<?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>\r
<runnerConfig>\r
- <runnerClassName>compbio.runner.clustal.ClustalW</runnerClassName>\r
- <options>\r
- <name>NOPGAP</name>\r
- <description>Residue-specific gaps off</description>\r
- <optionNames>-NOPGAP</optionNames>\r
- <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
- </options>\r
- <options>\r
- <name>No transition weighting</name>\r
- <description>Disable sequence weighting</description>\r
- <optionNames>-NOWEIGHTS</optionNames>\r
- <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
- </options>\r
- <options>\r
- <name>NOHGAP</name>\r
- <description>Hydrophilic gaps off</description>\r
- <optionNames>-NOHGAP</optionNames>\r
- <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
- </options>\r
- <prmSeparator>=</prmSeparator>\r
- <parameters>\r
- <name>Transition weighting</name>\r
- <description>Type of the sequence (PROTEIN or DNA)</description>\r
- <optionNames>-TRANSWEIGHT</optionNames>\r
- <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
- <defaultValue>0.5</defaultValue>\r
- <validValue>\r
- <type>Float</type>\r
- <min>0</min>\r
- <max>10</max>\r
- </validValue>\r
- </parameters>\r
- <parameters>\r
- <name>Type</name>\r
- <description>Type of the sequence (PROTEIN or DNA)</description>\r
- <optionNames>-TYPE</optionNames>\r
- <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
- <defaultValue>PROTEIN</defaultValue>\r
- <possibleValues>PROTEIN</possibleValues>\r
- <possibleValues>DNA</possibleValues>\r
- </parameters>\r
- <parameters>\r
- <name>OUTORDER</name>\r
- <description>As per INPUT or ALIGNED</description>\r
- <optionNames>-OUTORDER</optionNames>\r
- <defaultValue>INPUT</defaultValue>\r
- <possibleValues>INPUT</possibleValues>\r
- <possibleValues>ALIGNED</possibleValues>\r
- </parameters>\r
- <parameters>\r
- <name>MATRIX</name>\r
- <description>Protein weight matrix</description>\r
- <optionNames>-MATRIX</optionNames>\r
- <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
- <defaultValue>BLOSUM62</defaultValue>\r
- <!-- Clustal build in matrices\r
- <possibleValues>BLOSUM</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM</possibleValues>\r
- <possibleValues>ID</possibleValues>\r
- <possibleValues>GONNET</possibleValues>\r
- -->\r
- <possibleValues>BLOSUM100</possibleValues>\r
- <possibleValues>BLOSUM30</possibleValues>\r
- <possibleValues>BLOSUM35</possibleValues>\r
- <possibleValues>BLOSUM40</possibleValues>\r
- <possibleValues>BLOSUM45</possibleValues>\r
- <possibleValues>BLOSUM50</possibleValues>\r
- <possibleValues>BLOSUM55</possibleValues>\r
- <possibleValues>BLOSUM60</possibleValues>\r
- <possibleValues>BLOSUM62</possibleValues>\r
- <possibleValues>BLOSUM65</possibleValues>\r
- <possibleValues>BLOSUM70</possibleValues>\r
- <possibleValues>BLOSUM75</possibleValues>\r
- <possibleValues>BLOSUM80</possibleValues>\r
- <possibleValues>BLOSUM85</possibleValues>\r
- <possibleValues>BLOSUM90</possibleValues>\r
- <possibleValues>BLOSUMN</possibleValues>\r
- <possibleValues>DAYHOFF</possibleValues>\r
- <possibleValues>GONNET</possibleValues>\r
- <possibleValues>IDENTITY</possibleValues>\r
- <possibleValues>MATCH</possibleValues>\r
- <possibleValues>NUC.4.2</possibleValues>\r
- <possibleValues>NUC.4.4</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM10</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM100</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM110</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM120</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM130</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM140</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM150</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM160</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM170</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM180</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM190</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM20</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM200</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM210</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM220</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM230</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM240</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM250</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM260</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM270</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM280</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM290</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM30</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM300</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM310</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM320</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM330</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM340</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM350</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM360</