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[jabaws.git] / website / full_javadoc / compbio / metadata / Parameter.html
diff --git a/website/full_javadoc/compbio/metadata/Parameter.html b/website/full_javadoc/compbio/metadata/Parameter.html
index 45505e0..981fc96 100644 (file)
--- a/website/full_javadoc/compbio/metadata/Parameter.html
+++ b/website/full_javadoc/compbio/metadata/Parameter.html
@@ -2,12 +2,12 @@
 <!--NewPage-->\r
 <HTML>\r
 <HEAD>\r
-<!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_14) on Wed Feb 17 16:46:50 GMT 2010 -->\r
+<!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_24) on Wed Dec 07 12:30:41 GMT 2011 -->\r
 <TITLE>\r
 Parameter\r
 </TITLE>\r
 \r
-<META NAME="date" CONTENT="2010-02-17">\r
+<META NAME="date" CONTENT="2011-12-07">\r
 \r
 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
 \r
@@ -92,7 +92,7 @@ compbio.metadata</FONT>
 <BR>\r
 Class Parameter&lt;T&gt;</H2>\r
 <PRE>\r
-java.lang.Object\r
+<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">java.lang.Object</A>\r
   <IMG SRC="../../resources/inherit.gif" ALT="extended by "><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">compbio.metadata.Option</A>&lt;T&gt;\r
       <IMG SRC="../../resources/inherit.gif" ALT="extended by "><B>compbio.metadata.Parameter&lt;T&gt;</B>\r
 </PRE>\r
@@ -105,17 +105,17 @@ java.lang.Object
 </PRE>\r
 \r
 <P>\r
-A single value containing option supported by the web service e.g.
+A single value containing an option supported by the web service e.g.
  seqType=protein. Where seqType is a optionName and protein is one of
  possibleValues\r
 <P>\r
 \r
 <P>\r
 <DL>\r
+<DT><B>Version:</B></DT>\r
+  <DD>1.0 November 2009</DD>\r
 <DT><B>Author:</B></DT>\r
-  <DD>pvtroshin
- 
-         Date November 2009</DD>\r
+  <DD>pvtroshin</DD>\r
 <DT><B>See Also:</B><DD><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Option</CODE></A>, \r
 <A HREF="../../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata"><CODE>Argument</CODE></A></DL>\r
 <HR>\r
@@ -131,8 +131,8 @@ A single value containing option supported by the web service e.g.
 <B>Constructor Summary</B></FONT></TH>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#Parameter(java.lang.String, java.lang.String)">Parameter</A></B>(java.lang.String&nbsp;name,\r
-          java.lang.String&nbsp;description)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#Parameter(java.lang.String, java.lang.String)">Parameter</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;name,\r
+          <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;description)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
@@ -149,16 +149,16 @@ A single value containing option supported by the web service e.g.
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.util.Set&lt;java.lang.String&gt;</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#addOptionNames(java.lang.String...)">addOptionNames</A></B>(java.lang.String...&nbsp;value)</CODE>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Set.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Set</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#addOptionNames(java.lang.String...)">addOptionNames</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>...&nbsp;value)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Adds an option to the optionName list</TD>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.util.Set&lt;java.lang.String&gt;</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#addPossibleValues(java.lang.String...)">addPossibleValues</A></B>(java.lang.String...&nbsp;value)</CODE>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Set.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Set</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#addPossibleValues(java.lang.String...)">addPossibleValues</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>...&nbsp;value)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
@@ -166,14 +166,14 @@ A single value containing option supported by the web service e.g.
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;boolean</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#equals(java.lang.Object)">equals</A></B>(java.lang.Object&nbsp;obj)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#equals(java.lang.Object)">equals</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A>&nbsp;obj)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#getOptionName()">getOptionName</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -181,7 +181,7 @@ A single value containing option supported by the web service e.g.
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.util.List&lt;java.lang.String&gt;</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#getPossibleValues()">getPossibleValues</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -206,7 +206,7 @@ A single value containing option supported by the web service e.g.
