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[jabaws.git] / website / dm_javadoc / compbio / metadata / Option.html
diff --git a/website/dm_javadoc/compbio/metadata/Option.html b/website/dm_javadoc/compbio/metadata/Option.html
index 9f6722b..7fc0e28 100644 (file)
--- a/website/dm_javadoc/compbio/metadata/Option.html
+++ b/website/dm_javadoc/compbio/metadata/Option.html
@@ -2,12 +2,12 @@
 <!--NewPage-->\r
 <HTML>\r
 <HEAD>\r
-<!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_21) on Thu Nov 18 15:38:37 GMT 2010 -->\r
+<!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_21) on Wed Nov 24 12:17:18 GMT 2010 -->\r
 <TITLE>\r
 Option\r
 </TITLE>\r
 \r
-<META NAME="date" CONTENT="2010-11-18">\r
+<META NAME="date" CONTENT="2010-11-24">\r
 \r
 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
 \r
@@ -92,7 +92,7 @@ compbio.metadata</FONT>
 <BR>\r
 Class Option&lt;T&gt;</H2>\r
 <PRE>\r
-java.lang.Object\r
+<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">java.lang.Object</A>\r
   <IMG SRC="../../resources/inherit.gif" ALT="extended by "><B>compbio.metadata.Option&lt;T&gt;</B>\r
 </PRE>\r
 <DL>\r
@@ -105,7 +105,7 @@ java.lang.Object
 </DL>\r
 <HR>\r
 <DL>\r
-<DT><PRE>public class <B>Option&lt;T&gt;</B><DT>extends java.lang.Object<DT>implements <A HREF="../../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata">Argument</A>&lt;T&gt;</DL>\r
+<DT><PRE>public class <B>Option&lt;T&gt;</B><DT>extends <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A><DT>implements <A HREF="../../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata">Argument</A>&lt;T&gt;</DL>\r
 </PRE>\r
 \r
 <P>\r
@@ -133,7 +133,7 @@ Command line option/flag or multiple exclusive options with no value. Example
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>protected &nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>protected &nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#defaultValue">defaultValue</A></B></CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -141,7 +141,7 @@ Command line option/flag or multiple exclusive options with no value. Example
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>protected &nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>protected &nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#description">description</A></B></CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -149,7 +149,7 @@ Command line option/flag or multiple exclusive options with no value. Example
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>protected &nbsp;java.net.URL</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>protected &nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/net/URL.html?is-external=true" title="class or interface in java.net">URL</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#furtherDetails">furtherDetails</A></B></CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -165,7 +165,7 @@ Command line option/flag or multiple exclusive options with no value. Example
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>protected &nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>protected &nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#name">name</A></B></CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -182,8 +182,8 @@ Command line option/flag or multiple exclusive options with no value. Example
 <B>Constructor Summary</B></FONT></TH>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#Option(java.lang.String, java.lang.String)">Option</A></B>(java.lang.String&nbsp;name,\r
-       java.lang.String&nbsp;description)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#Option(java.lang.String, java.lang.String)">Option</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;name,\r
+       <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;description)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
@@ -200,8 +200,8 @@ Command line option/flag or multiple exclusive options with no value. Example
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.util.Set&lt;java.lang.String&gt;</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#addOptionNames(java.lang.String...)">addOptionNames</A></B>(java.lang.String...&nbsp;value)</CODE>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Set.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Set</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#addOptionNames(java.lang.String...)">addOptionNames</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>...&nbsp;value)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Adds an option to the optionName list</TD>\r
@@ -209,14 +209,14 @@ Command line option/flag or multiple exclusive options with no value. Example
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;boolean</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#equals(java.lang.Object)">equals</A></B>(java.lang.Object&nbsp;obj)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#equals(java.lang.Object)">equals</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A>&nbsp;obj)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#getDefaultValue()">getDefaultValue</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -224,7 +224,7 @@ Command line option/flag or multiple exclusive options with no value. Example
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#getDescription()">getDescription</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -232,7 +232,7 @@ Command line option/flag or multiple exclusive options with no value. Example
