X-Git-Url: http://source.jalview.org/gitweb/?a=blobdiff_plain;f=forester%2Fjava%2Fsrc%2Forg%2Fforester%2Ftest%2FTest.java;h=8b440a3d6ded48593aae7b4d5cfc5804ad7fb8b6;hb=038c34792757a86f24296de5683e722fab3f9307;hp=d27c23cbd21f9dd9cdd7e2f920271d3d2fbd173d;hpb=48f7a89be9d34f1930a1f863e608235cc27184c5;p=jalview.git diff --git a/forester/java/src/org/forester/test/Test.java b/forester/java/src/org/forester/test/Test.java index d27c23c..8b440a3 100644 --- a/forester/java/src/org/forester/test/Test.java +++ b/forester/java/src/org/forester/test/Test.java @@ -5,7 +5,7 @@ // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research // All rights reserved -// +// // This library is free software; you can redistribute it and/or // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public // License as published by the Free Software Foundation; either @@ -15,7 +15,7 @@ // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU // Lesser General Public License for more details. -// +// // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public // License along with this library; if not, write to the Free Software // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA @@ -73,9 +73,9 @@ import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData; import org.forester.phylogeny.data.Polygon; import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap; import org.forester.phylogeny.data.Property; +import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo; import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain; import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy; -import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo; import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory; import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory; import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator; @@ -99,6 +99,8 @@ import org.forester.util.DescriptiveStatistics; import org.forester.util.ForesterConstants; import org.forester.util.ForesterUtil; import org.forester.util.GeneralTable; +import org.forester.ws.uniprot.DatabaseTools; +import org.forester.ws.uniprot.SequenceDatabaseEntry; import org.forester.ws.uniprot.UniProtTaxonomy; import org.forester.ws.uniprot.UniProtWsTools; import org.forester.ws.wabi.TxSearch; @@ -645,14 +647,32 @@ public final class Test { System.out.println( "failed." ); failed++; } + System.out.print( "EMBL Entry Retrieval: " ); + if ( Test.testEmblEntryRetrieval() ) { + System.out.println( "OK." ); + succeeded++; + } + else { + System.out.println( "failed." ); + failed++; + } + System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " ); + if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) { + System.out.println( "OK." ); + succeeded++; + } + else { + System.out.println( "failed." ); + failed++; + } System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " ); if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) { System.out.println( "OK." ); succeeded++; } else { - System.out - .println( "failed [will not count towards failed tests since it might be due to absence internet connection]" ); + System.out.println( "failed." ); + failed++; } if ( Mafft.isInstalled() ) { System.out.print( "MAFFT (external program): " ); @@ -664,6 +684,15 @@ public final class Test { System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" ); } } + System.out.print( "Next nodes with collapsed: " ); + if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) { + System.out.println( "OK." ); + succeeded++; + } + else { + System.out.println( "failed." ); + failed++; + } // System.out.print( "WABI TxSearch: " ); // if ( Test.testWabiTxSearch() ) { // System.out.println( "OK." ); @@ -764,9 +793,12 @@ public final class Test { return false; } final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode(); - final PhylogenyNode n2 = new PhylogenyNode( "", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); - final PhylogenyNode n3 = new PhylogenyNode( "n3", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); - final PhylogenyNode n4 = new PhylogenyNode( "n4:0.01", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); + final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode + .createInstanceFromNhxString( "", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); + final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode + .createInstanceFromNhxString( "n3", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); + final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode + .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); if ( n1.isHasAssignedEvent() ) { return false; } @@ -2028,7 +2060,8 @@ public final class Test { private static boolean testCopyOfNodeData() { try { - final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" ); + final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode + .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" ); final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData(); if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) { return false; @@ -4176,7 +4209,7 @@ public final class Test { return false; } final NHXParser nhxp = new NHXParser(); - nhxp.setTaxonomyExtraction( ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.NO ); + nhxp.setTaxonomyExtraction( PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.NO ); nhxp.setReplaceUnderscores( true ); final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ]; if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) { @@ -4413,11 +4446,13 @@ public final class Test { private static boolean testNHXconversion() { try { final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode(); - final PhylogenyNode n2 = new PhylogenyNode( "" ); - final PhylogenyNode n3 = new PhylogenyNode( "n3" ); - final PhylogenyNode n4 = new PhylogenyNode( "n4:0.01" ); - final PhylogenyNode n5 = new PhylogenyNode( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" ); - final PhylogenyNode n6 = new PhylogenyNode( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1:W=2:C=0.0.0:XN=B=bool_tag=T]" ); + final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" ); + final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" ); + final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" ); + final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode + .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" ); + final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode + .