X-Git-Url: http://source.jalview.org/gitweb/?a=blobdiff_plain;f=src%2Fjalview%2Fschemes%2FResidueProperties.java;h=751175d8025f607e7a433933ebb36134bdf0e44c;hb=b07f18d4d94d3ba2c1f4e756a059d7a463eef8cd;hp=77fa9e8dd8af24f6df462ee3e7628024980f17f1;hpb=66661cc185c91bbd78af8ead50f9730b76d70a7d;p=jalview.git

diff --git a/src/jalview/schemes/ResidueProperties.java b/src/jalview/schemes/ResidueProperties.java
index 77fa9e8..751175d 100755
--- a/src/jalview/schemes/ResidueProperties.java
+++ b/src/jalview/schemes/ResidueProperties.java
@@ -471,55 +471,6 @@ public class ResidueProperties
 
   // public static final double hydmax = 1.38;
   // public static final double hydmin = -2.53;
-  public static final float[][] BLOSUM62 = {
-      { 4, -1, -2, -2, 0, -1, -1, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 0, -3,
-          -2, 0, -2, -1, 0, -4 },
-      { -1, 5, 0, -2, -3, 1, 0, -2, 0, -3, -2, 2, -1, -3, -2, -1, -1, -3,
-          -2, -3, -1, 0, -1, -4 },
-      { -2, 0, 6, 1, -3, 0, 0, 0, 1, -3, -3, 0, -2, -3, -2, 1, 0, -4, -2,
-          -3, 3, 0, -1, -4 },
-      { -2, -2, 1, 6, -3, 0, 2, -1, -1, -3, -4, -1, -3, -3, -1, 0, -1, -4,
-          -3, -3, 4, 1, -1, -4 },
-      { 0, 3, -3, -3, 9, -3, -4, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -2, -3, -1, -1,
-          -2, -2, -1, -3, -3, -2, -4 },
-      { -1, 1, 0, 0, -3, 5, 2, -2, 0, -3, -2, 1, 0, -3, -1, 0, -1, -2, -1,
-          -2, 0, 3, -1, -4 },
-      { -1, 0, 0, 2, -4, 2, 5, -2, 0, -3, -3, 1, -2, -3, -1, 0, -1, -3, -2,
-          -2, 1, 4, -1, -4 },
-      { 0, -2, 0, -1, -3, -2, -2, 6, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -2, 0, -2, -2,
-          -3, -3, -1, -2, -1, -4 },
-      { -2, 0, 1, -1, -3, 0, 0, -2, 8, -3, -3, -1, -2, -1, -2, -1, -2, -2,
-          2, -3, 0, 0, -1, -4 },
-      { -1, -3, -3, -3, -1, -3, -3, -4, -3, 4, 2, -3, 1, 0, -3, -2, -1, -3,
-          -1, 3, -3, -3, -1, -4 },
-      { -1, -2, -3, -4, -1, -2, -3, -4, -3, 2, 4, -2, 2, 0, -3, -2, -1, -2,
-          -1, 1, -4, -3, -1, -4 },
-      { -1, 2, 0, -1, -3, 1, 1, -2, -1, -3, -2, 5, -1, -3, -1, 0, -1, -3,
-          -2, -2, 0, 1, -1, -4 },
-      { -1, -1, -2, -3, -1, 0, -2, -3, -2, 1, 2, -1, 5, 0, -2, -1, -1, -1,
-          -1, 1, -3, -1, -1, -4 },
-      { -2, -3, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -1, 0, 0, -3, 0, 6, -4, -2, -2, 1,
-          3, -1, -3, -3, -1, -4 },
-      { -1, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -4, 7, -1, -1,
-          -4, -3, -2, -2, -1, -2, -4 },
-      { 1, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -2, -2, 0, -1, -2, -1, 4, 1, -3, -2,
-          -2, 0, 0, 0, -4 },
-      { 0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 5, -2,
-          -2, 0, -1, -1, 0, -4 },
-      { -3, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -2, -2, -3, -2, -3, -1, 1, -4, -3, -2,
-          11, 2, -3, -4, -3, -2, -4 },
-      { -2, -2, -2, -3, -2, -1, -2, -3, 2, -1, -1, -2, -1, 3, -3, -2, -2,
-          2, 7, -1, -3, -2, -1, -4 },
-      { 0, -3, -3, -3, -1, -2, -2, -3, -3, 3, 1, -2, 1, -1, -2, -2, 0, -3,
-          -1, 4, -3, -2, -1, -4 },
-      { -2, -1, 3, 4, -3, 0, 1, -1, 0, -3, -4, 0, -3, -3, -2, 0, -1, -4,
-          -3, -3, 4, 1, -1, -4 },
-      { -1, 0, 0, 1, -3, 3, 4, -2, 0, -3, -3, 1, -1, -3, -1, 0, -1, -3, -2,
-          -2, 1, 4, -1, -4 },
-      { 0, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, 0, 0,
-          -2, -1, -1, -1, -1, -1, -4 },
-      { -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4,
-          -4, -4, -4, -4, -4, -4, 1 }, };
 
   // not currently used
   // public static final Map<String, Color> ssHash = new Hashtable<String,
@@ -1187,11 +1138,6 @@ public class ResidueProperties
     return aa3Hash;
   }
 
-  public static float[][] getBLOSUM62()
-  {
-    return ResidueProperties.BLOSUM62;
-  }
-
   public static String codonTranslate(String lccodon)
   {
     String cdn = codonHash2.get(lccodon.toUpperCase());