Refactored client class to accomodate new WS interface and reduce the complexity
[jabaws.git] / website / dm_javadoc / compbio / ws / client / Jws2Client.html
1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">\r
2 <!--NewPage-->\r
3 <HTML>\r
4 <HEAD>\r
5 <!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_21) on Wed Nov 24 12:17:18 GMT 2010 -->\r
6 <TITLE>\r
7 Jws2Client\r
8 </TITLE>\r
9 \r
10 <META NAME="date" CONTENT="2010-11-24">\r
11 \r
12 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../../../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
13 \r
14 <SCRIPT type="text/javascript">\r
15 function windowTitle()\r
16 {\r
17     if (location.href.indexOf('is-external=true') == -1) {\r
18         parent.document.title="Jws2Client";\r
19     }\r
20 }\r
21 </SCRIPT>\r
22 <NOSCRIPT>\r
23 </NOSCRIPT>\r
24 \r
25 </HEAD>\r
26 \r
27 <BODY BGCOLOR="white" onload="windowTitle();">\r
28 <HR>\r
29 \r
30 \r
31 <!-- ========= START OF TOP NAVBAR ======= -->\r
32 <A NAME="navbar_top"><!-- --></A>\r
33 <A HREF="#skip-navbar_top" title="Skip navigation links"></A>\r
34 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
35 <TR>\r
36 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
37 <A NAME="navbar_top_firstrow"><!-- --></A>\r
38 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
39   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
40   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
41   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
42   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Class</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
43   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="class-use/Jws2Client.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Use</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
44   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
45   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
46   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
47   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
48   </TR>\r
49 </TABLE>\r
50 </TD>\r
51 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
52 </EM>\r
53 </TD>\r
54 </TR>\r
55 \r
56 <TR>\r
57 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
58 &nbsp;PREV CLASS&nbsp;\r
59 &nbsp;<A HREF="../../../compbio/ws/client/Services.html" title="enum in compbio.ws.client"><B>NEXT CLASS</B></A></FONT></TD>\r
60 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
61   <A HREF="../../../index.html?compbio/ws/client/Jws2Client.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
62 &nbsp;<A HREF="Jws2Client.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
63 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
64   <!--\r
65   if(window==top) {\r
66     document.writeln('<A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
67   }\r
68   //-->\r
69 </SCRIPT>\r
70 <NOSCRIPT>\r
71   <A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
72 </NOSCRIPT>\r
73 \r
74 \r
75 </FONT></TD>\r
76 </TR>\r
77 <TR>\r
78 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
79   SUMMARY:&nbsp;NESTED&nbsp;|&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;CONSTR&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_summary">METHOD</A></FONT></TD>\r
80 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
81 DETAIL:&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;CONSTR&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_detail">METHOD</A></FONT></TD>\r
82 </TR>\r
83 </TABLE>\r
84 <A NAME="skip-navbar_top"></A>\r
85 <!-- ========= END OF TOP NAVBAR ========= -->\r
86 \r
87 <HR>\r
88 <!-- ======== START OF CLASS DATA ======== -->\r
89 <H2>\r
90 <FONT SIZE="-1">\r
91 compbio.ws.client</FONT>\r
92 <BR>\r
93 Class Jws2Client</H2>\r
94 <PRE>\r
95 <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">java.lang.Object</A>\r
96   <IMG SRC="../../../resources/inherit.gif" ALT="extended by "><B>compbio.ws.client.Jws2Client</B>\r
97 </PRE>\r
98 <HR>\r
99 <DL>\r
100 <DT><PRE>public class <B>Jws2Client</B><DT>extends <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></DL>\r
101 </PRE>\r
102 \r
103 <P>\r
104 A command line client for JAva Bioinformatics Analysis Web Services\r
105 <P>\r
106 \r
107 <P>\r
108 <DL>\r
109 <DT><B>Version:</B></DT>\r
110   <DD>1.0</DD>\r
111 <DT><B>Author:</B></DT>\r
112   <DD>pvtroshin</DD>\r
113 </DL>\r
114 <HR>\r
115 \r
116 <P>\r
117 \r
118 <!-- ========== METHOD SUMMARY =========== -->\r
119 \r
120 <A NAME="method_summary"><!-- --></A>\r
121 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
122 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
123 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
124 <B>Method Summary</B></FONT></TH>\r
125 </TR>\r
126 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
127 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
128 <CODE>static\r
129 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
130 <TR ALIGN="right" VALIGN="">\r
131 <TD NOWRAP><FONT SIZE="-1">\r
132 <CODE>&lt;T&gt; <A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;T&gt;</CODE></FONT></TD>\r
