r
 127 \r
 128     addMouseMotionListener(this);\r
 129 \r
 130     addMouseListener(this);\r
 131 \r
 132     updateOverviewImage();\r
 133 \r
 134   }\r
 135 \r
 136   @Override\r
 137   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 138   {\r
 139   }\r
 140 \r
 141   @Override\r
 142   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 143   {\r
 144   }\r
 145 \r
 146   @Override\r
 147   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 148   {\r
 149   }\r
 150 \r
 151   @Override\r
 152   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 153   {\r
 154   }\r
 155 \r
 156   @Override\r
 157   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 158   {\r
 159     boxX = evt.getX();\r
 160     boxY = evt.getY();\r
 161     checkValid();\r
 162   }\r
 163 \r
 164   @Override\r
 165   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 166   {\r
 167     boxX = evt.getX();\r
 168     boxY = evt.getY();\r
 169     checkValid();\r
 170   }\r
 171 \r
 172   @Override\r
 173   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 174   {\r
 175     boxX = evt.getX();\r
 176     boxY = evt.getY();\r
 177     checkValid();\r
 178   }\r
 179 \r
 180   void checkValid()\r
 181   {\r
 182     if (boxY < 0)\r
 183     {\r
 184       boxY = 0;\r
 185     }\r
 186 \r
 187     if (boxY > (sequencesHeight - boxHeight))\r
 188     {\r
 189       boxY = sequencesHeight - boxHeight + 1;\r
 190     }\r
 191 \r
 192     if (boxX < 0)\r
 193     {\r
 194       boxX = 0;\r
 195     }\r
 196 \r
 197     if (boxX > (width - boxWidth))\r
 198     {\r
 199       if (av.hasHiddenColumns())\r
 200       {\r
 201         // Try smallest possible box\r
 202         boxWidth = (int) ((av.endRes - av.startRes + 1) * av.getCharWidth() * scalew);\r
 203       }\r
 204       boxX = width - boxWidth;\r
 205     }\r
 206 \r
 207     int col = (int) (boxX / scalew / av.getCharWidth());\r
 208     int row = (int) (boxY / scaleh / av.getCharHeight());\r
 209 \r
 210     if (av.hasHiddenColumns())\r
 211     {\r
 212       if (!av.getColumnSelection().isVisible(col))\r
 213       {\r
 214         return;\r
 215       }\r
 216 \r
 217       col = av.getColumnSelection().findColumnPosition(col);\r
 218     }\r
 219 \r
 220     if (av.hasHiddenRows())\r
 221     {\r
 222       row = av.getAlignment().getHiddenSequences()\r
 223               .findIndexWithoutHiddenSeqs(row);\r
 224     }\r
 225 \r
 226     ap.setScrollValues(col, row);\r
 227     ap.paintAlignment(false);\r
 228   }\r
 229 \r
 230   /**\r
 231    * DOCUMENT ME!\r
 232    */\r
 233   public void updateOverviewImage()\r
 234   {\r
 235     if (resizing)\r
 236     {\r
 237       resizeAgain = true;\r
 238       return;\r
 239     }\r
 240 \r
 241     if (av.isShowSequenceFeatures())\r
 242     {\r
 243       fr.transferSettings(ap.seqPanel.seqCanvas.fr);\r
 244     }\r
 245 \r
 246     resizing = true;\r
 247 \r
 248     if ((getSize().width > 0) && (getSize().height > 0))\r
 249     {\r
 250       width = getSize().width;\r
 251       sequencesHeight = getSize().height - graphHeight;\r
 252     }\r
 253     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
 254 \r
 255     Thread thread = new Thread(this);\r
 256     thread.start();\r
 257     repaint();\r
 258   }\r
 259 \r
 260   // This is set true if the user resizes whilst\r
 261   // the overview is being calculated\r
 262   boolean resizeAgain = false;\r
 263 \r
 264   @Override\r
 265   public void run()\r
 266   {\r
 267     miniMe = null;\r
 268     int alwidth = av.getAlignment().getWidth();\r
