website/dm_javadoc/index-files/index-16.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">\r
   2 <!--NewPage-->\r
   3 <HTML>\r
   4 <HEAD>\r
   5 <!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_21) on Wed Nov 24 12:17:19 GMT 2010 -->\r
   6 <TITLE>\r
   7 S-Index\r
   8 </TITLE>\r
   9 \r
  10 <META NAME="date" CONTENT="2010-11-24">\r
  11 \r
  12 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
  13 \r
  14 <SCRIPT type="text/javascript">\r
  15 function windowTitle()\r
  16 {\r
  17     if (location.href.indexOf('is-external=true') == -1) {\r
  18         parent.document.title="S-Index";\r
  19     }\r
  20 }\r
  21 </SCRIPT>\r
  22 <NOSCRIPT>\r
  23 </NOSCRIPT>\r
  24 \r
  25 </HEAD>\r
  26 \r
  27 <BODY BGCOLOR="white" onload="windowTitle();">\r
  28 <HR>\r
  29 \r
  30 \r
  31 <!-- ========= START OF TOP NAVBAR ======= -->\r
  32 <A NAME="navbar_top"><!-- --></A>\r
  33 <A HREF="#skip-navbar_top" title="Skip navigation links"></A>\r
  34 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
  35 <TR>\r
  36 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
  37 <A NAME="navbar_top_firstrow"><!-- --></A>\r
  38 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
  39   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
  40   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  41   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Package</FONT>&nbsp;</TD>\r
  42   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Class</FONT>&nbsp;</TD>\r
  43   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Use</FONT>&nbsp;</TD>\r
  44   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../overview-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  45   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  46   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Index</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
  47   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  48   </TR>\r
  49 </TABLE>\r
  50 </TD>\r
  51 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
  52 </EM>\r
  53 </TD>\r
  54 </TR>\r
  55 \r
  56 <TR>\r
  57 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  58 &nbsp;<A HREF="index-15.html"><B>PREV LETTER</B></A>&nbsp;\r
  59 &nbsp;<A HREF="index-17.html"><B>NEXT LETTER</B></A></FONT></TD>\r
  60 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  61   <A HREF="../index.html?index-filesindex-16.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  62 &nbsp;<A HREF="index-16.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  63 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
  64   <!--\r
  65   if(window==top) {\r
  66     document.writeln('<A HREF="../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
  67   }\r
  68   //-->\r
  69 </SCRIPT>\r
  70 <NOSCRIPT>\r
  71   <A HREF="../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
  72 </NOSCRIPT>\r
  73 \r
  74 \r
  75 </FONT></TD>\r
  76 </TR>\r
  77 </TABLE>\r
  78 <A NAME="skip-navbar_top"></A>\r
  79 <!-- ========= END OF TOP NAVBAR ========= -->\r
  80 \r
  81 <A HREF="index-1.html">A</A> <A HREF="index-2.html">C</A> <A HREF="index-3.html">D</A> <A HREF="index-4.html">E</A> <A HREF="index-5.html">F</A> <A HREF="index-6.html">G</A> <A HREF="index-7.html">H</A> <A HREF="index-8.html">I</A> <A HREF="index-9.html">J</A> <A HREF="index-10.html">L</A> <A HREF="index-11.html">M</A> <A HREF="index-12.html">N</A> <A HREF="index-13.html">O</A> <A HREF="index-14.html">P</A> <A HREF="index-15.html">R</A> <A HREF="index-16.html">S</A> <A HREF="index-17.html">T</A> <A HREF="index-18.html">U</A> <A HREF="index-19.html">V</A> <A HREF="index-20.html">W</A> <HR>\r
  82 <A NAME="_S_"><!-- --></A><H2>\r
  83 <B>S</B></H2>\r
  84 <DL>\r
  85 <DT><A HREF="../compbio/data/sequence/SequenceUtil.html" title="class in compbio.data.sequence"><B>SequenceUtil</B></A> - Class in <A HREF="../compbio/data/sequence/package-summary.html">compbio.data.sequence</A><DD>Utility class for operations on sequences<DT><A HREF="../compbio/ws/client/Services.html" title="enum in compbio.ws.client"><B>Services</B></A> - Enum in <A HREF="../compbio/ws/client/package-summary.html">compbio.ws.client</A><DD>List of web services currently supported by JABAWS version 1<DT><A HREF="../compbio/metadata/Option.html#setDefaultValue(java.lang.String)"><B>setDefaultValue(String)</B></A> - \r
  86 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>\r
