JWS-50 refactored the valid AACon method parameters as a series of options in the...
authorJim Procter <jprocter@compbio.dundee.ac.uk>
Mon, 17 Jun 2013 15:41:44 +0000 (16:41 +0100)
committerJim Procter <jprocter@compbio.dundee.ac.uk>
Mon, 17 Jun 2013 15:41:44 +0000 (16:41 +0100)
conf/settings/AAConParameters.xml

index e2d6543..ac75e6b 100644 (file)
                Negative results first converted to positive by adding a greatest absolute \r
                result value.</description>\r
                <optionNames>-n</optionNames>\r
+               <defaultValue>-n</defaultValue>\r
                <furtherDetails>prog_docs/aacon.txt</furtherDetails>\r
        </options>\r
+             <options><name>KABAT</name><description></description><optionNames>-m=KABAT</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#KABAT</furtherDetails></options>\r
+        <options><name>JORES</name><description></description><optionNames>-m=JORES</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#JORES</furtherDetails></options>\r
+    <options><name>SCHNEIDER</name><description></description><optionNames>-m=SCHNEIDER</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#SCHNEIDER</furtherDetails></options>\r
+    <options><name>SHENKIN</name><description></description><optionNames>-m=SHENKIN</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#SHENKIN</furtherDetails><defaultValue>-m=SHENKIN</defaultValue></options>\r
+    <options><name>GERSTEIN</name><description></description><optionNames>-m=GERSTEIN</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#GERSTEIN</furtherDetails></options>\r
+    <options><name>TAYLOR_GAPS</name><description></description><optionNames>-m=TAYLOR_GAPS</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#TAYLOR_GAPS</furtherDetails></options>\r
+    <options><name>TAYLOR_NO_GAPS</name><description></description><optionNames>-m=TAYLOR_NO_GAPS</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#TAYLOR_NO_GAPS</furtherDetails></options> \r
+        <options><name>ZVELIBIL</name><description></description><optionNames>-m=ZVELIBIL</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#ZVELIBIL</furtherDetails></options>\r
+        <options><name>KARLIN</name><description></description><optionNames>-m=KARLIN</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#KARLIN</furtherDetails></options>\r
+    <options><name>ARMON</name><description></description><optionNames>-m=ARMON</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#ARMON</furtherDetails></options>\r
+    <options><name>THOMPSON</name><description></description><optionNames>-m=THOMPSON</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#THOMPSON</furtherDetails></options>\r
+    <options><name>NOT_LANCET</name><description></description><optionNames>-m=NOT_LANCET</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#NOT_LANCET</furtherDetails></options>\r
+    <options><name>MIRNY</name><description></description><optionNames>-m=MIRNY</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#MIRNY</furtherDetails></options>\r
+    <options><name>WILLIAMSON</name><description></description><optionNames>-m=WILLIAMSON</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#WILLIAMSON</furtherDetails></options> \r
+        <options><name>LANDGRAF</name><description></description><optionNames>-m=LANDGRAF</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#LANDGRAF</furtherDetails></options>\r
+        <options><name>SANDER</name><description></description><optionNames>-m=SANDER</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#SANDER</furtherDetails></options>\r
+        <options><name>VALDAR</name><description></description><optionNames>-m=VALDAR</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#VALDAR</furtherDetails></options>\r
+        <options><name>SMERFS</name><description></description><optionNames>-m=SMERFS</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#SMERFS</furtherDetails></options>\r
+       \r
        <prmSeparator>=</prmSeparator>\r
        <parameters>\r
-               <name>Calculation method</name>\r
-               <description>The method of the calculation to use</description>\r
-               <optionNames>-m</optionNames>\r
-               <furtherDetails>prog_docs/aacon.txt</furtherDetails>\r
-               <defaultValue>SHENKIN</defaultValue>\r
-        <possibleValues>KABAT</possibleValues>\r
-        <possibleValues>JORES</possibleValues>\r
-               <possibleValues>SCHNEIDER</possibleValues>\r
-               <possibleValues>SHENKIN</possibleValues>\r
-               <possibleValues>GERSTEIN</possibleValues>\r
-               <possibleValues>TAYLOR_GAPS</possibleValues>\r
-               <possibleValues>TAYLOR_NO_GAPS</possibleValues> \r
-        <possibleValues>ZVELIBIL</possibleValues>\r
-        <possibleValues>KARLIN</possibleValues>\r
-               <possibleValues>ARMON</possibleValues>\r
-               <possibleValues>THOMPSON</possibleValues>\r
-               <possibleValues>NOT_LANCET</possibleValues>\r
-               <possibleValues>MIRNY</possibleValues>\r
-               <possibleValues>WILLIAMSON</possibleValues> \r
-        <possibleValues>LANDGRAF</possibleValues>\r
-        <possibleValues>SANDER</possibleValues>\r
-        <possibleValues>VALDAR</possibleValues>\r
-        <possibleValues>SMERFS</possibleValues>\r
-       </parameters>\r
-       <parameters>\r
                <name>SMERFS Window Width</name>\r
                <description>The width of the window for SMERFS. Optional, defaults to 7</description>\r
                <optionNames>-smerfsWW</optionNames>\r