133 </TR>\r
134 </TABLE>\r
135 </CODE></FONT></TD>\r
136 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/client/Jws2Client.html#connect(java.lang.String, compbio.ws.client.Services)">connect</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;host,\r
137         <A HREF="../../../compbio/ws/client/Services.html" title="enum in compbio.ws.client">Services</A>&nbsp;service)</CODE>\r
138 \r
139 <BR>\r
140 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Connects to a web service by the host and the service name</TD>\r
141 </TR>\r
142 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
143 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
144 <CODE>static&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
145 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/client/Jws2Client.html#getHost(java.lang.String[])">getHost</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>[]&nbsp;cmd)</CODE>\r
146 \r
147 <BR>\r
148 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Extracts host name from the command line</TD>\r
149 </TR>\r
150 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
151 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
152 <CODE>static&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
153 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/client/Jws2Client.html#getServiceName(java.lang.String[])">getServiceName</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>[]&nbsp;cmd)</CODE>\r
154 \r
155 <BR>\r
156 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Extracts service name from the command line</TD>\r
157 </TR>\r
158 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
159 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
160 <CODE>static&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
161 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/client/Jws2Client.html#main(java.lang.String[])">main</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>[]&nbsp;args)</CODE>\r
162 \r
163 <BR>\r
164 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Starts command line client, if no parameter are supported print help.</TD>\r
165 </TR>\r
166 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
167 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
168 <CODE>static&nbsp;boolean</CODE></FONT></TD>\r
169 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/client/Jws2Client.html#validURL(java.lang.String)">validURL</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;urlstr)</CODE>\r
170 \r
171 <BR>\r
172 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Attempt to construct the URL object from the string</TD>\r
173 </TR>\r
174 </TABLE>\r
175 &nbsp;<A NAME="methods_inherited_from_class_java.lang.Object"><!-- --></A>\r
176 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
177 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
178 <TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></B></TH>\r
179 </TR>\r
180 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
181 <TD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#clone()" title="class or interface in java.lang">clone</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#equals(java.lang.Object)" title="class or interface in java.lang">equals</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#finalize()" title="class or interface in java.lang">finalize</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#getClass()" title="class or interface in java.lang">getClass</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#hashCode()" title="class or interface in java.lang">hashCode</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notify()" title="class or interface in java.lang">notify</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notifyAll()" title="class or interface in java.lang">notifyAll</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#toString()" title="class or interface in java.lang">toString</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait()" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long)" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long, int)" title="class or interface in java.lang">wait</A></CODE></TD>\r
182 </TR>\r
183 </TABLE>\r
184 &nbsp;\r
185 <P>\r
186 \r
187 <!-- ============ METHOD DETAIL ========== -->\r
188 \r
189 <A NAME="method_detail"><!-- --></A>\r
190 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
191 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
192 <TH ALIGN="left" COLSPAN="1"><FONT SIZE="+2">\r
193 <B>Method Detail</B></FONT></TH>\r
194 </TR>\r
195 </TABLE>\r
196 \r
197 <A NAME="validURL(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
198 validURL</H3>\r
199 <PRE>\r
200 public static boolean <B>validURL</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;urlstr)</PRE>\r
201 <DL>\r
202 <DD>Attempt to construct the URL object from the string\r
203 <P>\r
204 <DD><DL>\r
205 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>urlstr</CODE> - \r
206 <DT><B>Returns:</B><DD>true if it succeed false otherwise</DL>\r
207 </DD>\r
208 </DL>\r
209 <HR>\r
210 \r
