Refactored client class to accomodate new WS interface and reduce the complexity
[jabaws.git] / website / dm_javadoc / index-files / index-16.html
1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">\r
2 <!--NewPage-->\r
3 <HTML>\r
4 <HEAD>\r
5 <!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_21) on Wed Nov 24 12:17:19 GMT 2010 -->\r
6 <TITLE>\r
7 S-Index\r
8 </TITLE>\r
9 \r
10 <META NAME="date" CONTENT="2010-11-24">\r
11 \r
12 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
13 \r
14 <SCRIPT type="text/javascript">\r
15 function windowTitle()\r
16 {\r
17     if (location.href.indexOf('is-external=true') == -1) {\r
18         parent.document.title="S-Index";\r
19     }\r
20 }\r
21 </SCRIPT>\r
22 <NOSCRIPT>\r
23 </NOSCRIPT>\r
24 \r
25 </HEAD>\r
26 \r
27 <BODY BGCOLOR="white" onload="windowTitle();">\r
28 <HR>\r
29 \r
30 \r
31 <!-- ========= START OF TOP NAVBAR ======= -->\r
32 <A NAME="navbar_top"><!-- --></A>\r
33 <A HREF="#skip-navbar_top" title="Skip navigation links"></A>\r
34 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
35 <TR>\r
36 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
37 <A NAME="navbar_top_firstrow"><!-- --></A>\r
38 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
39   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
40   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
41   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Package</FONT>&nbsp;</TD>\r
42   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Class</FONT>&nbsp;</TD>\r
43   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Use</FONT>&nbsp;</TD>\r
44   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../overview-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
45   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
46   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Index</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
47   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
48   </TR>\r
49 </TABLE>\r
50 </TD>\r
51 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
52 </EM>\r
53 </TD>\r
54 </TR>\r
55 \r
56 <TR>\r
57 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
58 &nbsp;<A HREF="index-15.html"><B>PREV LETTER</B></A>&nbsp;\r
59 &nbsp;<A HREF="index-17.html"><B>NEXT LETTER</B></A></FONT></TD>\r
60 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
61   <A HREF="../index.html?index-filesindex-16.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
62 &nbsp;<A HREF="index-16.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
63 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
64   <!--\r
65   if(window==top) {\r
66     document.writeln('<A HREF="../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
67   }\r
68   //-->\r
69 </SCRIPT>\r
70 <NOSCRIPT>\r
71   <A HREF="../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
72 </NOSCRIPT>\r
73 \r
74 \r
75 </FONT></TD>\r
76 </TR>\r
77 </TABLE>\r
78 <A NAME="skip-navbar_top"></A>\r
79 <!-- ========= END OF TOP NAVBAR ========= -->\r
80 \r
81 <A HREF="index-1.html">A</A> <A HREF="index-2.html">C</A> <A HREF="index-3.html">D</A> <A HREF="index-4.html">E</A> <A HREF="index-5.html">F</A> <A HREF="index-6.html">G</A> <A HREF="index-7.html">H</A> <A HREF="index-8.html">I</A> <A HREF="index-9.html">J</A> <A HREF="index-10.html">L</A> <A HREF="index-11.html">M</A> <A HREF="index-12.html">N</A> <A HREF="index-13.html">O</A> <A HREF="index-14.html">P</A> <A HREF="index-15.html">R</A> <A HREF="index-16.html">S</A> <A HREF="index-17.html">T</A> <A HREF="index-18.html">U</A> <A HREF="index-19.html">V</A> <A HREF="index-20.html">W</A> <HR>\r
82 <A NAME="_S_"><!-- --></A><H2>\r
83 <B>S</B></H2>\r
84 <DL>\r
85 <DT><A HREF="../compbio/data/sequence/SequenceUtil.html" title="class in compbio.data.sequence"><B>SequenceUtil</B></A> - Class in <A HREF="../compbio/data/sequence/package-summary.html">compbio.data.sequence</A><DD>Utility class for operations on sequences<DT><A HREF="../compbio/ws/client/Services.html" title="enum in compbio.ws.client"><B>Services</B></A> - Enum in <A HREF="../compbio/ws/client/package-summary.html">compbio.ws.client</A><DD>List of web services currently supported by JABAWS version 1<DT><A HREF="../compbio/metadata/Option.html#setDefaultValue(java.lang.String)"><B>setDefaultValue(String)</B></A> - \r
86 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>\r
