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diff --git a/forester/examples/rio/gene_trees_rio.nh b/forester/examples/rio/gene_trees_rio.nh
new file mode 100644 (file)
index 0000000..3acce34
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+++ b/forester/examples/rio/gene_trees_rio.nh
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+                                                <taxonomy>\r
+                                                  <id provider="uniprot">9347</id>\r
+                                                  <scientific_name>Eutheria</scientific_name>\r
+                                                  <common_name>Placental mammals</common_name>\r
+                                                </taxonomy>\r
+                                                <reference doi="10.1002/bies.200900053">\r
+                                                  <desc>The new framework for understanding placental mammal evolution</desc>\r
+                                                </reference>\r
+                                                <clade>\r
+                                                  <taxonomy>\r
+                                                    <scientific_name>Boreoeutheria</scientific_name>\r
+                                                    <synonym>Boreotheria</synonym>\r
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+                                                      <scientific_name>Euarchontoglires</scientific_name>\r
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+                                                                        <scientific_name>Gorilla gorilla gorilla</scientific_name>\r
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+                                                              <synonym>Galago garnetti</synonym>\r
+                                                              <synonym>Small-eared galago</synonym>\r
+                                                              <synonym>Garnett&apos;s greater bushbaby</synonym>\r
+                                                              <rank>species</rank>\r
+                                                              <uri>http://www.mbweni.com/images/Mbweni%20Images/naturetrail/small-earedgalago.jpg</uri>\r
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+                                                          <code>TUPBE</code>\r
+                                                          <scientific_name>Tupaia belangeri</scientific_name>\r
+                                                          <common_name>Common tree shrew</common_name>\r
+                                                          <synonym>Tupaia glis belangeri</synonym>\r
+                                                          <rank>species</rank>\r
+                                                          <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/4/44/Tupaia_belangeri.JPG/800px-Tupaia_belangeri.JPG</uri>\r
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+                                                          <name>Hystricomorpha &amp; Sciurognathi</name>\r
+                                                          <reference doi="10.1186/1471-2148-9-71">\r
+                                                            <desc>Rodent phylogeny revised: analysis of six nuclear genes from all major rodent clades.</desc>\r
+                                                          </reference>\r
+                                                          <clade>\r
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+                                                            <clade>\r
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+                                                                <scientific_name>Heterocephalus glaber</scientific_name>\r
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+                                                            <code>SPETR</code>\r
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+                                                                      <scientific_name>Ovis aries</scientific_name>\r
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+                                                          <taxonomy>\r
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+                                                            <scientific_name>Caniformia</scientific_name>\r
+                                                            <rank>suborder</rank>\r
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+                                                              <id provider="uniprot">9646</id>\r
+                                                              <code>AILME</code>\r
+                                                              <scientific_name>Ailuropoda melanoleuca</scientific_name>\r
+                                                              <common_name>Giant panda</common_name>\r
+                                                              <rank>species</rank>\r
+                                                              <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/3/3c/Giant_Panda_2004-03-2.jpg/800px-Giant_Panda_2004-03-2.jpg</uri>\r
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+                                                          <clade>\r
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+                                                              <code>CANFA</code>\r
+                                                              <scientific_name>Canis familiaris</scientific_name>\r
+                                                              <common_name>Dog</common_name>\r
+                                                              <synonym>Canis lupus familiaris</synonym>\r
+                                                              <rank>subspecies</rank>\r
+                                                              <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/a/ab/Wikilabrador_jardin.JPG</uri>\r
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+                                                            <id provider="uniprot">9685</id>\r
+                                                            <code>FELCA</code>\r
+                                                            <scientific_name>Felis catus</scientific_name>\r
+                                                            <common_name>Cat</common_name>\r
+                                                            <synonym>Felis silvestris catus</synonym>\r
+                                                            <rank>species</rank>\r
+                                                            <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/9/9b/Domestic_cat_cropped.jpg/755px-Domestic_cat_cropped.jpg</uri>\r
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+                                                        <scientific_name>Insectivora</scientific_name>\r
+                                                        <common_name>hedgehogs, shrews, moles and others</common_name>\r
+                                                        <rank>order</rank>\r
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+                                                          <id provider="uniprot">9365</id>\r
+                                                          <code>ERIEU</code>\r
+                                                          <scientific_name>Erinaceus europaeus</scientific_name>\r
+                                                          <common_name>Western European hedgehog</common_name>\r
+                                                          <rank>species</rank>\r
+                                                          <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/d/d4/Igel01.jpg</uri>\r
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+                                                        <taxonomy>\r
+                                                          <id provider="uniprot">42254</id>\r
+                                                          <code>SORAR</code>\r
+                                                          <scientific_name>Sorex araneus</scientific_name>\r
+                                                          <common_name>Eurasian common shrew</common_name>\r
+                                                          <synonym>European shrew</synonym>\r
+                                                          <rank>species</rank>\r
+                                                          <uri>http://www.batraciens-reptiles.com/musaraigne2.jpg</uri>\r
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+                                                      </clade>\r
+                                                    </clade>\r
+                                                  </clade>\r
+                                                </clade>\r
+                                                <clade>\r
+                                                  <taxonomy>\r
+                                                    <scientific_name>Atlantogenata</scientific_name>\r
+                                                  </taxonomy>\r
+                                                  <clade>\r
+                                                    <taxonomy>\r
+                                                      <id provider="uniprot">311790</id>\r
+                                                      <scientific_name>Afrotheria</scientific_name>\r
+                                                      <rank>superorder</rank>\r
+                                                    </taxonomy>\r
+                                                    <clade>\r
+                                                      <taxonomy>\r
+                                                        <scientific_name>Paenungulata</scientific_name>\r
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+                                                        <taxonomy>\r
+                                                          <id provider="uniprot">9785</id>\r
+                                                          <code>LOXAF</code>\r
+                                                          <scientific_name>Loxodonta africana</scientific_name>\r
+                                                          <common_name>African savanna elephant</common_name>\r
+                                                          <rank>species</rank>\r
+                                                          <uri>http://animaldiversity.ummz.umich.edu/site/resources/susan_hoffman/elephants.jpg</uri>\r
+                                                        </taxonomy>\r
+                                                      </clade>\r
+                                                      <clade>\r
+                                                        <taxonomy>\r
+                                                          <id provider="uniprot">9813</id>\r
+                                                          <code>PROCA</code>\r
+                                                          <scientific_name>Procavia capensis</scientific_name>\r
+                                                          <common_name>Cape hyrax</common_name>\r
+                                                          <synonym>Rock dassie</synonym>\r
+                                                          <rank>species</rank>\r
+                                                          <uri>http://calphotos.berkeley.edu/imgs/512x768/0000_0000/1206/0460.jpeg</uri>\r
+                                                        </taxonomy>\r
+                                                      </clade>\r
+                                                    </clade>\r
+                                                    <clade>\r
+                                                      <taxonomy>\r
+                                                        <id provider="uniprot">9371</id>\r
+                                                        <code>ECHTE</code>\r
+                                                        <scientific_name>Echinops telfairi</scientific_name>\r
+                                                        <common_name>Lesser hedgehog tenrec</common_name>\r
+                                                        <rank>species</rank>\r
+                                                        <uri>http://animaldiversity.ummz.umich.edu/site/resources/david_kupitz/etelfairi.jpg</uri>\r
+                                                      </taxonomy>\r
+                                                    </clade>\r
+                                                  </clade>\r
+                                                  <clade>\r
+                                                    <taxonomy>\r
+                                                      <id provider="uniprot">9348</id>\r
+                                                      <scientific_name>Xenarthra</scientific_name>\r
+                                                      <synonym>Edentata</synonym>\r
+                                                      <rank>superorder</rank>\r
+                                                    </taxonomy>\r
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+                                                      <taxonomy>\r
+                                                        <id provider="uniprot">9358</id>\r
+                                                        <code>CHOHO</code>\r
+                                                        <scientific_name>Choloepus hoffmanni</scientific_name>\r
+                                                        <common_name>Hoffmann&apos;s two-fingered sloth</common_name>\r
+                                                        <rank>species</rank>\r
+                                                        <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/8/89/Sloth8.jpg/800px-Sloth8.jpg</uri>\r
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+                                                    </clade>\r
+                                                    <clade>\r
+                                                      <taxonomy>\r
+                                                        <id provider="uniprot">9361</id>\r
+                                                        <code>DASNO</code>\r
+                                                        <scientific_name>Dasypus novemcinctus</scientific_name>\r
+                                                        <common_name>Nine-banded armadillo</common_name>\r
+                                                        <rank>species</rank>\r
+                                                        <uri>http://anthropometaphors.files.wordpress.com/2008/11/nine-banded-armadillo41.jpg</uri>\r
+                                                      </taxonomy>\r
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+                                                  </clade>\r
+                                                </clade>\r
+                                              </clade>\r
+                                              <clade>\r
+                                                <taxonomy>\r
+                                                  <id provider="uniprot">9263</id>\r
+                                                  <scientific_name>Metatheria</scientific_name>\r
+                                                  <common_name>Marsupials</common_name>\r
+                                                </taxonomy>\r
+                                                <reference doi="10.1016/j.ympev.2004.05.004">\r
+                                                  <desc>First combined cladistic analysis of marsupial mammal interrelationships</desc>\r
+                                                </reference>\r
+                                                <reference>\r
+                                                </reference>\r
+                                                <clade>\r
+                                                  <taxonomy>\r
+                                                    <scientific_name>Eometatheria</scientific_name>\r
+                                                  </taxonomy>\r
+                                                  <clade>\r
+                                                    <taxonomy>\r
+                                                      <id provider="uniprot">9315</id>\r
+                                                      <code>MACEU</code>\r
+                                                      <scientific_name>Macropus eugenii</scientific_name>\r
+                                                      <common_name>Tammar wallaby</common_name>\r
+                                                      <rank>species</rank>\r
+                                                      <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/d/de/Macropus_eugenii.jpg</uri>\r
+                                                    </taxonomy>\r
+                                                  </clade>\r
+                                                  <clade>\r
+                                                    <taxonomy>\r
+                                                      <id provider="uniprot">9305</id>\r
+                                                      <code>SARHA</code>\r
+                                                      <scientific_name>Sarcophilus harrisii</scientific_name>\r
+                                                      <common_name>Tasmanian devil</common_name>\r
+                                                      <synonym>Sarcophilus laniarius</synonym>\r
+                                                      <rank>species</rank>\r
+                                                      <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/3/3b/Sarcophilus_harrisii_-Healesville_Sanctuary-8a.jpg/727px-Sarcophilus_harrisii_-Healesville_Sanctuary-8a.jpg</uri>\r
+                                                    </taxonomy>\r
+                                                  </clade>\r
+                                                </clade>\r
+                                                <clade>\r
+                                                  <taxonomy>\r
+                                                    <id provider="uniprot">13616</id>\r
+                                                    <code>MONDO</code>\r
+                                                    <scientific_name>Monodelphis domestica</scientific_name>\r
+                                                    <common_name>Short-tailed gray opossum</common_name>\r
+                                                    <rank>species</rank>\r
+                                                    <uri>http://animaldiversity.ummz.umich.edu/site/resources/phil_myers/classic/monodelphis.jpg/medium.jpg</uri>\r
+                                                  </taxonomy>\r
+                                                </clade>\r
+                                              </clade>\r
+                                            </clade>\r
+                                            <clade>\r
+                                              <taxonomy>\r
+                                                <id provider="uniprot">9258</id>\r
+                                                <code>ORNAN</code>\r
+                                                <scientific_name>Ornithorhynchus anatinus</scientific_name>\r
+                                                <common_name>Duckbill platypus</common_name>\r
+                                                <rank>species</rank>\r
+                                                <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/1/12/Platypus_BrokenRiver_QLD_Australia2.png</uri>\r
+                                              </taxonomy>\r
+                                            </clade>\r
+                                          </clade>\r
+                                          <clade>\r
+                                            <taxonomy>\r
+                                              <id provider="uniprot">8457</id>\r
+                                              <scientific_name>Sauropsida</scientific_name>\r
+                                            </taxonomy>\r
+                                            <clade>\r
+                                              <taxonomy>\r
+                                                <id provider="uniprot">1329799</id>\r
+                                                <scientific_name>Testudines + Archosauria group</scientific_name>\r
+                                              </taxonomy>\r
+                                              <reference doi="10.1038/ng.2615">\r
+                                                <desc>The draft genomes of soft-shell turtle and green sea turtle yield insights into the development and evolution of the turtle-specific body plan</desc>\r
+                                              </reference>\r
+                                              <reference>\r
+                                              </reference>\r
+                                              <reference>\r
+                                              </reference>\r
+                                              <clade>\r
+                                                <taxonomy>\r
+                                                  <id provider="uniprot">8492</id>\r
+                                                  <scientific_name>Archosauria</scientific_name>\r
+                                                </taxonomy>\r
+                                                <clade>\r
+                                                  <taxonomy>\r
+                                                    <id provider="uniprot">8825</id>\r
+                                                    <scientific_name>Neognathae</scientific_name>\r
+                                                    <rank>superorder</rank>\r
+                                                  </taxonomy>\r
+                                                  <clade>\r
+                                                    <name>Phasianidae &amp; Anatidae (waterfowl)</name>\r
+                                                    <clade>\r
+                                                      <taxonomy>\r
+                                                        <id provider="uniprot">9005</id>\r
+                                                        <scientific_name>Phasianidae</scientific_name>\r
+                                                        <rank>family</rank>\r
+                                                      </taxonomy>\r
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+                                                        <taxonomy>\r
+                                                          <id provider="uniprot">9031</id>\r
+                                                          <code>CHICK</code>\r
+                                                          <scientific_name>Gallus gallus</scientific_name>\r
+                                                          <common_name>Chicken</common_name>\r
+                                                          <synonym>Gallus domesticus</synonym>\r
+                                                          <rank>species</rank>\r
+                                                          <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/f/f8/Rooster04_adjusted.jpg/800px-Rooster04_adjusted.jpg</uri>\r
+                                                        </taxonomy>\r
+                                                      </clade>\r
+                                                      <clade>\r
+                                                        <taxonomy>\r
+                                                          <id provider="uniprot">9103</id>\r
+                                                          <code>MELGA</code>\r
+                                                          <scientific_name>Meleagris gallopavo</scientific_name>\r
+                                                          <common_name>Common turkey</common_name>\r
+                                                          <rank>species</rank>\r
+                                                          <uri>http://calphotos.berkeley.edu/imgs/512x768/0000_0000/0205/0858.jpeg</uri>\r
+                                                        </taxonomy>\r
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+                                                    </clade>\r
+                                                    <clade>\r
+                                                      <taxonomy>\r
+                                                        <id provider="uniprot">8839</id>\r
+                                                        <code>ANAPL</code>\r
+                                                        <scientific_name>Anas platyrhynchos</scientific_name>\r
+                                                        <common_name>Domestic duck</common_name>\r
+                                                        <synonym>Anas boschas</synonym>\r
+                                                        <rank>species</rank>\r
+                                                        <uri>http://content.ornith.cornell.edu/UEWebApp/images/MPR_070302_100009_L.jpg</uri>\r
+                                                      </taxonomy>\r
+                                                    </clade>\r
+                                                  </clade>\r
+                                                  <clade>\r
+                                                    <taxonomy>\r
+                                                      <id provider="uniprot">9126</id>\r
+                                                      <scientific_name>Passeriformes</scientific_name>\r
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+                                                        <code>TAEGU</code>\r
+                                                        <scientific_name>Taeniopygia guttata</scientific_name>\r
+                                                        <common_name>Zebra finch</common_name>\r
+                                                        <synonym>Poephila guttata</synonym>\r
+                                                        <rank>species</rank>\r
+                                                        <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/8/84/Taeniopygia_guttata_-_front_view_-_dundee_wildlife_park.jpg/355px-Taeniopygia_guttata_-_front_view_-_dundee_wildlife_park.jpg</uri>\r
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+                                                        <id provider="uniprot">59894</id>\r
+                                                        <code>FICAL</code>\r
+                                                        <scientific_name>Ficedula albicollis</scientific_name>\r
+                                                        <common_name>Collared flycatcher</common_name>\r
+                                                        <synonym>Muscicapa albicollis</synonym>\r
+                                                        <rank>species</rank>\r
+                                                        <uri>http://www.biolib.cz/IMG/GAL/156619.jpg</uri>\r
+                                                      </taxonomy>\r
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+                                                  </clade>\r
+                                                </clade>\r
+                                                <clade>\r
+                                                  <taxonomy>\r
+                                                    <id provider="uniprot">8496</id>\r
+                                                    <code>ALLMI</code>\r
+                                                    <scientific_name>Alligator mississippiensis</scientific_name>\r
+                                                    <common_name>American alligator</common_name>\r
+                                                    <rank>species</rank>\r
+                                                    <uri>http://www.herpcenter.com/reptile-caresheets/images/american_alligator.jpg</uri>\r
+                                                  </taxonomy>\r
+                                                </clade>\r
+                                              </clade>\r
+                                              <clade>\r
+                                                <taxonomy>\r
+                                                  <id provider="uniprot">13735</id>\r
+                                                  <code>PELSI</code>\r
+                                                  <scientific_name>Pelodiscus sinensis</scientific_name>\r
+                                                  <authority>(Wiegmann, 1835) Cox et al. 1998</authority>\r
+                                                  <common_name>Chinese softshell turtle</common_name>\r
+                                                  <synonym>Trionyx sinensis</synonym>\r
+                                                  <rank>species</rank>\r
+                                                  <uri>http://www.chelonia.org/PsinensisTR1.jpg</uri>\r
+                                                </taxonomy>\r
+                                              </clade>\r
+                                            </clade>\r
+                                            <clade>\r
+                                              <taxonomy>\r
+                                                <id provider="uniprot">1329911</id>\r
+                                                <scientific_name>Toxicofera</scientific_name>\r
+                                              </taxonomy>\r
+                                              <clade>\r
+                                                <taxonomy>\r
+                                                  <id provider="uniprot">8570</id>\r
+                                                  <scientific_name>Serpentes</scientific_name>\r
+                                                  <common_name>snakes</common_name>\r
+                                                  <rank>infraorder</rank>\r
+                                                </taxonomy>\r
+                                                <clade>\r
+                                                  <taxonomy>\r
+                                                    <id provider="uniprot">8665</id>\r
+                                                    <code>OPHHA</code>\r
+                                                    <scientific_name>Ophiophagus hannah</scientific_name>\r
+                                                    <common_name>King cobra</common_name>\r
+                                                    <synonym>Naja hannah</synonym>\r
+                                                    <rank>species</rank>\r
+                                                    <uri>http://www.thehindu.com/multimedia/dynamic/01674/KING_COBRA_1674012e.jpg</uri>\r
+                                                  </taxonomy>\r
+                                                </clade>\r
+                                                <clade>\r
+                                                  <taxonomy>\r
+                                                    <id provider="uniprot">176946</id>\r
+                                                    <code>PYTBI</code>\r
+                                                    <scientific_name>Python bivittatus</scientific_name>\r
+                                                    <common_name>Burmese python</common_name>\r
+                                                    <synonym>Python molurus bivittatus</synonym>\r
+                                                    <rank>species</rank>\r
+                                                    <uri>http://www.nps.gov/ever/parknews/images/KLwoodrat_python_5626.jpg</uri>\r
+                                                  </taxonomy>\r
+                                                </clade>\r
+                                              </clade>\r
+                                              <clade>\r
+                                                <taxonomy>\r
+                                                  <id provider="uniprot">28377</id>\r
+                                                  <code>ANOCA</code>\r
+                                                  <scientific_name>Anolis carolinensis</scientific_name>\r
+                                                  <authority>Voigt, 1832</authority>\r
+                                                  <common_name>Green anole</common_name>\r
+                                                  <synonym>American chameleon</synonym>\r
+                                                  <rank>species</rank>\r
+                                                  <uri>http://content61.eol.org/content/2009/09/20/01/05528_580_360.jpg</uri>\r
+                                                  <uri>http://content61.eol.org/content/2008/10/08/13/66818_580_360.jpg</uri>\r
+                                                </taxonomy>\r
+                                              </clade>\r
+                                            </clade>\r
+                                          </clade>\r
+                                        </clade>\r
+                                        <clade>\r
+                                          <taxonomy>\r
+                                            <id provider="uniprot">8353</id>\r
+                                            <scientific_name>Xenopus</scientific_name>\r
+                                            <rank>genus</rank>\r
+                                          </taxonomy>\r
+                                          <clade>\r
+                                            <taxonomy>\r
+                                              <id provider="uniprot">8355</id>\r
+                                              <code>XENLA</code>\r
+                                              <scientific_name>Xenopus laevis</scientific_name>\r
+                                              <authority>Daudin, 1802</authority>\r
+                                              <common_name>African clawed frog</common_name>\r
+                                              <synonym>Bufo laevis</synonym>\r
+                                              <rank>species</rank>\r
+                                              <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/e/e3/Xenopus_laevis.jpg</uri>\r
+                                            </taxonomy>\r
+                                          </clade>\r
+                                          <clade>\r
+                                            <taxonomy>\r
+                                              <id provider="uniprot">8364</id>\r
+                                              <code>XENTR</code>\r
+                                              <scientific_name>Xenopus tropicalis</scientific_name>\r
+                                              <common_name>Western clawed frog</common_name>\r
+                                              <synonym>Silurana tropicalis</synonym>\r
+                                              <rank>species</rank>\r
+                                              <uri>http://genoweb.univ-rennes1.fr/OGP/xenopus%20tropicalis.jpg</uri>\r
+                                            </taxonomy>\r
+                                          </clade>\r
+                                        </clade>\r
+                                      </clade>\r
+                                      <clade>\r
+                                        <taxonomy>\r
+                                          <id provider="uniprot">7897</id>\r
+                                          <code>LATCH</code>\r
+                                          <scientific_name>Latimeria chalumnae</scientific_name>\r
+                                          <common_name>West Indian ocean coelacanth</common_name>\r
+                                          <rank>species</rank>\r
+                                          <uri>http://marinebio.org/upload/Latimeria-chalumnae/1.jpg</uri>\r
+                                          <uri>http://images.nationalgeographic.com/wpf/media-live/photos/000/005/cache/coelacanth_501_600x450.jpg</uri>\r
+                                        </taxonomy>\r
+                                      </clade>\r
+                                    </clade>\r
+                                    <clade>\r
+                                      <name>Teleostei</name>\r
+                                      <taxonomy>\r
+                                        <id provider="uniprot">32443</id>\r
+                                        <scientific_name>Teleostei</scientific_name>\r
+                                      </taxonomy>\r
+                                      <clade>\r
+                                        <taxonomy>\r
+                                          <id provider="uniprot">123368</id>\r
+                                          <scientific_name>Acanthomorpha</scientific_name>\r
+                                        </taxonomy>\r
+                                        <clade>\r
+                                          <taxonomy>\r
+                                            <id provider="uniprot">32485</id>\r
+                                            <scientific_name>Percomorpha</scientific_name>\r
+                                          </taxonomy>\r
+                                          <clade>\r
+                                            <taxonomy>\r
+                                              <id provider="uniprot">129949</id>\r
+                                              <scientific_name>Smegmamorpha</scientific_name>\r
+                                            </taxonomy>\r
+                                            <clade>\r
+                                              <taxonomy>\r
+                                                <id provider="uniprot">32456</id>\r
+                                                <scientific_name>Atherinomorpha</scientific_name>\r
+                                              </taxonomy>\r
+                                              <clade>\r
+                                                <taxonomy>\r
+                                                  <id provider="uniprot">8090</id>\r
+                                                  <code>ORYLA</code>\r
+                                                  <scientific_name>Oryzias latipes</scientific_name>\r
+                                                  <common_name>Medaka fish</common_name>\r
+                                                  <synonym>Japanese ricefish</synonym>\r
+                                                  <rank>species</rank>\r
+                                                  <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/4/49/Nihonmedaka.jpg</uri>\r
+                                                </taxonomy>\r
+                                              </clade>\r
+                                              <clade>\r
+                                                <taxonomy>\r
+                                                  <id provider="uniprot">8083</id>\r
+                                                  <code>XIPMA</code>\r
+                                                  <scientific_name>Xiphophorus maculatus</scientific_name>\r
+                                                  <authority>Guenther, 1866</authority>\r
+                                                  <common_name>Southern platyfish</common_name>\r
+                                                  <synonym>Platypoecilus maculatus</synonym>\r
+                                                  <rank>species</rank>\r
+                                                  <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/6/6b/Poissons_06.jpg</uri>\r
+                                                </taxonomy>\r
+                                              </clade>\r
+                                            </clade>\r
+                                            <clade>\r
+                                              <taxonomy>\r
+                                                <id provider="uniprot">69293</id>\r
+                                                <code>GASAC</code>\r
+                                                <scientific_name>Gasterosteus aculeatus</scientific_name>\r
