website/dm_javadoc/serialized-form.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">\r
   2 <!--NewPage-->\r
   3 <HTML>\r
   4 <HEAD>\r
   5 <!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_21) on Wed Nov 24 12:17:18 GMT 2010 -->\r
   6 <TITLE>\r
   7 Serialized Form\r
   8 </TITLE>\r
   9 \r
  10 <META NAME="date" CONTENT="2010-11-24">\r
  11 \r
  12 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="stylesheet.css" TITLE="Style">\r
  13 \r
  14 <SCRIPT type="text/javascript">\r
  15 function windowTitle()\r
  16 {\r
  17     if (location.href.indexOf('is-external=true') == -1) {\r
  18         parent.document.title="Serialized Form";\r
  19     }\r
  20 }\r
  21 </SCRIPT>\r
  22 <NOSCRIPT>\r
  23 </NOSCRIPT>\r
  24 \r
  25 </HEAD>\r
  26 \r
  27 <BODY BGCOLOR="white" onload="windowTitle();">\r
  28 <HR>\r
  29 \r
  30 \r
  31 <!-- ========= START OF TOP NAVBAR ======= -->\r
  32 <A NAME="navbar_top"><!-- --></A>\r
  33 <A HREF="#skip-navbar_top" title="Skip navigation links"></A>\r
  34 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
  35 <TR>\r
  36 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
  37 <A NAME="navbar_top_firstrow"><!-- --></A>\r
  38 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
  39   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
  40   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  41   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Package</FONT>&nbsp;</TD>\r
  42   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Class</FONT>&nbsp;</TD>\r
  43   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Use</FONT>&nbsp;</TD>\r
  44   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="overview-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  45   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  46   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  47   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  48   </TR>\r
  49 </TABLE>\r
  50 </TD>\r
  51 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
  52 </EM>\r
  53 </TD>\r
  54 </TR>\r
  55 \r
  56 <TR>\r
  57 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  58 &nbsp;PREV&nbsp;\r
  59 &nbsp;NEXT</FONT></TD>\r
  60 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  61   <A HREF="index.html?serialized-form.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  62 &nbsp;<A HREF="serialized-form.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  63 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
  64   <!--\r
  65   if(window==top) {\r
  66     document.writeln('<A HREF="allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
  67   }\r
  68   //-->\r
  69 </SCRIPT>\r
  70 <NOSCRIPT>\r
  71   <A HREF="allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
  72 </NOSCRIPT>\r
  73 \r
  74 \r
  75 </FONT></TD>\r
  76 </TR>\r
  77 </TABLE>\r
  78 <A NAME="skip-navbar_top"></A>\r
  79 <!-- ========= END OF TOP NAVBAR ========= -->\r
  80 \r
  81 <HR>\r
  82 <CENTER>\r
  83 <H1>\r
  84 Serialized Form</H1>\r
  85 </CENTER>\r
  86 <HR SIZE="4" NOSHADE>\r
  87 \r
  88 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
  89 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
  90 <TH ALIGN="center"><FONT SIZE="+2">\r
  91 <B>Package</B> <B>compbio.data.sequence</B></FONT></TH>\r
  92 </TR>\r
  93 </TABLE>\r
  94 \r
  95 <P>\r
  96 <A NAME="compbio.data.sequence.UnknownFileFormatException"><!-- --></A>\r
  97 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
  98 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
  99 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 100 <B>Class <A HREF="compbio/data/sequence/UnknownFileFormatException.html" title="class in compbio.data.sequence">compbio.data.sequence.UnknownFileFormatException</A> extends <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Exception.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Exception</A> implements Serializable</B></FONT></TH>\r
 101 </TR>\r
 102 </TABLE>\r
 103 \r
 104 <P>\r
 105 <B>serialVersionUID:&nbsp;</B>196629543695636854L\r
 106 \r
 107 <P>\r
 108 <A NAME="serializedForm"><!-- --></A>\r
