// package jalview.ext.forester.io; // // import jalview.api.FeatureSettingsModelI; // import jalview.datamodel.AlignmentI; // import jalview.datamodel.SequenceI; // import jalview.io.AlignmentFileReaderI; // import jalview.io.DataSourceType; // // import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser; // import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser; // // public class PhyloXMLParser extends ForesterParser // implements AlignmentFileReaderI // { // PhyloXmlParser phxmlParser = PhyloXmlParser // .createPhyloXmlParserXsdValidating(); // // public PhyloXMLParser(PhylogenyParser foresterParser) // { // super(foresterParser); // } // // @Override // public SequenceI[] getSeqsAsArray() // { // // TODO Auto-generated method stub // return null; // } // // @Override // public void addAnnotations(AlignmentI al) // { // // TODO Auto-generated method stub // // } // // @Override // public void addGroups(AlignmentI al) // { // // TODO Auto-generated method stub // // } // // @Override // public void setSeqs(SequenceI[] sequencesArray) // { // // TODO Auto-generated method stub // // } // // @Override // public boolean hasWarningMessage() // { // // TODO Auto-generated method stub // return false; // } // // @Override // public String getWarningMessage() // { // // TODO Auto-generated method stub // return null; // } // // @Override // public String getInFile() // { // // TODO Auto-generated method stub // return null; // } // // @Override // public DataSourceType getDataSourceType() // { // // TODO Auto-generated method stub // return null; // } // // @Override // public FeatureSettingsModelI getFeatureColourScheme() // { // // TODO Auto-generated method stub // return null; // } // // }