unused/appletgui/ScalePanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)\r
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3\r
  10  * of the License, or (at your option) any later version.\r
  11  *  \r
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  16  * \r
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.\r
  20  */\r
  21 package jalview.appletgui;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.ColumnSelection;\r
  24 import jalview.datamodel.SequenceGroup;\r
  25 import jalview.util.MessageManager;\r
  26 \r
  27 import java.awt.Color;\r
  28 import java.awt.FontMetrics;\r
  29 import java.awt.Graphics;\r
  30 import java.awt.event.ActionEvent;\r
  31 import java.awt.event.ActionListener;\r
  32 import java.awt.event.InputEvent;\r
  33 import java.awt.event.MouseEvent;\r
  34 import java.awt.event.MouseListener;\r
  35 import java.awt.event.MouseMotionListener;\r
  36 \r
  37 import javax.swing.JMenuItem;\r
  38 import javax.swing.JPanel;\r
  39 import javax.swing.JPopupMenu;\r
  40 \r
  41 public class ScalePanel extends JPanel implements MouseMotionListener,\r
  42         MouseListener\r
  43 {\r
  44 \r
  45   protected int offy = 4;\r
  46 \r
  47   public int width;\r
  48 \r
  49   protected AlignViewport av;\r
  50 \r
  51   AlignmentPanel ap;\r
  52 \r
  53   boolean stretchingGroup = false;\r
  54 \r
  55   int min; // used by mouseDragged to see if user\r
  56 \r
  57   int max; // used by mouseDragged to see if user\r
  58 \r
  59   boolean mouseDragging = false;\r
  60 \r
  61   int[] reveal;\r
  62 \r
  63   public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
  64   {\r
  65     setLayout(null);\r
  66     this.av = av;\r
  67     this.ap = ap;\r
  68 \r
  69     addMouseListener(this);\r
  70     addMouseMotionListener(this);\r
  71 \r
  72   }\r
  73 \r
  74   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  75   {\r
  76     int x = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
  77     final int res;\r
  78 \r
  79     if (av.hasHiddenColumns())\r
  80     {\r
  81       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(x);\r
  82     }\r
  83     else\r
  84     {\r
  85       res = x;\r
  86     }\r
  87 \r
  88     min = res;\r
  89     max = res;\r
  90     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
  91     {\r
  92       JPopupMenu pop = new JPopupMenu();\r
  93       if (reveal != null)\r
  94       {\r
  95         JMenuItem item = new JMenuItem(\r
  96                 MessageManager.getString("label.reveal"));\r
  97         item.addActionListener(new ActionListener()\r
  98         {\r
  99           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 100           {\r
 101             av.showColumn(reveal[0]);\r
 102             reveal = null;\r
 103             ap.paintAlignment(true);\r
 104             if (ap.overviewPanel != null)\r
 105             {\r
 106               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 107             }\r
 108           }\r
 109         });\r
 110         pop.add(item);\r
 111 \r
 112         if (av.getColumnSelection().hasManyHiddenColumns())\r
 113         {\r
 114           item = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.reveal_all"));\r
 115           item.addActionListener(new ActionListener()\r
 116           {\r
 117             public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 118             {\r
 119               av.showAllHiddenColumns();\r
 120               reveal = null;\r
 121               ap.paintAlignment(true);\r
 122               if (ap.overviewPanel != null)\r
 123               {\r
 124                 ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 125               }\r
 126             }\r
 127           });\r
 128           pop.add(item);\r
 129         }\r
 130         this.add(pop);\r
 131         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 132       }\r
 133       else if (av.getColumnSelection().contains(res))\r
 134       {\r
 135         JMenuItem item = new JMenuItem(\r
 136                 MessageManager.getString("label.hide_columns"));\r
 137         item.addActionListener(new ActionListener()\r
 138         {\r
 139           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 140           {\r
 141             av.hideColumns(res, res);\r
 142             if (av.getSelectionGroup() != null\r
 143                     && av.getSelectionGroup().getSize() == av\r
 144                             .getAlignment().getHeight())\r
 145             {\r
 146               av.setSelectionGroup(null);\r
 147             }\r
 148 \r
 149             ap.paintAlignment(true);\r
 150             if (ap.overviewPanel != null)\r