  87 <DD>Sets one of the values defined in optionList as default.\r
  88 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Parameter.html#setDefaultValue(java.lang.String)"><B>setDefaultValue(String)</B></A> - \r
  89 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>\r
  90 <DD>&nbsp;\r
  91 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Option.html#setDescription(java.lang.String)"><B>setDescription(String)</B></A> - \r
  92 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>\r
  93 <DD>&nbsp;\r
  94 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Preset.html#setDescription(java.lang.String)"><B>setDescription(String)</B></A> - \r
  95 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>\r
  96 <DD>&nbsp;\r
  97 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Option.html#setFurtherDetails(java.net.URL)"><B>setFurtherDetails(URL)</B></A> - \r
  98 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>\r
  99 <DD>&nbsp;\r
 100 <DT><A HREF="../compbio/metadata/ValueConstrain.html#setMax(java.lang.String)"><B>setMax(String)</B></A> - \r
 101 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/ValueConstrain.html" title="class in compbio.metadata">ValueConstrain</A>\r
 102 <DD>&nbsp;\r
 103 <DT><A HREF="../compbio/metadata/ValueConstrain.html#setMin(java.lang.String)"><B>setMin(String)</B></A> - \r
 104 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/ValueConstrain.html" title="class in compbio.metadata">ValueConstrain</A>\r
 105 <DD>&nbsp;\r
 106 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Option.html#setName(java.lang.String)"><B>setName(String)</B></A> - \r
 107 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>\r
 108 <DD>&nbsp;\r
 109 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Preset.html#setName(java.lang.String)"><B>setName(String)</B></A> - \r
 110 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>\r
 111 <DD>&nbsp;\r
 112 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Parameter.html#setOptionName(java.lang.String)"><B>setOptionName(String)</B></A> - \r
 113 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>\r
 114 <DD>&nbsp;\r
 115 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Option.html#setOptionNames(java.util.Set)"><B>setOptionNames(Set&lt;String&gt;)</B></A> - \r
 116 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>\r
 117 <DD>&nbsp;\r
 118 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Parameter.html#setOptionNames(java.util.Set)"><B>setOptionNames(Set&lt;String&gt;)</B></A> - \r
 119 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>\r
 120 <DD>&nbsp;\r
 121 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Preset.html#setOptions(java.util.List)"><B>setOptions(List&lt;String&gt;)</B></A> - \r
 122 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>\r
 123 <DD>&nbsp;\r
 124 <DT><A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html#setOptions(java.util.List)"><B>setOptions(List&lt;Option&lt;T&gt;&gt;)</B></A> - \r
 125 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>\r
 126 <DD>Adds the list of options or parameters to the internal list of options\r
 127 <DT><A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html#setParameters(java.util.List)"><B>setParameters(List&lt;Parameter&lt;T&gt;&gt;)</B></A> - \r
 128 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>\r
 129 <DD>Sets the list of parameters as internal list\r
 130 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Parameter.html#setPossibleValues(java.util.Set)"><B>setPossibleValues(Set&lt;String&gt;)</B></A> - \r
 131 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>\r
 132 <DD>&nbsp;\r
 133 <DT><A HREF="../compbio/metadata/PresetManager.html#setPresets(java.util.List)"><B>setPresets(List&lt;Preset&lt;T&gt;&gt;)</B></A> - \r
 134 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/PresetManager.html" title="class in compbio.metadata">PresetManager</A>\r
 135 <DD>&nbsp;\r
 136 <DT><A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html#setPrmSeparator(java.lang.String)"><B>setPrmSeparator(String)</B></A> - \r
 137 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>\r
 138 <DD>Sets name value separator character\r
 139 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Option.html#setRequired(boolean)"><B>setRequired(boolean)</B></A> - \r
 140 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>\r
 141 <DD>&nbsp;\r
 142 <DT><A HREF="../compbio/metadata/PresetManager.html#setRunnerClassName(java.lang.String)"><B>setRunnerClassName(String)</B></A> - \r
