X-Git-Url: http://source.jalview.org/gitweb/?a=blobdiff_plain;f=forester%2Fdata%2Ftol_144.xml;h=1d9c1ce4e1bef21a7d4c6c564e6561d94f8851b5;hb=d01c8980bbdf27f7c21119ae86b3209a9dcee1b4;hp=7d1141d7e6d2b6e13ba61f7870aeb21f830d6562;hpb=9b96b81b72f2149a88da9ac48301bcd428081d62;p=jalview.git
diff --git a/forester/data/tol_144.xml b/forester/data/tol_144.xml
index 7d1141d..1d9c1ce 100644
--- a/forester/data/tol_144.xml
+++ b/forester/data/tol_144.xml
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9615
CANFA
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9685
FELCA
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Metatheria
Marsupials
-
-
- 0
- 0
- 0
-
-
First combined cladistic analysis of marsupial mammal interrelationships
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+ MONDO
13616
MONDO
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+ ORNAN
9258
ORNAN
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family
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9031
CHICK
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59729
TAEGU
@@ -874,6 +873,7 @@
+ ANOCA
795869
ANOCA
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- 8364
- XENTR
- Xenopus tropicalis
- Western clawed frog
- Silurana tropicalis
- species
- http://genoweb.univ-rennes1.fr/OGP/xenopus%20tropicalis.jpg
+ 8353
+ Xenopus
+ genus
+
+ XENTR
+
+ 8364
+ XENTR
+ Xenopus tropicalis
+ Western clawed frog
+ Silurana tropicalis
+ species
+ http://genoweb.univ-rennes1.fr/OGP/xenopus%20tropicalis.jpg
+
+
+
+
+ 8355
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+ Daudin, 1802
+ African clawed frog
+ Bufo laevis
+ species
+ http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/e/e3/Xenopus_laevis.jpg
+
+
@@ -919,6 +939,7 @@
Smegmamorpha
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69293
GASAC
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8090
ORYLA
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family
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31033
FUGRU
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TETNG
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DANRE
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genus
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7719
CIOIN
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51511
CIOSA
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34765
OIKDI
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+ BRAFL
7739
BRAFL
@@ -1080,6 +1109,7 @@
Hemichordata & Echinodermata
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10224
SACKO
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7668
STRPU
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family
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AEDAE
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ANOGA
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CULPI
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subgenus
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DROME
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46245
DROPS
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7091
BOMMO
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wasps, ants and bees
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7460
APIME
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NASVI
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TRICA