+                                                <common_name>Three-spined stickleback</common_name>\r
+                                                <rank>species</rank>\r
+                                                <uri>http://www.jjphoto.dk/fish_archive/freshwater/gasterosteus_aculeatus.jpg</uri>\r
+                                              </taxonomy>\r
+                                            </clade>\r
+                                          </clade>\r
+                                          <clade>\r
+                                            <taxonomy>\r
+                                              <id provider="uniprot">31031</id>\r
+                                              <scientific_name>Tetraodontidae</scientific_name>\r
+                                              <common_name>puffers</common_name>\r
+                                              <rank>family</rank>\r
+                                            </taxonomy>\r
+                                            <clade>\r
+                                              <taxonomy>\r
+                                                <id provider="uniprot">31033</id>\r
+                                                <code>TAKRU</code>\r
+                                                <scientific_name>Takifugu rubripes</scientific_name>\r
+                                                <common_name>Japanese pufferfish</common_name>\r
+                                                <synonym>Fugu rubripes</synonym>\r
+                                                <rank>species</rank>\r
+                                                <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/2/25/Fugu_in_Tank.jpg/800px-Fugu_in_Tank.jpg</uri>\r
+                                              </taxonomy>\r
+                                            </clade>\r
+                                            <clade>\r
+                                              <taxonomy>\r
+                                                <id provider="uniprot">99883</id>\r
+                                                <code>TETNG</code>\r
+                                                <scientific_name>Tetraodon nigroviridis</scientific_name>\r
+                                                <common_name>Green puffer</common_name>\r
+                                                <synonym>Chelonodon nigroviridis</synonym>\r
+                                                <rank>species</rank>\r
+                                                <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/b/b6/Tetraodon_nigroviridis_1.jpg/800px-Tetraodon_nigroviridis_1.jpg</uri>\r
+                                              </taxonomy>\r
+                                            </clade>\r
+                                          </clade>\r
+                                          <clade>\r
+                                            <taxonomy>\r
+                                              <id provider="uniprot">8128</id>\r
+                                              <code>ORENI</code>\r
+                                              <scientific_name>Tilapia nilotica</scientific_name>\r
+                                              <authority>Linnaeus, 1758</authority>\r
+                                              <common_name>Nile tilapia</common_name>\r
+                                              <synonym>Tilapia nilotica</synonym>\r
+                                              <rank>species</rank>\r
+                                              <uri>http://www.jjphoto.dk/fish_archive/warm_freshwater/oreochromis_niloticus_niloticus.jpg</uri>\r
+                                            </taxonomy>\r
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+                                        </clade>\r
+                                        <clade>\r
+                                          <taxonomy>\r
+                                            <id provider="uniprot">8049</id>\r
+                                            <code>GADMO</code>\r
+                                            <scientific_name>Gadus morhua</scientific_name>\r
+                                            <common_name>Atlantic cod</common_name>\r
+                                            <rank>species</rank>\r
+                                            <uri>http://www.marinbi.com/g-morhua.jpg</uri>\r
+                                          </taxonomy>\r
+                                        </clade>\r
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+                                      <clade>\r
+                                        <taxonomy>\r
+                                          <id provider="uniprot">7955</id>\r
+                                          <code>DANRE</code>\r
+                                          <scientific_name>Danio rerio</scientific_name>\r
+                                          <common_name>Zebrafish</common_name>\r
+                                          <synonym>Brachydanio rerio</synonym>\r
+                                          <rank>species</rank>\r
+                                          <uri>http://fishbase.org.cn/images/species/Darer_m0.jpg</uri>\r
+                                        </taxonomy>\r
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+                                    </clade>\r
+                                  </clade>\r
+                                  <clade>\r
+                                    <taxonomy>\r
+                                      <id provider="uniprot">7868</id>\r
+                                      <code>CALMI</code>\r
+                                      <scientific_name>Callorhynchus milii</scientific_name>\r
+                                      <common_name>Australian ghost shark</common_name>\r
+                                      <synonym>Australian ghost shark</synonym>\r
+                                      <rank>species</rank>\r
+                                      <uri>http://www.tudiscovery.com/tiburones/que_es/popup_que/asset/07914907646434433_elephant_shark_380x290.jpg</uri>\r
+                                    </taxonomy>\r
+                                  </clade>\r
+                                </clade>\r
+                                <clade>\r
+                                  <taxonomy>\r
+                                    <id provider="uniprot">7757</id>\r
+                                    <code>PETMA</code>\r
+                                    <scientific_name>Petromyzon marinus</scientific_name>\r
+                                    <common_name>Sea lamprey</common_name>\r
+                                    <rank>species</rank>\r
+                                    <uri>http://www.uk-fish.info/pics/sealampray01.jpg</uri>\r
+                                  </taxonomy>\r
+                                </clade>\r
+                              </clade>\r
+                              <clade>\r
+                                <name>Urochordata</name>\r
+                                <taxonomy>\r
+                                  <id provider="uniprot">7712</id>\r
+                                  <scientific_name>Urochordata</scientific_name>\r
+                                  <rank>subphylum</rank>\r
+                                </taxonomy>\r
+                                <clade>\r
+                                  <taxonomy>\r
+                                    <id provider="uniprot">7718</id>\r
+                                    <scientific_name>Ciona</scientific_name>\r
+                                    <rank>genus</rank>\r
+                                  </taxonomy>\r
+                                  <clade>\r
+                                    <taxonomy>\r
+                                      <id provider="uniprot">7719</id>\r
+                                      <code>CIOIN</code>\r
+                                      <scientific_name>Ciona intestinalis</scientific_name>\r
+                                      <common_name>Transparent sea squirt</common_name>\r
+                                      <synonym>Ascidia intestinalis</synonym>\r
+                                      <rank>species</rank>\r
+                                      <uri>http://adl.brs.gov.au/marinepests/images/Ciona_intestinalis2.jpg</uri>\r
+                                    </taxonomy>\r
+                                  </clade>\r
+                                  <clade>\r
+                                    <taxonomy>\r
+                                      <id provider="uniprot">51511</id>\r
+                                      <code>CIOSA</code>\r
+                                      <scientific_name>Ciona savignyi</scientific_name>\r
+                                      <common_name>Pacific transparent sea squirt</common_name>\r
+                                      <rank>species</rank>\r
+                                      <uri>http://www.pnwscuba.com/invasives/photos/ciona4.jpg</uri>\r
+                                    </taxonomy>\r
+                                  </clade>\r
+                                </clade>\r
+                                <clade>\r
+                                  <taxonomy>\r
+                                    <id provider="ncbi">34765</id>\r
+                                    <code>OIKDI</code>\r
+                                    <scientific_name>Oikopleura dioica</scientific_name>\r
+                                    <common_name>Tunicate</common_name>\r
+                                    <rank>species</rank>\r
+                                    <uri>http://jellieszone.com/images/oikopleura.jpg</uri>\r
+                                  </taxonomy>\r
+                                </clade>\r
+                              </clade>\r
+                            </clade>\r
+                            <clade>\r
+                              <taxonomy>\r
+                                <id provider="uniprot">7739</id>\r
+                                <code>BRAFL</code>\r
+                                <scientific_name>Branchiostoma floridae</scientific_name>\r
+                                <common_name>Florida lancelet</common_name>\r
+                                <synonym>Amphioxus</synonym>\r
+                                <rank>species</rank>\r
+                                <uri>http://www.nicerweb.com/sketches/video/PBS-ShapeOfLife/4.8_BonesBrawnBrains/Branchiostoma_floridae.jpg</uri>\r
+                              </taxonomy>\r
+                            </clade>\r
+                          </clade>\r
+                          <clade>\r
+                            <name>Hemichordata &amp; Echinodermata</name>\r
+                            <clade>\r
+                              <taxonomy>\r
+                                <id provider="uniprot">7586</id>\r
+                                <scientific_name>Echinodermata</scientific_name>\r
+                                <rank>phylum</rank>\r
+                              </taxonomy>\r
+                              <clade>\r
+                                <taxonomy>\r
+                                  <id provider="uniprot">133551</id>\r
+                                  <scientific_name>Eleutherozoa</scientific_name>\r
+                                  <rank>subphylum</rank>\r
+                                </taxonomy>\r
+                                <clade>\r
+                                  <taxonomy>\r
+                                    <id provider="uniprot">7674</id>\r
+                                    <scientific_name>Echinacea</scientific_name>\r
+                                    <rank>superorder</rank>\r
+                                  </taxonomy>\r
+                                  <clade>\r
+                                    <taxonomy>\r
+                                      <id provider="uniprot">7654</id>\r
+                                      <code>LYTVA</code>\r
+                                      <scientific_name>Lytechinus variegatus</scientific_name>\r
+                                      <common_name>Green sea urchin</common_name>\r
+                                      <synonym>Variegated urchin</synonym>\r
+                                      <rank>species</rank>\r
+                                      <uri>http://imagess3.enature.com/seashore/seashore_l/sc0090_1l.jpg</uri>\r
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+                                  <clade>\r
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+                                      <id provider="uniprot">7668</id>\r
+                                      <code>STRPU</code>\r
+                                      <scientific_name>Strongylocentrotus purpuratus</scientific_name>\r
+                                      <common_name>Purple sea urchin</common_name>\r
+                                      <rank>species</rank>\r
+                                      <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/f/f4/Strongylocentrotus_purpuratus_1.jpg/724px-Strongylocentrotus_purpuratus_1.jpg</uri>\r
+                                    </taxonomy>\r
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+                                </clade>\r
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+                                  <taxonomy>\r
+                                    <id provider="uniprot">46514</id>\r
+                                    <code>PATMI</code>\r
+                                    <scientific_name>Patiria miniata</scientific_name>\r
+                                    <common_name>Bat star</common_name>\r
+                                    <synonym>Asterina miniata</synonym>\r
+                                    <rank>species</rank>\r
+                                    <uri>http://calphotos.berkeley.edu/imgs/256x384/9092_3191/3549/0105.jpeg</uri>\r
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+                                  <id provider="uniprot">73431</id>\r
+                                  <scientific_name>Florometra serratissima</scientific_name>\r
+                                  <common_name>common feather star</common_name>\r
+                                  <rank>species</rank>\r
+                                  <uri>http://www.alaska-in-pictures.com/data/media/1/feather-star-pattern_6081.jpg</uri>\r
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+                                <id provider="uniprot">10224</id>\r
+                                <code>SACKO</code>\r
+                                <scientific_name>Saccoglossus kowalevskii</scientific_name>\r
+                                <authority>Agassiz, 1873</authority>\r
+                                <common_name>Acorn worm</common_name>\r
+                                <rank>species</rank>\r
+                                <uri>http://faculty.washington.edu/bjswalla/Hemichordata/Enteropneusta/SkowAK.jpg</uri>\r
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+                            <scientific_name>Protostomia</scientific_name>\r
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+                              <scientific_name>Ecdysozoa</scientific_name>\r
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+                            <reference doi="10.1098/rstb.2007.2243">\r
+                              <desc>The evolution of the Ecdysozoa</desc>\r
+                            </reference>\r
+                            <clade>\r
+                              <taxonomy>\r
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+                                <scientific_name>Panarthropoda</scientific_name>\r
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+                              <clade>\r
+                                <name>Onychophora &amp; Arthropoda</name>\r
+                                <reference doi="10.1073/pnas.1105499108">\r
+                                  <desc>MicroRNAs and phylogenomics resolve the relationships of Tardigrada and suggest that velvet worms are the sister group of Arthropoda</desc>\r
+                                </reference>\r
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+                                  <taxonomy>\r
+                                    <id provider="uniprot">6656</id>\r
+                                    <scientific_name>Arthropoda</scientific_name>\r
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+                                  </taxonomy>\r
+                                  <reference doi="10.1098/rspb.2010.0590">\r
+                                    <desc>A congruent solution to arthropod phylogeny: phylogenomics, microRNAs and morphology support monophyletic Mandibulata</desc>\r
+                                  </reference>\r
+                                  <clade>\r
+                                    <taxonomy>\r
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+                                      <scientific_name>Mandibulata</scientific_name>\r
+                                    </taxonomy>\r
+                                    <reference doi="doi:10.1038/ncomms3485">\r
+                                      <desc>Arthropod fossil data increase congruence of morphological and molecular phylogenies</desc>\r
+                                    </reference>\r
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+                                    <clade>\r
+                                      <taxonomy>\r
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+                                              <taxonomy>\r
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+                                                <scientific_name>Endopterygota</scientific_name>\r
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+                                                <name>Hymenoptera &amp; Lepidoptera &amp; Diptera</name>\r
+                                                <clade>\r
+                                                  <name>Lepidoptera &amp; Diptera</name>\r
+                                                  <clade>\r
+                                                    <taxonomy>\r
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+                                                      <scientific_name>Diptera</scientific_name>\r
+                                                      <rank>order</rank>\r
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+                                                      <taxonomy>\r
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+                                                        <scientific_name>Drosophila</scientific_name>\r
+                                                        <common_name>fruit flies</common_name>\r
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+                                                      </taxonomy>\r
+                                                      <reference doi="10.1534/genetics.111.126540">\r
+                                                        <desc>The 19 Genomes of Drosophila: A BAC Library Resource for Genus-Wide and Genome-Scale Comparative Evolutionary Research</desc>\r
+                                                      </reference>\r
+                                                      <clade>\r
+                                                        <taxonomy>\r
+                                                          <id provider="uniprot">32341</id>\r
+                                                          <scientific_name>Sophophora</scientific_name>\r
+                                                          <rank>subgenus</rank>\r
+                                                        </taxonomy>\r
+                                                        <clade>\r
+                                                          <name>melanogaster &amp; pseudoobscura subgroups</name>\r
+                                                          <clade>\r
+                                                            <taxonomy>\r
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+                                                      </clade>\r
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+                                                        <name>Drosophila subgenus &amp; Hawaiian Drosophila</name>\r
+                                                        <clade>\r
+                                                          <name>Drosophila subgenus</name>\r
+                                                          <clade>\r
+                                                            <taxonomy>\r
+                                                              <id provider="uniprot">7230</id>\r
+                                                              <code>DROMO</code>\r
+                                                              <scientific_name>Drosophila mojavensis</scientific_name>\r
+                                                              <common_name>Fruit fly</common_name>\r
+                                                              <rank>species</rank>\r
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+                                                              <id provider="uniprot">7244</id>\r
+                                                              <code>DROVI</code>\r
+                                                              <scientific_name>Drosophila virilis</scientific_name>\r
+                                                              <common_name>Fruit fly</common_name>\r
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+                                                          <taxonomy>\r
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+                                                            <code>DROGR</code>\r
+                                                            <scientific_name>Drosophila grimshawi</scientific_name>\r
+                                                            <common_name>Fruit fly</common_name>\r
+                                                            <synonym>Idiomyia grimshawi</synonym>\r
+                                                            <rank>species</rank>\r
+                                                            <uri>http://www.pacificislandbooks.com/fruitf~1.jpg</uri>\r
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+                                                      <taxonomy>\r
+                                                        <id provider="uniprot">7157</id>\r
+                                                        <scientific_name>Culicidae</scientific_name>\r
+                                                        <common_name>mosquitos</common_name>\r
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+                                                          <id provider="uniprot">7159</id>\r
+                                                          <code>AEDAE</code>\r
+                                                          <scientific_name>Aedes aegypti</scientific_name>\r
+                                                          <common_name>Yellowfever mosquito</common_name>\r
+                                                          <synonym>Culex aegypti</synonym>\r
+                                                          <rank>species</rank>\r
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+                                                          <id provider="uniprot">7165</id>\r
+                                                          <code>ANOGA</code>\r
+                                                          <scientific_name>Anopheles gambiae</scientific_name>\r
+                                                          <common_name>African malaria mosquito</common_name>\r
+                                                          <rank>species</rank>\r
+                                                          <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/e/e9/Anopheles_gambiae_Mosquito.jpg</uri>\r
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+                                                        <taxonomy>\r
+                                                          <id provider="uniprot">7175</id>\r
+                                                          <code>CULPI</code>\r
+                                                          <scientific_name>Culex pipiens</scientific_name>\r
+                                                          <common_name>House mosquito</common_name>\r
+                                                          <rank>species</rank>\r
+                                                          <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/3/35/Culex_pipiens_2007-1.jpg</uri>\r
+                                                        </taxonomy>\r
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+                                                    </clade>\r
+                                                  </clade>\r
+                                                  <clade>\r
+                                                    <taxonomy>\r
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+                                                      <scientific_name>Obtectomera</scientific_name>\r
+                                                    </taxonomy>\r
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+                                                        <code>BOMMO</code>\r
+                                                        <scientific_name>Bombyx mori</scientific_name>\r
+                                                        <common_name>Silk moth</common_name>\r
+                                                        <rank>species</rank>\r
+                                                        <uri>http://lepidoptera.butterflyhouse.com.au/bomb/mori5.jpg</uri>\r
+                                                      </taxonomy>\r
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+                                                    <clade>\r
+                                                      <taxonomy>\r
+                                                        <id provider="uniprot">13037</id>\r
+                                                        <code>DANPL</code>\r
+                                                        <scientific_name>Danaus plexippus</scientific_name>\r
+                                                        <common_name>Monarch butterfly</common_name>\r
+                                                        <rank>species</rank>\r
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+                                                        <uri>http://bugguide.net/images/raw/7RTZXR3Z6RRHKZHH8RVL8RRHMZKHERKHQZLHGRLHPR1LERQH4RCZYL1LGRHH7ZZHER1LGRSH7R6L.jpg</uri>\r
+                                                      </taxonomy>\r
+                                                    </clade>\r
+                                                  </clade>\r
+                                                </clade>\r
+                                                <clade>\r
+                                                  <taxonomy>\r
+                                                    <id provider="uniprot">7400</id>\r
+                                                    <scientific_name>Apocrita</scientific_name>\r
+                                                    <common_name>wasps, ants and bees</common_name>\r
+                                                  </taxonomy>\r
+                                                  <clade>\r
+                                                    <taxonomy>\r
+                                                      <id provider="uniprot">7434</id>\r
+                                                      <scientific_name>Aculeata</scientific_name>\r
+                                                      <rank>suborder</rank>\r
+                                                    </taxonomy>\r
+                                                    <clade>\r
+                                                      <taxonomy>\r
+                                                        <id provider="uniprot">36668</id>\r
+                                                        <scientific_name>Formicidae</scientific_name>\r
+                                                        <common_name>ants</common_name>\r
+                                                        <rank>family</rank>\r
+                                                      </taxonomy>\r
+                                                      <clade>\r
+                                                        <taxonomy>\r
+                                                          <id provider="uniprot">143999</id>\r
+                                                          <scientific_name>Attini</scientific_name>\r
+                                                          <rank>tribe</rank>\r
+                                                        </taxonomy>\r
+                                                        <clade>\r
+                                                          <taxonomy>\r
+                                                            <id provider="uniprot">12957</id>\r
+                                                            <code>ATTCE</code>\r
+                                                            <scientific_name>Atta cephalotes</scientific_name>\r
+                                                            <authority>Linnaeus, 1758</authority>\r
+                                                            <common_name>Leafcutter ant</common_name>\r
+                                                            <rank>species</rank>\r
+                                                            <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/4/4e/Leaf-cutting_ant.jpg</uri>\r
+                                                          </taxonomy>\r
+                                                        </clade>\r
+                                                        <clade>\r
+                                                          <taxonomy>\r
+                                                            <id provider="uniprot">103372</id>\r
+                                                            <code>ACREC</code>\r
+                                                            <scientific_name>Acromyrmex echinatior</scientific_name>\r
+                                                            <authority>Forel, 1899</authority>\r
+                                                            <common_name>Panamanian leafcutter ant</common_name>\r
+                                                            <synonym>Acromyrmex octospinosus echinatior</synonym>\r
+                                                            <rank>species</rank>\r
+                                                            <uri>http://hymenopteragenome.org/acromyrmex/sites/hymenopteragenome.org.acromyrmex/files/Acromyrmex_echinatior2.jpg</uri>\r
+                                                          </taxonomy>\r
+                                                        </clade>\r
+                                                      </clade>\r
+                                                      <clade>\r
+                                                        <taxonomy>\r
+                                                          <id provider="uniprot">104421</id>\r
+                                                          <code>CAMFO</code>\r
+                                                          <scientific_name>Camponotus floridanus</scientific_name>\r
+                                                          <authority>Buckley, 1866</authority>\r
+                                                          <common_name>Florida carpenter ant</common_name>\r
+                                                          <rank>species</rank>\r
+                                                          <uri>http://bugguide.net/images/cache/5RLH6RRHXRALZZ9LZZ6L3LBLXZBL2RFZHZ9L7ZKH4RDZ3L3Z2RZHKZCLMZKH4R0H6R3Z6RSHMZBL5RRH5ROLKZELLZ.jpg</uri>\r
+                                                        </taxonomy>\r
+                                                      </clade>\r
+                                                    </clade>\r
+                                                    <clade>\r
+                                                      <taxonomy>\r
+                                                        <id provider="uniprot">7460</id>\r
+                                                        <code>APIME</code>\r
+                                                        <scientific_name>Apis mellifera</scientific_name>\r
+                                                        <common_name>Honeybee</common_name>\r
+                                                        <rank>species</rank>\r
+                                                        <uri>http://www.floridanature.org/photos/Apis_mellifera_6b_&amp;_Trifolium_sp.,_TBP,_Tallahassee,_20030323.jpg</uri>\r
+                                                      </taxonomy>\r
+                                                    </clade>\r
+                                                  </clade>\r
+                                                  <clade>\r
+                                                    <taxonomy>\r
+                                                      <id provider="uniprot">7425</id>\r
+                                                      <code>NASVI</code>\r
+                                                      <scientific_name>Nasonia vitripennis</scientific_name>\r
+                                                      <common_name>Parasitic wasp</common_name>\r
+                                                      <rank>species</rank>\r
+                                                      <uri>http://www.freshpond.org/nasonia.jpg</uri>\r
+                                                    </taxonomy>\r
+                                                  </clade>\r
+                                                </clade>\r
+                                              </clade>\r
+                                              <clade>\r
+                                                <taxonomy>\r
+                                                  <id provider="uniprot">7070</id>\r
+                                                  <code>TRICA</code>\r
+                                                  <scientific_name>Tribolium castaneum</scientific_name>\r
+                                                  <common_name>Red flour beetle</common_name>\r
+                                                  <rank>species</rank>\r
+                                                  <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/d/da/Tribolium_castaneum.jpg</uri>\r
+                                                </taxonomy>\r
+                                              </clade>\r
+                                            </clade>\r
+                                            <clade>\r
+                                              <taxonomy>\r
+                                                <id provider="uniprot">33342</id>\r
+                                                <scientific_name>Paraneoptera</scientific_name>\r
+                                                <rank>infraclass</rank>\r
+                                              </taxonomy>\r
+                                              <clade>\r
+                                                <taxonomy>\r
+                                                  <id provider="uniprot">7524</id>\r
+                                                  <scientific_name>Hemiptera</scientific_name>\r
+                                                  <rank>order</rank>\r
+                                                </taxonomy>\r
+                                                <clade>\r
+                                                  <taxonomy>\r
+                                                    <id provider="uniprot">7029</id>\r
+                                                    <code>ACYPI</code>\r
+                                                    <scientific_name>Acyrthosiphon pisum</scientific_name>\r
+                                                    <common_name>Pea aphid</common_name>\r
+                                                    <rank>species</rank>\r
+                                                    <uri>http://www.agroatlas.ru/content/pests/Acyrthosiphon_pisum/Acyrthosiphon_pisum.jpg</uri>\r
+                                                  </taxonomy>\r
+                                                </clade>\r
+                                                <clade>\r
+                                                  <taxonomy>\r
+                                                    <id provider="uniprot">13249</id>\r
+                                                    <code>RHOPR</code>\r
+                                                    <scientific_name>Rhodnius prolixus</scientific_name>\r
+                                                    <common_name>Triatomid bug</common_name>\r
+                                                    <rank>species</rank>\r
+                                                    <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/b/b9/Rhodnius_prolixus.jpg</uri>\r
+                                                  </taxonomy>\r
+                                                </clade>\r
+                                              </clade>\r
+                                              <clade>\r
+                                                <taxonomy>\r
+                                                  <id provider="uniprot">121224</id>\r
+                                                  <code>PEDHC</code>\r
+                                                  <scientific_name>Pediculus humanus subsp. corporis</scientific_name>\r
+                                                  <common_name>Body louse</common_name>\r
+                                                  <rank>subspecies</rank>\r
+                                                  <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/9/92/Body_lice.jpg/436px-Body_lice.jpg</uri>\r
+                                                </taxonomy>\r
+                                              </clade>\r
+                                            </clade>\r
+                                          </clade>\r
+                                          <clade>\r
+                                            <taxonomy>\r
+                                              <id provider="uniprot">568273</id>\r
+                                              <scientific_name>Machilis germanica</scientific_name>\r
+                                              <rank>species</rank>\r
+                                              <uri>http://www.naturefg.com/images/c-animals/machilis.jpg</uri>\r
+                                            </taxonomy>\r
+                                          </clade>\r
+                                        </clade>\r
+                                        <clade>\r
+                                          <taxonomy>\r
+                                            <id provider="uniprot">383857</id>\r
+                                            <scientific_name>Campodea fragilis</scientific_name>\r
+                                            <rank>species</rank>\r
+                                            <uri>http://images.wikia.com/insect/images/3/3c/Campodea_fragilis.jpg</uri>\r
+                                          </taxonomy>\r
+                                        </clade>\r
+                                      </clade>\r
+                                      <clade>\r
+                                        <taxonomy>\r
+                                          <id provider="uniprot">6657</id>\r
+                                          <scientific_name>Crustacea</scientific_name>\r
+                                          <rank>subphylum</rank>\r
+                                        </taxonomy>\r
+                                        <clade>\r
+                                          <taxonomy>\r
+                                            <id provider="uniprot">6658</id>\r
+                                            <scientific_name>Branchiopoda</scientific_name>\r
+                                            <rank>class</rank>\r
+                                          </taxonomy>\r
+                                          <clade>\r
+                                            <taxonomy>\r
+                                              <id provider="uniprot">6661</id>\r
+                                              <code>ARTSF</code>\r
