git://source.jalview.org / jabaws.git / commitdiff
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summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | patch | inline | side by side (parent: d545e4c)
Update manual and other static html page for JABAWS 2.0.1
authorSasha <Main-laptop2>
Fri, 28 Jun 2013 14:20:32 +0000 (15:20 +0100)
committerSasha <Main-laptop2>
Fri, 28 Jun 2013 14:20:32 +0000 (15:20 +0100)
19 files changed:
website/contacts.html patch | blob | history
website/develhome.html patch | blob | history
website/index.html patch | blob | history
website/man_about.html patch | blob | history
website/man_awscloud.html patch | blob | history
website/man_awscloud_bs.html patch | blob | history
website/man_awscloud_ec2.html patch | blob | history
website/man_client.html patch | blob | history
website/man_configuration.html patch | blob | history
website/man_dev.html patch | blob | history
website/man_server_dev.html patch | blob | history
website/man_servervm.html patch | blob | history
website/man_serverwar.html patch | blob | history
website/man_stats.html patch | blob | history
website/manual_qs_amazon.html patch | blob | history
website/manual_qs_client.html patch | blob | history
website/manual_qs_va.html patch | blob | history
website/manual_qs_war.html patch | blob | history
website/quick_start.html patch | blob | history

diff --git a/website/contacts.html b/website/contacts.html
index 778285f..dce1e20 100644 (file)
--- a/website/contacts.html
+++ b/website/contacts.html
@@ -16,7 +16,7 @@
 <table>\r
   <tr>\r
     <td style="width:158px;"><a href="http://www.dundee.ac.uk"><img src="images/uod_lt_long.gif" width="158" height="90" alt="University of Dundee" class="logo" title="University of Dundee" longdesc="http://www.dundee.ac.uk"/></a></td>\r
-    <td class="bg"><img src="images/jabaws201-2.png" width="263" height="60" alt="JABAWS-2.0.01" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.0.1"/></td>\r
+    <td class="bg"><img src="images/jabaws201-2.png" width="263" height="60" alt="JABAWS-2.0.1" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.0.1"/></td>\r
     <td class="bg"><img src="images/banner_right.png" alt="Disorder" width="200" height="80"/></td>\r
   </tr>\r
 </table>\r
@@ -71,4 +71,3 @@ pageTracker._trackPageview();
 </div> <!-- page end-->\r
 </body>\r
 </html>\r
-\r
diff --git a/website/develhome.html b/website/develhome.html
index 5788ce2..4ac519d 100644 (file)
--- a/website/develhome.html
+++ b/website/develhome.html
@@ -1,22 +1,21 @@
+<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>\r
 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">\r
 <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">\r
 <head>\r
 <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1" />\r
 <title>Java Bioinformatics Analyses Web Services (JABAWS) developers documentation</title>\r
-<link href="ws.css" rel="stylesheet" type="text/css" media="screen,  projection, handheld, tv" />\r
+<link href="ws.css" rel="stylesheet" type="text/css" media="screen,projection, handheld, tv" />\r
 <link rel="stylesheet" type="text/css" media="print" href="print.css"/>\r
-\r
 <script type="text/javascript" src="prototype-1.6.0.3.js"></script>\r
-\r
 </head>\r
+\r
 <body>\r
 <div id="page">\r
-\r
 <div id="banner">\r
 <table>\r
   <tr>\r
     <td style="width:158px;"><a href="http://www.dundee.ac.uk"><img src="images/uod_lt_long.gif" width="158" height="90" alt="University of Dundee" class="logo" title="University of Dundee" longdesc="http://www.dundee.ac.uk"/></a></td>\r
