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authorpvtroshin <pvtroshin@e3abac25-378b-4346-85de-24260fe3988d>
Fri, 9 Dec 2011 15:07:50 +0000 (15:07 +0000)
committerpvtroshin <pvtroshin@e3abac25-378b-4346-85de-24260fe3988d>
Fri, 9 Dec 2011 15:07:50 +0000 (15:07 +0000)
git-svn-id: link to svn.lifesci.dundee.ac.uk/svn/barton/ptroshin/JABA2@4808 e3abac25-378b-4346-85de-24260fe3988d

website/index.html
website/man_about.html

index 35cac05..7f25255 100644 (file)
@@ -48,8 +48,9 @@ page</title>
 <p style="color:black; font-weight:normal; text-align:left;"><span style="border-bottom:dotted 1px #666" title="JAva Bioinformatics Analysis Web Services">JABAWS</span> is  free software which provides web services for prediction of protein disorder, multiple sequence alignment and amino acid conservation conveniently packaged to run on your local computer, server or cluster. JABAWS v2.0 introduces protein disorder prediction services based on <a href="http://dis.embl.de/">DisEMBL</a>, <a href="http://iupred.enzim.hu">IUPred</a>, <a href="http://www.strubi.ox.ac.uk/RONN">Ronn</a>, <a href="http://globplot.embl.de/">GlobPlot</a> and protein sequence alignment conservation measures calculated by <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/aacon">AACon</a>. A new multiple sequence alignment service for <a href="http://www.clustal.org/omega">Clustal Omega</a> is also provided, in addition to standard JABAWS:MSA services for <a href="http://www.clustal.org/clustal2">Clustal W</a>, <a href=\r
 "http://align.bmr.kyushu-u.ac.jp/mafft/software/">MAFFT</a>, <a href="http://www.drive5.com/muscle">MUSCLE</a>, <a href=\r
 "http://www.tcoffee.org/Projects_home_page/t_coffee_home_page.html"> TCOFFEE</a> and <a href="http://probcons.stanford.edu/">PROBCONS</a>. \r
-<span style="color:black; font-weight:normal; text-align:left;">JABA Web Services can be accessed from the <a href="http://www.jalview.org">Jalview</a> desktop application and provide multiple alignment and sequence analysis calculations limited only by your own local computing resources.</span></p>\r
-<p>Please note that JABAWS 2 is supported by Jalview 2.6.1  onwards, but the disorder prediction, Clustal Omega and AACon services will  only be accessible in Jalview 2.8 (due for release in January 2012.)  In the meantime you can access all JABAWS2  services through the JABAWS command-line client.</p>\r
+<span style="color:black; font-weight:normal; text-align:left;">JABA Web Services can be accessed from the <a href="http://www.jalview.org">Jalview</a> desktop application and provide multiple alignment and sequence analysis calculations limited only by your own local computing resources.<br />\r
+<br />\r
+</span>Please note that JABAWS 2 is supported by Jalview 2.6.1 onwards, but the   disorder prediction, Clustal Omega and AACon services will only be accessible in   Jalview 2.8 (due for release in January 2012). In the meantime you can access   all JABAWS2 services through the JABAWS command-line client.</p>\r
 <div id="mainpagefeatures">\r
 <table>\r
 <tr><td>\r
@@ -83,7 +84,7 @@ page</title>
   <br/>\r
   <strong>The Client: </strong>\r
       Command Line Client <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/download/get?id=min-jaba-client-2.0.jar">binary</a> | <a href=\r
-"http://www.compbio.dundee.ac.uk/download/get?id=jaba-client-source-2.0.jar">source</a> \r
+"http://www.compbio.dundee.ac.uk/download/get?id=jaba-client-src-2.0.jar">source</a> \r
          <!-- <li><a href="http://www.jalview.org/download.html">Jalview</a> (18M)</li> -->\r
   \r
   \r
@@ -112,7 +113,7 @@ title="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/ClustalWS?" rel=
 </div>\r
 \r
 <!-- content end-->\r
-<div id="copyright">Last update: 16 September 2011<br />\r
+<div id="copyright">Last update: 10 December 2011<br />\r
  This site is best viewed in Firefox 3.6, Google Chrome 10, Internet Explorer 8 or above </div>\r
 </div>\r
 \r
index e37fd95..057b0c9 100644 (file)
@@ -125,7 +125,7 @@ software. <a href="http://www.jalview.org/">Jalview</a>, which is a multiple seq
 functionality as the command line client, but instead allows JABAWS services to be accessed in a more user-friendly manner, through a graphical user interface.</p>\r
 <h3><a name="jalviewsup"></a>JABAWS versions compatibility and Jalview support </h3>\r
 <p>JABAWS version 2 is fully backward compatible with JABAWS  version 1. That means that all JABAWS 1 clients should be able to use JABAWS 2  instead. However, they will be limited to the multiple sequence alignment web  services only. To benefit of new web services introduced in JABAWS 2 the  clients have to be updated. <br>\r
-Jalview since version 2.6.1 integrates fully with JABAWS 1. Therefore  it will be possible to use any versions of Jalview after 2.6.1 with JABAWS 1.  However, the full support for JABAWS 2 is introduced in Jalview version 2.8 or  later.  </p>\r
+Jalview since version 2.6.1 integrates fully with JABAWS 1. Therefore  it will be possible to use any versions of Jalview after 2.6.1 with JABAWS 1.  However, the full support for JABAWS 2 is introduced in Jalview version 2.8 or later.</p>\r
 <h3><a name="cmdclient" id="cmdclient"></a>Programmatic access to JABAWS </h3>\r
 <p>JABA Web Services are WS-I basic profile compliant, which means they can be accessed using \r
 any programming language or system that can utilize standard SOAP web services. \r