website/archive/binaries/mac/src/clustalw/src/multipleAlign/LowScoreSegProfile.h

   1 /**
   2  * Author: Mark Larkin
   3  *
   4  * Copyright (c) 2007 Des Higgins, Julie Thompson and Toby Gibson.
   5  */
   6 /**
   7  * NOTE: This profile is not used in the multiple alignment part. It is used for the
   8  * the clustal Qt part. It is used in the calculation of low scoring segments.
   9  */
  10 #ifndef LOWSCORESEGPROFILE_H
  11 #define LOWSCORESEGPROFILE_H
  12
  13 #include "../alignment/Alignment.h"
  14
  15 namespace clustalw
  16 {
  17
  18 class LowScoreSegProfile
  19 {
  20     public:
  21         /* Functions */
  22         LowScoreSegProfile(int prfLen, int firstS, int lastS);
  23         void calcLowScoreSegProfile(const SeqArray* seqArray,
  24                                 int matrix[NUMRES][NUMRES], vector<int>* seqWeight);
  25         const SeqArray* getProfilePtr(){return &profile;};
  26         /* Attributes */
  27
  28     protected:
  29         /* Functions */
  30
  31         /* Attributes */
  32         SeqArray profile;
  33         int prfLength;
  34         int firstSeq, lastSeq;
  35     private:
  36         /* Functions */
  37
  38         /* Attributes */
  39
  40 };
  41
  42 }
  43 #endif