-    <td class="bg"><img src="images/jabaws201-2.png" width="263" height="60" alt="JABAWS-2.0.01" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.0.1"/></td>\r
+    <td class="bg"><img src="images/jabaws201-2.png" width="263" height="60" alt="JABAWS-2.0.1" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.0.1"/></td>\r
     <td class="bg"><img src="images/banner_right.png" alt="Disorder" width="200" height="80"/></td>\r
   </tr>\r
 </table>\r
@@ -30,8 +29,8 @@
 <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/user/www-jws2/wbstat" title="http://www.compbio.dundee.ac.uk/user/www-jws2/wbstat" rel="nofollow">Webalizer Access Stats</a>\r
 <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/user/www-jws2/awstat_index.html" title="http://www.compbio.dundee.ac.uk/user/www-jws2" rel="nofollow">Awstat Access Stats</a></div>\r
 <!-- panel end-->\r
-<div id="content">\r
 \r
+<div id="content">\r
   <h4>JABAWS Javadoc</h4>\r
   <p><a href="dm_javadoc/index.html">Data model</a> javadoc- read this if your are coding against JABA Web Services</p>\r
   <p><a href="full_javadoc/index.html">Complete</a> javadoc - for developers who want to use JABAWS framework and use Engines and Executables directly</p>\r
@@ -110,12 +109,12 @@ Several testing groups are supported:
 <p>must be replaced with an actual server URL including the web services context path. For example: </p>\r
 <p class="code">http://www.compbio.ac.uk:8080/ws</p>\r
 <p>JABAWS are the standard JAX-WS web services, which are WS-I basic profile compatible. </p>\r
-</div>\r
-<!-- content end--> \r
-<div id="copyright">Last update: 16 September 2011<br/>\r
-  Peter Troshin, The Barton Group, University of Dundee, UK</div>\r
+</div><!-- content end--> \r
+<div id="copyright">Last update: 28 June 2013<br/>Peter Troshin, Jim Procter and Geoff Barton, The Barton Group, University of Dundee, UK</div>\r
 </div><!-- wrapper end-->\r
 </div> <!-- page end-->\r
+\r
+\r
 <!-- Google analitics -->\r
 <script type="text/javascript">\r
 var gaJsHost = (("https:" == document.location.protocol) ? "https://ssl." : "http://www.");\r
@@ -129,4 +128,3 @@ pageTracker._trackPageview();
 </script>\r
 </body>\r
 </html>\r
-\r
diff --git a/website/index.html b/website/index.html
index 157bf88..e193b2d 100644 (file)
--- a/website/index.html
+++ b/website/index.html
@@ -2,6 +2,7 @@
 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN"\r
 "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">\r
 <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">\r
+\r
 <head>\r
 <meta name="Last-modified" content="Mon, 4 Apr 2011 12:00:00 GMT"/>\r
 <title>Java Bioinformatics Analyses Web Services (JABAWS) main page</title>\r
@@ -12,15 +13,13 @@
 </style>\r
 </head>\r
 \r
-\r
 <body>\r
 <div id="page">\r
-\r
 <div id="banner">\r
 <table>\r
   <tr>\r
     <td style="width:158px;"><a href="http://www.dundee.ac.uk"><img src="images/uod_lt_long.gif" width="158" height="90" alt="University of Dundee" class="logo" title="University of Dundee" longdesc="http://www.dundee.ac.uk"/></a></td>\r
-    <td class="bg"><img src="images/jabaws201-2.png" width="263" height="60" alt="JABAWS-2.0.01" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.0.1"/></td>\r
+    <td class="bg"><img src="images/jabaws201-2.png" width="263" height="60" alt="JABAWS-2.0.1" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.0.1"/></td>\r
     <td class="bg"><img src="images/banner_right.png" alt="Disorder" width="200" height="80"/></td>\r
   </tr>\r
 </table>\r