 269     int alheight = av.getAlignment().getHeight();\r
 270 \r
 271     if (av.isShowSequenceFeatures())\r
 272     {\r
 273       fr.transferSettings(ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer());\r
 274     }\r
 275 \r
 276     if (getSize().width > 0 && getSize().height > 0)\r
 277     {\r
 278       width = getSize().width;\r
 279       sequencesHeight = getSize().height - graphHeight;\r
 280     }\r
 281 \r
 282     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
 283 \r
 284     int fullsizeWidth = alwidth * av.getCharWidth();\r
 285     int fullsizeHeight = alheight * av.getCharHeight();\r
 286 \r
 287     scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;\r
 288     scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;\r
 289 \r
 290     miniMe = nullFrame.createImage(width, sequencesHeight + graphHeight);\r
 291     offscreen = nullFrame.createImage(width, sequencesHeight + graphHeight);\r
 292 \r
 293     Graphics mg = miniMe.getGraphics();\r
 294     float sampleCol = (float) alwidth / (float) width;\r
 295     float sampleRow = (float) alheight / (float) sequencesHeight;\r
 296 \r
 297     int lastcol = 0, lastrow = 0;\r
 298     int xstart = 0, ystart = 0;\r
 299     Color color = Color.yellow;\r
 300     int row, col, sameRow = 0, sameCol = 0;\r
 301     SequenceI seq;\r
 302     final boolean hasHiddenRows = av.hasHiddenRows(), hasHiddenCols = av\r
 303             .hasHiddenColumns();\r
 304     boolean hiddenRow = false;\r
 305     AlignmentI alignment = av.getAlignment();\r
 306     for (row = 0; row <= sequencesHeight; row++)\r
 307     {\r
 308       if ((int) (row * sampleRow) == lastrow)\r
 309       {\r
 310         sameRow++;\r
 311         continue;\r
 312       }\r
 313 \r
 314       hiddenRow = false;\r
 315       if (hasHiddenRows)\r
 316       {\r
 317         seq = alignment.getHiddenSequences().getHiddenSequence(lastrow);\r
 318         if (seq == null)\r
 319         {\r
 320           int index = alignment.getHiddenSequences()\r
 321                   .findIndexWithoutHiddenSeqs(lastrow);\r
 322 \r
 323           seq = alignment.getSequenceAt(index);\r
 324         }\r
 325         else\r
 326         {\r
 327           hiddenRow = true;\r
 328         }\r
 329       }\r
 330       else\r
 331       {\r
 332         seq = alignment.getSequenceAt(lastrow);\r
 333       }\r
 334 \r
 335       for (col = 0; col < width; col++)\r
 336       {\r
 337         if ((int) (col * sampleCol) == lastcol\r
 338                 && (int) (row * sampleRow) == lastrow)\r
 339         {\r
 340           sameCol++;\r
 341           continue;\r
 342         }\r
 343 \r
 344         lastcol = (int) (col * sampleCol);\r
 345 \r
 346         if (seq.getLength() > lastcol)\r
 347         {\r
 348           color = sr.getResidueBoxColour(seq, lastcol);\r
 349 \r
 350           if (av.isShowSequenceFeatures())\r
 351           {\r
 352             color = fr.findFeatureColour(color, seq, lastcol);\r
 353           }\r
 354         }\r
 355         else\r
 356         {\r
 357           color = Color.white; // White\r
 358         }\r
 359 \r
 360         if (hiddenRow\r
 361                 || (hasHiddenCols && !av.getColumnSelection()\r
 362                         .isVisible(lastcol)))\r
 363         {\r
 364           color = color.darker().darker();\r
 365         }\r
 366 \r
 367         mg.setColor(color);\r
 368         if (sameCol == 1 && sameRow == 1)\r
 369         {\r
 370           mg.drawLine(xstart, ystart, xstart, ystart);\r
 371         }\r
 372         else\r