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#setDefaultValue(java.lang.String)">setDefaultValue</A></B>(java.lang.String&nbsp;defaultVal)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#setDefaultValue(java.lang.String)">setDefaultValue</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;defaultVal)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Sets one of the values defined in optionList as default.</TD>\r
@@ -214,7 +214,7 @@ A single value containing option supported by the web service e.g.
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#setOptionName(java.lang.String)">setOptionName</A></B>(java.lang.String&nbsp;optionName)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#setOptionName(java.lang.String)">setOptionName</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;optionName)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
@@ -222,7 +222,7 @@ A single value containing option supported by the web service e.g.
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#setOptionNames(java.util.Set)">setOptionNames</A></B>(java.util.Set&lt;java.lang.String&gt;&nbsp;optionName)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#setOptionNames(java.util.Set)">setOptionNames</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Set.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Set</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;&nbsp;optionName)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
@@ -230,7 +230,7 @@ A single value containing option supported by the web service e.g.
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#setPossibleValues(java.util.Set)">setPossibleValues</A></B>(java.util.Set&lt;java.lang.String&gt;&nbsp;possibleValues)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#setPossibleValues(java.util.Set)">setPossibleValues</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Set.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Set</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;&nbsp;possibleValues)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
@@ -245,15 +245,15 @@ A single value containing option supported by the web service e.g.
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#toCommand(java.lang.String)">toCommand</A></B>(java.lang.String&nbsp;nameValueSeparator)</CODE>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#toCommand(java.lang.String)">toCommand</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;nameValueSeparator)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Convert the option to the command string.</TD>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#toString()">toString</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -272,10 +272,10 @@ A single value containing option supported by the web service e.g.
 &nbsp;<A NAME="methods_inherited_from_class_java.lang.Object"><!-- --></A>\r
 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
-<TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.Object</B></TH>\r
+<TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></B></TH>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD><CODE>getClass, notify, notifyAll, wait, wait, wait</CODE></TD>\r
+<TD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#getClass()" title="class or interface in java.lang">getClass</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notify()" title="class or interface in java.lang">notify</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notifyAll()" title="class or interface in java.lang">notifyAll</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait()" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long)" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long, int)" title="class or interface in java.lang">wait</A></CODE></TD>\r
 </TR>\r
 </TABLE>\r
 &nbsp;\r
@@ -294,8 +294,8 @@ A single value containing option supported by the web service e.g.
 <A NAME="Parameter(java.lang.String, java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 Parameter</H3>\r
 <PRE>\r
-public <B>Parameter</B>(java.lang.String&nbsp;name,\r
-                 java.lang.String&nbsp;description)</PRE>\r
+public <B>Parameter</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;name,\r
+                 <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;description)</PRE>\r
 <DL>\r
 </DL>\r
 \r
@@ -334,7 +334,7 @@ public void <B>setValidValue</B>(<A HREF="../../compbio/metadata/ValueConstrain.
