X-Git-Url: http://source.jalview.org/gitweb/?a=blobdiff_plain;f=examples%2Ftestdata%2Fexonerateoutput.gff;h=d3b5f9bf2a6cbfecd3a81013b4566e8fd9621e95;hb=08f7a2be3977da8704dd4751de7245bcc6fc41c3;hp=9ab732e92d98c40101a5dc00b51e52c7cdbee1c2;hpb=b032972727ddb48eb95e5f593603df57cd22d343;p=jalview.git

diff --git a/examples/testdata/exonerateoutput.gff b/examples/testdata/exonerateoutput.gff
index 9ab732e..d3b5f9b 100644
--- a/examples/testdata/exonerateoutput.gff
+++ b/examples/testdata/exonerateoutput.gff
@@ -1,246 +1,4 @@
-Command line: [exonerate --model protein2genome Input_Sequences63/dcsA.fas NewSequencedGenome/A_Ellipt_clc_pe_contigs.fa --bestn 1 --showtargetgff]
-Hostname: [ningal.cluster.lifesci.dundee.ac.uk]
-
-C4 Alignment:
-------------
-         Query: DDB_G0269124 
-        Target: contig_1146 [revcomp]
-         Model: protein2genome:local
-     Raw score: 3652
-   Query range: 142 -> 1059
-  Target range: 11269 -> 8533
-
-   143 : SerProSerSerGluTyrGlyThrThrSerGlyGlyGlnArgPheAspThrLeuValAsp :   162
-         ||||||!:!! !|||   !.!  !  !  !!.!  !! !!.!|||!!:||||||:!!|||
-         SerProAsnMetGluLeuAlaArgAspLeuAlaGlnProHisPheGluThrLeuIleAsp
- 11269 : TCGCCCAACATGGAGCTGGCGCGCGACCTCGCCCAGCCGCACTTTGAGACGCTGATCGAC : 11212
-
-   163 : ProAspIleSerLeuAlaGluMetGluGluLysMetArgGlnHisLysValTyrGlnGlu :   182
-         ||||||!!:!!!! !!.!|||!!:||||||||||||||||||||||||!.!:!!!  |||
-         ProAspMetThrProGlyGluIleGluGluLysMetArgGlnHisLysAlaHisLeuGlu
- 11211 : CCCGACATGACGCCCGGCGAGATCGAGGAGAAGATGCGCCAGCACAAGGCGCACCTCGAG : 11152
-
-   183 : GlnGlnGlnGlnGlnGlnGlnGlnGlnGlnGlnGlnLysGlnLysAspLysGluLeuSer :   202
-                     ..!|||:!!.....!..!:!!!  |||:!!|||..!:!!  !! !  !
-         ------------MetGlnLysSerSerSerGluLeuLysLysLysSerGlnMetGlnLeu
- 11151 : ------------ATGCAAAAGTCCTCGTCGGAACTCAAGAAGAAGTCCCAAATGCAACTC : 11104
-
-   203 : SerGlnLysLysLysProSerSerMetGlnLeuSerLysLysLysHisValAlaLysGlu :   222
-         !.!||| ! :!!:!!  !..!..!:!:     !!.!|||   :::   :!!  !:!!!!:
-         LysGlnAspGlnGlnLysGlnGlnValValAlaLysLysProArgSerIleLeuGlnAsp
- 11103 : AAGCAGGATCAGCAGAAACAACAAGTCGTCGCAAAGAAGCCCCGTTCGATCCTCCAGGAC : 11044
-
-   223 : AspSerGluThrLeuGluThrIleIleGlyGluGluLysLysGluValValPheGluVal :   242
-         |||! !||||||! !||||||:!!.!!!.!||||||:::|||||||||||||||||||||
-         AspMetGluThrSerGluThrLeuPheAlaGluGluArgLysGluValValPheGluVal
- 11043 : GACATGGAGACGTCGGAGACCCTTTTCGCCGAGGAACGCAAGGAGGTCGTCTTTGAGGTG : 10984
-
-   243 : LysProTyrPheSerHisAlaIleLeuGlnAlaThrMetAlaValPheLeuIleTrpAsn :   262
-         :::|||||||||||||||:!!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-         ArgProTyrPheSerHisSerIleLeuGlnAlaThrMetAlaValPheLeuIleTrpAsn
- 10983 : CGTCCCTACTTCTCGCACTCTATCCTCCAGGCGACGATGGCCGTCTTCCTCATCTGGAAC : 10924
-
-   263 : IlePheTyrPheAlaTyrArgAlaGlyTrpThrMetAsnArgThrAspTyrIle<->Thr :   281
-         |||||||||||||||||||||  !|||||||||||||||! !  !:!!  !:!!   ..!