+                                              <scientific_name>Artemia franciscana</scientific_name>\r
+                                              <common_name>Brine shrimp</common_name>\r
+                                              <synonym>Artemia sanfranciscana</synonym>\r
+                                              <rank>species</rank>\r
+                                              <uri>http://www.aslo.org/photopost/data/518/medium/8Brine_shrimp.jpg</uri>\r
+                                            </taxonomy>\r
+                                          </clade>\r
+                                          <clade>\r
+                                            <taxonomy>\r
+                                              <id provider="uniprot">6669</id>\r
+                                              <code>DAPPU</code>\r
+                                              <scientific_name>Daphnia pulex</scientific_name>\r
+                                              <common_name>Water flea</common_name>\r
+                                              <rank>species</rank>\r
+                                              <uri>http://www.microscopy-uk.org.uk/mag/imgjun99/daphni.jpg</uri>\r
+                                            </taxonomy>\r
+                                          </clade>\r
+                                        </clade>\r
+                                        <clade>\r
+                                          <taxonomy>\r
+                                            <id provider="uniprot">6706</id>\r
+                                            <code>HOMAM</code>\r
+                                            <scientific_name>Homarus americanus</scientific_name>\r
+                                            <common_name>American lobster</common_name>\r
+                                            <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/5/5e/Lobster.jpg</uri>\r
+                                          </taxonomy>\r
+                                        </clade>\r
+                                      </clade>\r
+                                    </clade>\r
+                                    <clade>\r
+                                      <taxonomy>\r
+                                        <id provider="uniprot">61985</id>\r
+                                        <scientific_name>Myriapoda</scientific_name>\r
+                                        <rank>subphylum</rank>\r
+                                      </taxonomy>\r
+                                      <clade>\r
+                                        <taxonomy>\r
+                                          <id provider="uniprot">7553</id>\r
+                                          <scientific_name>Diplopoda</scientific_name>\r
+                                          <common_name>millipedes</common_name>\r
+                                          <rank>class</rank>\r
+                                        </taxonomy>\r
+                                        <clade>\r
+                                          <taxonomy>\r
+                                            <id provider="uniprot">118561</id>\r
+                                            <scientific_name>Helminthomorpha</scientific_name>\r
+                                            <rank>subclass</rank>\r
+                                          </taxonomy>\r
+                                          <clade>\r
+                                            <taxonomy>\r
+                                              <id provider="uniprot">364406</id>\r
+                                              <code>ANTGC</code>\r
+                                              <scientific_name>Antrokoreana gracilipes</scientific_name>\r
+                                              <common_name>Troglobite millipede</common_name>\r
+                                              <rank>species</rank>\r
+                                            </taxonomy>\r
+                                          </clade>\r
+                                          <clade>\r
+                                            <taxonomy>\r
+                                              <id provider="uniprot">174156</id>\r
+                                              <code>NARAN</code>\r
+                                              <scientific_name>Narceus annularis</scientific_name>\r
+                                              <common_name>Millipede</common_name>\r
+                                              <rank>species</rank>\r
+                                              <uri>http://i.pbase.com/g4/59/68959/2/59864073.narceus0705062large.jpg</uri>\r
+                                            </taxonomy>\r
+                                          </clade>\r
+                                        </clade>\r
+                                        <clade>\r
+                                          <taxonomy>\r
+                                            <id provider="uniprot">52428</id>\r
+                                            <scientific_name>Polyxenus lagurus</scientific_name>\r
+                                            <common_name>bristly millipede</common_name>\r
+                                            <rank>species</rank>\r
+                                            <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/5/54/Polyxenus.lagurus.1.jpg</uri>\r
+                                          </taxonomy>\r
+                                        </clade>\r
+                                      </clade>\r
+                                      <clade>\r
+                                        <taxonomy>\r
+                                          <id provider="uniprot">7540</id>\r
+                                          <scientific_name>Chilopoda</scientific_name>\r
+                                          <common_name>centipedes</common_name>\r
+                                          <rank>class</rank>\r
+                                        </taxonomy>\r
+                                        <clade>\r
+                                          <taxonomy>\r
+                                            <id provider="uniprot">29022</id>\r
+                                            <code>SCUCO</code>\r
+                                            <scientific_name>Scutigera coleoptrata</scientific_name>\r
+                                            <common_name>House centipede</common_name>\r
+                                            <rank>species</rank>\r
+                                            <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/1/14/Scutigera_coleoptrata.JPG</uri>\r
+                                          </taxonomy>\r
+                                        </clade>\r
+                                        <clade>\r
+                                          <taxonomy>\r
+                                            <id provider="uniprot">126957</id>\r
+                                            <code>STRMM</code>\r
+                                            <scientific_name>Strigamia maritima</scientific_name>\r
+                                            <common_name>European centipede</common_name>\r
+                                            <synonym>Geophilus maritimus</synonym>\r
+                                            <rank>species</rank>\r
+                                            <uri>http://images.marinespecies.org/resized/22703_strigamia-maritima-male-loch-linnhe-scotland.jpg</uri>\r
+                                          </taxonomy>\r
+                                        </clade>\r
+                                      </clade>\r
+                                    </clade>\r
+                                  </clade>\r
+                                  <clade>\r
+                                    <taxonomy>\r
+                                      <id provider="uniprot">6843</id>\r
+                                      <scientific_name>Chelicerata</scientific_name>\r
+                                      <rank>subphylum</rank>\r
+                                    </taxonomy>\r
+                                    <reference doi="10.1016/j.ympev.2009.08.014">\r
+                                      <desc>A 454 sequencing approach for large scale phylogenomic analysis of the common emperor scorpion (Pandinus imperator)</desc>\r
+                                    </reference>\r
+                                    <reference>\r
+                                    </reference>\r
+                                    <reference>\r
+                                    </reference>\r
+                                    <reference>\r
+                                    </reference>\r
+                                    <clade>\r
+                                      <name>Arachnida &amp; Merostomata</name>\r
+                                      <taxonomy>\r
+                                        <id>Sea spider</id>\r
+                                      </taxonomy>\r
+                                      <clade>\r
+                                        <taxonomy>\r
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+                                          <scientific_name>Arachnida</scientific_name>\r
+                                          <rank>class</rank>\r
+                                        </taxonomy>\r
+                                        <clade>\r
+                                          <taxonomy>\r
+                                            <id provider="uniprot">6933</id>\r
+                                            <scientific_name>Acari</scientific_name>\r
+                                            <common_name>mites &amp; ticks</common_name>\r
+                                            <rank>subclass</rank>\r
+                                          </taxonomy>\r
+                                          <clade>\r
+                                            <taxonomy>\r
+                                              <id provider="uniprot">6945</id>\r
+                                              <code>IXOSC</code>\r
+                                              <scientific_name>Ixodes scapularis</scientific_name>\r
+                                              <common_name>Black-legged tick</common_name>\r
+                                              <synonym>Deer tick</synonym>\r
+                                              <rank>species</rank>\r
+                                              <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8c/Deertick.jpg</uri>\r
+                                            </taxonomy>\r
+                                          </clade>\r
+                                          <clade>\r
+                                            <taxonomy>\r
+                                              <id provider="uniprot">32264</id>\r
+                                              <code>TETUR</code>\r
+                                              <scientific_name>Tetranychus urticae</scientific_name>\r
+                                              <common_name>Two-spotted spider mite</common_name>\r
+                                              <rank>species</rank>\r
+                                              <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/c/c5/Tetranychus-urticae.jpg/472px-Tetranychus-urticae.jpg</uri>\r
+                                            </taxonomy>\r
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+                                        </clade>\r
+                                        <clade>\r
+                                          <taxonomy>\r
+                                            <id provider="uniprot">34649</id>\r
+                                            <code>MESMA</code>\r
+                                            <scientific_name>Mesobuthus martensii</scientific_name>\r
+                                            <authority>Karsch, 1879</authority>\r
+                                            <common_name>Manchurian scorpion</common_name>\r
+                                            <synonym>Buthus martensi</synonym>\r
+                                            <synonym>Buthus martensii</synonym>\r
+                                            <rank>species</rank>\r
+                                            <uri>http://www.ntnu.no/ub/scorpion-files/m_martensii1.jpg</uri>\r
+                                          </taxonomy>\r
+                                        </clade>\r
+                                      </clade>\r
+                                      <clade>\r
+                                        <taxonomy>\r
+                                          <id provider="uniprot">6850</id>\r
+                                          <code>LIMPO</code>\r
+                                          <scientific_name>Limulus polyphemus</scientific_name>\r
+                                          <common_name>Atlantic horseshoe crab</common_name>\r
+                                          <rank>species</rank>\r
+                                          <uri>http://www.biopix.eu/photosmedium/Limulus%20polyphemus%2000008.JPG</uri>\r
+                                        </taxonomy>\r
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+                                    </clade>\r
+                                    <clade>\r
+                                      <taxonomy>\r
+                                        <id provider="uniprot">258330</id>\r
+                                        <scientific_name>Ammothea hilgendorfi</scientific_name>\r
+                                        <rank>species</rank>\r
+                                        <uri>http://nathistoc.bio.uci.edu/Pycnogonida/DSCF0073b.jpg</uri>\r
+                                      </taxonomy>\r
+                                    </clade>\r
+                                  </clade>\r
+                                </clade>\r
+                                <clade>\r
+                                  <taxonomy>\r
+                                    <id provider="uniprot">488523</id>\r
+                                    <scientific_name>Euperipatoides kanangrensis</scientific_name>\r
+                                    <authority>Reid, 1996</authority>\r
+                                    <rank>species</rank>\r
+                                    <uri>http://content60.eol.org/content/2012/04/05/01/26600_580_360.jpg</uri>\r
+                                    <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/6/67/Euperipatoides_kanangrensis_crop.jpg</uri>\r
+                                  </taxonomy>\r
+                                </clade>\r
+                              </clade>\r
+                              <clade>\r
+                                <taxonomy>\r
+                                  <id provider="uniprot">232323</id>\r
+                                  <code>HYPDU</code>\r
+                                  <scientific_name>Hypsibius dujardini</scientific_name>\r
+                                  <common_name>Water bear</common_name>\r
+                                  <synonym>Macrobiotus dujardini</synonym>\r
+                                  <rank>species</rank>\r
+                                  <uri>http://content62.eol.org/content/2013/08/23/23/61018_580_360.jpg</uri>\r
+                                </taxonomy>\r
+                              </clade>\r
+                            </clade>\r
+                            <clade>\r
+                              <taxonomy>\r
+                                <id provider="uniprot">6231</id>\r
+                                <scientific_name>Nematoda</scientific_name>\r
+                                <common_name>roundworms</common_name>\r
+                                <rank>phylum</rank>\r
+                              </taxonomy>\r
+                              <clade>\r
+                                <taxonomy>\r
+                                  <id provider="uniprot">119089</id>\r
+                                  <scientific_name>Chromadorea</scientific_name>\r
+                                  <rank>class</rank>\r
+                                </taxonomy>\r
+                                <reference doi="10.1038/32160">\r
+                                </reference>\r
+                                <clade>\r
+                                  <name>nematode Clade V</name>\r
+                                  <clade>\r
+                                    <taxonomy>\r
+                                      <id provider="uniprot">6237</id>\r
+                                      <scientific_name>Caenorhabditis</scientific_name>\r
+                                      <rank>genus</rank>\r
+                                    </taxonomy>\r
+                                    <reference doi="10.1073/pnas.0403094101">\r
+                                      <desc>Caenorhabditis phylogeny predicts convergence of hermaphroditism and extensive intron loss</desc>\r
+                                    </reference>\r
+                                    <clade>\r
+                                      <name>CAEBR &amp; CAERE &amp; CAEBE &amp; CAEEL</name>\r
+                                      <clade>\r
+                                        <name>CAEBR &amp; CAERE &amp; CAEBE</name>\r
+                                        <clade>\r
+                                          <name>CAEBR &amp; CAERE</name>\r
+                                          <clade>\r
+                                            <taxonomy>\r
+                                              <id provider="uniprot">6238</id>\r
+                                              <code>CAEBR</code>\r
+                                              <scientific_name>Caenorhabditis briggsae</scientific_name>\r
+                                              <rank>species</rank>\r
+                                              <uri>http://www.life.umd.edu/biology/haag/briggsae_herm.jpg</uri>\r
+                                            </taxonomy>\r
+                                          </clade>\r
+                                          <clade>\r
+                                            <taxonomy>\r
+                                              <id provider="uniprot">31234</id>\r
+                                              <code>CAERE</code>\r
+                                              <scientific_name>Caenorhabditis remanei</scientific_name>\r
+                                              <synonym>Caenorhabditis vulgaris</synonym>\r
+                                              <rank>species</rank>\r
+                                              <uri>http://lemur.amu.edu.pl/share/php/mirnest_1.0/species_images/Caenorhabditis_remanei.jpg</uri>\r
+                                            </taxonomy>\r
+                                          </clade>\r
+                                        </clade>\r
+                                        <clade>\r
+                                          <taxonomy>\r
+                                            <id provider="uniprot">135651</id>\r
+                                            <code>CAEBE</code>\r
+                                            <scientific_name>Caenorhabditis brenneri</scientific_name>\r
+                                            <common_name>Nematode worm</common_name>\r
+                                            <synonym>Caenorhabditis CB5161</synonym>\r
+                                            <rank>species</rank>\r
+                                          </taxonomy>\r
+                                        </clade>\r
+                                      </clade>\r
+                                      <clade>\r
+                                        <taxonomy>\r
+                                          <id provider="uniprot">6239</id>\r
+                                          <code>CAEEL</code>\r
+                                          <scientific_name>Caenorhabditis elegans</scientific_name>\r
+                                          <rank>species</rank>\r
+                                          <uri>http://homepages.ed.ac.uk/mbx/C_elegans/N2_picture.gif</uri>\r
+                                        </taxonomy>\r
+                                      </clade>\r
+                                    </clade>\r
+                                    <clade>\r
+                                      <taxonomy>\r
+                                        <id provider="uniprot">281687</id>\r
+                                        <code>CAEJA</code>\r
+                                        <scientific_name>Caenorhabditis japonica</scientific_name>\r
+                                        <rank>species</rank>\r
+                                      </taxonomy>\r
+                                    </clade>\r
+                                  </clade>\r
+                                  <clade>\r
+                                    <taxonomy>\r
+                                      <id provider="uniprot">54126</id>\r
+                                      <code>PRIPA</code>\r
+                                      <scientific_name>Pristionchus pacificus</scientific_name>\r
+                                      <common_name>Parasitic nematode</common_name>\r
+                                      <rank>species</rank>\r
+                                      <uri>http://smithlabdb.usc.edu/images/Pristionchus_pacificus.jpg</uri>\r
+                                    </taxonomy>\r
+                                  </clade>\r
+                                </clade>\r
+                                <clade>\r
+                                  <taxonomy>\r
+                                    <id provider="uniprot">6296</id>\r
+                                    <scientific_name>Onchocercidae</scientific_name>\r
+                                    <rank>family</rank>\r
+                                  </taxonomy>\r
+                                  <clade>\r
+                                    <taxonomy>\r
+                                      <id provider="uniprot">6279</id>\r
+                                      <code>BRUMA</code>\r
+                                      <scientific_name>Brugia malayi</scientific_name>\r
+                                      <common_name>Filarial nematode worm</common_name>\r
+                                      <rank>species</rank>\r
+                                      <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/4/4a/Brugia_malayi.JPG</uri>\r
+                                    </taxonomy>\r
+                                  </clade>\r
+                                  <clade>\r
+                                    <taxonomy>\r
+                                      <id provider="uniprot">6293</id>\r
+                                      <code>WUCBA</code>\r
+                                      <scientific_name>Wuchereria bancrofti</scientific_name>\r
+                                      <rank>species</rank>\r
+                                      <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/a/a9/Wuchereria_bancrofti_1_DPDX.JPG</uri>\r
+                                    </taxonomy>\r
+                                  </clade>\r
+                                </clade>\r
+                              </clade>\r
+                              <clade>\r
+                                <taxonomy>\r
+                                  <id provider="uniprot">6334</id>\r
+                                  <code>TRISP</code>\r
+                                  <scientific_name>Trichinella spiralis</scientific_name>\r
+                                  <common_name>Trichina worm</common_name>\r
+                                  <rank>species</rank>\r
+                                  <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/e/e8/Trichinella_larv1_DPDx.JPG</uri>\r
+                                </taxonomy>\r
+                              </clade>\r
+                            </clade>\r
+                          </clade>\r
+                          <clade>\r
+                            <taxonomy>\r
+                              <id provider="uniprot">1206795</id>\r
+                              <scientific_name>Lophotrochozoa</scientific_name>\r
+                            </taxonomy>\r
+                            <clade>\r
+                              <name>Annelida &amp; Mollusca</name>\r
+                              <clade>\r
+                                <taxonomy>\r
+                                  <id provider="uniprot">6447</id>\r
+                                  <scientific_name>Mollusca</scientific_name>\r
+                                  <rank>phylum</rank>\r
+                                </taxonomy>\r
+                                <clade>\r
+                                  <taxonomy>\r
+                                    <id provider="uniprot">6448</id>\r
+                                    <scientific_name>Gastropoda</scientific_name>\r
+                                    <rank>class</rank>\r
+                                  </taxonomy>\r
+                                  <clade>\r
+                                    <taxonomy>\r
+                                      <id provider="uniprot">6500</id>\r
+                                      <code>APLCA</code>\r
+                                      <scientific_name>Aplysia californica</scientific_name>\r
+                                      <common_name>California sea hare</common_name>\r
+                                      <rank>species</rank>\r
+                                      <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/e/ef/Aplysia_californica.jpg</uri>\r
+                                    </taxonomy>\r
+                                  </clade>\r
+                                  <clade>\r
+                                    <taxonomy>\r
+                                      <id provider="uniprot">225164</id>\r
+                                      <code>LOTGI</code>\r
+                                      <scientific_name>Lottia gigantea</scientific_name>\r
+                                      <common_name>Owl limpet</common_name>\r
+                                      <rank>species</rank>\r
+                                      <uri>http://nathistoc.bio.uci.edu/Molluscs/OwlLimpet1.jpg</uri>\r
+                                    </taxonomy>\r
+                                  </clade>\r
+                                </clade>\r
+                                <clade>\r
+                                  <taxonomy>\r
+                                    <id provider="uniprot">6545</id>\r
+                                    <scientific_name>Pteriomorphia</scientific_name>\r
+                                    <synonym>Pteriomorpha</synonym>\r
+                                    <rank>subclass</rank>\r
+                                  </taxonomy>\r
+                                  <clade>\r
+                                    <taxonomy>\r
+                                      <id provider="uniprot">29159</id>\r
+                                      <code>CRAGI</code>\r
+                                      <scientific_name>Crassostrea gigas</scientific_name>\r
+                                      <authority>Thunberg, 1793</authority>\r
+                                      <common_name>Pacific oyster</common_name>\r
+                                      <synonym>Crassotrea gigas</synonym>\r
+                                      <synonym>Crassostrea angulata</synonym>\r
+                                      <synonym>Ostrea gigas</synonym>\r
+                                      <rank>species</rank>\r
+                                      <uri>http://www.marlin.ac.uk/imgs/o_cragig.jpg</uri>\r
+                                    </taxonomy>\r
+                                  </clade>\r
+                                  <clade>\r
+                                    <taxonomy>\r
+                                      <id provider="uniprot">50426</id>\r
+                                      <code>PINFU</code>\r
+                                      <scientific_name>Pinctada fucata</scientific_name>\r
+                                      <common_name>Pearl oyster</common_name>\r
+                                      <rank>species</rank>\r
+                                      <uri>http://www.elrincondelmalacologo.com/Web%20fotos%20marinos%20no%20gasteropodos/Fotos%20coleccion/Pteriidae/Pinctada%20fucata.jpg</uri>\r
+                                    </taxonomy>\r
+                                  </clade>\r
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+                              </clade>\r
+                              <clade>\r
+                                <taxonomy>\r
+                                  <id provider="uniprot">6340</id>\r
+                                  <scientific_name>Annelida</scientific_name>\r
+                                  <rank>phylum</rank>\r
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+                                    <id provider="uniprot">283909</id>\r
+                                    <code>CAPTE</code>\r
+                                    <scientific_name>Capitella teleta</scientific_name>\r
+                                    <authority>Blake, Grassle &amp; Eckelbarger, 2009</authority>\r
+                                    <common_name>Polychaete worm</common_name>\r
+                                    <synonym>Capitella sp. I</synonym>\r
+                                    <rank>species</rank>\r
+                                    <uri>http://genome.jgi-psf.org/Capca1/capitella.jpg</uri>\r
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+                                </clade>\r
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+                                  <taxonomy>\r
+                                    <id provider="uniprot">6412</id>\r
+                                    <code>HELRO</code>\r
+                                    <scientific_name>Helobdella robusta</scientific_name>\r
+                                    <common_name>Californian leech</common_name>\r
+                                    <rank>species</rank>\r
+                                    <uri>http://genome.jgi-psf.org/Helro1/Helro_leech.jpg</uri>\r
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+                            <clade>\r
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+                                <id provider="uniprot">6157</id>\r
+                                <scientific_name>Platyhelminthes</scientific_name>\r
+                                <rank>phylum</rank>\r
+                              </taxonomy>\r
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+                                  <scientific_name>Neodermata</scientific_name>\r
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+                                    <scientific_name>Digenea</scientific_name>\r
+                                    <common_name>flukes</common_name>\r
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+                                      <id provider="uniprot">6183</id>\r
+                                      <code>SCHMA</code>\r
+                                      <scientific_name>Schistosoma mansoni</scientific_name>\r
+                                      <common_name>Blood fluke</common_name>\r
+                                      <rank>species</rank>\r
+                                      <uri>http://animaldiversity.ummz.umich.edu/site/resources/Grzimek_inverts/Trematoda/Schistosoma_mansoni.jpg/medium.jpg</uri>\r
+                                    </taxonomy>\r
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+                                      <id provider="uniprot">79923</id>\r
+                                      <code>CLOSI</code>\r
+                                      <scientific_name>Clonorchis sinensi</scientific_name>\r
+                                      <authority>Cobbold, 1875</authority>\r
+                                      <common_name>Chinese liver fluke</common_name>\r
+                                      <rank>species</rank>\r
+                                      <uri>http://people.bethel.edu/~kisrob/VirtualBiology/Planaria/Chlonorchis_sinensis.jpg</uri>\r
+                                    </taxonomy>\r
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+                                </clade>\r
+                                <clade>\r
+                                  <taxonomy>\r
+                                    <id provider="uniprot">6211</id>\r
+                                    <code>ECHMU</code>\r
+                                    <scientific_name>Echinococcus multilocularis</scientific_name>\r
+                                    <rank>species</rank>\r
+                                    <uri>http://www.stanford.edu/group/parasites/ParaSites2003/Echinococcus/images/Echino_generalinfo.jpg</uri>\r
+                                  </taxonomy>\r
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+                              <clade>\r
+                                <taxonomy>\r
+                                  <id provider="uniprot">79327</id>\r
+                                  <code>SCHMD</code>\r
+                                  <scientific_name>Schmidtea mediterranea</scientific_name>\r
+                                  <common_name>Freshwater planarian flatworm</common_name>\r
+                                  <rank>species</rank>\r
+                                  <uri>http://www.astrobio.net/images/galleryimages_images/Gallery_Image_8136.jpg</uri>\r
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+                        </clade>\r
+                      </clade>\r
+                      <clade>\r
+                        <name>Cnidaria</name>\r
+                        <taxonomy>\r
+                          <id provider="uniprot">6073</id>\r
+                          <scientific_name>Cnidaria</scientific_name>\r
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+                          <taxonomy>\r
+                            <id provider="uniprot">6102</id>\r
+                            <scientific_name>Hexacorallia</scientific_name>\r
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+                            <synonym>Zoantharia</synonym>\r
+                            <rank>subclass</rank>\r
+                          </taxonomy>\r
+                          <clade>\r
+                            <taxonomy>\r
+                              <id provider="uniprot">70779</id>\r
+                              <code>ACRDI</code>\r
+                              <scientific_name>Acropora digitifera</scientific_name>\r
+                              <common_name>Staghorn coral</common_name>\r
+                              <rank>species</rank>\r
+                              <uri>http://www.botany.hawaii.edu/basch/uhnpscesu/htms/NPSAcorl/images/acropori/acrdigitif7.jpg</uri>\r
+                            </taxonomy>\r
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+                              <id provider="uniprot">45351</id>\r
+                              <code>NEMVE</code>\r
+                              <scientific_name>Nematostella vectensis</scientific_name>\r
+                              <common_name>Starlet sea anemone</common_name>\r
+                              <rank>species</rank>\r
+                              <uri>http://genome.jgi-psf.org/Nemve1/Nematostellapolyp.jpg</uri>\r
+                            </taxonomy>\r
+                          </clade>\r
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+                        <clade>\r
+                          <taxonomy>\r
+                            <id provider="uniprot">6087</id>\r
+                            <code>HYDVU</code>\r
+                            <scientific_name>Hydra vulgaris</scientific_name>\r
+                            <authority>Pallas, 1766</authority>\r
+                            <common_name>Hydra</common_name>\r
+                            <synonym>Hydra attenuata</synonym>\r
+                            <synonym>Hydra magnipapillata</synonym>\r
+                            <rank>species</rank>\r
+                            <uri>http://www.nig.ac.jp/labs/OntoGen/A10.jpg</uri>\r
+                            <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/1/15/Hydra_biology.jpg</uri>\r
+                          </taxonomy>\r
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+                      </clade>\r
+                    </clade>\r
+                    <clade>\r
+                      <taxonomy>\r
+                        <id provider="uniprot">10228</id>\r
+                        <code>TRIAD</code>\r
+                        <scientific_name>Trichoplax adhaerens</scientific_name>\r
+                        <synonym>Trichoplax reptans</synonym>\r
+                        <rank>species</rank>\r
+                        <uri>http://genome.jgi-psf.org/Triad1/placozoan_signorovitch.jpg</uri>\r
+                      </taxonomy>\r
+                      <reference doi="10.1073/pnas.0602076103">\r
+                      </reference>\r
+                    </clade>\r
+                  </clade>\r
+                  <clade>\r
+                    <taxonomy>\r
+                      <id provider="uniprot">27923</id>\r
+                      <code>MNELE</code>\r
+                      <scientific_name>Mnemiopsis leidyi</scientific_name>\r
+                      <authority>A. gassiz, 1865</authority>\r
+                      <common_name>Sea walnut</common_name>\r
+                      <synonym>Warty comb jellyfish</synonym>\r
+                      <rank>species</rank>\r
+                      <uri>http://images.marinespecies.org/resized/12797_mnemiopsis-leidyi.jpg</uri>\r
+                      <uri>http://i.livescience.com/images/i/000/014/544/original/mnemiopsis-leidyi-jellyfish-101014-02.jpg</uri>\r
+                    </taxonomy>\r
+                  </clade>\r
+                  <clade>\r
+                    <taxonomy>\r
+                      <id provider="uniprot">400682</id>\r
+                      <code>AMPQE</code>\r
+                      <scientific_name>Amphimedon queenslandica</scientific_name>\r
+                      <authority>Hooper &amp; Van Soest, 2006</authority>\r
+                      <common_name>Sponge</common_name>\r
+                      <synonym>Reniera sp. JGI-2005</synonym>\r
+                      <rank>species</rank>\r
+                      <uri>http://images.marinespecies.org/resized/46694_amphimedon-queenslandica.jpg</uri>\r
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+                      <code>MONBE</code>\r
+                      <scientific_name>Monosiga brevicollis</scientific_name>\r
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+                      <code>SALS5</code>\r
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+                      <synonym>Salpingoeca sp. ATCC 50818</synonym>\r
+                      <synonym>Proterospongia sp. (strain ATCC 50818 / BSB-021)</synonym>\r
+                      <rank>species</rank>\r
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+                <name>Ichthyophonida &amp; Filasterea</name>\r
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+                      <scientific_name>Amoebidium parasiticum</scientific_name>\r
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+                      <code>SARXX</code>\r
+                      <scientific_name>Sphaeroforma arctica</scientific_name>\r
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+                  <reference doi="10.1371/journal.pone.0002098">\r
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+                  <reference>\r
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+                      <code>CAPO3</code>\r
+                      <scientific_name>Capsaspora owczarzaki (strain ATCC 30864)</scientific_name>\r
+                      <uri>http://www.berfrois.com/wp-content/uploads/2011/03/Capsaspora_owczarzaki.jpg</uri>\r
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+              <reference doi="10.1186/1471-2148-9-272">\r
+                <desc>Phylogenomic analyses predict sistergroup relationship of nucleariids and Fungi and paraphyly of zygomycetes with significant support</desc>\r
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+                  <desc>Phylogenomics supports microsporidia as the earliest diverging clade of sequenced fungi</desc>\r
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+                  <name>Dikarya &amp; Mucoromycotina &amp; Kickxellomycotina &amp; Blastocladiomycota &amp; Chytridiomycota &amp; Neocallimastigomycota</name>\r
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+                    <name>Dikarya &amp; Mucoromycotina &amp; Kickxellomycotina &amp; Blastocladiomycota &amp; Chytridiomycota</name>\r