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1:W=2:C=0.0.0:XN=B=bool_tag=T]" ); if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) { return false; } @@ -4449,10 +4484,11 @@ public final class Test { private static boolean testNHXNodeParsing() { try { final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode(); - final PhylogenyNode n2 = new PhylogenyNode( "" ); - final PhylogenyNode n3 = new PhylogenyNode( "n3" ); - final PhylogenyNode n4 = new PhylogenyNode( "n4:0.01" ); - final PhylogenyNode n5 = new PhylogenyNode( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" ); + final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" ); + final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" ); + final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" ); + final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode + .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" ); if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) { return false; } @@ -4498,87 +4534,95 @@ public final class Test { if ( n5.getNodeData().getProperties().getPropertyRefs().length != 2 ) { return false; } - final PhylogenyNode n8 = new PhylogenyNode( "n8_ECOLI/12:0.01", - ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); + final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode + .createInstanceFromNhxString( "n8_ECOLI/12:0.01", + PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); if ( !n8.getName().equals( "n8_ECOLI/12" ) ) { return false; } if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) { return false; } - final PhylogenyNode n9 = new PhylogenyNode( "n9_ECOLI/12=12:0.01", - ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); + final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode + .createInstanceFromNhxString( "n9_ECOLI/12=12:0.01", + PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); if ( !n9.getName().equals( "n9_ECOLI/12=12" ) ) { return false; } if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) { return false; } - final PhylogenyNode n10 = new PhylogenyNode( "n10.ECOLI", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); + final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode + .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) { return false; } - final PhylogenyNode n20 = new PhylogenyNode( "n20_ECOLI/1-2", - ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); + final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode + .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOLI/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); if ( !n20.getName().equals( "n20_ECOLI/1-2" ) ) { return false; } if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) { return false; } - final PhylogenyNode n20x = new PhylogenyNode( "n20_ECOL1/1-2", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.YES ); + final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode + .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOL1/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES ); if ( !n20x.getName().equals( "n20_ECOL1/1-2" ) ) { return false; } if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) { return false; } - final PhylogenyNode n20xx = new PhylogenyNode( "n20_eCOL1/1-2", - ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); + final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode + .createInstanceFromNhxString( "n20_eCOL1/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); if ( !n20xx.getName().equals( "n20_eCOL1/1-2" ) ) { return false; } if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) { return false; } - final PhylogenyNode n20xxx = new PhylogenyNode( "n20_ecoli/1-2", - ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); + final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode + .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) { return false; } if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) { return false; } - final PhylogenyNode n20xxxx = new PhylogenyNode( "n20_Ecoli/1-2", - ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); + final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode + .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) { return false; } if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) { return false; } - final PhylogenyNode n21 = new PhylogenyNode( "n21_PIG", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.YES ); + final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode + .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES ); if ( !n21.getName().equals( "n21_PIG" ) ) { return false; } if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) { return false; } - final PhylogenyNode n21x = new PhylogenyNode( "n21_PIG", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); + final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode + .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) { return false; } if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) { return false; } - final PhylogenyNode n22 = new PhylogenyNode( "n22/PIG", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); + final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode + .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) { return false; } if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) { return false; } - final PhylogenyNode n23 = new PhylogenyNode( "n23/PIG_1", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); + final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode + .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) { return false; } @@ -4586,39 +4630,44 @@ public final class Test { return false; } if ( NHXParser.LIMIT_SPECIES_NAMES_TO_FIVE_CHARS ) { - final PhylogenyNode a = new PhylogenyNode( "n10_ECOLI/1-2", - ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); + final PhylogenyNode a = PhylogenyNode + .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI/1-2", + PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); if ( !a.getName().equals( "n10_ECOLI/1-2" ) ) { return false; } if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) { return false; } - final PhylogenyNode b = new PhylogenyNode( "n10_ECOLI1/1-2", - ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); + final PhylogenyNode b = PhylogenyNode + .