@@ -129,15 +128,10 @@ title="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/ClustalWS?" rel=
 Multiple Sequence Alignment - JABAWS:MSA&quot; <span class="i">Bioinformatics</span> 2011; \r
 <a href="http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/early/2011/05/18/bioinformatics.btr304.abstract?keytype=ref&amp;ijkey=gd0DwuYBzFRhe4T">\r
 doi: 10.1093/bioinformatics/btr304</a>.</p>\r
-</div>\r
-\r
-<!-- content end-->\r
-<div id="copyright">Last update: 28 June 2013<br />\r
- This site is best viewed in Firefox 3.6, Google Chrome 10, Internet Explorer 8 or above </div>\r
-</div>\r
-\r
-<!-- wrapper end-->\r
-</div>\r
+</div><!-- content end-->\r
+<div id="copyright">Last update: 28 June 2013<br /> This site is best viewed in Firefox 3.6, Google Chrome 10, Internet Explorer 8 or above </div>\r
+</div><!-- wrapper end-->\r
+</div><!-- page end-->\r
 \r
 \r
 <!-- Google analitics -->\r
@@ -154,4 +148,3 @@ pageTracker._trackPageview();
 <!-- page end-->\r
 </body>\r
 </html>\r
-\r
diff --git a/website/man_about.html b/website/man_about.html
index c558353..3ab892d 100644 (file)
--- a/website/man_about.html
+++ b/website/man_about.html
@@ -18,7 +18,7 @@
 <table>\r
   <tr>\r
     <td style="width:158px;"><a href="http://www.dundee.ac.uk"><img src="images/uod_lt_long.gif" width="158" height="90" alt="University of Dundee" class="logo" title="University of Dundee" longdesc="http://www.dundee.ac.uk"/></a></td>\r
-    <td class="bg"><img src="images/jabaws201-2.png" width="263" height="60" alt="JABAWS-2.0.01" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.0.1"/></td>\r
+    <td class="bg"><img src="images/jabaws201-2.png" width="263" height="60" alt="JABAWS-2.0.1" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.0.1"/></td>\r
     <td class="bg"><img src="images/banner_right.png" alt="Disorder" width="200" height="80"/></td>\r
   </tr>\r
 </table>\r
@@ -158,19 +158,12 @@ This package is based on the autogenerated source code produced by <span class="
 is the Java tool for creating web service bindings; but in addition, offers some additional methods which simplify \r
 working with JABAWS. For more information please refer to the <a href="dm_javadoc/index.html">data model javadoc</a>.\r
 </p>\r
-</div> \r
-<!-- about end-->\r
-<!-- content end--> \r
+</div><!-- content end-->\r
+<div id="copyright">Last update: 28 June 2013<br/>Peter Troshin, Jim Procter and Geoff Barton, The Barton Group, University of Dundee, UK</div>\r
+</div><!-- wrapper end-->\r
+</div><!-- page end-->\r
 \r
 \r
-<div id="copyright">Last update: 16 September 2011<br /> Peter Troshin, Jim Procter and Geoff Barton, The Barton Group, University of\r
-Dundee, UK</div>\r
-</div>\r
-\r
-<!-- wrapper end-->\r
-</div>\r
-<!-- page end-->\r
-\r
 <!-- Google analitics -->\r
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@@ -184,4 +177,3 @@ pageTracker._trackPageview();
 </script>\r
 </body>\r
 </html>\r
-\r
diff --git a/website/man_awscloud.html b/website/man_awscloud.html
index 2ec115c..15fdd88 100644 (file)
--- a/website/man_awscloud.html
+++ b/website/man_awscloud.html
@@ -16,7 +16,7 @@
 <table>\r
   <tr>\r
     <td style="width:158px;"><a href="http://www.dundee.ac.uk"><img src="images/uod_lt_long.gif" width="158" height="90" alt="University of Dundee" class="logo" title="University of Dundee" longdesc="http://www.dundee.ac.uk"/></a></td>\r
-    <td class="bg"><img src="images/jabaws201-2.png" width="263" height="60" alt="JABAWS-2.0.01" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.0.1"/></td>\r
