wiki/PhyloBioRuby.wiki

   1 #summary Tutorial for multiple sequence alignments and phylogenetic methods in BioRuby -- under development!
   2
   3 = Introduction =
   4
   5 Tutorial for multiple sequence alignments and phylogenetic methods in BioRuby -- under development!.
   6
   7
   8 = Multiple Sequence Alignments =
   9
  10 == Reading in a Multiple Sequence Alignment from a File ==
  11
  12 ... to be done
  13
  14 == Calculating a Multiple Sequence Alignment  ==
  15
  16 BioRuby can be used to execute a variety of multiple sequence alignment
  17 programs (such as MAFFT, Probcons, ClustalW, Muscle).
  18 In the following, examples for using the MAFFT and
  19
  20 === MAFFT ===
  21
  22
  23
  24 {{{
  25 #!/usr/bin/env ruby
  26 require 'bio'
  27
  28 # Calculates the alignment using the MAFFT program
  29 # on the local machine with options
  30 # '--maxiterate', '1000', '--localpair'
  31 # and stores the result in 'report'.
  32 options = [ '--maxiterate', '1000', '--localpair' ]
  33 mafft = Bio::MAFFT.new('path/to/mafft', options )
  34 report = mafft.query_align( seqs)
  35
  36 # Accesses the actual alignment
  37 align = report.alignment
  38
  39 # Prints each sequence to the console.
  40 report.align.each { |s| puts s.to_s }
  41 #
  42 }}}
  43
  44 === Muscle ===
  45
  46 <ruby>
  47 #!/usr/bin/env ruby
  48 require 'bio'
  49
  50 # Calculates the alignment using the MAFFT program
  51 # on the local machine, and stores the result in 'report'.
  52 options = [ '-quiet', '-maxiters', '64' ]
  53 muscle = Bio::Muscle.new('path/to/muscle', options )
  54 report = muscle.query_align( seqs)
  55
  56 # Accesses the actual alignment
  57 align = report.alignment
  58
  59 # Prints each sequence to the console.
  60 report.align.each { |s| puts s.to_s }
  61 #
  62 </ruby>
  63
  64 Add your content here.  Format your content with:
  65   * Text in *bold* or _italic_
  66   * Headings, paragraphs, and lists
  67   * Automatic links to other wiki pages