IUPred final touches. All test cases pass
authorpvtroshin <pvtroshin@e3abac25-378b-4346-85de-24260fe3988d>
Thu, 16 Jun 2011 14:22:06 +0000 (14:22 +0000)
committerpvtroshin <pvtroshin@e3abac25-378b-4346-85de-24260fe3988d>
Thu, 16 Jun 2011 14:22:06 +0000 (14:22 +0000)
git-svn-id: link to svn.lifesci.dundee.ac.uk/svn/barton/ptroshin/JABA2@4274 e3abac25-378b-4346-85de-24260fe3988d

12 files changed:
conf/Executable.properties
conf/settings/IUPredLimits.xml
conf/settings/IUPredParameters.xml
conf/settings/IUPredPresets.xml [deleted file]
datamodel/compbio/data/sequence/ScoreManager.java
engine/compbio/engine/client/CommandBuilder.java
engine/compbio/engine/client/Executable.java
runner/compbio/runner/disorder/IUPred.java
testsrc/compbio/data/sequence/SequenceUtilTester.java
testsrc/compbio/runner/disorder/IUPredTester.java
testsrc/testdata/out.long [new file with mode: 0644]
testsrc/testdata/output.long [deleted file]

index d448686..4b75730 100644 (file)
@@ -91,10 +91,10 @@ globplot.cluster.settings=-l h_cpu=24:00:00 -l h_vmem=6000M -l ram=6000M
 ### IUPred configuration ### \r
 #local.iupred.bin.windows= \r
 local.iupred.bin=binaries/src/iupred/iupred\r
-# tcoffee.bin.env=IUPred_PATH#/homes/pvtroshin/workspace/jaba2/binaries/src/iupred;\r
+iupred.bin.env=IUPred_PATH#/homes/pvtroshin/workspace/jaba2/binaries/src/iupred\r
 cluster.iupred.bin=/homes/pvtroshin/workspace/jaba2/binaries/src/iupred/iupred\r
-iupred.parameters.file=conf/settings/UIPredParameters.xml\r
-iupred.limits.file=conf/settings/UIPredLimits.xml\r
+iupred.parameters.file=conf/settings/IUPredParameters.xml\r
+iupred.limits.file=conf/settings/IUPredLimits.xml\r
 iupred.cluster.settings=-l h_cpu=24:00:00 -l h_vmem=6000M -l ram=6000M\r
 \r
 ### AACon configuration ###\r
index 8d3a09f..1183c48 100644 (file)
@@ -7,22 +7,7 @@
        </limit>\r
        <limit isDefault="false">\r
                <preset># LocalEngineExecutionLimit #</preset>\r
-               <seqNumber>200</seqNumber>\r
+               <seqNumber>50</seqNumber>\r
                <seqLength>400</seqLength>\r
        </limit>\r
-       <limit isDefault="false">\r
-               <preset>Quick conservation</preset>\r
-               <seqNumber>10000</seqNumber>\r
-               <seqLength>10000</seqLength>\r
-       </limit>\r
-       <limit isDefault="false">\r
-               <preset>Slow conservation</preset>\r
-               <seqNumber>2000</seqNumber>\r
-               <seqLength>1000</seqLength>\r
-       </limit>\r
-       <limit isDefault="false">\r
-               <preset>Complete conservation</preset>\r
-               <seqNumber>2000</seqNumber>\r
-               <seqLength>1000</seqLength>\r
-       </limit>\r
 </limits>\r
index 1846cad..eb485c8 100644 (file)
@@ -1,12 +1,15 @@
 <?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>\r
 <runnerConfig>\r
-       <runnerClassName>compbio.runner.disorder.Disembl</runnerClassName>\r
+       <runnerClassName>compbio.runner.disorder.IUPred</runnerClassName>\r
        <options isRequired="true">\r
         <name>Disorder type</name>\r
-        <description></description>\r
+        <description> "Long" - for prediction of long disordered regions, "short" - for \r
+        prediction of short disordered regions ( e.g. missing residues in\r
+  X-ray structures) and "glob" for predicting globular domains. "All" for all methods</description>\r
         <optionNames>short</optionNames>\r
         <optionNames>long</optionNames>\r
         <optionNames>glob</optionNames>\r
+        <optionNames>all</optionNames>\r
         <furtherDetails>prog_docs/iupred.txt</furtherDetails>\r
         <defaultValue>long</defaultValue>\r
     </options>\r
diff --git a/conf/settings/IUPredPresets.xml b/conf/settings/IUPredPresets.xml
deleted file mode 100644 (file)
index 8cf8f44..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,16 +0,0 @@
-<?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>\r
-<presets>\r
- <runnerClassName>compbio.runner.disorder.IUPred</runnerClassName>\r
-       <preset>\r
-               <name>Complete Disorder</name>\r
-               <description>Short, Long disorder and globular domains</description>\r
-               <optlist>\r
-                       <option>all</option>\r
-               </optlist>\r
-       </preset>\r
-</presets>\r
-\r
-\r
-\r
\r
-\r
index 4be41d5..37e041c 100644 (file)
@@ -158,6 +158,14 @@ public class ScoreManager {
                        }\r
                        return null;\r
                }\r
+               public Score getScoreByMethod(String method) {\r
+                       for (Score sc : scores) {\r
+                               if (method.toString().equals(sc.getMethod())) {\r
+                                       return sc;\r
+                               }\r
+                       }\r
+                       return null;\r
+               }\r
                public int getNumberOfScores() {\r
                        return scores.size();\r
                }\r
index 53a8c22..dae6696 100644 (file)
@@ -231,6 +231,7 @@ public class CommandBuilder<T> {
                                                + "\n Parameters to be set is " + param;\r
                                first = param;\r
                                commands.add(0, first);\r
+                               continue;\r
                        }\r
                        if (param.isLast()) {\r
                                assert last == null : "Attempting to set more the one parameter as LAST! "\r
index 85f516a..b36bc57 100644 (file)
@@ -45,6 +45,8 @@ public interface Executable<T> {
         */\r
        Executable<T> addParameters(List<String> parameters);\r
 \r
+       // TODO remove absolute\r
+       @Deprecated\r
        List<String> getCreatedFiles();\r
 \r
        String getInput();\r
index 30e8776..5d20829 100644 (file)
@@ -17,6 +17,8 @@ package compbio.runner.disorder;
 import java.io.File;\r
 import java.io.FileNotFoundException;\r
 import java.io.IOException;\r
+import java.util.Arrays;\r
+import java.util.List;\r
 import java.util.Map;\r
 import java.util.Set;\r
 import java.util.TreeMap;\r
@@ -30,6 +32,7 @@ import compbio.data.sequence.SequenceUtil;
 import compbio.data.sequence.UnknownFileFormatException;\r
 import compbio.engine.client.SkeletalExecutable;\r
 import compbio.metadata.ResultNotAvailableException;\r
+import compbio.runner.msa.Mafft;\r
 \r
 /**\r
  * iupred sequenceFile <short long glob >\r
@@ -41,10 +44,11 @@ import compbio.metadata.ResultNotAvailableException;
 public class IUPred extends SkeletalExecutable<IUPred> {\r
 \r
        private static Logger log = Logger.getLogger(IUPred.class);\r
-       private static final String GLOB_SUFFIX = ".glob";\r
-       private static final String SHORT_SUFFIX = ".short";\r
-       private static final String LONG_SUFFIX = ".long";\r
+       private static final String GLOB_OUTPUT = "out.glob";\r
+       private static final String SHORT_OUTPUT = "out.short";\r
+       private static final String LONG_OUTPUT = "out.long";\r
 \r
+       \r
        @Override\r
        @SuppressWarnings("unchecked")\r
        public ScoreManager getResults(String workDirectory)\r
@@ -52,31 +56,27 @@ public class IUPred extends SkeletalExecutable<IUPred> {
 \r
                ScoreManager results = null;\r
                try {\r
-\r
-                       Map<String, Score> globScores = SequenceUtil.readIUPred(new File(\r
-                                       workDirectory, getOutput() + GLOB_SUFFIX));\r
-                       Map<String, Score> shortScores = SequenceUtil.readIUPred(new File(\r
-                                       workDirectory, getOutput() + SHORT_SUFFIX));\r
-                       Map<String, Score> longScores = SequenceUtil.readIUPred(new File(\r
-                                       workDirectory, getOutput() + LONG_SUFFIX));\r
                        Map<String, Set<Score>> combined = new TreeMap<String, Set<Score>>();\r
-                       for (String key : globScores.keySet()) {\r
-                               Set<Score> all = new TreeSet<Score>();\r
-                               Score globsc = globScores.get(key);\r
-                               assert globsc != null;\r
-                               Score shortsc = shortScores.get(key);\r
-                               assert shortsc != null;\r
-                               all.add(shortsc);\r
-                               Score longsc = longScores.get(key);\r
-                               assert longsc != null;\r
-                               all.add(longsc);\r
-                               combined.put(key, all);\r
+                       \r
+                       File shortf = new File(workDirectory, SHORT_OUTPUT);\r
+                       if(shortf.exists()) {\r
+                               combineScores(combined, SequenceUtil.readIUPred(shortf));\r
+                       }\r
+                       File longf = new File(workDirectory, LONG_OUTPUT);\r
