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[jabaws.git] / website / full_javadoc / compbio / runner / OptionCombinator.html
diff --git a/website/full_javadoc/compbio/runner/OptionCombinator.html b/website/full_javadoc/compbio/runner/OptionCombinator.html
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--- a/website/full_javadoc/compbio/runner/OptionCombinator.html
+++ b/website/full_javadoc/compbio/runner/OptionCombinator.html
@@ -2,12 +2,12 @@
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+<!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_24) on Wed Dec 07 12:30:40 GMT 2011 -->\r
 <TITLE>\r
 OptionCombinator\r
 </TITLE>\r
 \r
-<META NAME="date" CONTENT="2010-02-17">\r
+<META NAME="date" CONTENT="2011-12-07">\r
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 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
 \r
@@ -92,13 +92,13 @@ compbio.runner</FONT>
 <BR>\r
 Class OptionCombinator</H2>\r
 <PRE>\r
-java.lang.Object\r
+<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">java.lang.Object</A>\r
   <IMG SRC="../../resources/inherit.gif" ALT="extended by "><B>compbio.runner.OptionCombinator</B>\r
 </PRE>\r
 <HR>\r
 <DL>\r
 <DT><PRE><FONT SIZE="-1">@Immutable\r
-</FONT>public final class <B>OptionCombinator</B><DT>extends java.lang.Object</DL>\r
+</FONT>public final class <B>OptionCombinator</B><DT>extends <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></DL>\r
 </PRE>\r
 \r
 <P>\r
@@ -144,16 +144,16 @@ This class solve the following problems. Given the RunnerConfig
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.util.List&lt;java.lang.String&gt;</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/runner/OptionCombinator.html#argumentsToCommandString(java.util.List)">argumentsToCommandString</A></B>(java.util.List&lt;? extends <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;?&gt;&gt;&nbsp;arguments)</CODE>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/runner/OptionCombinator.html#argumentsToCommandString(java.util.List)">argumentsToCommandString</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;? extends <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;?&gt;&gt;&nbsp;arguments)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>static&nbsp;java.util.List&lt;java.lang.String&gt;</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/runner/OptionCombinator.html#argumentsToCommandString(java.util.List, compbio.metadata.RunnerConfig)">argumentsToCommandString</A></B>(java.util.List&lt;? extends <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;?&gt;&gt;&nbsp;arguments,\r
+<CODE>static&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/runner/OptionCombinator.html#argumentsToCommandString(java.util.List, compbio.metadata.RunnerConfig)">argumentsToCommandString</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;? extends <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;?&gt;&gt;&nbsp;arguments,\r
                          <A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>&lt;? extends <A HREF="../../compbio/engine/client/Executable.html" title="interface in compbio.engine.client">Executable</A>&lt;?&gt;&gt;&nbsp;rconfig)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -161,7 +161,7 @@ This class solve the following problems. Given the RunnerConfig
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.util.Map&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>&lt;?&gt;,java.lang.String&gt;</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Map.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Map</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>&lt;?&gt;,<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/runner/OptionCombinator.html#getAllConstrainedParametersWithBorderValues(boolean)">getAllConstrainedParametersWithBorderValues</A></B>(boolean&nbsp;minValue)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -169,7 +169,7 @@ This class solve the following problems. Given the RunnerConfig
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.util.Map&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>&lt;?&gt;,java.lang.String&gt;</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Map.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Map</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>&lt;?&gt;,<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/runner/OptionCombinator.html#getAllConstrainedParametersWithRandomValues()">getAllConstrainedParametersWithRandomValues</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -177,7 +177,7 @@ This class solve the following problems. Given the RunnerConfig
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;?&gt;&gt;</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;?&gt;&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/runner/OptionCombinator.html#getAllOptions()">getAllOptions</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -185,7 +185,7 @@ This class solve the following problems. Given the RunnerConfig
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>&lt;?&gt;&gt;</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>&lt;?&gt;&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/runner/OptionCombinator.html#getAllParameters()">getAllParameters</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -193,7 +193,7 @@ This class solve the following problems. Given the RunnerConfig
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.util.List&lt;java.lang.String&gt;</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/runner/OptionCombinator.html#getOptionsAtRandom()">getOptionsAtRandom</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -201,17 +201,17 @@ This class solve the following problems. Given the RunnerConfig
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.util.List&lt;java.lang.String&gt;</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/runner/OptionCombinator.html#optionsToCommandString(java.util.List)">optionsToCommandString</A></B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;?&gt;&gt;&nbsp;options)</CODE>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/runner/OptionCombinator.html#optionsToCommandString(java.util.List)">optionsToCommandString</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;?&gt;&gt;&nbsp;options)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.util.List&lt;java.lang.String&gt;</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/runner/OptionCombinator.html#parametersToCommandString(java.util.List, java.util.Map)">parametersToCommandString</A></B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>&lt;?&gt;&gt;&nbsp;orderedList,\r
-                          java.util.Map&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>&lt;?&gt;,java.lang.String&gt;&nbsp;prmValue)</CODE>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/runner/OptionCombinator.html#parametersToCommandString(java.util.List, java.util.Map)">parametersToCommandString</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>&lt;?&gt;&gt;&nbsp;orderedList,\r
+                          <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Map.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Map</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>&lt;?&gt;,<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;&nbsp;prmValue)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
@@ -220,10 +220,10 @@ This class solve the following problems. Given the RunnerConfig
 &nbsp;<A NAME="methods_inherited_from_class_java.lang.Object"><!-- --></A>\r
 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
-<TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.Object</B></TH>\r
