website/prog_docs/msaprobs.txt

   1 ************************************************************************
   2         MSAPROBS is a open-source protein multiple sequence alignment algorithm
   3         based on pair hidden markov model and partition function postirior
   4         probabilities. If any comments or problems, please contact
   5         Liu Yongchao(liuy0039@ntu.edu.sg or nkcslyc@hotmail.com)
   6 *************************************************************************
   7 Usage:
   8        msaprobs [OPTION]... [infile]...
   9
  10 Description:
  11        Align sequences in multi-FASTA format
  12
  13        -o, --outfile <string>
  14               specify the output file name (STDOUT by default)
  15        -num_threads <integer>
  16               specify the number of threads used, and otherwise detect automatically
  17        -clustalw
  18               use CLUSTALW output format instead of FASTA format
  19
  20        -c, --consistency REPS
  21               use 0 <= REPS <= 5 (default: 2) passes of consistency transformation
  22
  23        -ir, --iterative-refinement REPS
  24               use 0 <= REPS <= 1000 (default: 10) passes of iterative-refinement
  25
  26        -v, --verbose
  27               report progress while aligning (default: off)
  28
  29        -annot FILENAME
  30               write annotation for multiple alignment to FILENAME
  31
  32        -a, --alignment-order
  33               print sequences in alignment order rather than input order (default: off)
  34        -version
  35               print out version of MSAPROBS
  36