+                       if(longf.exists()) {\r
+                               combineScores(combined, SequenceUtil.readIUPred(longf));\r
+                       } \r
+                       \r
+                       File glob = new File(workDirectory, GLOB_OUTPUT);\r
+                       if(glob.exists()) {\r
+                               combineScores(combined, SequenceUtil.readIUPred(glob));\r
+                       }\r
+                       if(combined.isEmpty()) {\r
+                               throw new ResultNotAvailableException("Could not find any result " +\r
+                                               "files for the job: " + workDirectory); \r
                        }\r
                        results = ScoreManager.newInstance(combined);\r
 \r
-               } catch (FileNotFoundException e) {\r
-                       log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
-                       throw new ResultNotAvailableException(e);\r
                } catch (IOException e) {\r
                        log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
                        throw new ResultNotAvailableException(e);\r
@@ -90,11 +90,52 @@ public class IUPred extends SkeletalExecutable<IUPred> {
                return results;\r
        }\r
 \r
+       void combineScores(Map<String, Set<Score>> combined, Map<String, Score> scores)  { \r
+               if(scores==null) { \r
+                       return; \r
+               }\r
+               if (combined.isEmpty()) {\r
+                       for (String key : scores.keySet()) {\r
+                               Set<Score> allScores = new TreeSet<Score>();\r
+                               combined.put(key, allScores);\r
+                       }\r
+               }\r
+               for (String key : scores.keySet()) {\r
+                       Set<Score>      allScores= combined.get(key);\r
+                       assert allScores!=null; \r
+                       Score score = scores.get(key);\r
+                       allScores.add(score);\r
+                       combined.put(key, allScores);\r
+               }\r
+       }\r
+\r
+       \r
+       \r
        @Override\r
        public IUPred setInput(String inFile) {\r
                super.setInput(inFile);\r
                cbuilder.setFirst(inFile);\r
                return this;\r
+       } \r
+\r
+               \r
+       @Override\r
+       public IUPred setOutput(String outFile) {\r
+               log.warn("IUpred output is predefined and cannot be set!"); \r
+               return this; \r
+       }\r
+\r
+       UnsupportedOperationException newUnsupportedOutputException() { \r
+               return new UnsupportedOperationException("The outputs from this executable " +\r
+                               "are always either of those 3 files (depending on the method called): " + GLOB_OUTPUT + ", " \r
+                               + SHORT_OUTPUT + ", "+ LONG_OUTPUT);\r
+       }\r
+       @Override\r
+       public String getOutput() {\r
+               log.warn("IUpred output is predefined and is one of the three files " +\r
+                               "(depending on the method called): " + GLOB_OUTPUT + ", " \r
+                               + SHORT_OUTPUT + ", "+ LONG_OUTPUT);\r
+               return LONG_OUTPUT;\r
        }\r
 \r
        @SuppressWarnings("unchecked")\r
index 7621dcc..2b2ca1a 100644 (file)
@@ -291,17 +291,30 @@ public class SequenceUtilTester {
        public void testReadIUPredForShortAndLongDisorder() {\r
                try {\r
                        Map<String, Score> scores = SequenceUtil.readIUPred(new File(\r
-                                       AllTestSuit.TEST_DATA_PATH, "output.long"));\r
+                                       AllTestSuit.TEST_DATA_PATH, "out.long"));\r
                        ScoreManager man = ScoreManager.newInstanceSingleScore(scores);\r
                        // man.writeOut(new PrintWriter(System.out, true));\r
                        assertNotNull(scores);\r
-                       assertEquals(2, scores.size());\r
+                       assertEquals(3, scores.size());\r
 \r
-                       Score score = scores.get("P50_HUMAN");\r
+                       Score score = scores.get("Foobar_dundeefriends");\r
+                       assertNotNull(score);\r
+                       assertEquals(0, score.getRanges().size());\r
+                       assertEquals(568, score.getScores().size());\r
+                       assertEquals("Long", score.getMethod());\r
+                       \r
+                       score = scores.get("Foobar");\r
+                       assertNotNull(score);\r
+                       assertEquals(0, score.getRanges().size());\r
+                       assertEquals(481, score.getScores().size());\r
+                       assertEquals("Long", score.getMethod());\r
+                       \r
+                       score = scores.get("dundeefriends");\r
                        assertNotNull(score);\r
                        assertEquals(0, score.getRanges().size());\r
-                       assertEquals(393, score.getScores().size());\r
+                       assertEquals(513, score.getScores().size());\r
                        assertEquals("Long", score.getMethod());\r
+                       \r
                } catch (IOException e) {\r
                        e.printStackTrace();\r
                        fail(e.getLocalizedMessage());\r
index 1ef709b..d3d6e5e 100644 (file)
@@ -38,7 +38,10 @@ import org.ggf.drmaa.JobInfo;
 import org.testng.annotations.BeforeMethod;\r
 import org.testng.annotations.Test;\r
 \r
+import compbio.data.sequence.Score;\r
 import compbio.data.sequence.ScoreManager;\r
+import compbio.data.sequence.ScoreManager.ScoreHolder;\r
+import compbio.data.sequence.SequenceUtil;\r
 import compbio.engine.AsyncExecutor;\r
 import compbio.engine.Configurator;\r
 import compbio.engine.SyncExecutor;\r
@@ -58,18 +61,17 @@ import compbio.metadata.LimitsManager;
 import compbio.metadata.PresetManager;\r
 import compbio.metadata.ResultNotAvailableException;\r
 import compbio.metadata.RunnerConfig;\r
+import compbio.runner.msa.Mafft;\r
 import compbio.util.SysPrefs;\r
 \r
 public class IUPredTester {\r
 \r
-       public static String test_outfile = "output";\r
-\r
        private IUPred iupred;\r
 \r
        @BeforeMethod(alwaysRun = true)\r
        void init() {\r
                iupred = new IUPred();\r
-               iupred.setInput(AllTestSuit.test_input).setOutput(test_outfile);\r
+               iupred.setInput(AllTestSuit.test_input);\r
        }\r
 \r
        @Test(groups = {AllTestSuit.test_group_cluster,\r
@@ -173,6 +175,31 @@ public class IUPredTester {
                }\r
        }\r
 \r
+       \r
+       @Test(enabled = false, groups = {AllTestSuit.test_group_runner})\r
+       public void testSetParameter() {\r
+               assertEquals(iupred.getInput(), AllTestSuit.test_input);\r
+               assertTrue(iupred.getParameters(null).getCommandString().trim().endsWith(AllTestSuit.test_input));\r
+               iupred.setParameter("all");\r
+               assertEquals(iupred.getInput(), AllTestSuit.test_input);\r
+               String cmd = iupred.getParameters(null).getCommandString().trim();  \r
+               assertTrue(cmd.endsWith("all"));\r
+               assertTrue(cmd.contains(AllTestSuit.test_input)); \r
+       }\r
+       \r
+       \r
+       @Test(groups = {AllTestSuit.test_group_runner})\r
+       public void testReadResults() {\r
+               ScoreManager scoreMan;\r
+               try {\r
+                       scoreMan = iupred.getResults(AllTestSuit.TEST_DATA_PATH_ABSOLUTE);\r
+                       System.out.println(scoreMan.asMap());\r
+               } catch (ResultNotAvailableException e) {\r
+                       e.printStackTrace();\r
+                       fail(e.getMessage());\r
+               }\r
+       }\r
+       \r
        @Test(groups = {AllTestSuit.test_group_runner})\r
        public void testRunLocally() {\r
                try {\r
@@ -187,7 +214,17 @@ public class IUPredTester {
                        ScoreManager al2 = confIUPred.getResults();\r
                        assertNotNull(al2);\r
                        assertEquals(al2.asMap().size(), 3);\r
+                       assertEquals(al2.getNumberOfSeq(),3);\r
+                       ScoreHolder sch = al2.getAnnotationForSequence("Foobar");\r
+                       Score sc = sch.getScoreByMethod("Long");\r
+                       \r
+                       assertEquals(sc.getMethod(), "Long");\r
+                       assertTrue(sc.getRanges().isEmpty());\r
+                       assertNotNull(sc.getScores());\r
+                       assertEquals(sc.getScores().size(), 481);\r
                        assertEquals(al1.getResults(), al2);\r
+\r
+               \r
                } catch (JobSubmissionException e) {\r
