unused/appletgui/PCAPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)\r
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3\r
  10  * of the License, or (at your option) any later version.\r
  11  *  \r
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  16  * \r
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.\r
  20  */\r
  21 package jalview.appletgui;\r
  22 \r
  23 import jalview.bin.JalviewLite;\r
  24 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  25 import jalview.datamodel.AlignmentView;\r
  26 import jalview.datamodel.ColumnSelection;\r
  27 import jalview.datamodel.SeqCigar;\r
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  29 import jalview.util.MessageManager;\r
  30 import jalview.viewmodel.PCAModel;\r
  31 \r
  32 import java.awt.BorderLayout;\r
  33 import javax.swing.JButton;\r
  34 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;\r
  35 import java.awt.Color;\r
  36 import java.awt.FlowLayout;\r
  37 import javax.swing.JFrame;\r
  38 import javax.swing.JLabel;\r
  39 import javax.swing.JMenu;\r
  40 import javax.swing.JMenuBar;\r
  41 import javax.swing.JMenuItem;\r
  42 import javax.swing.JPanel;\r
  43 import java.awt.event.ActionEvent;\r
  44 import java.awt.event.ActionListener;\r
  45 import java.awt.event.ItemEvent;\r
  46 import java.awt.event.ItemListener;\r
  47 \r
  48 public class PCAPanel extends EmbmenuFrame implements Runnable,\r
  49         ActionListener, ItemListener\r
  50 {\r
  51   RotatableCanvas rc;\r
  52 \r
  53   AlignViewport av;\r
  54 \r
  55   PCAModel pcaModel;\r
  56 \r
  57   int top = 0;\r
  58 \r
  59   public PCAPanel(AlignViewport av)\r
  60   {\r
  61     try\r
  62     {\r
  63       jbInit();\r
  64     } catch (Exception e)\r
  65     {\r
  66       e.printStackTrace();\r
  67     }\r
  68 \r
  69     for (int i = 1; i < 8; i++)\r
  70     {\r
  71       xCombobox.addItem("dim " + i);\r
  72       yCombobox.addItem("dim " + i);\r
  73       zCombobox.addItem("dim " + i);\r
  74     }\r
  75 \r
  76     this.av = av;\r
  77     boolean selected = av.getSelectionGroup() != null\r
  78             && av.getSelectionGroup().getSize() > 0;\r
  79     AlignmentView seqstrings = av.getAlignmentView(selected);\r
  80     boolean nucleotide = av.getAlignment().isNucleotide();\r
  81     SequenceI[] seqs;\r
  82     if (!selected)\r
  83     {\r
  84       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();\r
  85     }\r
  86     else\r
  87     {\r
  88       seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment());\r
  89     }\r
  90     SeqCigar sq[] = seqstrings.getSequences();\r
  91     int length = sq[0].getWidth();\r
  92 \r
  93     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
  94     {\r
  95       if (sq[i].getWidth() != length)\r
  96       {\r
  97         System.out\r
  98                 .println("Sequences must be equal length for PCA analysis");\r
  99         return;\r
 100       }\r
 101     }\r
 102     pcaModel = new PCAModel(seqstrings, seqs, nucleotide);\r
 103 \r
 104     rc = new RotatableCanvas(av);\r
 105     embedMenuIfNeeded(rc);\r
 106     add(rc, BorderLayout.CENTER);\r
 107 \r
 108     JalviewLite.addFrame(this,\r
 109             MessageManager.getString("label.principal_component_analysis"),\r
 110             475, 400);\r
 111 \r
 112     Thread worker = new Thread(this);\r
 113     worker.start();\r
 114   }\r
 115 \r
 116   /**\r
 117    * DOCUMENT ME!\r
 118    */\r
 119   public void run()\r
 120   {\r
 121     // TODO progress indicator\r
 122     calcSettings.setEnabled(false);\r
 123     rc.setEnabled(false);\r
 124     try\r
 125     {\r
 126       nuclSetting.setState(pcaModel.isNucleotide());\r
 127       protSetting.setState(!pcaModel.isNucleotide());\r
 128       pcaModel.run();\r
 129       // ////////////////\r
 130       xCombobox.select(0);\r
 131       yCombobox.select(1);\r
 132       zCombobox.select(2);\r
 133 \r
 134       pcaModel.updateRc(rc);\r
 135       // rc.invalidate();\r
 136       top = pcaModel.getTop();\r
 137     } catch (OutOfMemoryError x)\r
