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[jabaws.git] / website / dm_javadoc / compbio / metadata / Limit.html
diff --git a/website/dm_javadoc/compbio/metadata/Limit.html b/website/dm_javadoc/compbio/metadata/Limit.html
index e1147d1..edb3712 100644 (file)
--- a/website/dm_javadoc/compbio/metadata/Limit.html
+++ b/website/dm_javadoc/compbio/metadata/Limit.html
@@ -2,12 +2,12 @@
 <!--NewPage-->\r
 <HTML>\r
 <HEAD>\r
-<!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_24) on Fri Aug 12 14:32:03 BST 2011 -->\r
+<!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_24) on Wed Dec 07 12:08:24 GMT 2011 -->\r
 <TITLE>\r
 Limit\r
 </TITLE>\r
 \r
-<META NAME="date" CONTENT="2011-08-12">\r
+<META NAME="date" CONTENT="2011-12-07">\r
 \r
 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
 \r
@@ -92,14 +92,14 @@ compbio.metadata</FONT>
 <BR>\r
 Class Limit&lt;T&gt;</H2>\r
 <PRE>\r
-<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">java.lang.Object</A>\r
+java.lang.Object\r
   <IMG SRC="../../resources/inherit.gif" ALT="extended by "><B>compbio.metadata.Limit&lt;T&gt;</B>\r
 </PRE>\r
 <DL>\r
 <DT><DT><B>Type Parameters:</B><DD><CODE>T</CODE> - the type of an executable for which this limit is defined.</DL>\r
 <HR>\r
 <DL>\r
-<DT><PRE>public class <B>Limit&lt;T&gt;</B><DT>extends <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></DL>\r
+<DT><PRE>public class <B>Limit&lt;T&gt;</B><DT>extends java.lang.Object</DL>\r
 </PRE>\r
 \r
 <P>\r
@@ -130,7 +130,7 @@ A value object containing a maximum number of sequences and a maximum average
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Limit.html#Limit(int, int, java.lang.String)">Limit</A></B>(int&nbsp;seqNumber,\r
       int&nbsp;seqLength,\r
-      <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;preset)</CODE>\r
+      java.lang.String&nbsp;preset)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Instantiate the limit</TD>\r
@@ -138,7 +138,7 @@ A value object containing a maximum number of sequences and a maximum average
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Limit.html#Limit(int, int, java.lang.String, boolean)">Limit</A></B>(int&nbsp;seqNumber,\r
       int&nbsp;seqLength,\r
-      <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;preset,\r
+      java.lang.String&nbsp;preset,\r
       boolean&nbsp;isDefault)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -157,7 +157,7 @@ A value object containing a maximum number of sequences and a maximum average
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;boolean</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Limit.html#equals(java.lang.Object)">equals</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A>&nbsp;obj)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Limit.html#equals(java.lang.Object)">equals</A></B>(java.lang.Object&nbsp;obj)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
@@ -173,14 +173,14 @@ A value object containing a maximum number of sequences and a maximum average
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>static&nbsp;int</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Limit.html#getAvgSequenceLength(java.util.List)">getAvgSequenceLength</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;data)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Limit.html#getAvgSequenceLength(java.util.List)">getAvgSequenceLength</A></B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;data)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Calculates an average sequence length of the dataset</TD>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Limit.html#getPreset()">getPreset</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -213,7 +213,7 @@ A value object containing a maximum number of sequences and a maximum average
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;boolean</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Limit.html#isExceeded(java.util.List)">isExceeded</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;data)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Limit.html#isExceeded(java.util.List)">isExceeded</A></B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;data)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Checks if the number of sequences or their average length in the dataset
@@ -221,7 +221,7 @@ A value object containing a maximum number of sequences and a maximum average
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Limit.html#toString()">toString</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -231,10 +231,10 @@ A value object containing a maximum number of sequences and a maximum average
 &nbsp;<A NAME="methods_inherited_from_class_java.lang.Object"><!-- --></A>\r
 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
-<TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></B></TH>\r
+<TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.Object</B></TH>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#getClass()" title="class or interface in java.lang">getClass</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notify()" title="class or interface in java.lang">notify</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notifyAll()" title="class or interface in java.lang">notifyAll</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait()" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long)" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long, int)" title="class or interface in java.lang">wait</A></CODE></TD>\r
+<TD><CODE>getClass, notify, notifyAll, wait, wait, wait</CODE></TD>\r
 </TR>\r
 </TABLE>\r
 &nbsp;\r
@@ -255,7 +255,7 @@ Limit</H3>
 <PRE>\r
 public <B>Limit</B>(int&nbsp;seqNumber,\r
              int&nbsp;seqLength,\r
-             <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;preset)</PRE>\r
+             java.lang.String&nbsp;preset)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Instantiate the limit\r
 <P>\r
@@ -263,7 +263,7 @@ public <B>Limit</B>(int&nbsp;seqNumber,
 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>seqNumber</CODE> - the maximum number of sequences allowed for calculation.