+    <td class="bg"><img src="images/jabaws201-2.png" width="263" height="60" alt="JABAWS-2.0.1" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.0.1"/></td>\r
     <td class="bg"><img src="images/banner_right.png" alt="Disorder" width="200" height="80"/></td>\r
   </tr>\r
 </table>\r
@@ -72,6 +72,7 @@
 </div><!-- wrapper end-->\r
 </div><!-- page end-->\r
 \r
+\r
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 var gaJsHost = (("https:" == document.location.protocol) ? "https://ssl." : "http://www.");\r
@@ -85,4 +86,3 @@ pageTracker._trackPageview();
 </script>\r
 </body>\r
 </html>\r
-\r
diff --git a/website/man_awscloud_bs.html b/website/man_awscloud_bs.html
index 049a966..637996e 100644 (file)
--- a/website/man_awscloud_bs.html
+++ b/website/man_awscloud_bs.html
@@ -17,7 +17,7 @@
 <table>\r
   <tr>\r
     <td style="width:158px;"><a href="http://www.dundee.ac.uk"><img src="images/uod_lt_long.gif" width="158" height="90" alt="University of Dundee" class="logo" title="University of Dundee" longdesc="http://www.dundee.ac.uk"/></a></td>\r
-    <td class="bg"><img src="images/jabaws201-2.png" width="263" height="60" alt="JABAWS-2.0.01" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.0.1"/></td>\r
+    <td class="bg"><img src="images/jabaws201-2.png" width="263" height="60" alt="JABAWS-2.0.1" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.0.1"/></td>\r
     <td class="bg"><img src="images/banner_right.png" alt="Disorder" width="200" height="80"/></td>\r
   </tr>\r
 </table>\r
@@ -75,6 +75,7 @@
 </div><!-- wrapper end-->\r
 </div><!-- page end-->\r
 \r
+\r
 <!-- Google analitics -->\r
 <script type="text/javascript">\r
 var gaJsHost = (("https:" == document.location.protocol) ? "https://ssl." : "http://www.");\r
@@ -88,4 +89,3 @@ pageTracker._trackPageview();
 </script>\r
 </body>\r
 </html>\r
-\r
diff --git a/website/man_awscloud_ec2.html b/website/man_awscloud_ec2.html
index 3e318bd..1ab14c1 100644 (file)
--- a/website/man_awscloud_ec2.html
+++ b/website/man_awscloud_ec2.html
@@ -17,7 +17,7 @@
 <table>\r
   <tr>\r
     <td style="width:158px;"><a href="http://www.dundee.ac.uk"><img src="images/uod_lt_long.gif" width="158" height="90" alt="University of Dundee" class="logo" title="University of Dundee" longdesc="http://www.dundee.ac.uk"/></a></td>\r
-    <td class="bg"><img src="images/jabaws201-2.png" width="263" height="60" alt="JABAWS-2.0.01" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.0.1"/></td>\r
+    <td class="bg"><img src="images/jabaws201-2.png" width="263" height="60" alt="JABAWS-2.0.1" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.0.1"/></td>\r
     <td class="bg"><img src="images/banner_right.png" alt="Disorder" width="200" height="80"/></td>\r
   </tr>\r
 </table>\r
@@ -82,16 +82,11 @@
 </ol>\r
 <p>If you need to run JABAWS for large organization you might want to configure load balancer and auto scaling. Please get in contact with us if you are interested in exploring such configurations. </p>\r
 <p>&nbsp;</p>\r
-</div>   <!-- end of jabaws_on_cloud div -->\r
-</div>\r
-<!-- content end-->\r
-<div id="copyright">Last update: 16 September 2011<br />Peter Troshin, Jim Procter and Geoff Barton, The Barton Group, University of\r
-Dundee, UK</div>\r
-</div>\r
-\r
-<!-- wrapper end-->\r
-</div>\r
-<!-- page end-->\r
+</div><!-- end of jabaws_on_cloud div -->\r
+</div><!-- content end-->\r
+<div id="copyright">Last update: 28 June 2013<br/>Peter Troshin, Jim Procter and Geoff Barton, The Barton Group, University of Dundee, UK</div>\r
+</div><!-- wrapper end-->\r