                        e.printStackTrace();\r
                        fail(e.getLocalizedMessage());\r
@@ -200,22 +237,55 @@ public class IUPredTester {
                }\r
        }\r
 \r
-       @Test(groups = {AllTestSuit.test_group_runner})\r
-       public void readStatistics() {\r
-               // No execution statistics is available!\r
+       @Test(enabled=false, groups = {AllTestSuit.test_group_runner})\r
+       public void testRunLocallyWithParams() {\r
+               try {\r
+                       iupred.setParameter("all");\r
+                       ConfiguredExecutable<IUPred> confIUPred = Configurator\r
+                                       .configureExecutable(iupred, Executable.ExecProvider.Local);\r
+\r
+                       // For local execution use relative\r
+                       LocalRunner lr = new LocalRunner(confIUPred);\r
+                       lr.executeJob();\r
+                       ConfiguredExecutable<?> al1 = lr.waitForResult();\r
+                       assertNotNull(al1.getResults());\r
+                       ScoreManager al2 = confIUPred.getResults();\r
+       \r
+                       System.out.println("!!!"+al2.asMap());\r
+                       \r
+                       /*\r
+                       assertNotNull(al2);\r
+                       assertEquals(al2.asSet().size(), 1);\r
+                       assertEquals(al2.getNumberOfSeq(),1);\r
+                       Score sc = al2.asSet().iterator().next(); \r
+                       assertEquals(sc.getMethod(), "Long");\r
+                       assertTrue(sc.getRanges().isEmpty());\r
+                       assertNotNull(sc.getScores());\r
+                       assertEquals(sc.getScores().size(), 568);\r
+                       assertEquals(al1.getResults(), al2);\r
+*/\r
+                       } catch (JobSubmissionException e) {\r
+                       e.printStackTrace();\r
+                       fail(e.getLocalizedMessage());\r
+               } catch (ResultNotAvailableException e) {\r
+                       e.printStackTrace();\r
+                       fail(e.getLocalizedMessage());\r
+               } catch (JobExecutionException e) {\r
+                       e.printStackTrace();\r
+                       fail(e.getLocalizedMessage());\r
+               }\r
        }\r
 \r
        @Test(groups = {AllTestSuit.test_group_runner})\r
        public void testPersistance() {\r
                try {\r
-                       IUPred disembl = new IUPred();\r
-                       disembl.setError("errrr.txt").setInput(AllTestSuit.test_input)\r
-                                       .setOutput("outtt.txt");\r
-                       assertEquals(disembl.getInput(), AllTestSuit.test_input);\r
-                       assertEquals(disembl.getError(), "errrr.txt");\r
-                       assertEquals(disembl.getOutput(), "outtt.txt");\r
+                       IUPred iupred = new IUPred();\r
+                       iupred.setError("errrr.txt").setInput(AllTestSuit.test_input);\r
+                       assertEquals(iupred.getInput(), AllTestSuit.test_input);\r
+                       assertEquals(iupred.getError(), "errrr.txt");\r
+\r
                        ConfiguredExecutable<IUPred> cIUPred = Configurator\r
-                                       .configureExecutable(disembl, Executable.ExecProvider.Local);\r
+                                       .configureExecutable(iupred, Executable.ExecProvider.Local);\r
 \r
                        SyncExecutor sexec = Configurator.getSyncEngine(cIUPred);\r
                        sexec.executeJob();\r
@@ -240,10 +310,9 @@ public class IUPredTester {
                                        AllTestSuit.test_input);\r
                        assertEquals(resurrectedCIUPred.getExecutable().getError(),\r
                                        "errrr.txt");\r
-                       assertEquals(resurrectedCIUPred.getExecutable().getOutput(),\r
-                                       "outtt.txt");\r
+\r
                        // See in details whether executables are the same\r
-                       assertEquals(resurrectedCIUPred.getExecutable(), disembl);\r
+                       assertEquals(resurrectedCIUPred.getExecutable(), iupred);\r
 \r
                        ConfiguredExecutable<IUPred> resIUPred = Configurator\r
                                        .configureExecutable(resurrectedCIUPred.getExecutable(),\r
@@ -276,24 +345,22 @@ public class IUPredTester {
        @Test(groups = {AllTestSuit.test_group_runner})\r
        public void testConfigurationLoading() {\r
                try {\r
-                       RunnerConfig<IUPred> disemblConfig = ConfExecutable\r
+                       RunnerConfig<IUPred> iupredConfig = ConfExecutable\r
                                        .getRunnerOptions(IUPred.class);\r
-                       // There is no disembl parameters\r
-                       assertNull(disemblConfig);\r
 \r
-                       // If there were a IUPredParameter.xml file and reference to it,\r
-                       // it would be like that\r
-                       // assertTrue(disemblConfig.getArguments().size() == 0);\r
+                       assertNotNull(iupredConfig);\r
+\r
+                       assertTrue(iupredConfig.getArguments().size() != 0);\r
 \r
-                       PresetManager<IUPred> disemblPresets = ConfExecutable\r
+                       PresetManager<IUPred> iupredPresets = ConfExecutable\r
                                        .getRunnerPresets(IUPred.class);\r
-                       assertNull(disemblPresets); // there is no presets\r
+                       assertNull(iupredPresets); // there is no presets\r
 \r
-                       LimitsManager<IUPred> disemblLimits = ConfExecutable\r
+                       LimitsManager<IUPred> iupredLimits = ConfExecutable\r
                                        .getRunnerLimits(IUPred.class);\r
-                       assertNotNull(disemblLimits);\r
-                       assertTrue(disemblLimits.getLimits().size() > 0);\r
-                       disemblLimits.validate(disemblPresets);\r
+                       assertNotNull(iupredLimits);\r
+                       assertTrue(iupredLimits.getLimits().size() > 0);\r
+                       iupredLimits.validate(iupredPresets);\r
 \r
                } catch (FileNotFoundException e) {\r
                        e.printStackTrace();\r
diff --git a/testsrc/testdata/out.long b/testsrc/testdata/out.long
new file mode 100644 (file)
index 0000000..3d54661
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,1565 @@
+# Foobar_dundeefriends\r
+    1 M     0.4507
+    2 T     0.4685
+    3 A     0.4582
+    4 D     0.4476
+    5 G     0.3840
+    6 P     0.4017
+    7 R     0.4409
+    8 E     0.4541
+    9 L     0.5139
+   10 L     0.5456
+   11 Q     0.5807
+   12 L     0.5055
+   13 R     0.4330
+   14 A     0.4330
+   15 A     0.3286
+   16 V     0.2541
+   17 R     0.1852
+   18 H     0.1275
+   19 R     0.1007
+   20 P     0.1643
+   21 Q     0.2094
+   22 D     0.2164
+   23 F     0.2129
+   24 V     0.2193
+   25 A     0.2064
+   26 W     0.2292
+   27 L     0.3053
+   28 M     0.3182
+   29 L     0.3182
+   30 A     0.2988
+   31 D     0.2645
+   32 A     0.2680
+   33 E     0.2164
+   34 L     0.2918
+   35 G     0.2884
+   36 M     0.3215
+   37 G     0.4051
+   38 D     0.4831
+   39 T     0.4369
+   40 T     0.4901
+   41 A     0.4330
+   42 G     0.4220
+   43 E     0.4831
+   44 M     0.4619
+   45 A     0.5577
+   46 V     0.5992
+   47 Q     0.6755
+   48 R     0.6375
+   49 G     0.5342
+   50 L     0.4940
+   51 A     0.4801
+   52 L     0.4186
+   53 H     0.4186
+   54 P     0.3948
+   55 G     0.3667
+   56 H     0.3840
+   57 P     0.3566
+   58 E     0.3529
+   59 A     0.3704
+   60 V     0.3774
+   61 A     0.4507
+   62 R     0.4831
+   63 L     0.5456
+   64 G     0.5533
+   65 R     0.4864
+   66 V     0.4582
+   67 R     0.3840
+   68 W     0.2715
+   69 T     0.1791
+   70 Q     0.2094
+   71 Q     0.2849
+   72 R     0.2817
+   73 H     0.2849
+   74 A     0.3807
+   75 E     0.3529
+   76 A     0.3356
+   77 A     0.4330
+   78 V     0.4582
+   79 L     0.5707
+   80 L     0.6043
+   81 Q     0.5951
+   82 Q     0.4725
+   83 A     0.4541
+   84 S     0.3667
+   85 D     0.3053
+   86 A     0.2094
+   87 A     0.2364
+   88 P     0.2715
+   89 E     0.3087
+   90 H     0.3087
+   91 P     0.4017
+   92 G     0.4087
+   93 I     0.3704
+   94 A     0.3983
+   95 L     0.4087
+   96 W     0.3667
+   97 L     0.4087
+   98 G     0.4087
+   99 H     0.3460
+  100 A     0.3053
+  101 L     0.2680
+  102 E     0.2094
+  103 D     0.1298
+  104 A     0.2129
+  105 G     0.2328
+  106 Q     0.2849
+  107 A     0.3807
+  108 E     0.4725
+  109 A     0.3872
+  110 A     0.2988
+  111 A     0.3566
+  112 A     0.4541
+  113 A     0.4541
+  114 Y     0.4766
