website/archive/binaries/mac/src/clustalw/src/fileInput/RSFFileParser.h

   1 /**
   2  * Author: Mark Larkin
   3  *
   4  * Copyright (c) 2007 Des Higgins, Julie Thompson and Toby Gibson.
   5  */
   6 #ifndef RSFFILEPARSER_H
   7 #define RSFFILEPARSER_H
   8
   9 #include <string>
  10 #include "FileParser.h"
  11
  12 namespace clustalw
  13 {
  14
  15 class RSFFileParser : public FileParser
  16 {
  17     public:
  18         /* Functions */
  19         RSFFileParser(string filePath);
  20         virtual vector<Sequence> getSeqRange(int firstSeq, int num, string *offendingSeq=NULL);
  21         virtual Sequence getSeq(int seqNum, string *offendingSeq=NULL);
  22         virtual int countSeqs();
  23         virtual void getSecStructure(vector<char>& gapPenaltyMask,
  24                                      vector<char>& secStructMask, string& secStructName,
  25                                      int &structPenalties, int length);
  26
  27         /* Attributes */
  28
  29     private:
  30         /* Functions */
  31         void getRSFFeature(char* line, vector<char>& secStructMask, int length);
  32         bool keyword(char *line, const char *code);
  33         /* Attributes */
  34         string fileName;
  35 };
  36
  37 }
  38 #endif
  39
  40