From: Jim Procter <jprocter@compbio.dundee.ac.uk>
Date: Mon, 17 Jun 2013 15:41:44 +0000 (+0100)
Subject: JWS-50 refactored the valid AACon method parameters as a series of options in the... 
X-Git-Url: http://source.jalview.org/gitweb/?a=commitdiff_plain;h=049fa19b59e71660235858d1cb6ff22506e1840e;p=jabaws.git

JWS-50 refactored the valid AACon method parameters as a series of options in the JABAWS config
---

diff --git a/conf/settings/AAConParameters.xml b/conf/settings/AAConParameters.xml
index e2d6543..ac75e6b 100644
--- a/conf/settings/AAConParameters.xml
+++ b/conf/settings/AAConParameters.xml
@@ -11,35 +11,30 @@
 	 	Negative results first converted to positive by adding a greatest absolute 
 	 	result value.</description>
 		<optionNames>-n</optionNames>
+		<defaultValue>-n</defaultValue>
 		<furtherDetails>prog_docs/aacon.txt</furtherDetails>
 	</options>
+	      <options><name>KABAT</name><description></description><optionNames>-m=KABAT</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#KABAT</furtherDetails></options>
+        <options><name>JORES</name><description></description><optionNames>-m=JORES</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#JORES</furtherDetails></options>
+    <options><name>SCHNEIDER</name><description></description><optionNames>-m=SCHNEIDER</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#SCHNEIDER</furtherDetails></options>
+    <options><name>SHENKIN</name><description></description><optionNames>-m=SHENKIN</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#SHENKIN</furtherDetails><defaultValue>-m=SHENKIN</defaultValue></options>
+    <options><name>GERSTEIN</name><description></description><optionNames>-m=GERSTEIN</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#GERSTEIN</furtherDetails></options>
+    <options><name>TAYLOR_GAPS</name><description></description><optionNames>-m=TAYLOR_GAPS</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#TAYLOR_GAPS</furtherDetails></options>
+    <options><name>TAYLOR_NO_GAPS</name><description></description><optionNames>-m=TAYLOR_NO_GAPS</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#TAYLOR_NO_GAPS</furtherDetails></options> 
+        <options><name>ZVELIBIL</name><description></description><optionNames>-m=ZVELIBIL</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#ZVELIBIL</furtherDetails></options>
+        <options><name>KARLIN</name><description></description><optionNames>-m=KARLIN</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#KARLIN</furtherDetails></options>
+    <options><name>ARMON</name><description></description><optionNames>-m=ARMON</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#ARMON</furtherDetails></options>
+    <options><name>THOMPSON</name><description></description><optionNames>-m=THOMPSON</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#THOMPSON</furtherDetails></options>
+    <options><name>NOT_LANCET</name><description></description><optionNames>-m=NOT_LANCET</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#NOT_LANCET</furtherDetails></options>
+    <options><name>MIRNY</name><description></description><optionNames>-m=MIRNY</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#MIRNY</furtherDetails></options>
+    <options><name>WILLIAMSON</name><description></description><optionNames>-m=WILLIAMSON</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#WILLIAMSON</furtherDetails></options> 
+        <options><name>LANDGRAF</name><description></description><optionNames>-m=LANDGRAF</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#LANDGRAF</furtherDetails></options>
+        <options><name>SANDER</name><description></description><optionNames>-m=SANDER</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#SANDER</furtherDetails></options>
+        <options><name>VALDAR</name><description></description><optionNames>-m=VALDAR</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#VALDAR</furtherDetails></options>
+        <options><name>SMERFS</name><description></description><optionNames>-m=SMERFS</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#SMERFS</furtherDetails></options>
+  	
 	<prmSeparator>=</prmSeparator>
 	<parameters>
-		<name>Calculation method</name>
-		<description>The method of the calculation to use</description>
-		<optionNames>-m</optionNames>
-		<furtherDetails>prog_docs/aacon.txt</furtherDetails>
-		<defaultValue>SHENKIN</defaultValue>
-        <possibleValues>KABAT</possibleValues>
-        <possibleValues>JORES</possibleValues>
-		<possibleValues>SCHNEIDER</possibleValues>
-		<possibleValues>SHENKIN</possibleValues>
-		<possibleValues>GERSTEIN</possibleValues>
-		<possibleValues>TAYLOR_GAPS</possibleValues>
-		<possibleValues>TAYLOR_NO_GAPS</possibleValues> 
-        <possibleValues>ZVELIBIL</possibleValues>
-        <possibleValues>KARLIN</possibleValues>
-		<possibleValues>ARMON</possibleValues>
-		<possibleValues>THOMPSON</possibleValues>
-		<possibleValues>NOT_LANCET</possibleValues>
-		<possibleValues>MIRNY</possibleValues>
-		<possibleValues>WILLIAMSON</possibleValues> 
-        <possibleValues>LANDGRAF</possibleValues>
-        <possibleValues>SANDER</possibleValues>
-        <possibleValues>VALDAR</possibleValues>
-        <possibleValues>SMERFS</possibleValues>
-	</parameters>
-	<parameters>
 		<name>SMERFS Window Width</name>
 		<description>The width of the window for SMERFS. Optional, defaults to 7</description>
 		<optionNames>-smerfsWW</optionNames>