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order
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7029
ACYPI
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+ RHOPR
13249
RHOPR
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6669
DAPPU
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+ IXOSC
6945
IXOSC
@@ -1414,6 +1458,7 @@
genus
+ CAEBR
6238
CAEBR
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+ CAEEL
6239
CAEEL
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+ PRIPA
54126
PRIPA
@@ -1440,6 +1487,7 @@
+ BRUMA
6279
BRUMA
@@ -1465,7 +1513,10 @@
283909
Capitella teleta
+ Blake, Grassle & Eckelbarger, 2009
+ Capitella sp. I
species
+ http://genome.jgi-psf.org/Capca1/capitella.jpg
@@ -1475,17 +1526,57 @@
Helobdella robusta
Californian leech
species
+ http://genome.jgi-psf.org/Helro1/Helro_leech.jpg
- 225164
- LOTGI
- Lottia gigantea
- Owl limpet
- species
+ 6447
+ Mollusca
+ phylum
+
+
+ 6448
+ Gastropoda
+ class
+
+
+
+ 225164
+ LOTGI
+ Lottia gigantea
+ Owl limpet
+ species
+ http://nathistoc.bio.uci.edu/Molluscs/OwlLimpet1.jpg
+
+
+
+
+ 6500
+ APLCA
+ Aplysia californica
+ California sea hare
+ species
+ http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/e/ef/Aplysia_californica.jpg
+
+
+
+
+
+ 29159
+ CRAGI
+ Crassostrea gigas
+ Thunberg, 1793
+ Pacific oyster
+ Crassotrea gigas
+ Crassostrea angulata
+ Ostrea gigas
+ species
+ http://www.marlin.ac.uk/imgs/o_cragig.jpg
+
+
@@ -1495,6 +1586,7 @@
phylum
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6183
SCHMA
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79327
SCHMD
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9119928
HYDMA
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10228
TRIAD
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400682
AMPQU
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family
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81824
MONBE
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5518
GIBZE
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29875
TRIVE
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1029505
CHAGB
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5141
NEUCR
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54734
MYCGR
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+ MYCPJ
64363
MYCPJ
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genus
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5016
COCHE
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+ PYRTR
426418
PYRTR
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13684
PHANO
@@ -2077,6 +2184,7 @@
Neosartorya_Emericella
+ EMENI
195546
EMENI
@@ -2087,6 +2195,7 @@
+ NEOFI
331117
NEOFI
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genus
+ ASPFL
5059
ASPFL
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5061
ASPNG
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order
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5501
COCIM
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336963
UNCRE
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Saccharomyces
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27288
SACCA
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4932
YEAST
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4905
PICAN
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Kluyveromyces
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KLULA