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI1/1-2", + PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); if ( !b.getName().equals( "n10_ECOLI1/1-2" ) ) { return false; } if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( b ).equals( "ECOLI" ) ) { return false; } - final PhylogenyNode c = new PhylogenyNode( "n10_RATAF12/1000-2000", - ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); + final PhylogenyNode c = PhylogenyNode + .createInstanceFromNhxString( "n10_RATAF12/1000-2000", + PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); if ( !c.getName().equals( "n10_RATAF12/1000-2000" ) ) { return false; } if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c ).equals( "RATAF" ) ) { return false; } - final PhylogenyNode d = new PhylogenyNode( "n10_RAT1/1-2", - ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); + final PhylogenyNode d = PhylogenyNode + .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1/1-2", + PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); if ( !d.getName().equals( "n10_RAT1/1-2" ) ) { return false; } if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( d ).equals( "RAT" ) ) { return false; } - final PhylogenyNode e = new PhylogenyNode( "n10_RAT1", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); + final PhylogenyNode e = PhylogenyNode + .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); if ( !e.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) { return false; } @@ -4626,8 +4675,9 @@ public final class Test { return false; } } - final PhylogenyNode n11 = new PhylogenyNode( "n111111_ECOLI/jdj:0.4", - ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); + final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode + .createInstanceFromNhxString( "n111111_ECOLI/jdj:0.4", + PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); if ( !n11.getName().equals( "n111111_ECOLI/jdj" ) ) { return false; } @@ -4637,8 +4687,9 @@ public final class Test { if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) { return false; } - final PhylogenyNode n12 = new PhylogenyNode( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4", - ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); + final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode + .createInstanceFromNhxString( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4", + PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); if ( !n12.getName().equals( "n111111-ECOLI---/jdj" ) ) { return false; } @@ -4692,7 +4743,8 @@ public final class Test { if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyNode.DISTANCE_DEFAULT ) { return false; } - final PhylogenyNode n00 = new PhylogenyNode( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:ID=node_identifier:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1:On=100:SOn=100:SNn=100:W=2:C=0.0.0:XN=U=url_tag=www.yahoo.com]" ); + final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode + .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:ID=node_identifier:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1:On=100:SOn=100:SNn=100:W=2:C=0.0.0:XN=U=url_tag=www.yahoo.com]" ); if ( !n00.getNodeData().getNodeIdentifier().getValue().equals( "node_identifier" ) ) { return false; } @@ -4717,32 +4769,35 @@ public final class Test { if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getUnit().equals( "" ) ) { return false; } - final PhylogenyNode nx = new PhylogenyNode( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" ); + final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" ); if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) { return false; } - final PhylogenyNode nx2 = new PhylogenyNode( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:G=gene_2]" ); + final PhylogenyNode nx2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:G=gene_2]" ); if ( !nx2.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_2" ) ) { return false; } - final PhylogenyNode n13 = new PhylogenyNode( "blah_12345/1-2", - ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); + final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode + .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2", + PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) { return false; } if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "" ) ) { return false; } - final PhylogenyNode n14 = new PhylogenyNode( "blah_12X45/1-2", - ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); + final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode + .createInstanceFromNhxString( "blah_12X45/1-2", + PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); if ( !n14.getName().equals( "blah_12X45/1-2" ) ) { return false; } if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "12X45" ) ) { return false; } - final PhylogenyNode n15 = new PhylogenyNode( "something_wicked[123]", - ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); + final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode + .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]", + PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) { return false; } @@ -4752,8 +4807,9 @@ public final class Test { if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) { return false; } - final PhylogenyNode n16 = new PhylogenyNode( "something_wicked2[9]", - ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); + final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode + .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]", + PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) { return false; } @@ -4763,15 +4819,17 @@ public final class Test { if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) { return false; } - final PhylogenyNode n17 = new PhylogenyNode( "something_wicked3[a]", - ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); + final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode + .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]", + PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) { return false; } if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) { return false; } - final PhylogenyNode n18 = new PhylogenyNode( ":0.5[91]", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); + final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode + .