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[jabaws.git] / binaries / src / tcoffee / tclinkdb.txt
diff --git a/binaries/src/tcoffee/tclinkdb.txt b/binaries/src/tcoffee/tclinkdb.txt
index b8a7f55..082f3f1 100644 (file)
--- a/binaries/src/tcoffee/tclinkdb.txt
+++ b/binaries/src/tcoffee/tclinkdb.txt
@@ -15,6 +15,7 @@ PG clustalw2 language         C++
 PG clustalw2 language2         CXX
 PG clustalw2 source            http://www.clustal.org/download/2.0.10/clustalw-2.0.10-src.tar.gz
 PG clustalw2 mode              mcoffee,rcoffee
+PG clustalw2 version   2.0.10
 
 PG clustalw 4_TCOFFEE          CLUSTALW
 PG clustalw type               sequence_multiple_aligner               
@@ -23,6 +24,7 @@ PG clustalw language          C
 PG clustalw language2          C
 PG clustalw source             http://www.clustal.org/download/1.X/ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalW/clustalw1.82.UNIX.tar.gz
 PG clustalw mode               mcoffee,rcoffee
+PG clustalw version            1.82
 
 PG dialign-t 4_TCOFFEE         DIALIGNT                
 PG dialign-t type              sequence_multiple_aligner               
@@ -30,9 +32,10 @@ PG dialign-t ADDRESS         http://dialign-tx.gobics.de/
 PG dialign-t DIR               /usr/share/dialign-tx/
 PG dialign-t language          C
 PG dialign-t language2         C
-PG dialign-t source            http://dialign-tx.gobics.de/DIALIGN-TX_1.0.1.tar.gz     
+PG dialign-t source            http://dialign-tx.gobics.de/DIALIGN-TX_1.0.2.tar.gz     
 PG dialign-t mode              mcoffee
 PG dialign-t binary            dialign-t
+PG dialign-t version   1.0.2
         
 PG dialign-tx 4_TCOFFEE                DIALIGNTX               
 PG dialign-tx type             sequence_multiple_aligner               
@@ -40,9 +43,10 @@ PG dialign-tx ADDRESS                http://dialign-tx.gobics.de/
 PG dialign-tx DIR              /usr/share/dialign-tx/
 PG dialign-tx language         C
 PG dialign-tx language2                C
-PG dialign-tx source           http://dialign-tx.gobics.de/DIALIGN-TX_1.0.1.tar.gz     
+PG dialign-tx source           http://dialign-tx.gobics.de/DIALIGN-TX_1.0.2.tar.gz     
 PG dialign-tx mode             mcoffee
 PG dialign-tx binary           dialign-tx
+PG dialign-tx version  1.0.2
 
 PG poa 4_TCOFFEE               POA     
 PG poa type                    sequence_multiple_aligner               
@@ -54,6 +58,7 @@ PG poa DIR                    /usr/share/
 PG poa FILE1                   blosum80.mat
 PG poa mode                    mcoffee
 PG poa binary                  poa
+PG poa version                 2.0
 
 PG probcons 4_TCOFFEE          PROBCONS                
 PG probcons type               sequence_multiple_aligner               
@@ -63,6 +68,7 @@ PG probcons language          C++
 PG probcons source             http://probcons.stanford.edu/probcons_v1_12.tar.gz
 PG probcons mode               mcoffee
 PG probcons binary             probcons
+PG probcons version            1.12
 
 PG mafft 4_TCOFFEE             MAFFT
 PG mafft type                  sequence_multiple_aligner               
@@ -73,16 +79,27 @@ PG mafft source                     http://align.bmr.kyushu-u.ac.jp/mafft/software/mafft-6.603-wit
 PG mafft windows               http://align.bmr.kyushu-u.ac.jp/mafft/software/mafft-6.603-mingw.tar
 PG mafft mode                  mcoffee,rcoffee 
 PG mafft binary                        mafft.tar.gz
+PG mafft version               6.603
 
 PG muscle 4_TCOFFEE            MUSCLE
 PG muscle type                 sequence_multiple_aligner               
 PG muscle ADDRESS              http://www.drive5.com/muscle/
 PG muscle language             C++
 PG muscle language2            GPP
-PG muscle source               http://www.drive5.com/muscle/downloads3.6/muscle3.6_src.tar.gz
-PG muscle windows              http://www.drive5.com/muscle/downloads3.6/muscle3.6_win32.zip
-PG muscle linux                        http://www.drive5.com/muscle/downloads3.6/muscle3.6_linux_ia32.tar.gz
+PG muscle source               http://www.drive5.com/muscle/downloads3.7/muscle3.7_src.tar.gz
+PG muscle windows              http://www.drive5.com/muscle/downloads3.7/muscle3.7_win32.zip
+PG muscle linux                        http://www.drive5.com/muscle/downloads3.7/muscle3.7_linux_ia32.tar.gz
 PG muscle mode                 mcoffee,rcoffee 
+PG muscle version              3.7
+
+PG mus4 4_TCOFFEE              MUS4
+PG mus4 type                   sequence_multiple_aligner               
+PG mus4 ADDRESS                        http://www.drive5.com/muscle/
+PG mus4 language               C++
+PG mus4 language2              GPP
+PG mus4 source                 http://www.drive5.com/muscle/muscle4.0_src.tar.gz
+PG mus4 mode                   mcoffee,rcoffee 
+PG mus4 version                        4.0     
 
