website/archive/binaries/mac/src/disembl/Tisean_3.0.1/source_c/recurr.c

   1 /*
   2  *   This file is part of TISEAN
   3  *
   4  *   Copyright (c) 1998-2007 Rainer Hegger, Holger Kantz, Thomas Schreiber
   5  *
   6  *   TISEAN is free software; you can redistribute it and/or modify
   7  *   it under the terms of the GNU General Public License as published by
   8  *   the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
   9  *   (at your option) any later version.
  10  *
  11  *   TISEAN is distributed in the hope that it will be useful,
  12  *   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  13  *   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  14  *   GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  *   You should have received a copy of the GNU General Public License
  17  *   along with TISEAN; if not, write to the Free Software
  18  *   Foundation, Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
  19  */
  20 /*Author: Rainer Hegger Last modified:  Sep 16, 2004 */
  21 /* Sep 16, 2004: Change of index in output. before 0->N-1 now 1->N
  22  */
  23 #include <stdio.h>
  24 #include <stdlib.h>
  25 #include <string.h>
  26 #include <math.h>
  27 #include <limits.h>
  28 #include "routines/tsa.h"
  29
  30 #define WID_STR "This programs makes a recurrence plot for the data."
  31
  32 #define BOX 1024
  33
  34 unsigned long length=ULONG_MAX,exclude=0;
  35 unsigned int embed=2,dim=1,delay=1;
  36 unsigned int verbosity=0xff;
  37 double eps=1.e-3,fraction=1.0;
  38 char dimset=0;
  39 char *columns;
  40 char *outfile=NULL,stdo=1;
  41 char *infile=NULL;
  42 char epsset=0;
  43
  44 double **series;
  45 long **box,*list;
  46
  47 void show_options(char *progname)
  48 {
  49   what_i_do(progname,WID_STR);
  50   fprintf(stderr,"Usage: %s [options]\n",progname);
  51   fprintf(stderr,"Options:\n");
  52   fprintf(stderr,"Everything not being a valid option will be interpreted"
  53           " as a possible"
  54           " datafile.\nIf no datafile is given stdin is read. Just - also"
  55           " means stdin\n");
  56   fprintf(stderr,"\t-l # of data to use [Default: whole file]\n");
  57   fprintf(stderr,"\t-x # of lines to be ignored [Default: 0]\n");
  58   fprintf(stderr,"\t-c columns to read [Default: 1]\n");
  59   fprintf(stderr,"\t-m # of components,embedding dimension [Default: 1,2]\n");
  60   fprintf(stderr,"\t-d delay [Default: 1]\n");
  61   fprintf(stderr,"\t-r size of the neighbourhood "
  62           "[Default: (data interval)/1000]\n");
  63   fprintf(stderr,"\t-%% print only a percentage of points found [Default: "
  64           " 100.0]\n");
  65   fprintf(stderr,"\t-o output file name [Default: 'datafile'.rec\n"
  66           "\t\twithout -o: stdout]\n");
  67   fprintf(stderr,"\t-V verbosity level [Default: 1]\n\t\t"
  68           "0='only panic messages'\n\t\t"
  69           "1='+ input/output messages'\n");
  70   fprintf(stderr,"\t-h show these options\n");
  71   exit(0);
  72 }
  73
  74 void scan_options(int n,char **in)
  75 {
  76   char *out;
  77
  78   if ((out=check_option(in,n,'l','u')) != NULL)
  79     sscanf(out,"%lu",&length);
  80   if ((out=check_option(in,n,'x','u')) != NULL)
  81     sscanf(out,"%lu",&exclude);
  82   if ((out=check_option(in,n,'c','s')) != NULL)
  83     columns=out;
  84   if ((out=check_option(in,n,'m','2')) != NULL) {
  85     sscanf(out,"%u,%u",&dim,&embed);
  86     dimset=1;
  87   }
  88   if ((out=check_option(in,n,'d','u')) != NULL)
  89     sscanf(out,"%u",&delay);
  90   if ((out=check_option(in,n,'V','u')) != NULL)
  91     sscanf(out,"%u",&verbosity);
  92   if ((out=check_option(in,n,'r','f')) != NULL) {
  93     epsset=1;