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.net.URL</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/net/URL.html?is-external=true" title="class or interface in java.net">URL</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#getFurtherDetails()">getFurtherDetails</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -240,7 +240,7 @@ Command line option/flag or multiple exclusive options with no value. Example
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#getName()">getName</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -248,7 +248,7 @@ Command line option/flag or multiple exclusive options with no value. Example
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.util.List&lt;java.lang.String&gt;</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#getOptionNames()">getOptionNames</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -256,7 +256,7 @@ Command line option/flag or multiple exclusive options with no value. Example
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.util.List&lt;java.lang.String&gt;</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#getPossibleValues()">getPossibleValues</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -282,7 +282,7 @@ Command line option/flag or multiple exclusive options with no value. Example
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#setDefaultValue(java.lang.String)">setDefaultValue</A></B>(java.lang.String&nbsp;defaultVal)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#setDefaultValue(java.lang.String)">setDefaultValue</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;defaultVal)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Sets one of the values defined in optionList as default.</TD>\r
@@ -290,7 +290,7 @@ Command line option/flag or multiple exclusive options with no value. Example
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#setDescription(java.lang.String)">setDescription</A></B>(java.lang.String&nbsp;description)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#setDescription(java.lang.String)">setDescription</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;description)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
@@ -298,7 +298,7 @@ Command line option/flag or multiple exclusive options with no value. Example
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#setFurtherDetails(java.net.URL)">setFurtherDetails</A></B>(java.net.URL&nbsp;furtherDetails)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#setFurtherDetails(java.net.URL)">setFurtherDetails</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/net/URL.html?is-external=true" title="class or interface in java.net">URL</A>&nbsp;furtherDetails)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
@@ -306,7 +306,7 @@ Command line option/flag or multiple exclusive options with no value. Example
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#setName(java.lang.String)">setName</A></B>(java.lang.String&nbsp;name)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#setName(java.lang.String)">setName</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;name)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
@@ -314,7 +314,7 @@ Command line option/flag or multiple exclusive options with no value. Example
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#setOptionNames(java.util.Set)">setOptionNames</A></B>(java.util.Set&lt;java.lang.String&gt;&nbsp;optionNames)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#setOptionNames(java.util.Set)">setOptionNames</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Set.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Set</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;&nbsp;optionNames)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
@@ -330,22 +330,22 @@ Command line option/flag or multiple exclusive options with no value. Example
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#setValue(java.lang.String)">setValue</A></B>(java.lang.String&nbsp;dValue)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#setValue(java.lang.String)">setValue</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;dValue)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Set default values for the parameter or an option</TD>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#toCommand(java.lang.String)">toCommand</A></B>(java.lang.String&nbsp;nameValueSeparator)</CODE>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#toCommand(java.lang.String)">toCommand</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;nameValueSeparator)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Convert the option to the command string.</TD>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#toString()">toString</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -355,10 +355,10 @@ Command line option/flag or multiple exclusive options with no value. Example
 &nbsp;<A NAME="methods_inherited_from_class_java.lang.Object"><!-- --></A>\r
 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
-<TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.Object</B></TH>\r
+<TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></B></TH>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD><CODE>clone, finalize, getClass, notify, notifyAll, wait, wait, wait</CODE></TD>\r