+  115 T     0.4051
+  116 R     0.3117
+  117 A     0.3117
+  118 H     0.3117
+  119 Q     0.3053
+  120 L     0.2541
+  121 L     0.2002
+  122 P     0.2364
+  123 E     0.1823
+  124 E     0.2034
+  125 P     0.2988
+  126 Y     0.2849
+  127 I     0.2129
+  128 T     0.1702
+  129 A     0.1759
+  130 Q     0.1028
+  131 L     0.1583
+  132 L     0.2064
+  133 N     0.1162
+  134 W     0.1137
+  135 R     0.0690
+  136 R     0.0327
+  137 R     0.0592
+  138 L     0.0870
+  139 C     0.0888
+  140 D     0.0704
+  141 W     0.0662
+  142 R     0.0909
+  143 A     0.1251
+  144 L     0.0780
+  145 D     0.1137
+  146 V     0.1184
+  147 L     0.1206
+  148 S     0.0835
+  149 A     0.1323
+  150 Q     0.1702
+  151 V     0.1092
+  152 R     0.1914
+  153 A     0.2224
+  154 A     0.1554
+  155 V     0.2034
+  156 A     0.1115
+  157 Q     0.1048
+  158 G     0.1611
+  159 V     0.1759
+  160 G     0.2129
+  161 A     0.1791
+  162 V     0.2364
+  163 E     0.2094
+  164 P     0.2064
+  165 F     0.2503
+  166 A     0.3215
+  167 F     0.2715
+  168 L     0.2364
+  169 S     0.1643
+  170 E     0.2002
+  171 D     0.1969
+  172 A     0.2258
+  173 S     0.2918
+  174 A     0.2503
+  175 A     0.2258
+  176 E     0.3019
+  177 Q     0.2364
+  178 L     0.3117
+  179 A     0.3599
+  180 C     0.3566
+  181 A     0.2752
+  182 R     0.2609
+  183 T     0.3215
+  184 R     0.2436
+  185 A     0.2436
+  186 Q     0.3053
+  187 A     0.2918
+  188 I     0.2849
+  189 A     0.2988
+  190 A     0.3249
+  191 S     0.3983
+  192 V     0.4256
+  193 R     0.4256
+  194 P     0.4541
+  195 L     0.3704
+  196 A     0.3983
+  197 P     0.3215
+  198 T     0.3494
+  199 R     0.3321
+  200 V     0.2988
+  201 R     0.3215
+  202 S     0.3392
+  203 K     0.4087
+  204 G     0.3019
+  205 P     0.2715
+  206 L     0.3249
+  207 R     0.3566
+  208 V     0.3566
+  209 G     0.3566
+  210 F     0.3599
+  211 V     0.3426
+  212 S     0.2609
+  213 N     0.2715
+  214 G     0.2064
+  215 F     0.1823
+  216 G     0.0967
+  217 A     0.0835
+  218 H     0.0909
+  219 P     0.1115
+  220 T     0.0676
+  221 G     0.1349
+  222 L     0.1852
+  223 L     0.1881
+  224 T     0.1852
+  225 V     0.2129
+  226 A     0.3321
+  227 L     0.2470
+  228 F     0.2884
+  229 E     0.2436
+  230 A     0.2164
+  231 L     0.1424
+  232 Q     0.0734
+  233 R     0.1007
+  234 R     0.1643
+  235 Q     0.1554
+  236 P     0.2164
+  237 D     0.2541
+  238 L     0.3460
+  239 Q     0.4582
+  240 M     0.4409
+  241 H     0.4801
+  242 L     0.4801
+  243 F     0.4685
+  244 A     0.4766
+  245 T     0.4801
+  246 S     0.3840
+  247 G     0.3215
+  248 D     0.3249
+  249 D     0.3807
+  250 G     0.3667
+  251 S     0.4119
+  252 T     0.3249
+  253 L     0.4087
+  254 R     0.5419
+  255 T     0.4979
+  256 R     0.4979
+  257 L     0.4766
+  258 A     0.3948
+  259 Q     0.3872
+  260 A     0.3807
+  261 S     0.3019
+  262 T     0.2817
+  263 L     0.2783
+  264 H     0.3356
+  265 D     0.3356
+  266 V     0.3321
+  267 T     0.2470
+  268 A     0.3286
+  269 L     0.3599
+  270 G     0.3494
+  271 H     0.3807
+  272 L     0.2988
+  273 A     0.3019
+  274 T     0.3053
+  275 A     0.2258
+  276 K     0.1275
+  277 H     0.1881
+  278 I     0.1229
+  279 R     0.1424
+  280 H     0.2064
+  281 H     0.1229
+  282 G     0.1206
+  283 I     0.1823
+  284 D     0.2064
+  285 L     0.2034
+  286 L     0.2292
+  287 F     0.2575
+  288 D     0.2715
+  289 L     0.2951
+  290 R     0.1881
+  291 G     0.1611
+  292 W     0.1028
+  293 G     0.1028
+  294 G     0.1914
+  295 G     0.1554
+  296 G     0.2541
+  297 R     0.2680
+  298 P     0.3840
+  299 E     0.3087
+  300 V     0.3983
+  301 F     0.2951
+  302 A     0.2164
+  303 L     0.2884
+  304 R     0.1942
+  305 P     0.2193
+  306 A     0.2193
+  307 P     0.2224
+  308 V     0.2193
+  309 Q     0.1942
+  310 V     0.1554
+  311 N     0.2399
+  312 W     0.2470
+  313 L     0.2364
+  314 A     0.3286
+  315 Y     0.2328
+  316 P     0.1501
+  317 G     0.1162
+  318 T     0.0985
+  319 S     0.1501
+  320 G     0.1229
+  321 A     0.0948
+  322 P     0.0749
+  323 W     0.0870
+  324 M     0.1611
+  325 D     0.2129
+  326 Y     0.2817
+  327 V     0.1759
+  328 L     0.1881
+  329 G     0.2094
+  330 D     0.1229
+  331 A     0.0690
+  332 F     0.0799
+  333 A     0.0734
+  334 L     0.1323
+  335 P     0.1162
+  336 P     0.0676
+  337 A     0.1184
+  338 L     0.1070
+  339 E     0.1731
+  340 P     0.1731
+  341 F     0.1399
+  342 Y     0.0851
+  343 S     0.1671
+  344 E     0.2129
+  345 H     0.2884
+  346 V     0.2715
+  347 L     0.2470
+  348 R     0.2715
+  349 L     0.3494
+  350 Q     0.2680
+  351 G     0.1759
+  352 A     0.2541
+  353 F     0.3631
+  354 Q     0.3948
+  355 P     0.4017
+  356 S     0.4017
+  357 D     0.4619
+  358 T     0.5577
+  359 S     0.5758
+  360 R     0.5758
+  361 V     0.5620
+  362 V     0.4725
+  363 A     0.5342
+  364 E     0.6991
+  365 P     0.7036
+  366 P     0.6712
+  367 S     0.5901
+  368 R     0.4979
+  369 T     0.4087
+  370 Q     0.3321
+  371 C     0.2541
+  372 G     0.2094
+  373 L     0.2849
+  374 P     0.3249
+  375 E     0.3053
+  376 Q     0.1852
+  377 G     0.1611
+  378 V     0.1092
+  379 V     0.1184
+  380 L     0.1298
+  381 C     0.1275
+  382 C     0.1881
+  383 F     0.1501
+  384 N     0.1942
+  385 N     0.1702
+  386 S     0.1251
+  387 Y     0.0734
+  388 K     0.0605
+  389 L     0.0605
+  390 N     0.0555
+  391 P     0.0909
+  392 Q     0.1583
+  393 S     0.1731
+  394 M     0.3053
+  395 A     0.3053
+  396 R     0.2918
+  397 M     0.2328
+  398 L     0.2541
+  399 A     0.1643
+  400 V     0.1643
+  401 L     0.1028
+  402 R     0.0870
+  403 E     0.0817
+  404 V     0.0985
+  405 P     0.1251
+  406 D     0.1611
+  407 S     0.1399
+  408 V     0.1852
+  409 L     0.2258
+  410 W     0.2541
+  411 L     0.2364
+  412 L     0.3117
+  413 S     0.2849
+  414 G     0.1611
+  415 P     0.1881
+  416 G     0.1671
+  417 E     0.1323
+  418 A     0.1449
+  419 D     0.1969
+  420 A     0.2064
+  421 R     0.3182
+  422 L     0.3631
+  423 R     0.4541
+  424 A     0.4582
+  425 F     0.3774
+  426 A     0.2918
+  427 H     0.1852
+  428 A     0.1373
+  429 Q     0.1852
+  430 G     0.1731
+  431 V     0.1373
+  432 D     0.1611
+  433 A     0.2364
+  434 Q     0.2645
+  435 R     0.3053
+  436 L     0.3249
+  437 V     0.2817
+  438 F     0.2503
+  439 M     0.2817
+  440 P     0.1791
+  441 K     0.1759
+  442 L     0.2364
+  443 P     0.1942
+  444 H     0.2328
+  445 P     0.1528
+  446 Q     0.0817
+  447 Y     0.0799
+  448 L     0.1229
+  449 A     0.2193
+  450 R     0.2609
+  451 Y     0.2609
+  452 R     0.1702
+  453 H     0.2541
+  454 A     0.1969
+  455 D     0.1942
+  456 L     0.1731
+  457 F     0.1671
+  458 L     0.2224
+  459 D     0.2918
+  460 T     0.3286
+  461 H     0.2988
+  462 P     0.3117
+  463 Y     0.2129
+  464 N     0.2164
+  465 A     0.2436
+  466 H     0.1611
+  467 T     0.2609
+  468 T     0.3053
+  469 A     0.3019
+  470 S     0.2951
+  471 D     0.2951
+  472 A     0.3249
+  473 L     0.2951
+  474 W     0.4087
+  475 T     0.4017
+  476 G     0.3149
+  477 C     0.2849
+  478 P     0.2503
+  479 V     0.2436
+  480 L     0.2064
+  481 T     0.1852
+  482 T     0.1759
+  483 P     0.2002
+  484 G     0.1969
+  485 E     0.3087
+  486 T     0.3053
+  487 F     0.3053
+  488 A     0.3019
+  489 A     0.2715
+  490 R     0.2541
+  491 V     0.3426
+  492 A     0.3599
+  493 G     0.3087
+  494 S     0.2884
+  495 L     0.2224
+  496 N     0.1791
+  497 H     0.1791
+  498 H     0.3019
+  499 L     0.3019
+  500 G     0.3019
+  501 L     0.1942
+  502 D     0.1969
+  503 E     0.1969
+  504 M     0.1969
+  505 N     0.1731
+  506 V     0.1914
+  507 A     0.1554
+  508 D     0.0967
+  509 D     0.0799
+  510 A     0.1275
+  511 A     0.1323
+  512 F     0.2328
+  513 V     0.1942
+  514 A     0.1528
+  515 K     0.1251
+  516 A     0.1206
+  517 V     0.1449
+  518 A     0.1092
+  519 L     0.1048
+  520 A     0.0817
+  521 S     0.0985
+  522 D     0.0780
+  523 P     0.1554
+  524 A     0.1528
+  525 A     0.1137
+  526 L     0.1137
+  527 T     0.1349
+  528 A     0.2064
+  529 L     0.2328
+  530 H     0.3149
+  531 A     0.2849
+  532 R     0.1759
+  533 V     0.1881
+  534 D     0.1251
+  535 V     0.1528
+  536 L     0.1759
+  537 R     0.1476
+  538 R     0.1229
+  539 E     0.1476
+  540 S     0.2258
+  541 G     0.1275
+  542 V     0.1501
+  543 F     0.1275
+  544 E     0.1162
+  545 M     0.0676
+  546 D     0.1115
+  547 G     0.1501
+  548 F     0.0948
+  549 A     0.0799
+  550 D     0.0676
+  551 D     0.0676
+  552 F     0.0690
+  553 G     0.0985
+  554 A     0.1184
+  555 L     0.0618
+  556 L     0.0835
+  557 Q     0.0433
+  558 A     0.0424
+  559 L     0.0719
+  560 A     0.0690
+  561 R     0.0506
+  562 R     0.0356
+  563 H     0.0690