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+                        <name>Dikarya &amp; Mucoromycotina &amp; Kickxellomycotina</name>\r
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+                            <reference doi="10.1038/nature05110">\r
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+                            </reference>\r
+                            <clade>\r
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+                                  <reference doi="0.3852/mycologia.98.6.1018">\r
+                                    <desc>A five-gene phylogeny of Pezizomycotina</desc>\r
+                                  </reference>\r
+                                  <reference>\r
+                                  </reference>\r
+                                  <clade>\r
+                                    <taxonomy>\r
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+                                          <name>Sordariomyceta &amp; Lecanoromycetes</name>\r
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+                                                      <code>AALXX</code>\r
+                                                      <scientific_name>Acremonium alcalophilum</scientific_name>\r
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+                                                      <uri>http://genome.jgi-psf.org/public/Acral1_c3a/Acral1.jpg</uri>\r
+                                                    </taxonomy>\r
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+                                                  <clade>\r
+                                                    <taxonomy>\r
+                                                      <id provider="uniprot">229533</id>\r
+                                                      <code>GIBZE</code>\r
+                                                      <scientific_name>Gibberella zeae (strain PH-1 / ATCC MYA-4620 / FGSC 9075 / NRRL 31084)</scientific_name>\r
+                                                      <common_name>Wheat head blight fungus</common_name>\r
+                                                      <synonym>Fusarium graminearum</synonym>\r
+                                                      <synonym>Gibberella zeae PH-1</synonym>\r
+                                                      <rank>strain</rank>\r
+                                                      <uri>http://www.apsnet.org/publications/apsnetfeatures/PublishingImages/1999%20Features/Fusarium02sm.jpg</uri>\r
+                                                    </taxonomy>\r
+                                                  </clade>\r
+                                                  <clade>\r
+                                                    <taxonomy>\r
+                                                      <id provider="uniprot">413071</id>\r
+                                                      <code>HYPVG</code>\r
+                                                      <scientific_name>Hypocrea virens (strain Gv29-8 / FGSC 10586)</scientific_name>\r
+                                                      <common_name>Gliocladium virens</common_name>\r
+                                                      <synonym>Trichoderma virens</synonym>\r
+                                                      <synonym>Gliocladium flavofuscum</synonym>\r
+                                                      <synonym>Trichoderma virens Gv29-8</synonym>\r
+                                                      <synonym>Gliocladium virens</synonym>\r
+                                                      <rank>strain</rank>\r
+                                                      <uri>http://www.ars.usda.gov/images/docs/10920_11114/Stroma1.jpg</uri>\r
+                                                    </taxonomy>\r
+                                                  </clade>\r
+                                                </clade>\r
+                                                <clade>\r
+                                                  <taxonomy>\r
+                                                    <id provider="uniprot">148305</id>\r
+                                                    <code>MAGGR</code>\r
+                                                    <scientific_name>Magnaporthe grisea</scientific_name>\r
+                                                    <common_name>Rice blast fungus</common_name>\r
+                                                    <synonym>Pyricularia grisea</synonym>\r
+                                                    <rank>species</rank>\r
+                                                    <uri>http://www.forestryimages.org/images/768x512/5369002.jpg</uri>\r
+                                                  </taxonomy>\r
+                                                </clade>\r
+                                              </clade>\r
+                                              <clade>\r
+                                                <taxonomy>\r
+                                                  <id provider="uniprot">5139</id>\r
+                                                  <scientific_name>Sordariales</scientific_name>\r
+                                                  <rank>order</rank>\r
+                                                </taxonomy>\r
+                                                <clade>\r
+                                                  <taxonomy>\r
+                                                    <id provider="uniprot">35718</id>\r
+                                                    <scientific_name>Chaetomiaceae</scientific_name>\r
+                                                    <rank>family</rank>\r
+                                                  </taxonomy>\r
+                                                  <clade>\r
+                                                    <taxonomy>\r
+                                                      <id provider="uniprot">35719</id>\r
+                                                      <scientific_name>Thielavia</scientific_name>\r
+                                                      <rank>genus</rank>\r
+                                                    </taxonomy>\r
+                                                    <clade>\r
+                                                      <taxonomy>\r
+                                                        <id provider="uniprot">573729</id>\r
+                                                        <code>THIHA</code>\r
+                                                        <scientific_name>Thielavia heterothallica (strain ATCC 42464 / BCRC 31852 / DSM 1799)</scientific_name>\r
+                                                        <authority>(Apinis) Oorschot 1977</authority>\r
+                                                        <synonym>Sporotrichum thermophilum</synonym>\r
+                                                        <synonym>Myceliophthora thermophila</synonym>\r
+                                                        <rank>species</rank>\r
+                                                        <uri>http://genome.jgi-psf.org/public/Spoth2/Spoth0.jpg</uri>\r
+                                                      </taxonomy>\r
+                                                    </clade>\r
+                                                    <clade>\r
+                                                      <taxonomy>\r
+                                                        <id provider="uniprot">578455</id>\r
+                                                        <code>THITE</code>\r
+                                                        <scientific_name>Thielavia terrestris (strain ATCC 38088 / NRRL 8126)</scientific_name>\r
+                                                        <synonym>Acremonium alabamense</synonym>\r
+                                                        <synonym>Thielavia terrestris NRRL 8126</synonym>\r
+                                                        <uri>http://genome.jgi-psf.org/public/Thite2/Thite1.jpg</uri>\r
+                                                      </taxonomy>\r
+                                                    </clade>\r
+                                                  </clade>\r
+                                                  <clade>\r
+                                                    <taxonomy>\r
+                                                      <id provider="uniprot">306901</id>\r
+                                                      <code>CHAGB</code>\r
+                                                      <scientific_name>Chaetomium globosum (strain ATCC 6205 / CBS 148.51 / DSM 1962 / NBRC 6347 / NRRL 1970)</scientific_name>\r
+                                                      <authority>Kunze 1817</authority>\r
+                                                      <common_name>Soil fungus</common_name>\r
+                                                      <rank>strain</rank>\r
+                                                    </taxonomy>\r
+                                                  </clade>\r
+                                                </clade>\r
+                                                <clade>\r
+                                                  <taxonomy>\r
+                                                    <id provider="uniprot">367110</id>\r
+                                                    <code>NEUCR</code>\r
+                                                    <scientific_name>Neurospora crassa (strain ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987)</scientific_name>\r
+                                                    <rank>strain</rank>\r
+                                                  </taxonomy>\r
+                                                </clade>\r
+                                              </clade>\r
+                                            </clade>\r
+                                            <clade>\r
+                                              <taxonomy>\r
+                                                <id provider="uniprot">147548</id>\r
+                                                <scientific_name>Leotiomycetes</scientific_name>\r
+                                                <rank>class</rank>\r
+                                              </taxonomy>\r
+                                              <clade>\r
+                                                <taxonomy>\r
+                                                  <id provider="uniprot">28983</id>\r
+                                                  <scientific_name>Sclerotiniaceae</scientific_name>\r
+                                                  <rank>family</rank>\r
+                                                </taxonomy>\r
+                                                <clade>\r
+                                                  <taxonomy>\r
+                                                    <id provider="uniprot">999810</id>\r
+                                                    <code>BOTF4</code>\r
+                                                    <scientific_name>Botryotinia fuckeliana (strain T4)</scientific_name>\r
+                                                    <common_name>Noble rot fungus</common_name>\r
+                                                    <synonym>Botrytis cinerea</synonym>\r
+                                                    <rank>strain</rank>\r
+                                                  </taxonomy>\r
+                                                </clade>\r
+                                                <clade>\r
+                                                  <taxonomy>\r
+                                                    <id provider="uniprot">665079</id>\r
+                                                    <code>SCLS1</code>\r
+                                                    <scientific_name>Sclerotinia sclerotiorum (strain ATCC 18683 / 1980 / Ss-1)</scientific_name>\r
+                                                    <common_name>White mold</common_name>\r
+                                                    <synonym>Whetzelinia sclerotiorum</synonym>\r
+                                                    <rank>strain</rank>\r
+                                                  </taxonomy>\r
+                                                </clade>\r
+                                              </clade>\r
+                                              <clade>\r
+                                                <taxonomy>\r
+                                                  <id provider="uniprot">78148</id>\r
+                                                  <scientific_name>Oidiodendron maius</scientific_name>\r
+                                                  <rank>species</rank>\r
+                                                </taxonomy>\r
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+                                            </clade>\r
+                                          </clade>\r
+                                          <clade>\r
+                                            <taxonomy>\r
+                                              <id provider="uniprot">388435</id>\r
+                                              <scientific_name>Lecanoromycetidae</scientific_name>\r
+                                              <rank>subclass</rank>\r
+                                            </taxonomy>\r
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+                                              <taxonomy>\r
+                                                <id provider="uniprot">27339</id>\r
+                                                <scientific_name>Cladonia grayi</scientific_name>\r
+                                                <synonym>Cladonia grayi Merr</synonym>\r
+                                                <rank>species</rank>\r
+                                                <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/b/b6/Cladonia_grayi-11.jpg</uri>\r
+                                              </taxonomy>\r
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+                                            <clade>\r
+                                              <taxonomy>\r
+                                                <id provider="uniprot">107463</id>\r
+                                                <scientific_name>Xanthoria parietina</scientific_name>\r
+                                                <rank>species</rank>\r
+                                                <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/7/70/Xanthoria_parietina_%2806_03_31%29.jpg/800px-Xanthoria_parietina_%2806_03_31%29.jpg</uri>\r
+                                              </taxonomy>\r
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+                                          </clade>\r
+                                        </clade>\r
+                                        <clade>\r
+                                          <taxonomy>\r
+                                            <id provider="uniprot">147541</id>\r
+                                            <scientific_name>Dothideomycetes</scientific_name>\r
+                                            <common_name>bitunicate ascomycetes</common_name>\r
+                                            <rank>class</rank>\r
+                                          </taxonomy>\r
+                                          <reference doi="10.3114/sim.2009.64.01">\r
+                                            <desc>A class-wide phylogenetic assessment of Dothideomycetes</desc>\r
+                                          </reference>\r
+                                          <clade>\r
+                                            <taxonomy>\r
+                                              <id provider="uniprot">451867</id>\r
+                                              <scientific_name>Dothideomycetidae</scientific_name>\r
+                                              <rank>subclass</rank>\r
+                                            </taxonomy>\r
+                                            <reference doi="10.3852/mycologia.98.6.1041">\r
+                                              <desc>A multigene phylogeny of the Dothideomycetes using four nuclear loci</desc>\r
+                                            </reference>\r
+                                            <reference>\r
+                                            </reference>\r
+                                            <reference>\r
+                                            </reference>\r
+                                            <clade>\r
+                                              <taxonomy>\r
+                                                <id provider="uniprot">134362</id>\r
+                                                <scientific_name>Capnodiales</scientific_name>\r
+                                                <rank>order</rank>\r
+                                              </taxonomy>\r
+                                              <clade>\r
+                                                <taxonomy>\r
+                                                  <id provider="uniprot">41254</id>\r
+                                                  <scientific_name>Mycosphaerella</scientific_name>\r
+                                                  <rank>genus</rank>\r
+                                                </taxonomy>\r
+                                                <clade>\r
+                                                  <taxonomy>\r
+                                                    <id provider="uniprot">83344</id>\r
+                                                    <code>PFIXX</code>\r
+                                                    <scientific_name>Pseudocercospora fijiensis</scientific_name>\r
+                                                    <synonym>Mycosphaerella fijiensis</synonym>\r
+                                                    <rank>species</rank>\r
+                                                  </taxonomy>\r
+                                                </clade>\r
+                                                <clade>\r
+                                                  <taxonomy>\r
+                                                    <id provider="uniprot">336722</id>\r
+                                                    <code>MYCGM</code>\r
+                                                    <scientific_name>Mycosphaerella graminicola (strain CBS 115943 / IPO323)</scientific_name>\r
+                                                    <common_name>Speckled leaf blotch fungus</common_name>\r
+                                                    <synonym>Zymoseptoria tritici IPO323</synonym>\r
+                                                    <synonym>Mycosphaerella graminicola IPO323</synonym>\r
+                                                    <synonym>Septoria tritici</synonym>\r
+                                                    <rank>strain</rank>\r
+                                                  </taxonomy>\r
+                                                </clade>\r
+                                                <clade>\r
+                                                  <taxonomy>\r
+                                                    <id provider="uniprot">64363</id>\r
+                                                    <code>MYCPJ</code>\r
+                                                    <scientific_name>Mycosphaerella pini</scientific_name>\r
+                                                    <common_name>Red band needle blight disease fungus</common_name>\r
+                                                    <synonym>Dothistroma septosporum</synonym>\r
+                                                    <synonym>Dothistroma pini</synonym>\r
+                                                    <rank>species</rank>\r
+                                                  </taxonomy>\r
+                                                </clade>\r
+                                                <clade>\r
+                                                  <taxonomy>\r
+                                                    <id provider="uniprot">692275</id>\r
+                                                    <code>SPHMS</code>\r
+                                                    <scientific_name>Sphaerulina musiva (strain SO2202)</scientific_name>\r
+                                                    <common_name>Poplar stem canker fungus</common_name>\r
+                                                    <synonym>Septoria musiva</synonym>\r
+                                                    <synonym>Mycosphaerella populorum SO2202</synonym>\r
+                                                    <synonym>Septoria musiva SO2202</synonym>\r
+                                                    <synonym>Sphaerulina musiva SO2202</synonym>\r
+                                                    <rank>strain</rank>\r
+                                                    <uri>http://genome.jgi-psf.org/public/Sepmu1/Septoria-musiva-colony-abundantly-sporulating-2.jpg</uri>\r
+                                                  </taxonomy>\r
+                                                </clade>\r
+                                              </clade>\r
+                                              <clade>\r
+                                                <taxonomy>\r
+                                                  <id provider="uniprot">430998</id>\r
+                                                  <code>BCOXX</code>\r
+                                                  <scientific_name>Baudoinia compniacensis</scientific_name>\r
+                                                  <common_name>Angels&apos; Share fungus</common_name>\r
+                                                  <synonym>Torula compniacensis</synonym>\r
+                                                  <rank>species</rank>\r
+                                                  <uri>http://www.botanicalgarden.ubc.ca/potd/images/2011/baudoinia-compniacensis2.jpg</uri>\r
+                                                </taxonomy>\r
+                                              </clade>\r
+                                            </clade>\r
+                                            <clade>\r
+                                              <taxonomy>\r
+                                                <id provider="uniprot">5580</id>\r
+                                                <code>AURPU</code>\r
+                                                <scientific_name>Aureobasidium pullulans</scientific_name>\r
+                                                <common_name>Black yeast</common_name>\r
+                                                <synonym>Pullularia pullulans</synonym>\r
+                                                <rank>species</rank>\r
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+                                                  <code>APPXX</code>\r
+                                                  <scientific_name>Aureobasidium pullulans var. pullulans</scientific_name>\r
+                                                  <rank>varietas</rank>\r
+                                                </taxonomy>\r
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+                                              <clade>\r
+                                                <taxonomy>\r
+                                                  <id provider="uniprot">46634</id>\r
+                                                  <code>APMXX</code>\r
+                                                  <scientific_name>Aureobasidium pullulans var. melanogenum</scientific_name>\r
+                                                  <rank>varietas</rank>\r
+                                                  <uri>http://genome.jgi-psf.org/public/Aurpu_var_mel1/Aurpu_var_mel1_P1010309ApM+(2).JPG</uri>\r
+                                                </taxonomy>\r
+                                              </clade>\r
+                                              <clade>\r
+                                                <taxonomy>\r
+                                                  <id provider="uniprot">1042127</id>\r
+                                                  <code>APSXX</code>\r
+                                                  <scientific_name>Aureobasidium pullulans var. subglaciale</scientific_name>\r
+                                                  <synonym>Aureobasidium pullulans var. nov. PZ-2008</synonym>\r
+                                                  <rank>varietas</rank>\r
+                                                </taxonomy>\r
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+                                            </clade>\r
+                                          </clade>\r
+                                          <clade>\r
+                                            <taxonomy>\r
+                                              <id provider="uniprot">715340</id>\r
+                                              <scientific_name>Pleosporineae</scientific_name>\r
+                                              <rank>suborder</rank>\r
+                                            </taxonomy>\r
+                                            <clade>\r
+                                              <taxonomy>\r
+                                                <id provider="uniprot">28556</id>\r
+                                                <scientific_name>Pleosporaceae</scientific_name>\r
+                                                <rank>family</rank>\r
+                                              </taxonomy>\r
+                                              <clade>\r
+                                                <name>Cochliobolus &amp; Setosphaeria</name>\r
+                                                <clade>\r
+                                                  <taxonomy>\r
+                                                    <id provider="uniprot">45130</id>\r
+                                                    <code>COCSA</code>\r
+                                                    <scientific_name>Cochliobolus sativus</scientific_name>\r
+                                                    <synonym>Bipolaris sorokiniana</synonym>\r
+                                                    <rank>species</rank>\r
+                                                    <uri>http://www.plantmanagementnetwork.org/pub/php/diagnosticguide/2003/rootrot/image/mathre6sm.jpg</uri>\r
+                                                  </taxonomy>\r
+                                                </clade>\r
+                                                <clade>\r
+                                                  <taxonomy>\r
+                                                    <id provider="uniprot">93612</id>\r
+                                                    <code>SETTU</code>\r
+                                                    <scientific_name>Setosphaeria turcica</scientific_name>\r
+                                                    <authority>(Luttr.) K.J. Leonard &amp; Suggs, (1974)</authority>\r
+                                                    <common_name>Northern corn leaf blight disease fungus</common_name>\r
+                                                    <synonym>Exserohilum turcicum</synonym>\r
+                                                    <synonym>Helminthosporium turcicum</synonym>\r
+                                                    <rank>species</rank>\r
+                                                  </taxonomy>\r
+                                                </clade>\r
+                                              </clade>\r
+                                              <clade>\r
+                                                <taxonomy>\r
+                                                  <id provider="uniprot">426418</id>\r
+                                                  <code>PYRTR</code>\r
+                                                  <scientific_name>Pyrenophora tritici-repentis (strain Pt-1C-BFP)</scientific_name>\r
+                                                  <common_name>Wheat tan spot fungus</common_name>\r
+                                                  <synonym>Drechslera tritici-repentis</synonym>\r
+                                                  <rank>strain</rank>\r
+                                                </taxonomy>\r
+                                              </clade>\r
+                                            </clade>\r
+                                            <clade>\r
+                                              <taxonomy>\r
+                                                <id provider="uniprot">321614</id>\r
+                                                <code>PHANO</code>\r
+                                                <scientific_name>Phaeosphaeria nodorum (strain SN15 / ATCC MYA-4574 / FGSC 10173)</scientific_name>\r
+                                                <common_name>Glume blotch fungus</common_name>\r
+                                                <synonym>Septoria nodorum</synonym>\r
+                                                <rank>strain</rank>\r
+                                              </taxonomy>\r
+                                            </clade>\r
+                                          </clade>\r
+                                        </clade>\r
+                                      </clade>\r
+                                      <clade>\r
+                                        <taxonomy>\r
+                                          <id provider="uniprot">28568</id>\r
+                                          <scientific_name>Trichocomaceae</scientific_name>\r
+                                          <rank>family</rank>\r
+                                        </taxonomy>\r
+                                        <clade>\r
+                                          <taxonomy>\r
+                                            <id provider="uniprot">5052</id>\r
+                                            <scientific_name>Aspergillus</scientific_name>\r
+                                            <rank>genus</rank>\r
+                                          </taxonomy>\r
+                                          <clade>\r
+                                            <taxonomy>\r
+                                              <id provider="uniprot">332952</id>\r
+                                              <code>ASPFN</code>\r
+                                              <scientific_name>Aspergillus flavus (strain ATCC 200026 / FGSC A1120 / NRRL 3357 / JCM 12722 / SRRC 167)</scientific_name>\r
+                                              <synonym>Aspergillus flavus NRRL3357</synonym>\r
+                                              <rank>strain</rank>\r
+                                              <uri>http://www.jhunewsletter.com/wp-content/uploads/2012/11/b8fungi.jpeg</uri>\r
+                                            </taxonomy>\r
+                                          </clade>\r
+                                          <clade>\r
+                                            <taxonomy>\r
+                                              <id provider="uniprot">425011</id>\r
+                                              <code>ASPNC</code>\r
+                                              <scientific_name>Aspergillus niger (strain CBS 513.88 / FGSC A1513)</scientific_name>\r
+                                              <synonym>Aspergillus niger CBS 513.88</synonym>\r
+                                              <rank>strain</rank>\r
+                                              <uri>http://www.vetmed.wisc.edu/students/vetmycology/15.jpg</uri>\r
+                                            </taxonomy>\r
+                                          </clade>\r
+                                          <clade>\r
+                                            <taxonomy>\r
+                                              <id provider="uniprot">344612</id>\r
+                                              <code>ASPCL</code>\r
+                                              <scientific_name>Aspergillus clavatus (strain ATCC 1007 / CBS 513.65 / DSM 816 / NCTC 3887 / NRRL 1)</scientific_name>\r
+                                              <synonym>Aspergillus clavatus NRRL 1</synonym>\r
+                                            </taxonomy>\r
+                                          </clade>\r
+                                        </clade>\r
+                                        <clade>\r
+                                          <name>Neosartorya &amp; Emericella</name>\r
+                                          <clade>\r
+                                            <taxonomy>\r
+                                              <id provider="uniprot">227321</id>\r
+                                              <code>EMENI</code>\r
+                                              <scientific_name>Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139)</scientific_name>\r
+                                              <authority>Vuill. 1927</authority>\r
+                                              <synonym>Aspergillus nidulans</synonym>\r
+                                              <rank>strain</rank>\r
+                                            </taxonomy>\r
+                                          </clade>\r
+                                          <clade>\r
+                                            <taxonomy>\r
+                                              <id provider="uniprot">331117</id>\r
+                                              <code>NEOFI</code>\r
+                                              <scientific_name>Neosartorya fischeri (strain ATCC 1020 / DSM 3700 / FGSC A1164 / NRRL 181)</scientific_name>\r
+                                              <synonym>Aspergillus fischerianus</synonym>\r
+                                              <rank>strain</rank>\r
+                                            </taxonomy>\r
+                                          </clade>\r
+                                        </clade>\r
+                                      </clade>\r
+                                    </clade>\r
+                                    <clade>\r
+                                      <taxonomy>\r
+                                        <id provider="uniprot">33183</id>\r
+                                        <scientific_name>Onygenales</scientific_name>\r
+                                        <rank>order</rank>\r
+                                      </taxonomy>\r
+                                      <reference>\r
+                                        <desc>The Ajellomycetaceae, a new family of vertebrate-associated Onygenales</desc>\r
+                                      </reference>\r
+                                      <reference>\r
+                                      </reference>\r
+                                      <clade>\r
+                                        <name>mitosporic Onygenales &amp; Onygenaceae</name>\r
+                                        <clade>\r
+                                          <taxonomy>\r
+                                            <id provider="uniprot">246410</id>\r
+                                            <code>COCIM</code>\r
+                                            <scientific_name>Coccidioides immitis (strain RS)</scientific_name>\r
+                                            <common_name>Valley fever fungus</common_name>\r
+                                            <synonym>Coccidioides immitis RS</synonym>\r
+                                          </taxonomy>\r
+                                        </clade>\r
+                                        <clade>\r
+                                          <taxonomy>\r
+                                            <id provider="uniprot">336963</id>\r
+                                            <code>UNCRE</code>\r
+                                            <scientific_name>Uncinocarpus reesii (strain UAMH 1704)</scientific_name>\r
+                                            <rank>strain</rank>\r
+                                          </taxonomy>\r
+                                        </clade>\r
+                                      </clade>\r
+                                      <clade>\r
+                                        <taxonomy>\r
+                                          <id provider="uniprot">447093</id>\r
+                                          <code>AJECG</code>\r
+                                          <scientific_name>Ajellomyces capsulata (strain G186AR / H82 / ATCC MYA-2454 / RMSCC 2432)</scientific_name>\r
+                                          <common_name>Darling&apos;s disease fungus</common_name>\r
+                                          <synonym>Histoplasma capsulatum</synonym>\r
+                                        </taxonomy>\r
+                                      </clade>\r
+                                    </clade>\r
+                                  </clade>\r
+                                  <clade>\r
+                                    <taxonomy>\r
+                                      <id provider="uniprot">656061</id>\r
+                                      <code>TUBMM</code>\r
+                                      <scientific_name>Tuber melanosporum (strain Mel28)</scientific_name>\r
+                                      <common_name>Perigord black truffle</common_name>\r
+                                      <synonym>Tuber melanosporum Mel28</synonym>\r
+                                      <rank>strain</rank>\r
+                                      <uri>http://www.trufamania.com/trufas/Tuber%20melanosporum02.jpg</uri>\r
+                                    </taxonomy>\r
+                                  </clade>\r
+                                </clade>\r
+                                <clade>\r
+                                  <taxonomy>\r
+                                    <id provider="uniprot">4892</id>\r
+                                    <scientific_name>Saccharomycetales</scientific_name>\r
+                                    <common_name>budding yeasts</common_name>\r
+                                    <rank>order</rank>\r
+                                  </taxonomy>\r
+                                  <reference doi="10.1186/1471-2148-6-99">\r
+                                    <desc>A fungal phylogeny based on 42 complete genomes derived from supertree and combined gene analysis</desc>\r
+                                  </reference>\r
+                                  <reference>\r
+                                  </reference>\r
+                                  <clade>\r
+                                    <name>mitosporic Saccharomycetales &amp; Debaryomycetaceae &amp; Saccharomycetaceae</name>\r
+                                    <clade>\r
+                                      <taxonomy>\r
+                                        <id provider="uniprot">4893</id>\r
+                                        <scientific_name>Saccharomycetaceae</scientific_name>\r
+                                        <rank>family</rank>\r
+                                      </taxonomy>\r
+                                      <clade>\r
+                                        <name>Naumovozyma &amp; Saccharomyces</name>\r
+                                        <clade>\r
+                                          <taxonomy>\r
+                                            <id provider="uniprot">1064592</id>\r
+                                            <code>NAUCC</code>\r
+                                            <scientific_name>Naumovozyma castellii (strain ATCC 76901 / CBS 4309 / NBRC 1992 / NRRL Y-12630)</scientific_name>\r
+                                            <common_name>Yeast</common_name>\r
+                                            <synonym>Saccharomyces castellii</synonym>\r
+                                            <rank>strain</rank>\r
+                                          </taxonomy>\r
+                                        </clade>\r
+                                        <clade>\r
+                                          <taxonomy>\r
+                                            <id provider="uniprot">559292</id>\r
+                                            <code>YEAST</code>\r
+                                            <scientific_name>Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)</scientific_name>\r