 143 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/PresetManager.html" title="class in compbio.metadata">PresetManager</A>\r
 144 <DD>&nbsp;\r
 145 <DT><A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html#setRunnerClassName(java.lang.String)"><B>setRunnerClassName(String)</B></A> - \r
 146 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>\r
 147 <DD>Set the name of a runner class\r
 148 <DT><A HREF="../compbio/metadata/ValueConstrain.html#setType(compbio.metadata.ValueConstrain.Type)"><B>setType(ValueConstrain.Type)</B></A> - \r
 149 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/ValueConstrain.html" title="class in compbio.metadata">ValueConstrain</A>\r
 150 <DD>&nbsp;\r
 151 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Parameter.html#setValidValue(compbio.metadata.ValueConstrain)"><B>setValidValue(ValueConstrain)</B></A> - \r
 152 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>\r
 153 <DD>&nbsp;\r
 154 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Argument.html#setValue(java.lang.String)"><B>setValue(String)</B></A> - \r
 155 Method in interface compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata">Argument</A>\r
 156 <DD>Set default values for the parameter or an option\r
 157 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Option.html#setValue(java.lang.String)"><B>setValue(String)</B></A> - \r
 158 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>\r
 159 <DD>&nbsp;\r
 160 </DL>\r
 161 <HR>\r
 162 \r
 163 \r
 164 <!-- ======= START OF BOTTOM NAVBAR ====== -->\r
 165 <A NAME="navbar_bottom"><!-- --></A>\r
 166 <A HREF="#skip-navbar_bottom" title="Skip navigation links"></A>\r
 167 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 168 <TR>\r
 169 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
 170 <A NAME="navbar_bottom_firstrow"><!-- --></A>\r
 171 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
 172   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
 173   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 174   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Package</FONT>&nbsp;</TD>\r
 175   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Class</FONT>&nbsp;</TD>\r
 176   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Use</FONT>&nbsp;</TD>\r
 177   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../overview-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 178   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 179   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Index</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
 180   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 181   </TR>\r
 182 </TABLE>\r
 183 </TD>\r
 184 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
 185 </EM>\r
 186 </TD>\r
 187 </TR>\r
 188 \r
 189 <TR>\r
 190 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 191 &nbsp;<A HREF="index-15.html"><B>PREV LETTER</B></A>&nbsp;\r
 192 &nbsp;<A HREF="index-17.html"><B>NEXT LETTER</B></A></FONT></TD>\r
 193 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 194   <A HREF="../index.html?index-filesindex-16.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 195 &nbsp;<A HREF="index-16.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 196 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
 197   <!--\r
 198   if(window==top) {\r
 199     document.writeln('<A HREF="../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
 200   }\r
 201   //-->\r
 202 </SCRIPT>\r
 203 <NOSCRIPT>\r
 204   <A HREF="../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
 205 </NOSCRIPT>\r
 206 \r
 207 \r
 208 </FONT></TD>\r
 209 </TR>\r
 210 </TABLE>\r
 211 <A NAME="skip-navbar_bottom"></A>\r
 212 <!-- ======== END OF BOTTOM NAVBAR ======= -->\r
 213 \r
 214 <A HREF="index-1.html">A</A> <A HREF="index-2.html">C</A> <A HREF="index-3.html">D</A> <A HREF="index-4.html">E</A> <A HREF="index-5.html">F</A> <A HREF="index-6.html">G</A> <A HREF="index-7.html">H</A> <A HREF="index-8.html">I</A> <A HREF="index-9.html">J</A> <A HREF="index-10.html">L</A> <A HREF="index-11.html">M</A> <A HREF="index-12.html">N</A> <A HREF="index-13.html">O</A> <A HREF="index-14.html">P</A> <A HREF="index-15.html">R</A> <A HREF="index-16.html">S</A> <A HREF="index-17.html">T</A> <A HREF="index-18.html">U</A> <A HREF="index-19.html">V</A> <A HREF="index-20.html">W</A> <HR>\r
 215 \r
 216 </BODY>\r
 217 </HTML>\r