-         IlePheTyrPheAlaTyrArgMetGlyTrpThrMetAsnThrGlnAsnGlyValTyrVal
- 10923 : ATCTTTTACTTTGCCTACCGTATGGGCTGGACCATGAACACCCAGAACGGCGTCTACGTG : 10864
-
-   282 : PheSerTyrSerIleLeuPheIleIleValGluPheIleSerPheLeuGlySerAlaLeu :   301
-         .!!!!!||||||:!:||||||:!!||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-         LeuCysTyrSerValLeuPheLeuIleValGluPheIleSerPheLeuGlySerAlaLeu
- 10863 : CTCTGCTACTCGGTGCTCTTCCTCATCGTCGAGTTCATCTCTTTCCTCGGCTCCGCGCTC : 10804
-
-   302 : HisLeuAsnAsnPheThrAsnProCysThrPheValLeuValValThrLeuGluGlnIle :   321
-         |||||||||||||||||||||||||||||||||:!!||||||||||||||||||||||||
-         HisLeuAsnAsnPheThrAsnProCysThrPheIleLeuValValThrLeuGluGlnIle
- 10803 : CATCTCAACAACTTTACCAATCCGTGCACCTTTATCCTGGTGGTCACGCTGGAGCAGATC : 10744
-
-   322 : LeuAlaLysArgArgLysLysHisProThrValMetMetTyrValCysThrTyrLysGlu :   341
-         ||||||:::|||||||||     !||||||||||||||||||:!!|||||||||||||||
-         LeuAlaArgArgArgLysProPheProThrValMetMetTyrIleCysThrTyrLysGlu
- 10743 : CTCGCGCGCCGTCGCAAGCCCTTCCCCACCGTCATGATGTACATCTGTACCTACAAGGAG : 10684
-
-   342 : ProProSerIleValSerArgThrPheArgThrAlaIleSerMetAspTyrProSerGlu :   361
-         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:!!||||||||||||:!!|||
-         ProProSerIleValSerArgThrPheArgThrAlaIleAlaMetAspTyrProAlaGlu
- 10683 : CCGCCCTCGATCGTCTCGCGCACGTTCCGCACCGCCATCGCCATGGACTACCCCGCCGAG : 10624
-
-   362 : AsnLeuTrpIleGlyLeuLeuAspAspSerValAsnTyrArgGluSerArgGlyTrpAla :   381
-         ||||||||||||||||||||||||||||||:!!|||!:!||||||||||||||||||:!!
-         AsnLeuTrpIleGlyLeuLeuAspAspSerIleAsnPheArgGluSerArgGlyTrpSer
- 10623 : AACCTCTGGATCGGCCTGCTCGACGACTCGATCAACTTCCGCGAGTCGCGCGGCTGGTCG : 10564
-
-   382 : HisLeuGlnSerValGluLysAsnPheLeuTyrValLeuLeuGlnLysAlaValTyrSer :   401
-         ||||||||||||||||||||||||||||||!:!  !|||||||||::::!!||||||:!!
-         HisLeuGlnSerValGluLysAsnPheLeuPheGlnLeuLeuGlnArgSerValTyrAla
- 10563 : CACCTCCAATCGGTCGAGAAGAACTTCCTCTTCCAGCTGCTCCAGCGCTCCGTGTACGCC : 10504
-
-   402 : ValHisAsnIleArgProProValThrSerGlnHisGluAspProHisGlyIleLeuAsn :   421
-         ||||||||||||  !|||||||||.!!..!|||  !|||||||||:!!|||||||||..!