+                                            <common_name>Baker&apos;s yeast</common_name>\r
+                                            <rank>strain</rank>\r
+                                          </taxonomy>\r
+                                        </clade>\r
+                                      </clade>\r
+                                      <clade>\r
+                                        <name>Eremothecium &amp; Kluyveromyces</name>\r
+                                        <clade>\r
+                                          <taxonomy>\r
+                                            <id provider="uniprot">284590</id>\r
+                                            <code>KLULA</code>\r
+                                            <scientific_name>Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37)</scientific_name>\r
+                                            <common_name>Yeast</common_name>\r
+                                            <synonym>Candida sphaerica</synonym>\r
+                                            <synonym>Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140</synonym>\r
+                                          </taxonomy>\r
+                                        </clade>\r
+                                        <clade>\r
+                                          <taxonomy>\r
+                                            <id provider="uniprot">284811</id>\r
+                                            <code>ASHGO</code>\r
+                                            <scientific_name>Ashbya gossypii (strain ATCC 10895 / CBS 109.51 / FGSC 9923 / NRRL Y-1056)</scientific_name>\r
+                                            <common_name>Yeast</common_name>\r
+                                            <synonym>Eremothecium gossypii</synonym>\r
+                                          </taxonomy>\r
+                                        </clade>\r
+                                      </clade>\r
+                                    </clade>\r
+                                    <clade>\r
+                                      <name>Debaryomyces &amp; Candida</name>\r
+                                      <clade>\r
+                                        <taxonomy>\r
+                                          <id provider="uniprot">5475</id>\r
+                                          <scientific_name>Candida</scientific_name>\r
+                                          <synonym>Torulopsis</synonym>\r
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+                                            <code>CANAL</code>\r
+                                            <scientific_name>Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876)</scientific_name>\r
+                                            <common_name>Yeast</common_name>\r
+                                            <rank>strain</rank>\r
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+                                        <clade>\r
+                                          <taxonomy>\r
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+                                            <code>CANTT</code>\r
+                                            <scientific_name>Candida tropicalis (strain ATCC MYA-3404 / T1)</scientific_name>\r
+                                            <common_name>Yeast</common_name>\r
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+                                      <clade>\r
+                                        <taxonomy>\r
+                                          <id provider="uniprot">284592</id>\r
+                                          <code>DEBHA</code>\r
+                                          <scientific_name>Debaryomyces hansenii (strain ATCC 36239 / CBS 767 / JCM 1990 / NBRC 0083 / IGC 2968)</scientific_name>\r
+                                          <common_name>Yeast</common_name>\r
+                                          <synonym>Torulaspora hansenii</synonym>\r
+                                          <synonym>Debaryomyces hansenii CBS767</synonym>\r
+                                        </taxonomy>\r
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+                                  </clade>\r
+                                  <clade>\r
+                                    <taxonomy>\r
+                                      <id provider="uniprot">284591</id>\r
+                                      <code>YARLI</code>\r
+                                      <scientific_name>Yarrowia lipolytica (strain CLIB 122 / E 150)</scientific_name>\r
+                                      <common_name>Yeast</common_name>\r
+                                      <synonym>Candida lipolytica</synonym>\r
+                                      <rank>strain</rank>\r
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+                                  </clade>\r
+                                </clade>\r
+                              </clade>\r
+                              <clade>\r
+                                <taxonomy>\r
+                                  <id provider="uniprot">451866</id>\r
+                                  <scientific_name>Taphrinomycotina</scientific_name>\r
+                                  <rank>subphylum</rank>\r
+                                </taxonomy>\r
+                                <clade>\r
+                                  <name>Pneumocystidomycetes &amp; Schizosaccharomycetes</name>\r
+                                  <clade>\r
+                                    <taxonomy>\r
+                                      <id provider="uniprot">4895</id>\r
+                                      <scientific_name>Schizosaccharomyces</scientific_name>\r
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+                                    <clade>\r
+                                      <taxonomy>\r
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+                                        <code>SCHJY</code>\r
+                                        <scientific_name>Schizosaccharomyces japonicus (strain yFS275 / FY16936)</scientific_name>\r
+                                        <common_name>Fission yeast</common_name>\r
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+                                    <clade>\r
+                                      <taxonomy>\r
+                                        <id provider="uniprot">4899</id>\r
+                                        <code>SCHOT</code>\r
+                                        <scientific_name>Schizosaccharomyces octosporus</scientific_name>\r
+                                        <common_name>Fission yeast</common_name>\r
+                                        <rank>species</rank>\r
+                                        <uri>http://www.dipbot.unict.it/sistematica/Immagini/12002.JPG</uri>\r
+                                      </taxonomy>\r
+                                    </clade>\r
+                                    <clade>\r
+                                      <taxonomy>\r
+                                        <id provider="uniprot">284812</id>\r
+                                        <code>SCHPO</code>\r
+                                        <scientific_name>Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)</scientific_name>\r
+                                        <common_name>Fission yeast</common_name>\r
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+                                  </clade>\r
+                                  <clade>\r
+                                    <taxonomy>\r
+                                      <id provider="uniprot">4754</id>\r
+                                      <code>PNECA</code>\r
+                                      <scientific_name>Pneumocystis carinii</scientific_name>\r
+                                      <rank>species</rank>\r
+                                    </taxonomy>\r
+                                  </clade>\r
+                                </clade>\r
+                                <clade>\r
+                                  <taxonomy>\r
+                                    <id provider="uniprot">5606</id>\r
+                                    <scientific_name>Saitoella complicata</scientific_name>\r
+                                    <rank>species</rank>\r
+                                  </taxonomy>\r
+                                </clade>\r
+                              </clade>\r
+                            </clade>\r
+                            <clade>\r
+                              <taxonomy>\r
+                                <id provider="uniprot">5204</id>\r
+                                <scientific_name>Basidiomycota</scientific_name>\r
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+                                <name>Agaricomycotina &amp; Ustilaginomycotina &amp; Pucciniomycotina</name>\r
+                                <clade>\r
+                                  <name>Agaricomycotina &amp; Ustilaginomycotina</name>\r
+                                  <clade>\r
+                                    <taxonomy>\r
+                                      <id provider="uniprot">5302</id>\r
+                                      <scientific_name>Agaricomycotina</scientific_name>\r
+                                    </taxonomy>\r
+                                    <clade>\r
+                                      <taxonomy>\r
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+                                        <scientific_name>Homobasidiomycetes</scientific_name>\r
+                                        <rank>class</rank>\r
+                                      </taxonomy>\r
+                                      <reference doi="10.1098/rspb.2002.2123">\r
+                                        <desc>Evolution of complex fruiting–body morphologies in homobasidiomycetes</desc>\r
+                                      </reference>\r
+                                      <clade>\r
+                                        <name>Agaricomycetidae &amp; Gloeophyllum &amp; Aphyllophorales</name>\r
+                                        <clade>\r
+                                          <name>Agaricomycetidae &amp; Gloeophyllum</name>\r
+                                          <clade>\r
+                                            <taxonomy>\r
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+                                              <scientific_name>Agaricomycetidae</scientific_name>\r
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+                                            </taxonomy>\r
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+                                              <name>Agaricales &amp; Boletales</name>\r
+                                              <clade>\r
+                                                <taxonomy>\r
+                                                  <id provider="uniprot">5338</id>\r
+                                                  <scientific_name>Agaricales</scientific_name>\r
+                                                  <rank>order</rank>\r
+                                                </taxonomy>\r
+                                                <clade>\r
+                                                  <name>Agaricus &amp; Coprinopsis &amp; Laccaria &amp; Pleurotus</name>\r
+                                                  <clade>\r
+                                                    <name>Agaricus &amp; Coprinopsis &amp; Laccaria</name>\r
+                                                    <clade>\r
+                                                      <name>Agaricus &amp; Coprinopsis</name>\r
+                                                      <clade>\r
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+                                                          <id provider="uniprot">597362</id>\r
+                                                          <code>AGABU</code>\r
+                                                          <scientific_name>Agaricus bisporus var. burnettii (strain JB137-S8 / ATCC MYA-4627 / FGSC 10392)</scientific_name>\r
+                                                          <common_name>White button mushroom</common_name>\r
+                                                          <synonym>Agaricus bisporus var. burnettii JB137-S8</synonym>\r
+                                                          <uri>http://www.mykoweb.com/CAF/photos/Agaricus_bisporus(fs-03).jpg</uri>\r
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+                                                          <id provider="uniprot">5346</id>\r
+                                                          <code>COPC7</code>\r
+                                                          <scientific_name>Coprinopsis cinerea (strain Okayama-7 / 130 / ATCC MYA-4618 / FGSC 9003)</scientific_name>\r
+                                                          <common_name>Inky cap fungus</common_name>\r
+                                                          <synonym>Hormographiella aspergillata</synonym>\r
+                                                          <rank>strain</rank>\r
+                                                          <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/e/e9/Coprinopsis.cinerea.-.lindsey.jpg</uri>\r
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+                                                        <id provider="uniprot">486041</id>\r
+                                                        <code>LACBS</code>\r
+                                                        <scientific_name>Laccaria bicolor</scientific_name>\r
+                                                        <common_name>Bicoloured deceiver</common_name>\r
+                                                        <synonym>Laccaria laccata var. bicolor</synonym>\r
+                                                        <synonym>Laccaria bicolor S238N-H82</synonym>\r
+                                                        <rank>strain</rank>\r
+                                                        <uri>http://botit.botany.wisc.edu/toms_fungi/images/L_bicolor_NM.JPG</uri>\r
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+                                                      <scientific_name>Gymnopus luxurians</scientific_name>\r
+                                                      <rank>species</rank>\r
+                                                      <uri>http://www.mushroomexpert.com/images/kuo3/gymnopus_luxurians_02.jpg</uri>\r
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+                                                    <id provider="uniprot">5322</id>\r
+                                                    <code>PLEOS</code>\r
+                                                    <scientific_name>Pleurotus ostreatus</scientific_name>\r
+                                                    <common_name>Oyster mushroom</common_name>\r
+                                                    <synonym>White-rot fungus</synonym>\r
+                                                    <rank>species</rank>\r
+                                                    <uri>http://botit.botany.wisc.edu/toms_fungi/images/post1.jpg</uri>\r
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+                                                  <scientific_name>Boletales</scientific_name>\r
+                                                  <synonym>Melanogastrales</synonym>\r
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+                                                    <scientific_name>Coniophorineae</scientific_name>\r
+                                                    <rank>suborder</rank>\r
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+                                                      <code>CPUXX</code>\r
+                                                      <scientific_name>Coniophora puteana</scientific_name>\r
+                                                      <authority>Schum. ex Fries</authority>\r
+                                                      <common_name>cellar fungus</common_name>\r
+                                                      <rank>species</rank>\r
+                                                      <uri>http://genome.jgi-psf.org/public/Conpu1/P1240066_dp.jpg</uri>\r
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+                                                      <code>SERL9</code>\r
+                                                      <scientific_name>Serpula lacrymans var. lacrymans (strain S7.9)</scientific_name>\r
+                                                      <common_name>Dry rot fungus</common_name>\r
+                                                      <uri>http://www.anbg.gov.au/fungi/images/0160.jpg</uri>\r
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+                                                <clade>\r
+                                                  <taxonomy>\r
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+                                                    <scientific_name>Hydnomerulius pinastri</scientific_name>\r
+                                                    <common_name>Spiny dry rot fungus</common_name>\r
+                                                    <rank>species</rank>\r
+                                                    <uri>http://genome.jgi.doe.gov/public/Hydpi1/Hydnomerulius_pinastri.jpg</uri>\r
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+                                              <taxonomy>\r
+                                                <id provider="uniprot">202697</id>\r
+                                                <code>JARXX</code>\r
+                                                <scientific_name>Jaapia argillacea</scientific_name>\r
+                                                <rank>species</rank>\r
+                                                <uri>http://mycor.nancy.inra.fr/blogGenomes/wp-content/uploads/2012/08/IMG_21261.jpg</uri>\r
+                                              </taxonomy>\r
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+                                            <taxonomy>\r
+                                              <id provider="uniprot">104355</id>\r
+                                              <code>GLOTR</code>\r
+                                              <scientific_name>Gloeophyllum trabeum</scientific_name>\r
+                                              <common_name>Brown rot fungus</common_name>\r
+                                              <rank>species</rank>\r
+                                              <uri>http://www.commanster.eu/commanster/Mushrooms/Basidio/SpBasidio/Gloeophyllum.trabeum.jpg</uri>\r
+                                            </taxonomy>\r
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+                                        </clade>\r
+                                        <clade>\r
+                                          <taxonomy>\r
+                                            <id provider="uniprot">5303</id>\r
+                                            <scientific_name>Aphyllophorales</scientific_name>\r
+                                            <authority>Gäum. (1926)</authority>\r
+                                            <common_name>Shelf Fungi</common_name>\r
+                                            <synonym>Polyporales</synonym>\r
+                                            <rank>order</rank>\r
+                                          </taxonomy>\r
+                                          <clade>\r
+                                            <taxonomy>\r
+                                              <id provider="uniprot">83233</id>\r
+                                              <scientific_name>Coriolaceae</scientific_name>\r
+                                              <rank>family</rank>\r
+                                            </taxonomy>\r
+                                            <reference doi="10.1017/S1477200005001623">\r
+                                              <desc>The phylogenetic distribution of resupinate forms across the major clades of mushroom-forming fungi (Homobasidiomycetes)</desc>\r
+                                            </reference>\r
+                                            <reference>\r
+                                            </reference>\r
+                                            <reference>\r
+                                            </reference>\r
+                                            <clade>\r
+                                              <name>Postia &amp; Fomitopsis &amp; Wolfiporia &amp; Trametes</name>\r
+                                              <clade>\r
+                                                <name>Antrodia clade</name>\r
+                                                <taxonomy>\r
+                                                  <common_name>Antrodia clade</common_name>\r
+                                                </taxonomy>\r
+                                                <clade>\r
+                                                  <taxonomy>\r
+                                                    <id provider="uniprot">40483</id>\r
+                                                    <code>FPIXX</code>\r
+                                                    <scientific_name>Fomitopsis pinicola</scientific_name>\r
+                                                    <authority>(Swartz) P. Karsten</authority>\r
+                                                    <common_name>Red banded polypore</common_name>\r
+                                                    <synonym>Fomes pinicola</synonym>\r
+                                                    <synonym>Boletus pinicola</synonym>\r
+                                                    <rank>species</rank>\r
+                                                    <uri>http://www.mykoweb.com/CAF/photos/Fomitopsis_pinicola(mgw-02).jpg</uri>\r
+                                                  </taxonomy>\r
+                                                </clade>\r
+                                                <clade>\r
+                                                  <taxonomy>\r
+                                                    <id provider="uniprot">104341</id>\r
+                                                    <code>PPLXX</code>\r
+                                                    <scientific_name>Postia placenta</scientific_name>\r
+                                                    <synonym>Rhodonia placenta</synonym>\r
+                                                    <rank>species</rank>\r
+                                                    <uri>http://www.commanster.eu/commanster/Mushrooms/Polypore/SuPolypore/Postia.placenta.jpg</uri>\r
+                                                  </taxonomy>\r
+                                                </clade>\r
+                                              </clade>\r
+                                              <clade>\r
+                                                <name>core polyporoid clade</name>\r
+                                                <taxonomy>\r
+                                                  <common_name>core polyporoid clade</common_name>\r
+                                                </taxonomy>\r
+                                                <clade>\r
+                                                  <taxonomy>\r
+                                                    <id provider="uniprot">5325</id>\r
+                                                    <code>TRAVE</code>\r
+                                                    <scientific_name>Trametes versicolor</scientific_name>\r
+                                                    <authority>(L.) Lloyd 1921</authority>\r
+                                                    <common_name>White-rot fungus</common_name>\r
+                                                    <synonym>Coriolus versicolor</synonym>\r
+                                                    <synonym>Bjerkandera versicolor</synonym>\r
+                                                    <rank>species</rank>\r
+                                                    <uri>http://calphotos.berkeley.edu/imgs/512x768/0000_0000/0304/0521.jpeg</uri>\r
+                                                  </taxonomy>\r
+                                                </clade>\r
+                                                <clade>\r
+                                                  <taxonomy>\r
+                                                    <id provider="uniprot">742152</id>\r
+                                                    <code>WOLCO</code>\r
+                                                    <scientific_name>Wolfiporia cocos (strain MD-104)</scientific_name>\r
+                                                    <common_name>Brown rot fungus</common_name>\r
+                                                    <synonym>Wolfiporia cocos MD-104 SS10</synonym>\r
+                                                    <uri>http://genome.jgi-psf.org/public/Wolco1/W_cocos_CA-b1.jpg</uri>\r
+                                                  </taxonomy>\r
+                                                </clade>\r
+                                              </clade>\r
+                                            </clade>\r
+                                            <clade>\r
+                                              <taxonomy>\r
+                                                <id provider="uniprot">42742</id>\r
+                                                <code>CERSU</code>\r
+                                                <scientific_name>Ceriporiopsis subvermispora</scientific_name>\r
+                                                <rank>species</rank>\r
+                                              </taxonomy>\r
+                                            </clade>\r
+                                          </clade>\r
+                                          <clade>\r
+                                            <taxonomy>\r
+                                              <id provider="uniprot">732165</id>\r
+                                              <code>DICSQ</code>\r
+                                              <scientific_name>Dichomitus squalens (strain LYAD-421)</scientific_name>\r
+                                              <common_name>Western red white-rot fungus</common_name>\r
+                                              <synonym>Dichomitus squalens LYAD-421 SS1</synonym>\r
+                                              <uri>http://www.fs.fed.us/r3/resources/health/field-guide/images/large/sds-f199-large.jpg</uri>\r
+                                            </taxonomy>\r
+                                          </clade>\r
+                                        </clade>\r
+                                      </clade>\r
+                                      <clade>\r
+                                        <taxonomy>\r
+                                          <id provider="uniprot">13563</id>\r
+                                          <code>HETAN</code>\r
+                                          <scientific_name>Heterobasidion annosum</scientific_name>\r
+                                          <common_name>Root rot fungus</common_name>\r
+                                          <rank>species</rank>\r
+                                        </taxonomy>\r
+                                      </clade>\r
+                                    </clade>\r
+                                    <clade>\r
+                                      <taxonomy>\r
+                                        <id provider="uniprot">5215</id>\r
+                                        <scientific_name>Tremellaceae</scientific_name>\r
+                                        <rank>family</rank>\r
+                                      </taxonomy>\r
+                                      <clade>\r
+                                        <taxonomy>\r
+                                          <id provider="uniprot">5207</id>\r
+                                          <code>CRYNE</code>\r
+                                          <scientific_name>Cryptococcus neoformans</scientific_name>\r
+                                          <synonym>Filobasidiella neoformans</synonym>\r
+                                          <rank>species</rank>\r
+                                        </taxonomy>\r
+                                      </clade>\r
+                                      <clade>\r
+                                        <taxonomy>\r
+                                          <id provider="eol">1029985</id>\r
+                                          <code>TREME</code>\r
+                                          <scientific_name>Tremella mesenterica</scientific_name>\r
+                                          <authority>Pers. 1800</authority>\r
+                                          <common_name>Jelly fungus</common_name>\r
+                                          <synonym>Yellow Brain</synonym>\r
+                                          <synonym>Tremella lutescens</synonym>\r
+                                          <rank>species</rank>\r
+                                        </taxonomy>\r
+                                      </clade>\r
+                                    </clade>\r
+                                  </clade>\r
+                                  <clade>\r
+                                    <taxonomy>\r
+                                      <id provider="uniprot">452284</id>\r
+                                      <scientific_name>Ustilaginomycotina</scientific_name>\r
+                                      <rank>subphylum</rank>\r
+                                    </taxonomy>\r
+                                    <clade>\r
+                                      <taxonomy>\r
+                                        <id provider="uniprot">425265</id>\r
+                                        <code>MALGO</code>\r
+                                        <scientific_name>Malassezia globosa (strain ATCC MYA-4612 / CBS 7966)</scientific_name>\r
+                                        <common_name>Dandruff-associated fungus</common_name>\r
+                                      </taxonomy>\r
+                                    </clade>\r
+                                    <clade>\r
+                                      <taxonomy>\r
+                                        <id provider="uniprot">237631</id>\r
+                                        <code>USTMA</code>\r
+                                        <scientific_name>Ustilago maydis (strain 521 / FGSC 9021)</scientific_name>\r
+                                        <common_name>Corn smut fungus</common_name>\r
+                                        <rank>species</rank>\r
+                                      </taxonomy>\r
+                                    </clade>\r
+                                  </clade>\r
+                                </clade>\r
+                                <clade>\r
+                                  <taxonomy>\r
+                                    <id provider="uniprot">29000</id>\r
+                                    <scientific_name>Pucciniomycotina</scientific_name>\r
+                                    <rank>subphylum</rank>\r
+                                  </taxonomy>\r
+                                  <clade>\r
+                                    <taxonomy>\r
+                                      <id provider="uniprot">5258</id>\r
+                                      <scientific_name>Pucciniales</scientific_name>\r
+                                      <common_name>rusts</common_name>\r
+                                      <rank>order</rank>\r
+                                    </taxonomy>\r
+                                    <clade>\r
+                                      <taxonomy>\r
+                                        <id provider="uniprot">747676</id>\r
+                                        <code>MELLP</code>\r
+                                        <scientific_name>Melampsora larici-populina (strain 98AG31 / pathotype 3-4-7)</scientific_name>\r
+                                        <authority>Kleb. 1902</authority>\r
+                                        <common_name>Poplar leaf rust fungus</common_name>\r
+                                        <synonym>Melampsora larici-populina 98AG31</synonym>\r
+                                        <synonym>Melampsora laricis-populina 98AG31</synonym>\r
+                                        <rank>strain</rank>\r
+                                      </taxonomy>\r
+                                    </clade>\r
+                                    <clade>\r
+                                      <taxonomy>\r
+                                        <id provider="uniprot">5297</id>\r
+                                        <code>PUCGR</code>\r
+                                        <scientific_name>Puccinia graminis</scientific_name>\r
+                                        <authority>Pers. 1794</authority>\r
+                                        <common_name>Black stem rust fungus</common_name>\r
+                                        <rank>species</rank>\r
+                                      </taxonomy>\r
+                                    </clade>\r
+                                  </clade>\r
+                                  <clade>\r
+                                    <taxonomy>\r
+                                      <id provider="uniprot">89013</id>\r
+                                      <scientific_name>mitosporic Sporidiobolales</scientific_name>\r
+                                    </taxonomy>\r
+                                    <clade>\r
+                                      <taxonomy>\r
+                                        <id provider="uniprot">29898</id>\r
+                                        <code>RHOGR</code>\r
+                                        <scientific_name>Rhodotorula graminis</scientific_name>\r
+                                        <common_name>Yeast</common_name>\r
+                                        <rank>species</rank>\r
+                                      </taxonomy>\r
+                                    </clade>\r
+                                    <clade>\r
+                                      <taxonomy>\r
+                                        <id provider="uniprot">40563</id>\r
+                                        <code>SPORO</code>\r
+                                        <scientific_name>Sporobolomyces roseus</scientific_name>\r
+                                        <authority>Kluyver &amp; C. B. Niel 1924</authority>\r
+                                        <rank>species</rank>\r
+                                      </taxonomy>\r
+                                    </clade>\r
+                                  </clade>\r
+                                </clade>\r
+                              </clade>\r
+                              <clade>\r
+                                <taxonomy>\r
+                                  <id provider="uniprot">671144</id>\r
+                                  <code>WALSC</code>\r
+                                  <scientific_name>Wallemia sebi (strain ATCC MYA-4683 / CBS 633.66)</scientific_name>\r
+                                  <rank>strain</rank>\r
+                                </taxonomy>\r
+                              </clade>\r
+                            </clade>\r
+                          </clade>\r
+                          <clade>\r
+                            <taxonomy>\r
+                              <id provider="uniprot">451507</id>\r
+                              <scientific_name>Mucoromycotina</scientific_name>\r
+                              <rank>subphylum</rank>\r
+                            </taxonomy>\r
+                            <clade>\r
+                              <taxonomy>\r
+                                <id provider="uniprot">34489</id>\r
+                                <scientific_name>Mucoraceae</scientific_name>\r
+                                <rank>family</rank>\r
+                              </taxonomy>\r
+                              <clade>\r
+                                <taxonomy>\r
+                                  <id provider="uniprot">36080</id>\r
+                                  <code>MUCCI</code>\r
+                                  <scientific_name>Mucor circinelloides</scientific_name>\r
+                                  <synonym>Mucor griseo-roseus</synonym>\r
+                                  <rank>species</rank>\r
+                                </taxonomy>\r
+                              </clade>\r
+                              <clade>\r
+                                <taxonomy>\r
+                                  <id provider="uniprot">4837</id>\r
+                                  <code>PHYBL</code>\r
+                                  <scientific_name>Phycomyces blakesleeanus</scientific_name>\r
+                                  <rank>species</rank>\r
+                                </taxonomy>\r
+                              </clade>\r
+                              <clade>\r
+                                <taxonomy>\r
+                                  <id provider="uniprot">64495</id>\r
+                                  <code>RHIOR</code>\r
+                                  <scientific_name>Rhizopus oryzae</scientific_name>\r
+                                  <common_name>Mucormycosis agent</common_name>\r
+                                  <synonym>Rhizopus delemar</synonym>\r
+                                  <synonym>Rhizopus arrhizus var. delemar</synonym>\r
+                                  <rank>species</rank>\r
+                                </taxonomy>\r
+                              </clade>\r
+                            </clade>\r
+                            <clade>\r
+                              <taxonomy>\r
+                                <id provider="uniprot">1069443</id>\r
+                                <code>MVNXX</code>\r
+                                <scientific_name>Mortierella verticillata NRRL 6337</scientific_name>\r
+                                <rank>species</rank>\r
+                                <uri>http://www.ual.es/GruposInv/myco-ual/galeria17/mortierella.jpg</uri>\r
+                                <uri>http://www.diark.org/img/species_pict/Mortierella_verticillata</uri>\r
+                              </taxonomy>\r
+                            </clade>\r
+                          </clade>\r
+                        </clade>\r
+                        <clade>\r
+                          <taxonomy>\r
+                            <id provider="uniprot">61392</id>\r
+                            <code>CREXX</code>\r
+                            <scientific_name>Coemansia reversa</scientific_name>\r
+                            <rank>species</rank>\r
+                            <uri>http://genome.jgi.doe.gov/public/Coere1/Coemansia.jpg</uri>\r
+                          </taxonomy>\r
+                        </clade>\r
+                      </clade>\r
+                      <clade>\r
+                        <taxonomy>\r
+                          <id provider="uniprot">28583</id>\r
+                          <code>ALLMA</code>\r
+                          <scientific_name>Allomyces macrogynus</scientific_name>\r
+                          <rank>species</rank>\r
+                        </taxonomy>\r
+                      </clade>\r
+                    </clade>\r
+                    <clade>\r
+                      <taxonomy>\r
+                        <id provider="uniprot">4761</id>\r
+                        <scientific_name>Chytridiomycota</scientific_name>\r
+                        <common_name>chytrids</common_name>\r
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+                <scientific_name>Entamoeba</scientific_name>\r
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+                  <code>ENTHI</code>\r
+                  <scientific_name>Entamoeba histolytica</scientific_name>\r
+                  <rank>species</rank>\r
+                  <uri>http://www.dpd.cdc.gov/dpdx/images/ParasiteImages/A-F/Amebiasis/E_histo/Ehistdisp_troph_wtmt2.jpg</uri>\r
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+                  <id provider="uniprot">370354</id>\r
+                  <code>ENTDS</code>\r
+                  <scientific_name>Entamoeba dispar (strain ATCC PRA-260 / SAW760)</scientific_name>\r
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+        </clade>\r
+        <clade>\r
+          <name>Bikonta</name>\r
+          <reference doi="10.1099/ijs.0.63216-0">\r
+          </reference>\r
+          <clade>\r
