unused/appletgui/PairwiseAlignPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)\r
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3\r
  10  * of the License, or (at your option) any later version.\r
  11  *  \r
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  16  * \r
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.\r
  20  */\r
  21 package jalview.appletgui;\r
  22 \r
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;\r
  24 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  25 import jalview.datamodel.Sequence;\r
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  27 import jalview.util.Format;\r
  28 import jalview.util.MessageManager;\r
  29 \r
  30 import java.awt.BorderLayout;\r
  31 import javax.swing.JButton;\r
  32 import javax.swing.JPanel;\r
  33 import javax.swing.JScrollPane;\r
  34 import javax.swing.JTextArea;\r
  35 import java.awt.event.ActionEvent;\r
  36 import java.awt.event.ActionListener;\r
  37 import java.util.Vector;\r
  38 \r
  39 public class PairwiseAlignPanel extends JPanel implements ActionListener\r
  40 {\r
  41   Vector sequences = new Vector();\r
  42 \r
  43   AlignmentPanel ap;\r
  44 \r
  45   public PairwiseAlignPanel(AlignmentPanel ap)\r
  46   {\r
  47     try\r
  48     {\r
  49       jbInit();\r
  50     } catch (Exception e)\r
  51     {\r
  52       e.printStackTrace();\r
  53     }\r
  54     this.ap = ap;\r
  55     sequences = new Vector();\r
  56 \r
  57     SequenceI[] seqs;\r
  58     String[] seqStrings = ap.av.getViewAsString(true);\r
  59 \r
  60     if (ap.av.getSelectionGroup() == null)\r
  61     {\r
  62       seqs = ap.av.getAlignment().getSequencesArray();\r
  63     }\r
  64     else\r
  65     {\r
  66       seqs = ap.av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(\r
  67               ap.av.getAlignment());\r
  68     }\r
  69 \r
  70     float scores[][] = new float[seqs.length][seqs.length];\r
  71     double totscore = 0;\r
  72     int count = ap.av.getSelectionGroup().getSize();\r
  73     String type = (ap.av.getAlignment().isNucleotide()) ? AlignSeq.DNA\r
  74             : AlignSeq.PEP;\r
  75     Sequence seq;\r
  76 \r
  77     for (int i = 1; i < count; i++)\r
  78     {\r
  79       for (int j = 0; j < i; j++)\r
  80       {\r
  81 \r
  82         AlignSeq as = new AlignSeq(seqs[i], seqStrings[i], seqs[j],\r
  83                 seqStrings[j], type);\r
  84 \r
  85         if (as.s1str.length() == 0 || as.s2str.length() == 0)\r
  86         {\r
  87           continue;\r
  88         }\r
  89 \r
  90         as.calcScoreMatrix();\r
  91         as.traceAlignment();\r
  92 \r
  93         as.printAlignment(System.out);\r
  94         scores[i][j] = (float) as.getMaxScore()\r
  95                 / (float) as.getASeq1().length;\r
  96         totscore = totscore + scores[i][j];\r
  97 \r
  98         textarea.append(as.getOutput());\r
  99         sequences.add(as.getAlignedSeq1());\r
 100         sequences.add(as.getAlignedSeq1());\r
 101       }\r
 102     }\r
 103 \r
 104     if (count > 2)\r
 105     {\r
 106       System.out\r
 107               .println("Pairwise alignment scaled similarity score matrix\n");\r
 108 \r
 109       for (int i = 0; i < count; i++)\r
 110       {\r
 111         Format.print(System.out, "%s \n",\r
 112                 ("" + i) + " "\r
 113                 + seqs[i].getName());\r
 114       }\r
 115 \r
 116       System.out.println("\n");\r
 117 \r
 118       for (int i = 0; i < count; i++)\r
 119       {\r
 120         for (int j = 0; j < i; j++)\r
 121         {\r
 122           Format.printDouble(System.out, "%7.3f", scores[i][j]\r
 123                   / totscore);\r
 124         }\r
 125       }\r
 126 \r
 127       System.out.println("\n");\r
 128     }\r
 129   }\r
 130 \r
 131   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 132   {\r
 133     if (evt.getSource() == viewInEditorButton)\r
 134     {\r
 135       viewInEditorButton_actionPerformed();\r
 136     }\r
 137   }\r
 138 \r
 139   protected void viewInEditorButton_actionPerformed()\r
 140   {\r
 141 \r
 142     Sequence[] seq = new Sequence[sequences.size()];\r
 143 \r
 144     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)\r
 145     {\r
 146       seq[i] = (Sequence) sequences.elementAt(i);\r
 147     }\r
 148 \r
 149     new AlignFrame(new Alignment(seq), ap.av.applet,\r
 150             "Pairwise Aligned Sequences", false);\r
 151 \r
 152   }\r
 153 \r
 154   protected JScrollPane scrollPane = new JScrollPane();\r
 155 \r
 156   protected JTextArea textarea = new JTextArea();\r
 157 \r
 158   protected JButton viewInEditorButton = new JButton();\r
 159 \r
 160   JPanel jPanel1 = new JPanel();\r
 161 \r
 162   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 163 \r
 164   private void jbInit() throws Exception\r
 165   {\r
 166     this.setLayout(borderLayout1);\r
 167     textarea.setFont(new java.awt.Font("Monospaced", 0, 12));\r
 168     textarea.setText("");\r
 169     viewInEditorButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));\r
 170     viewInEditorButton.setLabel(MessageManager\r
 171             .getString("label.view_alignment_editor"));\r
 172     viewInEditorButton.addActionListener(this);\r
 173     this.add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);\r
 174     scrollPane.add(textarea);\r
 175     this.add(jPanel1, BorderLayout.SOUTH);\r
 176     jPanel1.add(viewInEditorButton, null);\r
 177   }\r
 178 \r
 179 }\r