package jalview.json.binding.biojson.v1;


public class AppSettingsPojo
{
  // private String globalColorScheme = "none";

  

  public AppSettingsPojo()
  {

  }

  //
  //
  // public void setGlobalColorScheme(String globalColorScheme)
  // {
  // for (JalviewBioJsColorSchemeMapper cs : JalviewBioJsColorSchemeMapper
  // .values())
  // {
  // if (cs.getJalviewName().equals(globalColorScheme))
  // {
  // // this.globalColorScheme = cs.getBioJsName();
  // this.settings.put("globalColorScheme", cs.getBioJsName());
  // break;
  // }
  // }
  // }
  //
  // public enum JalviewBioJsColorSchemeMapper
  // {
  // USER_DEFINED("User Defined", "user defined", null), NONE("None", "foo",
  // null), CLUSTAL("Clustal", "clustal", null), ZAPPO("Zappo",
  // "zappo", new ZappoColourScheme()), TAYLOR("Taylor", "taylor",
  // new TaylorColourScheme()), NUCLEOTIDE("Nucleotide",
  // "nucleotide", new NucleotideColourScheme()), PURINE_PYRIMIDINE(
  // "Purine/Pyrimidine", "purine",
  // new PurinePyrimidineColourScheme()), HELIX_PROPENCITY(
  // "Helix Propensity", "helix", new HelixColourScheme()), TURN_PROPENSITY(
  // "Turn Propensity", "turn", new TurnColourScheme()), STRAND_PROPENSITY(
  // "Strand Propensity", "strand", new StrandColourScheme()), BURIED_INDEX(
  // "Buried Index", "buried", new BuriedColourScheme()), HYDROPHOBIC(
  // "Hydrophobic", "hydro", new HydrophobicColourScheme()),
  //
  // // The color types below are not yet supported by BioJs MSA viewer
  // T_COFFE_SCORES("T-Coffee Scores", "T-Coffee Scores", null), RNA_INT_TYPE(
  // "RNA Interaction type", "RNA Interaction type",
  // new RNAInteractionColourScheme()), BLOSUM62("Blosum62",
  // "Blosum62", new Blosum62ColourScheme()), RNA_HELICES(
  // "RNA Helices", "RNA Helices", null), PERCENTAGE_IDENTITY(
  // "% Identity", "pid", new PIDColourScheme());
  //
  // private String jalviewName;
  //
  // private String bioJsName;
  //
  // private ColourSchemeI jvColourScheme;
  //
  // private JalviewBioJsColorSchemeMapper(String jalviewName,
  // String bioJsName, ColourSchemeI jvColourScheme)
  // {
  // this.jalviewName = jalviewName;
  // this.bioJsName = bioJsName;
  // this.setJvColourScheme(jvColourScheme);
  // }
  //
  // public String getJalviewName()
  // {
  // return jalviewName;
  // }
  //
  // public String getBioJsName()
  // {
  // return bioJsName;
  // }
  //
  // public ColourSchemeI getJvColourScheme()
  // {
  // return jvColourScheme;
  // }
  //
  // public void setJvColourScheme(ColourSchemeI jvColourScheme)
  // {
  // this.jvColourScheme = jvColourScheme;
  // }
  //
  // }


}