+            <name>Plants+HC+SAR megagroup</name>\r
+            <clade>\r
+              <name>Plants+HC</name>\r
+              <clade>\r
+                <name>Archaeplastida</name>\r
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+                    <scientific_name>Viridiplantae</scientific_name>\r
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+                                        <name>Rosales &amp; Cucurbitales &amp; Fabales</name>\r
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+                                          <name>Rosales &amp; Cucurbitales</name>\r
+                                          <clade>\r
+                                            <taxonomy>\r
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+                                                <code>FRAVE</code>\r
+                                                <scientific_name>Fragaria vesca</scientific_name>\r
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+                                                <synonym>European strawberry</synonym>\r
+                                                <synonym>alpine strawberry</synonym>\r
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+                                                <uri>http://caliban.mpiz-koeln.mpg.de/thome/band3/tafel_092_small.jpg</uri>\r
+                                              </taxonomy>\r
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+                                            <clade>\r
+                                              <taxonomy>\r
+                                                <id provider="uniprot">3760</id>\r
+                                                <code>PRUPE</code>\r
+                                                <scientific_name>Prunus persica</scientific_name>\r
+                                                <common_name>Peach</common_name>\r
+                                                <synonym>Persica vulgaris</synonym>\r
+                                                <synonym>Amygdalus persica</synonym>\r
+                                                <rank>species</rank>\r
+                                                <uri>http://www.mezhenskyjv.narod.ru/foto_sortov/dokaz.jpg</uri>\r
+                                              </taxonomy>\r
+                                            </clade>\r
+                                          </clade>\r
+                                          <clade>\r
+                                            <taxonomy>\r
+                                              <id provider="uniprot">3659</id>\r
+                                              <code>CUCSA</code>\r
+                                              <scientific_name>Cucumis sativus</scientific_name>\r
+                                              <common_name>Cucumber</common_name>\r
+                                              <rank>species</rank>\r
+                                            </taxonomy>\r
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+                                        </clade>\r
+                                        <clade>\r
+                                          <taxonomy>\r
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+                                            <scientific_name>Papilionoideae</scientific_name>\r
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+                                              <id provider="uniprot">3847</id>\r
+                                              <code>SOYBN</code>\r
+                                              <scientific_name>Glycine max</scientific_name>\r
+                                              <authority>cv. Wye</authority>\r
+                                              <common_name>Soybean</common_name>\r
+                                              <synonym>Glycine hispida</synonym>\r
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+                                            </taxonomy>\r
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+                                          <clade>\r
+                                            <taxonomy>\r
+                                              <id provider="uniprot">3880</id>\r
+                                              <code>MEDTR</code>\r
+                                              <scientific_name>Medicago truncatula</scientific_name>\r
+                                              <common_name>Barrel medic</common_name>\r
+                                              <synonym>Medicago tribuloides</synonym>\r
+                                              <rank>species</rank>\r
+                                              <uri>http://crdp.ac-besancon.fr/flore/FABACEAE/photos/medicago_truncatula_30.jpg</uri>\r
+                                            </taxonomy>\r
+                                          </clade>\r
+                                        </clade>\r
+                                      </clade>\r
+                                      <clade>\r
+                                        <taxonomy>\r
+                                          <id provider="uniprot">3646</id>\r
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+                                            <taxonomy>\r
+                                              <id provider="uniprot">3983</id>\r
+                                              <code>MANES</code>\r
+                                              <scientific_name>Manihot esculenta</scientific_name>\r
+                                              <common_name>Tapioca</common_name>\r
+                                              <synonym>Jatropha manihot</synonym>\r
+                                              <rank>species</rank>\r
+                                              <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/9/99/Iwata_kenichi_cassava.jpg</uri>\r
+                                            </taxonomy>\r
+                                          </clade>\r
+                                          <clade>\r
+                                            <taxonomy>\r
+                                              <id provider="uniprot">3988</id>\r
+                                              <code>RICCO</code>\r
+                                              <scientific_name>Ricinus communis</scientific_name>\r
+                                              <common_name>Castor bean</common_name>\r
+                                              <synonym>Ricinus sanguineus</synonym>\r
+                                              <rank>species</rank>\r
+                                              <uri>http://nmorganics.net/wp-content/uploads/2011/09/castor.jpg</uri>\r
+                                            </taxonomy>\r
+                                          </clade>\r
+                                        </clade>\r
+                                        <clade>\r
+                                          <taxonomy>\r
+                                            <id provider="uniprot">3694</id>\r
+                                            <code>POPTR</code>\r
+                                            <scientific_name>Populus trichocarpa</scientific_name>\r
+                                            <common_name>Western balsam poplar</common_name>\r
+                                            <synonym>Populus balsamifera subsp. trichocarpa</synonym>\r
+                                            <rank>species</rank>\r
+                                          </taxonomy>\r
+                                        </clade>\r
+                                      </clade>\r
+                                    </clade>\r
+                                    <clade>\r
+                                      <taxonomy>\r
+                                        <id provider="uniprot">91836</id>\r
+                                        <scientific_name>malvids</scientific_name>\r
+                                      </taxonomy>\r
+                                      <clade>\r
+                                        <name>Brassicales &amp; Sapindales</name>\r
+                                        <clade>\r
+                                          <taxonomy>\r
+                                            <id provider="uniprot">3699</id>\r
+                                            <scientific_name>Brassicales</scientific_name>\r
+                                            <rank>order</rank>\r
+                                          </taxonomy>\r
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+                                            <taxonomy>\r
+                                              <id provider="uniprot">3700</id>\r
+                                              <scientific_name>Brassicaceae</scientific_name>\r
+                                              <rank>family</rank>\r
+                                            </taxonomy>\r
+                                            <clade>\r
+                                              <taxonomy>\r
+                                                <id provider="uniprot">3701</id>\r
+                                                <scientific_name>Arabidopsis</scientific_name>\r
+                                                <rank>genus</rank>\r
+                                              </taxonomy>\r
+                                              <clade>\r
+                                                <taxonomy>\r
+                                                  <id provider="uniprot">59689</id>\r
+                                                  <code>ARALY</code>\r
+                                                  <scientific_name>Arabidopsis lyrata</scientific_name>\r
+                                                  <common_name>Lyre-leaved rock-cress</common_name>\r
+                                                  <synonym>Arabis lyrata</synonym>\r
+                                                  <rank>species</rank>\r
+                                                </taxonomy>\r
+                                              </clade>\r
+                                              <clade>\r
+                                                <taxonomy>\r
+                                                  <id provider="uniprot">3702</id>\r
+                                                  <code>ARATH</code>\r
+                                                  <scientific_name>Arabidopsis thaliana</scientific_name>\r
+                                                  <common_name>Mouse-ear cress</common_name>\r
+                                                  <rank>species</rank>\r
+                                                </taxonomy>\r
+                                              </clade>\r
+                                            </clade>\r
+                                            <clade>\r
+                                              <taxonomy>\r
+                                                <id provider="uniprot">98038</id>\r
+                                                <code>THEHA</code>\r
+                                                <scientific_name>Thellungiella halophila</scientific_name>\r
+                                                <common_name>Salt cress</common_name>\r
+                                                <rank>species</rank>\r
+                                                <uri>http://mplant.oxfordjournals.org/content/2/1/3/F1.large.jpg</uri>\r
+                                              </taxonomy>\r
+                                            </clade>\r
+                                          </clade>\r
+                                          <clade>\r
+                                            <taxonomy>\r
+                                              <id provider="uniprot">3649</id>\r
+                                              <code>CARPA</code>\r
+                                              <scientific_name>Carica papaya</scientific_name>\r
+                                              <common_name>Papaya</common_name>\r
+                                              <rank>species</rank>\r
+                                              <uri>http://www.biopix.com/photos/jko-carica-papaya-00412.jpg</uri>\r
+                                              <uri>http://www.texasriviera.com/greenthumbs/papaya10.jpg</uri>\r
+                                            </taxonomy>\r
+                                          </clade>\r
+                                        </clade>\r
+                                        <clade>\r
+                                          <taxonomy>\r
+                                            <id provider="uniprot">2706</id>\r
+                                            <scientific_name>Citrus</scientific_name>\r
+                                            <rank>genus</rank>\r
+                                          </taxonomy>\r
+                                          <clade>\r
+                                            <taxonomy>\r
+                                              <id provider="uniprot">85681</id>\r
+                                              <code>CCLXX</code>\r
+                                              <scientific_name>Citrus clementina</scientific_name>\r
+                                              <synonym>Citrus clementina hort. ex Tanaka</synonym>\r
+                                              <rank>species</rank>\r
+                                              <uri>http://www.citrusgenomedb.org/sites/default/files/tripal/tripal_organism/images/Citrus_clementina.jpg</uri>\r
+                                            </taxonomy>\r
+                                          </clade>\r
+                                          <clade>\r
+                                            <taxonomy>\r
+                                              <id provider="uniprot">2711</id>\r
+                                              <code>CITSI</code>\r
+                                              <scientific_name>Citrus sinensis</scientific_name>\r
+                                              <common_name>Sweet orange</common_name>\r
+                                              <synonym>Citrus x sinensis</synonym>\r
+                                              <synonym>Citrus aurantium var. sinensis</synonym>\r
+                                              <rank>species</rank>\r
+                                              <uri>http://www.west-crete.com/flowers/photos/citrus_sinensis-1.jpg</uri>\r
+                                            </taxonomy>\r
+                                          </clade>\r
+                                        </clade>\r
+                                      </clade>\r
+                                      <clade>\r
+                                        <taxonomy>\r
+                                          <id provider="uniprot">71139</id>\r
+                                          <code>EUCGR</code>\r
+                                          <scientific_name>Eucalyptus grandis</scientific_name>\r
+                                          <common_name>Flooded gum</common_name>\r
+                                          <rank>species</rank>\r
+                                          <uri>http://www.calflora.net/losangelesarboretum/images/eucalyptus_grandis.jpg</uri>\r
+                                        </taxonomy>\r
+                                      </clade>\r
+                                    </clade>\r
+                                  </clade>\r
+                                  <clade>\r
+                                    <taxonomy>\r
+                                      <id provider="eol">582304</id>\r
+                                      <code>VITVI</code>\r
+                                      <scientific_name>Vitis vinifera</scientific_name>\r
+                                      <common_name>Grape</common_name>\r
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+                                <clade>\r
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+                                    <taxonomy>\r
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+                                      <scientific_name>Solanaceae</scientific_name>\r
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+                                            <id provider="uniprot">4081</id>\r
+                                            <code>SOLLC</code>\r
+                                            <scientific_name>Solanum lycopersicum</scientific_name>\r
+                                            <common_name>Tomato</common_name>\r
+                                            <synonym>Lycopersicon esculentum</synonym>\r
+                                            <rank>species</rank>\r
+                                            <uri>http://calphotos.berkeley.edu/imgs/512x768/0000_0000/0905/1214.jpeg</uri>\r
+                                          </taxonomy>\r
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+                                        <clade>\r
+                                          <taxonomy>\r
+                                            <id provider="uniprot">4084</id>\r
+                                            <code>SOLPI</code>\r
+                                            <scientific_name>Solanum pimpinellifolium</scientific_name>\r
+                                            <common_name>Currant tomato</common_name>\r
+                                            <synonym>Lycopersicon pimpinellifolium</synonym>\r
+                                            <rank>species</rank>\r
+                                            <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/b/b8/Currant_tomato.jpg</uri>\r
+                                          </taxonomy>\r
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+                                      <clade>\r
+                                        <taxonomy>\r
+                                          <id provider="uniprot">4113</id>\r
+                                          <code>SOLTU</code>\r
+                                          <scientific_name>Solanum tuberosum</scientific_name>\r
+                                          <common_name>Potato</common_name>\r
+                                          <rank>species</rank>\r
+                                          <uri>http://calphotos.berkeley.edu/imgs/512x768/0000_0000/0508/0344.jpeg</uri>\r
+                                        </taxonomy>\r
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+                                    </clade>\r
+                                    <clade>\r
+                                      <taxonomy>\r
+                                        <id provider="uniprot">4097</id>\r
+                                        <code>TOBAC</code>\r
+                                        <scientific_name>Nicotiana tabacum</scientific_name>\r
+                                        <common_name>Common tobacco</common_name>\r
+                                        <rank>species</rank>\r
+                                        <uri>http://calphotos.berkeley.edu/imgs/512x768/0000_0000/0105/2073.jpeg</uri>\r
+                                      </taxonomy>\r
+                                    </clade>\r
+                                  </clade>\r
+                                  <clade>\r
+                                    <taxonomy>\r
+                                      <id provider="uniprot">4155</id>\r
+                                      <code>MIMGU</code>\r
+                                      <scientific_name>Mimulus guttatus</scientific_name>\r
+                                      <common_name>Yellow monkey flower</common_name>\r
+                                      <synonym>Yellow monkey flower</synonym>\r
+                                      <rank>species</rank>\r
+                                    </taxonomy>\r
+                                  </clade>\r
+                                </clade>\r
+                              </clade>\r
+                              <clade>\r
+                                <taxonomy>\r
+                                  <id provider="uniprot">218851</id>\r
+                                  <code>AQUCA</code>\r
+                                  <scientific_name>Aquilegia caerulea</scientific_name>\r
+                                  <authority>E.James</authority>\r
+                                  <common_name>Rocky mountain columbine</common_name>\r
+                                  <synonym>Aquilegia coerulea</synonym>\r
+                                  <rank>species</rank>\r
+                                  <uri>http://www.wildflower.org/image_archive/320x240/PCD3618/PCD3618_IMG0033.JPG</uri>\r
+                                </taxonomy>\r
+                              </clade>\r
+                            </clade>\r
+                            <clade>\r
+                              <taxonomy>\r
+                                <id provider="uniprot">4447</id>\r
+                                <scientific_name>Liliopsida</scientific_name>\r
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+                              </taxonomy>\r
+                              <clade>\r
+                                <taxonomy>\r
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+                                  <scientific_name>Poaceae</scientific_name>\r
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+                                </taxonomy>\r
+                                <clade>\r
+                                  <taxonomy>\r
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+                                    <scientific_name>Panicoideae</scientific_name>\r
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+                                  </taxonomy>\r
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+                                      <scientific_name>Andropogoneae</scientific_name>\r
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+                                    </taxonomy>\r
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+                                      <taxonomy>\r
+                                        <id provider="uniprot">4558</id>\r
+                                        <code>SORBI</code>\r
+                                        <scientific_name>Sorghum bicolor</scientific_name>\r
+                                        <common_name>Sorghum</common_name>\r
+                                        <synonym>Sorghum vulgare</synonym>\r
+                                        <rank>species</rank>\r
+                                      </taxonomy>\r
+                                    </clade>\r
+                                    <clade>\r
+                                      <taxonomy>\r
+                                        <id provider="uniprot">4577</id>\r
+                                        <code>MAIZE</code>\r
+                                        <scientific_name>Zea mays</scientific_name>\r
+                                        <common_name>Maize</common_name>\r
+                                        <rank>species</rank>\r
+                                      </taxonomy>\r
+                                    </clade>\r
+                                  </clade>\r
+                                  <clade>\r
+                                    <taxonomy>\r
+                                      <id provider="uniprot">147428</id>\r
+                                      <scientific_name>Paniceae</scientific_name>\r
+                                      <rank>tribe</rank>\r
+                                    </taxonomy>\r
+                                    <clade>\r
+                                      <taxonomy>\r
+                                        <id provider="uniprot">38727</id>\r
+                                        <code>PANVG</code>\r
+                                        <scientific_name>Panicum virgatum</scientific_name>\r
+                                        <common_name>switchgrass</common_name>\r
+                                        <rank>species</rank>\r
+                                        <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/2/29/PanicumVirgatum.jpg/220px-PanicumVirgatum.jpg</uri>\r
+                                      </taxonomy>\r
+                                    </clade>\r
+                                    <clade>\r
+                                      <taxonomy>\r
+                                        <id provider="uniprot">4555</id>\r
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+                                        <synonym>Panicum italicum</synonym>\r
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+                                        <code>ORYSJ</code>\r
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+                                        <code>BRADI</code>\r
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+                                        <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/0/01/Brachypodium_distachyon_Bd21-3.jpg</uri>\r
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+                                        <code>HORVD</code>\r
+                                        <scientific_name>Hordeum vulgare var. distichum</scientific_name>\r
+                                        <common_name>Two-rowed barley</common_name>\r
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+                                        <uri>http://www.missouriplants.com/Grasses/Hordeum_vulgare_plant.jpg</uri>\r
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+                                  <scientific_name>Musa acuminata subsp. malaccensis</scientific_name>\r
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+                                  <synonym>Musa malaccensis</synonym>\r
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+                                  <uri>http://farm5.staticflickr.com/4009/4572831376_07ca3089d1_z.jpg</uri>\r
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+                            <code>PICAB</code>\r
+                            <scientific_name>Picea abies</scientific_name>\r
+                            <authority>H.Karst</authority>\r
+                            <common_name>Norway spruce</common_name>\r
+                            <synonym>Picea excelsa</synonym>\r
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+                            <uri>http://pharm1.pharmazie.uni-greifswald.de/allgemei/serturn/arzpfl-b/picea_a.jpg</uri>\r
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+                          <authority>Hieron</authority>\r
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+                          <rank>species</rank>\r
+                          <uri>http://www.plantsystematics.org/users/robbin/5_22_06/upload121/Selag_moellendorffii3.JPG</uri>\r
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+                        <code>PHYPA</code>\r
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+                        <uri>http://www.aua.gr/plantdevelopment/Photos2/01%20Physcomitrella%20patens.jpg</uri>\r
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+                            <common_name>Picoplanktonic green alga</common_name>\r
+                            <uri>http://www.mansfield.ohio-state.edu/~sabedon/microfla.jpg</uri>\r
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+                  <reference doi="10.1016/j.cub.2007.03.069">\r
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+                                <code>PLACH</code>\r
+                                <scientific_name>Plasmodium chabaudi</scientific_name>\r
+                                <rank>species</rank>\r
+                              </taxonomy>\r
+                            </clade>\r
+                            <clade>\r
+                              <taxonomy>\r
+                                <id provider="uniprot">36329</id>\r
+                                <code>PLAF7</code>\r
+                                <scientific_name>Plasmodium falciparum (isolate 3D7)</scientific_name>\r
+                              </taxonomy>\r
+                            </clade>\r
+                            <clade>\r
+                              <taxonomy>\r
+                                <id provider="uniprot">73239</id>\r
+                                <code>PLAYO</code>\r
+                                <scientific_name>Plasmodium yoelii yoelii</scientific_name>\r
+                                <rank>subspecies</rank>\r
+                              </taxonomy>\r
+                            </clade>\r
+                            <clade>\r
+                              <taxonomy>\r
+                                <id provider="uniprot">126793</id>\r
+                                <code>PLAVS</code>\r
+                                <scientific_name>Plasmodium vivax (strain Salvador I)</scientific_name>\r
+                              </taxonomy>\r
+                            </clade>\r
+                          </clade>\r
+                          <clade>\r
+                            <taxonomy>\r
+                              <id provider="uniprot">5863</id>\r
+                              <scientific_name>Piroplasmida</scientific_name>\r
+                              <common_name>Piroplasmids</common_name>\r
+                            </taxonomy>\r
+                            <clade>\r
+                              <name>Theileria</name>\r
+                              <taxonomy>\r
+                                <id provider="uniprot">5873</id>\r
+                                <scientific_name>Theileria</scientific_name>\r
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+                              </taxonomy>\r
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+                                <taxonomy>\r
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+                                  <code>THEAN</code>\r
+                                  <scientific_name>Theileria annulata</scientific_name>\r
+                                  <rank>species</rank>\r
+                                </taxonomy>\r
+                              </clade>\r
+                              <clade>\r
+                                <taxonomy>\r
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+                                  <scientific_name>Theileria parva</scientific_name>\r
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+                                  <rank>species</rank>\r
+                                </taxonomy>\r
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+                            </clade>\r
+                            <clade>\r
+                              <taxonomy>\r
+                                <id provider="uniprot">5865</id>\r
+                                <code>BABBO</code>\r
+                                <scientific_name>Babesia bovis</scientific_name>\r
+                                <rank>species</rank>\r
+                                <uri>http://www.perulactea.com/wp-content/uploads/2012/03/Babesia_bovis.jpg</uri>\r
+                              </taxonomy>\r
+                            </clade>\r
+                          </clade>\r
+                        </clade>\r
+                        <clade>\r
+                          <taxonomy>\r
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+                          </taxonomy>\r
+                          <reference doi="10.1093/molbev/msn213">\r
+                            <desc>The Apicomplexan Whole-Genome Phylogeny: An Analysis of Incongruence among Gene Trees</desc>\r
+                          </reference>\r
+                          <reference>\r
+                          </reference>\r
+                          <clade>\r
+                            <taxonomy>\r
+                              <id provider="uniprot">5802</id>\r
+                              <code>EIMTE</code>\r
+                              <scientific_name>Eimeria tenella</scientific_name>\r
+                              <common_name>Coccidian parasite</common_name>\r
+                              <rank>species</rank>\r
+                              <uri>http://www.k-state.edu/parasitology/625tutorials/FIGtenella.jpg</uri>\r
+                            </taxonomy>\r
+                          </clade>\r
+                          <clade>\r
+                            <taxonomy>\r
+                              <id provider="uniprot">5811</id>\r
+                              <code>TOXGO</code>\r
+                              <scientific_name>Toxoplasma gondii</scientific_name>\r
+                              <rank>species</rank>\r
+                            </taxonomy>\r
+                          </clade>\r
+                        </clade>\r
+                      </clade>\r
+                      <clade>\r
+                        <taxonomy>\r
+                          <id provider="uniprot">5806</id>\r
+                          <scientific_name>Cryptosporidium</scientific_name>\r
+                          <rank>genus</rank>\r
+                        </taxonomy>\r
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+                          <taxonomy>\r
+                            <id provider="uniprot">237895</id>\r
+                            <code>CRYHO</code>\r
+                            <scientific_name>Cryptosporidium hominis</scientific_name>\r
+                            <rank>species</rank>\r
+                          </taxonomy>\r
+                        </clade>\r
+                        <clade>\r
+                          <taxonomy>\r
+                            <id provider="uniprot">5807</id>\r
+                            <code>CRYPV</code>\r
+                            <scientific_name>Cryptosporidium parvum</scientific_name>\r
+                            <rank>species</rank>\r
+                          </taxonomy>\r
+                        </clade>\r
+                        <clade>\r
+                          <taxonomy>\r
+                            <id provider="uniprot">353152</id>\r
+                            <code>CRYPI</code>\r
+                            <scientific_name>Cryptosporidium parvum (strain Iowa II)</scientific_name>\r
+                          </taxonomy>\r
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+                      </clade>\r
+                    </clade>\r
+                    <clade>\r
+                      <name>Dinoflagellates &amp; Perkinsus</name>\r
+                      <clade>\r
+                        <taxonomy>\r
+                          <id provider="uniprot">2864</id>\r
+                          <scientific_name>Dinophyceae</scientific_name>\r
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+                        </taxonomy>\r
+                        <clade>\r
+                          <taxonomy>\r
+                            <id provider="uniprot">2866</id>\r
+                            <code>CRYCO</code>\r
+                            <scientific_name>Crypthecodinium cohnii</scientific_name>\r
+                            <common_name>Dinoflagellate</common_name>\r
+                            <rank>species</rank>\r
+                            <uri>http://www.lamolina.net/image/DHAcell.jpg</uri>\r
+                          </taxonomy>\r
+                        </clade>\r
+                        <clade>\r
+                          <taxonomy>\r
+                            <id provider="uniprot">2923</id>\r
+                            <code>THOHE</code>\r
+                            <scientific_name>Thoracosphaera heimii</scientific_name>\r
+                            <common_name>Dinoflagellate</common_name>\r
+                            <rank>species</rank>\r
+                            <uri>http://planktonnet.awi.de/repository/rawdata-PlanktonNet2/viewable/fjouenne_21806a_20080123172436_small.jpg</uri>\r
+                          </taxonomy>\r
+                        </clade>\r
+                      </clade>\r
+                      <clade>\r
+                        <taxonomy>\r
+                          <id provider="uniprot">423536</id>\r
+                          <code>PERM5</code>\r
+                          <scientific_name>Perkinsus marinus (strain ATCC 50983 / TXsc)</scientific_name>\r
+                          <uri>http://www.eurl-mollusc.eu/var/storage/images/medias-ifremer/medias-crlmollusc/images/perkinsus-zoosporangium/633746-1-eng-GB/Perkinsus-zoosporangium.jpg</uri>\r
+                        </taxonomy>\r
+                      </clade>\r
+                    </clade>\r
+                  </clade>\r
+                  <clade>\r
+                    <taxonomy>\r
+                      <id provider="uniprot">5878</id>\r
+                      <scientific_name>Ciliophora</scientific_name>\r
+                    </taxonomy>\r
+                    <clade>\r
+                      <taxonomy>\r
+                        <id provider="uniprot">431838</id>\r
+                        <scientific_name>Intramacronucleata</scientific_name>\r
+                        <rank>subphylum</rank>\r
+                      </taxonomy>\r
+                      <clade>\r
+                        <taxonomy>\r
+                          <id provider="uniprot">6020</id>\r
+                          <scientific_name>Oligohymenophorea</scientific_name>\r
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+                          <taxonomy>\r
+                            <id provider="uniprot">31277</id>\r
+                            <scientific_name>Hymenostomatida</scientific_name>\r
+                            <rank>order</rank>\r
+                          </taxonomy>\r
+                          <clade>\r
+                            <taxonomy>\r
+                              <id provider="uniprot">857967</id>\r
+                              <code>ICHMG</code>\r
+                              <scientific_name>Ichthyophthirius multifiliis (strain G5)</scientific_name>\r
+                              <common_name>White spot disease agent</common_name>\r
+                              <synonym>Ich</synonym>\r
+                              <uri>http://www.vet.cornell.edu/microbiology/FishDisease/aquaticprog/highlights/ich/ICH2.JPG</uri>\r
+                            </taxonomy>\r
+                          </clade>\r
+                          <clade>\r
+                            <taxonomy>\r
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+                              <code>TETTS</code>\r
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+                              <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/0/08/Tetrahymena_thermophila.png/220px-Tetrahymena_thermophila.png</uri>\r
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+                          <scientific_name>Oxytricha trifallax</scientific_name>\r
+                          <authority>Stein, 1859</authority>\r
+                          <rank>species</rank>\r
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+                    <scientific_name>Stramenopiles</scientific_name>\r
+                    <authority>Patterson 1989, emend. Adl et al. 2005</authority>\r
+                    <synonym>Chromophyta</synonym>\r
+                    <synonym>heterokonts</synonym>\r
+                    <synonym>Heterokontophyta</synonym>\r
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+                    <name>Labyrinthulomycetes &amp; Ochrophyta &amp; Oomycetes</name>\r
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+                      <name>Ochrophyta &amp; Oomycetes</name>\r
+                      <reference doi="10.1016/j.protis.2008.11.004">\r
+                        <desc>Seven Gene Phylogeny of Heterokonts</desc>\r
+                      </reference>\r
+                      <reference>\r
+                      </reference>\r
+                      <clade>\r
+                        <taxonomy>\r
+                          <scientific_name>Ochrophyta</scientific_name>\r
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+                                <authority>Krieger</authority>\r
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+                                <uri>http://www.awi.de/fileadmin/user_upload/News/Press_Releases/2012/1._Quartal/000_Fragilariposis_Chloroplasten_GDieckmann_w.jpg</uri>\r
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+                                <authority>Hasle &amp; Heimdal</authority>\r
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+                          <name>Pelagophyceae &amp; Phaeophyceae</name>\r
+                          <reference doi="10.1128/AEM.06952-11">\r
+                            <desc>Distribution patterns and phylogeny of marine stramenopiles in the north pacific ocean</desc>\r