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4914
KLUWA
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33169
ASHGO
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genus
+ CANAL
5476
CANAL
@@ -2259,6 +2379,7 @@
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5482
CANTR
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4959
DEBHA
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4952
YARLI
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genus
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4897
SCHJP
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4896
SCHPO
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4754
PNECA
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5346
COPCI
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5322
PLEOS
@@ -2514,6 +2642,7 @@
+ GLOTR
104355
GLOTR
@@ -2581,6 +2710,7 @@
core polyporoid clade
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5325
TRAVE
@@ -2608,6 +2738,7 @@
+ CERSU
42742
CERSU
@@ -2631,6 +2762,7 @@
+ HETAN
13563
HETAN
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family
+ CRYNE
5207
CRYNE
@@ -2656,6 +2789,7 @@
+ TREME
1029985
TREME
@@ -2684,6 +2818,7 @@
+ USTMA
5270
USTMA
@@ -2708,6 +2843,7 @@
order
+ MELLP
156696
MELLP
@@ -2719,6 +2855,7 @@
+ PUCGR
1029947
PUCGR
@@ -2736,6 +2873,7 @@
mitosporic Sporidiobolales
+ RHOGR
29898
RHOGR
@@ -2757,6 +2895,7 @@
+ WALSE
148960
WALSE
@@ -2779,6 +2918,7 @@
family
+ MUCCI
36080
MUCCI
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4837
PHYBL
@@ -2796,6 +2937,7 @@
+ RHIOR
64495
RHIOR
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+ ENCCU
6035
ENCCU
@@ -2945,6 +3088,7 @@
genus
+ DICDI
44689
DICDI
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5786
DICPU
@@ -2964,6 +3109,7 @@
+ ENTHI
5759
ENTHI
@@ -3039,6 +3185,7 @@
family
+ FRAVE
57918
FRAVE
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3760
PRUPE
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3659
CUCSA
@@ -3082,6 +3231,7 @@
subfamily
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3847
SOYBN
@@ -3093,6 +3243,7 @@
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3880
MEDTR
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family
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3983
MANES
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3988
RICCO
@@ -3141,6 +3294,7 @@
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3694
POPTR
@@ -3178,6 +3332,7 @@
genus
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59689
ARALY
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3702
ARATH
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3649
CARPA
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2711
CITSI
@@ -3250,6 +3408,7 @@
+ EUCGR
71139
EUCGR
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582304
VITVI
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4155
MIMGU
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218851
AQUCA
@@ -3389,6 +3551,7 @@
tribe
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4558
SORBI
@@ -3399,6 +3562,7 @@
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4577
MAIZE
@@ -3425,6 +3589,7 @@
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4555
SETIT
@@ -3449,6 +3614,7 @@
genus
+ ORYSA
4530
ORYSA
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39947
ORYSJ
@@ -3467,6 +3634,7 @@
+ BRADI
15368
BRADI
@@ -3481,6 +3649,7 @@