+</div><!-- page end-->\r
 \r
 \r
 <!-- Google analitics -->\r
@@ -107,4 +102,3 @@ pageTracker._trackPageview();
 </script>\r
 </body>\r
 </html>\r
-\r
diff --git a/website/man_client.html b/website/man_client.html
index 955dd2b..66550b0 100644 (file)
--- a/website/man_client.html
+++ b/website/man_client.html
@@ -16,7 +16,7 @@
 <table>\r
   <tr>\r
     <td style="width:158px;"><a href="http://www.dundee.ac.uk"><img src="images/uod_lt_long.gif" width="158" height="90" alt="University of Dundee" class="logo" title="University of Dundee" longdesc="http://www.dundee.ac.uk"/></a></td>\r
-    <td class="bg"><img src="images/jabaws201-2.png" width="263" height="60" alt="JABAWS-2.0.01" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.0.1"/></td>\r
+    <td class="bg"><img src="images/jabaws201-2.png" width="263" height="60" alt="JABAWS-2.0.1" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.0.1"/></td>\r
     <td class="bg"><img src="images/banner_right.png" alt="Disorder" width="200" height="80"/></td>\r
   </tr>\r
 </table>\r
@@ -95,6 +95,7 @@ Please note that -r and -f options cannot be used together. Alignment is done wi
 </div><!-- wrapper end-->\r
 </div><!-- page end-->\r
 \r
+\r
 <!-- Google analitics -->\r
 <script type="text/javascript">\r
 var gaJsHost = (("https:" == document.location.protocol) ? "https://ssl." : "http://www.");\r
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 </script>\r
 </body>\r
 </html>\r
-\r
diff --git a/website/man_configuration.html b/website/man_configuration.html
index b2e6a02..2ce17a8 100644 (file)
--- a/website/man_configuration.html
+++ b/website/man_configuration.html
@@ -16,7 +16,7 @@
 <table>\r
   <tr>\r
     <td style="width:158px;"><a href="http://www.dundee.ac.uk"><img src="images/uod_lt_long.gif" width="158" height="90" alt="University of Dundee" class="logo" title="University of Dundee" longdesc="http://www.dundee.ac.uk"/></a></td>\r
-    <td class="bg"><img src="images/jabaws201-2.png" width="263" height="60" alt="JABAWS-2.0.01" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.0.1"/></td>\r
+    <td class="bg"><img src="images/jabaws201-2.png" width="263" height="60" alt="JABAWS-2.0.1" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.0.1"/></td>\r
     <td class="bg"><img src="images/banner_right.png" alt="Disorder" width="200" height="80"/></td>\r
   </tr>\r
 </table>\r
@@ -417,6 +417,7 @@ class="hightlight">log4j.properties</span> and uncomment section of
 </div><!-- wrapper end-->\r
 </div><!-- page end-->\r
 \r
+\r
 <!-- Google analitics -->\r
 <script type="text/javascript">\r
 var gaJsHost = (("https:" == document.location.protocol) ? "https://ssl." : "http://www.");\r
@@ -430,4 +431,3 @@ pageTracker._trackPageview();
 </script>\r
 </body>\r
 </html>\r
-\r
diff --git a/website/man_dev.html b/website/man_dev.html
index d9dd3c6..2c41932 100644 (file)
--- a/website/man_dev.html
+++ b/website/man_dev.html
@@ -16,7 +16,7 @@
 <table>\r
   <tr>\r
     <td style="width:158px;"><a href="http://www.dundee.ac.uk"><img src="images/uod_lt_long.gif" width="158" height="90" alt="University of Dundee" class="logo" title="University of Dundee" longdesc="http://www.dundee.ac.uk"/></a></td>\r
-    <td class="bg"><img src="images/jabaws201-2.png" width="263" height="60" alt="JABAWS-2.0.01" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.0.1"/></td>\r
+    <td class="bg"><img src="images/jabaws201-2.png" width="263" height="60" alt="JABAWS-2.0.1" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.0.1"/></td>\r