+<TD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#clone()" title="class or interface in java.lang">clone</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#finalize()" title="class or interface in java.lang">finalize</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#getClass()" title="class or interface in java.lang">getClass</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notify()" title="class or interface in java.lang">notify</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notifyAll()" title="class or interface in java.lang">notifyAll</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait()" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long)" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long, int)" title="class or interface in java.lang">wait</A></CODE></TD>\r
 </TR>\r
 </TABLE>\r
 &nbsp;\r
@@ -377,7 +377,7 @@ Command line option/flag or multiple exclusive options with no value. Example
 <A NAME="description"><!-- --></A><H3>\r
 description</H3>\r
 <PRE>\r
-protected java.lang.String <B>description</B></PRE>\r
+protected <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>description</B></PRE>\r
 <DL>\r
 <DL>\r
 </DL>\r
@@ -387,7 +387,7 @@ protected java.lang.String <B>description</B></PRE>
 <A NAME="name"><!-- --></A><H3>\r
 name</H3>\r
 <PRE>\r
-protected java.lang.String <B>name</B></PRE>\r
+protected <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>name</B></PRE>\r
 <DL>\r
 <DL>\r
 </DL>\r
@@ -407,7 +407,7 @@ protected boolean <B>isRequired</B></PRE>
 <A NAME="furtherDetails"><!-- --></A><H3>\r
 furtherDetails</H3>\r
 <PRE>\r
-protected java.net.URL <B>furtherDetails</B></PRE>\r
+protected <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/net/URL.html?is-external=true" title="class or interface in java.net">URL</A> <B>furtherDetails</B></PRE>\r
 <DL>\r
 <DL>\r
 </DL>\r
@@ -417,7 +417,7 @@ protected java.net.URL <B>furtherDetails</B></PRE>
 <A NAME="defaultValue"><!-- --></A><H3>\r
 defaultValue</H3>\r
 <PRE>\r
-protected java.lang.String <B>defaultValue</B></PRE>\r
+protected <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>defaultValue</B></PRE>\r
 <DL>\r
 <DL>\r
 </DL>\r
@@ -436,8 +436,8 @@ protected java.lang.String <B>defaultValue</B></PRE>
 <A NAME="Option(java.lang.String, java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 Option</H3>\r
 <PRE>\r
-public <B>Option</B>(java.lang.String&nbsp;name,\r
-              java.lang.String&nbsp;description)</PRE>\r
+public <B>Option</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;name,\r
+              <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;description)</PRE>\r
 <DL>\r
 </DL>\r
 \r
@@ -454,7 +454,7 @@ public <B>Option</B>(java.lang.String&nbsp;name,
 <A NAME="getName()"><!-- --></A><H3>\r
 getName</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.lang.String <B>getName</B>()</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>getName</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Human readable name of the option\r
 <P>\r
@@ -470,7 +470,7 @@ public java.lang.String <B>getName</B>()</PRE>
 <A NAME="setName(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 setName</H3>\r
 <PRE>\r
-public void <B>setName</B>(java.lang.String&nbsp;name)</PRE>\r
+public void <B>setName</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;name)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -484,7 +484,7 @@ public void <B>setName</B>(java.lang.String&nbsp;name)</PRE>
 <A NAME="getDescription()"><!-- --></A><H3>\r
 getDescription</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.lang.String <B>getDescription</B>()</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>getDescription</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>A long description of the Option\r
 <P>\r
@@ -500,7 +500,7 @@ public java.lang.String <B>getDescription</B>()</PRE>
 <A NAME="setDescription(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 setDescription</H3>\r
 <PRE>\r
-public void <B>setDescription</B>(java.lang.String&nbsp;description)</PRE>\r
+public void <B>setDescription</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;description)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -514,7 +514,7 @@ public void <B>setDescription</B>(java.lang.String&nbsp;description)</PRE>
 <A NAME="getFurtherDetails()"><!-- --></A><H3>\r
 getFurtherDetails</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.net.URL <B>getFurtherDetails</B>()</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/net/URL.html?is-external=true" title="class or interface in java.net">URL</A> <B>getFurtherDetails</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>The URL where further details about the option can be found\r
 <P>\r
@@ -530,7 +530,7 @@ public java.net.URL <B>getFurtherDetails</B>()</PRE>
 <A NAME="setFurtherDetails(java.net.URL)"><!-- --></A><H3>\r
 setFurtherDetails</H3>\r
 <PRE>\r
-public void <B>setFurtherDetails</B>(java.net.URL&nbsp;furtherDetails)</PRE>\r
+public void <B>setFurtherDetails</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/net/URL.html?is-external=true" title="class or interface in java.net">URL</A>&nbsp;furtherDetails)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -544,7 +544,7 @@ public void <B>setFurtherDetails</B>(java.net.URL&nbsp;furtherDetails)</PRE>
 <A NAME="getDefaultValue()"><!-- --></A><H3>\r
 getDefaultValue</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.lang.String <B>getDefaultValue</B>()</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>getDefaultValue</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>A default value of the option. Defaults to command line argument name
  e.g. -auto\r
@@ -561,7 +561,7 @@ public java.lang.String <B>getDefaultValue</B>()</PRE>
 <A NAME="setDefaultValue(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 setDefaultValue</H3>\r
 <PRE>\r
-public void <B>setDefaultValue</B>(java.lang.String&nbsp;defaultVal)\r