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34167
SELMO
@@ -3491,6 +3660,7 @@
+ PHYPA
145481
PHYPA
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genus
+ OSTLU
436017
OSTLU
@@ -3534,6 +3705,7 @@
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70448
OSTTA
@@ -3549,6 +3721,7 @@
genus
+ MICPC
564608
MICPC
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296587
MICSR
@@ -3611,6 +3785,7 @@
order
+ CHLRE
3055
CHLRE
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3067
VOLCA
@@ -3633,6 +3809,7 @@
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45157
CYAME
@@ -3674,6 +3851,7 @@
genus
+ PLACH
5825
PLACH
@@ -3682,6 +3860,7 @@
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5833
PLAFA
@@ -3690,6 +3869,7 @@
+ PLAYO
73239
PLAYO
@@ -3706,6 +3886,7 @@
genus
+ THEAN
5874
THEAN
@@ -3714,6 +3895,7 @@
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5875
THEPA
@@ -3736,6 +3918,7 @@
genus
+ CRYHO
237895
CRYHO
@@ -3744,6 +3927,7 @@
+ CRYPV
5807
CRYPV
@@ -3754,13 +3938,6 @@
Eimeria & Toxoplasma
-
-
- 0
- 0
- 0
-
-
The Apicomplexan Whole-Genome Phylogeny: An Analysis of Incongruence among Gene Trees
@@ -3777,6 +3954,7 @@
+ TOXGO
5811
TOXGO
@@ -3794,6 +3972,7 @@
class
+ PARTE
5888
PARTE
@@ -3802,6 +3981,7 @@
+ TETTH
5911
TETTH
@@ -3833,6 +4013,7 @@
Bacillariophycidae
+ FRACY
911694
FRACY
@@ -3843,6 +4024,7 @@
+ PHATR
912693
PHATR
@@ -3853,6 +4035,7 @@
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916868
THAPS
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912461
AURAN
@@ -3881,6 +4065,7 @@
genus
+ PHYIN
4787
PHYIN
@@ -3890,6 +4075,7 @@
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164328
PHYRM
@@ -3910,6 +4096,7 @@
+ EMIHU
2903
EMIHU
@@ -3932,6 +4119,7 @@
family
+ LEIMA
5664
LEIMA
@@ -3940,6 +4128,7 @@
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5702
TRYBB
@@ -3949,6 +4138,7 @@
+ NAEGR
5762
NAEGR
@@ -3961,6 +4151,7 @@
Metamonada
+ GIALA
5741
GIALA
@@ -3971,6 +4162,7 @@
+ TRIVA
5722
TRIVA
@@ -4030,6 +4222,7 @@
a_2
+ METAC
2214
METAC
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269797
METBF
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METMA
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METBU
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a_9
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456442
METB6
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2203
METHU
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368407
METMJ
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410358
METLZ
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349307
METTP
@@ -4126,6 +4327,7 @@
a_19
+ HALMA
2238
HALMA
@@ -4135,6 +4337,7 @@
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2257
NATPH
@@ -4152,6 +4355,7 @@
genus
+ HALS3
478009
HALS3
@@ -4159,6 +4363,7 @@
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2243
HALSP
@@ -4169,6 +4374,7 @@
+ HALWD
362976
HALWD
@@ -4178,6 +4384,7 @@
+ ARCFU
2234
ARCFU
@@ -4200,6 +4407,7 @@
a_31
+ METJA
2190
METJA
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+ META3
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META3
@@ -4224,6 +4433,7 @@
genus
+ METMP
39152
METMP
@@ -4233,6 +4443,7 @@
+ METVS
406327
METVS
@@ -4251,6 +4462,7 @@
a_38
+ METS3
420247
METS3
@@ -4258,6 +4470,7 @@
+ METST
339860
METST
@@ -4266,6 +4479,7 @@
+ METTH
187420
METTH
@@ -4275,6 +4489,7 @@
+ METKA
2320
METKA
@@ -4294,6 +4509,7 @@