     <td class="bg"><img src="images/banner_right.png" alt="Disorder" width="200" height="80"/></td>\r
   </tr>\r
 </table>\r
@@ -370,4 +370,3 @@ pageTracker._trackPageview();
 </script>\r
 </body>\r
 </html>\r
-\r
diff --git a/website/man_server_dev.html b/website/man_server_dev.html
index f1e61ba..993589c 100644 (file)
--- a/website/man_server_dev.html
+++ b/website/man_server_dev.html
@@ -15,7 +15,7 @@
 <table>\r
   <tr>\r
     <td style="width:158px;"><a href="http://www.dundee.ac.uk"><img src="images/uod_lt_long.gif" width="158" height="90" alt="University of Dundee" class="logo" title="University of Dundee" longdesc="http://www.dundee.ac.uk"/></a></td>\r
-    <td class="bg"><img src="images/jabaws201-2.png" width="263" height="60" alt="JABAWS-2.0.01" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.0.1"/></td>\r
+    <td class="bg"><img src="images/jabaws201-2.png" width="263" height="60" alt="JABAWS-2.0.1" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.0.1"/></td>\r
     <td class="bg"><img src="images/banner_right.png" alt="Disorder" width="200" height="80"/></td>\r
   </tr>\r
 </table>\r
@@ -228,5 +228,3 @@ pageTracker._trackPageview();
 </script>\r
 </body>\r
 </html>\r
-\r
-\r
diff --git a/website/man_servervm.html b/website/man_servervm.html
index 649fc02..4c6d349 100644 (file)
--- a/website/man_servervm.html
+++ b/website/man_servervm.html
@@ -16,7 +16,7 @@
 <table>\r
   <tr>\r
     <td style="width:158px;"><a href="http://www.dundee.ac.uk"><img src="images/uod_lt_long.gif" width="158" height="90" alt="University of Dundee" class="logo" title="University of Dundee" longdesc="http://www.dundee.ac.uk"/></a></td>\r
-    <td class="bg"><img src="images/jabaws201-2.png" width="263" height="60" alt="JABAWS-2.0.01" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.0.1"/></td>\r
+    <td class="bg"><img src="images/jabaws201-2.png" width="263" height="60" alt="JABAWS-2.0.1" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.0.1"/></td>\r
     <td class="bg"><img src="images/banner_right.png" alt="Disorder" width="200" height="80"/></td>\r
   </tr>\r
 </table>\r
@@ -146,6 +146,7 @@ but for most production environments, the JABAWS WAR distribution will be  easie
 </div><!-- wrapper end-->\r
 </div><!-- page end-->\r
 \r
+\r
 <!-- Google analitics -->\r
 <script type="text/javascript">\r
 var gaJsHost = (("https:" == document.location.protocol) ? "https://ssl." : "http://www.");\r
@@ -159,4 +160,3 @@ pageTracker._trackPageview();
 </script>\r
 </body>\r
 </html>\r
-\r
diff --git a/website/man_serverwar.html b/website/man_serverwar.html
index 1e5403c..11fb7e7 100644 (file)
--- a/website/man_serverwar.html
+++ b/website/man_serverwar.html
@@ -16,7 +16,7 @@
 <table>\r
   <tr>\r
     <td style="width:158px;"><a href="http://www.dundee.ac.uk"><img src="images/uod_lt_long.gif" width="158" height="90" alt="University of Dundee" class="logo" title="University of Dundee" longdesc="http://www.dundee.ac.uk"/></a></td>\r
-    <td class="bg"><img src="images/jabaws201-2.png" width="263" height="60" alt="JABAWS-2.0.01" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.0.1"/></td>\r
+    <td class="bg"><img src="images/jabaws201-2.png" width="263" height="60" alt="JABAWS-2.0.1" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.0.1"/></td>\r
     <td class="bg"><img src="images/banner_right.png" alt="Disorder" width="200" height="80"/></td>\r
   </tr>\r
 </table>\r
@@ -254,4 +254,3 @@ pageTracker._trackPageview();
 </script>\r
 </body>\r
 </html>\r
-\r
diff --git a/website/man_stats.html b/website/man_stats.html