-         ValHisAsnIleAlaProProValAlaGlnGlnAlaGluAspProTyrGlyIleLeuGly
- 10503 : GTGCACAACATCGCGCCGCCCGTCGCGCAGCAGGCCGAGGACCCGTACGGCATCCTCGGC : 10444
-
-   422 : GluThrSerSerLysIleGluSerSerThrLysGluValIleGluAlaGluValGlnTrp :   441
-         |||||||||..!:::||||||!.!!!!||||||||||||:!!||||||||||||||||||
-         GluThrSerGluArgIleGluLysThrThrLysGluValValGluAlaGluValGlnTrp
- 10443 : GAGACGTCCGAGCGCATCGAAAAGACCACGAAAGAGGTCGTCGAGGCCGAGGTGCAGTGG : 10384
-
-   442 : PheIleGluTyrPheLeuLeuAsnSerTrpPheGlyValGlyGlnGluIleProArgAsp :   461
-         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||:!!! !!::|||  !  !! !!!:
-         PheIleGluTyrPheLeuLeuAsnSerTrpPheGlyIleAspArgGluProGluIleGlu
- 10383 : TTCATCGAGTACTTCCTCCTGAACAGCTGGTTCGGCATCGACCGCGAGCCCGAGATCGAG : 10324
-
-   462 : AlaAspAspAlaGluArgAlaLeuIleAlaLysLeuArgAspAspAsnPheSerProTyr :   481
-          !!..!||||||||||||  !!!!|||:!!! !||||||!!:|||||||||||| !!|||
-         ProSerAspAlaGluArgAsnPheIleSerMetLeuArgGluAspAsnPheSerAlaTyr
- 10323 : CCCTCCGACGCCGAACGCAACTTTATCTCGATGCTGCGCGAGGACAACTTCTCGGCGTAC : 10264
-
-   482 : ArgThrPheThrLysSerGluSerGluLysIleSerAsnPheThrIleAspSerLeuGln :   501
-         ||||||.!!||| ! ..!||| !!|||   |||! !!..|||:!!! !|||:!!||||||
-         ArgThrIleThrAspGlnGluArgGluLeuIleTyrThrPheSerSerAspAlaLeuGln
- 10263 : CGCACCATCACCGACCAGGAGCGCGAGCTCATCTACACGTTCTCGAGCGACGCGCTCCAG : 10204
-
-   502 : SerLeuTrpHisGlySerAlaPhePheArgProLeuIleArgSerIleLeuLeuLysLys :   521
-         |||:!!|||||||||||| !!.!.!:!|||||||||:!:|||!:!  !|||!!!:!!:::
-         SerIleTrpHisGlySerProMetTyrArgProLeuValArgAsnAlaLeuPheGlnArg
- 10203 : TCGATCTGGCACGGCTCGCCCATGTACCGCCCGCTGGTGCGCAACGCCCTGTTCCAGCGC : 10144
-
-   522 : AspTyrValArgAsnPheValSerGluLeuAsnAsnGlnHisArgLeuArgPheLeuAsn :   541
-           !||||||!:!:!!|||:!!:!!|||! !|||   ..!|||||||||||||||||||||
-         ArgTyrValLysAspPheIleAlaGluHisAsnAlaSerHisArgLeuArgPheLeuAsn
- 10143 : CGCTACGTCAAGGACTTTATCGCCGAGCACAACGCGTCGCACCGTCTGCGCTTCCTCAAC : 10084
-
-   542 : ThrGluAlaLeuAlaMetAlaGlnTyrGlnValLeuMetMetGlyArgGlnGluLeuPro :   561
-         ..!!!:|||:!!  !||||||||||||:!!|||! !||||||||||||||||||:!!|||
-         ValAspAlaIleAsnMetAlaGlnTyrLysValHisMetMetGlyArgGlnGluValPro
- 10083 : GTCGACGCGATCAACATGGCGCAGTACAAGGTGCACATGATGGGCCGCCAGGAGGTGCCC : 10024
-
-   562 : TrpAspGluIleSerSerGlyAsnValArgIleAspPheAspThrCysAspGlyProIle :   581
-         !::|||!!::!:|||:!!|||||||||||||||||||||||| !!     !||| !!:!!