 109 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 110 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 111 <TH ALIGN="left" COLSPAN="1"><FONT SIZE="+2">\r
 112 <B>Serialized Fields</B></FONT></TH>\r
 113 </TR>\r
 114 </TABLE>\r
 115 \r
 116 <H3>\r
 117 file</H3>\r
 118 <PRE>\r
 119 <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/io/File.html?is-external=true" title="class or interface in java.io">File</A> <B>file</B></PRE>\r
 120 <DL>\r
 121 <DL>\r
 122 </DL>\r
 123 </DL>\r
 124 <HR SIZE="4" NOSHADE>\r
 125 \r
 126 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 127 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 128 <TH ALIGN="center"><FONT SIZE="+2">\r
 129 <B>Package</B> <B>compbio.metadata</B></FONT></TH>\r
 130 </TR>\r
 131 </TABLE>\r
 132 \r
 133 <P>\r
 134 <A NAME="compbio.metadata.JobExecutionException"><!-- --></A>\r
 135 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 136 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 137 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 138 <B>Class <A HREF="compbio/metadata/JobExecutionException.html" title="class in compbio.metadata">compbio.metadata.JobExecutionException</A> extends <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Exception.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Exception</A> implements Serializable</B></FONT></TH>\r
 139 </TR>\r
 140 </TABLE>\r
 141 \r
 142 <P>\r
 143 <B>serialVersionUID:&nbsp;</B>-5477751361755778769L\r
 144 \r
 145 <P>\r
 146 \r
 147 <P>\r
 148 <A NAME="compbio.metadata.JobSubmissionException"><!-- --></A>\r
 149 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 150 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 151 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 152 <B>Class <A HREF="compbio/metadata/JobSubmissionException.html" title="class in compbio.metadata">compbio.metadata.JobSubmissionException</A> extends <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Exception.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Exception</A> implements Serializable</B></FONT></TH>\r
 153 </TR>\r
 154 </TABLE>\r
 155 \r
 156 <P>\r
 157 <B>serialVersionUID:&nbsp;</B>607986894357895572L\r
 158 \r
 159 <P>\r
 160 \r
 161 <P>\r
 162 <A NAME="compbio.metadata.LimitExceededException"><!-- --></A>\r
 163 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 164 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 165 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 166 <B>Class <A HREF="compbio/metadata/LimitExceededException.html" title="class in compbio.metadata">compbio.metadata.LimitExceededException</A> extends <A HREF="compbio/metadata/JobSubmissionException.html" title="class in compbio.metadata">JobSubmissionException</A> implements Serializable</B></FONT></TH>\r
 167 </TR>\r
 168 </TABLE>\r
 169 \r
 170 <P>\r
 171 <B>serialVersionUID:&nbsp;</B>15066952180013505L\r
 172 \r
 173 <P>\r
 174 <A NAME="serializedForm"><!-- --></A>\r
 175 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 176 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 177 <TH ALIGN="left" COLSPAN="1"><FONT SIZE="+2">\r
 178 <B>Serialized Fields</B></FONT></TH>\r
 179 </TR>\r
 180 </TABLE>\r
 181 \r
 182 <H3>\r
 183 numberOfSequencesAllowed</H3>\r
 184 <PRE>\r
 185 int <B>numberOfSequencesAllowed</B></PRE>\r
 186 <DL>\r
 187 <DL>\r
 188 </DL>\r
 189 </DL>\r
 190 <HR>\r
 191 <H3>\r
 192 actualNumberofSequences</H3>\r
 193 <PRE>\r
 194 int <B>actualNumberofSequences</B></PRE>\r
 195 <DL>\r
 196 <DL>\r
 197 </DL>\r
 198 </DL>\r
 199 <HR>\r
 200 <H3>\r
 201 aSequenceLenghtAllowed</H3>\r
 202 <PRE>\r
 203 int <B>aSequenceLenghtAllowed</B></PRE>\r
 204 <DL>\r
 205 <DL>\r
 206 </DL>\r
 207 </DL>\r
 208 <HR>\r
 209 <H3>\r
 210 aSequenceLenghtActual</H3>\r
 211 <PRE>\r
 212 int <B>aSequenceLenghtActual</B></PRE>\r
 213 <DL>\r
 214 <DL>\r
 215 </DL>\r
 216 </DL>\r
 217 \r
 218 <P>\r
 219 <A NAME="compbio.metadata.ResultNotAvailableException"><!-- --></A>\r