a_47
+ PYRFU
2261
PYRFU
@@ -4318,6 +4534,7 @@
genus
+ PYRAB
29292
PYRAB
@@ -4326,6 +4543,7 @@
+ PYRHO
53953
PYRHO
@@ -4339,6 +4557,7 @@
a_55
+ NANEQ
228908
NANEQ
@@ -4368,6 +4587,7 @@
genus
+ THEAC
273075
THEAC
@@ -4375,6 +4595,7 @@
+ THEVO
273116
THEVO
@@ -4383,6 +4604,7 @@
+ PICTO
263820
PICTO
@@ -4422,6 +4644,7 @@
a_65
+ PYRAR
340102
PYRAR
@@ -4429,6 +4652,7 @@
+ PYRCJ
410359
PYRCJ
@@ -4437,6 +4661,7 @@
+ PYRAE
13773
PYRAE
@@ -4448,6 +4673,7 @@
a_70
+ PYRIL
384616
PYRIL
@@ -4455,6 +4681,7 @@
+ THENV
444157
THENV
@@ -4488,6 +4715,7 @@
a_76
+ SULAC
2285
SULAC
@@ -4496,6 +4724,7 @@
+ SULTO
273063
SULTO
@@ -4504,6 +4733,7 @@
+ SULSO
2287
SULSO
@@ -4513,6 +4743,7 @@
+ METS5
399549
METS5
@@ -4522,6 +4753,7 @@
+ AERPE
56636
AERPE
@@ -4537,6 +4769,7 @@
a_86
+ STAMF
399550
STAMF
@@ -4544,6 +4777,7 @@
+ THEPD
368408
THEPD
@@ -4552,6 +4786,7 @@
+ HYPBU
415426
HYPBU
@@ -4560,6 +4795,7 @@
+ IGNH4
453591
IGNH4
@@ -4640,6 +4876,7 @@
genus
+ ECOLI
83333
ECOLI
@@ -4647,6 +4884,7 @@
+ ECO57
83334
ECO57
@@ -4655,6 +4893,7 @@
+ SHIFL
623
SHIFL
@@ -4664,6 +4903,7 @@
+ SALTY
90371
SALTY
@@ -4672,6 +4912,7 @@
+ YERPE
632
YERPE
@@ -4681,6 +4922,7 @@
+ PHOLU
29488
PHOLU
@@ -4700,6 +4942,7 @@
family
+ PHOPR
74109
PHOPR
@@ -4709,6 +4952,7 @@
+ VIBCH
666
VIBCH
@@ -4718,6 +4962,7 @@
+ SHEDO
318161
SHEDO
@@ -4738,6 +4983,7 @@
b_19
+ PSEF5
220664
PSEF5
@@ -4745,6 +4991,7 @@
+ PSEPF
205922
PSEPF
@@ -4753,6 +5000,7 @@
+ PSEAE
287
PSEAE
@@ -4762,6 +5010,7 @@
+ CHRSD
290398
CHRSD
@@ -4778,6 +5027,7 @@
class
+ DECAR
159087
DECAR
@@ -4785,6 +5035,7 @@
+ RALME
266264
RALME
@@ -4812,6 +5063,7 @@
family
+ NITEU
915
NITEU
@@ -4820,6 +5072,7 @@
+ NITMU
323848
NITMU
@@ -4828,6 +5081,7 @@
+ THIDE
36861
THIDE
@@ -4852,6 +5106,7 @@
family
+ ALHEH
187272
ALHEH
@@ -4859,6 +5114,7 @@
+ HALHL
349124
HALHL
@@ -4868,6 +5124,7 @@
+ NITOC
323261
NITOC
@@ -4877,6 +5134,7 @@
+ THICR
317025
THICR
@@ -4895,6 +5153,7 @@
b_47
+ IDILO
135577
IDILO
@@ -4903,6 +5162,7 @@
+ LEGPN
446
LEGPN
@@ -4919,6 +5179,7 @@
family
+ XANAC
92829
XANAC
@@ -4927,6 +5188,7 @@
+ XYLFT
183190
XYLFT
@@ -4961,6 +5223,7 @@
Rhizobium/Agrobacterium group
+ AGRT5
176299
AGRT5
@@ -4968,6 +5231,7 @@
+ RHIEC
347834
RHIEC
@@ -4983,6 +5247,7 @@
family
+ BRAJA
375
BRAJA
@@ -4991,6 +5256,7 @@
+ RHOPT
395960
RHOPT
@@ -5007,6 +5273,7 @@
family
+ RHOS1
349101
RHOS1
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+ ROSDO
375451
ROSDO
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+ CAUCR
155892
CAUCR
@@ -5042,6 +5311,7 @@
order
+ ACICY
524
ACICY
@@ -5050,6 +5320,7 @@
+ RHORU
1085
RHORU
@@ -5077,6 +5348,7 @@
family
+ HAEIN
727
HAEIN
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+ PASMU
747
PASMU
@@ -5094,6 +5367,7 @@
+ NEIME
487
NEIME
@@ -5103,6 +5377,7 @@
+ ACIFE
905
ACIFE
@@ -5126,6 +5401,7 @@
b_83
+ DESPS
84980
DESPS
@@ -5134,6 +5410,7 @@
+ DESDE
876
DESDE
@@ -5143,6 +5420,7 @@
+ SYNAS
56780
SYNAS
@@ -5158,6 +5436,7 @@
genus
+ GEOME
28232
GEOME
@@ -5166,6 +5445,7 @@
+ GEOSL
35554
GEOSL
@@ -5187,6 +5467,7 @@
family
+ ANADE
290397
ANADE
@@ -5194,6 +5475,7 @@
+ MYXXA
34
MYXXA
@@ -5210,6 +5492,7 @@
phylum
+ ACIBL
204669
ACIBL
@@ -5217,6 +5500,7 @@
+ SOLUS
332163
SOLUS
@@ -5227,6 +5511,7 @@
+ RHOBA
265606
RHOBA
@@ -5270,6 +5555,7 @@
family
+ CHLAU
1108
CHLAU
@@ -5287,6 +5573,7 @@
+ HERAU
65
HERAU
@@ -5320,6 +5607,7 @@
b_115
+ KINRD
266940
KINRD
@@ -5327,6 +5615,7 @@
+ KOCRD
378753
KOCRD
@@ -5334,6 +5623,7 @@