 <A NAME="toString()"><!-- --></A><H3>\r
 toString</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.lang.String <B>toString</B>()</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>toString</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 <DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#toString()">toString</A></CODE> in class <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="type parameter in Parameter">T</A>&gt;</CODE></DL>\r
@@ -348,7 +348,7 @@ public java.lang.String <B>toString</B>()</PRE>
 <A NAME="toCommand(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 toCommand</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.lang.String <B>toCommand</B>(java.lang.String&nbsp;nameValueSeparator)</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>toCommand</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;nameValueSeparator)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><B>Description copied from class: <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#toCommand(java.lang.String)">Option</A></CODE></B></DD>\r
 <DD>Convert the option to the command string.\r
@@ -369,7 +369,7 @@ public java.lang.String <B>toCommand</B>(java.lang.String&nbsp;nameValueSeparato
 <A NAME="equals(java.lang.Object)"><!-- --></A><H3>\r
 equals</H3>\r
 <PRE>\r
-public boolean <B>equals</B>(java.lang.Object&nbsp;obj)</PRE>\r
+public boolean <B>equals</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A>&nbsp;obj)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 <DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#equals(java.lang.Object)">equals</A></CODE> in class <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="type parameter in Parameter">T</A>&gt;</CODE></DL>\r
@@ -383,7 +383,7 @@ public boolean <B>equals</B>(java.lang.Object&nbsp;obj)</PRE>
 <A NAME="getPossibleValues()"><!-- --></A><H3>\r
 getPossibleValues</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.util.List&lt;java.lang.String&gt; <B>getPossibleValues</B>()</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt; <B>getPossibleValues</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>List is more convenient to work with\r
 <P>\r
@@ -400,7 +400,7 @@ public java.util.List&lt;java.lang.String&gt; <B>getPossibleValues</B>()</PRE>
 <A NAME="setPossibleValues(java.util.Set)"><!-- --></A><H3>\r
 setPossibleValues</H3>\r
 <PRE>\r
-public void <B>setPossibleValues</B>(java.util.Set&lt;java.lang.String&gt;&nbsp;possibleValues)</PRE>\r
+public void <B>setPossibleValues</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Set.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Set</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;&nbsp;possibleValues)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -411,7 +411,7 @@ public void <B>setPossibleValues</B>(java.util.Set&lt;java.lang.String&gt;&nbsp;
 <A NAME="addPossibleValues(java.lang.String...)"><!-- --></A><H3>\r
 addPossibleValues</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.util.Set&lt;java.lang.String&gt; <B>addPossibleValues</B>(java.lang.String...&nbsp;value)</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Set.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Set</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt; <B>addPossibleValues</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>...&nbsp;value)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -436,7 +436,7 @@ public int <B>hashCode</B>()</PRE>
 <A NAME="setOptionNames(java.util.Set)"><!-- --></A><H3>\r
 setOptionNames</H3>\r
 <PRE>\r
-public void <B>setOptionNames</B>(java.util.Set&lt;java.lang.String&gt;&nbsp;optionName)</PRE>\r
+public void <B>setOptionNames</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Set.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Set</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;&nbsp;optionName)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 <DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#setOptionNames(java.util.Set)">setOptionNames</A></CODE> in class <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="type parameter in Parameter">T</A>&gt;</CODE></DL>\r
@@ -450,7 +450,7 @@ public void <B>setOptionNames</B>(java.util.Set&lt;java.lang.String&gt;&nbsp;opt
 <A NAME="addOptionNames(java.lang.String...)"><!-- --></A><H3>\r
 addOptionNames</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.util.Set&lt;java.lang.String&gt; <B>addOptionNames</B>(java.lang.String...&nbsp;value)</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Set.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Set</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt; <B>addOptionNames</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>...&nbsp;value)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><B>Description copied from class: <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#addOptionNames(java.lang.String...)">Option</A></CODE></B></DD>\r
 <DD>Adds an option to the optionName list\r
@@ -468,7 +468,7 @@ public java.util.Set&lt;java.lang.String&gt; <B>addOptionNames</B>(java.lang.Str
 <A NAME="getOptionName()"><!-- --></A><H3>\r
 getOptionName</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.lang.String <B>getOptionName</B>()</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>getOptionName</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -479,7 +479,7 @@ public java.lang.String <B>getOptionName</B>()</PRE>
 <A NAME="setOptionName(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 setOptionName</H3>\r
 <PRE>\r
-public void <B>setOptionName</B>(java.lang.String&nbsp;optionName)</PRE>\r
+public void <B>setOptionName</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;optionName)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -490,7 +490,7 @@ public void <B>setOptionName</B>(java.lang.String&nbsp;optionName)</PRE>
 <A NAME="setDefaultValue(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 setDefaultValue</H3>\r
 <PRE>\r
-public void <B>setDefaultValue</B>(java.lang.String&nbsp;defaultVal)\r
+public void <B>setDefaultValue</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;defaultVal)\r
                      throws <A HREF="../../compbio/metadata/WrongParameterException.html" title="class in compbio.metadata">WrongParameterException</A></PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><B>Description copied from class: <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#setDefaultValue(java.lang.String)">Option</A></CODE></B></DD>\r