  94     sscanf(out,"%lf",&eps);
  95   }
  96   if ((out=check_option(in,n,'%','f')) != NULL) {
  97     sscanf(out,"%lf",&fraction);
  98     fraction /= 100.0;
  99   }
 100   if ((out=check_option(in,n,'o','o')) != NULL) {
 101     stdo=0;
 102     if (strlen(out) > 0)
 103       outfile=out;
 104   }
 105 }
 106
 107 void lfind_neighbors(void)
 108 {
 109   int i,i1,i2,j,j1,ke,ked,kd;
 110   int ibox=BOX-1;
 111   long n,element;
 112   double dx,epsinv;
 113   char toolarge;
 114   FILE *fout=NULL;
 115
 116   epsinv=1./eps;
 117   rnd_init(0x9834725L);
 118
 119   if (!stdo) {
 120     fout=fopen(outfile,"w");
 121     if (verbosity&VER_INPUT)
 122       fprintf(stderr,"Opened %s for writing\n",outfile);
 123   }
 124   else {
 125     if (verbosity&VER_INPUT)
 126       fprintf(stderr,"Writing to stdout\n");
 127   }
 128
 129   for (n=(embed-1)*delay;n<length;n++) {
 130     i=(int)(series[0][n]*epsinv)&ibox;
 131     j=(int)(series[dim-1][n]*epsinv)&ibox;
 132     for (i1=i-1;i1<=i+1;i1++) {
 133       i2=i1&ibox;
 134       for (j1=j-1;j1<=j+1;j1++) {
 135         element=box[i2][j1&ibox];
 136         while (element > n) {
 137           toolarge=0;
 138           for (ke=0;ke<embed;ke++) {
 139             ked=ke*delay;
 140             for (kd=0;kd<dim;kd++) {
 141               dx=fabs(series[kd][n-ked]-series[kd][element-ked]);
 142               if (dx >= eps) {
 143                 toolarge=1;
 144                 break;
 145               }
 146             }
 147             if (toolarge)
 148               break;
 149           }
 150           if (!toolarge)
 151             if (((double)rnd69069()/ULONG_MAX) <= fraction) {
 152               if (!stdo)
 153                 fprintf(fout,"%ld %ld\n",n+1,element+1);
 154               else
 155                 fprintf(stdout,"%ld %ld\n",n+1,element+1);
 156             }
 157           element=list[element];
 158         }
 159       }
 160     }
 161   }
 162   if (!stdo)
 163     fclose(fout);
 164 }
 165
 166 int main(int argc,char **argv)
 167 {
 168   long i;
 169   char stdi=0;
 170   double min,max,maxmax;
 171
 172   if (scan_help(argc,argv))
 173     show_options(argv[0]);
 174
 175   scan_options(argc,argv);
 176 #ifndef OMIT_WHAT_I_DO
 177   if (verbosity&VER_INPUT)
 178     what_i_do(argv[0],WID_STR);
 179 #endif
 180
 181   infile=search_datafile(argc,argv,NULL,verbosity);
 182   if (infile == NULL)
 183     stdi=1;
 184
 185   if (outfile == NULL) {
 186     if (!stdi) {
 187       check_alloc(outfile=(char*)calloc(strlen(infile)+5,(size_t)1));
 188       strcpy(outfile,infile);
 189       strcat(outfile,".rec");
 190     }
 191     else {
 192       check_alloc(outfile=(char*)calloc((size_t)10,(size_t)1));
 193       strcpy(outfile,"stdin.rec");
 194     }
 195   }
 196   if (!stdo)
 197     test_outfile(outfile);
 198
 199   if (columns == NULL)
 200     series=(double**)get_multi_series(infile,&length,exclude,&dim,"",dimset,
 201                                       verbosity);
 202   else
 203     series=(double**)get_multi_series(infile,&length,exclude,&dim,columns,
 204                                       dimset,verbosity);
 205
 206   maxmax=0.0;
 207   for (i=0;i<dim;i++) {
 208     rescale_data(series[i],length,&min,&max);
 209     if (max > maxmax)
 210       maxmax=max;
 211   }
 212
 213   if (epsset)
 214     eps /= maxmax;
 215
 216   check_alloc(list=(long*)malloc(sizeof(long)*length));
 217   check_alloc(box=(long**)malloc(sizeof(long*)*BOX));
 218   for (i=0;i<BOX;i++)
 219     check_alloc(box[i]=(long*)malloc(sizeof(long)*BOX));
 220
 221   make_multi_box(series,box,list,length,BOX,dim,embed,delay,eps);
 222   lfind_neighbors();
 223
 224   return 0;
 225 }