index 4558da2..356ce90 100644 (file)
--- a/website/man_stats.html
+++ b/website/man_stats.html
@@ -16,7 +16,7 @@
 <table>\r
   <tr>\r
     <td style="width:158px;"><a href="http://www.dundee.ac.uk"><img src="images/uod_lt_long.gif" width="158" height="90" alt="University of Dundee" class="logo" title="University of Dundee" longdesc="http://www.dundee.ac.uk"/></a></td>\r
-    <td class="bg"><img src="images/jabaws201-2.png" width="263" height="60" alt="JABAWS-2.0.01" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.0.1"/></td>\r
+    <td class="bg"><img src="images/jabaws201-2.png" width="263" height="60" alt="JABAWS-2.0.1" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.0.1"/></td>\r
     <td class="bg"><img src="images/banner_right.png" alt="Disorder" width="200" height="80"/></td>\r
   </tr>\r
 </table>\r
@@ -147,13 +147,11 @@ Each table contains the following information for each web service
 <p>For more information on users and roles please consult Apache-Tomcat help pages. </p>\r
 <p><br>\r
 </p>\r
-</div>\r
-<!-- content end-->\r
+</div><!-- content end-->\r
 <div id="copyright">Last update: 28 June 2013<br/>Peter Troshin, Jim Procter and Geoff Barton, The Barton Group, University of Dundee, UK</div>\r
-</div>\r
-<!-- wrapper end-->\r
-</div>\r
-<!-- page end-->\r
+</div><!-- wrapper end-->\r
+</div><!-- page end-->\r
+\r
 \r
 <!-- Google analitics -->\r
 <script type="text/javascript">\r
@@ -168,4 +166,3 @@ pageTracker._trackPageview();
 </script>\r
 </body>\r
 </html>\r
-\r
diff --git a/website/manual_qs_amazon.html b/website/manual_qs_amazon.html
index 92641ad..04d7fb5 100644 (file)
--- a/website/manual_qs_amazon.html
+++ b/website/manual_qs_amazon.html
@@ -15,7 +15,7 @@
 <table>\r
   <tr>\r
     <td style="width:158px;"><a href="http://www.dundee.ac.uk"><img src="images/uod_lt_long.gif" width="158" height="90" alt="University of Dundee" class="logo" title="University of Dundee" longdesc="http://www.dundee.ac.uk"/></a></td>\r
-    <td class="bg"><img src="images/jabaws201-2.png" width="263" height="60" alt="JABAWS-2.0.01" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.0.1"/></td>\r
+    <td class="bg"><img src="images/jabaws201-2.png" width="263" height="60" alt="JABAWS-2.0.1" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.0.1"/></td>\r
     <td class="bg"><img src="images/banner_right.png" alt="Disorder" width="200" height="80"/></td>\r
   </tr>\r
 </table>\r
@@ -76,7 +76,6 @@
 </div> <!-- page end-->\r
 \r
 \r
-\r
 <!-- Google analitics -->\r
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 var gaJsHost = (("https:" == document.location.protocol) ? "https://ssl." : "http://www.");\r
@@ -90,4 +89,3 @@ pageTracker._trackPageview();
 </script>\r
 </body>\r
 </html>\r
-\r
diff --git a/website/manual_qs_client.html b/website/manual_qs_client.html
index b245214..67ff7e5 100644 (file)
--- a/website/manual_qs_client.html
+++ b/website/manual_qs_client.html
@@ -15,7 +15,7 @@
 <table>\r
   <tr>\r
     <td style="width:158px;"><a href="http://www.dundee.ac.uk"><img src="images/uod_lt_long.gif" width="158" height="90" alt="University of Dundee" class="logo" title="University of Dundee" longdesc="http://www.dundee.ac.uk"/></a></td>\r
-    <td class="bg"><img src="images/jabaws201-2.png" width="263" height="60" alt="JABAWS-2.0.01" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.0.1"/></td>\r
+    <td class="bg"><img src="images/jabaws201-2.png" width="263" height="60" alt="JABAWS-2.0.1" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.0.1"/></td>\r