 138     {\r
 139       System.err.println("Out of memory when calculating PCA.");\r
 140       return;\r
 141     }\r
 142     calcSettings.setEnabled(true);\r
 143 \r
 144     // TODO revert progress indicator\r
 145     rc.setEnabled(true);\r
 146     rc.repaint();\r
 147     this.repaint();\r
 148   }\r
 149 \r
 150   void doDimensionChange()\r
 151   {\r
 152     if (top == 0)\r
 153     {\r
 154       return;\r
 155     }\r
 156 \r
 157     int dim1 = top - xCombobox.getSelectedIndex();\r
 158     int dim2 = top - yCombobox.getSelectedIndex();\r
 159     int dim3 = top - zCombobox.getSelectedIndex();\r
 160     pcaModel.updateRcView(dim1, dim2, dim3);\r
 161     rc.img = null;\r
 162     rc.rotmat.setIdentity();\r
 163     rc.initAxes();\r
 164     rc.paint(rc.getGraphics());\r
 165   }\r
 166 \r
 167   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 168   {\r
 169     if (evt.getSource() == inputData)\r
 170     {\r
 171       showOriginalData();\r
 172     }\r
 173     if (evt.getSource() == resetButton)\r
 174     {\r
 175       xCombobox.select(0);\r
 176       yCombobox.select(1);\r
 177       zCombobox.select(2);\r
 178       doDimensionChange();\r
 179     }\r
 180     if (evt.getSource() == values)\r
 181     {\r
 182       values_actionPerformed();\r
 183     }\r
 184   }\r
 185 \r
 186   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 187   {\r
 188     if (evt.getSource() == xCombobox)\r
 189     {\r
 190       xCombobox_actionPerformed();\r
 191     }\r
 192     else if (evt.getSource() == yCombobox)\r
 193     {\r
 194       yCombobox_actionPerformed();\r
 195     }\r
 196     else if (evt.getSource() == zCombobox)\r
 197     {\r
 198       zCombobox_actionPerformed();\r
 199     }\r
 200     else if (evt.getSource() == labels)\r
 201     {\r
 202       labels_itemStateChanged(evt);\r
 203     }\r
 204     else if (evt.getSource() == nuclSetting)\r
 205     {\r
 206       if (!pcaModel.isNucleotide())\r
 207       {\r
 208         pcaModel.setNucleotide(true);\r
 209         new Thread(this).start();\r
 210       }\r
 211     }\r
 212     else if (evt.getSource() == protSetting)\r
 213     {\r
 214       if (pcaModel.isNucleotide())\r
 215       {\r
 216         pcaModel.setNucleotide(false);\r
 217         new Thread(this).start();\r
 218       }\r
 219     }\r
 220   }\r
 221 \r
 222   protected void xCombobox_actionPerformed()\r
 223   {\r
 224     doDimensionChange();\r
 225   }\r
 226 \r
 227   protected void yCombobox_actionPerformed()\r
 228   {\r
 229     doDimensionChange();\r
 230   }\r
 231 \r
 232   protected void zCombobox_actionPerformed()\r
 233   {\r
 234     doDimensionChange();\r
 235   }\r
 236 \r
 237   public void values_actionPerformed()\r
 238   {\r
 239 \r
 240     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, null);\r
 241     JFrame frame = new JFrame();\r
 242     frame.add(cap);\r
 243     JalviewLite.addFrame(frame,\r
 244             MessageManager.getString("label.pca_details"), 500, 500);\r
 245 \r
 246     cap.setText(pcaModel.getDetails());\r
 247   }\r
 248 \r
 249   void showOriginalData()\r
 250   {\r
 251     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to\r
 252     // warrant a new window to be created\r
 253     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions\r
 254     // yields unaligned seqs)\r
 255     // or create a selection box around columns in alignment view\r
 256     // test Alignment(SeqCigar[])\r
 257     char gc = '-';\r
 258     try\r
 259     {\r
 260       // we try to get the associated view's gap character\r
 261       // but this may fail if the view was closed...\r
 262       gc = av.getGapCharacter();\r
 263     } catch (Exception ex)\r
 264     {\r
 265     }\r
 266     ;\r
 267     Object[] alAndColsel = pcaModel.getSeqtrings()\r
 268             .getAlignmentAndColumnSelection(gc);\r
 269 \r
 270     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)\r
 271     {\r
 272       Alignment al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);\r
 273       AlignFrame af = new AlignFrame(al, av.applet,\r