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM370</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM380</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM390</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM40</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM400</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM410</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM420</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM430</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM440</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM450</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM460</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM470</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM480</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM490</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM50</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM500</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM60</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM70</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM80</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM90</possibleValues>\r
- </parameters>\r
- <parameters>\r
- <name>GAPOPEN</name>\r
- <description>Gap opening penalty</description>\r
- <optionNames>-GAPOPEN</optionNames>\r
- <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
- <defaultValue>10</defaultValue>\r
- <validValue>\r
- <type>Float</type>\r
- <min>0</min>\r
- <max>1000</max>\r
- </validValue>\r
- </parameters>\r
- <parameters>\r
- <name>-GAPEXT</name>\r
- <description>Gap extension penalty</description>\r
- <optionNames>-GAPEXT</optionNames>\r
- <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
- <defaultValue>0.1</defaultValue>\r
- <validValue>\r
- <type>Float</type>\r
- <min>0</min>\r
- <max>10</max>\r
- </validValue>\r
- </parameters>\r
- <parameters>\r
- <name>ENDGAPS</name>\r
- <description>End gap separation pen</description>\r
- <optionNames>-ENDGAPS</optionNames>\r
- <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
- <defaultValue>0.5</defaultValue>\r
- <validValue>\r
- <type>Float</type>\r
- <min>0</min>\r
- <max>10</max>\r
- </validValue>\r
- </parameters>\r
- <parameters>\r
- <name>GAPDIST</name>\r
- <description>Gap separation pen. range</description>\r
- <optionNames>-GAPDIST</optionNames>\r
- <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
- <defaultValue>1</defaultValue>\r
- <validValue>\r
- <type>Integer</type>\r
- <min>0</min>\r
- <max>50</max>\r
- </validValue>\r
- </parameters>\r
+ <runnerClassName>compbio.runner.clustal.ClustalW</runnerClassName>\r
+ <options>\r
+ <name>NOPGAP</name>\r
+ <description>Residue-specific gaps off</description>\r
+ <optionNames>-NOPGAP</optionNames>\r
+ <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
+ </options>\r
+ <options>\r
+ <name>No transition weighting</name>\r
+ <description>Disable sequence weighting</description>\r
+ <optionNames>-NOWEIGHTS</optionNames>\r
+ <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
+ </options>\r
+ <options>\r
+ <name>NOHGAP</name>\r
+ <description>Hydrophilic gaps off</description>\r
+ <optionNames>-NOHGAP</optionNames>\r
+ <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
+ </options>\r
+ <prmSeparator>=</prmSeparator>\r
+ <parameters>\r
+ <name>Transition weighting</name>\r
+ <description>Type of the sequence (PROTEIN or DNA)</description>\r
+ <optionNames>-TRANSWEIGHT</optionNames>\r
+ <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
+ <defaultValue>0.5</defaultValue>\r
+ <validValue>\r
+ <type>Float</type>\r
+ <min>0</min>\r
+ <max>10</max>\r
+ </validValue>\r
+ </parameters>\r
+ <parameters>\r
+ <name>Type</name>\r
+ <description>Type of the sequence (PROTEIN or DNA)</description>\r
+ <optionNames>-TYPE</optionNames>\r
+ <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
+ <defaultValue>PROTEIN</defaultValue>\r
+ <possibleValues>PROTEIN</possibleValues>\r
+ <possibleValues>DNA</possibleValues>\r
+ </parameters>\r
+ <parameters>\r
+ <name>OUTORDER</name>\r
+ <description>As per INPUT or ALIGNED</description>\r
+ <optionNames>-OUTORDER</optionNames>\r
+ <defaultValue>INPUT</defaultValue>\r
+ <possibleValues>INPUT</possibleValues>\r
+ <possibleValues>ALIGNED</possibleValues>\r
+ </parameters>\r
+ <parameters>\r
+ <name>MATRIX</name>\r
+ <description>Protein weight matrix</description>\r
+ <optionNames>-MATRIX</optionNames>\r
+ <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
+ <defaultValue>BLOSUM62</defaultValue>\r
+ <!-- Clustal build in matrices\r
+ <possibleValues>BLOSUM</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM</possibleValues>\r
+ <possibleValues>ID</possibleValues>\r
+ <possibleValues>GONNET</possibleValues>\r
+ -->\r
+ <possibleValues>BLOSUM100</possibleValues>\r
+ <possibleValues>BLOSUM30</possibleValues>\r
+ <possibleValues>BLOSUM35</possibleValues>\r
+ <possibleValues>BLOSUM40</possibleValues>\r
+ <possibleValues>BLOSUM45</possibleValues>\r
+ <possibleValues>BLOSUM50</possibleValues>\r