 220 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 221 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 222 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 223 <B>Class <A HREF="compbio/metadata/ResultNotAvailableException.html" title="class in compbio.metadata">compbio.metadata.ResultNotAvailableException</A> extends <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Exception.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Exception</A> implements Serializable</B></FONT></TH>\r
 224 </TR>\r
 225 </TABLE>\r
 226 \r
 227 <P>\r
 228 <B>serialVersionUID:&nbsp;</B>-5475613614578761L\r
 229 \r
 230 <P>\r
 231 \r
 232 <P>\r
 233 <A NAME="compbio.metadata.UnsupportedRuntimeException"><!-- --></A>\r
 234 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 235 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 236 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 237 <B>Class <A HREF="compbio/metadata/UnsupportedRuntimeException.html" title="class in compbio.metadata">compbio.metadata.UnsupportedRuntimeException</A> extends <A HREF="compbio/metadata/JobSubmissionException.html" title="class in compbio.metadata">JobSubmissionException</A> implements Serializable</B></FONT></TH>\r
 238 </TR>\r
 239 </TABLE>\r
 240 \r
 241 <P>\r
 242 <B>serialVersionUID:&nbsp;</B>-86624836785110293L\r
 243 \r
 244 <P>\r
 245 \r
 246 <P>\r
 247 <A NAME="compbio.metadata.WrongParameterException"><!-- --></A>\r
 248 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 249 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 250 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 251 <B>Class <A HREF="compbio/metadata/WrongParameterException.html" title="class in compbio.metadata">compbio.metadata.WrongParameterException</A> extends <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Exception.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Exception</A> implements Serializable</B></FONT></TH>\r
 252 </TR>\r
 253 </TABLE>\r
 254 \r
 255 <P>\r
 256 <B>serialVersionUID:&nbsp;</B>-547775417557345769L\r
 257 \r
 258 <P>\r
 259 \r
 260 <P>\r
 261 <HR>\r
 262 \r
 263 \r
 264 <!-- ======= START OF BOTTOM NAVBAR ====== -->\r
 265 <A NAME="navbar_bottom"><!-- --></A>\r
 266 <A HREF="#skip-navbar_bottom" title="Skip navigation links"></A>\r
 267 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 268 <TR>\r
 269 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
 270 <A NAME="navbar_bottom_firstrow"><!-- --></A>\r
 271 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
 272   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
 273   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 274   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Package</FONT>&nbsp;</TD>\r
 275   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Class</FONT>&nbsp;</TD>\r
 276   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Use</FONT>&nbsp;</TD>\r
 277   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="overview-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 278   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 279   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 280   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 281   </TR>\r
 282 </TABLE>\r
 283 </TD>\r
 284 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
 285 </EM>\r
 286 </TD>\r
 287 </TR>\r
 288 \r
 289 <TR>\r
 290 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 291 &nbsp;PREV&nbsp;\r
 292 &nbsp;NEXT</FONT></TD>\r
 293 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 294   <A HREF="index.html?serialized-form.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 295 &nbsp;<A HREF="serialized-form.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 296 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
 297   <!--\r
 298   if(window==top) {\r
 299     document.writeln('<A HREF="allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
 300   }\r
 301   //-->\r
 302 </SCRIPT>\r
 303 <NOSCRIPT>\r
 304   <A HREF="allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
 305 </NOSCRIPT>\r
 306 \r
 307 \r
 308 </FONT></TD>\r
 309 </TR>\r
 310 </TABLE>\r
 311 <A NAME="skip-navbar_bottom"></A>\r
 312 <!-- ======== END OF BOTTOM NAVBAR ======= -->\r
 313 \r
 314 <HR>\r
 315 \r
 316 </BODY>\r
 317 </HTML>\r