From: Jim Procter Date: Mon, 22 Jun 2015 18:21:59 +0000 (+0100) Subject: JAL-653 JAL-1780 JAL-1140 added RNAML example alignment file X-Git-Tag: Release_2_10_0~296^2~137^2~3 X-Git-Url: http://source.jalview.org/gitweb/?a=commitdiff_plain;h=b9434b1e17ba46182976822d61a3667b048d6efe;p=jalview.git JAL-653 JAL-1780 JAL-1140 added RNAML example alignment file --- diff --git a/examples/testdata/rna-alignment.xml b/examples/testdata/rna-alignment.xml new file mode 100644 index 0000000..60aa433 --- /dev/null +++ b/examples/testdata/rna-alignment.xml @@ -0,0 +1,1326 @@ + + + + + + + + + + + 1 + 249 + + + + gaggaaaguc cggacUUCGC AGAAAAAGGU GCCAGUGAAA AACUGGGGGC CGUAAGGCUA + CGGAAAGUGU AACAGAAAAC AAACCGCUAA UUCUACCUAG GUAAGAUUAG ACAGGAUGAA + AAUGUCGAGC UUAUGGCUCG ACCUCUUUGU GGAAACACAA GGACGCUGCA AACCCCACCU + GAAGCAAGAA AGAGUUCGUU UCAGUUUUUC GCUCAGGAAC UCUUAGAGUC GCUCGAGGAU + UUUGGUGAC + + + + + + + + 15 + + + 184 + + + + + 16 + + + 183 + + + + + 17 + + + 182 + + + + + 18 + + + 181 + + + + + 22 + + 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b/test/jalview/io/RNAMLfileTest.java index c7e6398..ae9916a 100644 --- a/test/jalview/io/RNAMLfileTest.java +++ b/test/jalview/io/RNAMLfileTest.java @@ -43,7 +43,7 @@ public class RNAMLfileTest public void testRnamlToStockholmIO() { StockholmFileTest.testFileIOwithFormat(new File( - "examples/rna-alignment.xml"), "STH", -1, -1); + "examples/testdata/rna-alignment.xml"), "STH", -1, -1); }