+  564 G     0.0506
+  565 W     0.0473
+  566 L     0.0749
+  567 G     0.1206
+  568 I     0.0719
+# Foobar\r
+    1 M     0.6136
+    2 G     0.6322
+    3 D     0.6576
+    4 T     0.5254
+    5 T     0.5098
+    6 A     0.4256
+    7 G     0.4652
+    8 E     0.5017
+    9 M     0.5342
+   10 A     0.5456
+   11 V     0.5807
+   12 Q     0.5951
+   13 R     0.6227
+   14 G     0.5577
+   15 L     0.5139
+   16 A     0.4369
+   17 L     0.3910
+   18 H     0.3149
+   19 Q     0.3019
+   20 Q     0.3494
+   21 R     0.3494
+   22 H     0.4149
+   23 A     0.4220
+   24 E     0.3983
+   25 A     0.3704
+   26 A     0.4831
+   27 V     0.5342
+   28 L     0.6482
+   29 L     0.6755
+   30 Q     0.6620
+   31 Q     0.5211
+   32 A     0.4940
+   33 S     0.4017
+   34 D     0.3392
+   35 A     0.2436
+   36 A     0.2817
+   37 P     0.2817
+   38 E     0.2680
+   39 H     0.3599
+   40 P     0.4541
+   41 G     0.4119
+   42 I     0.4051
+   43 A     0.4441
+   44 L     0.4149
+   45 W     0.4149
+   46 L     0.4149
+   47 H     0.4149
+   48 A     0.3529
+   49 L     0.3053
+   50 E     0.2002
+   51 D     0.1759
+   52 A     0.1759
+   53 G     0.2364
+   54 Q     0.2752
+   55 A     0.3599
+   56 E     0.3704
+   57 A     0.3740
+   58 A     0.3983
+   59 A     0.4476
+   60 A     0.5533
+   61 Y     0.5758
+   62 T     0.4541
+   63 R     0.3910
+   64 A     0.3983
+   65 H     0.3599
+   66 Q     0.3983
+   67 L     0.3019
+   68 L     0.2575
+   69 P     0.2988
+   70 E     0.2988
+   71 E     0.2609
+   72 P     0.3286
+   73 Y     0.3321
+   74 I     0.3321
+   75 T     0.2951
+   76 A     0.2884
+   77 Q     0.2503
+   78 L     0.2609
+   79 L     0.3566
+   80 N     0.3566
+   81 A     0.2328
+   82 V     0.1914
+   83 A     0.0909
+   84 Q     0.1007
+   85 G     0.1611
+   86 V     0.1731
+   87 G     0.2064
+   88 A     0.1731
+   89 V     0.2436
+   90 E     0.2918
+   91 P     0.2503
+   92 F     0.2951
+   93 A     0.3566
+   94 F     0.3149
+   95 L     0.3053
+   96 S     0.3392
+   97 E     0.3215
+   98 D     0.2951
+   99 A     0.3566
+  100 S     0.4256
+  101 A     0.4051
+  102 A     0.3053
+  103 E     0.4087
+  104 S     0.4292
+  105 V     0.5419
+  106 R     0.6427
+  107 P     0.6906
+  108 L     0.5533
+  109 A     0.5382
+  110 P     0.4940
+  111 T     0.4979
+  112 R     0.4149
+  113 V     0.3740
+  114 R     0.3529
+  115 S     0.3667
+  116 K     0.4369
+  117 G     0.3286
+  118 P     0.2988
+  119 L     0.3494
+  120 R     0.3840
+  121 V     0.3807
+  122 G     0.3807
+  123 F     0.3840
+  124 V     0.3704
+  125 S     0.2918
+  126 N     0.3019
+  127 G     0.2364
+  128 F     0.2064
+  129 G     0.1162
+  130 A     0.0967
+  131 H     0.1092
+  132 P     0.1349
+  133 T     0.0835
+  134 G     0.1611
+  135 L     0.2193
+  136 L     0.2193
+  137 T     0.2193
+  138 V     0.2470
+  139 A     0.3667
+  140 L     0.2849
+  141 F     0.3249
+  142 E     0.2783
+  143 A     0.2503
+  144 L     0.1702
+  145 Q     0.0909
+  146 R     0.1206
+  147 R     0.1881
+  148 Q     0.1791
+  149 P     0.2436
+  150 D     0.2817
+  151 L     0.3740
+  152 Q     0.4864
+  153 M     0.4652
+  154 H     0.5017
+  155 L     0.5017
+  156 F     0.4831
+  157 A     0.4940
+  158 T     0.4940
+  159 S     0.3983
+  160 G     0.3356
+  161 D     0.3356
+  162 D     0.3872
+  163 G     0.3704
+  164 S     0.4186
+  165 T     0.3321
+  166 L     0.4149
+  167 R     0.5456
+  168 T     0.5055
+  169 R     0.5055
+  170 L     0.4801
+  171 A     0.3983
+  172 Q     0.3872
+  173 A     0.3807
+  174 S     0.3019
+  175 T     0.2783
+  176 L     0.2783
+  177 H     0.3321
+  178 D     0.3321
+  179 V     0.3249
+  180 T     0.2399
+  181 A     0.3215
+  182 L     0.3494
+  183 G     0.3392
+  184 H     0.3740
+  185 L     0.2918
+  186 A     0.2951
+  187 T     0.3019
+  188 A     0.2224
+  189 K     0.1251
+  190 H     0.1852
+  191 I     0.1206
+  192 R     0.1399
+  193 H     0.2064
+  194 H     0.1206
+  195 G     0.1206
+  196 I     0.1823
+  197 D     0.2064
+  198 L     0.2034
+  199 L     0.2292
+  200 F     0.2609
+  201 D     0.2752
+  202 L     0.2988
+  203 R     0.1942
+  204 G     0.1671
+  205 W     0.1092
+  206 G     0.1070
+  207 G     0.1942
+  208 G     0.1583
+  209 G     0.2575
+  210 R     0.2680
+  211 P     0.3840
+  212 E     0.3087
+  213 V     0.3983
+  214 F     0.2951
+  215 A     0.2164
+  216 L     0.2884
+  217 R     0.1942
+  218 P     0.2193
+  219 A     0.2193
+  220 P     0.2224
+  221 V     0.2193
+  222 Q     0.1942
+  223 V     0.1554
+  224 N     0.2399
+  225 W     0.2470
+  226 L     0.2364
+  227 A     0.3286
+  228 Y     0.2328
+  229 P     0.1501
+  230 G     0.1162
+  231 T     0.0985
+  232 S     0.1501
+  233 G     0.1229
+  234 A     0.0948
+  235 P     0.0749
+  236 W     0.0870
+  237 M     0.1611
+  238 D     0.2129
+  239 Y     0.2817
+  240 V     0.1759
+  241 L     0.1881
+  242 G     0.2094
+  243 D     0.1229
+  244 A     0.0690
+  245 F     0.0799
+  246 A     0.0734
+  247 L     0.1323
+  248 P     0.1162
+  249 P     0.0676
+  250 A     0.1184
+  251 L     0.1070
+  252 E     0.1731
+  253 P     0.1731
+  254 F     0.1399
+  255 Y     0.0851
+  256 S     0.1671
+  257 E     0.2129
+  258 H     0.2884
+  259 V     0.2715
+  260 L     0.2470
+  261 R     0.2715
+  262 L     0.3494
+  263 Q     0.2680
+  264 G     0.1759
+  265 A     0.2541
+  266 F     0.3631
+  267 Q     0.3948
+  268 P     0.4017
+  269 S     0.4017
+  270 D     0.4619
+  271 T     0.5577
+  272 S     0.5758
+  273 R     0.5758
+  274 V     0.5620
+  275 V     0.4725
+  276 A     0.5342
+  277 E     0.6991
+  278 P     0.7036
+  279 P     0.6712
+  280 S     0.5901
+  281 R     0.4979
+  282 T     0.4087
+  283 Q     0.3321
+  284 C     0.2541
+  285 G     0.2094
+  286 L     0.2849
+  287 P     0.3249
+  288 E     0.3053
+  289 Q     0.1852
+  290 G     0.1611
+  291 V     0.1092
+  292 V     0.1184
+  293 L     0.1298
+  294 C     0.1275
+  295 C     0.1881
+  296 F     0.1501
+  297 N     0.1942
+  298 N     0.1702
+  299 S     0.1251
+  300 Y     0.0734
+  301 K     0.0605
+  302 L     0.0605
+  303 N     0.0555
+  304 P     0.0909
+  305 Q     0.1583
+  306 S     0.1731
+  307 M     0.3053
+  308 A     0.3053
+  309 R     0.2918
+  310 M     0.2328
+  311 L     0.2541
+  312 A     0.1643
+  313 V     0.1643
+  314 L     0.1028
+  315 R     0.0870
+  316 E     0.0817
+  317 V     0.0985
+  318 P     0.1251
+  319 D     0.1611
+  320 S     0.1399
+  321 V     0.1852
+  322 L     0.2258
+  323 W     0.2541
+  324 L     0.2364
+  325 L     0.3117
+  326 S     0.2849
+  327 G     0.1611
+  328 P     0.1881
+  329 G     0.1671
+  330 E     0.1323
+  331 A     0.1449
+  332 D     0.1969
+  333 A     0.2064
+  334 R     0.3182
+  335 L     0.3631
+  336 R     0.4541
+  337 A     0.4582
+  338 F     0.3774
+  339 A     0.2918
+  340 H     0.1852
+  341 A     0.1373
+  342 Q     0.1852
+  343 G     0.1731
+  344 V     0.1373
+  345 D     0.1611
+  346 A     0.2364
+  347 Q     0.2645
+  348 R     0.3053
+  349 L     0.3249
+  350 V     0.2817
+  351 F     0.2503
+  352 M     0.2817
+  353 P     0.1791
+  354 K     0.1759
+  355 L     0.2364
+  356 P     0.1942
+  357 H     0.2328
+  358 P     0.1528
+  359 Q     0.0817
+  360 Y     0.0799
+  361 L     0.1229
+  362 A     0.2193
+  363 R     0.2609
+  364 Y     0.2609
+  365 R     0.1702
+  366 H     0.2541
+  367 A     0.1969
+  368 D     0.1942
+  369 L     0.1731
+  370 F     0.1671
+  371 L     0.2224
+  372 D     0.2918
+  373 T     0.3286
+  374 H     0.2988
+  375 P     0.3117
+  376 Y     0.2129
+  377 N     0.2164
+  378 A     0.2436
+  379 H     0.1611
+  380 T     0.2609
+  381 T     0.3053
+  382 A     0.3019
+  383 S     0.2951
+  384 D     0.2951
+  385 A     0.3249
+  386 L     0.2951
+  387 W     0.4087
+  388 T     0.4017
+  389 G     0.3149
+  390 C     0.2849
+  391 P     0.2503
+  392 V     0.2436
+  393 L     0.2064
+  394 T     0.1852
+  395 T     0.1759
+  396 P     0.2002
+  397 G     0.1969
+  398 E     0.3087
+  399 T     0.3053
+  400 F     0.3053
+  401 A     0.3019
+  402 A     0.2715
+  403 R     0.2541
+  404 V     0.3426
+  405 A     0.3599
+  406 G     0.3087
+  407 S     0.2884
+  408 L     0.2224
+  409 N     0.1791
+  410 H     0.1791
+  411 H     0.3019
+  412 L     0.3019
+  413 G     0.3019
+  414 L     0.1942
+  415 D     0.1969
+  416 E     0.1969
+  417 M     0.1969
+  418 N     0.1731
+  419 V     0.1914
+  420 A     0.1554
+  421 D     0.0967
+  422 D     0.0799
+  423 A     0.1275
+  424 A     0.1323
+  425 F     0.2328
+  426 V     0.1942
+  427 A     0.1528
+  428 K     0.1251
+  429 A     0.1206
+  430 V     0.1449
+  431 A     0.1092
+  432 L     0.1048
+  433 A     0.0817
+  434 S     0.0985
+  435 D     0.0780
+  436 P     0.1554
+  437 A     0.1528
+  438 A     0.1137
+  439 L     0.1137
+  440 T     0.1349
+  441 A     0.2064
+  442 L     0.2328
+  443 H     0.3149
+  444 A     0.2849