-         PheAspAspValSerAlaGlyAsnValArgIleAspPheAspPro---ThrGlySerVal
- 10023 : TTCGACGACGTGTCCGCGGGCAACGTGCGCATCGACTTTGACCCG---ACCGGCTCGGTC :  9967
-
-   582 : ValSerProLysCysThrTyrLeuArgArgArgLysProProIleProHisAsnLysAla :   601
-         |||!!!|||:::||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-         ValThrProArgCysThrTyrLeuArgArgArgLysProProIleProHisAsnLysAla
-  9966 : GTCACGCCGCGCTGCACCTACCTGCGCCGCCGCAAGCCGCCCATCCCGCACAACAAGGCC :  9907
-
-   602 : GlyAsnIleAsnAsnAlaLeuPheAsnGluSerThrLysAlaAspTyrGluPheLeuGly :   621
-         |||||||||||||||!.!|||||||||||||||! ! ! |||||||||||||||:!!|||
-         GlyAsnIleAsnAsnGlyLeuPheAsnGluSerIleHisAlaAspTyrGluPheMetGly
-  9906 : GGCAACATCAACAACGGCCTCTTCAACGAGTCGATCCACGCCGACTACGAGTTCATGGGC :  9847
-
-   622 : LeuLeuAspAlaAspGlnGlnProHisProAspPheLeuLysArgValLeuProTyrPhe :   641
-         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:!!|||||||||
-         LeuLeuAspAlaAspGlnGlnProHisProAspPheLeuLysArgValMetProTyrPhe
-  9846 : CTGCTCGATGCCGACCAGCAGCCGCACCCCGACTTCCTCAAGCGCGTCATGCCCTACTTC :  9787
-
-   642 : TyrSerAspGluGlyGlnAspLeuAlaPheValGlnThrProGlnPhePheSerAsnIle :   661
-         !:!||||||!!:|||!!.!!::!!||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-         PheSerAspAspGlyHisGluValAlaPheValGlnThrProGlnPhePheSerAsnIle
-  9786 : TTCAGCGACGACGGCCACGAGGTCGCCTTTGTCCAGACGCCGCAGTTCTTCTCCAACATC :  9727
-
-   662 : TyrProValAspAspProLeuGlyHisArgAsnMetGluPheTyrGlyProValMetGlu :   681
-         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-         TyrProValAspAspProLeuGlyHisArgAsnMetGluPheTyrGlyProValMetGlu
-  9726 : TACCCCGTCGACGACCCGCTCGGCCACAGAAACATGGAGTTCTACGGTCCCGTAATGGAG :  9667
-
-   682 : GlyArgSerAlaAsnAsnAlaCysProPheValGlyThrAsnAlaIlePheArgArgGln :   701
-         |||||||||.!!|||..!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:!!
-         GlyArgSerThrAsnGlyAlaCysProPheValGlyThrAsnAlaIlePheArgArgLys
-  9666 : GGTCGCTCCACCAACGGCGCCTGCCCCTTCGTCGGAACCAACGCCATCTTCCGTCGCAAG :  9607
-
-   702 : ProLeuTyrAspIleGlyGlyIleMetTyrAsnSerValThrGluAspMetTyrThrGly :   721
-         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-         ProLeuTyrAspIleGlyGlyIleMetTyrAsnSerValThrGluAspMetTyrThrGly
-  9606 : CCCCTCTACGACATTGGCGGCATCATGTACAACTCTGTCACTGAGGATATGTACACGGGA :  9547
-
-   722 : MetLysLeuGlnValSerGlyTyrLysSerTrpTyrHisAsnGluValLeuValValGly :   741
-         |||||||||||||||||||||!:!||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-         MetLysLeuGlnValSerGlyPheLysSerTrpTyrHisAsnGluValLeuValValGly
-  9546 : ATGAAGCTCCAGGTCTCGGGATTCAAGTCGTGGTACCACAACGAGGTGCTCGTCGTCGGT :  9487
-
-   742 : ThrAlaProValAspLeuLysGluThrLeuGluGlnArgLysArgTrpAlaGlnGlyAla :   761
-         |||||||||||||||:!!||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-         ThrAlaProValAspIleLysGluThrLeuGluGlnArgLysArgTrpAlaGlnGlyAla
-  9486 : ACCGCGCCCGTCGATATCAAGGAAACGCTCGAGCAGAGAAAGCGTTGGGCGCAGGGCGCC :  9427
-
-   762 : ValGluIlePheSerLeuThrProTrpGlyTyrIleArgGlyLysLeuGlyTrpArgLys :   781
-         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  !||||||||||||||||||