 
 PG pcma 4_TCOFFEE              PCMA
@@ -92,6 +109,7 @@ PG pcma language             C
 PG pcma language2              C       
 PG pcma source                 ftp://iole.swmed.edu/pub/PCMA/pcma.tar.gz
 PG pcma mode                   mcoffee 
+PG pcma version                        1.0     
      
 PG kalign 4_TCOFFEE            KALIGN
 PG kalign type                 sequence_multiple_aligner               
@@ -100,6 +118,7 @@ PG kalign language          C
 PG kalign language2            C       
 PG kalign source               http://msa.cgb.ki.se/downloads/kalign/current.tar.gz
 PG kalign mode                 mcoffee 
+PG kalign version              1.0
 
 
 PG amap 4_TCOFFEE              AMAP
@@ -107,8 +126,9 @@ PG amap type                        sequence_multiple_aligner
 PG amap ADDRESS                        http://bio.math.berkeley.edu/amap/
 PG amap language               C++
 PG amap language2              CXX     
-PG amap source                 http://baboon.math.berkeley.edu/amap/download/amap.2.2.tar.gz
+PG amap source                 http://amap-align.googlecode.com/files/amap.2.0.tar.gz
 PG amap mode                   mcoffee     
+PG amap version                        2.0         
 
 
 PG proda 4_TCOFFEE             PRODA
@@ -118,22 +138,34 @@ PG proda language         C++
 PG proda language2             CXX     
 PG proda source                        http://proda.stanford.edu/proda_1_0.tar.gz
 PG proda mode                  mcoffee     
+PG proda version               1.0         
+
+PG fsa 4_TCOFFEE               FSA
+PG fsa type                    sequence_multiple_aligner               
+PG fsa ADDRESS                 http://fsa.sourceforge.net/
+PG fsa language                        C++
+PG fsa language2               CXX     
+PG fsa source                  http://sourceforge.net/projects/fsa/files/fsa-1.15.3.tar.gz/download/
+PG fsa mode                    mcoffee     
+PG fsa version                 1.15.3      
 
 PG prank 4_TCOFFEE             PRANK
 PG prank type                  sequence_multiple_aligner               
 PG prank ADDRESS               http://www.ebi.ac.uk/goldman-srv/prank/
 PG prank language              C++
 PG prank language2             CXX     
-PG prank source                        http://www.ebi.ac.uk/goldman-srv/prank/src/old/prank.src.081202.tgz
+PG prank source                        http://www.ebi.ac.uk/goldman-srv/prank/src/prank/prank.src.100303.tgz
 PG prank mode                  mcoffee     
+PG prank version               100303      
 
-PG sap 4_TCOFFEE                       SAP
+PG sap 4_TCOFFEE               SAP
 PG sap type                    structure_pairwise_aligner              
 PG sap ADDRESS                 http://mathbio.nimr.mrc.ac.uk/wiki/Software
 PG sap language                        C
 PG sap language2               C       
-PG sap source                  http://www.tcoffee.org/Packages/sap_distribution_TCC_0.6.tar.gz
+PG sap source                  http://mathbio.nimr.mrc.ac.uk/download/sap-1.1.1.tar.gz
 PG sap mode                    expresso,3dcoffee
+PG sap version                 1.1.1
 
 PG TMalign 4_TCOFFEE           TMALIGN
 PG TMalign type                        structure_pairwise_aligner              
@@ -143,6 +175,7 @@ PG TMalign language2                Fortran
 PG TMalign source              http://zhang.bioinformatics.ku.edu/TM-align/TMalign.f   
 PG TMalign linux               http://zhang.bioinformatics.ku.edu/TM-align/TMalign_32.gz                               
 PG TMalign mode                        expresso,3dcoffee           
+PG TMalign version             1.0         
 
 
 PG mustang 4_TCOFFEE           MUSTANG
@@ -150,8 +183,9 @@ PG mustang type                     structure_pairwise_aligner
 PG mustang ADDRESS             http://www.cs.mu.oz.au/~arun/mustang
 PG mustang language            C++
 PG mustang language2           CXX
-PG mustang source              http://www.cs.mu.oz.au/~arun/mustang/mustang_v.3.tgz
-PG mustang mode                        expresso,3dcoffee           
+PG mustang source              http://ww2.cs.mu.oz.au/~arun/mustang/mustang_v3.2.1.tgz
+PG mustang mode                        expresso,3dcoffee         
+PG mustang version             3.2.1  
 