211 <A NAME="getServiceName(java.lang.String[])"><!-- --></A><H3>\r
212 getServiceName</H3>\r
213 <PRE>\r
214 public static <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>getServiceName</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>[]&nbsp;cmd)</PRE>\r
215 <DL>\r
216 <DD>Extracts service name from the command line\r
217 <P>\r
218 <DD><DL>\r
219 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>cmd</CODE> - command line options\r
220 <DT><B>Returns:</B><DD>service name or null if it is not defined</DL>\r
221 </DD>\r
222 </DL>\r
223 <HR>\r
224 \r
225 <A NAME="getHost(java.lang.String[])"><!-- --></A><H3>\r
226 getHost</H3>\r
227 <PRE>\r
228 public static <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>getHost</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>[]&nbsp;cmd)</PRE>\r
229 <DL>\r
230 <DD>Extracts host name from the command line\r
231 <P>\r
232 <DD><DL>\r
233 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>cmd</CODE> - command line options\r
234 <DT><B>Returns:</B><DD>host name or null if it is not defined</DL>\r
235 </DD>\r
236 </DL>\r
237 <HR>\r
238 \r
239 <A NAME="connect(java.lang.String, compbio.ws.client.Services)"><!-- --></A><H3>\r
240 connect</H3>\r
241 <PRE>\r
242 public static &lt;T&gt; <A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;T&gt; <B>connect</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;host,\r
243                                    <A HREF="../../../compbio/ws/client/Services.html" title="enum in compbio.ws.client">Services</A>&nbsp;service)\r
244                         throws <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/javax/xml/ws/WebServiceException.html?is-external=true" title="class or interface in javax.xml.ws">WebServiceException</A></PRE>\r
245 <DL>\r
246 <DD>Connects to a web service by the host and the service name\r
247 <P>\r
248 <DD><DL>\r
249 <DT><B>Type Parameters:</B><DD><CODE>T</CODE> - web service type<DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>host</CODE> - <DD><CODE>service</CODE> - \r
250 <DT><B>Returns:</B><DD>MsaWS<T>\r
251 <DT><B>Throws:</B>\r
252 <DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/javax/xml/ws/WebServiceException.html?is-external=true" title="class or interface in javax.xml.ws">WebServiceException</A></CODE></DL>\r
253 </DD>\r
254 </DL>\r
255 <HR>\r
256 \r
257 <A NAME="main(java.lang.String[])"><!-- --></A><H3>\r
258 main</H3>\r
259 <PRE>\r
260 public static void <B>main</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>[]&nbsp;args)</PRE>\r
261 <DL>\r
262 <DD>Starts command line client, if no parameter are supported print help. Two
263  parameters are required for successfull call the JWS2 host name and a
264  service name.\r
265 <P>\r
266 <DD><DL>\r
267 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>args</CODE> - Usage: <Class or Jar file name> -h=host_and_context
268             -s=serviceName ACTION [OPTIONS]
269  
270             -h=<host_and_context> - a full URL to the JWS2 web server
271             including context path e.g. http://10.31.1.159:8080/ws
272  
273             -s=<ServiceName> - one of [MafftWS, MuscleWS, ClustalWS,
274             TcoffeeWS, ProbconsWS] ACTIONS:
275  
276             -i=<inputFile> - full path to fasta formatted sequence file,
277             from which to align sequences
278  
279             -parameters - lists parameters supported by web service
280  
281             -presets - lists presets supported by web service
282  
283             -limits - lists web services limits Please note that if input
284             file is specified other actions are ignored
285  
286             OPTIONS: (only for use with -i action):
287  
288             -r=<presetName> - name of the preset to use
289  
290             -o=<outputFile> - full path to the file where to write an
291             alignment -f=<parameterInputFile> - the name of the file with
292             the list of parameters to use. Please note that -r and -f
293             options cannot be used together. Alignment is done with either
294             preset or a parameters from the file, but not both!</DL>\r
295 </DD>\r
296 </DL>\r
297 <!-- ========= END OF CLASS DATA ========= -->\r
298 <HR>\r
299 \r
300 \r
301 <!-- ======= START OF BOTTOM NAVBAR ====== -->\r
302 <A NAME="navbar_bottom"><!-- --></A>\r
303 <A HREF="#skip-navbar_bottom" title="Skip navigation links"></A>\r
304 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
305 <TR>\r
306 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
307 <A NAME="navbar_bottom_firstrow"><!-- --></A>\r
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349   SUMMARY:&nbsp;NESTED&nbsp;|&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;CONSTR&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_summary">METHOD</A></FONT></TD>\r
350 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
351 DETAIL:&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;CONSTR&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_detail">METHOD</A></FONT></TD>\r
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