+ STRCO
1902
STRCO
@@ -5342,6 +5632,7 @@
+ THEFY
269800
THEFY
@@ -5371,6 +5662,7 @@
genus
+ MYCLE
1769
MYCLE
@@ -5379,6 +5671,7 @@
+ MYCTU
1773
MYCTU
@@ -5388,6 +5681,7 @@
+ CORJK
306537
CORJK
@@ -5405,6 +5699,7 @@
+ RUBXD
266117
RUBXD
@@ -5428,6 +5723,7 @@
genus
+ DEIGD
319795
DEIGD
@@ -5435,6 +5731,7 @@
+ DEIRA
1299
DEIRA
@@ -5444,6 +5741,7 @@
+ THETH
274
THETH
@@ -5480,6 +5778,7 @@
b_136
+ ANAVA
1172
ANAVA
@@ -5488,6 +5787,7 @@
+ NOSS7
28072
NOSS7
@@ -5497,6 +5797,7 @@
+ NOSP7
63737
NOSP7
@@ -5505,6 +5806,7 @@
+ ACAMR
155978
ACAMR
@@ -5514,6 +5816,7 @@
+ MICAN
449447
MICAN
@@ -5522,6 +5825,7 @@
+ TRIER
1206
TRIER
@@ -5538,6 +5842,7 @@
order
+ SYNEL
32046
SYNEL
@@ -5546,6 +5851,7 @@
+ SYNY3
1148
SYNY3
@@ -5556,6 +5862,7 @@
+ GLOVI
33072
GLOVI
@@ -5576,6 +5883,7 @@
b_157
+ PROMA
1219
PROMA
@@ -5584,6 +5892,7 @@
+ PROMP
59919
PROMP
@@ -5592,6 +5901,7 @@
+ PROMM
74547
PROMM
@@ -5600,6 +5910,7 @@
+ SYNS3
64471
SYNS3
@@ -5628,6 +5939,7 @@
b_166
+ CHLPB
331678
CHLPB
@@ -5635,6 +5947,7 @@
+ PROAE
1102
PROAE
@@ -5650,6 +5963,7 @@
Chlorobium/Pelodictyon group
+ PELLU
1100
PELLU
@@ -5658,6 +5972,7 @@
+ PROVI
290318
PROVI
@@ -5678,6 +5993,7 @@
genus
+ CHLP8
517417
CHLP8
@@ -5686,6 +6002,7 @@
+ CHLTE
1097
CHLTE
@@ -5695,6 +6012,7 @@
+ CHLCH
340177
CHLCH
@@ -5704,6 +6022,7 @@
+ CHLTA
315277
CHLTA
@@ -5728,6 +6047,7 @@
family
+ FLAJO
986
FLAJO
@@ -5737,6 +6057,7 @@
+ GRAFK
411154
GRAFK
@@ -5745,6 +6066,7 @@
+ CYTH3
269798
CYTH3
@@ -5767,6 +6089,7 @@
genus
+ BACFR
817
BACFR
@@ -5775,6 +6098,7 @@
+ BACTN
818
BACTN
@@ -5784,6 +6108,7 @@
+ PORGI
837
PORGI
@@ -5796,6 +6121,7 @@
+ SALRD
309807
SALRD
@@ -5813,6 +6139,7 @@
Verrucomicrobia
+ AKKM8
349741
AKKM8
@@ -5820,6 +6147,7 @@
+ METI4
481448
METI4
@@ -5829,6 +6157,7 @@
+ LEPIC
44275
LEPIC
@@ -5872,6 +6201,7 @@
Bacillus cereus group
+ BACAN
1392
BACAN
@@ -5900,6 +6230,7 @@
b_206
+ BACHD
86665
BACHD
@@ -5908,6 +6239,7 @@
+ GEOKA
1462
GEOKA
@@ -5920,6 +6252,7 @@
b_210
+ LISMO
1639
LISMO
@@ -5928,6 +6261,7 @@
+ STAAU
1280
STAAU
@@ -5938,6 +6272,7 @@
+ CLOP1
195103
CLOP1
@@ -5962,6 +6297,7 @@
family
+ CARHZ
246194
CARHZ
@@ -5969,6 +6305,7 @@
+ THETN
119072
THETN
@@ -5978,6 +6315,7 @@
+ DESHA
49338
DESHA
@@ -5988,6 +6326,7 @@
+ EUBR3
515619
EUBR3
@@ -6006,6 +6345,7 @@
b_222
+ FERNB
381764
FERNB
@@ -6013,6 +6353,7 @@
+ THELT
416591
THELT
@@ -6021,6 +6362,7 @@
+ THEMA
2336
THEMA
@@ -6058,6 +6400,7 @@
Mycoplasma
+ MYCGE
2097
MYCGE
@@ -6066,6 +6409,7 @@
+ MYCPN
2104
MYCPN
@@ -6075,6 +6419,7 @@
+ MESFL
2151
MESFL
@@ -6085,6 +6430,7 @@
+ UREPA
134821
UREPA
@@ -6102,6 +6448,7 @@
family
+ BORBU
139
BORBU
@@ -6111,6 +6458,7 @@
+ TREPA
160
TREPA
@@ -6131,6 +6479,7 @@
b_240
+ CHLPN
83558
CHLPN
@@ -6140,6 +6489,7 @@
+ CHLFF
264202
CHLFF
@@ -6148,6 +6498,7 @@
+ CHLMU
83560
CHLMU
@@ -6157,6 +6508,7 @@
+ RICTY
785
RICTY
@@ -6214,6 +6566,7 @@
+ FRATU
263
FRATU
@@ -6248,6 +6601,7 @@
genus
+ STRPN
1313
STRPN
@@ -6256,6 +6610,7 @@
+ STRPY
1314
STRPY
@@ -6265,6 +6620,7 @@
+ LACLA
1360
LACLA
@@ -6275,6 +6631,7 @@
+ LACAC
1579
LACAC
@@ -6284,6 +6641,7 @@
+ BIFLO
216816
BIFLO
@@ -6293,6 +6651,7 @@
+ FUSNU
851
FUSNU
@@ -6310,6 +6669,7 @@
genus
+ DEHE1
243164
DEHE1
@@ -6317,6 +6677,7 @@
+ DEHSB
216389
DEHSB
@@ -6337,6 +6698,7 @@
b_273
+ NITSB
387092
NITSB
@@ -6345,6 +6707,7 @@
+ SULNB
387093
SULNB
@@ -6361,6 +6724,7 @@
order
+ CAMJE
197
CAMJE
@@ -6369,6 +6733,7 @@
+ HELPH
357544
HELPH
@@ -6379,6 +6744,7 @@
+ AQUAE
63363
AQUAE