 PG lsqman 4_TCOFFEE            LSQMAN
 PG lsqman type                 structure_pairwise_aligner              
@@ -198,6 +232,7 @@ PG probconsRNA language             C++
 PG probconsRNA language2       CXX     
 PG probconsRNA source          http://probcons.stanford.edu/probconsRNA.tar.gz
 PG probconsRNA mode            mcoffee,rcoffee 
+PG probconsRNA version         1.0     
 
 PG sfold 4_TCOFFEE             CONSAN          
 PG sfold type                  RNA_pairwise_aligner            
@@ -214,7 +249,18 @@ PG RNAplfold ADDRESS               http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/
 PG RNAplfold language          C
 PG RNAplfold language2         C
 PG RNAplfold source            http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/ViennaRNA-1.7.2.tar.gz     
-PG RNAplfold mode              rcoffee
+PG RNAplfold mode              rcoffee, seq_reformat
+PG RNAplfold version           1.7.2
+
+PG retree 4_TCOFFEE    PHYLIP
+PG retree type         RNA_secondarystructure_predictor
+PG retree ADDRESS      http://evolution.gs.washington.edu/phylip/
+PG retree language     C
+PG retree language2    C
+PG retree source       http://evolution.gs.washington.edu/phylip/download/phylip-3.69.tar.gz
+PG retree  mode                trmsd, seq_reformat
+PG retree  version     3.69
+
 
 PG hmmtop 4_TCOFFEE            HMMTOP
 PG hmmtop type                 protein_secondarystructure_predictor
@@ -242,7 +288,7 @@ PG wublast.pl language              Perl
 PG wublast.pl language2                Perl
 PG wublast.pl source           empty
 PG wublast.pl update_action    never
-PG wublast.pl mode             psicoffee,expresso,3dcoffee
+PG wublast.pl mode             psicoffee,expresso,accurate
 
 PG blastpgp.pl 4_TCOFFEE       EBIBLASTPGPc
 PG blastpgp.pl type            protein_homology_predictor
@@ -252,7 +298,7 @@ PG blastpgp.pl language             Perl
 PG blastpgp.pl language2       Perl
 PG blastpgp.pl source          empty
 PG blastpgp.pl update_action   never
-PG blastpgp.pl mode            psicoffee,expresso,3dcoffee
+PG blastpgp.pl mode            psicoffee,expresso,accurate
 
 
 PG blastcl3 4_TCOFFEE          NCBIWEBBLAST
@@ -264,15 +310,23 @@ PG blastcl3 source                empty
 PG blastcl3 update_action      never
 PG blastcl3 mode               psicoffee,expresso,3dcoffee
 
-
-PG blastpgp 4_TCOFFEE          NCBIBLAST
-PG blastpgp type               protein_homology_predictor
-PG blastpgp ADDRESS            ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/LATEST
-PG blastpgp language           C
-PG blastpgp language2          C
-PG blastpgp source             empty
-PG blastpgp update_action      never
-PG blastpgp mode               psicoffee,expresso,3dcoffee
+PG blastall 4_TCOFFEE   blastall
+PG blastall type                protein_homology_predictor
+PG blastall ADDRESS     ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/LATEST
+PG blastall language    C
+PG blastall language2   C
+PG blastall source      empty
+PG blastall update_action never
+PG blastall mode                psicoffee,expresso,3dcoffee
+
+PG legacy_blast.pl 4_TCOFFEE    NCBIBLAST
+PG legacy_blast.pl type                 protein_homology_predictor
+PG legacy_blast.pl ADDRESS      ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/LATEST
+PG legacy_blast.pl language     C
+PG legacy_blast.pl language2    C
+PG legacy_blast.pl source       empty
+PG legacy_blast.pl update_action never
+PG legacy_blast.pl mode                 psicoffee,expresso,3dcoffee
 
 PG SOAP::Lite 4_TCOFFEE                SOAPLITE
 PG SOAP::Lite type             library
@@ -280,7 +334,17 @@ PG SOAP::Lite ADDRESS              http://cpansearch.perl.org/src/MKUTTER/SOAP-Lite-0.710.08
 PG SOAP::Lite language         Perl
 PG SOAP::Lite language2                Perl
 PG SOAP::Lite source           empty
-PG SOAP::Lite mode             psicoffee,expresso,3dcoffee        
+PG blastpgp update_action      never
+PG SOAP::Lite mode             none       
+
+PG XML::Simple 4_TCOFFEE       XMLSIMPLE
+PG XML::Simple type            library
+PG XML::Simple ADDRESS         http://search.cpan.org/~grantm/XML-Simple-2.18/lib/XML/Simple.pm
+PG XML::Simple language                Perl
+PG XML::Simple language2       Perl
+PG XML::Simple source          empty
+PG XML::Simple mode            psicoffee,expresso,accurate
+
 
 
 MODE tcoffee  name tcoffee
@@ -288,3 +352,6 @@ MODE rcoffee  name rcoffee
 MODE 3dcoffee name 3dcoffee
 MODE mcoffee  name mcoffee
 MODE expresso name expresso
+MODE trmsd    name trmsd
+MODE accurate name accurate
+MODE seq_reformat name seq_reformat