 274               "Original Data for PCA", false);\r
 275 \r
 276       af.viewport.setHiddenColumns((ColumnSelection) alAndColsel[1]);\r
 277     }\r
 278   }\r
 279 \r
 280   public void labels_itemStateChanged(ItemEvent itemEvent)\r
 281   {\r
 282     rc.showLabels(labels.isSelected());\r
 283   }\r
 284 \r
 285   JPanel jPanel2 = new JPanel();\r
 286 \r
 287   JLabel jLabel1 = new JLabel();\r
 288 \r
 289   JLabel jLabel2 = new JLabel();\r
 290 \r
 291   JLabel jLabel3 = new JLabel();\r
 292 \r
 293   protected Choice xCombobox = new Choice();\r
 294 \r
 295   protected Choice yCombobox = new Choice();\r
 296 \r
 297   protected Choice zCombobox = new Choice();\r
 298 \r
 299   protected JButton resetButton = new JButton();\r
 300 \r
 301   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();\r
 302 \r
 303   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 304 \r
 305   JMenuBar menuBar1 = new JMenuBar();\r
 306 \r
 307   JMenu menu1 = new JMenu();\r
 308 \r
 309   JMenu menu2 = new JMenu();\r
 310 \r
 311   JMenu calcSettings = new JMenu();\r
 312 \r
 313   protected JCheckBoxMenuItem labels = new JCheckBoxMenuItem();\r
 314 \r
 315   protected JCheckBoxMenuItem protSetting = new JCheckBoxMenuItem();\r
 316 \r
 317   protected JCheckBoxMenuItem nuclSetting = new JCheckBoxMenuItem();\r
 318 \r
 319   JMenuItem values = new JMenuItem();\r
 320 \r
 321   JMenuItem inputData = new JMenuItem();\r
 322 \r
 323   private void jbInit() throws Exception\r
 324   {\r
 325     this.setLayout(borderLayout1);\r
 326     jPanel2.setLayout(flowLayout1);\r
 327     jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));\r
 328     jLabel1.setText("x=");\r
 329     jLabel2.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));\r
 330     jLabel2.setText("y=");\r
 331     jLabel3.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));\r
 332     jLabel3.setText("z=");\r
 333     jPanel2.setBackground(Color.white);\r
 334     zCombobox.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));\r
 335     zCombobox.addItemListener(this);\r
 336     yCombobox.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));\r
 337     yCombobox.addItemListener(this);\r
 338     xCombobox.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));\r
 339     xCombobox.addItemListener(this);\r
 340     resetButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));\r
 341     resetButton.setLabel(MessageManager.getString("action.reset"));\r
 342     resetButton.addActionListener(this);\r
 343     this.setJMenuBar(menuBar1);\r
 344     menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.file"));\r
 345     menu2.setLabel(MessageManager.getString("action.view"));\r
 346     calcSettings.setLabel(MessageManager.getString("action.change_params"));\r
 347     labels.setLabel(MessageManager.getString("label.labels"));\r
 348     labels.addItemListener(this);\r
 349     values.setLabel(MessageManager.getString("label.output_values"));\r
 350     values.addActionListener(this);\r
 351     inputData.setLabel(MessageManager.getString("label.input_data"));\r
 352     nuclSetting.setLabel(MessageManager\r
 353             .getString("label.nucleotide_matrix"));\r
 354     nuclSetting.addItemListener(this);\r
 355     protSetting.setLabel(MessageManager.getString("label.protein_matrix"));\r
 356     protSetting.addItemListener(this);\r
 357     this.add(jPanel2, BorderLayout.SOUTH);\r
 358     jPanel2.add(jLabel1, null);\r
 359     jPanel2.add(xCombobox, null);\r
 360     jPanel2.add(jLabel2, null);\r
 361     jPanel2.add(yCombobox, null);\r
 362     jPanel2.add(jLabel3, null);\r
 363     jPanel2.add(zCombobox, null);\r
 364     jPanel2.add(resetButton, null);\r
 365     menuBar1.add(menu1);\r
 366     menuBar1.add(menu2);\r
 367     menuBar1.add(calcSettings);\r
 368     menu2.add(labels);\r
 369     menu1.add(values);\r
 370     menu1.add(inputData);\r
 371     calcSettings.add(nuclSetting);\r
 372     calcSettings.add(protSetting);\r
 373     inputData.addActionListener(this);\r
 374   }\r
 375 \r
 376 }\r