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   1 October 6, 2006
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   3 The FASTA programs for Windows32 environments (WindowsNT, 2000, XP)
   4 has undergone a major upgrade, so that now all the programs in the
   5 Unix/MacOSX distribution are available to Windows users.  Moreover,
   6 Windows users with modern (SSE2 compatible) processors can run greatly
   7 accelerated versions of the Smith-Waterman ssearch program.
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   9 Moreover, these programs work both with FASTA formatted files, and
  10 NCBI BLAST formatted files.
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  12 The following programs are available:
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  14     fasta34.exe         protein-protein or DNA-DNA database searches
  15     fastf34.exe
  16     fastm34.exe
  17     fasts34.exe
  18     fastx34.exe         compare DNA query to protein library with frameshifts
  19     fasty34.exe         compare DNA query to protein library with frameshifts
  20     prfx34.exe
  21     prss34.exe          evaluate statistical significance using shuffles
  22     prss34sse2.exe
  23     ssearch34.exe       Smith-Waterman for prot-prot or DNA-DNA searches
  24     ssearch34sse2.exe   Smith-Waterman, accelerated with SSE2 extensions
  25     tfastf34.exe
  26     tfastm34.exe
  27     tfasts34.exe
  28     tfastx34.exe        compare protein to DNA library with frameshifts
  29     tfasty34.exe        compare protein to DNA library with frameshifts
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  31 Each of these programs also has a "threaded" version, which can run on
  32 multiple processors (or dual cores) if they are available.  However,
  33 they are built using the Unix pthreads API, so to use these programs,
  34 you must download the pthreadVC2.dll from:
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  36 ftp://sources.redhat.com/pub/pthreads-win32/dll-latest/lib/pthreadVC2.dll
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  38 see also http://sourceware.org/pthreads-win32/
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  40     fasta34_t.exe
  41     fastf34_t.exe
  42     fastm34_t.exe
  43     fasts34_t.exe
  44     fastx34_t.exe
  45     fasty34_t.exe
  46     prfx34_t.exe
  47     prss34_t.exe
  48     prss34sse2_t.exe
  49     ssearch34_t.exe
  50     ssearch34sse2_t.exe
  51     tfastf34_t.exe
  52     tfasts34_t.exe
  53     tfastx34_t.exe
  54     tfasty34_t.exe
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  56 Without that DLL, the threaded programs will not run at all. The
  57 current compilation supports two threads, and speeds up searches about
  58 2-fold on dual-core processors.
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  60 The programs have been tested with protein and DNA databases in FASTA
  61 format, PIR/GCG-text format, and Genbank flatfile format.  The program
  62 does not work properly with GCG binary format databases, but it seems
  63 unlikely that Windows users would need these.
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  65 Be certain to use an program that can work with long file names when
  66 unpacking the program source files.
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  68 Please report bugs to:
  69
  70         wrp@virginia.edu