+  445 R     0.1759
+  446 V     0.1881
+  447 D     0.1251
+  448 V     0.1528
+  449 L     0.1759
+  450 R     0.1476
+  451 R     0.1229
+  452 E     0.1476
+  453 S     0.2258
+  454 G     0.1275
+  455 V     0.1501
+  456 F     0.1275
+  457 E     0.1162
+  458 M     0.0676
+  459 D     0.1115
+  460 G     0.1501
+  461 F     0.0948
+  462 A     0.0799
+  463 D     0.0676
+  464 D     0.0676
+  465 F     0.0690
+  466 G     0.0985
+  467 A     0.1184
+  468 L     0.0618
+  469 L     0.0835
+  470 Q     0.0433
+  471 A     0.0424
+  472 L     0.0719
+  473 A     0.0690
+  474 R     0.0506
+  475 R     0.0356
+  476 H     0.0690
+  477 G     0.0506
+  478 W     0.0473
+  479 L     0.0749
+  480 G     0.1206
+  481 I     0.0719
+# dundeefriends\r
+    1 M     0.4685
+    2 T     0.4831
+    3 A     0.4766
+    4 D     0.4685
+    5 G     0.4017
+    6 P     0.4186
+    7 R     0.4507
+    8 E     0.4619
+    9 L     0.5211
+   10 L     0.5533
+   11 Q     0.5901
+   12 L     0.5533
+   13 R     0.5176
+   14 A     0.4369
+   15 A     0.3460
+   16 V     0.3087
+   17 R     0.1969
+   18 H     0.1823
+   19 R     0.1791
+   20 P     0.2258
+   21 Q     0.3149
+   22 D     0.2224
+   23 V     0.2988
+   24 A     0.2715
+   25 W     0.2951
+   26 L     0.3321
+   27 M     0.4017
+   28 L     0.4186
+   29 A     0.3872
+   30 D     0.3983
+   31 A     0.3807
+   32 E     0.3321
+   33 L     0.2951
+   34 G     0.2918
+   35 M     0.3215
+   36 G     0.4149
+   37 D     0.4979
+   38 T     0.4507
+   39 T     0.5055
+   40 A     0.4476
+   41 G     0.4441
+   42 E     0.5055
+   43 M     0.4864
+   44 A     0.5901
+   45 V     0.6375
+   46 Q     0.7120
+   47 R     0.6755
+   48 G     0.5620
+   49 L     0.5211
+   50 A     0.5017
+   51 L     0.4441
+   52 H     0.4441
+   53 P     0.4186
+   54 G     0.3872
+   55 H     0.4087
+   56 P     0.3872
+   57 E     0.3840
+   58 A     0.4017
+   59 V     0.4087
+   60 A     0.4864
+   61 R     0.5211
+   62 L     0.5901
+   63 G     0.5992
+   64 R     0.5211
+   65 V     0.4940
+   66 R     0.4149
+   67 W     0.3087
+   68 T     0.2129
+   69 Q     0.2470
+   70 Q     0.3215
+   71 R     0.3215
+   72 H     0.3249
+   73 A     0.4220
+   74 E     0.3948
+   75 A     0.3740
+   76 A     0.4766
+   77 V     0.4940
+   78 L     0.6183
+   79 L     0.6531
+   80 Q     0.6427
+   81 Q     0.5139
+   82 A     0.4901
+   83 S     0.4017
+   84 D     0.3426
+   85 A     0.2470
+   86 A     0.2752
+   87 P     0.3087
+   88 E     0.3460
+   89 H     0.3426
+   90 P     0.4369
+   91 G     0.4409
+   92 I     0.4409
+   93 A     0.4766
+   94 L     0.3948
+   95 W     0.2988
+   96 L     0.3566
+   97 G     0.3983
+   98 H     0.3807
+   99 A     0.3983
+  100 L     0.2918
+  101 E     0.1731
+  102 D     0.1823
+  103 H     0.2399
+  104 Q     0.2715
+  105 L     0.2680
+  106 L     0.3704
+  107 P     0.3774
+  108 E     0.2988
+  109 E     0.2849
+  110 P     0.2849
+  111 Y     0.3740
+  112 I     0.2884
+  113 T     0.2715
+  114 A     0.2328
+  115 Q     0.2002
+  116 L     0.2164
+  117 D     0.2715
+  118 V     0.2470
+  119 L     0.2328
+  120 S     0.1583
+  121 A     0.1349
+  122 Q     0.1914
+  123 V     0.2129
+  124 R     0.2224
+  125 A     0.2849
+  126 A     0.1759
+  127 V     0.2292
+  128 A     0.1298
+  129 Q     0.1229
+  130 G     0.1852
+  131 V     0.2002
+  132 G     0.2399
+  133 A     0.2034
+  134 V     0.2680
+  135 E     0.2436
+  136 P     0.2436
+  137 F     0.2884
+  138 A     0.3599
+  139 F     0.3087
+  140 L     0.2752
+  141 S     0.2034
+  142 E     0.2436
+  143 D     0.2399
+  144 A     0.2715
+  145 S     0.3356
+  146 A     0.2918
+  147 A     0.2680
+  148 E     0.3392
+  149 Q     0.2752
+  150 L     0.3494
+  151 A     0.3983
+  152 C     0.3983
+  153 A     0.3149
+  154 R     0.2988
+  155 T     0.3599
+  156 R     0.2817
+  157 A     0.2817
+  158 Q     0.3426
+  159 A     0.3286
+  160 I     0.3182
+  161 A     0.3321
+  162 A     0.3566
+  163 S     0.4220
+  164 V     0.4476
+  165 R     0.4476
+  166 P     0.4801
+  167 L     0.3948
+  168 A     0.4220
+  169 P     0.3460
+  170 T     0.3740
+  171 R     0.3599
+  172 V     0.3215
+  173 R     0.3460
+  174 S     0.3599
+  175 K     0.4330
+  176 G     0.3215
+  177 P     0.2884
+  178 L     0.3426
+  179 R     0.3740
+  180 V     0.3704
+  181 G     0.3704
+  182 F     0.3740
+  183 V     0.3599
+  184 S     0.2817
+  185 N     0.2884
+  186 G     0.2224
+  187 F     0.1969
+  188 G     0.1092
+  189 A     0.0948
+  190 H     0.1048
+  191 P     0.1275
+  192 T     0.0780
+  193 G     0.1528
+  194 L     0.2094
+  195 L     0.2094
+  196 T     0.2064
+  197 V     0.2364
+  198 A     0.3566
+  199 L     0.2715
+  200 F     0.3117
+  201 E     0.2680
+  202 A     0.2399
+  203 L     0.1583
+  204 Q     0.0851
+  205 R     0.1137
+  206 R     0.1791
+  207 Q     0.1702
+  208 P     0.2328
+  209 D     0.2715
+  210 L     0.3599
+  211 Q     0.4685
+  212 M     0.4476
+  213 H     0.4864
+  214 L     0.4831
+  215 F     0.4725
+  216 A     0.4801
+  217 T     0.4801
+  218 S     0.3840
+  219 G     0.3249
+  220 D     0.3249
+  221 D     0.3807
+  222 G     0.3667
+  223 S     0.4119
+  224 T     0.3249
+  225 L     0.4087
+  226 R     0.5419
+  227 T     0.4979
+  228 R     0.4979
+  229 L     0.4766
+  230 A     0.3948
+  231 Q     0.3872
+  232 A     0.3807
+  233 S     0.3019
+  234 T     0.2817
+  235 L     0.2783
+  236 H     0.3356
+  237 D     0.3356
+  238 V     0.3321
+  239 T     0.2470
+  240 A     0.3286
+  241 L     0.3599
+  242 G     0.3494
+  243 H     0.3807
+  244 L     0.2988
+  245 A     0.3019
+  246 T     0.3053
+  247 A     0.2258
+  248 K     0.1275
+  249 H     0.1881
+  250 I     0.1229
+  251 R     0.1424
+  252 H     0.2064
+  253 H     0.1229
+  254 G     0.1206
+  255 I     0.1823
+  256 D     0.2064
+  257 L     0.2034
+  258 L     0.2292
+  259 F     0.2575
+  260 D     0.2715
+  261 L     0.2951
+  262 R     0.1881
+  263 G     0.1611
+  264 W     0.1028
+  265 G     0.1028
+  266 G     0.1914
+  267 G     0.1554
+  268 G     0.2541
+  269 R     0.2680
+  270 P     0.3840
+  271 E     0.3087
+  272 V     0.3983
+  273 F     0.2951
+  274 A     0.2164
+  275 L     0.2884
+  276 R     0.1942
+  277 P     0.2193
+  278 A     0.2193
+  279 P     0.2224
+  280 V     0.2193
+  281 Q     0.1942
+  282 V     0.1554
+  283 N     0.2399
+  284 W     0.2470
+  285 L     0.2364
+  286 A     0.3286
+  287 Y     0.2328
+  288 P     0.1501
+  289 G     0.1162
+  290 T     0.0985
+  291 S     0.1501
+  292 G     0.1229
+  293 A     0.0948
+  294 P     0.0749
+  295 W     0.0870
+  296 M     0.1611
+  297 D     0.2129
+  298 Y     0.2817
+  299 V     0.1759
+  300 L     0.1881
+  301 G     0.2094
+  302 D     0.1229
+  303 A     0.0690
+  304 F     0.0799
+  305 A     0.0734
+  306 L     0.1323
+  307 P     0.1162
+  308 P     0.0676
+  309 A     0.1184
+  310 L     0.1070
+  311 E     0.1731
+  312 P     0.1731
+  313 F     0.1399
+  314 Y     0.0851
+  315 S     0.1671
+  316 E     0.2129
+  317 H     0.2884
+  318 V     0.2715
+  319 L     0.2470
+  320 R     0.2715
+  321 L     0.3494
+  322 Q     0.2680
+  323 G     0.1759
+  324 A     0.2541
+  325 F     0.3631
+  326 Q     0.3948
+  327 P     0.4017
+  328 S     0.4017
+  329 D     0.4619
+  330 T     0.5577
+  331 S     0.5758
+  332 R     0.5758
+  333 V     0.5620
+  334 V     0.4725
+  335 A     0.5342
+  336 E     0.6991
+  337 P     0.7036
+  338 P     0.6712
+  339 S     0.5901
+  340 R     0.4979
+  341 T     0.4087
+  342 Q     0.3321
+  343 C     0.2541
+  344 G     0.2094
+  345 L     0.2849
+  346 P     0.3249
+  347 E     0.3053
+  348 Q     0.1852
+  349 G     0.1611
+  350 V     0.1092
+  351 V     0.1184
+  352 L     0.1298
+  353 C     0.1275
+  354 C     0.1881
+  355 F     0.1501
+  356 N     0.1942
+  357 N     0.1702
+  358 S     0.1251
+  359 Y     0.0734
+  360 K     0.0605
+  361 L     0.0605
+  362 N     0.0555
+  363 P     0.0909
+  364 Q     0.1583
+  365 S     0.1731
+  366 M     0.3053
+  367 A     0.3053
+  368 R     0.2918
+  369 M     0.2328
+  370 L     0.2541
+  371 A     0.1643
+  372 V     0.1643
+  373 L     0.1028
+  374 R     0.0870
+  375 E     0.0817
+  376 V     0.0985
+  377 P     0.1251
+  378 D     0.1611
+  379 S     0.1399
+  380 V     0.1852
+  381 L     0.2258
+  382 W     0.2541
+  383 L     0.2364
+  384 L     0.3117
+  385 S     0.2849
+  386 G     0.1611
+  387 P     0.1881
+  388 G     0.1671
+  389 E     0.1323
+  390 A     0.1449
+  391 D     0.1969
+  392 A     0.2064
+  393 R     0.3182
+  394 L     0.3631
+  395 R     0.4541
+  396 A     0.4582
+  397 F     0.3774
+  398 A     0.2918
+  399 H     0.1852
+  400 A     0.1373
+  401 Q     0.1852
+  402 G     0.1731
+  403 V     0.1373
+  404 D     0.1583
+  405 A     0.2328
+  406 Q     0.2645
+  407 R     0.3053
+  408 L     0.3249
+  409 V     0.2783
+  410 F     0.2503
+  411 M     0.2817
