Forces init of alignPanel if annotations added

Fixes redraw top of group bug

If no group, hide menu

If mac, use the fillRoundRect

java 1.1 compatibility

Helix sizes

Make sure end is less than sequence width

Group width -1

Watch for exceeding width limit

If autoCalculate selected, recalculate immediately

Back to gray line

Back to gray line

validCharWidth moved to viewport

Annoying little line at end of wrapped alignment

validCharWidth checks

Edit menu added

Add to palette layer

Helix glyphs fixed

Case sensitive

changeCase

Helix glyphs drawn correctly

Dont select groups on ids

Case shifter

Alignment compression on middle mouse button

Modified sequence selection

Multiple views, alignpanels not being used

Alignment might not have any annotations

-1 from east scale, wrapped alignment

showInternalMessage jdk1.5 bug

add back in again

old image

old images

New images

2.08, not 2.07

To export page

Links

load features/annotations typo.

added note about cursor mode disabling the popup menu.

typo and explanation for ignore gaps in consensus

reworded pad gaps

reworded pad gaps.

2.08 update

put modellerpir in correct place!

updated menus and rearranged seqfeatures (again)

Displays error line on error

fix links to complex html (that don't display) by quoting them
verbatim.

Just removing new line character

moved Modeller/PIR description to its own home.

moved modellerpir to io

describing the Modeller/PIR output.

Fixed table border and updated restrictions

Editing tab

added bit about modeller/pir

added annotationColouring to whats new and updated IO and cursorMode
(mac os and backspace==delete)

del and backspace do the same thing

Release Date width

extended preamble and added new heading for user defined annotation
instructions.

tab name is editing

doco

doco changes.

added 2.08 application version dialog box.

feature settings dialog box for jalview 2.08 application

Protein desc bug fixed

dont need to set - to -

Fixed protein desc bug

doco writing.

Takes popup away from mouseevent, prevents immediate copy

No need for vetoablechange

Set all gaps to - symbol

padGaps set in preferences

Padgaps pref set

ModellerOutput set in preferences

Autocalculate consensus set in preferences

Scroll cursor wrapped alignment

+1 error in group edit all sequences

remove new line in alquality

added full keyset for cursorMode

Must check consensus length if autocalculate off

added cursorMode feature page and rearranged keystrokes documentation.

Hide ref to HiddenRegion

removed dross, added a safety check to buildextclients and added references to docs/building.html

Must copy feature settings from one frame to another as they are not attached ot the dataset

Must copy feature settings from one frame to another as they are not attached ot the dataset

Maintain feature order

Save annotationColours

Public get methods

public get methods

Save graph threshold and annotation colours

2.08 updates

Order of menuitems

Turn off validation for speed

No need for minorSpacing

Shift also for group editing

Padgap history

Note on build target being usage

Default raget is :usage

2.08 update

2.08 updates

Modified for 2.08

New files