             Required<DD><CODE>seqLength</CODE> - the average length of the sequence, optional<DD><CODE>preset</CODE> - the name of preset if any, optional\r
 <DT><B>Throws:</B>\r
-<DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/IllegalArgumentException.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">IllegalArgumentException</A></CODE> - if the seqNumber is not supplied or the seqLength is negative</DL>\r
+<DD><CODE>java.lang.IllegalArgumentException</CODE> - if the seqNumber is not supplied or the seqLength is negative</DL>\r
 </DL>\r
 <HR>\r
 \r
@@ -272,7 +272,7 @@ Limit</H3>
 <PRE>\r
 public <B>Limit</B>(int&nbsp;seqNumber,\r
              int&nbsp;seqLength,\r
-             <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;preset,\r
+             java.lang.String&nbsp;preset,\r
              boolean&nbsp;isDefault)</PRE>\r
 <DL>\r
 </DL>\r
@@ -290,7 +290,7 @@ public <B>Limit</B>(int&nbsp;seqNumber,
 <A NAME="getPreset()"><!-- --></A><H3>\r
 getPreset</H3>\r
 <PRE>\r
-public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>getPreset</B>()</PRE>\r
+public java.lang.String <B>getPreset</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -340,7 +340,7 @@ hashCode</H3>
 public int <B>hashCode</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
-<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#hashCode()" title="class or interface in java.lang">hashCode</A></CODE> in class <CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></CODE></DL>\r
+<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE>hashCode</CODE> in class <CODE>java.lang.Object</CODE></DL>\r
 </DD>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -351,10 +351,10 @@ public int <B>hashCode</B>()</PRE>
 <A NAME="equals(java.lang.Object)"><!-- --></A><H3>\r
 equals</H3>\r
 <PRE>\r
-public boolean <B>equals</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A>&nbsp;obj)</PRE>\r
+public boolean <B>equals</B>(java.lang.Object&nbsp;obj)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
-<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#equals(java.lang.Object)" title="class or interface in java.lang">equals</A></CODE> in class <CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></CODE></DL>\r
+<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE>equals</CODE> in class <CODE>java.lang.Object</CODE></DL>\r
 </DD>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -365,10 +365,10 @@ public boolean <B>equals</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java
 <A NAME="toString()"><!-- --></A><H3>\r
 toString</H3>\r
 <PRE>\r
-public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>toString</B>()</PRE>\r
+public java.lang.String <B>toString</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
-<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#toString()" title="class or interface in java.lang">toString</A></CODE> in class <CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></CODE></DL>\r
+<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE>toString</CODE> in class <CODE>java.lang.Object</CODE></DL>\r
 </DD>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -379,7 +379,7 @@ public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-e
 <A NAME="isExceeded(java.util.List)"><!-- --></A><H3>\r
 isExceeded</H3>\r
 <PRE>\r
-public boolean <B>isExceeded</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;data)</PRE>\r
+public boolean <B>isExceeded</B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;data)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Checks if the number of sequences or their average length in the dataset
  exceeds this limit.\r
@@ -403,7 +403,7 @@ public boolean <B>isExceeded</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/
 <A NAME="getAvgSequenceLength(java.util.List)"><!-- --></A><H3>\r
 getAvgSequenceLength</H3>\r
 <PRE>\r
-public static int <B>getAvgSequenceLength</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;data)</PRE>\r
+public static int <B>getAvgSequenceLength</B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;data)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Calculates an average sequence length of the dataset\r
 <P>\r