 151             {\r
 152               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 153             }\r
 154           }\r
 155         });\r
 156         pop.add(item);\r
 157         this.add(pop);\r
 158         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 159       }\r
 160     }\r
 161     else\r
 162     // LEFT MOUSE TO SELECT\r
 163     {\r
 164       if (!evt.isControlDown() && !evt.isShiftDown())\r
 165       {\r
 166         av.getColumnSelection().clear();\r
 167       }\r
 168 \r
 169       av.getColumnSelection().addElement(res);\r
 170       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 171       for (int i = 0; i < av.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
 172       {\r
 173         sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
 174       }\r
 175 \r
 176       sg.setStartRes(res);\r
 177       sg.setEndRes(res);\r
 178       av.setSelectionGroup(sg);\r
 179 \r
 180       if (evt.isShiftDown())\r
 181       {\r
 182         int min = Math.min(av.getColumnSelection().getMin(), res);\r
 183         int max = Math.max(av.getColumnSelection().getMax(), res);\r
 184         for (int i = min; i < max; i++)\r
 185         {\r
 186           av.getColumnSelection().addElement(i);\r
 187         }\r
 188         sg.setStartRes(min);\r
 189         sg.setEndRes(max);\r
 190       }\r
 191     }\r
 192 \r
 193     ap.paintAlignment(true);\r
 194     av.sendSelection();\r
 195   }\r
 196 \r
 197   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 198   {\r
 199     mouseDragging = false;\r
 200 \r
 201     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 202 \r
 203     if (res > av.getAlignment().getWidth())\r
 204     {\r
 205       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
 206     }\r
 207 \r
 208     if (av.hasHiddenColumns())\r
 209     {\r
 210       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 211     }\r
 212 \r
 213     if (!stretchingGroup)\r
 214     {\r
 215       ap.paintAlignment(false);\r
 216 \r
 217       return;\r
 218     }\r
 219 \r
 220     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 221 \r
 222     if (res > sg.getStartRes())\r
 223     {\r
 224       sg.setEndRes(res);\r
 225     }\r
 226     else if (res < sg.getStartRes())\r
 227     {\r
 228       sg.setStartRes(res);\r
 229     }\r
 230 \r
 231     stretchingGroup = false;\r
 232     ap.paintAlignment(false);\r
 233     av.sendSelection();\r
 234   }\r
 235 \r
 236   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 237   {\r
 238     mouseDragging = true;\r
 239 \r
 240     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 241     if (res < 0)\r
 242     {\r
 243       res = 0;\r
 244     }\r
 245 \r
 246     if (av.hasHiddenColumns())\r
 247     {\r
 248       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 249     }\r
 250 \r
 251     if (res > av.getAlignment().getWidth())\r
 252     {\r
 253       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
 254     }\r
 255 \r
 256     if (res < min)\r
 257     {\r
 258       min = res;\r
 259     }\r
 260 \r
 261     if (res > max)\r
 262     {\r
 263       max = res;\r
 264     }\r
 265 \r
 266     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 267 \r
 268     if (sg != null)\r
 269     {\r
 270       stretchingGroup = true;\r
 271 \r
 272       if (!av.getColumnSelection().contains(res))\r
 273       {\r
 274         av.getColumnSelection().addElement(res);\r
 275       }\r
 276 \r
 277       if (res > sg.getStartRes())\r
 278       {\r
 279         sg.setEndRes(res);\r
 280       }\r
 281       if (res < sg.getStartRes())\r
 282       {\r
 283         sg.setStartRes(res);\r
 284       }\r
 285 \r
 286       int col;\r
 287       for (int i = min; i <= max; i++)\r
 288       {\r
 289         col = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(i);\r
 290 \r
 291         if ((col < sg.getStartRes()) || (col > sg.getEndRes()))\r
 292         {\r
 293           av.getColumnSelection().removeElement(col);\r
 294         }\r
 295         else\r
 296         {\r
 297           av.getColumnSelection().addElement(col);\r
 298         }\r
 299       }\r
 300 \r
 301       ap.paintAlignment(false);\r
 302     }\r
 303   }\r
 304 \r
 305   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 306   {\r
 307     if (mouseDragging)\r
 308     {\r
 309       ap.seqPanel.scrollCanvas(null);\r
 310     }\r
 311   }\r
 312 \r
 313   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 314   {\r
 315     if (mouseDragging)\r
 316     {\r
 317       ap.seqPanel.scrollCanvas(evt);\r
 318     }\r
 319   }\r
 320 \r
 321   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 322   {\r
 323 \r
 324   }\r
 325 \r