     <td class="bg"><img src="images/banner_right.png" alt="Disorder" width="200" height="80"/></td>\r
   </tr>\r
 </table>\r
@@ -80,15 +80,13 @@
   language that has libraries or functions for consuming interoperable SOAP web services.\r
   <!-- TODO Provide list of libraries for different languages -->\r
 </p>\r
-</div>\r
-<!-- about end-->\r
-</div>\r
-<!-- content end--> \r
-\r
+</div><!-- about end-->\r
+</div><!-- content end--> \r
 <div id="copyright">Last update: 28 June 2013<br/>Peter Troshin, Jim Procter and Geoff Barton, The Barton Group, University of Dundee, UK</div>\r
 </div><!-- wrapper end-->\r
 </div> <!-- page end-->\r
 \r
+\r
 <!-- Google analitics -->\r
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 var gaJsHost = (("https:" == document.location.protocol) ? "https://ssl." : "http://www.");\r
@@ -102,4 +100,3 @@ pageTracker._trackPageview();
 </script>\r
 </body>\r
 </html>\r
-\r
diff --git a/website/manual_qs_va.html b/website/manual_qs_va.html
index 881caa1..33a892f 100644 (file)
--- a/website/manual_qs_va.html
+++ b/website/manual_qs_va.html
@@ -15,7 +15,7 @@
 <table>\r
   <tr>\r
     <td style="width:158px;"><a href="http://www.dundee.ac.uk"><img src="images/uod_lt_long.gif" width="158" height="90" alt="University of Dundee" class="logo" title="University of Dundee" longdesc="http://www.dundee.ac.uk"/></a></td>\r
-    <td class="bg"><img src="images/jabaws201-2.png" width="263" height="60" alt="JABAWS-2.0.01" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.0.1"/></td>\r
+    <td class="bg"><img src="images/jabaws201-2.png" width="263" height="60" alt="JABAWS-2.0.1" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.0.1"/></td>\r
     <td class="bg"><img src="images/banner_right.png" alt="Disorder" width="200" height="80"/></td>\r
   </tr>\r
 </table>\r
@@ -93,7 +93,6 @@
 </div> <!-- page end-->\r
 \r
 \r
-\r
 <!-- Google analitics -->\r
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 var gaJsHost = (("https:" == document.location.protocol) ? "https://ssl." : "http://www.");\r
@@ -107,4 +106,3 @@ pageTracker._trackPageview();
 </script>\r
 </body>\r
 </html>\r
-\r
diff --git a/website/manual_qs_war.html b/website/manual_qs_war.html
index de3d9c1..d836ce0 100644 (file)
--- a/website/manual_qs_war.html
+++ b/website/manual_qs_war.html
@@ -99,12 +99,10 @@
 \r
 <!--  TODO put JABAWS CMD test instructions here -->\r
 </div> <!-- content end-->\r
-<!-- about end-->\r
 <div id="copyright">Last update: 28 June 2013<br/>Peter Troshin, Jim Procter and Geoff Barton, The Barton Group, University of Dundee, UK</div>\r
 </div><!-- wrapper end -->\r
 \r
 \r
-\r
 <!-- Google analitics -->\r
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@@ -119,4 +117,3 @@ pageTracker._trackPageview();
 </div> <!-- page end -->\r
 </body>\r
 </html>\r
-\r
diff --git a/website/quick_start.html b/website/quick_start.html
index 21794fa..2dc5cf2 100644 (file)
--- a/website/quick_start.html
+++ b/website/quick_start.html
@@ -58,16 +58,12 @@
   <td><a href="manual_qs_client.html#qsc">JABAWS Java Client</a></td>\r
 </tr>\r
 </table>\r
-<!-- about end-->\r
-</div>\r
-<!-- content end--> \r
-\r
+</div><!-- content end--> \r
 <div id="copyright">Last update: 28 June 2013<br/>Peter Troshin, Jim Procter and Geoff Barton, The Barton Group, University of Dundee, UK</div>\r
 </div><!-- wrapper end-->\r
 </div> <!-- page end-->\r
 \r
 \r
-\r
 <!-- Google analitics -->\r
 <script type="text/javascript">\r
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 </body>\r
 </html>\r
-\r