87 <DD>Sets one of the values defined in optionList as default.\r
88 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Parameter.html#setDefaultValue(java.lang.String)"><B>setDefaultValue(String)</B></A> - \r
89 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>\r
90 <DD>&nbsp;\r
91 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Option.html#setDescription(java.lang.String)"><B>setDescription(String)</B></A> - \r
92 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>\r
93 <DD>&nbsp;\r
94 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Preset.html#setDescription(java.lang.String)"><B>setDescription(String)</B></A> - \r
95 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>\r
96 <DD>&nbsp;\r
97 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Option.html#setFurtherDetails(java.net.URL)"><B>setFurtherDetails(URL)</B></A> - \r
98 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>\r
99 <DD>&nbsp;\r
100 <DT><A HREF="../compbio/metadata/ValueConstrain.html#setMax(java.lang.String)"><B>setMax(String)</B></A> - \r
101 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/ValueConstrain.html" title="class in compbio.metadata">ValueConstrain</A>\r
102 <DD>&nbsp;\r
103 <DT><A HREF="../compbio/metadata/ValueConstrain.html#setMin(java.lang.String)"><B>setMin(String)</B></A> - \r
104 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/ValueConstrain.html" title="class in compbio.metadata">ValueConstrain</A>\r
105 <DD>&nbsp;\r
106 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Option.html#setName(java.lang.String)"><B>setName(String)</B></A> - \r
107 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>\r
108 <DD>&nbsp;\r
109 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Preset.html#setName(java.lang.String)"><B>setName(String)</B></A> - \r
110 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>\r
111 <DD>&nbsp;\r
112 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Parameter.html#setOptionName(java.lang.String)"><B>setOptionName(String)</B></A> - \r
113 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>\r
114 <DD>&nbsp;\r
115 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Option.html#setOptionNames(java.util.Set)"><B>setOptionNames(Set&lt;String&gt;)</B></A> - \r
116 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>\r
117 <DD>&nbsp;\r
118 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Parameter.html#setOptionNames(java.util.Set)"><B>setOptionNames(Set&lt;String&gt;)</B></A> - \r
119 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>\r
120 <DD>&nbsp;\r
121 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Preset.html#setOptions(java.util.List)"><B>setOptions(List&lt;String&gt;)</B></A> - \r
122 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>\r
123 <DD>&nbsp;\r
124 <DT><A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html#setOptions(java.util.List)"><B>setOptions(List&lt;Option&lt;T&gt;&gt;)</B></A> - \r
125 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>\r
126 <DD>Adds the list of options or parameters to the internal list of options\r
127 <DT><A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html#setParameters(java.util.List)"><B>setParameters(List&lt;Parameter&lt;T&gt;&gt;)</B></A> - \r
128 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>\r
129 <DD>Sets the list of parameters as internal list\r
130 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Parameter.html#setPossibleValues(java.util.Set)"><B>setPossibleValues(Set&lt;String&gt;)</B></A> - \r
131 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>\r
132 <DD>&nbsp;\r
133 <DT><A HREF="../compbio/metadata/PresetManager.html#setPresets(java.util.List)"><B>setPresets(List&lt;Preset&lt;T&gt;&gt;)</B></A> - \r
134 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/PresetManager.html" title="class in compbio.metadata">PresetManager</A>\r
135 <DD>&nbsp;\r
136 <DT><A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html#setPrmSeparator(java.lang.String)"><B>setPrmSeparator(String)</B></A> - \r
137 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>\r
138 <DD>Sets name value separator character\r
139 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Option.html#setRequired(boolean)"><B>setRequired(boolean)</B></A> - \r
140 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>\r
141 <DD>&nbsp;\r
142 <DT><A HREF="../compbio/metadata/PresetManager.html#setRunnerClassName(java.lang.String)"><B>setRunnerClassName(String)</B></A> - \r
