website/archive/binaries/mac/src/muscle/seqvect.h

   1 #ifndef SeqVect_h\r
   2 #define SeqVect_h\r
   3 \r
   4 #include <vector>\r
   5 #include "seq.h"\r
   6 \r
   7 typedef std::vector<Seq *> SeqVectBase;\r
   8 \r
   9 class SeqVect : public SeqVectBase\r
  10         {\r
  11 public:\r
  12         SeqVect() {}\r
  13         virtual ~SeqVect();\r
  14 \r
  15 private:\r
  16 // Not implemented; prevent use of copy c'tor and assignment.\r
  17         SeqVect(const SeqVect &);\r
  18         SeqVect &operator=(const SeqVect &);\r
  19 \r
  20 public:\r
  21         void FromFile(TextFile &File)\r
  22                 {\r
  23                 FromFASTAFile(File);\r
  24                 }\r
  25 \r
  26         void FromFASTAFile(TextFile &File);\r
  27         void ToFASTAFile(TextFile &File) const;\r
  28 \r
  29         void ToFile(TextFile &File) const\r
  30                 {\r
  31                 ToFASTAFile(File);\r
  32                 }\r
  33 \r
  34         void PadToMSA(MSA &msa);\r
  35         void Copy(const SeqVect &rhs);\r
  36         void StripGaps();\r
  37         void StripGapsAndWhitespace();\r
  38         void ToUpper();\r
  39         void Clear();\r
  40         unsigned Length() const { return (unsigned) size(); }\r
  41         unsigned GetSeqCount() const { return (unsigned) size(); }\r
  42         void AppendSeq(const Seq &s);\r
  43         bool FindName(const char *ptrName, unsigned *ptruIndex) const;\r
  44         void LogMe() const;\r
  45         const char *GetSeqName(unsigned uSeqIndex) const;\r
  46         unsigned GetSeqId(unsigned uSeqIndex) const;\r
  47         unsigned GetSeqIdFromName(const char *Name) const;\r
  48         unsigned GetSeqLength(unsigned uSeqIndex) const;\r
  49         void SetSeqId(unsigned uSeqIndex, unsigned uId);\r
  50         Seq &GetSeq(unsigned uIndex);\r
  51         Seq &GetSeqById(unsigned uId);\r
  52         const Seq &GetSeq(unsigned uIndex) const;\r
  53 \r
  54         ALPHA GuessAlpha() const;\r
  55         void FixAlpha();\r
  56 \r
  57 #ifndef _WIN32\r
  58         reference at(size_type i) { return operator[](i); }\r
  59         const_reference at(size_type i) const { return operator[](i); }\r
  60 #endif\r
  61         };\r
  62 \r
  63 #endif  // SeqVect_h\r