03/04/09 mafft: sed 's/\r/\n/g' を追加 (cygwin用)
03/04/09 fftnsi, nwnsi: nj option を追加
03/05/20 command mode でも windows の改行コード \r に対応

03/07/19 penalty_ex を削除 → スピードアップ

03/07/22 conjuction() -> 表示の長さを制限。
03/07/22 fftns, fftnsi, nwns, nwnsi: sed の変わりにtrで改行コード変換
03/12/05 スクリプト全部: ディレクトリにスペースがある場合に対応。

05/12/02 mafft.tmpl, stderr, stdout
05/12/02 Salignmm.c, partSalignmm.c, 1 zai no localhom