website/archive/binaries/mac/src/fasta34/uascii.h

   1 /* Concurrent read version */
   2 /*      ascii.gbl       ascii translation to amino acids */
   3 /*      modified 10-Mar-1987 for B, Z   */
   4
   5 /* $Name: fa_34_26_5 $ - $Id: uascii.h,v 1.6 2004/12/30 16:45:01 wrp Exp $ */
   6
   7 #define NA 123
   8 #define NANN 50
   9 #define ESS 49  /* code for ',' in FASTS,FASTF, FASTM */
  10 #define EL 125
  11 #define ES 126
  12 #define AAMASK 127
  13
  14 #ifndef XTERNAL
  15 /*       0  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10 11 12 13 14 15        */
  16 /* 32       !  "  #  $  %  &  '  (  )  *  +  ,  -  .  /         */
  17 /* 48    0  1  2  3  4  5  6  7  8  9  :  ;  <  =  >  ?         */
  18 /* 64    @  A  B  C  D  E  F  G  H  I  J  K  L  M  N  O         */
  19 /* 80    P  Q  R  S  T  U  V  W  X  Y  Z  [  \  ]  ^  _         */
  20 /* 96    `  a  b  c  d  e  f  g  h  i  j  k  l  m  n  o         */
  21 /*112    p  q  r  s  t  u  v  w  x  y  z  {  |  }  ~  ^?        */
  22
  23 int aascii[128]={
  24         EL,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,EL,NA,NA,EL,NA,NA,        /* 15 */
  25         NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,        /* 31 */
  26         NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,24,NA,NA,NA,NA,NA,        /* 47 */
  27         NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,        /* 63 */
  28         NA, 1,21, 5, 4, 7,14, 8, 9,10,NA,12,11,13, 3,NA,        /* 79 */
  29         15, 6, 2,16,17,23,20,18,23,19,22,NA,NA,NA,NA,NA,        /* 95 */
  30         NA, 1,21, 5, 4, 7,14, 8, 9,10,NA,12,11,13, 3,NA,        /*111 */
  31         15, 6, 2,16,17,23,20,18,23,19,22,NA,NA,NA,NA,NA};       /*127 */
  32
  33 int nascii[128]={
  34 /*       0  1  2  3  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 15
  35          @  A  B  C  D  E  F  G  H  I  J  K  L  M  N  O
  36          P  Q  R  S  T  U  V  W  X  Y  Z                */
  37         EL,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,EL,NA,NA,EL,NA,NA,
  38         NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
  39         NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,ES,NA,NA,16,NA,NA,
  40         NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,ES,NA,NA,ES,NA,
  41         NA, 1,15, 2,12,NA,NA, 3,13,NA,NA,11,NA, 8,16,NA,
  42          6, 7, 6,10, 4, 5,14, 9,17, 7,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
  43         NA, 1,15, 2,12,NA,NA, 3,13,NA,NA,11,NA, 8,16,NA,
  44          6, 7, 6,10, 4, 5,14, 9,17, 7,NA,NA,NA,NA,NA,NA};
  45
  46 int *pascii;
  47 int qascii[128];
  48 int lascii[128];
  49 #else
  50 #define AAMASK 127
  51 extern int aascii[128];
  52 extern int nascii[128];
  53
  54 extern int *pascii;
  55 extern int qascii[128];
  56 extern int lascii[128];
  57 #endif