+  412 P     0.1759
+  413 K     0.1759
+  414 L     0.2399
+  415 P     0.1969
+  416 H     0.2364
+  417 P     0.1554
+  418 Q     0.0851
+  419 Y     0.0851
+  420 L     0.1298
+  421 A     0.2292
+  422 R     0.2680
+  423 Y     0.2680
+  424 R     0.1791
+  425 H     0.2645
+  426 A     0.2064
+  427 D     0.2034
+  428 L     0.1823
+  429 F     0.1791
+  430 L     0.2328
+  431 D     0.3053
+  432 T     0.3426
+  433 H     0.3117
+  434 P     0.3286
+  435 Y     0.2258
+  436 N     0.2292
+  437 A     0.2575
+  438 H     0.1702
+  439 T     0.2680
+  440 T     0.3149
+  441 A     0.3117
+  442 S     0.3053
+  443 D     0.3053
+  444 A     0.3321
+  445 L     0.3019
+  446 W     0.4149
+  447 T     0.4087
+  448 G     0.3215
+  449 C     0.2951
+  450 P     0.2609
+  451 V     0.2541
+  452 L     0.2193
+  453 T     0.1969
+  454 T     0.1881
+  455 P     0.2129
+  456 G     0.2094
+  457 E     0.3215
+  458 T     0.3182
+  459 F     0.3249
+  460 A     0.3249
+  461 A     0.2988
+  462 R     0.2817
+  463 V     0.3704
+  464 A     0.3840
+  465 G     0.3356
+  466 S     0.3182
+  467 L     0.2575
+  468 N     0.2094
+  469 H     0.2129
+  470 H     0.3356
+  471 L     0.3321
+  472 G     0.3356
+  473 L     0.2258
+  474 D     0.2292
+  475 E     0.2328
+  476 M     0.2328
+  477 N     0.2064
+  478 V     0.2292
+  479 A     0.1881
+  480 D     0.1229
+  481 D     0.1028
+  482 A     0.1583
+  483 A     0.1611
+  484 F     0.2645
+  485 V     0.2258
+  486 A     0.1823
+  487 K     0.1528
+  488 A     0.1449
+  489 V     0.1731
+  490 A     0.1349
+  491 L     0.1298
+  492 A     0.1048
+  493 S     0.1251
+  494 D     0.1028
+  495 P     0.1914
+  496 A     0.1881
+  497 A     0.1476
+  498 L     0.1476
+  499 T     0.1731
+  500 A     0.2541
+  501 L     0.2783
+  502 H     0.2680
+  503 A     0.2884
+  504 R     0.2680
+  505 V     0.2328
+  506 D     0.1759
+  507 V     0.1759
+  508 L     0.1759
+  509 R     0.2399
+  510 R     0.2002
+  511 E     0.2034
+  512 S     0.2884
+  513 I     0.2436
diff --git a/testsrc/testdata/output.long b/testsrc/testdata/output.long
deleted file mode 100644 (file)
index 946d06c..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,788 +0,0 @@
-# P50_HUMAN
-    1 M     0.9943
-    2 E     0.9917
-    3 E     0.9879
-    4 P     0.9831
-    5 Q     0.9553
-    6 S     0.9316
-    7 D     0.9208
-    8 P     0.9119
-    9 S     0.8857
-   10 V     0.7951
-   11 E     0.7605
-   12 P     0.8074
-   13 P     0.7342
-   14 L     0.6374
-   15 S     0.6035
-   16 Q     0.5331
-   17 E     0.4781
-   18 T     0.4825
-   19 F     0.4825
-   20 S     0.4879
-   21 D     0.5374
-   22 L     0.4600
-   23 W     0.3668
-   24 K     0.3456
-   25 L     0.4282
-   26 L     0.3578
-   27 P     0.3630
-   28 E     0.3399
-   29 N     0.3578
-   30 N     0.4116
-   31 V     0.3762
-   32 L     0.3668
-   33 S     0.4420
-   34 P     0.4749
-   35 L     0.4556
-   36 P     0.4458
-   37 S     0.5084
-   38 Q     0.5043
-   39 A     0.5043
-   40 M     0.5331
-   41 D     0.4781
-   42 D     0.5623
-   43 L     0.6604
-   44 M     0.5900
-   45 L     0.5084
-   46 S     0.5802
-   47 P     0.5802
-   48 D     0.6174
-   49 D     0.6124
-   50 I     0.6374
-   51 E     0.6827
-   52 Q     0.6906
-   53 W     0.7034
-   54 F     0.7418
-   55 T     0.7817
-   56 E     0.8311
-   57 D     0.8001
-   58 P     0.7912
-   59 G     0.7912
-   60 P     0.7540
-   61 D     0.7951
-   62 E     0.7817
-   63 A     0.7644
-   64 P     0.7912
-   65 R     0.8311
-   66 M     0.8311
-   67 P     0.7912
-   68 E     0.7688
-   69 A     0.7418
-   70 A     0.7232
-   71 P     0.7147
-   72 P     0.6906
-   73 V     0.6715
-   74 A     0.6681
-   75 P     0.6374
-   76 A     0.6516
-   77 P     0.6650
-   78 A     0.6604
-   79 A     0.6124
-   80 P     0.6334
-   81 T     0.6374
-   82 P     0.5514
-   83 A     0.5514
-   84 A     0.5412
-   85 P     0.5514
-   86 A     0.5374
-   87 P     0.5473
-   88 A     0.4825
-   89 P     0.5084
-   90 S     0.5126
-   91 W     0.5229
-   92 P     0.5126
-   93 L     0.5043
-   94 S     0.4379
-   95 S     0.4781
-   96 S     0.4600
-   97 V     0.4781
-   98 P     0.3806
-   99 S     0.4078
-  100 Q     0.3096
-  101 K     0.3263
-  102 T     0.3399
-  103 Y     0.3184
-  104 Q     0.2820
-  105 G     0.2167
-  106 S     0.2122
-  107 Y     0.2080
-  108 G     0.2558
-  109 F     0.2255
-  110 R     0.1921
-  111 L     0.1766
-  112 G     0.1732
-  113 F     0.1205
-  114 L     0.1732
-  115 H     0.0723
-  116 S     0.0701
-  117 G     0.0405
-  118 T     0.0643
-  119 A     0.0771
-  120 K     0.1018
-  121 S     0.0587
-  122 V     0.0884
-  123 T     0.0884
-  124 C     0.1240
-  125 T     0.1088
-  126 Y     0.0554
-  127 S     0.0607
-  128 P     0.0441
-  129 A     0.0387
-  130 L     0.0490
-  131 N     0.0478
-  132 K     0.0231
-  133 M     0.0414
-  134 F     0.0297
-  135 C     0.0701
-  136 Q     0.0502
-  137 L     0.0567
-  138 A     0.0405
-  139 K     0.0363
-  140 T     0.0464
-  141 C     0.0701
-  142 P     0.0832
-  143 V     0.0991
-  144 Q     0.1322
-  145 L     0.1998
-  146 W     0.3146
-  147 V     0.3146
-  148 D     0.3184
-  149 S     0.3578
-  150 T     0.3311
-  151 P     0.3184
-  152 P     0.4203
-  153 P     0.3578
-  154 G     0.3578
-  155 T     0.3578
-  156 R     0.4282
-  157 V     0.5084
-  158 R     0.5802
-  159 A     0.5667
-  160 M     0.5473
-  161 A     0.5514
-  162 I     0.5331
-  163 Y     0.4749
-  164 K     0.4037
-  165 Q     0.4116
-  166 S     0.4203
-  167 Q     0.3184
-  168 H     0.4037
-  169 M     0.4037
-  170 T     0.4282
-  171 E     0.4513
-  172 V     0.4749
-  173 V     0.4116
-  174 R     0.4825
-  175 R     0.4918
-  176 C     0.4879
-  177 P     0.4918
-  178 H     0.4825
-  179 H     0.4245
-  180 E     0.4333
-  181 R     0.4651
-  182 C     0.4879
-  183 S     0.5412
-  184 D     0.5802
-  185 S     0.5126
-  186 D     0.4458
-  187 G     0.5374
-  188 L     0.4600
-  189 A     0.4600
-  190 P     0.4600
-  191 P     0.4600
-  192 Q     0.3992
-  193 H     0.4879
-  194 L     0.4282
-  195 I     0.4333
-  196 R     0.3668
-  197 V     0.3005
-  198 E     0.3096
-  199 G     0.3847
-  200 N     0.3939
-  201 L     0.3630
-  202 R     0.3359
-  203 V     0.2292
-  204 E     0.2292
-  205 Y     0.2748
-  206 L     0.3399
-  207 D     0.2963
-  208 D     0.2963
-  209 R     0.2385
-  210 N     0.2531
-  211 T     0.1805
-  212 F     0.2531
-  213 R     0.2786
-  214 H     0.3456
-  215 S     0.3399
-  216 V     0.3491
-  217 V     0.4037
-  218 V     0.3885
-  219 P     0.3806
-  220 Y     0.2748
-  221 E     0.2700
-  222 P     0.2657
-  223 P     0.2963
-  224 E     0.2865
-  225 V     0.2167
-  226 G     0.2080
-  227 S     0.1844
-  228 D     0.2041
-  229 C     0.1602
-  230 T     0.1416
-  231 T     0.2041
-  232 I     0.1958
-  233 H     0.1018
-  234 Y     0.0744
-  235 N     0.0677
-  236 Y     0.0909
-  237 M     0.0789
-  238 C     0.0723
-  239 N     0.0660
-  240 S     0.1322
-  241 S     0.1532
-  242 C     0.1060
-  243 M     0.1018
-  244 G     0.1060
-  245 G     0.1150
-  246 M     0.0789
-  247 N     0.1266
-  248 R     0.0965
-  249 R     0.1732
-  250 P     0.1766
-  251 I     0.1766
-  252 L     0.1805
-  253 T     0.2820
-  254 I     0.3096
-  255 I     0.2602
-  256 T     0.2080
-  257 L     0.2333
-  258 E     0.2385
-  259 D     0.2385
-  260 S     0.2432
-  261 S     0.1602
-  262 G     0.2122
-  263 N     0.2385
-  264 L     0.2333
-  265 L     0.2558
-  266 G     0.2432
-  267 R     0.2292
-  268 N     0.2209
-  269 S     0.2483
-  270 F     0.2531
-  271 E     0.2432
-  272 V     0.2432
-  273 R     0.2432
-  274 V     0.2432
-  275 C     0.3053
-  276 A     0.3630
-  277 C     0.3578
-  278 P     0.3630
-  279 G     0.3668
-  280 R     0.3263
-  281 D     0.3992
-  282 R     0.4037
-  283 R     0.4556
-  284 T     0.4703
-  285 E     0.5173
-  286 E     0.6219
-  287 E     0.6412
-  288 N     0.7275
-  289 L     0.6984
-  290 R     0.6756
-  291 K     0.7079
-  292 K     0.7192
-  293 G     0.7342
-  294 E     0.7458
-  295 P     0.7501
-  296 H     0.7540
-  297 H     0.7605
-  298 E     0.7605
-  299 L     0.7342
-  300 P     0.7912
-  301 P     0.7951
-  302 G     0.8036
-  303 S     0.8074
-  304 T     0.8074
-  305 K     0.8118
-  306 R     0.7951
-  307 A     0.8118
-  308 L     0.8242
-  309 P     0.8488
-  310 N     0.8650
-  311 N     0.8488
-  312 T     0.8311
-  313 S     0.8424
-  314 S     0.7912
-  315 S     0.7951
-  316 P     0.8001
-  317 Q     0.8001
-  318 P     0.7458
-  319 K     0.7192
-  320 K     0.6984
-  321 K     0.6412
-  322 P     0.6516
-  323 L     0.5900
-  324 D     0.5802
-  325 G     0.5802
-  326 E     0.5762
-  327 Y     0.5623
-  328 F     0.5374
-  329 T     0.4556
-  330 L     0.4556
-  331 Q     0.4333
-  332 I     0.3762
-  333 R     0.3456
-  334 G     0.4037
-  335 R     0.3311
-  336 E     0.3263
-  337 R     0.3311