+                          </reference>\r
+                          <reference>\r
+                          </reference>\r
+                          <clade>\r
+                            <taxonomy>\r
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+                              <authority>Hargraves &amp; Sieburth</authority>\r
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+                              <uri>http://www.dec.ny.gov/images/fish_marine_images/alex1.jpg</uri>\r
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+                              <scientific_name>Ectocarpus siliculosus</scientific_name>\r
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+                              <uri>http://www.research.kobe-u.ac.jp/rcis-ku-macc/j.p.folder/photo/KU-1110%20Ectocarpus%20siliculosus%20b%20x20.jpg</uri>\r
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+                                <code>PHYIN</code>\r
+                                <scientific_name>Phytophthora infestans</scientific_name>\r
+                                <authority>(Mont.) de Bary 1876</authority>\r
+                                <common_name>Potato late blight fungus</common_name>\r
+                                <rank>species</rank>\r
+                                <uri>http://bioweb.uwlax.edu/bio203/s2007/benrud_jaco/index_files/image4901.jpg</uri>\r
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+                                <code>PHYRM</code>\r
+                                <scientific_name>Phytophthora ramorum</scientific_name>\r
+                                <common_name>Sudden oak death agent</common_name>\r
+                                <rank>species</rank>\r
+                                <uri>http://genome.jgi-psf.org/Phyra1_1/pramorum.jpg</uri>\r
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+                                <id provider="uniprot">67593</id>\r
+                                <code>PHYSO</code>\r
+                                <scientific_name>Phytophthora sojae</scientific_name>\r
+                                <common_name>Soybean stem and root rot agent</common_name>\r
+                                <synonym>Phytophthora megasperma f. sp. glycines</synonym>\r
+                                <rank>species</rank>\r
+                                <uri>http://www.apsnet.org/publications/imageresources/PublishingImages/2003/IW000025b.jpg</uri>\r
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+                                <scientific_name>Phytophthora cinnamomi</scientific_name>\r
+                                <common_name>Cinnamon fungus</common_name>\r
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+                                <uri>http://genome.jgi.doe.gov/public/Phyci1/Pcinnamomi_hyphae_and_chlamydospores.jpg</uri>\r
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+                                <code>PHYCP</code>\r
+                                <scientific_name>Phytophthora capsici</scientific_name>\r
+                                <rank>species</rank>\r
+                                <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/2/24/Phytophthora_capsici_sporangia.jpg</uri>\r
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+                              <code>HYAAE</code>\r
+                              <scientific_name>Hyaloperonospora arabidopsidis (strain Emoy2)</scientific_name>\r
+                              <common_name>Downy mildew agent</common_name>\r
+                              <synonym>Peronospora arabidopsidis</synonym>\r
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+                            <code>PYTUL</code>\r
+                            <scientific_name>Pythium ultimum</scientific_name>\r
+                            <rank>species</rank>\r
+                            <uri>http://www.plantpath.cornell.edu/labs/enelson/images/Germ_Sporangia(small).jpg</uri>\r
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+                          <code>AKEXX</code>\r
+                          <scientific_name>Aplanochytrium kerguelense PBS07</scientific_name>\r
+                          <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/9/91/Aplanolm.jpg/120px-Aplanolm.jpg</uri>\r
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+                          <scientific_name>Schizochytrium aggregatum ATCC 28209</scientific_name>\r
+                          <uri>http://genome.jgi-psf.org/public/Schag1/120124-ATCC28209-22.JPG</uri>\r
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+                          <code>ALIXX</code>\r
+                          <scientific_name>Aurantiochytrium limacinum</scientific_name>\r
+                          <synonym>Schizochytrium limacinum</synonym>\r
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+                          <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/3/38/Aurantiochytrium_limacinum_SR21.jpg</uri>\r
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+                      <code>BLAHO</code>\r
+                      <scientific_name>Blastocystis hominis</scientific_name>\r
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+                    <code>BIGNA</code>\r
+                    <scientific_name>Bigelowiella natans</scientific_name>\r
+                    <common_name>Pedinomonas minutissima</common_name>\r
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+                    <synonym>Pedinomonas minutissima</synonym>\r
+                    <rank>species</rank>\r
+                    <uri>http://genome.jgi.doe.gov/Bigna1/Bigna1.jpg</uri>\r
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+            <name>Excavata</name>\r
+            <reference doi="10.1038/nature04546">\r
+            </reference>\r
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+              <name>Kinetoplastida &amp; Heterolobosea</name>\r
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+                  <scientific_name>Kinetoplastida</scientific_name>\r
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+                    <code>BODSA</code>\r
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+              <name>Metamonada</name>\r
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+                  <code>GIAIC</code>\r
+                  <scientific_name>Giardia intestinalis (strain ATCC 50803 / WB clone C6)</scientific_name>\r
+                  <synonym>Giardia intestinalis (strain ATCC 50803 / WB clone C6)</synonym>\r
+                  <synonym>Giardia lamblia</synonym>\r
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+                  <id provider="uniprot">5722</id>\r
+                  <code>TRIVA</code>\r
+                  <scientific_name>Trichomonas vaginalis</scientific_name>\r
+                  <rank>species</rank>\r
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+              </clade>\r
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+              <desc>Planomonadida ord. nov. (Apusozoa): Ultrastructural Affinity with Micronuclearia podoventralis and Deep Divergences within Planomonas gen. nov</desc>\r
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+                <scientific_name>Planomonas micra</scientific_name>\r
+                <authority>(Cavalier-Smith, 2008) Heiss, Walker &amp; Simpson 2010</authority>\r
+                <synonym>Apusomonadidae sp. micra</synonym>\r
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+                <scientific_name>Thecamonas trahens</scientific_name>\r
+                <authority>Larsen &amp; Patterson 1990</authority>\r
+                <synonym>Amastigomonas trahens</synonym>\r
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+                          <scientific_name>Haloquadratum walsbyi (strain DSM 16790)</scientific_name>\r
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+                    </clade>\r
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+                      <code>ARCFU</code>\r
+                      <scientific_name>Archaeoglobus fulgidus (strain ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126)</scientific_name>\r
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+                  <scientific_name>Thermoplasma volcanium (strain ATCC 51530 / DSM 4299 / IFO 15438 / JCM 9571 / GSS1)</scientific_name>\r
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+            </clade>\r
+            <clade>\r
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+                <id provider="uniprot">263820</id>\r
+                <code>PICTO</code>\r
+                <scientific_name>Picrophilus torridus (strain ATCC 700027 / DSM 9790 / JCM 10055 / NBRC 100828)</scientific_name>\r
+              </taxonomy>\r
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+          </clade>\r
+        </clade>\r
+        <clade>\r
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+                            <scientific_name>Pyrobaculum arsenaticum (strain DSM 13514 / JCM 11321)</scientific_name>\r
+                          </taxonomy>\r
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+                          <taxonomy>\r
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+                            <code>PYRCJ</code>\r
+                            <scientific_name>Pyrobaculum calidifontis (strain JCM 11548 / VA1)</scientific_name>\r
+                          </taxonomy>\r
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+                      </clade>\r
+                      <clade>\r
+                        <taxonomy>\r
+                          <id provider="uniprot">13773</id>\r
+                          <code>PYRAE</code>\r
+                          <scientific_name>Pyrobaculum aerophilum</scientific_name>\r
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+                    </clade>\r
+                    <clade>\r
+                      <name>a_70</name>\r
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+                        <taxonomy>\r
+                          <id provider="uniprot">384616</id>\r
+                          <code>PYRIL</code>\r
+                          <scientific_name>Pyrobaculum islandicum (strain DSM 4184 / JCM 9189)</scientific_name>\r
+                        </taxonomy>\r
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+                          <code>THENV</code>\r
+                          <scientific_name>Thermoproteus neutrophilus (strain DSM 2338 / JCM 9278 / V24Sta)</scientific_name>\r
+                          <synonym>Thermoproteus neutrophilus</synonym>\r
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+                      <id provider="uniprot">397948</id>\r
+                      <code>CALMQ</code>\r
+                      <scientific_name>Caldivirga maquilingensis (strain ATCC 700844 / DSMZ 13496 / JCM 10307 / IC-167)</scientific_name>\r
+                    </taxonomy>\r
+                  </clade>\r
+                </clade>\r
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+                    <id provider="uniprot">118883</id>\r
+                    <scientific_name>Sulfolobaceae</scientific_name>\r
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+                      <scientific_name>Sulfolobus</scientific_name>\r
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+                          <code>SULAC</code>\r
+                          <scientific_name>Sulfolobus acidocaldarius</scientific_name>\r
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+                          <code>SULTO</code>\r
+                          <scientific_name>Sulfolobus tokodaii (strain DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7)</scientific_name>\r
+                        </taxonomy>\r
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+                    </clade>\r
+                    <clade>\r
+                      <taxonomy>\r
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+                        <code>SULSO</code>\r
+                        <scientific_name>Sulfolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2)</scientific_name>\r
+                        <synonym>Sulfolobus solfataricus P2</synonym>\r
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+                      <code>METS5</code>\r
+                      <scientific_name>Metallosphaera sedula (strain ATCC 51363 / DSM 5348)</scientific_name>\r
+                    </taxonomy>\r
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+                </clade>\r
+              </clade>\r
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+                  <code>AERPE</code>\r
+                  <scientific_name>Aeropyrum pernix</scientific_name>\r
+                  <rank>species</rank>\r
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+                  <name>a_86</name>\r
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+                    <taxonomy>\r
+                      <id provider="uniprot">399550</id>\r
+                      <code>STAMF</code>\r
+                      <scientific_name>Staphylothermus marinus (strain ATCC 43588 / DSM 3639 / F1)</scientific_name>\r
+                    </taxonomy>\r
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+                  <clade>\r
+                    <taxonomy>\r
+                      <id provider="uniprot">368408</id>\r
+                      <code>THEPD</code>\r
+                      <scientific_name>Thermofilum pendens (strain Hrk 5)</scientific_name>\r
+                    </taxonomy>\r
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+                </clade>\r
+                <clade>\r
+                  <taxonomy>\r
+                    <id provider="uniprot">415426</id>\r
+                    <code>HYPBU</code>\r
+                    <scientific_name>Hyperthermus butylicus (strain DSM 5456 / JCM 9403)</scientific_name>\r
+                  </taxonomy>\r
+                </clade>\r
+              </clade>\r
+              <clade>\r
+                <taxonomy>\r
+                  <id provider="uniprot">453591</id>\r
+                  <code>IGNH4</code>\r
+                  <scientific_name>Ignicoccus hospitalis (strain KIN4/I / DSM 18386 / JCM 14125)</scientific_name>\r
+                </taxonomy>\r
+              </clade>\r
+            </clade>\r
+          </clade>\r
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+            <taxonomy>\r
+              <id provider="uniprot">374847</id>\r
+              <code>KORCO</code>\r
+              <scientific_name>Korarchaeum cryptofilum (strain OPF8)</scientific_name>\r
+            </taxonomy>\r
+          </clade>\r
+        </clade>\r
+      </clade>\r
+    </clade>\r
+    <clade>\r
+      <taxonomy>\r
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+              <clade>\r
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+                  <name>b_104</name>\r
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+                    <name>b_80</name>\r
+                    <clade>\r
+                      <taxonomy>\r
+                        <id provider="uniprot">1224</id>\r
+                        <scientific_name>Proteobacteria</scientific_name>\r
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+                      <clade>\r
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+                              <name>b_24</name>\r
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+                                <id provider="uniprot">1236</id>\r
+                                <scientific_name>Gammaproteobacteria</scientific_name>\r
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+                                <name>b_16</name>\r
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+                                  <taxonomy>\r
+                                    <id provider="uniprot">543</id>\r
+                                    <scientific_name>Enterobacteriaceae</scientific_name>\r
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+                                  <clade>\r
+                                    <name>b_8</name>\r
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+                                          <taxonomy>\r
+                                            <id provider="uniprot">561</id>\r
+                                            <scientific_name>Escherichia</scientific_name>\r
+                                            <rank>genus</rank>\r
+                                          </taxonomy>\r
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+                                            <taxonomy>\r
+                                              <id provider="uniprot">83333</id>\r
+                                              <code>ECOLI</code>\r
+                                              <scientific_name>Escherichia coli (strain K12)</scientific_name>\r
+                                            </taxonomy>\r
+                                          </clade>\r
+                                          <clade>\r
+                                            <taxonomy>\r
+                                              <id provider="uniprot">83334</id>\r
+                                              <code>ECO57</code>\r
+                                              <scientific_name>Escherichia coli O157:H7</scientific_name>\r
+                                            </taxonomy>\r
+                                          </clade>\r
+                                        </clade>\r
+                                        <clade>\r
+                                          <taxonomy>\r
+                                            <id provider="uniprot">623</id>\r
+                                            <code>SHIFL</code>\r
+                                            <scientific_name>Shigella flexneri</scientific_name>\r
+                                            <rank>species</rank>\r
+                                          </taxonomy>\r
+                                        </clade>\r
+                                      </clade>\r
+                                      <clade>\r
+                                        <taxonomy>\r
+                                          <id provider="uniprot">90371</id>\r
+                                          <code>SALTY</code>\r
+                                          <scientific_name>Salmonella typhimurium</scientific_name>\r
+                                        </taxonomy>\r
+                                      </clade>\r
+                                    </clade>\r
+                                    <clade>\r
+                                      <taxonomy>\r
+                                        <id provider="uniprot">632</id>\r
+                                        <code>YERPE</code>\r
+                                        <scientific_name>Yersinia pestis</scientific_name>\r
+                                        <rank>species</rank>\r
+                                      </taxonomy>\r
+                                    </clade>\r
+                                  </clade>\r
+                                  <clade>\r
+                                    <taxonomy>\r
+                                      <id provider="uniprot">29488</id>\r
+                                      <code>PHOLU</code>\r
+                                      <scientific_name>Photorhabdus luminescens</scientific_name>\r
+                                      <synonym>Xenorhabdus luminescens</synonym>\r
+                                      <rank>species</rank>\r
+                                    </taxonomy>\r
+                                  </clade>\r
+                                </clade>\r
+                                <clade>\r
+                                  <name>b_15</name>\r
+                                  <clade>\r
+                                    <name>b_13</name>\r
+                                    <taxonomy>\r
+                                      <id provider="uniprot">641</id>\r
+                                      <scientific_name>Vibrionaceae</scientific_name>\r
+                                      <rank>family</rank>\r
+                                    </taxonomy>\r
+                                    <clade>\r
+                                      <taxonomy>\r
+                                        <id provider="uniprot">74109</id>\r
+                                        <code>PHOPR</code>\r
+                                        <scientific_name>Photobacterium profundum</scientific_name>\r
+                                        <synonym>Photobacterium sp. (strain SS9)</synonym>\r
+                                        <rank>species</rank>\r
+                                      </taxonomy>\r
+                                    </clade>\r
+                                    <clade>\r
+                                      <taxonomy>\r
+                                        <id provider="uniprot">666</id>\r
+                                        <code>VIBCH</code>\r
+                                        <scientific_name>Vibrio cholerae</scientific_name>\r
+                                        <rank>species</rank>\r
+                                      </taxonomy>\r
+                                    </clade>\r
+                                  </clade>\r
+                                  <clade>\r
+                                    <taxonomy>\r
+                                      <id provider="uniprot">318161</id>\r
+                                      <code>SHEDO</code>\r
+                                      <scientific_name>Shewanella denitrificans (strain OS217 / ATCC BAA-1090 / DSM 15013)</scientific_name>\r
+                                    </taxonomy>\r
+                                  </clade>\r
+                                </clade>\r
+                              </clade>\r
+                              <clade>\r
+                                <name>b_23</name>\r
+                                <clade>\r
+                                  <name>b_21</name>\r
+                                  <taxonomy>\r
+                                    <id provider="uniprot">286</id>\r
+                                    <scientific_name>Pseudomonas</scientific_name>\r
+                                    <rank>genus</rank>\r
+                                  </taxonomy>\r
+                                  <clade>\r
+                                    <name>b_19</name>\r
+                                    <clade>\r
+                                      <taxonomy>\r
+                                        <id provider="uniprot">220664</id>\r
+                                        <code>PSEF5</code>\r
+                                        <scientific_name>Pseudomonas fluorescens (strain Pf-5 / ATCC BAA-477)</scientific_name>\r
+                                      </taxonomy>\r
+                                    </clade>\r
+                                    <clade>\r
+                                      <taxonomy>\r
+                                        <id provider="uniprot">205922</id>\r
+                                        <code>PSEPF</code>\r
+                                        <scientific_name>Pseudomonas fluorescens (strain Pf0-1)</scientific_name>\r
+                                      </taxonomy>\r
+                                    </clade>\r
+                                  </clade>\r
+                                  <clade>\r
+                                    <taxonomy>\r
+                                      <id provider="uniprot">287</id>\r
+                                      <code>PSEAE</code>\r
+                                      <scientific_name>Pseudomonas aeruginosa</scientific_name>\r
+                                      <rank>species</rank>\r
+                                    </taxonomy>\r
+                                  </clade>\r
+                                </clade>\r
+                                <clade>\r
+                                  <taxonomy>\r
+                                    <id provider="uniprot">290398</id>\r
+                                    <code>CHRSD</code>\r
+                                    <scientific_name>Chromohalobacter salexigens (strain DSM 3043 / ATCC BAA-138 / NCIMB 13768)</scientific_name>\r
+                                  </taxonomy>\r
+                                </clade>\r
+                              </clade>\r
+                            </clade>\r
+                            <clade>\r
+                              <name>b_29</name>\r
+                              <taxonomy>\r
+                                <id provider="uniprot">28216</id>\r
+                                <scientific_name>Betaproteobacteria</scientific_name>\r
+                                <rank>class</rank>\r
+                              </taxonomy>\r
+                              <clade>\r
+                                <taxonomy>\r
+                                  <id provider="uniprot">159087</id>\r
+                                  <code>DECAR</code>\r
+                                  <scientific_name>Dechloromonas aromatica (strain RCB)</scientific_name>\r
+                                </taxonomy>\r
+                              </clade>\r
+                              <clade>\r
+                                <taxonomy>\r
+                                  <id provider="uniprot">266264</id>\r
+                                  <code>RALME</code>\r
+                                  <scientific_name>Ralstonia metallidurans (strain CH34 / ATCC 43123 / DSM 2839)</scientific_name>\r
+                                </taxonomy>\r
+                              </clade>\r
+                            </clade>\r
+                          </clade>\r
+                          <clade>\r
+                            <name>b_43</name>\r
+                            <clade>\r
+                              <name>b_41</name>\r
+                              <clade>\r
+                                <name>b_35</name>\r
+                                <taxonomy>\r
+                                  <id provider="uniprot">28216</id>\r
+                                  <scientific_name>Betaproteobacteria</scientific_name>\r
+                                  <rank>class</rank>\r
+                                </taxonomy>\r
+                                <clade>\r
+                                  <name>b_33</name>\r
+                                  <taxonomy>\r
+                                    <id provider="uniprot">206379</id>\r
+                                    <scientific_name>Nitrosomonadaceae</scientific_name>\r
+                                    <rank>family</rank>\r
+                                  </taxonomy>\r
+                                  <clade>\r
+                                    <taxonomy>\r
+                                      <id provider="uniprot">915</id>\r
+                                      <code>NITEU</code>\r
+                                      <scientific_name>Nitrosomonas europaea</scientific_name>\r
+                                      <rank>species</rank>\r
+                                    </taxonomy>\r
+                                  </clade>\r
+                                  <clade>\r
+                                    <taxonomy>\r
+                                      <id provider="uniprot">323848</id>\r
+                                      <code>NITMU</code>\r
+                                      <scientific_name>Nitrosospira multiformis (strain ATCC 25196 / NCIMB 11849)</scientific_name>\r
+                                    </taxonomy>\r
+                                  </clade>\r
+                                </clade>\r
+                                <clade>\r
+                                  <taxonomy>\r
+                                    <id provider="uniprot">36861</id>\r
+                                    <code>THIDE</code>\r
+                                    <scientific_name>Thiobacillus denitrificans</scientific_name>\r
+                                    <rank>species</rank>\r
+                                  </taxonomy>\r
+                                </clade>\r
+                              </clade>\r
+                              <clade>\r
+                                <name>b_40</name>\r
+                                <taxonomy>\r
+                                  <id provider="uniprot">135613</id>\r
+                                  <scientific_name>Chromatiales</scientific_name>\r
+                                  <rank>order</rank>\r
+                                </taxonomy>\r
+                                <clade>\r
+                                  <name>b_38</name>\r
+                                  <taxonomy>\r
+                                    <id provider="uniprot">72276</id>\r
+                                    <scientific_name>Ectothiorhodospiraceae</scientific_name>\r
+                                    <common_name>purple sulfur bacteria</common_name>\r
+                                    <rank>family</rank>\r
+                                  </taxonomy>\r
+                                  <clade>\r
+                                    <taxonomy>\r
+                                      <id provider="uniprot">187272</id>\r
+                                      <code>ALHEH</code>\r
+                                      <scientific_name>Alkalilimnicola ehrlichei (strain MLHE-1)</scientific_name>\r
+                                    </taxonomy>\r
+                                  </clade>\r
+                                  <clade>\r
+                                    <taxonomy>\r
+                                      <id provider="uniprot">349124</id>\r
+                                      <code>HALHL</code>\r
+                                      <scientific_name>Halorhodospira halophila (strain DSM 244 / SL1)</scientific_name>\r
+                                      <synonym>Ectothiorhodospira halophila (strain DSM 244 / SL1)</synonym>\r
+                                    </taxonomy>\r
+                                  </clade>\r
+                                </clade>\r
+                                <clade>\r
+                                  <taxonomy>\r
+                                    <id provider="uniprot">323261</id>\r
+                                    <code>NITOC</code>\r
+                                    <scientific_name>Nitrosococcus oceani (strain ATCC 19707 / NCIMB 11848)</scientific_name>\r
+                                  </taxonomy>\r
+                                </clade>\r
+                              </clade>\r
+                            </clade>\r
+                            <clade>\r
+                              <taxonomy>\r
+                                <id provider="uniprot">317025</id>\r
+                                <code>THICR</code>\r
+                                <scientific_name>Thiomicrospira crunogena (strain XCL-2)</scientific_name>\r
+                              </taxonomy>\r
+                            </clade>\r
+                          </clade>\r
+                        </clade>\r
+                        <clade>\r
+                          <name>b_51</name>\r
+                          <taxonomy>\r
+                            <id provider="uniprot">1236</id>\r
+                            <scientific_name>Gammaproteobacteria</scientific_name>\r
+                            <rank>class</rank>\r
+                          </taxonomy>\r
+                          <clade>\r
+                            <name>b_47</name>\r
+                            <clade>\r
+                              <taxonomy>\r
+                                <id provider="uniprot">135577</id>\r
+                                <code>IDILO</code>\r
+                                <scientific_name>Idiomarina loihiensis</scientific_name>\r
+                                <rank>species</rank>\r
+                              </taxonomy>\r
+                            </clade>\r
+                            <clade>\r
+                              <taxonomy>\r
+                                <id provider="uniprot">446</id>\r
+                                <code>LEGPN</code>\r
+                                <scientific_name>Legionella pneumophila</scientific_name>\r
+                                <rank>species</rank>\r
+                              </taxonomy>\r
+                            </clade>\r
+                          </clade>\r
+                          <clade>\r
+                            <name>b_50</name>\r
+                            <taxonomy>\r
+                              <id provider="uniprot">32033</id>\r
+                              <scientific_name>Xanthomonadaceae</scientific_name>\r
+                              <rank>family</rank>\r
+                            </taxonomy>\r
+                            <clade>\r
+                              <taxonomy>\r
+                                <id provider="uniprot">190486</id>\r
+                                <code>XANAC</code>\r
+                                <scientific_name>Xanthomonas axonopodis pv. citri (strain 306)</scientific_name>\r
+                                <synonym>Xanthomonas citri pv. citri str. 306</synonym>\r
+                              </taxonomy>\r
+                            </clade>\r
+                            <clade>\r
+                              <taxonomy>\r
+                                <id provider="uniprot">183190</id>\r
+                                <code>XYLFT</code>\r
+                                <scientific_name>Xylella fastidiosa (strain Temecula1 / ATCC 700964)</scientific_name>\r
+                              </taxonomy>\r
+                            </clade>\r
+                          </clade>\r
+                        </clade>\r
+                      </clade>\r
+                      <clade>\r
+                        <name>b_71</name>\r
+                        <taxonomy>\r
+                          <id provider="uniprot">28211</id>\r
+                          <scientific_name>Alphaproteobacteria</scientific_name>\r
+                          <rank>class</rank>\r
+                        </taxonomy>\r
+                        <clade>\r
+                          <name>b_67</name>\r
+                          <clade>\r
+                            <name>b_65</name>\r
+                            <clade>\r
+                              <name>b_61</name>\r
+                              <taxonomy>\r
+                                <id provider="uniprot">356</id>\r
+                                <scientific_name>Rhizobiales</scientific_name>\r
+                                <rank>order</rank>\r
+                              </taxonomy>\r
+                              <clade>\r
+                                <name>b_57</name>\r
+                                <taxonomy>\r
+                                  <id provider="uniprot">227290</id>\r
+                                  <scientific_name>Rhizobium/Agrobacterium group</scientific_name>\r
+                                </taxonomy>\r
+                                <clade>\r
+                                  <taxonomy>\r
+                                    <id provider="uniprot">176299</id>\r
+                                    <code>AGRT5</code>\r
+                                    <scientific_name>Agrobacterium tumefaciens (strain C58 / ATCC 33970)</scientific_name>\r
+                                  </taxonomy>\r
+                                </clade>\r
+                                <clade>\r
+                                  <taxonomy>\r
+                                    <id provider="uniprot">347834</id>\r
+                                    <code>RHIEC</code>\r
+                                    <scientific_name>Rhizobium etli (strain CFN 42 / ATCC 51251)</scientific_name>\r
+                                  </taxonomy>\r
+                                </clade>\r
+                              </clade>\r
+                              <clade>\r
+                                <name>b_60</name>\r
+                                <taxonomy>\r
+                                  <id provider="uniprot">41294</id>\r
+                                  <scientific_name>Bradyrhizobiaceae</scientific_name>\r
+                                  <rank>family</rank>\r
+                                </taxonomy>\r
+                                <clade>\r
+                                  <taxonomy>\r
+                                    <id provider="uniprot">375</id>\r
+                                    <code>BRAJA</code>\r
+                                    <scientific_name>Bradyrhizobium japonicum</scientific_name>\r
+                                    <rank>species</rank>\r
+                                  </taxonomy>\r
+                                </clade>\r
+                                <clade>\r
+                                  <taxonomy>\r
+                                    <id provider="uniprot">395960</id>\r
+                                    <code>RHOPT</code>\r
+                                    <scientific_name>Rhodopseudomonas palustris (strain TIE-1)</scientific_name>\r
+                                  </taxonomy>\r
+                                </clade>\r
+                              </clade>\r
+                            </clade>\r
+                            <clade>\r
+                              <name>b_64</name>\r
+                              <taxonomy>\r
+                                <id provider="uniprot">31989</id>\r
+                                <scientific_name>Rhodobacteraceae</scientific_name>\r
+                                <rank>family</rank>\r
+                              </taxonomy>\r
+                              <clade>\r
+                                <taxonomy>\r
+                                  <id provider="uniprot">349101</id>\r
+                                  <code>RHOS1</code>\r
+                                  <scientific_name>Rhodobacter sphaeroides (strain ATCC 17029 / ATH 2.4.9)</scientific_name>\r
+                                </taxonomy>\r
+                              </clade>\r
+                              <clade>\r
+                                <taxonomy>\r
+                                  <id provider="uniprot">375451</id>\r
+                                  <code>ROSDO</code>\r
+                                  <scientific_name>Roseobacter denitrificans (strain ATCC 33942 / OCh 114)</scientific_name>\r
+                                  <common_name>Erythrobacter sp. (strain OCh 114)</common_name>\r
+                                  <synonym>Roseobacter denitrificans</synonym>\r
+                                </taxonomy>\r
+                              </clade>\r
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+                              <synonym>Caulobacter vibrioides</synonym>\r
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+                              <scientific_name>Rhodospirillum rubrum</scientific_name>\r
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+                      </clade>\r
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+                            <code>GEOME</code>\r
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+                          </taxonomy>\r
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+                        <clade>\r
+                          <taxonomy>\r
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+                            <rank>species</rank>\r
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+                      </clade>\r
+                    </clade>\r
+                    <clade>\r
+                      <name>b_102</name>\r
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+                          <clade>\r
+                            <taxonomy>\r
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+                        </clade>\r
+                        <clade>\r
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+                          <clade>\r
+                            <taxonomy>\r
+                              <id provider="uniprot">204669</id>\r
+                              <code>KORVE</code>\r
+                              <scientific_name>Koribacter versatilis (strain Ellin345)</scientific_name>\r
+                              <synonym>Acidobacteria bacterium Ellin345</synonym>\r
+                              <synonym>Candidatus Koribacter versatilis Ellin345</synonym>\r
+                            </taxonomy>\r
+                          </clade>\r
+                          <clade>\r
+                            <taxonomy>\r
+                              <id provider="uniprot">332163</id>\r
+                              <code>SOLUS</code>\r
+                              <scientific_name>Solibacter usitatus</scientific_name>\r
+                              <rank>species</rank>\r