 326   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 327   {\r
 328     if (!av.hasHiddenColumns())\r
 329     {\r
 330       return;\r
 331     }\r
 332 \r
 333     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 334 \r
 335     res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 336 \r
 337     reveal = null;\r
 338     for (int[] region : av.getColumnSelection().getHiddenColumns())\r
 339     {\r
 340       if (res + 1 == region[0] || res - 1 == region[1])\r
 341       {\r
 342         reveal = region;\r
 343         break;\r
 344       }\r
 345     }\r
 346 \r
 347     repaint();\r
 348   }\r
 349 \r
 350   public void update(Graphics g)\r
 351   {\r
 352     paint(g);\r
 353   }\r
 354 \r
 355   public void paint(Graphics g)\r
 356   {\r
 357     drawScale(g, av.getStartRes(), av.getEndRes(), getSize().width,\r
 358             getSize().height);\r
 359   }\r
 360 \r
 361   // scalewidth will normally be screenwidth,\r
 362   public void drawScale(Graphics gg, int startx, int endx, int width,\r
 363           int height)\r
 364   {\r
 365     gg.setFont(av.getFont());\r
 366     // Fill in the background\r
 367     gg.setColor(Color.white);\r
 368     gg.fillRect(0, 0, width, height);\r
 369     gg.setColor(Color.black);\r
 370 \r
 371     // Fill the selected columns\r
 372     ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();\r
 373     gg.setColor(new Color(220, 0, 0));\r
 374     int avcharWidth = av.getCharWidth(), avcharHeight = av.getCharHeight();\r
 375     for (int i = 0; i < cs.size(); i++)\r
 376     {\r
 377       int sel = cs.columnAt(i);\r
 378       if (av.hasHiddenColumns())\r
 379       {\r
 380         sel = av.getColumnSelection().findColumnPosition(sel);\r
 381       }\r
 382 \r
 383       if ((sel >= startx) && (sel <= endx))\r
 384       {\r
 385         gg.fillRect((sel - startx) * avcharWidth, 0, avcharWidth,\r
 386                 getSize().height);\r
 387       }\r
 388     }\r
 389 \r
 390     // Draw the scale numbers\r
 391     gg.setColor(Color.black);\r
 392 \r
 393     int scalestartx = (startx / 10) * 10;\r
 394 \r
 395     FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());\r
 396     int y = avcharHeight - fm.getDescent();\r
 397 \r
 398     if ((scalestartx % 10) == 0)\r
 399     {\r
 400       scalestartx += 5;\r
 401     }\r
 402 \r
 403     String string;\r
 404     int maxX = 0;\r
 405 \r
 406     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 5)\r
 407     {\r
 408       if ((i % 10) == 0)\r
 409       {\r
 410         string = String.valueOf(av.getColumnSelection()\r
 411                 .adjustForHiddenColumns(i));\r
 412         if ((i - startx - 1) * avcharWidth > maxX)\r
 413         {\r
 414           gg.drawString(string, (i - startx - 1) * avcharWidth, y);\r
 415           maxX = (i - startx + 1) * avcharWidth + fm.stringWidth(string);\r
 416         }\r
 417 \r
 418         gg.drawLine(\r
 419 ((i - startx - 1) * avcharWidth) + (avcharWidth / 2),\r
 420                 y + 2,\r
 421                 ((i - startx - 1) * avcharWidth) + (avcharWidth / 2),\r
 422                 y + (fm.getDescent() * 2));\r
 423 \r
 424       }\r
 425       else\r
 426       {\r
 427         gg.drawLine(\r
 428 ((i - startx - 1) * avcharWidth) + (avcharWidth / 2),\r
 429                 y + fm.getDescent(),\r
 430  ((i - startx - 1) * avcharWidth)\r
 431                 + (avcharWidth / 2),\r
 432                 y + (fm.getDescent() * 2));\r
 433       }\r
 434     }\r
 435 \r
 436     if (av.hasHiddenColumns())\r
 437     {\r
 438       gg.setColor(Color.blue);\r
 439       int res;\r
 440       if (av.getShowHiddenMarkers())\r
 441       {\r
 442         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns()\r
 443                 .size(); i++)\r
 444         {\r
 445 \r
 446           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i)\r
 447                   - startx;\r
 448 \r
 449           if (res < 0 || res > endx - scalestartx)\r
 450           {\r
 451             continue;\r
 452           }\r
 453 \r
 454           gg.fillPolygon(new int[]\r
 455           { res * avcharWidth - avcharHeight / 4,\r
 456               res * avcharWidth + avcharHeight / 4, res * avcharWidth },\r
 457                   new int[]\r
 458                   { y - avcharHeight / 2, y - avcharHeight / 2, y + 8 },\r
 459                   3);\r
 460 \r
 461         }\r
 462       }\r
 463 \r
 464       if (reveal != null && reveal[0] > startx && reveal[0] < endx)\r
 465       {\r
 466         gg.drawString(MessageManager.getString("label.reveal_columns"),\r
 467                 reveal[0] * avcharWidth, 0);\r
 468       }\r
 469     }\r
 470 \r
 471   }\r
 472 \r
 473 }\r