143 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/PresetManager.html" title="class in compbio.metadata">PresetManager</A>\r
144 <DD>&nbsp;\r
145 <DT><A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html#setRunnerClassName(java.lang.String)"><B>setRunnerClassName(String)</B></A> - \r
146 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>\r
147 <DD>Set the name of a runner class\r
148 <DT><A HREF="../compbio/metadata/ValueConstrain.html#setType(compbio.metadata.ValueConstrain.Type)"><B>setType(ValueConstrain.Type)</B></A> - \r
149 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/ValueConstrain.html" title="class in compbio.metadata">ValueConstrain</A>\r
150 <DD>&nbsp;\r
151 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Parameter.html#setValidValue(compbio.metadata.ValueConstrain)"><B>setValidValue(ValueConstrain)</B></A> - \r
152 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>\r
153 <DD>&nbsp;\r
154 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Argument.html#setValue(java.lang.String)"><B>setValue(String)</B></A> - \r
155 Method in interface compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata">Argument</A>\r
156 <DD>Set default values for the parameter or an option\r
157 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Option.html#setValue(java.lang.String)"><B>setValue(String)</B></A> - \r
158 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>\r
159 <DD>&nbsp;\r
160 </DL>\r
161 <HR>\r
162 \r
163 \r
164 <!-- ======= START OF BOTTOM NAVBAR ====== -->\r
165 <A NAME="navbar_bottom"><!-- --></A>\r
166 <A HREF="#skip-navbar_bottom" title="Skip navigation links"></A>\r
167 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
168 <TR>\r
169 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
170 <A NAME="navbar_bottom_firstrow"><!-- --></A>\r
171 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
172   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
173   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
174   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Package</FONT>&nbsp;</TD>\r
175   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Class</FONT>&nbsp;</TD>\r
176   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Use</FONT>&nbsp;</TD>\r
177   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../overview-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
178   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
179   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Index</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
180   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
181   </TR>\r
182 </TABLE>\r
183 </TD>\r
184 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
185 </EM>\r
186 </TD>\r
187 </TR>\r
188 \r
189 <TR>\r
190 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
191 &nbsp;<A HREF="index-15.html"><B>PREV LETTER</B></A>&nbsp;\r
192 &nbsp;<A HREF="index-17.html"><B>NEXT LETTER</B></A></FONT></TD>\r
193 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
194   <A HREF="../index.html?index-filesindex-16.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
195 &nbsp;<A HREF="index-16.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
196 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
197   <!--\r
198   if(window==top) {\r
199     document.writeln('<A HREF="../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
200   }\r
201   //-->\r
202 </SCRIPT>\r
203 <NOSCRIPT>\r
204   <A HREF="../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
205 </NOSCRIPT>\r
206 \r
207 \r
208 </FONT></TD>\r
209 </TR>\r
210 </TABLE>\r
211 <A NAME="skip-navbar_bottom"></A>\r
212 <!-- ======== END OF BOTTOM NAVBAR ======= -->\r
213 \r
214 <A HREF="index-1.html">A</A> <A HREF="index-2.html">C</A> <A HREF="index-3.html">D</A> <A HREF="index-4.html">E</A> <A HREF="index-5.html">F</A> <A HREF="index-6.html">G</A> <A HREF="index-7.html">H</A> <A HREF="index-8.html">I</A> <A HREF="index-9.html">J</A> <A HREF="index-10.html">L</A> <A HREF="index-11.html">M</A> <A HREF="index-12.html">N</A> <A HREF="index-13.html">O</A> <A HREF="index-14.html">P</A> <A HREF="index-15.html">R</A> <A HREF="index-16.html">S</A> <A HREF="index-17.html">T</A> <A HREF="index-18.html">U</A> <A HREF="index-19.html">V</A> <A HREF="index-20.html">W</A> <HR>\r
215 \r
216 </BODY>\r
217 </HTML>\r