+                            </taxonomy>\r
+                          </clade>\r
+                        </clade>\r
+                      </clade>\r
+                      <clade>\r
+                        <taxonomy>\r
+                          <id provider="uniprot">265606</id>\r
+                          <code>RHOBA</code>\r
+                          <scientific_name>Rhodopirellula baltica</scientific_name>\r
+                          <rank>species</rank>\r
+                        </taxonomy>\r
+                      </clade>\r
+                    </clade>\r
+                  </clade>\r
+                </clade>\r
+                <clade>\r
+                  <name>b_193</name>\r
+                  <clade>\r
+                    <name>b_163</name>\r
+                    <clade>\r
+                      <name>b_133</name>\r
+                      <clade>\r
+                        <name>Chloroflexi &amp; Actinobacteria</name>\r
+                        <clade>\r
+                          <taxonomy>\r
+                            <id provider="uniprot">201174</id>\r
+                            <scientific_name>Actinobacteria</scientific_name>\r
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+                          <clade>\r
+                            <taxonomy>\r
+                              <id provider="uniprot">2037</id>\r
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+                              <rank>order</rank>\r
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+                            <clade>\r
+                              <name>b_115</name>\r
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+                                <taxonomy>\r
+                                  <id provider="uniprot">266940</id>\r
+                                  <code>KINRD</code>\r
+                                  <scientific_name>Kineococcus radiotolerans (strain ATCC BAA-149 / DSM 14245 / SRS30216)</scientific_name>\r
+                                </taxonomy>\r
+                              </clade>\r
+                              <clade>\r
+                                <taxonomy>\r
+                                  <id provider="uniprot">378753</id>\r
+                                  <code>KOCRD</code>\r
+                                  <scientific_name>Kocuria rhizophila (strain ATCC 9341 / DSM 348 / NBRC 103217 / DC2201)</scientific_name>\r
+                                </taxonomy>\r
+                              </clade>\r
+                              <clade>\r
+                                <taxonomy>\r
+                                  <id provider="uniprot">1032480</id>\r
+                                  <code>MICPN</code>\r
+                                  <scientific_name>Microlunatus phosphovorus (strain ATCC 700054 / DSM 10555 / JCM 9379 / NBRC 101784 / NCIMB 13414 / VKM Ac-1990 / NM-1)</scientific_name>\r
+                                  <common_name>Microlunatus phosphovorus NM-1</common_name>\r
+                                  <rank>strain</rank>\r
+                                </taxonomy>\r
+                              </clade>\r
+                              <clade>\r
+                                <taxonomy>\r
+                                  <id provider="uniprot">1902</id>\r
+                                  <code>STRCO</code>\r
+                                  <scientific_name>Streptomyces coelicolor</scientific_name>\r
+                                  <rank>species</rank>\r
+                                </taxonomy>\r
+                              </clade>\r
+                              <clade>\r
+                                <taxonomy>\r
+                                  <id provider="uniprot">269800</id>\r
+                                  <code>THEFY</code>\r
+                                  <scientific_name>Thermobifida fusca (strain YX)</scientific_name>\r
+                                </taxonomy>\r
+                              </clade>\r
+                            </clade>\r
+                            <clade>\r
+                              <taxonomy>\r
+                                <id provider="uniprot">85007</id>\r
+                                <scientific_name>Corynebacterineae</scientific_name>\r
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+                              </taxonomy>\r
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+                                  <scientific_name>Mycobacterium</scientific_name>\r
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+                                  <taxonomy>\r
+                                    <id provider="uniprot">1769</id>\r
+                                    <code>MYCLE</code>\r
+                                    <scientific_name>Mycobacterium leprae</scientific_name>\r
+                                    <rank>species</rank>\r
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+                                </clade>\r
+                                <clade>\r
+                                  <taxonomy>\r
+                                    <id provider="uniprot">1773</id>\r
+                                    <code>MYCTU</code>\r
+                                    <scientific_name>Mycobacterium tuberculosis</scientific_name>\r
+                                    <rank>species</rank>\r
+                                  </taxonomy>\r
+                                </clade>\r
+                              </clade>\r
+                              <clade>\r
+                                <taxonomy>\r
+                                  <id provider="uniprot">306537</id>\r
+                                  <code>CORJK</code>\r
+                                  <scientific_name>Corynebacterium jeikeium (strain K411)</scientific_name>\r
+                                </taxonomy>\r
+                              </clade>\r
+                              <clade>\r
+                                <taxonomy>\r
+                                  <id provider="uniprot">632772</id>\r
+                                  <code>RHOOB</code>\r
+                                  <scientific_name>Rhodococcus opacus (strain B4)</scientific_name>\r
+                                  <rank>strain</rank>\r
+                                </taxonomy>\r
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+                            </clade>\r
+                          </clade>\r
+                          <clade>\r
+                            <taxonomy>\r
+                              <id provider="uniprot">266117</id>\r
+                              <code>RUBXD</code>\r
+                              <scientific_name>Rubrobacter xylanophilus (strain DSM 9941 / NBRC 16129)</scientific_name>\r
+                            </taxonomy>\r
+                          </clade>\r
+                        </clade>\r
+                        <clade>\r
+                          <taxonomy>\r
+                            <id provider="uniprot">200795</id>\r
+                            <scientific_name>Chloroflexi</scientific_name>\r
+                            <common_name>GNS bacteria</common_name>\r
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+                            <rank>phylum</rank>\r
+                          </taxonomy>\r
+                          <clade>\r
+                            <taxonomy>\r
+                              <id provider="uniprot">32061</id>\r
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+                              <synonym>Chloroflecales</synonym>\r
+                              <synonym>Chloroflexus/Deinococcus group</synonym>\r
+                              <rank>class</rank>\r
+                            </taxonomy>\r
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+                              <taxonomy>\r
+                                <id provider="uniprot">1106</id>\r
+                                <scientific_name>Chloroflexaceae</scientific_name>\r
+                                <common_name>filamentous anoxygenic phototrophic bacteria</common_name>\r
+                                <rank>family</rank>\r
+                              </taxonomy>\r
+                              <clade>\r
+                                <taxonomy>\r
+                                  <id provider="uniprot">1108</id>\r
+                                  <code>CHLAU</code>\r
+                                  <scientific_name>Chloroflexus aurantiacus</scientific_name>\r
+                                  <rank>species</rank>\r
+                                </taxonomy>\r
+                              </clade>\r
+                              <clade>\r
+                                <taxonomy>\r
+                                  <id provider="uniprot">383372</id>\r
+                                  <code>ROSCS</code>\r
+                                  <scientific_name>Roseiflexus castenholzii (strain DSM 13941 / HLO8)</scientific_name>\r
+                                  <rank>species</rank>\r
+                                </taxonomy>\r
+                              </clade>\r
+                            </clade>\r
+                            <clade>\r
+                              <taxonomy>\r
+                                <id provider="uniprot">65</id>\r
+                                <code>HERAU</code>\r
+                                <scientific_name>Herpetosiphon aurantiacus</scientific_name>\r
+                                <synonym>Herpetosiphon giganteus</synonym>\r
+                                <rank>species</rank>\r
+                              </taxonomy>\r
+                            </clade>\r
+                          </clade>\r
+                          <clade>\r
+                            <taxonomy>\r
+                              <id provider="uniprot">479434</id>\r
+                              <code>SPHTD</code>\r
+                              <scientific_name>Sphaerobacter thermophilus (strain DSM 20745 / S 6022)</scientific_name>\r
+                              <rank>strain</rank>\r
+                            </taxonomy>\r
+                          </clade>\r
+                        </clade>\r
+                      </clade>\r
+                      <clade>\r
+                        <name>b_132</name>\r
+                        <taxonomy>\r
+                          <id provider="uniprot">188787</id>\r
+                          <scientific_name>Deinococci</scientific_name>\r
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+                        </taxonomy>\r
+                        <clade>\r
+                          <taxonomy>\r
+                            <id provider="uniprot">1298</id>\r
+                            <scientific_name>Deinococcus</scientific_name>\r
+                            <rank>genus</rank>\r
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+                          <clade>\r
+                            <taxonomy>\r
+                              <id provider="uniprot">319795</id>\r
+                              <code>DEIGD</code>\r
+                              <scientific_name>Deinococcus geothermalis (strain DSM 11300)</scientific_name>\r
+                            </taxonomy>\r
+                          </clade>\r
+                          <clade>\r
+                            <taxonomy>\r
+                              <id provider="uniprot">1299</id>\r
+                              <code>DEIRA</code>\r
+                              <scientific_name>Deinococcus radiodurans</scientific_name>\r
+                              <rank>species</rank>\r
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+                        </clade>\r
+                        <clade>\r
+                          <taxonomy>\r
+                            <id provider="uniprot">300852</id>\r
+                            <code>THET8</code>\r
+                            <scientific_name>Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579)</scientific_name>\r
+                            <rank>strain</rank>\r
+                          </taxonomy>\r
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+                      </clade>\r
+                    </clade>\r
+                    <clade>\r
+                      <name>b_162</name>\r
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+                        <scientific_name>Cyanobacteria</scientific_name>\r
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+                          <name>b_152</name>\r
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+                              <name>b_144</name>\r
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+                                <name>b_142</name>\r
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+                                  <name>b_138</name>\r
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+                                    <id provider="uniprot">1162</id>\r
+                                    <scientific_name>Nostocaceae</scientific_name>\r
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+                                      <taxonomy>\r
+                                        <id provider="uniprot">240292</id>\r
+                                        <code>ANAVT</code>\r
+                                        <scientific_name>Anabaena variabilis (strain ATCC 29413 / PCC 7937)</scientific_name>\r
+                                        <synonym>Anabaena flos-aquae (strain IUCC 1444)</synonym>\r
+                                        <rank>strain</rank>\r
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+                                      <taxonomy>\r
+                                        <id provider="uniprot">28072</id>\r
+                                        <code>NOSS7</code>\r
+                                        <scientific_name>Nostoc sp. (strain ATCC 29411 / PCC 7524)</scientific_name>\r
+                                        <rank>species</rank>\r
+                                      </taxonomy>\r
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+                                  </clade>\r
+                                  <clade>\r
+                                    <taxonomy>\r
+                                      <id provider="uniprot">63737</id>\r
+                                      <code>NOSP7</code>\r
+                                      <scientific_name>Nostoc punctiforme (strain ATCC 29133 / PCC 73102)</scientific_name>\r
+                                      <rank>strain</rank>\r
+                                    </taxonomy>\r
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+                                </clade>\r
+                                <clade>\r
+                                  <taxonomy>\r
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+                                    <code>ACAM1</code>\r
+                                    <scientific_name>Acaryochloris marina (strain MBIC 11017</scientific_name>\r
+                                    <rank>strain</rank>\r
+                                  </taxonomy>\r
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+                              </clade>\r
+                              <clade>\r
+                                <taxonomy>\r
+                                  <id provider="uniprot">449447</id>\r
+                                  <code>MICAN</code>\r
+                                  <scientific_name>Microcystis aeruginosa (strain NIES-843)</scientific_name>\r
+                                </taxonomy>\r
+                              </clade>\r
+                            </clade>\r
+                            <clade>\r
+                              <taxonomy>\r
+                                <id provider="uniprot">1206</id>\r
+                                <code>TRIER</code>\r
+                                <scientific_name>Trichodesmium erythraeum</scientific_name>\r
+                                <rank>species</rank>\r
+                              </taxonomy>\r
+                            </clade>\r
+                          </clade>\r
+                          <clade>\r
+                            <taxonomy>\r
+                              <id provider="uniprot">1118</id>\r
+                              <scientific_name>Chroococcales</scientific_name>\r
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+                              <taxonomy>\r
+                                <id provider="uniprot">32046</id>\r
+                                <code>SYNEL</code>\r
+                                <scientific_name>Synechococcus elongatus</scientific_name>\r
+                                <rank>species</rank>\r
+                              </taxonomy>\r
+                            </clade>\r
+                            <clade>\r
+                              <taxonomy>\r
+                                <id provider="uniprot">1111708</id>\r
+                                <code>SYNY3</code>\r
+                                <scientific_name>Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa)</scientific_name>\r
+                              </taxonomy>\r
+                            </clade>\r
+                          </clade>\r
+                        </clade>\r
+                        <clade>\r
+                          <taxonomy>\r
+                            <id provider="uniprot">33072</id>\r
+                            <code>GLOVI</code>\r
+                            <scientific_name>Gloeobacter violaceus</scientific_name>\r
+                            <rank>species</rank>\r
+                          </taxonomy>\r
+                        </clade>\r
+                      </clade>\r
+                      <clade>\r
+                        <name>b_161</name>\r
+                        <clade>\r
+                          <name>b_159</name>\r
+                          <taxonomy>\r
+                            <id provider="uniprot">1218</id>\r
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+                            <rank>genus</rank>\r
+                          </taxonomy>\r
+                          <clade>\r
+                            <name>b_157</name>\r
+                            <clade>\r
+                              <taxonomy>\r
+                                <id provider="uniprot">1219</id>\r
+                                <code>PROMA</code>\r
+                                <scientific_name>Prochlorococcus marinus</scientific_name>\r
+                                <rank>species</rank>\r
+                              </taxonomy>\r
+                            </clade>\r
+                            <clade>\r
+                              <taxonomy>\r
+                                <id provider="uniprot">59919</id>\r
+                                <code>PROMP</code>\r
+                                <scientific_name>Prochlorococcus marinus subsp. pastoris (strain CCMP1986 / MED4)</scientific_name>\r
+                              </taxonomy>\r
+                            </clade>\r
+                          </clade>\r
+                          <clade>\r
+                            <taxonomy>\r
+                              <id provider="uniprot">74547</id>\r
+                              <code>PROMM</code>\r
+                              <scientific_name>Prochlorococcus marinus (strain MIT 9313)</scientific_name>\r
+                            </taxonomy>\r
+                          </clade>\r
+                        </clade>\r
+                        <clade>\r
+                          <taxonomy>\r
+                            <id provider="uniprot">64471</id>\r
+                            <code>SYNS3</code>\r
+                            <scientific_name>Synechococcus sp. (strain CC9311)</scientific_name>\r
+                            <rank>species</rank>\r
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+                        </clade>\r
+                      </clade>\r
+                    </clade>\r
+                  </clade>\r
+                  <clade>\r
+                    <name>b_192</name>\r
+                    <clade>\r
+                      <name>b_190</name>\r
+                      <clade>\r
+                        <name>b_178</name>\r
+                        <clade>\r
+                          <name>b_176</name>\r
+                          <taxonomy>\r
+                            <id provider="uniprot">191412</id>\r
+                            <scientific_name>Chlorobiaceae</scientific_name>\r
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+                              <name>b_166</name>\r
+                              <clade>\r
+                                <taxonomy>\r
+                                  <id provider="uniprot">331678</id>\r
+                                  <code>CHLPB</code>\r
+                                  <scientific_name>Chlorobium phaeobacteroides (strain BS1)</scientific_name>\r
+                                </taxonomy>\r
+                              </clade>\r
+                              <clade>\r
+                                <taxonomy>\r
+                                  <id provider="uniprot">1102</id>\r
+                                  <code>PROAE</code>\r
+                                  <scientific_name>Prosthecochloris aestuarii</scientific_name>\r
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+                            <clade>\r
+                              <name>b_169</name>\r
+                              <taxonomy>\r
+                                <id provider="uniprot">274493</id>\r
+                                <scientific_name>Chlorobium/Pelodictyon group</scientific_name>\r
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+                                  <id provider="uniprot">1100</id>\r
+                                  <code>PELLU</code>\r
+                                  <scientific_name>Pelodictyon luteolum</scientific_name>\r
+                                  <rank>species</rank>\r
+                                </taxonomy>\r
+                              </clade>\r
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+                                  <code>PROVI</code>\r
+                                  <scientific_name>Prosthecochloris vibrioformis (strain DSM 265)</scientific_name>\r
+                                  <common_name>Chlorobium vibrioforme subsp. thiosulfatophilum (strain DSM 265)</common_name>\r
+                                  <synonym>Chlorobium phaeovibrioides (strain DSM 265)</synonym>\r
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+                            </clade>\r
+                          </clade>\r
+                          <clade>\r
+                            <name>b_175</name>\r
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+                              <taxonomy>\r
+                                <id provider="uniprot">256319</id>\r
+                                <scientific_name>Chlorobaculum</scientific_name>\r
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+                                  <scientific_name>Chlorobaculum parvum (strain NCIB 8327)</scientific_name>\r
+                                  <synonym>Chlorobium vibrioforme subsp. thiosulfatophilum (strain DSM 263 / NCIB 8327)</synonym>\r
+                                </taxonomy>\r
+                              </clade>\r
+                              <clade>\r
+                                <taxonomy>\r
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+                                  <scientific_name>Chlorobium tepidum</scientific_name>\r
+                                  <rank>species</rank>\r
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+                            </clade>\r
+                            <clade>\r
+                              <taxonomy>\r
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+                                <scientific_name>Chlorobium chlorochromatii (strain CaD3)</scientific_name>\r
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+                        <clade>\r
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+                      <clade>\r
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+                                <synonym>Cytophaga johnsonae</synonym>\r
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+                                <code>GRAFK</code>\r
+                                <scientific_name>Gramella forsetii (strain KT0803)</scientific_name>\r
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+                          </clade>\r
+                          <clade>\r
+                            <taxonomy>\r
+                              <id provider="uniprot">269798</id>\r
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+                            </taxonomy>\r
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+                        </clade>\r
+                        <clade>\r
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+                                <scientific_name>Bacteroides thetaiotaomicron</scientific_name>\r
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+                      </clade>\r
+                    </clade>\r
+                    <clade>\r
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+                </clade>\r
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+                      <scientific_name>Akkermansia muciniphila (strain ATCC BAA-835)</scientific_name>\r
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+                      <code>METI4</code>\r
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+                      <synonym>Methylokorus infernorum (strain V4)</synonym>\r
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+                </clade>\r
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+                    <code>LEPIC</code>\r
+                    <scientific_name>Leptospira interrogans serogroup Icterohaemorrhagiae serovar copenhageni</scientific_name>\r
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+                  <scientific_name>Firmicutes</scientific_name>\r
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+                      <id provider="uniprot">1385</id>\r
+                      <scientific_name>Bacillales</scientific_name>\r
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+                          <scientific_name>Bacillus</scientific_name>\r
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+                              <code>BACAN</code>\r
+                              <scientific_name>Bacillus anthracis</scientific_name>\r
+                              <rank>species</rank>\r
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+                              <scientific_name>Bacillus cereus (strain 03BB102)</scientific_name>\r
+                              <rank>strain</rank>\r
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+                            <code>BACSU</code>\r
+                            <scientific_name>Bacillus subtilis (strain 168)</scientific_name>\r
+                            <synonym>Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168</synonym>\r
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+                            <code>BACHD</code>\r
+                            <scientific_name>Bacillus halodurans</scientific_name>\r
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+                            <scientific_name>Geobacillus kaustophilus</scientific_name>\r
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+                          <code>LISMO</code>\r
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+                          <scientific_name>Staphylococcus aureus</scientific_name>\r
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+                      <code>CLOP1</code>\r
+                      <scientific_name>Clostridium perfringens (strain ATCC 13124 / NCTC 8237 / Type A)</scientific_name>\r
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+                          <scientific_name>Carboxydothermus hydrogenoformans (strain Z-2901 / DSM 6008)</scientific_name>\r
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+                      <code>EUBR3</code>\r
+                      <scientific_name>Eubacterium rectale (strain ATCC 33656 / VPI 0990)</scientific_name>\r
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+                </clade>\r
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+                      <code>FERNB</code>\r
+                      <scientific_name>Fervidobacterium nodosum (strain ATCC 35602 / DSM 5306 / Rt17-B1)</scientific_name>\r
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+                      <scientific_name>Thermotoga lettingae (strain ATCC BAA-301 / DSM 14385 / TMO)</scientific_name>\r
+                    </taxonomy>\r
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+                </clade>\r
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+                    <code>THEMA</code>\r
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+                                <code>MYCGE</code>\r
+                                <scientific_name>Mycoplasma genitalium</scientific_name>\r
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+                                <id provider="uniprot">2104</id>\r
+                                <code>MYCPN</code>\r
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+                          </clade>\r
+                          <clade>\r
+                            <taxonomy>\r
+                              <id provider="uniprot">2151</id>\r
+                              <code>MESFL</code>\r
+                              <scientific_name>Mesoplasma florum</scientific_name>\r
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+                          <taxonomy>\r
+                            <id provider="uniprot">134821</id>\r
+                            <code>UREPA</code>\r
+                            <scientific_name>Ureaplasma parvum</scientific_name>\r
+                            <synonym>Ureaplasma urealyticum biotype 1</synonym>\r
+                            <rank>species</rank>\r
+                          </taxonomy>\r
+                        </clade>\r
+                      </clade>\r
+                      <clade>\r
+                        <name>b_236</name>\r
+                        <taxonomy>\r
+                          <id provider="uniprot">137</id>\r
+                          <scientific_name>Spirochaetaceae</scientific_name>\r
+                          <rank>family</rank>\r
+                        </taxonomy>\r
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+                          <taxonomy>\r
+                            <id provider="uniprot">139</id>\r
+                            <code>BORBU</code>\r
+                            <scientific_name>Borrelia burgdorferi</scientific_name>\r
+                            <common_name>Lyme disease spirochete</common_name>\r
+                            <rank>species</rank>\r
+                          </taxonomy>\r
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+                          <taxonomy>\r
+                            <id provider="uniprot">160</id>\r
+                            <code>TREPA</code>\r
+                            <scientific_name>Treponema pallidum</scientific_name>\r
+                            <rank>species</rank>\r
+                          </taxonomy>\r
+                        </clade>\r
+                      </clade>\r
+                    </clade>\r
+                    <clade>\r
+                      <name>b_244</name>\r
+                      <clade>\r
+                        <name>b_242</name>\r
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+                          <id provider="uniprot">1113537</id>\r
+                          <scientific_name>Chlamydia/Chlamydophila group</scientific_name>\r
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+                          <clade>\r
+                            <taxonomy>\r
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+                              <code>CHLPN</code>\r
+                              <scientific_name>Chlamydia pneumoniae</scientific_name>\r
+                              <synonym>Chlamydophila pneumoniae</synonym>\r
+                              <rank>species</rank>\r
+                            </taxonomy>\r
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+                          <clade>\r
+                            <taxonomy>\r
+                              <id provider="uniprot">264202</id>\r
+                              <code>CHLFF</code>\r
+                              <scientific_name>Chlamydophila felis (strain Fe/C-56)</scientific_name>\r
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+                          </clade>\r
+                        </clade>\r
+                        <clade>\r
+                          <taxonomy>\r
+                            <id provider="uniprot">83560</id>\r
+                            <code>CHLMU</code>\r
+                            <scientific_name>Chlamydia muridarum</scientific_name>\r
+                            <rank>species</rank>\r
+                          </taxonomy>\r
+                        </clade>\r
+                      </clade>\r
+                      <clade>\r
+                        <taxonomy>\r
+                          <id provider="uniprot">785</id>\r
+                          <code>RICTY</code>\r
+                          <scientific_name>Rickettsia typhi</scientific_name>\r
+                          <rank>species</rank>\r
+                        </taxonomy>\r
+                      </clade>\r
+                    </clade>\r
+                  </clade>\r
+                  <clade>\r
+                    <taxonomy>\r
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+                      <taxonomy>\r
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+                        <code>BARHE</code>\r
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+                        <synonym>Rochalimaea henselae</synonym>\r
+                        <rank>species</rank>\r
+                      </taxonomy>\r
+                    </clade>\r
+                    <clade>\r
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+                        <code>PELUB</code>\r
+                        <scientific_name>Pelagibacter ubique</scientific_name>\r
+                        <rank>species</rank>\r
+                      </taxonomy>\r
+                    </clade>\r
+                    <clade>\r
+                      <taxonomy>\r
+                        <id provider="uniprot">780</id>\r
+                        <scientific_name>Rickettsia</scientific_name>\r
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+                        <taxonomy>\r
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+                          <code>RICB8</code>\r
+                          <scientific_name>Rickettsia bellii (strain OSU 85-389)</scientific_name>\r
+                        </taxonomy>\r
+                      </clade>\r
+                      <clade>\r
+                        <taxonomy>\r
+                          <id provider="uniprot">452659</id>\r
+                          <code>RICRO</code>\r
+                          <scientific_name>Rickettsia rickettsii (strain Iowa)</scientific_name>\r
+                          <rank>strain</rank>\r
+                        </taxonomy>\r
+                      </clade>\r
+                    </clade>\r
+                  </clade>\r
+                </clade>\r
+                <clade>\r
+                  <taxonomy>\r
+                    <id provider="uniprot">263</id>\r
+                    <code>FRATU</code>\r
+                    <scientific_name>Francisella tularensis</scientific_name>\r
+                    <rank>species</rank>\r
+                  </taxonomy>\r
+                </clade>\r
+              </clade>\r
+              <clade>\r
+                <name>b_262</name>\r
+                <clade>\r
+                  <name>b_260</name>\r
+                  <clade>\r
+                    <name>b_258</name>\r
+                    <taxonomy>\r
+                      <id provider="uniprot">186826</id>\r
+                      <scientific_name>Lactobacillales</scientific_name>\r
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+                    </taxonomy>\r
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+                      <name>b_256</name>\r
+                      <taxonomy>\r
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+                        <taxonomy>\r
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+                          <taxonomy>\r
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+                            <rank>species</rank>\r
+                          </taxonomy>\r
+                        </clade>\r
+                        <clade>\r
+                          <taxonomy>\r
+                            <id provider="uniprot">1314</id>\r
+                            <code>STRPY</code>\r
+                            <scientific_name>Streptococcus pyogenes</scientific_name>\r
+                            <rank>species</rank>\r
+                          </taxonomy>\r
+                        </clade>\r
+                      </clade>\r
+                      <clade>\r
+                        <taxonomy>\r
+                          <id provider="uniprot">1360</id>\r
+                          <code>LACLA</code>\r
+                          <scientific_name>Lactococcus lactis subsp. lactis</scientific_name>\r
+                          <synonym>Streptococcus lactis</synonym>\r
+                          <rank>subspecies</rank>\r
+                        </taxonomy>\r
+                      </clade>\r
+                    </clade>\r
+                    <clade>\r
+                      <taxonomy>\r
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+                        <code>LACAC</code>\r
+                        <scientific_name>Lactobacillus acidophilus</scientific_name>\r
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+                      </taxonomy>\r
+                    </clade>\r
+                  </clade>\r
+                  <clade>\r
+                    <taxonomy>\r
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+                      <code>BIFLO</code>\r
+                      <scientific_name>Bifidobacterium longum</scientific_name>\r
+                      <rank>species</rank>\r
+                    </taxonomy>\r
+                  </clade>\r
+                </clade>\r
+                <clade>\r
+                  <taxonomy>\r
+                    <id provider="uniprot">851</id>\r
+                    <code>FUSNU</code>\r
+                    <scientific_name>Fusobacterium nucleatum</scientific_name>\r
+                    <rank>species</rank>\r
+                  </taxonomy>\r
+                </clade>\r
+              </clade>\r
+            </clade>\r
+            <clade>\r
+              <name>b_266</name>\r
+              <taxonomy>\r
+                <id provider="uniprot">61434</id>\r
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+              </taxonomy>\r
+              <clade>\r
+                <taxonomy>\r
+                  <id provider="uniprot">243164</id>\r
+                  <code>DEHE1</code>\r
+                  <scientific_name>Dehalococcoides ethenogenes (strain 195)</scientific_name>\r
+                </taxonomy>\r
+              </clade>\r
+              <clade>\r
+                <taxonomy>\r
+                  <id provider="uniprot">216389</id>\r
+                  <code>DEHSB</code>\r
+                  <scientific_name>Dehalococcoides sp. (strain BAV1)</scientific_name>\r
+                  <rank>species</rank>\r
+                </taxonomy>\r
+              </clade>\r
+            </clade>\r
+          </clade>\r
+        </clade>\r
+        <clade>\r
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+          <taxonomy>\r
+            <id provider="uniprot">29547</id>\r
+            <scientific_name>Epsilonproteobacteria</scientific_name>\r
+            <rank>class</rank>\r
+          </taxonomy>\r
+          <clade>\r
+            <name>b_273</name>\r
+            <clade>\r
+              <taxonomy>\r
+                <id provider="uniprot">387092</id>\r
+                <code>NITSB</code>\r
+                <scientific_name>Nitratiruptor sp. (strain SB155-2)</scientific_name>\r
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+                <code>SULNB</code>\r
+                <scientific_name>Sulfurovum sp. (strain NBC37-1)</scientific_name>\r
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+                <code>CAMJE</code>\r
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+                <scientific_name>Helicobacter pylori (strain HPAG1)</scientific_name>\r
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