 373         {\r
 374           mg.fillRect(xstart, ystart, sameCol, sameRow);\r
 375         }\r
 376 \r
 377         xstart = col;\r
 378         sameCol = 1;\r
 379       }\r
 380       lastrow = (int) (row * sampleRow);\r
 381       ystart = row;\r
 382       sameRow = 1;\r
 383     }\r
 384 \r
 385     if (av.getAlignmentConservationAnnotation() != null)\r
 386     {\r
 387       for (col = 0; col < width; col++)\r
 388       {\r
 389         lastcol = (int) (col * sampleCol);\r
 390         {\r
 391           mg.translate(col, sequencesHeight);\r
 392           ap.annotationPanel.renderer.drawGraph(mg,\r
 393                   av.getAlignmentConservationAnnotation(),\r
 394                   av.getAlignmentConservationAnnotation().annotations,\r
 395                   (int) (sampleCol) + 1, graphHeight,\r
 396                   (int) (col * sampleCol), (int) (col * sampleCol) + 1);\r
 397           mg.translate(-col, -sequencesHeight);\r
 398         }\r
 399       }\r
 400     }\r
 401     System.gc();\r
 402 \r
 403     resizing = false;\r
 404 \r
 405     setBoxPosition();\r
 406 \r
 407     if (resizeAgain)\r
 408     {\r
 409       resizeAgain = false;\r
 410       updateOverviewImage();\r
 411     }\r
 412   }\r
 413 \r
 414   public void setBoxPosition()\r
 415   {\r
 416     int fullsizeWidth = av.getAlignment().getWidth() * av.getCharWidth();\r
 417     int fullsizeHeight = (av.getAlignment().getHeight() + av.getAlignment()\r
 418             .getHiddenSequences().getSize())\r
 419             * av.getCharHeight();\r
 420 \r
 421     int startRes = av.getStartRes();\r
 422     int endRes = av.getEndRes();\r
 423 \r
 424     if (av.hasHiddenColumns())\r
 425     {\r
 426       startRes = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startRes);\r
 427       endRes = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endRes);\r
 428     }\r
 429 \r
 430     int startSeq = av.startSeq;\r
 431     int endSeq = av.endSeq;\r
 432 \r
 433     if (av.hasHiddenRows())\r
 434     {\r
 435       startSeq = av.getAlignment().getHiddenSequences()\r
 436               .adjustForHiddenSeqs(startSeq);\r
 437 \r
 438       endSeq = av.getAlignment().getHiddenSequences()\r
 439               .adjustForHiddenSeqs(endSeq);\r
 440 \r
 441     }\r
 442 \r
 443     scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;\r
 444     scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;\r
 445 \r
 446     boxX = (int) (startRes * av.getCharWidth() * scalew);\r
 447     boxY = (int) (startSeq * av.getCharHeight() * scaleh);\r
 448 \r
 449     if (av.hasHiddenColumns())\r
 450     {\r
 451       boxWidth = (int) ((endRes - startRes + 1) * av.getCharWidth() * scalew);\r
 452     }\r
 453     else\r
 454     {\r
 455       boxWidth = (int) ((endRes - startRes + 1) * av.getCharWidth() * scalew);\r
 456     }\r
 457 \r
 458     boxHeight = (int) ((endSeq - startSeq) * av.getCharHeight() * scaleh);\r
 459 \r
 460     repaint();\r
 461   }\r
 462 \r
 463   @Override\r
 464   public void update(Graphics g)\r
 465   {\r
 466     paint(g);\r
 467   }\r
 468 \r
 469   @Override\r
 470   public void paint(Graphics g)\r
 471   {\r
 472     Graphics og = offscreen.getGraphics();\r
 473     if (miniMe != null)\r
 474     {\r
 475       og.drawImage(miniMe, 0, 0, this);\r
 476       og.setColor(Color.red);\r
 477       og.drawRect(boxX, boxY, boxWidth, boxHeight);\r
 478       og.drawRect(boxX + 1, boxY + 1, boxWidth - 2, boxHeight - 2);\r
 479       g.drawImage(offscreen, 0, 0, this);\r
 480     }\r
 481   }\r
 482 \r
 483 }\r