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY ); if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) { return false; } @@ -4962,8 +5020,8 @@ public final class Test { private static boolean testPhylogenyBranch() { try { - final PhylogenyNode a1 = new PhylogenyNode( "a" ); - final PhylogenyNode b1 = new PhylogenyNode( "b" ); + final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" ); + final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" ); final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 ); final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 ); if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) { @@ -6401,209 +6459,209 @@ public final class Test { final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ]; //Archaeopteryx.createApplication( p0 ); final Set ex = new HashSet(); - ex.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - ex.add( new PhylogenyNode( "B" ) ); - ex.add( new PhylogenyNode( "C" ) ); - ex.add( new PhylogenyNode( "D" ) ); - ex.add( new PhylogenyNode( "E" ) ); - ex.add( new PhylogenyNode( "F" ) ); - ex.add( new PhylogenyNode( "G" ) ); - ex.add( new PhylogenyNode( "X" ) ); - ex.add( new PhylogenyNode( "Y" ) ); + ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) ); + ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) ); + ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) ); + ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) ); + ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) ); + ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) ); + ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) ); + ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) ); final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex ); // System.out.println( s0.toString() ); // Set query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) ); if ( !s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) ); if ( !s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) ); if ( !s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) ); if ( !s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) ); if ( !s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) ); if ( !s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); if ( !s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) ); if ( !s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) ); if ( !s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } @@ -6673,114 +6731,114 @@ public final class Test { // } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } /////////////////////////// // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } @@ -6797,205 +6855,205 @@ public final class Test { final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance(); final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ]; final Set ex = new HashSet(); - ex.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - ex.add( new PhylogenyNode( "B" ) ); - ex.add( new PhylogenyNode( "C" ) ); - ex.add( new PhylogenyNode( "D" ) ); - ex.add( new PhylogenyNode( "E" ) ); - ex.add( new PhylogenyNode( "F" ) ); - ex.add( new PhylogenyNode( "G" ) ); + ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) ); + ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) ); + ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) ); + ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) ); + ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) ); + ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) ); final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex ); Set query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) ); if ( !s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) ); if ( !s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) ); if ( !s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) ); if ( !s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) ); if ( !s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) ); if ( !s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); if ( !s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) ); if ( !s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) ); if ( !s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } // query_nodes = new HashSet(); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) ); - query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) ); + query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) ); if ( s0.match( query_nodes ) ) { return false; } @@ -7699,20 +7757,142 @@ public final class Test { if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) { return false; } - if ( !results.get( 0 ).getLineage()[ 0 ].equals( "Eukaryota" ) ) { + if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) { return false; } - if ( !results.get( 0 ).getLineage()[ 1 ].equals( "Metazoa" ) ) { + if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) { return false; } - if ( !results.get( 0 ).getLineage()[ results.get( 0 ).getLineage().length - 1 ].equals( "Nematostella" ) ) { + if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 ) + .equals( "Nematostella vectensis" ) ) { + System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() ); return false; } } + catch ( final IOException e ) { + System.out.println(); + System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" ); + e.printStackTrace( System.out ); + return true; + } catch ( final Exception e ) { + return false; + } + return true; + } + + private static boolean testEmblEntryRetrieval() { + //The format for GenBank Accession numbers are: + //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals + //Protein: 3 letters + 5 numerals + //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html + if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) { + return false; + } + if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( ".AY423861." ).equals( "AY423861" ) ) { + return false; + } + if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AAY423861" ) != null ) { + return false; + } + if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AY4238612" ) != null ) { + return false; + } + if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AAY4238612" ) != null ) { + return false; + } + if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "Y423861" ) != null ) { + return false; + } + if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) { + return false; + } + if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) { + return false; + } + if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "|S123456" ) != null ) { + return false; + } + if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "ABC123456" ) != null ) { + return false; + } + if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) { + return false; + } + if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) { + return