-         ValGluIlePheSerLeuThrProTrpGlyTyrIleArgLysLysLeuGlyTrpArgLys
-  9426 : GTCGAAATCTTCTCGCTCACGCCGTGGGGCTACATCCGCAAGAAGCTCGGCTGGAGAAAG :  9367
-
-   782 : MetLeuTyrAsnLeuAspSerCysIleTyrProPheLeuSerProThrAlaPhePheTyr :   801
-         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.!!||||||
-         MetLeuTyrAsnLeuAspSerCysIleTyrProPheLeuSerProThrAlaIlePheTyr
-  9366 : ATGCTCTACAACCTCGACTCGTGCATCTACCCGTTCCTCTCGCCGACTGCCATCTTCTAC :  9307
-
-   802 : GlyAlaSerProLeuIleMetSerIleTrpThrValProIleValValLysAspProIle :   821
-         |||  !:!!||||||||||||!!!:!:|||||||||||||||||||||!  :!!||||||
-         GlyLeuAlaProLeuIleMetCysLeuTrpThrValProIleValValThrAsnProIle
-  9306 : GGTCTGGCGCCGCTGATCATGTGTCTGTGGACCGTGCCCATCGTCGTCACCAACCCCATC :  9247
-
-   822 : IlePheIleLeuValGlyMetIleProValMetValLeuProArgValIleGlnTyrMet :   841
-         |||||||||||||||||||||||||||||||||:!!||||||||||||!!:|||||||||
-         IlePheIleLeuValGlyMetIleProValMetIleLeuProArgValMetGlnTyrMet
-  9246 : ATCTTCATCCTCGTCGGTATGATCCCCGTCATGATCCTGCCGCGTGTCATGCAGTACATG :  9187
-
-   842 : IleLeuArgAlaLysArgProTyrGluAlaGlyLysSerGlyProSerLeuTrpValGlu :   861
-         ||||||||||||! !||||||!:!||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-         IleLeuArgAlaThrArgProPheGluAlaGlyLysSerGlyProSerLeuTrpValGlu
-  9186 : ATCCTCCGCGCCACGCGTCCCTTCGAGGCCGGAAAGTCCGGCCCCTCGCTCTGGGTCGAA :  9127
-
-   862 : AlaThrAspLeuTrpArgAlaGluGlnThrPhePheGlyPheAlaGlyThrTyrIleSer :   881
-         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||!.!|||||||||||||||||||||
-         AlaThrAspLeuTrpArgAlaGluGlnThrPhePheAlaPheAlaGlyThrTyrIleSer
-  9126 : GCCACCGATCTCTGGCGTGCCGAACAGACCTTCTTTGCGTTCGCCGGAACCTACATCTCT :  9067
-
-   882 : SerTrpArgGluGlySerAlaSerIleValLysLeuLeuLysAlaArgLysIleSerArg :   901
-         :!!|||!:!!  ||||||||||||:!!|||:::|||:!!|||||||||||||||||||||
-         AlaTrpLysAlaGlySerAlaSerValValArgLeuIleLysAlaArgLysIleSerArg
-  9066 : GCGTGGAAGGCCGGCTCCGCGTCGGTCGTCCGTCTCATCAAGGCGCGCAAGATCTCGCGT :  9007
-
-   902 : HisLysLeuAlaMetTrpAsnTrpLysArgAspPheValLysLysProValValCysGlu :   921
-         ||||||||||||||||||||||||||||||!!:|||!.!||||||||||||:!!  !|||
-         HisLysLeuAlaMetTrpAsnTrpLysArgGluPheAlaLysLysProValIleValGlu
-  9006 : CACAAACTCGCCATGTGGAACTGGAAGCGTGAGTTTGCCAAGAAGCCCGTCATCGTCGAG :  8947
-
-   922 : ValPheArgGlnThrLysLeuValAsnGluAsnAspAsnAlaGlnGluSerSerGlyLys :   941
-           !!:!||||||:!!|||||||||:!!.!.  !!!:   .!!:!!|||  !!.!|||  !
-         ArgTyrArgGlnSerLysLeuValHisHisAlaGlu---ThrGluGluHisLysGlyPro
-  8946 : CGCTACCGCCAGTCGAAGCTGGTGCACCACGCCGAG---ACCGAGGAGCACAAGGGCCCG :  8890
-
-   942 : HisLysAlaGluGlnSerPheArgThrSerAsnLysGluSerAspThrIleLysAsnSer :   961
-         !.!|||||||||||||||||||||:!!|||||||||||||||||||||||||||||||||
-         ArgLysAlaGluGlnSerPheArgSerSerAsnLysGluSerAspThrIleLysAsnSer
-  8889 : CGCAAGGCCGAGCAGTCGTTCCGTTCCTCCAACAAGGAGTCCGACACCATCAAGAACTCG :  8830
-
-   962 : ArgLeuPheLeuProAsnIleIleLeuPheValValAsnIleLeuAlaMetMetSerAla :   981
-         |||||||||  !||||||:!!|||:!!|||! !!.!||||||||||||!!::!!  !.!!
