Fix "formard" compatibility problem with the list of web-services in the client

update derby.jar and add version number to the library

remove wrongly located log4j.properties

update derby.jar and add version number to the library

Small refactoring of the webservices/compbio/ws/server/SetExecutableFlag.java class

remove wrong parameter, improve format and set proper debugging level for engine.log

Update derbi.jar from 10.6.1 to 10.8.2

Modify Eclipse configuration for log4j

Improve building process: log4j.properties is in a right place both in
jabaw.war and Eclipse building

Add SVG version of some logos

Add release date

Add funding page

Misprint correction

Merge branches 'JABAWS_Release_2_1', 'JABAWS_Release_2_1' and 'JABAWS_Release_2_1' of https://source.jalview.org/git/jabaws into JABAWS_Release_2_1

Merge branches 'JABAWS_Release_2_1' and 'JABAWS_Release_2_1' of https://source.jalview.org/git/jabaws into JABAWS_Release_2_1

Conflicts:
website/man_about.html
Tweaked the wording a bit more - introduced standard man_about.html#jabaX.Y.Z style name anchor for update history

Change version number: 2.0 -> 2.0.1
add building min-client without log4j

Some small changes on web pages

typo

grammar

grammar

tweaked opening paragraph for sense and to avoid parentheses

grammar tweak

grammar tweak

add Sasha S to list of authors

invalid XML document header

JWS-50 refactored the valid AACon method parameters as a series of options in the JABAWS config (cont.)

Update manual and other static html page for JABAWS 2.0.1

Update manual and other static html page for JABAWS 2.0.1

Update manual and other static html page for JABAWS 2.0.1

JWS-50 refactored the valid AACon method parameters as a series of options in the JABAWS config

New target: full-clean
re-formatted file

remove war/jar files from git

Make configuration file clearer and add new parameters to dundee-conf

Change jar/war file for jabaws-2.1

Change jar/war file for jabaws-2.1

Necessary changes in website for jabaws-2.1

Necessary changes in website for jabaws-2.1

add some additional configuration lines

New project name for developemnt jabaws

Code for cleaning up old job directories

Code for cleaning up old job directories

Delete old job directory automatically

Add new methods

re-formatting code

copy log4j.properties to WEB-INF/classes

Re-formatting files

New build of JABAWS

debug version of /log4j.properties

delete wronigly located log4j.properties

cleat stats array and simplify internal structure

better way to set stat collection time, but should be moved to Engine.*.properties

add Logger to the class

log4j in no longer needed for minimal client

Changes in jar files

IntelliJ profile changes

formatting text

correct comment

Small internal code changes

simplify loops

Add intelliJ configuration files

Website files updated for JABAWS 3.0a

Restore jobsout/README

delete jobsout/README

remove unnecessary import

JWS-55 temporary fix for wrong security configuration

Merge branch 'JABAWS_Release_2_0' of https://source.jalview.org/git/jabaws into develop

JWS-48 patch to ensure JAX-WS 2.1 client code source generation with JAX-WS 2.2 libraries

JWS-43 development deployment context changed to "jabaws" so TestNG web service client tests can run against the development server

JWS-47 patch test to default local JABAWS server and source tidy

JWS-47 override custom/preset analize methods so the input can be validated appropriately for AACons

JWS-47 AACons validation shouldn't be done for generic analysis services

JWS-47 new customAnalize test for IUPredWS - with several unaligned sequences of different lengths.

JWS-44 - attempt to make a file executable if it is supposed to be executable according to jabaws configuration.

JWS-43 eclipse project metadata for dynamic web project directly deployable on development server

Merge branch 'JWS-27-jronn' into develop

Merge branch 'JWS-27-jronn' into JABAWS_Release_2_0

JWS-27 replaced JRonn with patched biojava 3.0.4 version which runs correctly for large sets of sequences in multithreaded mode

Merge branch 'JWS-29' into develop

Merge branch 'JWS-29' into JABAWS_Release_2_0

JWS-29 patch fixes bug - wierd workaround since "^\\s*>" caused scanner to advance to end of file rather than start of next FASTA header

test demonstrating JWS-29 assertion failure

Merge branch 'JWS-36' into JABAWS_Release_2_0

Merge branch 'JWS-36' into develop

JWS-36 patched Scores writer to put spaces between ranges and space separated scores

patch fixes JWS-35

test for JWS-35 - check that range and first value of prediction for each method matches expected values

Merge branch 'JWS-35' into JABAWS_Release_2_0

patch fixes JWS-35

test for JWS-35 - check that range and first value of prediction for each method matches expected values

File puller tester

git-svn-id: link to svn.lifesci.dundee.ac.uk/svn/barton/ptroshin/JABA2@4832 e3abac25-378b-4346-85de-24260fe3988d

remove jabaws 3 development code

ensure we never check in autogenerated documentation or build artefacts

fix jabaws download link

word order

git-svn-id: link to svn.lifesci.dundee.ac.uk/svn/barton/ptroshin/JABA2@4814 e3abac25-378b-4346-85de-24260fe3988d

load the driver explicitly

git-svn-id: link to svn.lifesci.dundee.ac.uk/svn/barton/ptroshin/JABA2@4813 e3abac25-378b-4346-85de-24260fe3988d

AMI ID update

git-svn-id: link to svn.lifesci.dundee.ac.uk/svn/barton/ptroshin/JABA2@4809 e3abac25-378b-4346-85de-24260fe3988d

web site minor tweaks

git-svn-id: link to svn.lifesci.dundee.ac.uk/svn/barton/ptroshin/JABA2@4808 e3abac25-378b-4346-85de-24260fe3988d

web pages url updates

git-svn-id: link to svn.lifesci.dundee.ac.uk/svn/barton/ptroshin/JABA2@4805 e3abac25-378b-4346-85de-24260fe3988d

Bug fix to the stat pages

git-svn-id: link to svn.lifesci.dundee.ac.uk/svn/barton/ptroshin/JABA2@4802 e3abac25-378b-4346-85de-24260fe3988d

updated javadoc for the system as well as new redirect address for download app

git-svn-id: link to svn.lifesci.dundee.ac.uk/svn/barton/ptroshin/JABA2@4793 e3abac25-378b-4346-85de-24260fe3988d