wiki/RubyExamples.wiki

   1 #summary Ruby examples
   2
   3
   4
   5 = Introduction =
   6
   7 Various Ruby examples
   8
   9 Author: [http://www.cmzmasek.net/ Christian M Zmasek], Sanford-Burnham Medical Research Institute
  10
  11
  12 Copyright (C) 2011 Christian M Zmasek. All rights reserved.
  13
  14
  15 = Multiple Sequence Alignment =
  16
  17 {{{
  18 require 'net/ftp'
  19
  20 EMAIL           = 'czmasek@burnham.org'
  21 PUB_RELEASE_DIR = '/pub/release-64/fasta'
  22 PEP_DIR          = '/pep'
  23
  24 ftp = Net::FTP.new('ftp.ensembl.org', 'anonymous', EMAIL)
  25 ftp.passive = true # To avoid "No route to host" error.
  26 ftp.chdir( PUB_RELEASE_DIR )
  27 files = ftp.list('*_*') # To only look at files with an underscore.
  28 count = 0
  29 files.each do | file |
  30   species = file.split().last
  31   begin
  32     ftp.chdir(species + PEP_DIR)
  33     pepfiles = ftp.list()
  34     pepfiles.each do | pepfile |
  35       pepfile = pepfile.split().last
  36       if pepfile =~ /all.fa./
  37         ftp.getbinaryfile(pepfile)
  38         puts 'downloaded "' + pepfile + '"'
  39         count += 1
  40       end
  41     end
  42   rescue Exception
  43     puts 'ignoring "' + species + '"'
  44   end
  45   ftp.chdir(PUB_RELEASE_DIR) # To go back to the starting directory.
  46 end
  47 ftp.close
  48 puts 'done (downloaded ' + count.to_s + ' files)'
  49 }}}