X-Git-Url: http://source.jalview.org/gitweb/?a=blobdiff_plain;ds=inline;f=help%2Fhtml%2Ffeatures%2Funiprotqueryfields.html;h=182b2061303ed113ac204cb3dab78a925d351b77;hb=1fbaac52bdda5b9c9a160ca647c10d380c72a753;hp=eaee3087cb0e305dde41beaf8a73918e286ccd93;hpb=1b9c3c2c4051fa3e39091ed9b5203c44482cd80e;p=jalview.git diff --git a/help/html/features/uniprotqueryfields.html b/help/html/features/uniprotqueryfields.html index eaee308..182b206 100644 --- a/help/html/features/uniprotqueryfields.html +++ b/help/html/features/uniprotqueryfields.html @@ -33,571 +33,359 @@ syntax).
-Field | -Example | -Description | -||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
accession | -
- accession:P62988
- |
- - Lists all entries with the primary or secondary - accession number P62988. - | -||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
active | -
- active:no
- |
- - Lists all obsolete entries. - | -||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
annotation | -
-
- annotation:(type:non-positional)
-
- |
-
- Lists all entries with:
-
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- ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
author | -
-
- author:ashburner
-
- |
- - Lists all entries with at least one reference co-authored by Michael Ashburner. - | -||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cdantigen | -
-
- cdantigen:CD233
-
- |
- - Lists all entries whose cluster of differentiation number is CD233. - | -||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
citation | -
-
- citation:("intracellular structural proteins")
-
- |
-
- Lists all entries with a literature citation:
-
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- ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cluster | -
-
- cluster:UniRef90_A5YMT3
-
- |
- - Lists all entries in the UniRef 90% identity cluster whose - representative sequence is UniProtKB entry A5YMT3. - | -||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
count | -
-
- annotation:(type:transmem count:5)
- |
- Lists all entries with:
-
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- ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
created | -
-
- created:[20121001 TO *]
- |
-
- Lists all entries created since October 1st 2012. +
|
+ ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
domain | + domain:VWFA |
+ Lists all entries with a Von Willebrand factor type A + domain described in the 'Family and Domains' section. | +||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ec | + ec:3.2.1.23 |
+ Lists all beta-galactosidases. | +||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+ annotation:(type:signal evidence:ECO_0000269) |
+ Lists all entries with:
+
|
+ ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+ Lists all entries belonging to the Serpin family of + proteins. | +||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+ Lists all entries with an incomplete sequence. | +||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+ Lists all entries for proteins encoded by gene HSPC233. | +||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+ go:cytoskeleton |
+ Lists all entries associated with:
+
|
+ ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
host | +
+ host:mouse |
+ Lists all entries for viruses infecting:
+
|
+ ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
id | +id:P00750 |
+ Returns the entry with the primary accession number + P00750. | +||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+ Lists all entries whose "International Nonproprietary + Name" is Anakinra. | +||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+ Lists all entries describing interactions with the + protein described by entry P00520. | +||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+ Lists all entries associated with the keyword Toxin. | +||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+ Lists all entries describing sequences of length between + 500 and 700 residues. | +||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
lineage | ++ | This field is a synonym for the field taxonomy .
+ |
+ ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mass | + mass:[500000 TO *] |
+ Lists all entries describing sequences with a mass of at + least 500,000 Da. | +||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+ method:maldi |
+ Lists all entries for proteins identified by:
+ matrix-assisted laser desorption/ionization (MALDI),
+ crystallography (X-Ray). The method field searches
+ names of physico-chemical identification methods in the
+ 'Biophysicochemical properties' subsection of the 'Function'
+ section, the 'Publications' and 'Cross-references' sections.
+ |
+ ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+ Lists all entries with entry name (ID) ATP6_HUMAN. + Searches also obsolete entry names. | +||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+ modified:[20120101 TO 20120301] |
+ Lists all entries that were last modified between January
+ and March 2012. Lists all UniProtKB/Swiss-Prot entries + modified in the last release. + |
+ ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+ Lists all entries for prion proteins. | +||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
organelle | + organelle:Mitochondrion |
+ Lists all entries for proteins encoded by a gene of the + mitochondrial chromosome. | +||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+ organism:"Ovis aries" |
+ Lists all entries for proteins expressed in sheep (first + 2 examples) and organisms whose name contains the term "sheep". + | +||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+ Lists all entries for proteins encoded by a gene of + plasmid ColE1. | +||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+ Lists all entries from the human proteome. | +||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+ organism:9606 |
+ Lists all entries from the human chromosome 1. | +||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+ Lists all entries that were created from a merge with + entry P02023. | +||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+ Lists all UniProtKB/Swiss-Prot entries. | +||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+ Lists all entries containing a reference that was used to + gather information about mutagenesis. | +||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+ Lists all entries containing a link to isoform 9 of the + sequence described in entry P05067. Allows searching by specific + sequence identifier. | +||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+ sequence_modified:[20120101 TO 20120301] |
+ Lists all entries whose sequences were last modified
+ between January and March 2012. Lists all + UniProtKB/Swiss-Prot entries whose sequences were modified in + the last release. + |
+ ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+ Lists all entries containing a GO term whose annotation + source is the IntAct database. | +||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+ Lists all entries containing a reference relevant to + strain wistar. | +||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
taxonomy | + taxonomy:40674 |
+ Lists all entries for proteins expressed in Mammals. This + field is used to retrieve entries for all organisms classified + below a given taxonomic node taxonomy classification). | +||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
tissue | + tissue:liver |
+ Lists all entries containing a reference describing the + protein sequence obtained from a clone isolated from liver. | +||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
web | + web:wikipedia |
+ Lists all entries for proteins that are described in + Wikipedia. | +