-         ArgLeuPheAlaProAsnLeuIleMetPheGlyAlaAsnIleLeuAlaIleLeuLeuThr
-  8829 : CGTCTCTTTGCGCCGAATCTCATCATGTTTGGCGCCAACATCCTCGCCATCCTGCTGACC :  8770
-
-   982 : ValLeuArgPheAsnCysPheGlnAsnAspMetTrpLeuLeuValValValAlaGlyPhe :  1001
-         :!!|||  !||||||||||||!  |||||||||||||||:!!:!!|||||||||||||||
-         LeuLeuSerPheAsnCysPheLeuAsnAspMetTrpLeuMetIleValValAlaGlyPhe
-  8769 : CTGCTCTCGTTCAACTGCTTCCTCAACGACATGTGGCTGATGATTGTCGTCGCCGGTTTC :  8710
-
-  1002 : SerPheSerThrLeuTrpHisLeuTrpSerPheIleProMetAlaLeuArgGlnSerGlu :  1021
-         :!!|||||||||! !|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-         AlaPheSerThrCysTrpHisLeuTrpSerPheIleProMetAlaLeuArgGlnSerGlu
-  8709 : GCCTTCTCCACGTGCTGGCATCTCTGGTCGTTCATCCCTATGGCCCTCAGACAGTCCGAG :  8650
-
-  1022 : LysGlnTrpProTyrAlaSerSerTyrHisAlaHisAsnIleValLeuPheLeuValLeu :  1041
-         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:!!:!!||||||:!!|||
-         LysGlnTrpProTyrAlaSerSerTyrHisAlaHisAsnIleLeuIlePheLeuIleLeu
-  8649 : AAGCAGTGGCCCTACGCCTCCTCGTACCACGCGCACAACATTCTCATCTTTCTCATTCTC :  8590
-
-  1042 : GlyPheLeuValLeuLeuPheValAspValLysValCysIleProArgValGly :  1059
-         |||||||||||||||||||||..! ! |||   |||||||||||||||||||||
-         GlyPheLeuValLeuLeuPheThrLysValAlaValCysIleProArgValGly
-  8589 : GGTTTCCTGGTGCTCCTGTTCACCAAGGTCGCTGTCTGTATTCCTCGTGTCGGA :  8534
-
-vulgar: DDB_G0269124 142 1059 . contig_1146 11269 8533 - 3652 M 40 120 G 4 0 M 94 282 G 0 3 M 296 888 G 1 0 M 356 1068 G 1 0 M 125 375
+# (exonerate delimits GFF with [START|END] OF GFF DUMP)
 # --- START OF GFF DUMP ---
 #
 #
@@ -255,7 +13,8 @@ vulgar: DDB_G0269124 142 1059 . contig_1146 11269 8533 - 3652 M 40 120 G 4 0 M 9
 contig_1146	exonerate:protein2genome:local	gene	8534	11269	3652	-	.	gene_id 0 ; sequence DDB_G0269124 ; gene_orientation .
 contig_1146	exonerate:protein2genome:local	cds	8534	11269	.	-	.	
 contig_1146	exonerate:protein2genome:local	exon	8534	11269	.	-	.	insertions 3 ; deletions 6
+#TODO need to understand why GFF features is from 11269 but Align is from 11270
 contig_1146	exonerate:protein2genome:local	similarity	8534	11269	3652	-	.	alignment_id 0 ; Query DDB_G0269124 ; Align 11270 143 120 ; Align 11150 187 282 ; Align 10865 281 888 ; Align 9977 578 1068 ; Align 8909 935 375
+# and a made-up alignment to a sequence in exonerateseqs.fa
+contig_1146	exonerate:protein2genome:local	similarity	8534	11269	3652	-	.	alignment_id 0 ; Query DDB_G0280897 ; Align 11270 143 120 
 # --- END OF GFF DUMP ---
-#
--- completed exonerate analysis