+<TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></B></TH>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD><CODE>equals, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait</CODE></TD>\r
+<TD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#equals(java.lang.Object)" title="class or interface in java.lang">equals</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#getClass()" title="class or interface in java.lang">getClass</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#hashCode()" title="class or interface in java.lang">hashCode</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notify()" title="class or interface in java.lang">notify</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notifyAll()" title="class or interface in java.lang">notifyAll</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#toString()" title="class or interface in java.lang">toString</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait()" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long)" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long, int)" title="class or interface in java.lang">wait</A></CODE></TD>\r
 </TR>\r
 </TABLE>\r
 &nbsp;\r
@@ -259,7 +259,7 @@ public <B>OptionCombinator</B>(<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html
 <A NAME="optionsToCommandString(java.util.List)"><!-- --></A><H3>\r
 optionsToCommandString</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.util.List&lt;java.lang.String&gt; <B>optionsToCommandString</B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;?&gt;&gt;&nbsp;options)</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt; <B>optionsToCommandString</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;?&gt;&gt;&nbsp;options)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -270,7 +270,7 @@ public java.util.List&lt;java.lang.String&gt; <B>optionsToCommandString</B>(java
 <A NAME="getOptionsAtRandom()"><!-- --></A><H3>\r
 getOptionsAtRandom</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.util.List&lt;java.lang.String&gt; <B>getOptionsAtRandom</B>()</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt; <B>getOptionsAtRandom</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -281,7 +281,7 @@ public java.util.List&lt;java.lang.String&gt; <B>getOptionsAtRandom</B>()</PRE>
 <A NAME="getAllOptions()"><!-- --></A><H3>\r
 getAllOptions</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;?&gt;&gt; <B>getAllOptions</B>()</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;?&gt;&gt; <B>getAllOptions</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -292,7 +292,7 @@ public java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="cla
 <A NAME="getAllParameters()"><!-- --></A><H3>\r
 getAllParameters</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>&lt;?&gt;&gt; <B>getAllParameters</B>()</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>&lt;?&gt;&gt; <B>getAllParameters</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -303,7 +303,7 @@ public java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="
 <A NAME="argumentsToCommandString(java.util.List)"><!-- --></A><H3>\r
 argumentsToCommandString</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.util.List&lt;java.lang.String&gt; <B>argumentsToCommandString</B>(java.util.List&lt;? extends <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;?&gt;&gt;&nbsp;arguments)</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt; <B>argumentsToCommandString</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;? extends <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;?&gt;&gt;&nbsp;arguments)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -314,8 +314,8 @@ public java.util.List&lt;java.lang.String&gt; <B>argumentsToCommandString</B>(ja
 <A NAME="argumentsToCommandString(java.util.List, compbio.metadata.RunnerConfig)"><!-- --></A><H3>\r
 argumentsToCommandString</H3>\r
 <PRE>\r
-public static java.util.List&lt;java.lang.String&gt; <B>argumentsToCommandString</B>(java.util.List&lt;? extends <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;?&gt;&gt;&nbsp;arguments,\r
-                                                                        <A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>&lt;? extends <A HREF="../../compbio/engine/client/Executable.html" title="interface in compbio.engine.client">Executable</A>&lt;?&gt;&gt;&nbsp;rconfig)</PRE>\r
+public static <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt; <B>argumentsToCommandString</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;? extends <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;?&gt;&gt;&nbsp;arguments,\r
+                                                    <A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>&lt;? extends <A HREF="../../compbio/engine/client/Executable.html" title="interface in compbio.engine.client">Executable</A>&lt;?&gt;&gt;&nbsp;rconfig)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -326,8 +326,8 @@ public static java.util.List&lt;java.lang.String&gt; <B>argumentsToCommandString
 <A NAME="parametersToCommandString(java.util.List, java.util.Map)"><!-- --></A><H3>\r
 parametersToCommandString</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.util.List&lt;java.lang.String&gt; <B>parametersToCommandString</B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>&lt;?&gt;&gt;&nbsp;orderedList,\r
-                                                                  java.util.Map&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>&lt;?&gt;,java.lang.String&gt;&nbsp;prmValue)</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt; <B>parametersToCommandString</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>&lt;?&gt;&gt;&nbsp;orderedList,\r
+                                              <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Map.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Map</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>&lt;?&gt;,<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;&nbsp;prmValue)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -338,7 +338,7 @@ public java.util.List&lt;java.lang.String&gt; <B>parametersToCommandString</B>(j
 <A NAME="getAllConstrainedParametersWithBorderValues(boolean)"><!-- --></A><H3>\r
 getAllConstrainedParametersWithBorderValues</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.util.Map&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>&lt;?&gt;,java.lang.String&gt; <B>getAllConstrainedParametersWithBorderValues</B>(boolean&nbsp;minValue)</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Map.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Map</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>&lt;?&gt;,<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt; <B>getAllConstrainedParametersWithBorderValues</B>(boolean&nbsp;minValue)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -349,7 +349,7 @@ public java.util.Map&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="c
 <A NAME="getAllConstrainedParametersWithRandomValues()"><!-- --></A><H3>\r
 getAllConstrainedParametersWithRandomValues</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.util.Map&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>&lt;?&gt;,java.lang.String&gt; <B>getAllConstrainedParametersWithRandomValues</B>()</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Map.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Map</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>&lt;?&gt;,<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt; <B>getAllConstrainedParametersWithRandomValues</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r