+public void <B>setDefaultValue</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;defaultVal)\r
                      throws <A HREF="../../compbio/metadata/WrongParameterException.html" title="class in compbio.metadata">WrongParameterException</A></PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Sets one of the values defined in optionList as default. Attempting set
@@ -613,7 +613,7 @@ public void <B>setRequired</B>(boolean&nbsp;isRequired)</PRE>
 <A NAME="getOptionNames()"><!-- --></A><H3>\r
 getOptionNames</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.util.List&lt;java.lang.String&gt; <B>getOptionNames</B>()</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt; <B>getOptionNames</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -628,7 +628,7 @@ public java.util.List&lt;java.lang.String&gt; <B>getOptionNames</B>()</PRE>
 <A NAME="setOptionNames(java.util.Set)"><!-- --></A><H3>\r
 setOptionNames</H3>\r
 <PRE>\r
-public void <B>setOptionNames</B>(java.util.Set&lt;java.lang.String&gt;&nbsp;optionNames)</PRE>\r
+public void <B>setOptionNames</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Set.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Set</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;&nbsp;optionNames)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -642,7 +642,7 @@ public void <B>setOptionNames</B>(java.util.Set&lt;java.lang.String&gt;&nbsp;opt
 <A NAME="addOptionNames(java.lang.String...)"><!-- --></A><H3>\r
 addOptionNames</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.util.Set&lt;java.lang.String&gt; <B>addOptionNames</B>(java.lang.String...&nbsp;value)</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Set.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Set</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt; <B>addOptionNames</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>...&nbsp;value)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Adds an option to the optionName list\r
 <P>\r
@@ -659,10 +659,10 @@ public java.util.Set&lt;java.lang.String&gt; <B>addOptionNames</B>(java.lang.Str
 <A NAME="toString()"><!-- --></A><H3>\r
 toString</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.lang.String <B>toString</B>()</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>toString</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
-<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE>toString</CODE> in class <CODE>java.lang.Object</CODE></DL>\r
+<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#toString()" title="class or interface in java.lang">toString</A></CODE> in class <CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></CODE></DL>\r
 </DD>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -673,7 +673,7 @@ public java.lang.String <B>toString</B>()</PRE>
 <A NAME="toCommand(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 toCommand</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.lang.String <B>toCommand</B>(java.lang.String&nbsp;nameValueSeparator)</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>toCommand</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;nameValueSeparator)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Convert the option to the command string.\r
 <P>\r
@@ -693,10 +693,10 @@ public java.lang.String <B>toCommand</B>(java.lang.String&nbsp;nameValueSeparato
 <A NAME="equals(java.lang.Object)"><!-- --></A><H3>\r
 equals</H3>\r
 <PRE>\r
-public boolean <B>equals</B>(java.lang.Object&nbsp;obj)</PRE>\r
+public boolean <B>equals</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A>&nbsp;obj)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
-<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE>equals</CODE> in class <CODE>java.lang.Object</CODE></DL>\r
+<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#equals(java.lang.Object)" title="class or interface in java.lang">equals</A></CODE> in class <CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></CODE></DL>\r
 </DD>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -710,7 +710,7 @@ hashCode</H3>
 public int <B>hashCode</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
-<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE>hashCode</CODE> in class <CODE>java.lang.Object</CODE></DL>\r
+<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#hashCode()" title="class or interface in java.lang">hashCode</A></CODE> in class <CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></CODE></DL>\r
 </DD>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -721,7 +721,7 @@ public int <B>hashCode</B>()</PRE>
 <A NAME="getPossibleValues()"><!-- --></A><H3>\r
 getPossibleValues</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.util.List&lt;java.lang.String&gt; <B>getPossibleValues</B>()</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt; <B>getPossibleValues</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>List of possible optionNames\r
 <P>\r
@@ -738,7 +738,7 @@ public java.util.List&lt;java.lang.String&gt; <B>getPossibleValues</B>()</PRE>
 <A NAME="setValue(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 setValue</H3>\r
 <PRE>\r
-public void <B>setValue</B>(java.lang.String&nbsp;dValue)\r
+public void <B>setValue</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;dValue)\r
               throws <A HREF="../../compbio/metadata/WrongParameterException.html" title="class in compbio.metadata">WrongParameterException</A></PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Argument.html#setValue(java.lang.String)">Argument</A></CODE></B></DD>\r