-  338 F     0.3717
-  339 E     0.3762
-  340 M     0.3717
-  341 F     0.3668
-  342 R     0.3491
-  343 E     0.4203
-  344 L     0.4037
-  345 N     0.4149
-  346 E     0.4037
-  347 A     0.3992
-  348 L     0.4078
-  349 E     0.4651
-  350 L     0.4967
-  351 K     0.5229
-  352 D     0.5802
-  353 A     0.5802
-  354 Q     0.5846
-  355 A     0.6293
-  356 G     0.6412
-  357 K     0.6374
-  358 E     0.6604
-  359 P     0.7317
-  360 G     0.7034
-  361 G     0.7573
-  362 S     0.7573
-  363 R     0.7573
-  364 A     0.7772
-  365 H     0.7605
-  366 S     0.8036
-  367 S     0.7951
-  368 H     0.7817
-  369 L     0.7869
-  370 K     0.7724
-  371 S     0.7869
-  372 K     0.7869
-  373 K     0.7951
-  374 G     0.7644
-  375 Q     0.7912
-  376 S     0.7275
-  377 T     0.7342
-  378 S     0.7275
-  379 R     0.6984
-  380 H     0.7342
-  381 K     0.7605
-  382 K     0.7418
-  383 L     0.7418
-  384 M     0.7275
-  385 F     0.7573
-  386 K     0.7724
-  387 T     0.8118
-  388 E     0.8521
-  389 G     0.8823
-  390 P     0.8984
-  391 D     0.9119
-  392 S     0.9316
-  393 D     0.9512
-# P53_HUMAN
-    1 M     0.9854
-    2 E     0.9883
-    3 E     0.9711
-    4 P     0.9677
-    5 Q     0.9725
-    6 S     0.9777
-    7 D     0.9777
-    8 P     0.9396
-    9 S     0.9362
-   10 V     0.9503
-   11 E     0.9211
-   12 P     0.8741
-   13 P     0.8421
-   14 L     0.7547
-   15 S     0.6620
-   16 Q     0.6576
-   17 E     0.6906
-   18 T     0.6620
-   19 F     0.6427
-   20 S     0.5807
-   21 D     0.5707
-   22 L     0.5382
-   23 W     0.5342
-   24 K     0.4476
-   25 L     0.5296
-   26 L     0.5254
-   27 P     0.5211
-   28 E     0.4725
-   29 N     0.4330
-   30 N     0.5533
-   31 V     0.5854
-   32 L     0.4864
-   33 S     0.5139
-   34 P     0.5533
-   35 L     0.5577
-   36 P     0.6576
-   37 S     0.7547
-   38 Q     0.7595
-   39 A     0.6322
-   40 M     0.6531
-   41 D     0.6576
-   42 D     0.6043
-   43 L     0.5533
-   44 M     0.5665
-   45 L     0.5620
-   46 S     0.6755
-   47 P     0.6712
-   48 D     0.6906
-   49 D     0.6906
-   50 I     0.7459
-   51 E     0.8013
-   52 Q     0.7505
-   53 W     0.7459
-   54 F     0.8050
-   55 T     0.8013
-   56 E     0.8792
-   57 D     0.8966
-   58 P     0.8655
-   59 G     0.8198
-   60 P     0.8198
-   61 D     0.9013
-   62 E     0.8421
-   63 A     0.8013
-   64 P     0.9013
-   65 R     0.9415
-   66 M     0.9488
-   67 P     0.9269
-   68 E     0.9013
-   69 A     0.9013
-   70 A     0.8991
-   71 P     0.8991
-   72 P     0.8681
-   73 V     0.8313
-   74 A     0.8713
-   75 P     0.8313
-   76 A     0.8565
-   77 P     0.8655
-   78 A     0.8655
-   79 A     0.8462
-   80 P     0.7718
-   81 T     0.8162
-   82 P     0.7250
-   83 A     0.6948
-   84 A     0.7547
-   85 P     0.7718
-   86 A     0.6851
-   87 P     0.7369
-   88 A     0.7080
-   89 P     0.7505
-   90 S     0.7672
-   91 W     0.7459
-   92 P     0.6269
-   93 L     0.6183
-   94 S     0.6531
-   95 S     0.6712
-   96 S     0.5296
-   97 V     0.5577
-   98 P     0.4292
-   99 S     0.4476
-  100 Q     0.3667
-  101 K     0.3740
-  102 T     0.3704
-  103 Y     0.2884
-  104 Q     0.3392
-  105 G     0.3392
-  106 S     0.3460
-  107 Y     0.3529
-  108 G     0.3807
-  109 F     0.3566
-  110 R     0.3566
-  111 L     0.2884
-  112 G     0.2988
-  113 F     0.2064
-  114 L     0.2988
-  115 H     0.2002
-  116 S     0.1942
-  117 G     0.2129
-  118 T     0.2817
-  119 A     0.2164
-  120 K     0.3182
-  121 S     0.3149
-  122 V     0.3460
-  123 T     0.2503
-  124 C     0.2470
-  125 T     0.3215
-  126 Y     0.2645
-  127 S     0.2470
-  128 P     0.2364
-  129 A     0.2364
-  130 L     0.1643
-  131 N     0.1823
-  132 K     0.1449
-  133 M     0.2002
-  134 F     0.1476
-  135 C     0.1476
-  136 Q     0.1115
-  137 L     0.1881
-  138 A     0.1881
-  139 K     0.1731
-  140 T     0.2034
-  141 C     0.2817
-  142 P     0.2884
-  143 V     0.2951
-  144 Q     0.3286
-  145 L     0.4220
-  146 W     0.4685
-  147 V     0.4582
-  148 D     0.4979
-  149 S     0.4864
-  150 T     0.4685
-  151 P     0.3948
-  152 P     0.4119
-  153 P     0.3910
-  154 G     0.4507
-  155 T     0.4292
-  156 R     0.5017
-  157 V     0.6089
-  158 R     0.6269
-  159 A     0.6089
-  160 M     0.6322
-  161 A     0.5620
-  162 I     0.4831
-  163 Y     0.4685
-  164 K     0.4541
-  165 Q     0.3356
-  166 S     0.3494
-  167 Q     0.3426
-  168 H     0.3840
-  169 M     0.3910
-  170 T     0.4186
-  171 E     0.3286
-  172 V     0.3460
-  173 V     0.4220
-  174 R     0.5098
-  175 R     0.5176
-  176 C     0.5017
-  177 P     0.4409
-  178 H     0.4051
-  179 H     0.4256
-  180 E     0.4801
-  181 R     0.4831
-  182 C     0.4652
-  183 S     0.4541
-  184 D     0.4409
-  185 S     0.4369
-  186 D     0.3840
-  187 G     0.5139
-  188 L     0.4901
-  189 A     0.5017
-  190 P     0.4409
-  191 P     0.4292
-  192 Q     0.3774
-  193 H     0.5139
-  194 L     0.4369
-  195 I     0.3667
-  196 R     0.3774
-  197 V     0.3740
-  198 E     0.3774
-  199 G     0.4476
-  200 N     0.4766
-  201 L     0.3667
-  202 R     0.3460
-  203 V     0.3426
-  204 E     0.3426
-  205 Y     0.3599
-  206 L     0.3840
-  207 D     0.3392
-  208 D     0.4051
-  209 R     0.3249
-  210 N     0.3356
-  211 T     0.3494
-  212 F     0.4292
-  213 R     0.4369
-  214 H     0.4409
-  215 S     0.4330
-  216 V     0.5139
-  217 V     0.5992
-  218 V     0.4619
-  219 P     0.4582
-  220 Y     0.4619
-  221 E     0.3910
-  222 P     0.3910
-  223 P     0.4087
-  224 E     0.4119
-  225 V     0.3426
-  226 G     0.3286
-  227 S     0.2680
-  228 D     0.3149
-  229 C     0.3566
-  230 T     0.3392
-  231 T     0.3117
-  232 I     0.2849
-  233 H     0.2680
-  234 Y     0.2503
-  235 N     0.2258
-  236 Y     0.2783
-  237 M     0.2752
-  238 C     0.2752
-  239 N     0.2884
-  240 S     0.3426
-  241 S     0.2849
-  242 C     0.2849
-  243 M     0.2884
-  244 G     0.2258
-  245 G     0.3019
-  246 M     0.2364
-  247 N     0.3149
-  248 R     0.3356
-  249 R     0.4441
-  250 P     0.4369
-  251 I     0.4369
-  252 L     0.4441
-  253 T     0.4940
-  254 I     0.4619
-  255 I     0.4619
-  256 T     0.4582
-  257 L     0.4831
-  258 E     0.4766
-  259 D     0.3948
-  260 S     0.4017
-  261 S     0.3356
-  262 G     0.3948
-  263 N     0.4087
-  264 L     0.2988
-  265 L     0.3426
-  266 G     0.3053
-  267 R     0.3249
-  268 N     0.3840
-  269 S     0.3774
-  270 F     0.3774
-  271 E     0.3774
-  272 V     0.3774
-  273 R     0.3807
-  274 V     0.3807
-  275 C     0.4369
-  276 A     0.4979
-  277 C     0.5055
-  278 P     0.4541
-  279 G     0.4476
-  280 R     0.4441
-  281 D     0.5296
-  282 R     0.5211
-  283 R     0.5807
-  284 T     0.6183
-  285 E     0.6851
-  286 E     0.8162
-  287 E     0.8375
-  288 N     0.8828
-  289 L     0.8828
-  290 R     0.8991
-  291 K     0.8991
-  292 K     0.8942
-  293 G     0.8966
-  294 E     0.8942
-  295 P     0.8920
-  296 H     0.8765
-  297 H     0.8235
-  298 E     0.8421
-  299 L     0.8421
-  300 P     0.8942
-  301 P     0.8942
-  302 G     0.8966
-  303 S     0.8991
-  304 T     0.8966
-  305 K     0.9081
-  306 R     0.9013
-  307 A     0.9126
-  308 L     0.9057
-  309 P     0.8991
-  310 N     0.9287
-  311 N     0.9308
-  312 T     0.8828
-  313 S     0.8853
-  314 S     0.8853
-  315 S     0.8872
-  316 P     0.8313
-  317 Q     0.7459
-  318 P     0.7672
-  319 K     0.7672
-  320 K     0.7547
-  321 K     0.6806
-  322 P     0.6712
-  323 L     0.6661
-  324 D     0.6755
-  325 G     0.6806
-  326 E     0.6906
-  327 Y     0.5577
-  328 F     0.5456
-  329 T     0.5098
-  330 L     0.4369
-  331 Q     0.4441
-  332 I     0.4541
-  333 R     0.3807
-  334 G     0.4409
-  335 R     0.4409
-  336 E     0.4292
-  337 R     0.3740
-  338 F     0.4476
-  339 E     0.4725
-  340 M     0.4685
-  341 F     0.5254
-  342 R     0.4940
-  343 E     0.5758
-  344 L     0.5620
-  345 N     0.5665
-  346 E     0.5620
-  347 A     0.5577
-  348 L     0.5901
-  349 E     0.6991
-  350 L     0.6991
-  351 K     0.7080
-  352 D     0.7951
-  353 A     0.7799
-  354 Q     0.7916
-  355 A     0.8421
-  356 G     0.8313
-  357 K     0.8421
-  358 E     0.8125
-  359 P     0.8596
-  360 G     0.8565
-  361 G     0.8920
-  362 S     0.8920
-  363 R     0.8942
-  364 A     0.9151
-  365 H     0.9057
-  366 S     0.9151
-  367 S     0.9126
-  368 H     0.9151
-  369 L     0.9230
-  370 K     0.9039
-  371 S     0.8991
-  372 K     0.8681
-  373 K     0.8681
-  374 G     0.7982
-  375 Q     0.8085
-  376 S     0.7951
-  377 T     0.7982
-  378 S     0.8050
-  379 R     0.8198
-  380 H     0.8655
-  381 K     0.8681
-  382 K     0.8713
-  383 L     0.8655
-  384 M     0.8655
-  385 F     0.8596
-  386 K     0.8343
-  387 T     0.8313
-  388 E     0.8235
-  389 G     0.8162
-  390 P     0.8085
-  391 D     0.7755
-  392 S     0.7718
-  393 D     0.7629