false; + } + if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "ABCD12345" ) != null ) { + return false; + } + return true; + } + + private static boolean testUniprotEntryRetrieval() { + if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345" ).equals( "P12345" ) ) { + return false; + } + if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345" ) != null ) { + return false; + } + if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "3 4P12345" ) != null ) { + return false; + } + if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345E" ) != null ) { + return false; + } + if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P123455" ) != null ) { + return false; + } + if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345E" ) != null ) { + return false; + } + if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "AY423861" ) != null ) { + return false; + } + if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDD5" ).equals( "P1DDD5" ) ) { + return false; + } + if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDDD" ) != null ) { + return false; + } + if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) { + return false; + } + if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X P12345 12-42" ).equals( "P12345" ) ) { + return false; + } + if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) { + return false; + } + if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345" ).equals( "P12345" ) ) { + return false; + } + try { + final SequenceDatabaseEntry entry = UniProtWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 ); + if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) { + return false; + } + if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) { + return false; + } + if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) { + return false; + } + if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "GOT2" ) ) { + return false; + } + if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) { + return false; + } + } + catch ( final IOException e ) { System.out.println(); System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" ); e.printStackTrace( System.out ); + return true; + } + catch ( final Exception e ) { return false; } return true; @@ -7936,4 +8116,565 @@ public final class Test { } return true; } + + private static boolean testNextNodeWithCollapsing() { + try { + final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance(); + PhylogenyNode n; + List ext = new ArrayList(); + final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" ); + final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ]; + t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true ); + t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true ); + n = t0.getFirstExternalNode(); + while ( n != null ) { + ext.add( n ); + n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes(); + } + if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) { + return false; + } + ext.clear(); + final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" ); + final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ]; + t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true ); + t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true ); + t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true ); + n = t1.getNode( "ab" ); + ext = new ArrayList(); + while ( n != null ) { + ext.add( n ); + n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes(); + } + if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) { + return false; + } + // + // + ext.clear(); + final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" ); + final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ]; + t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true ); + t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true ); + t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true ); + t2.getNode( "c" ).setCollapse( true ); + t2.getNode( "d" ).setCollapse( true ); + t2.getNode( "e" ).setCollapse( true ); + t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true ); + n = t2.getNode( "ab" ); + ext = new ArrayList(); + while ( n != null ) { + ext.add( n ); + n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes(); + } + if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) { + return false; + } + // + // + ext.clear(); + final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" ); + final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ]; + t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true ); + t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true ); + t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true ); + t3.getNode( "c" ).setCollapse( true ); + t3.getNode( "d" ).setCollapse( true ); + t3.getNode( "e" ).setCollapse( true ); + t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true ); + t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true ); + n = t3.getNode( "ab" ); + ext = new ArrayList(); + while ( n != null ) { + ext.add( n ); + n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes(); + } + if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) { + return false; + } + // + // + ext.clear(); + final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" ); + final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ]; + t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true ); + t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true ); + t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true ); + t4.getNode( "c" ).setCollapse( true ); + t4.getNode( "d" ).setCollapse( true ); + t4.getNode( "e" ).setCollapse( true ); + t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true ); + t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true ); + t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true ); + n = t4.getNode( "abcdefgh" ); + if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) { + return false; + } + // + // + final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" ); + final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ]; + ext.clear(); + n = t5.getFirstExternalNode(); + while ( n != null ) { + ext.add( n ); + n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes(); + } + if ( ext.size() != 8 ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) { + return false; + } + // + // + final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" ); + final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ]; + ext.clear(); + t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true ); + n = t6.getNode( "ab" ); + while ( n != null ) { + ext.add( n ); + n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes(); + } + if ( ext.size() != 7 ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) { + return false; + } + // + // + final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" ); + final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ]; + ext.clear(); + t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true ); + n = t7.getNode( "a" ); + while ( n != null ) { + ext.add( n ); + n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes(); + } + if ( ext.size() != 7 ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) { + return false; + } + // + // + final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" ); + final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ]; + ext.clear(); + t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true ); + t8.getNode( "c" ).setCollapse( true ); + t8.getNode( "d" ).setCollapse( true ); + n = t8.getNode( "a" ); + while ( n != null ) { + ext.add( n ); + n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes(); + } + if ( ext.size() != 7 ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) { + System.out.println( "2 fail" ); + return false; + } + if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) { + return false; + } + // + // + final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" ); + final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ]; + ext.clear(); + t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true ); + n = t9.getNode( "a" ); + while ( n != null ) { + ext.add( n ); + n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes(); + } + if ( ext.size() != 7 ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) { + return false; + } + // + // + final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" ); + final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ]; + ext.clear(); + t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true ); + t10.getNode( "g" ).setCollapse( true ); + t10.getNode( "h" ).setCollapse( true ); + n = t10.getNode( "a" ); + while ( n != null ) { + ext.add( n ); + n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes(); + } + if ( ext.size() != 7 ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) { + return false; + } + // + // + final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" ); + final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ]; + ext.clear(); + t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true ); + t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true ); + n = t11.getNode( "a" ); + while ( n != null ) { + ext.add( n ); + n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes(); + } + if ( ext.size() != 6 ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) { + return false; + } + // + // + final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" ); + final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ]; + ext.clear(); + t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true ); + t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true ); + t12.getNode( "g" ).setCollapse( true ); + t12.getNode( "h" ).setCollapse( true ); + t12.getNode( "f" ).setCollapse( true ); + n = t12.getNode( "a" ); + while ( n != null ) { + ext.add( n ); + n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes(); + } + if ( ext.size() != 6 ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) { + return false; + } + // + // + final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" ); + final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ]; + ext.clear(); + t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true ); + t13.getNode( "b" ).setCollapse( true ); + t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true ); + t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true ); + n = t13.getNode( "ab" ); + while ( n != null ) { + ext.add( n ); + n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes(); + } + if ( ext.size() != 5 ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) { + return false; + } + // + // + final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" ); + final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ]; + ext.clear(); + t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true ); + t14.getNode( "a" ).setCollapse( true ); + t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true ); + t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true ); + n = t14.getNode( "ab" ); + while ( n != null ) { + ext.add( n ); + n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes(); + } + if ( ext.size() != 5 ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) { + return false; + } + // + // + final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" ); + final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ]; + ext.clear(); + t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true ); + t15.getNode( "a" ).setCollapse( true ); + t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true ); + t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true ); + n = t15.getNode( "ab" ); + while ( n != null ) { + ext.add( n ); + n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes(); + } + if ( ext.size() != 6 ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) { + return false; + } + // + // + final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" ); + final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ]; + ext.clear(); + t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true ); + t16.getNode( "a" ).setCollapse( true ); + t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true ); + t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true ); + t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true ); + t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true ); + t16.getNode( "d" ).setCollapse( true ); + t16.getNode( "x" ).setCollapse( true ); + n = t16.getNode( "ab" ); + while ( n != null ) { + ext.add( n ); + n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes(); + } + if ( ext.size() != 4 ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) { + return false; + } + if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) { + return false; + } + } + catch ( final Exception e ) { + e.printStackTrace( System.out ); + return false; + } + return true; + } }