+ <possibleValues>BLOSUM55</possibleValues>\r
+ <possibleValues>BLOSUM60</possibleValues>\r
+ <possibleValues>BLOSUM62</possibleValues>\r
+ <possibleValues>BLOSUM65</possibleValues>\r
+ <possibleValues>BLOSUM70</possibleValues>\r
+ <possibleValues>BLOSUM75</possibleValues>\r
+ <possibleValues>BLOSUM80</possibleValues>\r
+ <possibleValues>BLOSUM85</possibleValues>\r
+ <possibleValues>BLOSUM90</possibleValues>\r
+ <possibleValues>BLOSUMN</possibleValues>\r
+ <possibleValues>DAYHOFF</possibleValues>\r
+ <possibleValues>GONNET</possibleValues>\r
+ <possibleValues>IDENTITY</possibleValues>\r
+ <possibleValues>MATCH</possibleValues>\r
+ <possibleValues>NUC.4.2</possibleValues>\r
+ <possibleValues>NUC.4.4</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM10</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM100</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM110</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM120</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM130</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM140</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM150</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM160</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM170</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM180</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM190</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM20</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM200</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM210</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM220</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM230</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM240</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM250</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM260</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM270</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM280</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM290</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM30</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM300</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM310</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM320</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM330</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM340</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM350</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM360</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM370</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM380</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM390</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM40</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM400</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM410</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM420</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM430</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM440</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM450</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM460</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM470</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM480</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM490</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM50</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM500</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM60</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM70</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM80</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM90</possibleValues>\r
+ </parameters>\r
+ <parameters>\r
+ <name>GAPOPEN</name>\r
+ <description>Gap opening penalty</description>\r
+ <optionNames>-GAPOPEN</optionNames>\r
+ <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
+ <defaultValue>10</defaultValue>\r
+ <validValue>\r
+ <type>Float</type>\r
+ <min>0</min>\r
+ <max>1000</max>\r
+ </validValue>\r
+ </parameters>\r
+ <parameters>\r
+ <name>-GAPEXT</name>\r
+ <description>Gap extension penalty</description>\r
+ <optionNames>-GAPEXT</optionNames>\r
+ <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
+ <defaultValue>0.1</defaultValue>\r
+ <validValue>\r
+ <type>Float</type>\r
+ <min>0</min>\r
+ <max>10</max>\r
+ </validValue>\r
+ </parameters>\r
+ <parameters>\r
+ <name>ENDGAPS</name>\r
+ <description>End gap separation pen</description>\r
+ <optionNames>-ENDGAPS</optionNames>\r
+ <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
+ <defaultValue>0.5</defaultValue>\r
+ <validValue>\r
+ <type>Float</type>\r
+ <min>0</min>\r
+ <max>10</max>\r
+ </validValue>\r
+ </parameters>\r
+ <parameters>\r
+ <name>GAPDIST</name>\r
+ <description>Gap separation pen. range</description>\r
+ <optionNames>-GAPDIST</optionNames>\r
+ <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
+ <defaultValue>1</defaultValue>\r
+ <validValue>\r
+ <type>Integer</type>\r
+ <min>0</min>\r
+ <max>50</max>\r
+ </validValue>\r
+ </parameters>\r
</runnerConfig>\r